1OUIA

Contribution of hydrophobic residues to the stability of human lysozyme: x-ray structure of the v93a mutant
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAAACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contribution of the hydrophobic effect to the stability of human lysozyme: calorimetric studies and X-ray structural analyses of the nine valine to alanine mutants.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ouiA00
1FLYA 3J6KA 1W6ZA 1IWVA 3WULA 1LMAA 1CKDA 1GFAA 1RFPA 3AW6A 5LA5A 1D6QA 2DQIY 3HFMY 1G7HC 3A93A 1REXA 2Y8PA 1TAYA 4NSIA 3TMUA 3B72A 1REYA 2BQBA 5ILFA 3P66A 2IHLA 5F81A 3W6FA 1GD6A 1EL1A 4N5RA 4B49A 1JSFA 2CGIA 1GFUA 4GN4A 4EMNA 4OWAA 3A34A 4ZIXA 3LYOA 2XJWA 4TSCA 4OW1A 1JJ1A 4B0DA 4DD9A 1B5UA 5LXWA 1YAMA 4LYTA 1CKGA 4NGIA 4DD1A 4OWHA 1GF5A 2EKSC 2LZTA 2N5ZA 3WUNA 3AZ4A 1LYOA 2ZNXY 3LN2A 3P64A 5M1YA 2F2NA 2YSSC 1LSNA 1NHEA 5LAGA 1CJ9A 1DI4A 1J1OY 1GPQC 1LZEA 5L3HA 1LMTA 3TXEA 1LCNA 2CDSA 1DI5A 4WM6A 1GF9A 4D9ZA 3WU9A 5I4YA 3CSZA 5HMVA 3WYHA 1OUGA 2Z18A 5F14A 1VATA 3WMKA 1DI3A 1BB4A 3E3DA 1FLUA 3AZ5A 3M3UA 2BPUA 4GCCA 1LZ5A 1FDLY 5D5FA 4DD0A 4M6DA 1WVUA 3LYTA 193LA 1HHLA 2YBMA 4H9AA 3RNXA 3ATOA 1HMKA 4PGJB 3WXTA 3A92A 1BVKC 1C46A 6LYTA 4UWVA 1GF3A 2D4KA 1YQVY 1YL0X 2BQHA 4WMGA 1VDPA 3CB7A 5EBHA 1IP7A 1UIFA 3AGHA 4KXIA 4ETBA 4II8A 1TEWA 5LAFA 3WPKA 5LYMA 4YF2A 5DL9A 1QDRA 4PRUA 1AKIA 1D9UA 4ETAA 1GBWA 1UIDA 4ML7A 4WO6A 2MEDA 4QDNA 1QIOA 1OUIA 4H1PA 1HC0A 1DKKA 2XBRA 4IJ4A 4NIJA 1WTNA 1GE3A 3WPLA 1KIQC 1OUFA 1JTTL 1BQLY 1QUSA 3A3RX 1GF0A 2G4NA 1QTKA 4N9RA 5F9UA 4ETDA 1LSFA 1IWZA 4XJGA 4R6CA 1IOQA 3HBHA 1PS5A 1G7LC 2FBDA 4XN6A 2XTHA 3T6UA 2DQDY 1GFTA 1ZV5L 1REZA 1IOCA 4PJ2C 3AZ7A 1C7PA 1UIGA 5I5QA 4H9CA 1G7MC 5II3A 5KXWA 1BWJA 1D0MA 4PRQA 2I6ZA 5F9XA 1WQPA 5KXYA 1RCMA 3WU7A 4B4IA 4HJZA 1NBYC 5B1FA 4Z3MA 3AJNA 5J7CA 4HV2A 5APEA 3OJPA 133LA 4GCFA 1OUDA 4XYYA 1IWTA 2HEDA 1GBXA 1KIPC 2LZ2A 4TWSA 2EIZC 1IC7Y 2ZNWY 4W94A 1JTOL 3T36A 1IX0A 1T3PA 1GFGA 4GCDA 1GWDA 1D6PA 3QNGA 1LZ1A 4NGYA 1LHKA 3D3DA 5KXLA 1HSWA 2W1XA 4H8XA 1GDWA 2BQGA 5IELA 3LYZA 4G49A 1IP1A 4HV1A 2A7DA 4A7DA 1IWWA 1YANA 3AGGG 1IWXA 4NGZA 2BQDA 5I54A 2H9KA 3BKVA 1LHIA 4J0LA 5E9RA 4BS7A 5LVGA 3B0KA 4J1AA 2AUBA 1HEPA 4WM2A 1GB7A 5KXSA 4DDBA 1CJ7A 1UIHA 3HBDA 3RU5A 4MCKA 1HEMA 2Z2FA 2Z39A 1RJCB 2ZQ3A 5LYTA 1XGRC 1LPIA 4XJBA 4EOFA 1RI8B 1VFBC 1XEJA 1JITA 2I25L 1KXWA 3WUMA 1WQOA 1GF7A 4HSFA 5DM9A 1LZRA 5KXRA 154LA 4ZFPA 1JISA 1LJEA 1B7LA 2BQIA 4KT3A 4AXTA 1DXJA 2YDGA 4GLVA 1A4VA 2DQEY 2Z12A 4NWHA 5HLLA 1BGIA 1GE0A 2Q0MX 1LSDA 135LA 1JKCA 4XJDA 5LVJA 208LA 1J1PY 1B7SA 3TMVA 1I20A 4MSTA 1W08A 1B0DA 3LZ2A 1LMOA 1ZVYB 2LYOA 1LSBA 4HTNA 3TXJA 1VAUA 1UCOA 1GF4A 3P65A 2HUBA 1YKXX 4LGKA 4B4EA 4BAFA 5L3IA 1CKHA 1LZ8A 2DQGY 1B2KA 3ZVQB 5T3FA 2DQJY 2ZIKA 1GFHA 1F10A 1B5WA 1GEZA 4HTQA 1UIEA 1DPWA 5KY1A 4DDAA 1ALCA 5HMJA 4L41A 4ETEA 1LHJA 4B4JA 4NEBA 8LYZA 132LA 5F16A 2F30A 1GAYA 3WUAA 1GXV2 1E8LA 2BQAA 1GBYA 1OUHA 4DC4A 1LTMA 1B7PA 1B7MA 1C10A 1GB5A 1VDSA 3B0OA 5B1GA 1LZNA 2D6BA 2HU1A 5LVHA 1IC5Y 4Z41A 1BVXA 2YBJA 2BQKA 4I8SA 4NHSA 1OQMA 1MLCE 3SP3A 1LHMA 4YEOA 3TMXA 1XGUC 2BQJA 3J4GA 4OWBA 3ZVQA 1BB7A 2DQFC 2ZYPA 1GE2A 3TXBA 4B1AA 4G4HA 4DD3A 4NG8A 1JTPL 1JKBA 4KPMA 1JUGA 1LJ4A 1ZVHL 2MEGA 2NWDX 4FJRA 5HNLA 5I4XA 1BHZA 1H6MA 3RW8A 5KKJA 1A2YC 4I0CA 3A95A 3W3EA 3W6BA 1QUTA 4OWEA 1B5YA 9LYZA 1XFPL 5FDJA 3N9CA 5KXOA 3CT1A 4NGOA 5B59A 1G7IC 3CSQA 3WVYA 1LMNA 1FLWA 1LOZA 3A6CY 4WG7A 5K7OA 4DWXA 3WXUA 4DD7A 1JKAA 2HEAA 4LT2A 4WLXA 4XJHA 4GN3A 2XBSA 1LSZA 1DZBX 2W1YA 2C8OA 4YENA 5KXZA 1BWIA 5IDDA 5LINA 1SQ2L 4G9SA 2FBBA 1BWHA 2YBLA 4R0FA 2BQCA 2MEBA 4N1CC 1LMPA 4NGLA 3D9AC 1B5VA 1CKFA 1YAOA 1HNLA 1GF8A 1UBZA 4H92A 4HP0A 5KKIA 1WQQA 3GXRA 5D5CA 1GHLA 1IIZA 1VDQA 4NGJA 1TBYA 4FDYA 1LMQA 1LYYA 4PHIA 2ZWBA 5KXKA 1AT6A 4C5FA 4BAPA 1FKQA 4LYZA 2D4JA 5IHGA 1DQJC 1GBSA 2G4QA 1GB9A 4NGWA 4GCBA 4BADA 2D91A 1JEFA 1JIYA 2F4AA 4U3XB 1NF5A 1UC0A 5APFA 1YROA 4OWCA 1BB6A 1LZDA 4H9BA 1B7QA 4LZTA 1GFVA 2MEIA 4LYMA 1SLYA 207LA 3ZEKA 1LZAA 4GN5C 1AM7A 1JHLA 4J7VA 4ZEEA 1IOTA 1KIRC 1LZGA 1LJFA 1IP6A 2HEBA 5DN5A 6LYZA 1GAZA 4H8YA 1XGTC 5DN4A 3B6LA 1QTEA 4Z46A 1GFEA 4H9IA 3W6DA 1JPOA 5HQ1A 4XJFA 1F6SA 4Z98A 5KXXA 1FN5A 1C45A 1NBZC 3GXKA 1XEIA 3F6ZA 4NSHA 1NQIA 3TXHA 2HECA 2ZILA 1OP9B 4NHTA 3TXGA 1INUA 5FELA 4CJ2A 3LZTA 1LZBA 1BB3A 3EMSA 1XEKA 3EXDA 5FSTA 3WVXA 194LA 2B5ZA 2BAAA 1LYZA 4CFOA 4DDCA 4IASA 4LFXA 3G3BB 1HFYA 4O34A 1LHHA 3A3QA 3TXIA 2F4GA 4UWNA 5FHWA 1NWGA 2VB1A 1HEOA 1YKYX 5APDA 3WW5A 1OUEA 1GB0A 3AYQA 4LYOA 1LHLA 1IEEA 4KL7A 5LVKA 1IORA 1IP2A 1YL1X 1IY4A 1LMCA 2FYCA 4WOAA 1LZ9A 1LZTA 4WM5A 4RLMA 3A67Y 1XGQC 3CT5A 3WL2A 2DQHY 1IY3A 5A3ZA 4RW2A 1OUCA 3HBEX 3OK0A 3KAMA 4YM8A 4NGKA 3W6AA 1LZYA 3LHMA 4WM3A 4GCEA 1HERA 1HF4A 4H9EA 1QSAA 3EO5A 2MEHA 4OOTA 4QGZA 3AB6A 3TXKA 4YEMA 3RZ4A 7LYZA 1IP3A 1B7OA 2X0AA 2YBIA 1YKZX 1UICA 1GF6A 1UIBA 4TUNA 153LA 1B7NA 4E3UA 3FE0A 4LYBA 1HEQA 3K3TA 2RSCA 1DPXA 1NDGC 3A91A 1OUBA 1GB2A 4N0JA 4WM1A 1ZMYL 1MELL 1IO5A 2HU3A 3ATNA 4ET9A 3CSRA 3M18B 4TX7A 1LSYA 3EBAB 1KXYA 5JENB 1OUJA 1CJ6A 1TDYA 3CT0A 4NWEA 4UWUA 1F6RA 4NHIA 3VWOA 4TTDA 5C6IA 5ILCA 1UACY 4TSBA 4QEQA 1V7SA 4NSGA 1LJIA 2DQCY 1YILA 2I26L 1Z55A 1I56A 4GLAA 2ZIJA 4ANRA 1XGPC 4IATA 4WLYA 1LKSA 1GBZA 2D4IA 4H9HA 4HTKA 1LJKA 1C43A 2LYMA 4WLTA 5B05A 3LYMA 5B06A 1LZSA 2DQAA 5FEKA 3B0IA 1YIKA 4WLDA 3TMWA 3IJUA 5KXNA 1QDTA 1LJ3A 2EPEA 3A90A 3IWRA 2MEFA 4WL6A 2MEEA 1T6VL 1FLQA 2G4PA 1C08C 2H5ZA 2W1MA 5LYZA 134LA 1GFJA 1JWRA 3QE8A 1JJ3A 4NHQA 5DLAA 2Z19A 4X3BA 1JJ0A 5AMYA 3N9EA 1LZ6A 1UUZC 4NFVA 5LIOA 1B5ZA 3WPJA 1VDTA 1B5XA 1QQYA 2EQLA 4H8ZA 4NY5A 1JKDA 3A96A 5LA8A 4DD2A 4ET8A 5KXMA 1GDXA 2CWIA 1FKVA 4HPIA 2PC2A 3FI7A 5LVIA 3W6CA 2IFFY 1AZFA 2BLXA 1GBOA 4LFPA 4NHPA 1GE1A 1WQMA 1V7TA 3AW7A 1PZYA 2BQLA 4XADA 4W96A 1H87A 4C3WA 5C6LA 1LJHA 4CFPA 2ZYCA 4G4CA 1WTMA 2DKVA 4DYGA 4WG1A 1LSCA 2W1LA 1D0KA 3AGIA 2Z2EA 3G3AB 1LSPA 2LYZA 4G4BA 3QY4A 4J1BA 1N4FA 1CNSA 2YBHA 4P2EA 2HEEA 1IP4A 3AZ6A 2MEAA 3A6BY 1YAPA 4LYCA 1G7JC 5I53A 1IP5A 2BQOA 1LAAA 1IR8A 1EQ4A 4QY9A 5C6JA 2BLYA 1HELA 2GV0A 1NKHA 1LJGA 1HEWA 4H94A 1WQNA 1UA6Y 4YOPA 1YAQA 1EQ5A 1GB3A 4RLNA 1REMA 1LJJA 1HENA 1GB6A 1B7RA 1AT5A 1NDMC 1GE4A 4N8ZA 5HNCA 5A3EA 1WVVA 2A7FA 1GB8A 3N9AA 5B07A 5KXTA 1OUAA 1CKCA 1QSWA 4OOOA 4CHXA 4DT3A 1GXXA 4XJIA 5FCPA 2YVBA 3P68A 4XENA 5APCA 3MGWA 5L9JA 1F0WA 3A8ZA 1IC4Y 4LT0A 4RDSA 2FYDA 4N1EI 1LZ4A 1IWYA 1LSGA 1VEDA 1DKJA 5E4PA 1LSMA 2BQEA 4NGVA 4H9FA 2LHMA 1P2CC 4LT3A 1LSAA 4NSJA 1IR7A 1GFRA 1O23A 4NG1A 3WH1A 4WM4A 4HPEA 3A94A 4H90A 1I1ZA 2ZQ4A 3P4ZA 1HFZA 4HJVA 1TCYA 1LKRA 4RW1A 1IWUA 4PPOA 2Z38A 4ETCA 1GEVA 1HFXA 2HEFA 4H91A 2BQMA 4M4OA 2CJLA 2Z37A 3CQLA 3RT5X 1GFKA 2YBNA 2HTXA 1IVMA 1RE2A 4HJYA 5I4WA 2C8PA 1LZCA 1IR9A 1IOSA 4WL7A 3WU8A 1UIAA 1FBIX 5KJ9A 1EQEA 5KXPA 2H9JA 3W6EA 1D0LA 1KXXA 1NMMA 1HMLA 3ULRA 3IJVA 2WARA 4LT1A 3WW6A 1CJ8A 4H93A 2BQFA 2MECA 4AGAA 1B9OA 1LJNA 2BQNA 1LYSA 1WQRA 3TXFA 1XSFA 1BB5A 1J1XY 3BKHA 1JSEA 4MR1A 1LSEA 4WO9A 2DBTA 3TXDA 4CGEA 1HSXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IWVA 5LA5A 3HFMY 3HDEA 2Y8PA 1REYA 2BQBA 1TLAA 1GD6A 4N5RA 1JSFA 2B6XA 4OW1A 4B0DA 1L69A 1I6SA 4DD1A 1GF5A 184LA 1LYOA 2ZNXY 1C6TA 1GPQC 1LZEA 156LA 111LA 1LCNA 1WTHA 4D9ZA 5I4YA 1C62A 1SWZA 1VATA 188LA 1DI3A 1FLUA 3AZ5A 2BPUA 4DD0A 4M6DA 193LA 1HHLA 2YBMA 3ATOA 3A92A 4UWVA 1GF3A 2D4KA 2Q9DA 4ETBA 1UIFA 3AGHA 1TEWA 5LAFA 3WPKA 3V2YA 1C60A 5DL9A 1L10A 1L84A 3OE0A 4ETAA 1GBWA 1UIDA 120LA 2MEDA 183LA 1OUIA 4H1PA 1CU3A 1WTNA 1CU5A 1JQUA 2G4NA 4DQJA 5F9UA 3DMXA 1C68A 4XN6A 2DQDY 1GFTA 1IOCA 4PJ2C 3GUPA 1G1VA 1BWJA 4PRQA 5KXYA 3DN0A 2B73A 4HV2A 201LA 5APEA 1IWTA 1L87A 4W94A 1IX0A 1GWDA 3QNGA 4NGYA 3HH4A 3D3DA 2W1XA 4H8XA 1C6IA 2BQGA 1CTWA 1IP1A 2ANXA 3AGGG 1IWXA 242LA 2H9KA 4J1AA 1GB7A 130LA 1L57A 2ZQ3A 2OTZX 1C6GA 3C81A 1L80A 1JITA 1KXWA 1WQOA 1P46A 4HSFA 5DM9A 4ZFPA 1LJEA 2BQIA 1DXJA 1A4VA 2Z12A 1GE0A 1L39A 5LVJA 208LA 1J1PY 3GUMA 3TMVA 4I7OA 4ARLA 1LMOA 3OE8A 1GF4A 5L3IA 2HUBA 1D2YA 171LA 2DQGY 4W53A 5T3FA 1L56A 1B5WA 1DPWA 4DDAA 1ALCA 1SWYA 4L41A 5HMJA 4NEBA 8LYZA 1C6EA 3WUAA 1E8LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FLY A;  3J6K A;  1W6Z A;  1IWV A;  3WUL A;  1LMA A;  1CKD A;  1GFA A;  1RFP A;  3AW6 A;  5LA5 A;  1D6Q A;  2DQI Y;  3HFM Y;  1G7H C;  3A93 A;  1REX A;  2Y8P A;  1TAY A;  4NSI A;  3TMU A;  3B72 A;  1REY A;  2BQB A;  5ILF A;  3P66 A;  2IHL A;  5F81 A;  3W6F A;  1GD6 A;  1EL1 A;  4N5R A;  4B49 A;  1JSF A;  2CGI A;  1GFU A;  4GN4 A;  4EMN A;  4OWA A;  3A34 A;  4ZIX A;  3LYO A;  2XJW A;  4TSC A;  4OW1 A;  1JJ1 A;  4B0D A;  4DD9 A;  1B5U A;  5LXW A;  1YAM A;  4LYT A;  1CKG A;  4NGI A;  4DD1 A;  4OWH A;  1GF5 A;  2EKS C;  2LZT A;  2N5Z A;  3WUN A;  3AZ4 A;  1LYO A;  2ZNX Y;  3LN2 A;  3P64 A;  5M1Y A;  2F2N A;  2YSS C;  1LSN A;  1NHE A;  5LAG A;  1CJ9 A;  1DI4 A;  1J1O Y;  1GPQ C;  1LZE A;  5L3H A;  1LMT A;  3TXE A;  1LCN A;  2CDS A;  1DI5 A;  4WM6 A;  1GF9 A;  4D9Z A;  3WU9 A;  5I4Y A;  3CSZ A;  5HMV A;  3WYH A;  1OUG A;  2Z18 A;  5F14 A;  1VAT A;  3WMK A;  1DI3 A;  1BB4 A;  3E3D A;  1FLU A;  3AZ5 A;  3M3U A;  2BPU A;  4GCC A;  1LZ5 A;  1FDL Y;  5D5F A;  4DD0 A;  4M6D A;  1WVU A;  3LYT A;  193L A; 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 1NKH A;  1LJG A;  1HEW A;  4H94 A;  1WQN A;  1UA6 Y;  4YOP A;  1YAQ A;  1EQ5 A;  1GB3 A;  4RLN A;  1REM A;  1LJJ A;  1HEN A;  1GB6 A;  1B7R A;  1AT5 A;  1NDM C;  1GE4 A;  4N8Z A;  5HNC A;  5A3E A;  1WVV A;  2A7F A;  1GB8 A;  3N9A A;  5B07 A;  5KXT A;  1OUA A;  1CKC A;  1QSW A;  4OOO A;  4CHX A;  4DT3 A;  1GXX A;  4XJI A;  5FCP A;  2YVB A;  3P68 A;  4XEN A;  5APC A;  3MGW A;  5L9J A;  1F0W A;  3A8Z A;  1IC4 Y;  4LT0 A;  4RDS A;  2FYD A;  4N1E I;  1LZ4 A;  1IWY A;  1LSG A;  1VED A;  1DKJ A;  5E4P A;  1LSM A;  2BQE A;  4NGV A;  4H9F A;  2LHM A;  1P2C C;  4LT3 A;  1LSA A;  4NSJ A;  1IR7 A;  1GFR A;  1O23 A;  4NG1 A;  3WH1 A;  4WM4 A;  4HPE A;  3A94 A;  4H90 A;  1I1Z A;  2ZQ4 A;  3P4Z A;  1HFZ A;  4HJV A;  1TCY A;  1LKR A;  4RW1 A;  1IWU A;  4PPO A;  2Z38 A;  4ETC A;  1GEV A;  1HFX A;  2HEF A;  4H91 A;  2BQM A;  4M4O A;  2CJL A;  2Z37 A;  3CQL A;  3RT5 X;  1GFK A;  2YBN A;  2HTX A;  1IVM A;  1RE2 A;  4HJY A;  5I4W A;  2C8P A;  1LZC A;  1IR9 A;  1IOS A;  4WL7 A;  3WU8 A;  1UIA A;  1FBI X;  5KJ9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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