2BQLA

Contribution of hydrophobic effect to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KAFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNAAHLSCSALLQDNIADAVAAAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title A general rule for the relationship between hydrophobic effect and conformational stability of a protein: stability and structure of a series of hydrophobic mutants of human lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 47
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2bqlA00
3MGWA 4Z46A 4RLMA 1LMPA 1JJ1A 1LZ4A 1WTMA 1QQYA 2DBTA 3W6DA 5HQ1A 1JKDA 4WM2A 1JTOL 1JHLA 1CKHA 6LYZA 1T3PA 1UIHA 3FI7A 1GB2A 1HEWA 133LA 4HP0A 3AZ5A 3LYTA 1WQQA 2LHMA 3AGHA 2DQDY 4H93A 1OUBA 4CFPA 5B59A 1BWJA 3HFMY 1E8LA 1I56A 1JTPL 4IASA 1LJNA 1YILA 2CDSA 1WQPA 3M3UA 1DI3A 5FEKA 1IR8A 3M18B 1DKJA 3QE8A 5HNLA 4GLAA 4II8A 1INUA 1C43A 2G4NA 4YENA 4CFOA 1IWUA 2DQFC 1JSEA 4B0DA 3AGGG 4WOAA 2BQMA 135LA 4R0FA 4HTNA 4TUNA 3A96A 1IOCA 1BWIA 1NDMC 1TDYA 3G3AB 3WH1A 1LPIA 4J7VA 1UIFA 2A7DA 5A3ZA 1GBOA 1W08A 1NBYC 4GN4A 4CJ2A 5M1YA 1DZBX 1YKYX 1UIBA 1HFZA 1GB3A 1GXV2 4NSIA 1JKAA 1BB7A 1IX0A 1TEWA 1CKGA 2A7FA 2ZIJA 1GWDA 4H92A 5D5FA 2DQHY 5E4PA 1JEFA 3A94A 4N8ZA 1B5VA 1BVKC 4LYCA 2Z2EA 1WVVA 4J1AA 1BVXA 1GHLA 1UBZA 1IC5Y 1KIPC 1HFXA 2Z2FA 5LYTA 3AYQA 1B0DA 5K7OA 4LZTA 2CGIA 5LINA 1HEOA 4WLYA 1LZAA 1RCMA 1T6VL 1WVUA 4WG7A 3WVXA 2YBMA 3CT5A 4MCKA 1F10A 4OWHA 5KXMA 5LVGA 5LA8A 4ETCA 5J7CA 3BKHA 1JTTL 1JITA 1MELL 1HERA 3ZVQA 4BADA 2YBHA 3TXBA 1AT5A 1HEMA 1D0MA 1GDXA 1LSGA 1DXJA 1YL1X 4GCEA 4PHIA 4XJBA 1I20A 5KKJA 4NWEA 1HFYA 4RLNA 4W94A 1B5XA 1GE0A 5DL9A 1BB4A 5LYMA 1J1OY 1LCNA 1YL0X 4TX7A 2DQAA 4H90A 4NSHA 4RDSA 1LZ8A 4DWXA 2H9JA 1VAUA 2DQEY 3LYOA 5JENB 2ZIKA 3B72A 1RI8B 2RSCA 3IJVA 4I0CA 1AKIA 1GF3A 4YOPA 4YEMA 1VDTA 4NSJA 1IC7Y 1GFJA 4NHSA 5F16A 1IP3A 4J0LA 4XN6A 5I4XA 4QGZA 3CT1A 4IATA 3CSRA 1C08C 3WU9A 5A3EA 1GF4A 9LYZA 1LHHA 2BQIA 3P66A 4BAFA 1LKSA 3P68A 5KJ9A 2Q0MX 5LXWA 1YQVY 1G7HC 2DQCY 3A67Y 5LVIA 4DC4A 1UCOA 1HMLA 1LJHA 1GEVA 2VB1A 4UWVA 3AZ4A 3AZ7A 3GXRA 3A8ZA 2BQBA 4ETAA 3K3TA 1YAPA 1REMA 2HEAA 1OUEA 3VWOA 4LFPA 3WVYA 1FKVA 2F4GA 1WQOA 2MEBA 3EO5A 5KXNA 1HELA 2W1YA 1O23A 2BQAA 1G7IC 3CSQA 3W6AA 3W3EA 3W6FA 3W6CA 1IP5A 4LYOA 1GFUA 2ZWBA 3AW7A 4HTKA 4XADA 1XGTC 2MEDA 2BQNA 1BB6A 1LYZA 4PJ2C 3CT0A 5FSTA 3TXIA 3AJNA 4AXTA 1LJ4A 2HEDA 4YEOA 1GB7A 4LT2A 4R6CA 2YBIA 1EL1A 4NGVA 1RE2A 1QDRA 2DQIY 2HU3A 3P4ZA 2N5ZA 1IORA 1LSCA 4WLXA 1KIQC 1IR9A 1BQLY 1NKHA 1VDQA 2FBDA 4NGZA 4B4JA 1FDLY 4WO9A 1GBSA 3LYMA 3G3BB 5KXTA 1QSAA 1P2CC 1D0KA 4H1PA 1D6PA 2BQCA 5E9RA 1WQNA 1V7TA 1J1PY 1CKCA 4PPOA 1UUZC 2HEFA 3B0OA 4N5RA 4H8ZA 5I53A 1B7OA 1WQMA 4IJ4A 2MEEA 5IELA 5I4WA 4UWUA 1IY4A 1GE4A 207LA 2HEEA 4OWCA 4DD7A 1LYOA 4ET9A 4GCFA 4WLTA 3ATNA 5I5QA 1JKCA 5F81A 4PGJB 1QDTA 2X0AA 4H9BA 4CHXA 1GE2A 1GXXA 3LHMA 1HNLA 1VEDA 3TXGA 3CQLA 3A3RX 4E3UA 2GV0A 3TMWA 1IIZA 1GB6A 1LTMA 3D9AC 2DQGY 1IWTA 1EQ4A 1B7RA 1IEEA 1LYSA 4ANRA 4TSCA 5LAGA 1IOQA 3T36A 5APFA 5L9JA 4OW1A 3WXUA 1OUJA 5LAFA 4RW1A 3A91A 1UIEA 1LSFA 3TMXA 1W6ZA 1N4FA 1C7PA 1B5YA 1XSFA 3A6CY 3N9AA 1TAYA 4G49A 3ATOA 2LYZA 4DDCA 2HEBA 4DDBA 4FJRA 1XGQC 1VATA 5F9XA 4LT0A 1QUTA 1UACY 2HUBA 5ILCA 1GPQC 4P2EA 1GFGA 5LIOA 4NWHA 1LMCA 1ZVYB 2ZQ3A 2MEIA 2XTHA 4ETBA 1LJJA 2BPUA 1AT6A 1GF8A 1IP6A 4NG8A 4NFVA 3AW6A 4G4BA 4KT3A 1B7NA 4NGKA 7LYZA 1H6MA 2BQJA 4NG1A 1J1XY 1CKFA 1LZ1A 2YBJA 1JJ3A 4N9RA 5KXKA 4H8YA 1IR7A 3AB6A 1LMTA 4UWNA 2HTXA 1IWZA 1QUSA 4G4CA 5B1GA 3TXEA 2BQEA 4LYZA 1CKDA 1JISA 1XGPC 1LMAA 4X3BA 1HSXA 4M6DA 1VDSA 1VFBC 4TTDA 3WULA 1LSYA 2LZ2A 4N1CC 1LZSA 1UA6Y 5I54A 1LSAA 4ET8A 1UIDA 5B07A 2D4IA 1FLQA 2F30A 4NHIA 2EPEA 4Z98A 2Z39A 1UC0A 1IWXA 1HF4A 2YBLA 1VDPA 3WL2A 3B6LA 1IO5A 1HMKA 1SQ2L 5EBHA 4WL7A 1JSFA 1IP7A 3W6EA 3J4GA 1AZFA 4N0JA 4HSFA 1FKQA 3RW8A 1B9OA 2BQGA 1OUHA 3WUAA 6LYTA 4H9IA 193LA 4GN3A 4XENA 1OUAA 4XJFA 5HLLA 2H9KA 4EOFA 1LZNA 1TCYA 3EMSA 4L41A 1GAYA 3TMVA 1B5ZA 2G4QA 2XJWA 5KXOA 2BQOA 2ZNWY 3GXKA 1YAOA 132LA 4H9FA 2Z19A 2XBSA 5AMYA 4DD1A 3RNXA 2HECA 3AZ6A 1OUCA 2PC2A 3QY4A 1KXXA 1Z55A 3WU7A 4M4OA 3TXKA 2I25L 4HV2A 3A34A 4BAPA 4J1BA 2BQDA 4H8XA 1SLYA 2BQLA 2D4KA 1LZ5A 3E3DA 1OUIA 1TBYA 3WPLA 1CJ9A 1LOZA 1BB5A 2BLXA 2C8OA 3OJPA 1YROA 1ZV5L 4HJZA 4H9AA 5KKIA 1KIRC 3W6BA 3AGIA 3FE0A 5KXWA 4GCDA 5B1FA 3IWRA 5LYZA 5KXLA 4QDNA 4OOOA 3ULRA 1GF5A 2DKVA 1NDGC 5HMVA 4FDYA 1IP4A 1EQ5A 5C6JA 1LSEA 2F4AA 4LT1A 5KXXA 2YVBA 2G4PA 3T6UA 1NHEA 1LJIA 4KXIA 1HENA 4B1AA 4C5FA 1HEPA 2D4JA 4QY9A 4W96A 5L3HA 3QNGA 4GN5C 4NSGA 1G7JC 3N9CA 4TSBA 4KL7A 4KPMA 1B7PA 5FHWA 4NGJA 1LKRA 2DQJY 2XBRA 4DD3A 3EXDA 1GFTA 1JPOA 3TMUA 1FLUA 1IC4Y 2ZYPA 1DPWA 1B7SA 2ZQ4A 1CJ8A 1RJCB 1JIYA 1HC0A 1GF9A 1GBYA 1HHLA 1LSNA 1UIGA 4B49A 4PRQA 1IOTA 1ZVHL 2LZTA 4ETDA 1HSWA 4Z3MA 1LZ6A 1OUDA 3SP3A 1YIKA 3A90A 1LZDA 3A92A 1IOSA 4WMGA 5T3FA 1LZBA 2LYMA 5LVHA 1GE1A 1GFVA 4XJIA 2CWIA 5KXSA 3ZVQB 2YBNA 4DD9A 5HNCA 4TWSA 4C3WA 2BLYA 1YKZX 5FDJA 5C6IA 2ZNXY 4QEQA 3A6BY 5C6LA 2D6BA 4XJDA 1LMQA 1GB5A 4WM6A 2IHLA 1WQRA 2MEAA 3TXJA 2Z38A 4DYGA 1OQMA 4NGYA 2HU1A 4RW2A 5IDDA 4HPEA 3CSZA 4MR1A 4WM4A 1B5UA 1IY3A 1JWRA 1BGIA 1LJ3A 1UIAA 3A93A 4LFXA 1GEZA 1LMNA 3WMKA 5F14A 1LZRA 5LVJA 1HEQA 1LHLA 2Z37A 3WW6A 2CJLA 3P64A 5KXPA 1BB3A 208LA 4HJYA 3KAMA 1LAAA 1DI5A 3WW5A 1GFHA 1LZYA 1PS5A 4ML7A 4GCBA 5APCA 1JJ0A 2EKSC 1JUGA 2I6ZA 1XEJA 4GCCA 1YAQA 2H5ZA 1LHIA 1NQIA 3TXFA 3ZEKA 1LSBA 1XEIA 2D91A 1H87A 4LYTA 4B4EA 4YF2A 4LT3A 5II3A 2I26L 2BQFA 154LA 1LZ9A 4PRUA 5DN5A 3A95A 1QSWA 4LYBA 1LZCA 1D0LA 1OP9B 4NEBA 4D9ZA 2ZILA 4HJVA 1I1ZA 5HMJA 3WPJA 1GBXA 1DI4A 4WL6A 4ZEEA 8LYZA 1XFPL 2FYCA 3HBHA 1GFKA 1C10A 1ZMYL 2EQLA 4XJHA 1IP1A 1F6RA 1LSPA 1GBWA 2BQKA 4B4IA 4WG1A 1CJ6A 1OUFA 5FELA 2Z12A 1LZGA 4H9CA 4DD2A 5I4YA 1DQJC 4N1EI 4NGOA 5LVKA 3WU8A 1YAMA 1NF5A 1IWWA 1LJEA 4NHQA 4BS7A 5B05A 1DPXA 3P65A 1B5WA 153LA 2ZYCA 4NGWA 4NHTA 2LYOA 1GB9A 1REYA 1EQEA 2IFFY 4HTQA 3IJUA 3WUMA 3CB7A 4I8SA 5F9UA 3LN2A 1A2YC 2W1XA 1YANA 5DN4A 5KXYA 2YSSC 4OOTA 1JKBA 5KXZA 3HBDA 1KXYA 3EBAB 1LJKA 2MECA 3HBEX 3TXHA 1AM7A 4DD0A 1G7MC 5LA5A 1GB0A 3TXDA 2AUBA 1LJFA 1DKKA 1NWGA 1D6QA 1WTNA 3N9EA 4OWAA 4WM3A 1LSDA 1QIOA 3B0KA 1MLCE 2B5ZA 3D3DA 4OWBA 1XGUC 4HPIA 1V7SA 1XEKA 1BHZA 1OUGA 3LZTA 1GFRA 1LSMA 1ALCA 1LHJA 5DLAA 1QTKA 1REXA 1NMMA 4NGLA 1B2KA 4XYYA 4NIJA 1G7LC 4ZFPA 3LZ2A 1GBZA 4H9EA 2F2NA 5APEA 4ZIXA 1A4VA 1B7QA 3WPKA 3RZ4A 5D5CA 1GAZA 4NGIA 4DDAA 2MEGA 4Z41A 2W1MA 1QTEA 1RFPA 4WM5A 1LSZA 2MEFA 1FLYA 1XGRC 4OWEA 5APDA 1B7LA 1B7MA 1UICA 5B06A 1NBZC 1IWVA 5KY1A 3RT5X 4LGKA 2Z18A 1LYYA 1GF6A 4H91A 1REZA 1GB8A 1GD6A 1LMOA 1LHKA 4WO6A 1D9UA 2FYDA 2W1LA 1IVMA 1F6SA 1GFAA 1C45A 2BAAA 4O34A 4CGEA 1LZEA 4XJGA 5IHGA 2FBBA 4NHPA 1FLWA 2NWDX 2C8PA 1LZTA 5KXRA 1GE3A 3OK0A 4H9HA 4GLVA 3RU5A 4YM8A 3BKVA 1LHMA 2BQHA 3A3QA 5L3IA 1CNSA 4NY5A 3WXTA 194LA 1GDWA 1KXWA 4AGAA 1FN5A 1PZYA 1BWHA 3B0IA 1LJGA 3LYZA 1YKXX 1IWYA 1C46A 2EIZC 1IP2A 4EMNA 2YDGA 4MSTA 134LA 4H94A 4WM1A 4A7DA 3WUNA 4HV1A 1FBIX 4U3XB 5FCPA 4G9SA 4WLDA 5DM9A 4DT3A 4G4HA 1GF0A 1GF7A 1GFEA 1CJ7A 3WYHA 3F6ZA 4ETEA 3J6KA 4LYMA 5ILFA 2MEHA 2WARA 1F0WA 2Y8PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W52A 1LZ4A 1QQYA 3W6DA 2Q9DA 1GB2A 1HEWA 133LA 3AZ5A 1WQQA 2DQDY 3HFMY 1E8LA 4DQ7A 5FEKA 3QE8A 5HNLA 1INUA 215LA 4B0DA 1L15A 2BQMA 4R0FA 4HTNA 3WH1A 1LPIA 217LA 2A7DA 5A3ZA 1W08A 5M1YA 1P2LA 1DZBX 1HFZA 3GULA 4NSIA 4H92A 5D5FA 191LA 2DQHY 1JEFA 1LWKA 3A94A 1L95A 4J1AA 1L50A 1SSWA 2CGIA 1RCMA 2YBMA 3CT5A 5KXMA 131LA 5J7CA 1AT5A 1HEMA 5KKJA 4GCEA 4W94A 1C6AA 144LA 1L56A 1BB4A 5LYMA 1T8FA 4RDSA 1LZ8A 4DWXA 2H9JA 196LA 2DQEY 110LA 4I0CA 1T8AA 4DKLA 1GF3A 4YOPA 2O7AA 2RAZX 4YEMA 5F16A 4NHSA 1IP3A 4J0LA 1OV7A 1L88A 9LYZA 2BQIA 5KJ9A 2Q0MX 1KW5A 1L04A 2DQCY 5LVIA 4DC4A 1UCOA 2VB1A 1GEVA 1C6LA 2BQBA 1QT4A 1REMA 3VWOA 4LFPA 3CSQA 2W1YA 141LA 1L27A 1GFUA 2MEDA 249LA 1L69A 3DN4A 4ARMA 4PJ2C 253LA 164LA 3DN1A 2YBIA 239LA 2HU3A 2N5ZA 1QUGA 1LSCA 1KIQC 139LA 1NKHA 4PJZA 3FI5A 1L36A 5KXTA 1P2CC 2RBRA 1D6PA 5E9RA 1J1PY 1C6EA 2HEFA 1C6DA 1L40A 4H8ZA 1WQMA 5I4WA 4PK0A 104LA 4I7JA 1IY4A 1C64A 1GE4A 4ET9A 5I5QA 3LHMA 3D9AC 1L13A 1B7RA 1LYSA 5LAGA 3HTBA 3G3VA 1G1VA 1B5YA 3HUAA 1L91A 127LA 1C6TA 1UACY 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3MGW A;  4Z46 A;  4RLM A;  1LMP A;  1JJ1 A;  1LZ4 A;  1WTM A;  1QQY A;  2DBT A;  3W6D A;  5HQ1 A;  1JKD A;  4WM2 A;  1JTO L;  1JHL A;  1CKH A;  6LYZ A;  1T3P A;  1UIH A;  3FI7 A;  1GB2 A;  1HEW A;  133L A;  4HP0 A;  3AZ5 A;  3LYT A;  1WQQ A;  2LHM A;  3AGH A;  2DQD Y;  4H93 A;  1OUB A;  4CFP A;  5B59 A;  1BWJ A;  3HFM Y;  1E8L A;  1I56 A;  1JTP L;  4IAS A;  1LJN A;  1YIL A;  2CDS A;  1WQP A;  3M3U A;  1DI3 A;  5FEK A;  1IR8 A;  3M18 B;  1DKJ A;  3QE8 A;  5HNL A;  4GLA A;  4II8 A;  1INU A;  1C43 A;  2G4N A;  4YEN A;  4CFO A;  1IWU A;  2DQF C;  1JSE A;  4B0D A;  3AGG G;  4WOA A;  2BQM A;  135L A;  4R0F A;  4HTN A;  4TUN A;  3A96 A;  1IOC A;  1BWI A;  1NDM C;  1TDY A;  3G3A B;  3WH1 A;  1LPI A;  4J7V A;  1UIF A;  2A7D A;  5A3Z A;  1GBO A;  1W08 A;  1NBY C;  4GN4 A;  4CJ2 A;  5M1Y A;  1DZB X;  1YKY X;  1UIB A;  1HFZ A;  1GB3 A;  1GXV 2;  4NSI A;  1JKA A;  1BB7 A;  1IX0 A;  1TEW A;  1CKG A;  2A7F A;  2ZIJ A;  1GWD A;  4H92 A;  5D5F A;  2DQH Y;  5E4P A;  1JEF A;  3A94 A;  4N8Z A;  1B5V A;  1BVK C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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