1C6GA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 4 atm krypton
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6gA00
3GULA 3GUOA 172LA 115LA 2O7AA 3CDVA 1L98A 155LA 178LA 1P6YA 2RH1A 165LA 4ARMB 2RB0X 1LI3A 3HH4A 1PQOA 2NTHA 1L87A 1D2YA 3C7YA 147LA 1L37A 3F9LA 151LA 1L32A 4W57A 1OYUA 182LA 145LA 2B74A 160LA 1L12A 1L88A 253LA 3LZMA 1CVKA 199LA 4W58A 166LA 2OE4X 1QUGA 249LA 2HUMA 2Q9DA 3HTBA 1L11A 2B6ZA 1OV7A 108LA 2NTGA 1C6LA 170LA 149LA 2Z6BA 3FI5A 1JQUA 1D2WA 1P46A 1C63A 120LA 3SBAA 1L66A 3HT9A 1C6HA 234LA 148LE 1L40A 1QSBA 1NHBA 1L00A 222LA 1QTZA 1L19A 1LPYA 4EPFA 1WTHA 237LA 1CV6A 1C6PA 3SBBC 110LA 3FA0A 1D3FA 1L15A 140LA 112LA 1L90A 1DYGA 2RBRA 1C60A 1LYFA 1L31A 1QUHA 4EKQA 1L21A 4PJZA 1P37A 5I14A 2OTZX 3HT8A 248LA 1L46A 3SB9A 1OWZA 4LDEA 4EKPA 131LA 1T8FA 102LA 2B6WA 213LA 1L26A 1JTNA 242LA 230LA 3HTDA 3DN0A 1DYFA 1L77A 3DN2A 1C62A 3C8QA 3RZEA 2O79A 123LA 1L41A 1QT7A 1L22A 1KW5A 1CV3A 3SN6R 4I7TA 137LA 2IGCA 261LA 1OVKA 3CDTA 1CX7A 1L05A 1OVHA 3HH3A 3HTFA 1L28A 1LGUA 1OWYA 1L61A 1L0JA 3D4SA 1G07A 1G1WA 4LDOA 1L16A 5LZMA 4DKLA 4W52A 142LA 1CV1A 247LA 3DN8A 1QUDA 1SWZA 168LA 1C6FA 1L57A 243LA 1L38A 2B6XA 2RBQA 4W51A 3DMZA 1XJTA 195LA 1KNIA 1L59A 226LA 233LA 3OE6A 164LA 4K5YA 2ANVA 1KY1A 4I7NA 1QS5A 3OE8A 1C6NA 1L09A 4ARPA 1DYEA 2RBSA 1L36A 1ZYTA 2LCBA 3GUJA 181LA 7LZMA 225LA 198LA 1SX2A 2B75A 1SSYA 2O4WA 1B6IA 1D3JA 1LLHA 1C6IA 1L70A 252LA 245LA 1KS3A 1OV5A 3C82A 1L56A 185LA 3L64A 1L17A 2HUKA 2OU8A 1L50A 1C6DA 157LA 197LA 3C8RA 201LA 3HUQA 1L80A 111LA 1L25A 1L74A 1G0GA 4YX7C 3HT7A 246LA 3JR6A 250LA 2RB2X 1CU3A 1CV4A 2B70A 4W53A 206LA 1L35A 1L27A 196LA 1L64A 260LA 1ZURA 2B7XA 2B73A 1QT3A 2RBPA 3C8SA 2OEAX 1C6TA 1L86A 186LA 3FADA 1P7SA 1L13A 3CDRA 1L82A 1CUPA 1PQMA 1C6QA 1L07A 173LA 3GUNA 4PK0A 4EKSA 3C7WA 3GUKA 1OVJA 191LA 4E97A 1L60A 3C80A 1K28A 3ODUA 1LYGA 4EKRA 189LA 2F32A 254LA 188LA 1LGXA 3HUKA 1L92A 2B6YA 4ZPUA 3SB8A 1LI2A 1P56A 4EXMA 1L63A 3DN6A 1G0MA 257LA 113LA 1QTHA 3OE9A 1L33A 176LA 2RBNA 3F8VA 1L97A 2OE7X 1L43A 1L48A 4I7MA 150LA 221LA 1L93A 1DYBA 1SWYA 174LA 125LA 228LA 1C6BA 2OU9A 1L81A 1QTCA 1L55A 1XEPA 1G0JA 1L0KA 1L04A 241LA 1G1VA 232LA 211LA 4LDLA 1L29A 2LC9A 4I7PA 3SB5A 1LWGA 184LA 1L51A 1C64A 3C83A 217LA 177LA 1L01A 1L14A 3G3VA 1SSWA 1L62A 1L58A 2Q9EA 1P5CA 2RBOA 4GBRB 127LA 138LA 3HTGA 4OO9A 2F2QA 1L45A 1T8AA 1QTVA 4ARQB 1L84A 2ANXA 4LZMA 1CU2A 4ARMA 1D3MA 4DJHA 1L49A 3HWLA 1LI6A 1QT5A 3NY9A 1L10A 1L23A 118LA 3DN4A 1D9WA 1QT8A 1L52A 3SB6A 1QUOA 175LA 3HU9A 1L24A 2OU0X 3VW7A 1CTWA 2L78A 1LYEA 4ARJA 114LA 1L85A 1L95A 3SB7A 209LA 180LA 3EMLA 214LA 239LA 2CUUA 162LA 6LZMA 1LYHA 1L34A 1C6AA 1L99A 3GUPA 4ARLA 4GRVA 183LA 1L73A 1L39A 2RAZX 3PBLA 4W56A 219LA 122LA 1QT6A 1ZWNA 4YXAC 255LA 1L79A 1L83A 139LA 3CDOA 2QARC 1G0KA 1L18A 3HT6A 262LA 119LA 190LA 1L42A 109LA 1LYDA 1QS9A 4I7SA 3OE0A 3DKEX 1QT4A 1LWKA 4I7KA 1L06A 1QTDA 1L68A 1C6JA 1L30A 1EPYA 3V2YA 167LA 4I7LA 4IAPA 3DN1A 1L02A 1C68A 156LA 2RB1X 1DYCA 1P2LA 1P64A 130LA 1G0LA 1CX6A 3HDEA 3GUMA 210LA 1QSQA 1XJUA 1D3NA 1CU0A 3NYAA 1CU6A 3DMXA 1PQIA 159LA 1L53A 4W55A 171LA 1C65A 1C69A 129LA 141LA 229LA 3HH5A 227LA 1L75A 103LA 1L54A 1QTBA 2B72A 3HUAA 235LA 1L44A 258LA 3V2WA 205LA 1PQDA 1L67A 3HU8A 3L2XA 104LA 3K2RA 4AQNA 1P3NA 259LA 187LA 1L69A 2A4TA 1LGWA 200LA 3CDQA 3RUNA 2F47A 3DNAA 1L96A 3HDFA 3HH6A 1L72A 1L08A 256LA 231LA 144LA 143LA 4S0WA 1KY0A 146LA 4I7QA 152LA 1L47A 126LA 1PQKA 4EJ4A 169LA 3G3WA 1C6MA 3C7ZA 163LA 3UONA 240LA 1G06A 3DMVA 4W54A 224LA 220LA 3GUIA 1LYJA 223LA 1C67A 1G0PA 3G3XA 4ARQA 3PDSA 1C66A 3C81A 1C6GA 4DAJA 1L94A 215LA 161LA 1KW7A 2QB0B 251LA 1C6CA 244LA 1CU5A 2OE9X 1PQJA 4I7RA 4YXCA 236LA 2OTYX 107LA 2RAYX 1DYDA 3QAKA 218LA 1SX7A 1DYAA 2B6TA 1P36A 1L89A 4W59A 1C61A 1LW9A 4I7OA 238LA 1L71A 1L20A 1CV0A 1I6SA 3NY8A 1T97A 212LA 1L91A 128LA 1L65A 1JTMA 1T6HA 1T8GA 3DN3A 1L03A 4EPIA 1CV5A 1L76A 4I7JA 2HULA 1G0QA 1P2RA 1CUQA 192LA 1C6EA 1C6KA 1LYIA 158LA 2LZMA 1TLAA 216LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HTNA 1LJFA 115LA 3CDVA 155LA 1QIOA 1LI3A 1EL1A 2MECA 1LJNA 1GBWA 4TSBA 4B4EA 147LA 1L37A 1G7HC 4E3UA 3RZ4A 2B74A 4NWHA 1JKDA 1UIHA 1L88A 253LA 3LZMA 3FE0A 4W58A 1B0DA 2BQGA 2OE4X 1QUGA 1GAZA 3HTBA 1JKBA 2B6ZA 108LA 2NTGA 1C6LA 170LA 3HFMY 1LSFA 4WOAA 1AZFA 148LE 1MLCE 1QSBA 1GFRA 1LYZA 1NHBA 1OUBA 1QTZA 1WTHA 1CV6A 2Q0MX 3AW6A 3SBBC 4YENA 110LA 2BQIA 2BQOA 1DYGA 1J1OY 3P4ZA 1L21A 4EKQA 135LA 2OTZX 3HT8A 1GFJA 4DQJA 1OWZA 4LDEA 3WUAA 5F9XA 2B6WA 1JTNA 230LA 3A6BY 4ANRA 1GE1A 4PRQA 1B5XA 1LJJA 4KPMA 3RZEA 2O79A 2BQBA 1IX0A 4B0DA 2MEAA 4I7TA 2Z19A 1IP5A 137LA 2IGCA 5APCA 3CDTA 2XTHA 1YILA 1LGUA 1HEWA 1L61A 3WPJA 3D4SA 5LZMA 4DKLA 3TXEA 1C08C 4PJ2C 1NMMA 168LA 1L57A 243LA 4NFVA 195LA 1KNIA 2BQHA 4K5YA 4OOTA 4LT2A 2F30A 1UIAA 1KY1A 4DD0A 4I7NA 2H5ZA 1QS5A 1L09A 4GN4A 208LA 3GUJA 181LA 3LN2A 1LZ9A 1SX2A 2O4WA 1GXXA 1KS3A 4H9BA 3M18B 2HUKA 3HBHA 1NQIA 157LA 1HF4A 3C8RA 1DI5A 1L25A 1XEKA 1G0GA 4YX7C 3TXIA 3AZ7A 4NGKA 2PC2A 3P66A 1L35A 2VB1A 1UICA 4NGWA 1L64A 260LA 4TWSA 2OEAX 4EMNA 186LA 1P7SA 1GF8A 3TMWA 1PQMA 4NIJA 3A96A 1C6QA 4DD3A 4PK0A 1WQNA 4EKSA 1JIYA 4ZIXA 1OVJA 1L60A 2CDSA 1F6RA 1C45A 3C80A 1LZGA 3A93A 1GF3A 1GXV2 1CJ8A 1OUAA 188LA 1P56A 1IVMA 3DN6A 257LA 1LZNA 3OE9A 1NWGA 1L97A 1LMOA 150LA 3MGWA 221LA 1DYBA 3LZ2A 4UWNA 174LA 1IP7A 125LA 5I4XA 2ZWBA 3WULA 1LSMA 1XEIA 1LMTA 1G0JA 211LA 1L29A 3SB5A 1LWGA 2BQDA 1GBYA 3RT5X 3C83A 4H8XA 217LA 1IP4A 1JJ3A 1GDWA 2MEFA 3WUMA 1GF9A 1JTTL 2DQAA 3WU7A 4QY9A 1L58A 2LYMA 4GBRB 127LA 138LA 3HTGA 2F2QA 1L45A 1T8AA 2DQDY 1FKVA 1L84A 4CGEA 3ZVQA 1L49A 5KKIA 3HWLA 1QT5A 5I53A 4WLDA 1GFEA 4XJIA 2RSCA 1QT8A 1TCYA 1L52A 1IC4Y 2OU0X 4ARJA 3CT0A 4RW2A 162LA 1IP3A 1L73A 3PBLA 4W56A 219LA 5KXRA 1QT6A 3AYQA 1J1PY 4YXAC 1CJ6A 1EQEA 1GEZA 139LA 2QARC 1NBYC 1OUDA 1L18A 4CHXA 1A2YC 1BB3A 1W08A 1I56A 4I7SA 1LWKA 1DI3A 1JTPL 1HMKA 4NSJA 4Z41A 167LA 2B5ZA 2RB1X 4YEMA 5C6JA 4HJYA 5E4PA 4L41A 4W94A 2LYOA 210LA 1YIKA 3AGGG 1SLYA 3NYAA 4LFXA 3LZTA 1PQIA 159LA 1B7NA 2HEDA 1GBXA 1BQLY 1C65A 129LA 141LA 3HH5A 4KT3A 1LJIA 4RLMA 5KXSA 4G9SA 5B1FA 1QTBA 235LA 5AMYA 205LA 2F4AA 104LA 4NSGA 2YSSC 2A4TA 3RUNA 4DQ5A 2F47A 1CJ9A 1TAYA 3TXHA 3HDFA 1DKJA 256LA 2W1LA 3AZ6A 1LZCA 1QUSA 1DI4A 1UUZC 3WXUA 3CQLA 3CT5A 1HC0A 1NF5A 5C6LA 5DM9A 2BQLA 3W6CA 3DMVA 1LYJA 5ILFA 223LA 3G3XA 1G0PA 4ARQA 3HBDA 1FKQA 1C6GA 1DQJC 4KXIA 161LA 4MR1A 1YKZX 1B2KA 2OE9X 3D3DA 5LIOA 1DYDA 4B49A 4LT1A 4WLXA 1NHEA 1LZBA 1LZDA 1VFBC 3EBAB 1D0LA 1T6HA 2BQJA 1VDSA 1G0QA 1CUQA 1LSAA 4N5RA 132LA 1C6KA 5KJ9A 1GF4A 3GULA 3EO5A 3GUOA 2HU1A 1L98A 1LAAA 2I6ZA 4PRUA 2RB0X 1IP6A 1D9UA 2Z37A 3HH4A 3TMXA 1LYYA 1QTEA 2MEDA 5E9RA 3F9LA 151LA 2W1MA 4PHIA 160LA 1BB5A 1CVKA 4XJHA 1L11A 1JHLA 1OV7A 2N5ZA 3FI5A 1D2WA 1TBYA 120LA 1ZV5L 2DQIY 2WARA 3W6FA 2ZYCA 1D6PA 1FLYA 1L40A 1GFVA 3TMVA 3ZEKA 1IC7Y 4EPFA 1C6PA 4DDCA 2C8OA 4NGLA 1L15A 140LA 112LA 1L90A 1C60A 1LYFA 1LMPA 4PJZA 5I14A 4H94A 4H8ZA 1L46A 4OWHA 1LSGA 1UBZA 5APEA 3SB9A 4GLVA 4EKPA 1T8FA 4H9EA 5IELA 1L26A 242LA 1GHLA 1DYFA 4BS7A 1C62A 3C8QA 1JJ0A 4ETBA 123LA 1L41A 1QT7A 1IOTA 1BWIA 3AGHA 1C7PA 4NG1A 3WU9A 4GLAA 5APFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4HTN A;  1LJF A;  115L A;  3CDV A;  155L A;  1QIO A;  1LI3 A;  1EL1 A;  2MEC A;  1LJN A;  1GBW A;  4TSB A;  4B4E A;  147L A;  1L37 A;  1G7H C;  4E3U A;  3RZ4 A;  2B74 A;  4NWH A;  1JKD A;  1UIH A;  1L88 A;  253L A;  3LZM A;  3FE0 A;  4W58 A;  1B0D A;  2BQG A;  2OE4 X;  1QUG A;  1GAZ A;  3HTB A;  1JKB A;  2B6Z A;  108L A;  2NTG A;  1C6L A;  170L A;  3HFM Y;  1LSF A;  4WOA A;  1AZF A;  148L E;  1MLC E;  1QSB A;  1GFR A;  1LYZ A;  1NHB A;  1OUB A;  1QTZ A;  1WTH A;  1CV6 A;  2Q0M X;  3AW6 A;  3SBB C;  4YEN A;  110L A;  2BQI A;  2BQO A;  1DYG A;  1J1O Y;  3P4Z A;  1L21 A;  4EKQ A;  135L A;  2OTZ X;  3HT8 A;  1GFJ A;  4DQJ A;  1OWZ A;  4LDE A;  3WUA A;  5F9X A;  2B6W A;  1JTN A;  230L A;  3A6B Y;  4ANR A;  1GE1 A;  4PRQ A;  1B5X A;  1LJJ A;  4KPM A;  3RZE A;  2O79 A;  2BQB A;  1IX0 A;  4B0D A;  2MEA A;  4I7T A;  2Z19 A;  1IP5 A;  137L A;  2IGC A;  5APC A;  3CDT A;  2XTH A;  1YIL A;  1LGU A;  1HEW A;  1L61 A;  3WPJ A;  3D4S A;  5LZM A;  4DKL A;  3TXE A;  1C08 C;  4PJ2 C;  1NMM A;  168L A;  1L57 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4HTN A;  1LJF A;  115L A;  3CDV A;  155L A;  1QIO A;  1LI3 A;  1EL1 A;  2MEC A;  1LJN A;  1GBW A;  4TSB A;  4B4E A;  147L A;  1L37 A;  1G7H C;  4E3U A;  3RZ4 A;  2B74 A;  4NWH A;  1JKD A;  1UIH A;  1L88 A;  253L A;  3LZM A;  3FE0 A;  4W58 A;  1B0D A;  2BQG A;  2OE4 X;  1QUG A;  1GAZ A;  3HTB A;  1JKB A;  2B6Z A;  108L A;  2NTG A;  1C6L A;  170L A;  3HFM Y;  1LSF A;  4WOA A;  1AZF A;  148L E;  1MLC E;  1QSB A;  1GFR A;  1LYZ A;  1NHB A;  1OUB A;  1QTZ A;  1WTH A;  1CV6 A;  2Q0M X;  3AW6 A;  3SBB C;  4YEN A;  110L A;  2BQI A;  2BQO A;  1DYG A;  1J1O Y;  3P4Z A;  1L21 A;  4EKQ A;  135L A;  2OTZ X;  3HT8 A;  1GFJ A;  4DQJ A;  1OWZ A;  4LDE A;  3WUA A;  5F9X A;  2B6W A;  1JTN A;  230L A;  3A6B Y;  4ANR A;  1GE1 A;  4PRQ A;  1B5X A;  1LJJ A;  4KPM A;  3RZE A;  2O79 A;  2BQB A;  1IX0 A;  4B0D A;  2MEA A;  4I7T A;  2Z19 A;  1IP5 A;  137L A;  2IGC A;  5APC A;  3CDT A;  2XTH A;  1YIL A;  1LGU A;  1HEW A;  1L61 A;  3WPJ A;  3D4S A;  5LZM A;  4DKL A;  3TXE A;  1C08 C;  4PJ2 C;  1NMM A;  168L A;  1L57 A; 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