1DKKA

Bobwhite quail lysozyme with nitrate
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNSQATNRNTDGSTDYGVLQINSRWWCNDGKTPGSRNLCNIPCSALLSSDITATVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
publication title Refined structures of bobwhite quail lysozyme uncomplexed and complexed with the HyHEL-5 Fab fragment.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1dkkA00
4N1EI 1FLUA 1YILA 1LZYA 1OP9B 1JJ0A 2YVBA 3W6CA 1HEOA 3P4ZA 2G4QA 4CJ2A 1D0MA 1G7IC 1LYYA 3LN2A 3EMSA 4LYBA 1GE1A 1MELL 2FYCA 4HSFA 1LSYA 1XGRC 2CGIA 2RSCA 1GB8A 1OUHA 4LFPA 4N8ZA 4OOOA 2BQAA 4RLMA 4TTDA 4B4EA 5KXTA 1XGPC 2DQJY 2MEAA 3GXKA 4GLVA 4U3XB 1WQQA 4EOFA 134LA 4PRUA 5KXMA 208LA 1GF9A 1AKIA 1HMLA 1JTPL 2YBIA 4L41A 4DD3A 1LZ6A 1YANA 3FI7A 133LA 2H9JA 1KIPC 1IR7A 5B07A 2Z12A 3IJVA 5B1GA 1G7LC 4PJ2C 4WLXA 4DD7A 5F9XA 4LT0A 5DN5A 2G4PA 1BB4A 5KXZA 4C5FA 1NBZC 1B0DA 3AJNA 4H9BA 3W6FA 5KXRA 2Z39A 1JSFA 5LVIA 3AZ4A 4NGVA 1JPOA 1LZBA 2ZWBA 3ULRA 1GF6A 4HJVA 1GE4A 4WM1A 5C6JA 1E8LA 1LZ5A 4WM3A 1YAMA 4XJDA 5FCPA 5HNLA 1TBYA 1XFPL 1SQ2L 194LA 1WTNA 2BQNA 1LHJA 4DDCA 1VDSA 4AGAA 1C7PA 5A3ZA 1B5VA 2D6BA 2Z2FA 2ZQ3A 1HELA 3F6ZA 4LYMA 1REMA 1DKKA 2HECA 1JTOL 3QY4A 1D9UA 4WLDA 4ET9A 1GBSA 1O23A 1UIGA 1YKYX 3B72A 1GB9A 4WM2A 5HMJA 1LMAA 3CQLA 4W96A 4PGJB 7LYZA 3A6BY 1GHLA 1EQ5A 1I1ZA 1LCNA 2MEEA 1FLWA 1KIRC 1LZNA 1I20A 5KKIA 4IJ4A 1JKAA 4ETCA 4ETEA 1VDPA 1IIZA 1JEFA 1LZDA 1UIFA 1HFYA 2C8OA 3A3QA 3TXKA 2I25L 4MSTA 193LA 1QIOA 1OUIA 3AW7A 1GFRA 135LA 4HV2A 5KXLA 1GFEA 2Z37A 2VB1A 2D4JA 2LHMA 1GBXA 2F4AA 3K3TA 4LGKA 3AZ6A 1LAAA 1LPIA 2A7DA 3WVXA 5KY1A 2XBSA 5LINA 2DQEY 1BB5A 5I4XA 1LSAA 1VATA 4II8A 3AZ5A 1AZFA 1C46A 1GFKA 1H6MA 4NFVA 4PPOA 3A91A 4KL7A 1DI3A 3AZ7A 3G3AB 4XADA 1IOTA 1DI5A 3QE8A 4G49A 4WL7A 3TXEA 1F6RA 2LYMA 4Z41A 1ZV5L 3ATNA 1AM7A 1LJIA 4NWEA 3RW8A 1T3PA 1LZ8A 1W6ZA 1NF5A 1GFUA 1XSFA 4RW2A 4NGYA 4ZEEA 3A96A 1VDQA 4NGKA 4PRQA 5FHWA 4M4OA 1JJ1A 1LZEA 1UACY 3AB6A 1YL0X 1OUEA 1HEQA 3A6CY 1IP3A 2NWDX 1CKGA 1QTKA 4HTKA 1JWRA 4XJGA 2DQHY 2YBLA 1QSWA 1KXWA 4H91A 2BQMA 5I5QA 1REXA 1LJ3A 1WVVA 2BQHA 2IHLA 3CSZA 1AT6A 1IR9A 1YAQA 1OUFA 1QDTA 1UA6Y 3A95A 3WUAA 1GF4A 5D5FA 4DD2A 4NG8A 4LYZA 1IC4Y 1F10A 1QSAA 1NQIA 1B5YA 1B7RA 2D4KA 4W94A 5IELA 5K7OA 4GCFA 5APDA 1LSNA 3LYMA 3N9CA 2LYZA 1I56A 1T6VL 3LHMA 1UIAA 2MEDA 1TCYA 5APEA 4CGEA 4NHIA 5DLAA 3B0OA 1A4VA 1GBYA 4C3WA 1EQ4A 5B1FA 2FYDA 2DQGY 4OWHA 4DWXA 1HNLA 1LZAA 4QGZA 2EQLA 1LSFA 1NKHA 5HMVA 5LA5A 1D0LA 1IP7A 2MEGA 4N9RA 1JKDA 4GCEA 1DI4A 1XEIA 4MCKA 1FDLY 1GB2A 4OW1A 4R0FA 3P66A 3T36A 1GAYA 1GBOA 1GFAA 2DBTA 1LSDA 4NGWA 1BWHA 1LJGA 1ZVHL 3LYTA 3WYHA 4Z46A 3WPKA 1LMQA 4GN5C 3A93A 4XENA 2HEDA 3A3RX 2ZILA 1LYOA 1KXYA 1RJCB 3HBHA 4LT3A 1V7TA 4Z98A 5LXWA 3WXUA 1IOQA 4LYCA 4DD0A 1LSMA 2DQCY 2I6ZA 1IWVA 1CJ6A 1JHLA 1YKXX 4FJRA 4NSJA 3WPJA 1JKCA 1WTMA 1UC0A 1NBYC 5LAGA 1GFGA 3B6LA 4WO6A 5HLLA 1LZ9A 4BAPA 1RFPA 1B7LA 2LZ2A 2Z19A 1OUJA 1YL1X 4TUNA 1C45A 1GAZA 1INUA 1YAOA 1IWXA 2BLYA 2EKSC 4IASA 1BB6A 4XJIA 4WM5A 1NDMC 2HUBA 4XN6A 5KXYA 1BWIA 1GB7A 2Z38A 3TXBA 4NGIA 2BQLA 3WUNA 4N1CC 2XTHA 4B0DA 3B0IA 5M1YA 5LAFA 2DQFC 1ZMYL 4ETDA 4NSHA 1B7OA 1GF7A 3ZVQB 1B5UA 2MEFA 3TXDA 1OUCA 5A3EA 1WQNA 1RCMA 5LYZA 1OUDA 2F30A 1HC0A 3WH1A 5F14A 2HEAA 1HMKA 1HEWA 4HP0A 4PHIA 1FLQA 1GFJA 2C8PA 2CWIA 4H9IA 1CKFA 1LHMA 4HJYA 5AMYA 4D9ZA 1JKBA 5B59A 1LSPA 4WG1A 4XJFA 2DQIY 5F81A 5LVKA 1LJ4A 1GB0A 8LYZA 1OUGA 1QDRA 1OQMA 5KXWA 1DPWA 3HFMY 3ZEKA 1JIYA 3P64A 3B0KA 4QEQA 2YBMA 3M18B 6LYZA 1IP4A 4H1PA 4NGOA 3N9AA 1LJKA 2BQDA 2HU1A 1ZVYB 1LHIA 132LA 2BQJA 5DM9A 2ZYPA 4DDBA 3P68A 5FELA 3RT5X 3EXDA 1YROA 4LYTA 4WLTA 1AT5A 1QUTA 3M3UA 4DD9A 6LYTA 1GPQC 1IOSA 3ATOA 4NSIA 1LJNA 4DYGA 1C43A 2ZIJA 4H90A 5LIOA 1NDGC 2AUBA 2F4GA 3KAMA 4OWCA 1IEEA 1XGQC 4H9HA 4GCDA 1UIBA 4B1AA 2BQGA 4WLYA 1C08C 3CSQA 5ILFA 3W6BA 4ZFPA 1LKRA 2BLXA 4YOPA 4I0CA 5KXNA 1RE2A 3OK0A 4WG7A 1UUZC 1TAYA 3CT5A 1REZA 5KKJA 1B9OA 4G4CA 4NIJA 5I4WA 2W1LA 1D6PA 2YBNA 2HEFA 1DXJA 1LTMA 5E4PA 1GEZA 3HBDA 2HTXA 1HEPA 2HU3A 1XGTC 4ETBA 1GWDA 1GF0A 1WQOA 4O34A 1B7QA 4H8XA 4YM8A 3T6UA 4DT3A 5ILCA 4X3BA 153LA 1GB6A 1LJJA 4G4BA 1GE2A 4J1AA 1DQJC 1LJFA 3EBAB 4H9AA 4NWHA 5B06A 2CJLA 3A67Y 3LYOA 1LMTA 2HEEA 3WMKA 2YSSC 1XEKA 3E3DA 4CFPA 4ET8A 4QY9A 1IY4A 2G4NA 4GLAA 5L3HA 1GF8A 2BAAA 2F2NA 1IWYA 3WULA 3CT1A 1H87A 2XJWA 1PZYA 3LZ2A 1JITA 4OWAA 4YEMA 4Z3MA 5I54A 1BVXA 1IORA 2H9KA 2D91A 4NGZA 2Y8PA 4HTQA 5IHGA 1GFVA 1IVMA 1YIKA 1IC7Y 1B5XA 1JSEA 2DQAA 4NHPA 3IWRA 2IFFY 2ZYCA 1GB3A 4B49A 1LZRA 4N0JA 4BS7A 1EQEA 2BQEA 4YENA 3WU7A 1IP1A 5EBHA 1TEWA 4H9EA 1B5WA 1HSXA 1LZ4A 1UIDA 1YAPA 3WL2A 1LSCA 4HJZA 1NWGA 3LZTA 3TMUA 3LYZA 4RDSA 4NGJA 3CSRA 2W1MA 1WQPA 5KJ9A 3P65A 4XJBA 3HBEX 4G4HA 1QQYA 1JISA 2Q0MX 5FDJA 3WU9A 1IX0A 5B05A 1LZ1A 3W6DA 1WQRA 1LSGA 5APFA 4WMGA 1GF5A 4NSGA 1NMMA 4H8ZA 4WO9A 5F9UA 3TXJA 1IOCA 4ETAA 1LHKA 1G7JC 5LVJA 1LMPA 4NGLA 4QDNA 1IO5A 1KIQC 1SLYA 5C6LA 2Z2EA 2DQDY 2WARA 2ZIKA 4HTNA 2MEHA 4M6DA 3RNXA 1IP6A 1UBZA 4LYOA 3TXHA 1IP5A 5J7CA 1IWWA 4TSCA 1GF3A 5LA8A 1BGIA 4NEBA 3VWOA 1GXXA 1LJHA 2BQOA 1GD6A 1IWTA 1JJ3A 1D6QA 4N5RA 1UIHA 4CFOA 4H93A 3TXGA 3WW6A 9LYZA 3WU8A 4KT3A 1WQMA 1B7NA 5L3IA 2X0AA 2Z18A 4HPIA 3FE0A 5DL9A 2DKVA 1B2KA 1IWZA 4DC4A 1LHLA 1LOZA 1CKCA 4UWVA 5LYMA 3D3DA 1EL1A 3A94A 1LYZA 5C6IA 4ZIXA 5L9JA 2BPUA 1LMNA 4OOTA 4WM4A 4P2EA 2YBHA 1IC5Y 4XJHA 1LZGA 1J1OY 2MECA 4FDYA 1OUBA 1HEMA 2YBJA 4UWNA 2EIZC 4J7VA 3TMWA 5E9RA 1GFTA 1IWUA 2BQIA 3BKHA 1DZBX 4UWUA 3RU5A 2ZQ4A 3CB7A 1Z55A 2W1XA 1BB7A 3SP3A 1DPXA 1VDTA 1LSBA 207LA 4KXIA 1IP2A 2PC2A 1F6SA 4NHSA 3MGWA 4GCCA 1GE3A 1LZSA 1XGUC 1LKSA 4H92A 5IDDA 154LA 3G3BB 3GXRA 1DKJA 5APCA 4HV1A 1LSZA 1B7SA 3TMXA 2A7FA 1QTEA 2I26L 1LSEA 4J0LA 3EO5A 5KXSA 4GN4A 1LJEA 1RI8B 4I8SA 1LHHA 4ML7A 1BWJA 4LT2A 1XEJA 1N4FA 4H8YA 3TMVA 4TX7A 5II3A 1WVUA 5KXOA 4H94A 1G7MC 1LMCA 1BQLY 3W6EA 1ALCA 5HQ1A 1CNSA 3WXTA 1VAUA 5I53A 3W3EA 5I4YA 4MR1A 1UICA 2H5ZA 1J1PY 2MEIA 4BAFA 3WPLA 3AYQA 3J6KA 4H9FA 4LZTA 4WL6A 2BQBA 1NHEA 2BQKA 4BADA 3A34A 1FBIX 1HENA 1UIEA 2XBRA 3AGHA 3N9EA 5JENB 1HFZA 1B7PA 3WUMA 4E3UA 1P2CC 4RLNA 1BB3A 4KPMA 4AXTA 1A2YC 1V7SA 4WM6A 1D0KA 3TXIA 1HHLA 1VFBC 3AW6A 3AGIA 4NG1A 4DD1A 5FSTA 2MEBA 4GCBA 4TWSA 1G7HC 2CDSA 2EPEA 5T3FA 3TXFA 1B7MA 4ANRA 1OUAA 4LFXA 1VEDA 1GEVA 5KXPA 1GB5A 1BVKC 2HEBA 4NHTA 2W1YA 3D9AC 5FEKA 3QNGA 2FBBA 1YQVY 2BQFA 1CJ8A 5KXKA 4WOAA 1JTTL 3IJUA 1FN5A 1REYA 2LZTA 2ZNXY 2ZNWY 5HNCA 5DN4A 2LYOA 3A92A 4LT1A 4H9CA 1LYSA 3BKVA 5LVGA 4OWEA 4NY5A 1HFXA 2YDGA 3WVYA 4J1BA 2D4IA 2GV0A 3WW5A 1YKZX 1IY3A 1PS5A 5D5CA 4B4IA 2BQCA 1LZTA 4TSBA 3OJPA 3ZVQA 3A90A 1FLYA 3W6AA 1CKHA 1CJ7A 1F0WA 4EMNA 4HPEA 1UCOA 1GDXA 1LMOA 1C10A 1CKDA 1BHZA 1GXV2 2B5ZA 5F16A 1GBZA 1GE0A 4RW1A 4CHXA 1JUGA 3CT0A 5KXXA 5LYTA 1HF4A 5LVHA 1LZCA 4DDAA 3A8ZA 1GFHA 1GDWA 2FBDA 2N5ZA 3J4GA 4A7DA 4OWBA 1QUSA 4XYYA 1MLCE 3AGGG 4YF2A 1FKQA 1HSWA 1J1XY 1B5ZA 4GN3A 4YEOA 4R6CA 1IR8A 4G9SA 3RZ4A 1W08A 1CJ9A 1HERA 4IATA 1KXXA 1TDYA 1GBWA 4B4JA 4NHQA 1FKVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FLUA 1OP9B 1JJ0A 2G4QA 4CJ2A 3EMSA 1GE1A 4LDOA 260LA 1GB8A 4LFPA 1C61A 1XGPC 4U3XB 109LA 208LA 3SB7A 133LA 1KIPC 1CX7A 4W53A 3IJVA 1QT4A 4PK0A 1BB4A 5KXZA 5LVIA 3AZ4A 4NGVA 1C69A 1JPOA 1G0QA 1E8LA 1TBYA 190LA 1C7PA 4LYMA 2HECA 1DKKA 1JTOL 1QSBA 213LA 2XQOA 1GB9A 5HMJA 7LYZA 1I1ZA 2MEEA 1FLWA 4DQ7A 5KKIA 4ETCA 1L92A 4ETEA 235LA 3PDSA 193LA 3AW7A 1GFRA 187LA 2RBSA 228LA 1GBXA 2B6WA 3WVXA 5LINA 5I4XA 1LSAA 1AZFA 183LA 4PPOA 1C6HA 2OE9X 4WL7A 1C6KA 3RW8A 1XSFA 3L2XA 4NGYA 1VDQA 5FHWA 1LZEA 3A6CY 262LA 2YBLA 1KXWA 4H91A 2BQMA 4W56A 3CSZA 1OWZA 185LA 206LA 2L78A 3RUNA 1UA6Y 3WUAA 1JQUA 1IC4Y 1L35A 4W94A 182LA 2B73A 1TCYA 4CGEA 4E97A 1GBYA 4OWHA 3DMVA 1DYGA 1L46A 2EQLA 1NKHA 4DJHA 2MEGA 1DI4A 1FDLY 4OW1A 4R0FA 108LA 1BWHA 1L14A 1LJGA 1ZVHL 1C67A 1LMQA 2Q9EA 4GN5C 4XENA 3DKEX 181LA 4LT3A 1SWYA 1V7TA 1CV0A 4I7QA 167LA 5LAGA 3B6LA 5HLLA 4W54A 1C45A 1GAZA 1INUA 1L39A 4IASA 4I7TA 147LA 3EMLA 1L04A 2XTHA 1L72A 4B0DA 1LI6A 1GF7A 3NYAA 5LYZA 1LGWA 3C7ZA 1HC0A 1L22A 5F14A 3PBLA 4IAPA 1HEWA 1PQJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4N1E I;  1FLU A;  1YIL A;  1LZY A;  1OP9 B;  1JJ0 A;  2YVB A;  3W6C A;  1HEO A;  3P4Z A;  2G4Q A;  4CJ2 A;  1D0M A;  1G7I C;  1LYY A;  3LN2 A;  3EMS A;  4LYB A;  1GE1 A;  1MEL L;  2FYC A;  4HSF A;  1LSY A;  1XGR C;  2CGI A;  2RSC A;  1GB8 A;  1OUH A;  4LFP A;  4N8Z A;  4OOO A;  2BQA A;  4RLM A;  4TTD A;  4B4E A;  5KXT A;  1XGP C;  2DQJ Y;  2MEA A;  3GXK A;  4GLV A;  4U3X B;  1WQQ A;  4EOF A;  134L A;  4PRU A;  5KXM A;  208L A;  1GF9 A;  1AKI A;  1HML A;  1JTP L;  2YBI A;  4L41 A;  4DD3 A;  1LZ6 A;  1YAN A;  3FI7 A;  133L A;  2H9J A;  1KIP C;  1IR7 A;  5B07 A;  2Z12 A;  3IJV A;  5B1G A;  1G7L C;  4PJ2 C;  4WLX A;  4DD7 A;  5F9X A;  4LT0 A;  5DN5 A;  2G4P A;  1BB4 A;  5KXZ A;  4C5F A;  1NBZ C;  1B0D A;  3AJN A;  4H9B A;  3W6F A;  5KXR A;  2Z39 A;  1JSF A;  5LVI A;  3AZ4 A;  4NGV A;  1JPO A;  1LZB A;  2ZWB A;  3ULR A;  1GF6 A;  4HJV A;  1GE4 A;  4WM1 A;  5C6J A;  1E8L A;  1LZ5 A;  4WM3 A;  1YAM A;  4XJD A;  5FCP A;  5HNL A;  1TBY A;  1XFP L;  1SQ2 L;  194L A;  1WTN A;  2BQN A;  1LHJ A;  4DDC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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