1L49A

Structural and thermodynamic analysis of the packing of two alpha-helices in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCVLINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITSFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structural and thermodynamic analysis of the packing of two alpha-helices in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l49A00
4PJZA 1L17A 3CDOA 3GUKA 1L61A 1JTMA 159LA 214LA 1QT7A 1L06A 120LA 4I7OA 3RZEA 250LA 225LA 3C80A 2F32A 1C6DA 224LA 1C6PA 220LA 3F8VA 2RBNA 3DN1A 3C7WA 3RUNA 1QSQA 4EJ4A 1C6JA 190LA 158LA 1L27A 1KW7A 3DN0A 1QUOA 1L47A 1SSYA 2B74A 223LA 114LA 107LA 2QARC 1L51A 222LA 2CUUA 2OTYX 1QTVA 1QS5A 3HT9A 192LA 145LA 1KW5A 1CU0A 126LA 1L62A 1L12A 4S0WA 1L30A 2QB0B 1C64A 1B6IA 3HH3A 1L08A 161LA 1L95A 1P36A 244LA 7LZMA 1LWKA 210LA 3C8RA 1L72A 191LA 240LA 176LA 113LA 1LYDA 1G0KA 1OVJA 3HUKA 3GUIA 2NTHA 1LI2A 108LA 178LA 1P5CA 1QT6A 3OE0A 3OE8A 1DYDA 1NHBA 1LI3A 1CUQA 1L52A 149LA 2RAZX 259LA 1CV3A 1XJTA 2B6WA 160LA 218LA 217LA 3UONA 1C68A 1L16A 2O7AA 3G3WA 1XJUA 1L25A 1CX6A 200LA 3F9LA 103LA 2HUKA 2OU8A 3DN4A 102LA 1C6QA 1PQDA 245LA 3GULA 165LA 1OV7A 4E97A 4EKSA 2OEAX 1QTCA 1D3MA 201LA 1C6IA 1L36A 3C82A 1C6TA 1CUPA 2OE4X 2NTGA 213LA 118LA 1L99A 1DYAA 1QTBA 1G0GA 4GBRB 1C6BA 1L70A 4YXAC 3DKEX 1CVKA 2LZMA 2F2QA 239LA 1OWZA 4I7JA 1L32A 4EPFA 260LA 3C7YA 4EKQA 1L41A 1L28A 3HWLA 1D3JA 2L78A 1L45A 1C63A 1G07A 1P2LA 206LA 3EMLA 4ARLA 170LA 115LA 3FADA 3L64A 1L75A 1L02A 3K2RA 1LYEA 187LA 1C60A 1L64A 1DYEA 1T8AA 248LA 1L54A 1L19A 256LA 1LW9A 2B6TA 3SB9A 1JQUA 1L35A 171LA 3QAKA 4W58A 1L18A 1OWYA 3C81A 2RAYX 4I7MA 1EPYA 2B6ZA 1L20A 1TLAA 143LA 157LA 2OU0X 198LA 140LA 1L38A 1SSWA 2Q9DA 1L87A 3SB6A 4W59A 3GUMA 1G1WA 4DKLA 1L09A 3HDFA 216LA 4GRVA 163LA 186LA 1L14A 247LA 1PQMA 3HT8A 2B72A 1C67A 123LA 1L43A 249LA 199LA 1L66A 1KS3A 234LA 4ARPA 195LA 4W57A 4I7QA 146LA 4YXCA 1L82A 1OVKA 1C65A 3GUNA 3DN2A 1L39A 3NYAA 4PK0A 1L03A 3HU8A 168LA 3HTDA 150LA 3C83A 1L80A 1L89A 1L69A 152LA 1L11A 1OVHA 1QSBA 221LA 2RBRA 128LA 1L15A 241LA 1L55A 3HUQA 255LA 3HTGA 1ZWNA 233LA 3CDRA 3DN6A 1G0PA 1L53A 1K28A 1L0KA 4DJHA 151LA 1LPYA 2Z6BA 1OYUA 1QTDA 1L31A 174LA 1L21A 155LA 1L74A 1SWYA 111LA 212LA 4IAPA 1D2WA 3ODUA 3SB8A 229LA 1LYHA 129LA 182LA 1C6CA 1G0MA 1C62A 1C6HA 1QTHA 2F47A 1T97A 226LA 3G3VA 1CU5A 1ZURA 1C6MA 1P56A 1QT5A 1T8FA 1PQOA 1XEPA 4W55A 112LA 1LLHA 162LA 1G0JA 232LA 1L86A 3C8QA 125LA 3CDTA 3VW7A 1CV6A 4ARQA 1C66A 5LZMA 4LZMA 1L13A 1C69A 1JTNA 2OU9A 253LA 231LA 127LA 227LA 3PDSA 2LC9A 3C8SA 196LA 3HT7A 1LGWA 110LA 1CX7A 4I7RA 243LA 4OO9A 1LI6A 1CV1A 4K5YA 5I14A 1D3NA 1P64A 4EKPA 1C6NA 1L81A 1PQKA 1OV5A 4W56A 2OTZX 1CU6A 122LA 3OE9A 1PQIA 1C61A 3DN8A 1PQJA 2RB2X 1CTWA 139LA 167LA 1LYJA 246LA 3GUJA 141LA 236LA 1CU3A 1P3NA 4ARMB 1WTHA 4LDOA 148LE 2B73A 1L48A 205LA 3NY8A 185LA 1G1VA 3HTBA 1L92A 1D9WA 177LA 2B75A 3SBBC 144LA 1DYFA 4I7PA 131LA 1CV0A 3HUAA 3DMXA 2RBOA 3D4SA 173LA 2HUMA 1P46A 1QUDA 4W53A 1LGXA 3CDQA 3JR6A 1KY1A 2LCBA 3V2YA 1L49A 237LA 3NY9A 4AQNA 1D2YA 189LA 1L77A 2B7XA 2B6YA 2Q9EA 3GUOA 3SB7A 119LA 211LA 2IGCA 1L98A 1L33A 1L63A 1L22A 183LA 4W54A 2B6XA 1T8GA 4ARJA 1L05A 2A4TA 1L23A 1L65A 197LA 1D3FA 1QS9A 1L34A 3V2WA 4EPIA 262LA 4LDLA 3DN3A 1QUHA 1T6HA 1SX7A 1L40A 3SB5A 1SX2A 3HH5A 1P37A 1LYIA 4W52A 2RB0X 3LZMA 109LA 1L56A 1L44A 130LA 3HDEA 1L01A 1L29A 1L91A 1P2RA 1DYGA 1KNIA 4YX7C 1C6GA 1L37A 219LA 164LA 3HH6A 3SBAA 3CDVA 3HT6A 104LA 4W51A 3PBLA 251LA 3G3XA 1CV5A 1I6SA 1ZYTA 228LA 3DNAA 4EXMA 1LYGA 215LA 166LA 156LA 2ANXA 2HULA 1L57A 2O79A 1G06A 1L46A 2RB1X 238LA 252LA 1L97A 1L71A 4ARMA 1C6AA 1LWGA 1LGUA 1CU2A 1G0LA 2RBSA 235LA 188LA 1L88A 1L04A 138LA 257LA 209LA 1L10A 1QT4A 254LA 4ZPUA 1DYBA 3DMZA 2RBQA 4DAJA 1L59A 1L85A 1SWZA 1L42A 3C7ZA 4EKRA 1L60A 4I7LA 3L2XA 1P6YA 1C6EA 1L79A 2RH1A 261LA 1C6KA 1L90A 2OE9X 2ANVA 181LA 3HH4A 6LZMA 1QUGA 3HU9A 2B70A 3OE6A 1QT3A 1L68A 1L0JA 184LA 169LA 1L26A 1DYCA 1QTZA 1C6FA 3HTFA 180LA 1C6LA 175LA 1KY0A 1L24A 172LA 137LA 3FI5A 3GUPA 1L93A 4I7TA 3FA0A 1L58A 1L67A 1QT8A 1L84A 1L83A 147LA 1L96A 1L76A 1P7SA 2OE7X 3SN6R 4I7NA 242LA 1LYFA 2RBPA 4ARQB 258LA 2O4WA 1L00A 4LDEA 4I7KA 1L50A 1L94A 142LA 230LA 1G0QA 4I7SA 1L73A 3DMVA 1L07A 1CV4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LMPA 1WTNA 3CDOA 1CJ9A 5KXXA 159LA 1EQ5A 214LA 3CSZA 1L06A 1LSAA 225LA 1HNLA 1OUCA 2W1LA 4WLTA 1C6DA 1DI4A 4WLDA 4OWCA 220LA 132LA 3F8VA 2C8PA 1G7LC 4EJ4A 1WQQA 1L27A 4GLAA 1B7RA 2QARC 4IASA 1EL1A 1UC0A 2FBDA 192LA 145LA 4NG1A 4WO6A 1HSXA 1CU0A 2DBTA 1L12A 1IWYA 4NWEA 3ZVQB 3QNGA 1I56A 5E4PA 4ETBA 4WOAA 1GFTA 1L08A 1P36A 1LWKA 1LZSA 1JEFA 4J1BA 2I6ZA 4UWNA 3A34A 3GUIA 3TMXA 5M1YA 178LA 1LHIA 3TMWA 1LJ4A 149LA 4G4HA 1T6VL 1UUZC 2HEAA 160LA 1JKBA 2DQAA 4LT1A 5HMJA 1XJUA 1T3PA 4DD7A 4YENA 200LA 1DPWA 4ETDA 1PQDA 2OEAX 3SP3A 1C6IA 1LZYA 3LYMA 2D4JA 1GB0A 5F81A 1DYAA 1QTBA 1Z55A 1HEWA 1G0GA 4GBRB 1C6BA 1L70A 4YF2A 2F2QA 1LZ8A 4I7JA 4EPFA 3K3TA 4KL7A 3C7YA 3N9CA 4PGJB 2Z2FA 2L78A 2ZQ3A 4TWSA 2C8OA 3FADA 1HEQA 1G7IC 5FCPA 1LJJA 2ZYPA 2B6TA 3SB9A 1JQUA 4H93A 2H9JA 1L35A 2LHMA 3QAKA 1L20A 143LA 2OU0X 2Q0MX 1LSYA 140LA 1L38A 1GFRA 2DQCY 1VDTA 1L09A 3HDFA 1HF4A 2B72A 3TMUA 2BQDA 1C67A 123LA 234LA 4DQJA 5C6IA 195LA 4Z46A 2D91A 1QUTA 1GPQC 4YXCA 1OVKA 3DN2A 1L39A 5F9UA 4B4EA 3LYZA 1AT5A 2G4PA 3HU8A 1WVUA 3HTDA 5KXTA 3C83A 1L80A 152LA 221LA 2D4IA 1L15A 4KPMA 3WL2A 1GF6A 3CDRA 4M6DA 1LZGA 5LXWA 1G0PA 3AW6A 2Z6BA 3HBDA 3TMVA 3A8ZA 212LA 5LYTA 1YANA 1LKSA 3P66A 3ODUA 1LYHA 1HEOA 226LA 3G3VA 1P56A 4B0DA 1GAYA 2ZILA 4BAFA 1IP4A 162LA 1L86A 1HFYA 125LA 2IHLA 4MCKA 1GB7A 4NHIA 5KJ9A 2EKSC 1LHHA 2HTXA 1D6PA 1JTNA 2OU9A 5KXOA 3M18B 1GB8A 1QDTA 231LA 127LA 1IC4Y 1IVMA 1C7PA 4NGVA 1LHMA 1J1PY 5I14A 1D3NA 2BQKA 5F16A 3AYQA 1YAPA 4J1AA 2BLXA 1CU6A 122LA 1C61A 1B7MA 3DN8A 1PQJA 4WL7A 1CTWA 2BQCA 2Z37A 1CJ8A 3GUJA 1BB4A 1CU3A 1LJIA 4B49A 4DD9A 1J1OY 1L48A 205LA 4YEOA 1HEMA 1LMQA 1D9WA 5LA8A 4H90A 177LA 4NSJA 3SBBC 131LA 1CV0A 1GE1A 4R6CA 1GXXA 173LA 3A96A 4NGJA 1LGXA 1KY1A 3V2YA 3P65A 1D2YA 2ZIJA 5I54A 2Q9EA 1IWZA 2B6YA 7LYZA 211LA 5L3HA 1L22A 4LT2A 4MSTA 1L05A 3AGHA 2H9KA 1FLYA 4BS7A 197LA 1C10A 4EPIA 4WM5A 262LA 4LDLA 4AGAA 3DN3A 3WU7A 1LKRA 2DKVA 1YILA 4GCBA 1GDXA 3TXEA 3LZMA 4HPEA 2Z19A 1GFKA 1CNSA 5KXSA 2BQAA 4Z98A 2IFFY 1NBYC 164LA 1REMA 2NWDX 1YKYX 3CDVA 135LA 1ZVYB 3PBLA 3TXFA 4YM8A 1I6SA 228LA 1XEIA 3TXHA 2MEFA 1FN5A 1LYSA 3W6AA 1IWXA 3LHMA 1VDQA 1F10A 1QSWA 2RB1X 1GF4A 1SLYA 2EIZC 3T6UA 4P2EA 1IO5A 1JKDA 257LA 1UIDA 1DKJA 5JENB 1WQNA 1L10A 1YAMA 2YBNA 4DAJA 4W96A 4I7LA 2D4KA 3GXRA 261LA 1C6KA 2X0AA 4GCFA 2OE9X 181LA 3HU9A 4H9FA 1QT3A 1L68A 1L0JA 2BQEA 1GFGA 2VB1A 5DN4A 5DL9A 2DQFC 1IP3A 1DYCA 3BKHA 3HTFA 3RNXA 1C6LA 4GN4A 4HPIA 207LA 4U3XB 3GXKA 172LA 3FI5A 3CT1A 1QT8A 1REZA 1YAQA 1L76A 1CJ7A 2ZYCA 4I8SA 1LYFA 1JJ0A 258LA 4I0CA 1BB3A 1L00A 4UWUA 1WTMA 1B5XA 142LA 230LA 1EQEA 1L73A 4LYCA 2BPUA 1L17A 1HENA 1QT7A 4I7OA 6LYTA 1IIZA 1LMTA 250LA 1OQMA 2F32A 1IR7A 3DN1A 1XGQC 3C7WA 3RUNA 5J7CA 1C6JA 190LA 3WPJA 2LYZA 2YBHA 4DD1A 107LA 222LA 2CUUA 1V7SA 4H94A 1GF7A 2XBRA 3LYOA 3WPKA 2F30A 3ULRA 4ZIXA 1ALCA 2ZNWY 1IR9A 2B5ZA 1LSCA 1IOQA 4LZTA 4PRQA 1CKHA 1L95A 1FKVA 191LA 3RT5X 2CGIA 1LZDA 1G0KA 5LYMA 3HUKA 1YAOA 4NGWA 3B0KA 1QT6A 3OE0A 1DYDA 4ML7A 1FLUA 217LA 5D5CA 2Z12A 1C68A 3G3WA 1BGIA 4HTQA 1AM7A 4DT3A 3WULA 103LA 133LA 3DN4A 1C6QA 245LA 3GULA 165LA 4E97A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LMP A;  1WTN A;  3CDO A;  1CJ9 A;  5KXX A;  159L A;  1EQ5 A;  214L A;  3CSZ A;  1L06 A;  1LSA A;  225L A;  1HNL A;  1OUC A;  2W1L A;  4WLT A;  1C6D A;  1DI4 A;  4WLD A;  4OWC A;  220L A;  132L A;  3F8V A;  2C8P A;  1G7L C;  4EJ4 A;  1WQQ A;  1L27 A;  4GLA A;  1B7R A;  2QAR C;  4IAS A;  1EL1 A;  1UC0 A;  2FBD A;  192L A;  145L A;  4NG1 A;  4WO6 A;  1HSX A;  1CU0 A;  2DBT A;  1L12 A;  1IWY A;  4NWE A;  3ZVQ B;  3QNG A;  1I56 A;  5E4P A;  4ETB A;  4WOA A;  1GFT A;  1L08 A;  1P36 A;  1LWK A;  1LZS A;  1JEF A;  4J1B A;  2I6Z A;  4UWN A;  3A34 A;  3GUI A;  3TMX A;  5M1Y A;  178L A;  1LHI A;  3TMW A;  1LJ4 A;  149L A;  4G4H A;  1T6V L;  1UUZ C;  2HEA A;  160L A;  1JKB A;  2DQA A;  4LT1 A;  5HMJ A;  1XJU A;  1T3P A;  4DD7 A;  4YEN A;  200L A;  1DPW A;  4ETD A;  1PQD A;  2OEA X;  3SP3 A;  1C6I A;  1LZY A;  3LYM A;  2D4J A;  1GB0 A;  5F81 A;  1DYA A;  1QTB A;  1Z55 A;  1HEW A;  1G0G A;  4GBR B;  1C6B A;  1L70 A;  4YF2 A;  2F2Q A;  1LZ8 A;  4I7J A;  4EPF A;  3K3T A;  4KL7 A;  3C7Y A;  3N9C A;  4PGJ B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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