5KXPA

Hen egg white lysozyme at 278k, data set 2
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
129
structure length
128
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQISRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Isomerase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Conformational variation of proteins at room temperature is not dominated by radiation damage.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 56
structure length 128
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5kxpA00
1OP9B 2EPEA 3T6UA 1LMQA 4IATA 1LJGA 5K7OA 1B5YA 5L3IA 5J7CA 1LMTA 1GWDA 1T6VL 3N9CA 3HFMY 3TXFA 2W1MA 4AGAA 4PPOA 2BLXA 1ALCA 1CKFA 1UUZC 1D0MA 4WL6A 1EQ5A 4YEOA 3W6FA 3CT5A 5DM9A 1OUIA 4BAFA 2XTHA 3A93A 2MEAA 6LYTA 3A90A 3ULRA 1CKGA 1XEIA 3WULA 1JSEA 1GFAA 1WQMA 3BKVA 4GLAA 2ZIKA 1QDTA 3E3DA 3A8ZA 1NWGA 2X0AA 4NWEA 1HFXA 2NWDX 1NDGC 1DI3A 4NG8A 1YANA 1IO5A 4HPEA 4ML7A 3TXDA 1B0DA 2I25L 1LJEA 4NGOA 1JISA 3ZEKA 4XJGA 5APFA 1GAYA 2BQHA 5KXLA 3A34A 5KXKA 1IWXA 3G3AB 1A2YC 2I6ZA 4DC4A 1TCYA 1DPWA 2H9KA 1VEDA 1B7RA 1LMCA 1YL1X 3TXBA 4C5FA 2BQGA 9LYZA 1IC5Y 1LKRA 2Z19A 1LSCA 4YF2A 1BB4A 2Z18A 1GFEA 1OUCA 4GN5C 1HEOA 1REXA 1V7TA 4HJZA 1HMKA 3A67Y 4BAPA 1HSXA 2D4JA 4NHPA 4RDSA 4NWHA 5KXXA 5KXRA 1JTOL 1LHLA 4WM6A 4LFPA 1F6RA 4ETBA 4LGKA 4LT2A 1B9OA 1HHLA 2XJWA 1QSAA 1DI4A 2HEAA 3LZTA 1I1ZA 1GB0A 1B5WA 2HEEA 2YBIA 5LYTA 2ZQ3A 4G4HA 4TX7A 1B5VA 1GF6A 2EKSC 2Z2FA 1LJ4A 1GF8A 1QTEA 3B0KA 5FCPA 1IWYA 1JTPL 1G7IC 4WG1A 1YAOA 1GEZA 1PS5A 4H8XA 4WOAA 2YBHA 5LAFA 3WUNA 2BQDA 4WG7A 1BB5A 1YKXX 1LHKA 1OUGA 4H9EA 5KXZA 3RZ4A 1IEEA 5HMJA 2LZ2A 4ETAA 4KPMA 1WQPA 4O34A 1RJCB 3AYQA 2H9JA 1QDRA 3TMXA 5JENB 4U3XB 2I26L 4H9HA 4W96A 1JKDA 5F16A 2BQAA 3AW7A 2BQEA 2MEEA 4EMNA 2BQKA 2IHLA 4B4IA 1HFYA 4WM5A 5E4PA 1CJ7A 4G9SA 2BQCA 1IC7Y 1C43A 1LZ6A 1GXXA 2BPUA 1GXV2 1HC0A 5KXWA 5E9RA 4RW1A 1IP2A 2F2NA 1YROA 3LYZA 1GE0A 3WL2A 1UA6Y 1KIRC 3B6LA 3WYHA 4AXTA 4LT0A 4LZTA 3VWOA 1LHJA 4D9ZA 4HTKA 1GF3A 2ZIJA 4H9CA 3TXEA 208LA 5KKJA 4IASA 1YKYX 153LA 1AT5A 3CSZA 5B06A 1C45A 1IORA 1BB7A 2LYMA 3RNXA 3WU9A 1JUGA 4KT3A 4B0DA 1YKZX 1WTMA 4J1BA 1UIDA 4NSJA 3TMUA 1MLCE 1LHIA 1WQQA 4J0LA 1DPXA 4XJFA 1ZMYL 3WMKA 1TBYA 2MECA 1QUSA 4CJ2A 4WLXA 5I54A 3WVXA 3GXRA 3K3TA 2DQDY 1GDXA 4MR1A 4DD1A 1GBYA 2F30A 3IJUA 4H94A 1HSWA 5T3FA 1BWIA 1GBZA 1W6ZA 5LXWA 1JPOA 4NEBA 5HNCA 1GFTA 1N4FA 4IJ4A 5I5QA 5HQ1A 2LYOA 1VAUA 4DD0A 1HFZA 1P2CC 5HNLA 4MCKA 2W1YA 1JWRA 3WU8A 3LHMA 4OWHA 2G4PA 2D91A 4ETCA 1KXYA 2MEDA 5D5CA 4Z98A 3A95A 1H87A 1VDQA 2D4KA 1FN5A 1XEKA 3B72A 2A7DA 2HU3A 3CB7A 3WPLA 4YENA 1QQYA 4WM2A 3AZ5A 5LVJA 1LSYA 1BGIA 4PRQA 1FKQA 1GE3A 1IWTA 2ZNXY 2MEIA 1OQMA 4NGWA 3SP3A 1LJJA 1ZVYB 2YVBA 2Z39A 1GF0A 4UWVA 5F14A 3N9EA 2DQJY 1B5XA 2HUBA 2BQFA 2BQOA 1LKSA 1IOTA 4LT3A 4TSCA 3AJNA 1UACY 4DT3A 2F4AA 5I4YA 1AM7A 4HV2A 3CT0A 4NGZA 2HEFA 5KXNA 3T36A 1CJ8A 1BB3A 2GV0A 4XJDA 5KKIA 1B7NA 1EQEA 4XJBA 2ZNWY 1EQ4A 5KXYA 5LVHA 1B7LA 5F81A 1IP3A 1LSFA 1JJ1A 1GBWA 1HELA 3WUMA 1JKBA 5FEKA 4NHTA 3A91A 3P68A 1LZCA 3CSRA 1YAMA 4LYZA 5C6LA 4HPIA 5I4WA 5LYZA 4G4BA 4GCBA 5DN5A 5LVIA 1NQIA 4NGVA 4GLVA 5B1GA 3EO5A 3WH1A 5LVKA 2W1LA 2ZQ4A 3QY4A 1HMLA 2ZYCA 1GBSA 3CSQA 3TMWA 1LSEA 1UIFA 4GCDA 1D6PA 2W1XA 4OOOA 5FSTA 1KXXA 3N9AA 1QIOA 2AUBA 1G7JC 4X3BA 4NGYA 4OW1A 4NY5A 1HEMA 1WVVA 1NHEA 1XEJA 4OOTA 2ZWBA 1GFKA 1GE2A 3A3RX 1O23A 4OWBA 4ANRA 1MELL 1LHMA 5A3ZA 1I56A 3F6ZA 1LJIA 2HECA 154LA 4J7VA 1J1XY 1Z55A 3HBDA 2HTXA 1DZBX 1LZNA 4RLNA 4I0CA 4XJHA 3WXUA 1ZVHL 2MEFA 1UBZA 2DQGY 2Z38A 4N5RA 5IELA 4QEQA 3WPJA 1IVMA 1IP7A 2Z2EA 2BQNA 1LYSA 3IJVA 2DQHY 1CJ6A 1UIAA 4TTDA 1HEPA 4XN6A 1LYZA 4HV1A 1GF9A 4WO9A 3ATOA 4Z3MA 2ZYPA 2CJLA 3W6CA 1GAZA 5LVGA 1GF4A 1IC4Y 4WM3A 1LZEA 2Z12A 1IR9A 1UICA 2IFFY 5HMVA 5APDA 5LAGA 1D9UA 4MSTA 4DDCA 1LZ9A 1G7LC 1GB9A 1XFPL 2XBSA 1B2KA 3P64A 4N9RA 4WO6A 3J6KA 3AGIA 4YOPA 3A6BY 1NF5A 1BWHA 1LJNA 2YBLA 3D3DA 2CDSA 1IIZA 4NSGA 2HEBA 1IR8A 1XGTC 1GFRA 2D6BA 1C08C 1D0KA 4H9AA 1LJKA 1G7MC 3B0OA 4FJRA 1JEFA 1FLQA 1IWWA 3P66A 3ZVQB 1H6MA 5DL9A 1GE1A 3A96A 1B5ZA 1UIBA 1LZTA 1YIKA 2DBTA 2A7FA 4PGJB 1QTKA 4XJIA 4M4OA 4HJVA 1LSMA 1D6QA 4N1EI 1ZV5L 1BHZA 1C46A 3TXKA 1YQVY 4WM1A 4PJ2C 4LYTA 2FBDA 3AB6A 4WMGA 4ET8A 2YBMA 4Z41A 1LJ3A 2BQJA 3LZ2A 1SLYA 1DI5A 1FDLY 1WVUA 1JIYA 3A92A 1C10A 1XGUC 4B1AA 1GF5A 2BQMA 1YAQA 3P4ZA 1LHHA 1OUJA 1LSBA 4G49A 2F4GA 1KIPC 135LA 4GCEA 4NHSA 4HP0A 5KXPA 3TXJA 3W3EA 3W6DA 1DQJC 3FI7A 5C6JA 193LA 1LSNA 4CFOA 1DXJA 3W6AA 4ZFPA 3M3UA 4N0JA 4WLDA 1CKHA 4FDYA 2G4QA 2N5ZA 1IY4A 3M18B 1CKCA 5ILFA 1LYOA 134LA 1LZSA 1B7OA 1VFBC 5LYMA 1GB6A 1AKIA 4II8A 1UCOA 3TXHA 3G3BB 3IWRA 1QSWA 5APEA 3WVYA 4WLYA 1LZDA 4GN3A 1GHLA 4KXIA 2DQIY 1AT6A 5LA5A 3LYTA 1GFVA 1KIQC 2FYCA 4CFPA 4E3UA 4NSHA 1LZYA 4OWAA 2WARA 2CGIA 3D9AC 4G4CA 1GFHA 1OUDA 4DDAA 5FELA 1LCNA 1VDSA 1UIHA 4NIJA 4LYOA 8LYZA 1LZRA 4DD3A 1B7MA 1HEQA 2Q0MX 1B5UA 1GB8A 1NBYC 1RFPA 1B7PA 1CKDA 4GCFA 1REMA 3WUAA 4NGIA 1I20A 3A94A 1LZ4A 3TMVA 3WPKA 1FLYA 1GEVA 2BQBA 2HEDA 2YBNA 207LA 1GDWA 4H9IA 5F9UA 5L3HA 1IP1A 5ILCA 1W08A 3EMSA 4B4EA 5KY1A 5KXMA 2DQFC 1LZ1A 1GFJA 3QNGA 1IP4A 4LYBA 1DKKA 3RU5A 2YDGA 4HTQA 3J4GA 5AMYA 3A3QA 4HTNA 1GBOA 2BAAA 4NHQA 5I4XA 4CHXA 4OWCA 1NMMA 1UIEA 5DN4A 4DYGA 2XBRA 3OK0A 4NGKA 1BWJA 1CNSA 1JITA 4B49A 1XGRC 2YSSC 3WU7A 3FE0A 1IOSA 1DKJA 4WM4A 1LSAA 4L41A 4NFVA 1OUEA 2BLYA 1LSDA 1HNLA 5L9JA 2DQEY 1IWVA 5B1FA 4QGZA 4N1CC 1JHLA 1JKAA 3AGGG 3LYMA 2H5ZA 1BB6A 1LPIA 3WW6A 1F6SA 1TEWA 4LT1A 3EXDA 4XYYA 5M1YA 3W6EA 133LA 1GPQC 4TUNA 5IDDA 4QY9A 1E8LA 1IP5A 1IY3A 2EQLA 2LHMA 1LJHA 1FBIX 1IWUA 4YM8A 1GB7A 1LMOA 5FDJA 1REZA 1WQRA 3KAMA 5FHWA 1TDYA 3WW5A 2FYDA 4TSBA 1YAPA 1LSGA 1LZGA 1VATA 1LMNA 3QE8A 2DKVA 2HU1A 2BQIA 1INUA 1C7PA 1D0LA 4NGLA 4XENA 2DQCY 3AZ6A 5HLLA 1OUFA 4DWXA 4OWEA 4ET9A 1GB2A 4H8ZA 2C8PA 1A4VA 1IR7A 4W94A 5EBHA 2CWIA 2PC2A 4UWUA 4B4JA 1LSZA 3AZ7A 1LMAA 1F0WA 1NDMC 5II3A 4HJYA 2DQAA 2MEBA 194LA 4ZIXA 1GBXA 1LMPA 1RCMA 5C6IA 2VB1A 4H90A 1BQLY 4DD2A 1VDTA 5LA8A 1WTNA 1LZAA 132LA 1WQOA 1JTTL 1VDPA 1GFGA 6LYZA 1UIGA 5APCA 3CQLA 4XADA 3RT5X 2BQLA 4NSIA 4A7DA 2B5ZA 5I53A 1WQNA 1FLUA 1PZYA 1YL0X 4GN4A 2Y8PA 5B07A 5KJ9A 3EBAB 4PRUA 3BKHA 2YBJA 4TWSA 4KL7A 1B7QA 1LJFA 5KXSA 1OUAA 3CT1A 1IWZA 1F10A 1LAAA 2ZILA 3AGHA 1GFUA 4H92A 4H9FA 5D5FA 4WLTA 1REYA 4NHIA 1T3PA 2G4NA 1LTMA 3HBHA 1NBZC 1LZ5A 1OUHA 4LFXA 4H1PA 4NG1A 4R6CA 2RSCA 1B7SA 1HERA 1FLWA 1LOZA 1JJ3A 1HEWA 4R0FA 1NKHA 4EOFA 4YEMA 3AW6A 2MEGA 4H9BA 1JKCA 3ZVQA 2Z37A 3HBEX 4UWNA 4Z46A 4DDBA 4ETEA 1RI8B 4ETDA 2LYZA 3TXIA 1XSFA 3GXKA 1IOCA 4RW2A 5B59A 1RE2A 1EL1A 4RLMA 3AZ4A 1LZBA 4HSFA 1JSFA 4H93A 1LYYA 1GD6A 4PHIA 1XGPC 1XGQC 3LYOA 4J1AA 3OJPA 1CJ9A 3A6CY 4BS7A 4CGEA 5F9XA 1J1PY 1TAYA 3TXGA 4DD9A 1GE4A 1JJ0A 4LYMA 1V7SA 3MGWA 3W6BA 1IOQA 1KXWA 4WL7A 1GB3A 5IHGA 5LINA 5KXOA 1LZ8A 4I8SA 4QDNA 3RW8A 3P65A 2MEHA 3WXTA 1IP6A 1BVXA 1IX0A 5DLAA 4P2EA 5B05A 1J1OY 1SQ2L 1LSPA 1QUTA 1GB5A 2C8OA 4GCCA 5LIOA 4DD7A 1G7HC 1HENA 4C3WA 3ATNA 3LN2A 1HF4A 2FBBA 1OUBA 2LZTA 7LYZA 5A3EA 1AZFA 1BVKC 1YILA 4ZEEA 4H91A 2EIZC 4M6DA 4N8ZA 4BADA 4NGJA 4LYCA 5KXTA 3B0IA 2D4IA 4H8YA 1UC0A 1FKVA 1GF7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OP9B 3T6UA 1KY0A 1LMQA 1LJGA 5K7OA 1B5YA 5L3IA 5J7CA 3N9CA 3HFMY 1L39A 3C83A 4AGAA 104LA 4YEOA 1PQKA 3ULRA 3WULA 1CKGA 1GFAA 1WQMA 2ZIKA 1QDTA 4W58A 1NWGA 238LA 2NWDX 4NG8A 3HTGA 1B0DA 3TXDA 4NGOA 5KXLA 1LYGA 3A34A 2I6ZA 1TCYA 1KS3A 1DPWA 1VEDA 119LA 1LKRA 171LA 1LSCA 4HJZA 1GFEA 1REXA 3A67Y 1LHLA 4LFPA 1L25A 4ETBA 1HHLA 2XJWA 3LZTA 3CDRA 3C82A 2YBIA 1C6PA 2Z2FA 1GF8A 2B6YA 4EKPA 3B0KA 1C6LA 1P46A 5KXZA 1OUGA 1LW9A 1QTHA 1C63A 1IEEA 5HMJA 2LZ2A 2A4TA 4O34A 3AYQA 1D3MA 1L10A 3DKEX 1G1VA 5F16A 4EMNA 3DMVA 239LA 4B4IA 2OEAX 5E4PA 3FI5A 1SSYA 1L45A 1GXV2 3CDOA 4RW1A 1IP2A 1KIRC 3WYHA 4LZTA 3VWOA 4HTKA 262LA 4H9CA 208LA 1AT5A 1C45A 1JUGA 1WTMA 3TMUA 1L17A 1LHIA 1WQQA 1TBYA 2MECA 4CJ2A 217LA 3GXRA 3HH6A 165LA 1L30A 4DD1A 1L68A 180LA 144LA 260LA 5I5QA 1XJUA 5HNLA 4MCKA 3C7ZA 3WU8A 1C6GA 4LDLA 1CV3A 2D91A 1KXYA 4Z98A 3GUPA 1VDQA 3OE9A 126LA 1FN5A 3B72A 1WTHA 1L77A 2MEIA 2CUUA 2LCBA 199LA 1OQMA 197LA 4E97A 1LJJA 2HUKA 1B5XA 4TSCA 3AJNA 5I4YA 4HV2A 1L69A 4NGZA 3T36A 1CJ8A 4XJDA 3V2YA 1EQ4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1OP9 B;  2EPE A;  3T6U A;  1LMQ A;  4IAT A;  1LJG A;  5K7O A;  1B5Y A;  5L3I A;  5J7C A;  1LMT A;  1GWD A;  1T6V L;  3N9C A;  3HFM Y;  3TXF A;  2W1M A;  4AGA A;  4PPO A;  2BLX A;  1ALC A;  1CKF A;  1UUZ C;  1D0M A;  4WL6 A;  1EQ5 A;  4YEO A;  3W6F A;  3CT5 A;  5DM9 A;  1OUI A;  4BAF A;  2XTH A;  3A93 A;  2MEA A;  6LYT A;  3A90 A;  3ULR A;  1CKG A;  1XEI A;  3WUL A;  1JSE A;  1GFA A;  1WQM A;  3BKV A;  4GLA A;  2ZIK A;  1QDT A;  3E3D A;  3A8Z A;  1NWG A;  2X0A A;  4NWE A;  1HFX A;  2NWD X;  1NDG C;  1DI3 A;  4NG8 A;  1YAN A;  1IO5 A;  4HPE A;  4ML7 A;  3TXD A;  1B0D A;  2I25 L;  1LJE A;  4NGO A;  1JIS A;  3ZEK A;  4XJG A;  5APF A;  1GAY A;  2BQH A;  5KXL A;  3A34 A;  5KXK A;  1IWX A;  3G3A B;  1A2Y C;  2I6Z A;  4DC4 A;  1TCY A;  1DPW A;  2H9K A;  1VED A;  1B7R A;  1LMC A;  1YL1 X;  3TXB A;  4C5F A;  2BQG A;  9LYZ A;  1IC5 Y;  1LKR A;  2Z19 A;  1LSC A;  4YF2 A;  1BB4 A;  2Z18 A;  1GFE A;  1OUC A;  4GN5 C;  1HEO A;  1REX A;  1V7T A;  4HJZ A;  1HMK A;  3A67 Y;  4BAP A;  1HSX A;  2D4J A;  4NHP A; 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 1B7Q A;  1LJF A;  5KXS A;  1OUA A;  3CT1 A;  1IWZ A;  1F10 A;  1LAA A;  2ZIL A;  3AGH A;  1GFU A;  4H92 A;  4H9F A;  5D5F A;  4WLT A;  1REY A;  4NHI A;  1T3P A;  2G4N A;  1LTM A;  3HBH A;  1NBZ C;  1LZ5 A;  1OUH A;  4LFX A;  4H1P A;  4NG1 A;  4R6C A;  2RSC A;  1B7S A;  1HER A;  1FLW A;  1LOZ A;  1JJ3 A;  1HEW A;  4R0F A;  1NKH A;  4EOF A;  4YEM A;  3AW6 A;  2MEG A;  4H9B A;  1JKC A;  3ZVQ A;  2Z37 A;  3HBE X;  4UWN A;  4Z46 A;  4DDB A;  4ETE A;  1RI8 B;  4ETD A;  2LYZ A;  3TXI A;  1XSF A;  3GXK A;  1IOC A;  4RW2 A;  5B59 A;  1RE2 A;  1EL1 A;  4RLM A;  3AZ4 A;  1LZB A;  4HSF A;  1JSF A;  4H93 A;  1LYY A;  1GD6 A;  4PHI A;  1XGP C;  1XGQ C;  3LYO A;  4J1A A;  3OJP A;  1CJ9 A;  3A6C Y;  4BS7 A;  4CGE A;  5F9X A;  1J1P Y;  1TAY A;  3TXG A;  4DD9 A;  1GE4 A;  1JJ0 A;  4LYM A;  1V7S A;  3MGW A;  3W6B A;  1IOQ A;  1KXW A;  4WL7 A;  1GB3 A;  5IHG A;  5LIN A;  5KXO A;  1LZ8 A;  4I8S A;  4QDN A;  3RW8 A;  3P65 A;  2MEH A;  3WXT A;  1IP6 A;  1BVX A;  1IX0 A;  5DLA A;  4P2E A;  5B05 A;  1J1O Y;  1SQ2 L; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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