1C6GA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 4 atm krypton
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6gA00
1C6HA 140LA 1L14A 1P6YA 1L46A 2OTYX 2OEAX 1L21A 4W52A 164LA 1G0GA 3SN6R 120LA 212LA 255LA 1L61A 162LA 1QT5A 1CU2A 262LA 205LA 3DN1A 1C6QA 3CDOA 1L55A 4GRVA 2B70A 3OE8A 147LA 1LI3A 225LA 148LE 1L35A 181LA 1C6EA 160LA 1KW7A 1P3NA 238LA 1B6IA 1L65A 1P46A 1G0LA 1PQIA 4W51A 1OV7A 4ARPA 188LA 1C62A 4ARQA 3HTDA 1L23A 3EMLA 1L28A 122LA 229LA 4LDOA 1G0KA 260LA 1L10A 1L74A 1L16A 1C6MA 3HTBA 1D2YA 214LA 2RBRA 197LA 1QT6A 1C6KA 218LA 3PDSA 1L00A 107LA 2Z6BA 4I7OA 1L68A 1G1VA 1L47A 1L92A 1L54A 3C7WA 1G0JA 206LA 2O4WA 2RBQA 1G0MA 258LA 4I7NA 128LA 1QTVA 1L44A 1CV1A 1L32A 1L89A 3K2RA 145LA 1L20A 1L09A 4OO9A 178LA 242LA 2QB0B 1L69A 126LA 217LA 1L59A 261LA 4W53A 3C82A 3C8QA 1WTHA 215LA 1L57A 3HT8A 1L34A 1C6PA 2OU9A 2ANVA 1C6DA 4ARLA 220LA 1P2RA 3NYAA 2B72A 102LA 3SB5A 1QT3A 3HWLA 1L53A 3HH6A 1L29A 1CV6A 2F32A 1L01A 2IGCA 1L86A 1CV5A 3VW7A 1CU3A 1LYDA 1LYFA 1SX7A 1L96A 1CUPA 2OU8A 4I7MA 1ZYTA 221LA 253LA 1OWZA 2B75A 2HULA 2LC9A 4ARJA 1L49A 3CDQA 2F47A 1L11A 3V2YA 3HTGA 1L84A 252LA 4DJHA 1L88A 2OU0X 4I7KA 1L37A 3DMZA 1L15A 119LA 1T8AA 1NHBA 3C8SA 1KNIA 1L80A 4EKQA 1KY0A 241LA 109LA 2RBNA 2LZMA 1L66A 3HUKA 224LA 3CDVA 1G0QA 1C6JA 4I7JA 1L91A 159LA 1L73A 250LA 3RZEA 111LA 4EKRA 3C81A 1CUQA 1CV3A 2RH1A 2L78A 169LA 233LA 3DMVA 1L25A 1L67A 144LA 158LA 157LA 1L13A 1L27A 1LWKA 2RBSA 4LDLA 3C8RA 183LA 1LI2A 3UONA 1PQOA 2B6TA 4IAPA 3LZMA 4E97A 1T8GA 127LA 1LYIA 1JQUA 176LA 2RBPA 3DN3A 1L18A 1LYGA 3D4SA 163LA 201LA 2B74A 1C61A 3F8VA 2A4TA 1L05A 1DYAA 216LA 1DYBA 1L56A 1L07A 1L98A 4EJ4A 1P37A 3GUIA 3HU8A 1L48A 3SB8A 1L76A 1QTCA 1C6NA 192LA 4YXCA 3HUAA 1QSQA 4W58A 2O79A 1P64A 1P2LA 259LA 2RBOA 1L99A 114LA 1L39A 2HUKA 1G1WA 2F2QA 256LA 1L38A 1L81A 1P56A 1XJUA 141LA 1C6LA 1D2WA 3DMXA 1QUHA 4EKPA 191LA 182LA 131LA 231LA 1PQJA 1QTZA 3HU9A 1L0JA 1C6FA 1P5CA 1D3NA 180LA 1ZWNA 3JR6A 3SB9A 4YXAC 4ARQB 1T6HA 3HH4A 1QTDA 211LA 1C6IA 1L82A 4W59A 244LA 175LA 172LA 4ARMA 2B6WA 2RAYX 196LA 1D9WA 3HT6A 174LA 184LA 3DN8A 3HDFA 168LA 1C66A 1C6CA 1LGUA 112LA 1L33A 1C6TA 1ZURA 1LPYA 1L79A 177LA 1I6SA 246LA 2B7XA 6LZMA 1DYDA 3F9LA 1L90A 1OYUA 1CX7A 1CU6A 1D3FA 1DYEA 1OVHA 1QTBA 3CDRA 3HUQA 2B6ZA 1PQDA 2ANXA 3SBBC 129LA 1L87A 1CU5A 143LA 3DN4A 1KS3A 2RB2X 1SWZA 1L62A 167LA 1C63A 235LA 2HUMA 4DKLA 137LA 130LA 3HT9A 1OVKA 1JTMA 4EXMA 123LA 2OE7X 251LA 3DN0A 1L12A 3HH3A 4I7QA 1L04A 4S0WA 1L0KA 1LGWA 3HDEA 104LA 3GUKA 240LA 1QUGA 110LA 232LA 113LA 1L85A 1C69A 237LA 1QT4A 1L70A 3HTFA 1LLHA 1D3JA 1JTNA 209LA 234LA 3NY9A 3OE0A 103LA 1L51A 1QS5A 1CX6A 223LA 125LA 1K28A 1L31A 222LA 1L41A 2LCBA 1SSWA 1LGXA 4W57A 4W56A 1KW5A 3DN6A 2B73A 1LI6A 3QAKA 2RB1X 1L03A 1L93A 155LA 3ODUA 1L71A 213LA 1LWGA 1QUOA 1TLAA 245LA 190LA 230LA 152LA 186LA 2CUUA 1L06A 4DAJA 2RB0X 161LA 1L22A 3CDTA 1P36A 1L94A 1XEPA 3G3WA 1L63A 243LA 1G07A 3SBAA 226LA 1OVJA 3GUPA 4I7SA 1C65A 227LA 4W54A 4EPIA 1L50A 4I7LA 185LA 1L95A 249LA 1QT7A 3PBLA 1QS9A 2B6XA 151LA 1DYGA 199LA 1CV0A 2NTHA 146LA 1L24A 1C6GA 173LA 4EKSA 1C67A 3C7YA 115LA 1LYHA 1L45A 1LYJA 1KY1A 219LA 4W55A 195LA 170LA 248LA 4LDEA 165LA 1L42A 3C80A 4ZPUA 1L60A 2RAZX 108LA 198LA 1EPYA 239LA 4PJZA 3NY8A 3L2XA 1PQKA 3C7ZA 3FADA 1QUDA 3SB7A 5I14A 4I7TA 166LA 1G0PA 187LA 1DYFA 1L97A 200LA 1OWYA 236LA 2OTZX 118LA 1C60A 1QTHA 3G3VA 1SSYA 1D3MA 1L64A 2NTGA 1CVKA 2O7AA 4AQNA 1L26A 3DNAA 189LA 3GULA 3HH5A 228LA 257LA 156LA 4K5YA 4ARMB 1G06A 3FI5A 1OV5A 3GUJA 3SB6A 1T8FA 1CU0A 171LA 1L30A 1L58A 3L64A 1LW9A 4PK0A 3DN2A 1QSBA 1T97A 3DKEX 3G3XA 3GUMA 1L77A 1PQMA 4GBRB 1L08A 1L36A 4LZMA 1L40A 247LA 2Q9EA 1C6BA 3GUOA 1DYCA 2OE9X 2OE4X 139LA 1L19A 4YX7C 7LZMA 1C64A 149LA 150LA 3HT7A 1L43A 1P7SA 1L72A 142LA 1SWYA 3C83A 3OE6A 1C6AA 1L17A 2B6YA 3OE9A 1CV4A 1L52A 1L75A 1C68A 254LA 1L02A 2QARC 4EPFA 1QT8A 3FA0A 210LA 1CTWA 1L83A 5LZMA 4I7PA 138LA 2Q9DA 1XJTA 3RUNA 1LYEA 4I7RA 1SX2A 3V2WA 3GUNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2LZ2A 1IC4Y 1P6YA 4WL7A 2XTHA 4GCBA 1YROA 164LA 1G0GA 1QUSA 2BQBA 1KXXA 1QT5A 1CU2A 1RCMA 1XGUC 4J1AA 3AGHA 3BKVA 1L55A 2DBTA 1IOTA 2D4IA 5KKIA 3OE8A 1C46A 147LA 1L35A 1KW7A 1P3NA 1GF4A 2YBNA 1LZTA 2D4KA 1B6IA 1YKXX 4H93A 1G0LA 2BLXA 4R0FA 188LA 1C62A 3HTDA 2G4QA 1GE3A 1L28A 122LA 1RE2A 2YBHA 5E4PA 4ANRA 1IWZA 4OWAA 4GCFA 2Z2FA 1L10A 1LZ1A 4PPOA 1L16A 1HSXA 1C6MA 4DQ7A 1D2YA 3QE8A 5LA8A 1QT6A 1C6KA 4WO9A 5B59A 1JJ1A 1LZCA 4DDAA 1GFHA 4I7OA 4NGVA 1L54A 1GF6A 1G0JA 206LA 4I7NA 1IEEA 1GFEA 1VDSA 1IR9A 4FDYA 3A8ZA 5C6JA 1GF3A 1F6RA 4NGZA 1IP2A 1LSBA 1L57A 3HT8A 4H9EA 6LYTA 1C6PA 5IDDA 3WL2A 1IWXA 1C6DA 4ARLA 1LJEA 1YKYX 2Z19A 3T6UA 4OWCA 1LZBA 2B72A 4Z46A 2F30A 3HWLA 5B1FA 5KXKA 4YM8A 4G4BA 3AW6A 1IP3A 2H9JA 1LYFA 1UUZC 3LZTA 4J0LA 2BQMA 1YIKA 1OWZA 2HULA 1I1ZA 1L49A 4YOPA 4UWVA 1GAYA 1DPWA 2OU0X 1L37A 1GFUA 3AYQA 1HF4A 4PRUA 3C8SA 2BQDA 2HECA 2DQHY 1GB5A 5HMJA 3HUKA 1G0QA 2LZTA 3W6EA 1I56A 3AJNA 5A3EA 4DYGA 1CV3A 169LA 3HFMY 1O23A 1L25A 158LA 157LA 1L13A 1LI2A 3UONA 4GLVA 5DN4A 3LZMA 4E97A 1HEMA 1LYIA 4G4CA 1J1XY 176LA 1L18A 4MR1A 3D4SA 3ATOA 1IORA 201LA 1WTMA 3F8VA 5II3A 2A7FA 5I4YA 1P37A 1GFGA 1L48A 1C6NA 1UIBA 2RBOA 3RT5X 1L99A 114LA 1L39A 3A67Y 3WULA 3D3DA 4GLAA 1LHJA 4M6DA 3TXGA 1YANA 3A3RX 131LA 231LA 1NMMA 1PQJA 4OWHA 1JTPL 5FCPA 1L0JA 1C6FA 2CGIA 1CJ6A 3JR6A 3SB9A 3M3UA 5KXZA 211LA 4DD3A 1C6IA 1LMAA 1L82A 4ARMA 2B6WA 196LA 2FBDA 2VB1A 3DN8A 3HDFA 2B5ZA 1LPYA 1L79A 3TXDA 2B7XA 1L90A 4NGYA 1CX7A 1DYEA 1QTBA 1W08A 1KIRC 2ANXA 5C6LA 1L87A 2RB2X 4DDCA 1L62A 3RZ4A 4WM1A 235LA 2BQGA 1KIQC 4W96A 1TEWA 1GB6A 130LA 1LSFA 1ALCA 1CKFA 2F2NA 2MEAA 3DN0A 5KXXA 4S0WA 2CWIA 4I7QA 1L0KA 1LZGA 3GUKA 240LA 1QUGA 1WQPA 1NBZC 1UIFA 1L70A 3HTFA 1LLHA 3EO5A 1JTOL 1D3JA 3OE0A 1K28A 1IP5A 1SSWA 4HPEA 1JITA 1IVMA 155LA 1LWGA 8LYZA 2MEEA 4KPMA 1QTEA 190LA 245LA 1F6SA 4H9AA 5LVHA 1XEPA 3TXEA 3B0OA 1OVJA 3W3EA 1IOSA 4W54A 4I7LA 3RNXA 1L95A 2BPUA 3PBLA 1QS9A 1LHHA 3TXJA 146LA 1B9OA 1FLWA 1PZYA 4ETAA 1LYHA 3TXKA 3TMWA 1KY1A 2LHMA 4HTQA 1FLUA 170LA 248LA 4DD7A 3C80A 1L60A 1LTMA 198LA 5B1GA 2C8PA 3LYTA 4GCDA 1G0PA 1DYFA 1OWYA 236LA 118LA 2D4JA 1LZSA 4DD9A 1OUIA 4K5YA 156LA 1G06A 3FI5A 4C5FA 1ZMYL 4MCKA 1CU0A 1VDTA 1L30A 2LYMA 1QSBA 1T97A 1UIEA 3DKEX 3G3XA 5I5QA 1PQMA 247LA 5FEKA 3ZVQB 2OE4X 139LA 1LYSA 3AB6A 4IATA 4B4JA 1NHEA 4CFOA 5HNCA 4H9FA 4HP0A 3OE6A 2B6YA 3OE9A 1L52A 1F10A 1QT8A 1JKCA 4I7RA 4OW1A 1C6HA 1L14A 1OQMA 4XJHA 2OTYX 1D0LA 3W6AA 2OEAX 1CKHA 193LA 1IWUA 1L61A 4B4IA 162LA 4Z98A 1FN5A 4CJ2A 2Z18A 3FI7A 4HTKA 1GBXA 1B5VA 1LI3A 5KXLA 3AGIA 4M4OA 1B7OA 160LA 238LA 1FLQA 1P46A 1PQIA 5F9UA 1LZYA 3HBHA 4NHTA 1JKBA 4ARPA 1XSFA 1GBOA 1L23A 3EMLA 1TCYA 1HEOA 1WVVA 1G0KA 2G4PA 1L74A 132LA 2RBRA 1VFBC 2EQLA 1GFRA 4XYYA 1D6QA 3CT5A 3PDSA 5APDA 1LSNA 2FYCA 1LZAA 4IASA 1GXV2 4LFXA 1YILA 5KXMA 1YL0X 1LSGA 128LA 3A96A 1CJ8A 1L44A 1QDRA 1CV1A 1L32A 1L20A 4OO9A 3N9EA 1L69A 126LA 1HELA 4W53A 1UIGA 3C8QA 5APFA 1VDPA 1BWJA 3WXTA 4H94A 1P2RA 1HERA 3NYAA 3AZ5A 3SB5A 1QT3A 1L53A 3HH6A 1L29A 5KJ9A 5K7OA 4CFPA 3VW7A 1LYDA 2XBSA 5KXWA 1CUPA 1ZYTA 4WG7A 1LZDA 2LC9A 1L11A 3QNGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2LZ2 A;  1IC4 Y;  1P6Y A;  4WL7 A;  2XTH A;  4GCB A;  1YRO A;  164L A;  1G0G A;  1QUS A;  2BQB A;  1KXX A;  1QT5 A;  1CU2 A;  1RCM A;  1XGU C;  4J1A A;  3AGH A;  3BKV A;  1L55 A;  2DBT A;  1IOT A;  2D4I A;  5KKI A;  3OE8 A;  1C46 A;  147L A;  1L35 A;  1KW7 A;  1P3N A;  1GF4 A;  2YBN A;  1LZT A;  2D4K A;  1B6I A;  1YKX X;  4H93 A;  1G0L A;  2BLX A;  4R0F A;  188L A;  1C62 A;  3HTD A;  2G4Q A;  1GE3 A;  1L28 A;  122L A;  1RE2 A;  2YBH A;  5E4P A;  4ANR A;  1IWZ A;  4OWA A;  4GCF A;  2Z2F A;  1L10 A;  1LZ1 A;  4PPO A;  1L16 A;  1HSX A;  1C6M A;  4DQ7 A;  1D2Y A;  3QE8 A;  5LA8 A;  1QT6 A;  1C6K A;  4WO9 A;  5B59 A;  1JJ1 A;  1LZC A;  4DDA A;  1GFH A;  4I7O A;  4NGV A;  1L54 A;  1GF6 A;  1G0J A;  206L A;  4I7N A;  1IEE A;  1GFE A;  1VDS A;  1IR9 A;  4FDY A;  3A8Z A;  5C6J A;  1GF3 A;  1F6R A;  4NGZ A;  1IP2 A;  1LSB A;  1L57 A;  3HT8 A;  4H9E A;  6LYT A;  1C6P A;  5IDD A;  3WL2 A;  1IWX A;  1C6D A;  4ARL A;  1LJE A;  1YKY X;  2Z19 A;  3T6U A;  4OWC A;  1LZB A;  2B72 A;  4Z46 A;  2F30 A;  3HWL A; 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