1L88A

Similar hydrophobic replacements of leu 99 and phe 153 within the core of t4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTMRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Similar hydrophobic replacements of Leu99 and Phe153 within the core of T4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l88A00
1L83A 3GUPA 1L42A 1G0KA 3FADA 4K5YA 1OWZA 1QT3A 1C69A 1L67A 3DN8A 4ARPA 1CU0A 1DYGA 233LA 1L31A 3HT6A 184LA 4PK0A 1CX6A 3QAKA 1G0MA 1L81A 129LA 1C6HA 1L03A 162LA 3V2YA 2RBPA 3JR6A 1L62A 243LA 262LA 3CDVA 169LA 148LE 2Q9EA 147LA 1L90A 4PJZA 1L74A 1LI6A 1CV0A 1L27A 2OU0X 260LA 114LA 1C65A 2LC9A 2OU8A 1L0JA 1OWYA 1XJUA 3DMVA 1L33A 4W53A 2RBQA 2HUKA 1L66A 171LA 1LGUA 1C6AA 3GUIA 3GULA 4I7SA 144LA 183LA 1D2WA 223LA 4EXMA 4I7QA 230LA 1QS5A 4ARLA 1L47A 4EPIA 2RB0X 3C81A 1L19A 4EKSA 1L56A 1C6GA 1G1VA 3HH6A 1C6KA 1L91A 2F47A 3G3XA 2B6TA 112LA 4W56A 1ZURA 1C61A 199LA 1C6DA 218LA 1B6IA 3OE0A 3SB8A 1L89A 4EKPA 3GUNA 1LLHA 2OE7X 1L70A 240LA 1L87A 1L02A 1CV3A 4S0WA 137LA 1L26A 182LA 1C68A 2B73A 1L23A 1P36A 109LA 3HDFA 4LZMA 4I7TA 1L69A 1P5CA 2B6XA 1L25A 255LA 3SB6A 3DN1A 102LA 4DAJA 1CV6A 1C6PA 123LA 1SWZA 1C6JA 248LA 4W51A 1L06A 1L63A 1LYFA 113LA 1L41A 1L36A 3SN6R 118LA 1L76A 1C6LA 3V2WA 250LA 138LA 1L49A 3SBAA 1LGWA 195LA 2OE4X 1DYCA 157LA 1L50A 119LA 201LA 1L99A 1L21A 1OVKA 3CDTA 4W59A 4W54A 1L12A 2OU9A 1PQOA 3HTFA 4I7OA 4DKLA 1L75A 1LYDA 180LA 1JTMA 1L94A 1L95A 3DN3A 3OE6A 246LA 170LA 3C83A 4DJHA 3CDOA 4W57A 1L54A 220LA 126LA 3SB7A 1L0KA 1L60A 1LI2A 3C82A 3EMLA 3GUOA 4GBRB 4ARJA 1LW9A 1P3NA 3GUMA 7LZMA 1L80A 2LZMA 244LA 1KY1A 1L88A 1L73A 1XJTA 1L48A 3GUJA 1P46A 1G0PA 4I7PA 2B75A 4E97A 2NTHA 1K28A 165LA 1P37A 2Q9DA 2O79A 166LA 4IAPA 177LA 1L44A 198LA 1G07A 1P56A 4YXCA 3C7YA 2OTZX 1QTZA 1CV4A 2NTGA 1DYEA 2RB1X 1CV1A 3DN6A 176LA 4W55A 1L61A 1PQIA 1L55A 1KS3A 1QT6A 229LA 155LA 253LA 107LA 128LA 3LZMA 254LA 2A4TA 3HWLA 1L14A 3CDQA 2RBSA 1OYUA 2B7XA 3UONA 1L97A 1CU3A 1QT8A 256LA 1P2LA 1QTHA 3F9LA 1G1WA 1T97A 3HTBA 1L16A 241LA 1DYDA 1L64A 145LA 2QB0B 225LA 111LA 3HT9A 1LI3A 2F32A 1QTVA 1L86A 2HULA 143LA 3GUKA 1C6NA 1OVHA 150LA 3C8QA 3F8VA 1T8GA 1L96A 4GRVA 2OEAX 1L58A 1L40A 1L68A 224LA 1G0GA 4OO9A 3HU8A 1T6HA 1QUOA 1G06A 3HT7A 1C63A 261LA 227LA 3PBLA 159LA 232LA 3DN2A 222LA 4I7RA 156LA 146LA 1D3JA 209LA 173LA 1L46A 2RBNA 4ARQA 1L93A 1SSYA 3VW7A 1L65A 3DMZA 1QTCA 1L72A 206LA 1L43A 1L53A 3D4SA 242LA 3DMXA 152LA 141LA 1OV5A 163LA 120LA 1L57A 258LA 1C6EA 1L09A 1SSWA 1CU2A 4ARMA 4I7LA 3G3WA 1L24A 237LA 2OE9X 2ANXA 257LA 2B6WA 200LA 4ARMB 3RUNA 1EPYA 1PQJA 1L28A 1D3FA 1LYHA 158LA 1SX7A 1LWGA 1PQMA 4I7NA 3HUQA 3C8RA 189LA 108LA 3FI5A 3DKEX 1LYJA 4EJ4A 1L32A 175LA 1QSQA 1QT5A 238LA 187LA 1DYAA 2HUMA 1JQUA 2IGCA 1L38A 1G0QA 4LDEA 1C60A 217LA 2L78A 1CU5A 3FA0A 1LPYA 1D3NA 181LA 1LYEA 196LA 4EKQA 1L34A 3DN4A 2O7AA 1L52A 2RB2X 188LA 161LA 3HUAA 1L37A 2CUUA 1C6TA 1C62A 1C6QA 2F2QA 1C6BA 1KW5A 103LA 149LA 110LA 228LA 1OVJA 251LA 2ANVA 252LA 249LA 3C7WA 3HU9A 4YXAC 125LA 167LA 1LWKA 214LA 1L59A 1L98A 1I6SA 3NYAA 1CTWA 186LA 3DN0A 1TLAA 245LA 2RBOA 1WTHA 3HTDA 127LA 1C67A 1L82A 151LA 4LDOA 1C6MA 104LA 1L79A 3PDSA 1L05A 3HH4A 1QS9A 3HTGA 211LA 1L08A 1L11A 3OE8A 1LYGA 234LA 1C6CA 115LA 216LA 235LA 5I14A 1QUDA 1KNIA 142LA 172LA 191LA 1L00A 131LA 3SB5A 1C64A 1P2RA 259LA 213LA 1P7SA 2B6ZA 1CUQA 1L39A 1G0JA 3OE9A 226LA 3DNAA 178LA 236LA 2B70A 2Z6BA 2B6YA 1L30A 1QUHA 3HH3A 231LA 192LA 4EPFA 3C8SA 4LDLA 1CX7A 1L17A 160LA 1SWYA 1L22A 3HUKA 1QUGA 212LA 4YX7C 3L2XA 2RH1A 1L71A 1C6FA 1ZWNA 6LZMA 1ZYTA 1CV5A 1CVKA 3ODUA 130LA 1L45A 1P6YA 2O4WA 1QSBA 1D3MA 3CDRA 1QT4A 1KW7A 5LZMA 3HH5A 122LA 4W58A 4W52A 4I7KA 1L07A 139LA 168LA 3RZEA 3SBBC 2QARC 4ARQB 1LGXA 3G3VA 4ZPUA 3L64A 1C66A 2LCBA 1L85A 1DYBA 1L51A 1QTBA 3C80A 1JTNA 3NY8A 1L18A 1L29A 1QTDA 2OTYX 3HDEA 215LA 1D9WA 1P64A 140LA 1L92A 247LA 164LA 1OV7A 1L10A 174LA 1PQKA 1KY0A 1SX2A 197LA 1NHBA 1L15A 1L77A 239LA 2RBRA 1CUPA 2RAYX 1DYFA 4EKRA 1CU6A 1T8AA 221LA 3K2RA 3C7ZA 190LA 1L84A 1L20A 210LA 4I7MA 1G0LA 1C6IA 1T8FA 1XEPA 219LA 1D2YA 2RAZX 1L01A 1L04A 3HT8A 3NY9A 1L13A 4AQNA 1QT7A 1LYIA 185LA 2B72A 3SB9A 205LA 2B74A 4I7JA 1PQDA 1L35A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GN4A 5B1GA 1BHZA 1GHLA 4GCDA 1GB0A 2Z37A 3RW8A 1KIPC 2BQOA 208LA 3DN8A 1IORA 1CU0A 2BQEA 4EMNA 4NGWA 4NHPA 3A91A 1LMCA 1UA6Y 1C6HA 169LA 148LE 3EBAB 1LSAA 4QY9A 1TCYA 2YBHA 1XJUA 1L33A 3HBDA 4HJYA 4FJRA 1LZGA 171LA 2XTHA 3T6UA 4I7SA 144LA 1XEJA 223LA 2BQLA 5A3EA 1LYSA 2XBSA 1GFVA 1QS5A 3WW5A 3N9EA 1GB9A 1JKBA 3C81A 5B07A 3WUMA 4EKSA 5LA5A 3MGWA 1KIRC 1YL0X 4FDYA 2YBNA 1C6DA 1LHKA 1B6IA 3SB8A 1L89A 1LLHA 1SQ2L 2OE7X 1L70A 1L02A 1CV3A 5KXPA 5KKJA 2RSCA 1NWGA 1YILA 1P36A 109LA 1CNSA 1VDQA 1L69A 2HECA 4D9ZA 5I54A 1GFTA 3AZ6A 4HTQA 1AT5A 1L25A 255LA 4PRUA 2D4JA 2HU3A 2LYOA 4UWVA 248LA 1B7QA 2BQKA 2D4KA 1YROA 3CT1A 2B5ZA 1GF3A 2A7FA 4XJIA 4XJFA 5B59A 118LA 1L76A 2G4QA 250LA 1V7SA 1RCMA 133LA 5DN5A 195LA 1DYCA 1EQ5A 157LA 4N5RA 1L99A 1L21A 1KXXA 2OU9A 1H87A 3HTFA 1GAYA 1IWTA 4LYBA 1L75A 1LYDA 4XJGA 1JTMA 1CJ8A 4LYZA 1SLYA 1L94A 1L95A 5LYZA 170LA 1GPQC 3CDOA 1B7SA 4PPOA 126LA 1B5VA 1L0KA 1FDLY 2XBRA 1GB5A 5KXYA 4GCFA 4PHIA 4ARJA 1LW9A 4X3BA 1LTMA 1KY1A 5AMYA 2YBIA 3LYZA 194LA 1AKIA 1XJTA 3M3UA 5C6LA 4ETBA 3GUJA 1OUAA 4E97A 1K28A 4Z3MA 2PC2A 4GCEA 3P4ZA 1D0LA 4II8A 1P56A 5I4WA 3A93A 1XEIA 1CV4A 1HC0A 1D0MA 5D5FA 1BWIA 1FLUA 1QUTA 2N5ZA 1L55A 3AW6A 229LA 155LA 1UIAA 1LMTA 253LA 2A4TA 3HWLA 5LYMA 3CDQA 2DQGY 2MEAA 2Z19A 4NGKA 1D9UA 2DKVA 2B7XA 1QT8A 1QTHA 1ZVHL 3HTBA 1L64A 4TSBA 143LA 3GUKA 1JKAA 1HENA 3WL2A 4G4HA 4IASA 2Z18A 3HBHA 1YAPA 5ILFA 1L58A 1GFAA 7LYZA 4OO9A 5F9UA 5ILCA 1C63A 4HV2A 159LA 2LYMA 2LYZA 232LA 4NEBA 1LYYA 1VDTA 4XENA 2DBTA 2RBNA 3VW7A 5KXOA 1HMKA 1L65A 1OP9B 1LJIA 5LVHA 3DMZA 3AJNA 1QTCA 3B0OA 1GFHA 1HSWA 141LA 1OV5A 163LA 120LA 193LA 4KL7A 4ARMA 3CB7A 4I7LA 2OE9X 237LA 3LYMA 3LHMA 1L28A 1D3FA 4NGVA 3ZEKA 5KXMA 3TXGA 1SX7A 4YF2A 3C8RA 132LA 1JSFA 1LYJA 1Z55A 1LZ6A 3EMSA 2Y8PA 1QSQA 2C8PA 1B7MA 2HUMA 2BQMA 4WLTA 2X0AA 2YVBA 8LYZA 4NGZA 217LA 2L78A 1CU5A 4DDCA 5EBHA 5LXWA 3WH1A 4NG1A 1CKDA 2ZWBA 3HUAA 3BKHA 1C6TA 1C62A 3RZ4A 1GXV2 4KT3A 4WM5A 149LA 3WPLA 3WXUA 3W6FA 1NBYC 2ANVA 4IATA 249LA 2CGIA 3HU9A 2YBJA 4QDNA 1GBXA 1GDWA 245LA 2RBOA 3HTDA 1HEQA 127LA 5B1FA 151LA 5FELA 2ZYCA 3PDSA 1L05A 3A3RX 4OOTA 3AYQA 4BADA 1L11A 1IR8A 216LA 1J1OY 172LA 191LA 1UACY 3SB5A 1P2RA 6LYZA 1P7SA 1FN5A 1OUIA 226LA 236LA 4DYGA 1TBYA 2B6YA 1L30A 3HH3A 2HU1A 4NGIA 4HPEA 1JTOL 1CX7A 1JJ1A 1L17A 1IWUA 212LA 2ZNWY 1HHLA 3L2XA 1BWHA 1C6FA 1ZWNA 4NWHA 3ODUA 130LA 1L45A 1P6YA 1UBZA 1XGPC 3AGIA 3HH5A 3QNGA 1LSCA 5KXWA 4OOOA 4ML7A 168LA 1LGXA 3G3VA 1QIOA 1L51A 1IOTA 4NSJA 1LZCA 140LA 164LA 1NDGC 1L10A 1OV7A 1DZBX 1IP1A 1PQKA 1WTNA 2F4GA 1GF9A 5KXSA 1L15A 239LA 1OUCA 2BQNA 1QTKA 4LFXA 3K2RA 4MCKA 1MLCE 190LA 1L20A 1MELL 210LA 1C6IA 1XEPA 2YSSC 4LT0A 1D2YA 2RAZX 1HEPA 4AQNA 1QT7A 1LYIA 158LA 2HEDA 1L35A 3TXEA 2F4AA 4TSCA 4DDBA 1L42A 3ATNA 1G0KA 1OWZA 1DKKA 4BAPA 1XGTC 4ARPA 1DYGA 1L31A 3HT6A 4PK0A 1LHMA 1L81A 1L03A 262LA 2Q9EA 5APCA 1IP5A 1W6ZA 1OUDA 2OU0X 1XFPL 3WPKA 3CT5A 114LA 1C65A 1IP7A 3WULA 2OU8A 1IP6A 1L0JA 1OWYA 2MECA 3DMVA 2RBQA 3WUNA 2MEFA 2MEDA 1L66A 2BQFA 1C6AA 3GUIA 1D2WA 4WL7A 1B7LA 3AGGG 1LOZA 4XYYA 4W94A 5L3HA 2CWIA 2MEHA 4ARLA 3W6BA 1BB3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4GN4 A;  5B1G A;  1BHZ A;  1GHL A;  4GCD A;  1GB0 A;  2Z37 A;  3RW8 A;  1KIP C;  2BQO A;  208L A;  3DN8 A;  1IOR A;  1CU0 A;  2BQE A;  4EMN A;  4NGW A;  4NHP A;  3A91 A;  1LMC A;  1UA6 Y;  1C6H A;  169L A;  148L E;  3EBA B;  1LSA A;  4QY9 A;  1TCY A;  2YBH A;  1XJU A;  1L33 A;  3HBD A;  4HJY A;  4FJR A;  1LZG A;  171L A;  2XTH A;  3T6U A;  4I7S A;  144L A;  1XEJ A;  223L A;  2BQL A;  5A3E A;  1LYS A;  2XBS A;  1GFV A;  1QS5 A;  3WW5 A;  3N9E A;  1GB9 A;  1JKB A;  3C81 A;  5B07 A;  3WUM A;  4EKS A;  5LA5 A;  3MGW A;  1KIR C;  1YL0 X;  4FDY A;  2YBN A;  1C6D A;  1LHK A;  1B6I A;  3SB8 A;  1L89 A;  1LLH A;  1SQ2 L;  2OE7 X;  1L70 A;  1L02 A;  1CV3 A;  5KXP A;  5KKJ A;  2RSC A;  1NWG A;  1YIL A;  1P36 A;  109L A;  1CNS A;  1VDQ A;  1L69 A;  2HEC A;  4D9Z A;  5I54 A;  1GFT A;  3AZ6 A;  4HTQ A;  1AT5 A;  1L25 A;  255L A;  4PRU A;  2D4J A;  2HU3 A;  2LYO A;  4UWV A;  248L A;  1B7Q A;  2BQK A;  2D4K A;  1YRO A;  3CT1 A;  2B5Z A;  1GF3 A;  2A7F A;  4XJI A;  4XJF A;  5B59 A;  118L A;  1L76 A;  2G4Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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