185LA

Specificity of ligand binding in a buried non-polar cavity of t4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Specificity of ligand binding in a buried nonpolar cavity of T4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 185lA00
1C6KA 1ZYTA 166LA 1LI2A 110LA 4IAPA 4W57A 235LA 1L18A 1L76A 1L53A 255LA 3C7WA 3ODUA 127LA 1ZWNA 2B73A 3C8RA 3F9LA 1L04A 1LGWA 1C62A 3DKEX 1CU6A 1L29A 131LA 231LA 3D4SA 2OE9X 2OTZX 234LA 4W59A 1L75A 3NYAA 3GUIA 260LA 2RAYX 217LA 1DYAA 1L69A 119LA 1L33A 239LA 4I7OA 165LA 3HT8A 4ARMB 1CU2A 155LA 1L01A 2F2QA 1QT4A 1KY1A 125LA 150LA 4W58A 1L20A 1L0KA 246LA 3V2WA 3DN8A 128LA 190LA 3HDFA 3QAKA 259LA 5LZMA 3HT6A 3SBBC 142LA 232LA 4EXMA 2B74A 1C6IA 1L40A 2B6TA 140LA 262LA 2RBNA 1SX7A 108LA 161LA 2LC9A 1LWKA 1QUOA 2NTGA 1LWGA 4I7NA 4ZPUA 1LLHA 3DN2A 3L64A 1D3JA 3C82A 227LA 4PK0A 113LA 3SN6R 244LA 112LA 1L60A 1KW5A 2OU0X 1L00A 4W51A 1L23A 3RZEA 1L14A 189LA 3SBAA 4EKQA 6LZMA 247LA 3C7YA 1C6CA 1L21A 1QT6A 3DMVA 2RBPA 4I7MA 126LA 1LYEA 1SX2A 1L49A 5I14A 196LA 1G0JA 1LYFA 3K2RA 228LA 3PDSA 3F8VA 1G0QA 182LA 1P37A 4EKPA 1G0GA 2OTYX 2QB0B 167LA 1L83A 1C69A 1L67A 2F32A 1P46A 3OE6A 233LA 245LA 1L02A 1L22A 2Z6BA 159LA 3CDRA 183LA 1QT5A 1QS5A 3FA0A 1LYJA 3SB7A 4W55A 1QSQA 1KS3A 174LA 1KNIA 3SB8A 1L27A 1L92A 156LA 3C8SA 1L38A 1C6TA 1C6DA 1L43A 1P7SA 1CUPA 1L87A 177LA 224LA 3PBLA 1LYGA 1L90A 3SB6A 3C7ZA 1L66A 1D3MA 3CDTA 1L12A 4I7JA 3SB5A 1PQKA 257LA 1OVHA 147LA 210LA 1L82A 1C6QA 3DN0A 1DYGA 214LA 1LGUA 4EKSA 1G0LA 1QTBA 3HUAA 1C6LA 1CTWA 1L03A 3C83A 4ARQA 4GRVA 130LA 3C81A 222LA 200LA 2ANVA 3HT7A 253LA 1DYBA 1CV4A 1CV5A 1L28A 241LA 2O79A 1L77A 4LDEA 242LA 152LA 2RB1X 1CU3A 3C80A 1QTHA 1L08A 4LDOA 1L72A 3HTBA 1PQJA 1L47A 3DN1A 3JR6A 1ZURA 1G1WA 129LA 1L0JA 1PQDA 1LI6A 2RB0X 2OE7X 1L09A 3GULA 1OV7A 151LA 1QUDA 212LA 122LA 1L37A 1QS9A 243LA 1CV3A 2LCBA 1L97A 2LZMA 1L48A 1L52A 180LA 1L42A 1T8GA 2L78A 1L25A 4DJHA 1CX6A 1SSYA 3NY8A 1L31A 172LA 1OVKA 1LPYA 1OWZA 225LA 1OV5A 1L19A 1XEPA 1L45A 3V2YA 219LA 1DYDA 1G06A 1L63A 1CVKA 211LA 3GUNA 1L58A 1P36A 157LA 2IGCA 1OVJA 1JTMA 1C6EA 137LA 1L15A 4I7TA 3GUOA 3HDEA 197LA 216LA 7LZMA 1QTVA 102LA 3G3WA 2B6YA 1TLAA 3HTFA 3GUPA 4GBRB 4ARLA 4ARQB 1C6NA 1T6HA 226LA 1C6FA 1L06A 238LA 3FI5A 4EPIA 1CUQA 213LA 2NTHA 1L44A 1P3NA 163LA 2RBOA 1L32A 3DN4A 120LA 4I7KA 2RBQA 3SB9A 3DN6A 1LGXA 1T97A 2OE4X 2B6ZA 3L2XA 199LA 1P5CA 2HUKA 1LW9A 205LA 3GUKA 1C6AA 107LA 1P64A 1B6IA 1L96A 2B7XA 2Q9DA 2O7AA 2B72A 3HUKA 201LA 236LA 3OE9A 3DNAA 3C8QA 1L55A 249LA 1C61A 1D2YA 1L30A 251LA 1KW7A 4AQNA 1CU5A 1L98A 4EPFA 1L65A 3FADA 1PQIA 4YXCA 1C6GA 1G1VA 181LA 1L61A 176LA 143LA 195LA 221LA 2ANXA 1L91A 2O4WA 4I7RA 1C6HA 1JQUA 169LA 2RBSA 187LA 4PJZA 3HWLA 4LZMA 258LA 1L95A 218LA 4I7LA 2B6WA 229LA 1G0PA 138LA 261LA 1T8AA 1L34A 3DMZA 1LYDA 1QT3A 1LYHA 4ARPA 1G0MA 4EKRA 1DYCA 2RB2X 250LA 220LA 1L07A 1L86A 1L73A 2QARC 1L57A 2OEAX 104LA 4W53A 4I7QA 1C60A 1CV6A 1C6MA 1LYIA 145LA 1L59A 3HUQA 1QT7A 162LA 3HH4A 1L81A 4W54A 206LA 4YX7C 1L24A 254LA 111LA 248LA 175LA 2RBRA 1C64A 173LA 1L13A 1L51A 1QT8A 3GUMA 4W52A 4LDLA 191LA 1I6SA 1L88A 1LI3A 2B6XA 1L89A 1CX7A 240LA 158LA 146LA 1C63A 1C6BA 144LA 1D3NA 1DYEA 1L74A 1WTHA 230LA 1P56A 109LA 178LA 1D2WA 1SWYA 2F47A 4OO9A 1L41A 1P6YA 1CV1A 4DAJA 1G07A 3CDOA 168LA 3CDVA 1XJUA 1L35A 185LA 1L80A 256LA 1NHBA 3DMXA 1L93A 1KY0A 3OE0A 237LA 160LA 1CV0A 4YXAC 115LA 1EPYA 1L94A 1C65A 1SWZA 209LA 1L71A 1P2LA 1D9WA 1L46A 2HULA 4I7SA 3GUJA 1D3FA 123LA 2RAZX 1QTZA 1L10A 215LA 4DKLA 1L39A 118LA 1PQOA 3CDQA 2Q9EA 1DYFA 1QTDA 2B75A 223LA 1L11A 2B70A 1G0KA 1L05A 1JTNA 1L68A 1P2RA 186LA 1SSWA 2A4TA 3HU8A 1OYUA 4W56A 1L36A 1QUGA 184LA 2OU8A 2RH1A 1L70A 3HH3A 1L16A 1QSBA 4E97A 1L54A 2HUMA 114LA 1C68A 1L56A 170LA 1CU0A 2CUUA 3HT9A 4I7PA 1PQMA 4ARMA 1L17A 3G3VA 148LE 188LA 192LA 1L50A 1C67A 3NY9A 4ARJA 3VW7A 1L85A 171LA 3OE8A 1K28A 1L84A 2OU9A 4S0WA 139LA 3HTDA 1L79A 3UONA 1L99A 4EJ4A 103LA 1L26A 164LA 1XJTA 3HH6A 3HTGA 3G3XA 1QUHA 141LA 4K5YA 1L62A 198LA 3DN3A 1L64A 1QTCA 3RUNA 3HH5A 1C6PA 252LA 149LA 1T8FA 1OWYA 3HU9A 1C66A 3EMLA 3LZMA 1C6JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UIFA 1L18A 1L76A 1LZRA 3ODUA 5LINA 1B5ZA 1IY4A 3J4GA 1NMMA 3F6ZA 1LSBA 4LYBA 2D4IA 4W59A 1L75A 5KXNA 3NYAA 4WL7A 1LZTA 5KXMA 260LA 4H90A 3W6AA 3HBDA 5B07A 1DYAA 2XTHA 1B5XA 119LA 1LMAA 4YEMA 1IOSA 3WVYA 1LZGA 4HPIA 4O34A 4W96A 1UICA 3TMXA 5KXLA 1CU2A 1LHIA 1FLUA 1QT4A 1KY1A 4U3XB 1BHZA 4W58A 1L20A 3DN8A 128LA 3QAKA 3HDFA 1F6SA 1HMLA 2PC2A 5APCA 1OUHA 1CKDA 5DN4A 1HERA 232LA 4DT3A 5F81A 262LA 161LA 1LWKA 5JENB 4M6DA 1D3JA 3C82A 3FE0A 1WVUA 4PK0A 1OUEA 5L9JA 1LZAA 1GFRA 2ZQ3A 1HFYA 4W51A 5LVGA 1OUAA 3WVXA 1KIRC 4I7MA 1XGRC 1JPOA 1LYEA 3TXJA 1YAMA 1L49A 4FDYA 196LA 1G0JA 228LA 3F8VA 5I53A 182LA 1J1PY 1G7HC 4OWBA 3RNXA 5A3ZA 1P37A 2XBRA 4H8YA 167LA 1UIDA 1RI8B 1C69A 233LA 2Z6BA 3CSZA 1SLYA 159LA 1IO5A 4YEOA 183LA 1QT5A 1QS5A 2W1XA 1BWHA 3KAMA 1IX0A 2Z39A 3WL2A 174LA 1KNIA 4TX7A 1L27A 1L92A 1LMQA 156LA 1GEZA 1L38A 1C6DA 4ANRA 1LZCA 1L43A 1WQQA 2BQNA 5I4WA 1D6QA 1LYGA 3TXDA 3C7ZA 4UWVA 1L66A 3CDTA 1B7PA 3SB5A 4B4EA 1D0LA 1PQKA 1GEVA 3CB7A 2MEBA 214LA 2ZILA 1CTWA 2Z38A 1L03A 1JSFA 3C81A 4J7VA 5D5FA 1YKYX 5DLAA 253LA 1DYBA 3B0KA 3LZTA 2RSCA 1C08C 1XGQC 1GB8A 242LA 1H6MA 1QTHA 3WMKA 6LYTA 3EXDA 1L72A 1LSYA 1GAZA 2BQBA 2BLYA 1CJ9A 4DD1A 1WQPA 1GB7A 5I4XA 3J6KA 1LJKA 1GWDA 1L48A 4WM1A 1HEMA 1T8GA 4OOOA 5KXXA 1LJEA 2L78A 1L25A 4QGZA 1SQ2L 1OUFA 1QDTA 1JITA 1CX6A 4UWNA 1SSYA 4DD2A 1LKRA 1VEDA 1XGUC 3ZVQB 4P2EA 1LSAA 1OV5A 1L19A 5KKJA 1E8LA 1REMA 1WQNA 1QDRA 4HJYA 4NGWA 2DQFC 4GN4A 1CVKA 1VDTA 4TSCA 1LJNA 1LJGA 1OVJA 1J1OY 1JTMA 4NHQA 1L15A 4I7TA 3GUOA 1GAYA 1GF4A 3TXIA 3HTFA 3GUPA 4ARQB 1D0MA 226LA 3P68A 1CUQA 2NTHA 4D9ZA 193LA 2RBOA 1L32A 4TSBA 4I7KA 1ZV5L 1T6VL 3SB9A 4GCBA 1KIQC 2DQHY 2OE4X 2B6ZA 199LA 1P5CA 2DBTA 205LA 132LA 1GBYA 1G7JC 1P64A 3CT0A 4CJ2A 3HUKA 1LHMA 5C6JA 249LA 5J7CA 1D2YA 5I4YA 4WOAA 4J1BA 4RLMA 4NGVA 4AQNA 1G7LC 1UIHA 1GFVA 4NFVA 5KKIA 4HPEA 4ZEEA 1HSXA 2ZYCA 3K3TA 176LA 4ETCA 221LA 2ANXA 1L91A 1JQUA 1TCYA 4WO6A 194LA 258LA 1JJ1A 4I7LA 2BQCA 2B6WA 1EL1A 1L34A 4KL7A 2BQKA 2GV0A 4EKRA 1B5WA 4YM8A 4NGOA 3GXRA 1LZSA 220LA 1L07A 3CQLA 2YBIA 1FDLY 1FLQA 4LFPA 104LA 4H9AA 1GBZA 145LA 1G7IC 4N1EI 1HMKA 162LA 1AT6A 1L24A 2MEIA 1QT8A 5HMJA 2MEFA 1LMTA 158LA 1C6BA 1GB6A 2HEEA 230LA 5I5QA 109LA 1LTMA 4NWEA 1CV1A 1G07A 3CDOA 1L35A 4RW1A 1C10A 4X3BA 1LJFA 1UIAA 3OE0A 1CV0A 1ZMYL 4HJZA 1IP6A 1XSFA 4LFXA 5D5CA 3SP3A 209LA 1LHLA 1UIBA 123LA 1L10A 1DYFA 1UUZC 2B75A 1G0KA 3HU8A 1SSWA 1OYUA 2BQHA 1L36A 1QUGA 2EIZC 2OU8A 2RH1A 5KXTA 2HUMA 1B7QA 1B5YA 170LA 1CU0A 2W1MA 1LYSA 1C67A 1LZ6A 1L85A 4B49A 1HENA 2BQIA 3OE8A 3WUNA 3HTDA 3UONA 2IHLA 4BAPA 1L99A 5FSTA 1TEWA 4FJRA 2ZIJA 4DDBA 1L26A 1QTEA 1XJTA 3AGHA 3HTGA 1RCMA 1QUHA 141LA 1L62A 198LA 3DN3A 2LZ2A 1VFBC 1I20A 4G4HA 4WMGA 1TAYA 1DZBX 3HU9A 3WH1A 166LA 110LA 4IAPA 4W57A 3W6FA 2DKVA 127LA 4H8ZA 1LMCA 1ZWNA 1IORA 1BWJA 2B73A 3C8RA 2I26L 3DKEX 3AZ7A 234LA 1B7MA 4NGJA 3GUIA 2XJWA 2RAYX 3IJUA 1GB2A 4OWEA 2I25L 4XN6A 3HT8A 155LA 1NWGA 4XJDA 1NKHA 150LA 6LYZA 1GE3A 4OWCA 1RE2A 4LT1A 4ML7A 246LA 3N9CA 1IY3A 190LA 4B1AA 4H9FA 1N4FA 1IR7A 5LZMA 3WU9A 3HT6A 2DQGY 3SBBC 4BADA 3BKVA 2B74A 1C6IA 1L40A 1GF6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1UIF A;  1L18 A;  1L76 A;  1LZR A;  3ODU A;  5LIN A;  1B5Z A;  1IY4 A;  3J4G A;  1NMM A;  3F6Z A;  1LSB A;  4LYB A;  2D4I A;  4W59 A;  1L75 A;  5KXN A;  3NYA A;  4WL7 A;  1LZT A;  5KXM A;  260L A;  4H90 A;  3W6A A;  3HBD A;  5B07 A;  1DYA A;  2XTH A;  1B5X A;  119L A;  1LMA A;  4YEM A;  1IOS A;  3WVY A;  1LZG A;  4HPI A;  4O34 A;  4W96 A;  1UIC A;  3TMX A;  5KXL A;  1CU2 A;  1LHI A;  1FLU A;  1QT4 A;  1KY1 A;  4U3X B;  1BHZ A;  4W58 A;  1L20 A;  3DN8 A;  128L A;  3QAK A;  3HDF A;  1F6S A;  1HML A;  2PC2 A;  5APC A;  1OUH A;  1CKD A;  5DN4 A;  1HER A;  232L A;  4DT3 A;  5F81 A;  262L A;  161L A;  1LWK A;  5JEN B;  4M6D A;  1D3J A;  3C82 A;  3FE0 A;  1WVU A;  4PK0 A;  1OUE A;  5L9J A;  1LZA A;  1GFR A;  2ZQ3 A;  1HFY A;  4W51 A;  5LVG A;  1OUA A;  3WVX A;  1KIR C;  4I7M A;  1XGR C;  1JPO A;  1LYE A;  3TXJ A;  1YAM A;  1L49 A;  4FDY A;  196L A;  1G0J A;  228L A;  3F8V A;  5I53 A;  182L A;  1J1P Y;  1G7H C;  4OWB A;  3RNX A;  5A3Z A;  1P37 A;  2XBR A;  4H8Y A;  167L A;  1UID A;  1RI8 B;  1C69 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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