5LYMA

Studies of monoclinic hen egg white lysozyme. iv. x-ray refinement at 1.8 angstrom resolution and a comparison of the variable regions in the polymorphic forms
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title Studies of monoclinic hen egg-white lysozyme. IV. X-ray refinement at 1.8 A resolution and a comparison of the variable regions in the polymorphic forms.
pubmed doi rcsb
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5lymA00
5HLLA 3WPLA 3K3TA 4WM1A 2LYOA 1GAYA 4UWNA 5KXNA 1IO5A 1NDMC 5E4PA 1IOTA 1VAUA 4NHTA 1BVXA 1B5XA 1TCYA 4LYZA 4OWEA 1GF3A 4NSJA 3TXBA 5DM9A 3W6DA 1QSWA 1IP6A 1JKCA 1JPOA 1LJGA 1JITA 4I8SA 5D5CA 1MLCE 1LJFA 3EXDA 4J1BA 3LZ2A 1LOZA 4G4HA 3TXKA 1UC0A 5KXMA 3A3QA 1QDRA 1LMNA 4HJZA 4P2EA 3WW6A 1D9UA 4ANRA 3KAMA 1B7PA 1LSPA 3CT1A 3WU7A 4KXIA 3GXKA 2B5ZA 3AZ6A 1WQQA 1DPWA 1GE3A 4YF2A 3TMXA 3WU9A 2H5ZA 1J1PY 5KKIA 5KXYA 1B7SA 3EMSA 5L9JA 4DD7A 3IJVA 1B0DA 3IWRA 1BGIA 1D0KA 2DQEY 2ZIJA 4H8ZA 3ULRA 1JWRA 4Z98A 5APEA 2MEIA 1GF9A 3B72A 4DD2A 3CSQA 5DN4A 1D0MA 2ZNXY 3AYQA 5B1FA 1D6PA 4G4BA 2F30A 2BQIA 1LSYA 2XBSA 1GD6A 4KL7A 4XJFA 8LYZA 1UIEA 4GCFA 4PJ2C 4W96A 1GBYA 4CHXA 1WQOA 1XGRC 4M6DA 1JUGA 1YAMA 1DI3A 1LZTA 4HSFA 3B0KA 4N1CC 1DKKA 4NGKA 4XJIA 1LHKA 1UA6Y 1GFEA 4AGAA 3N9CA 1J1XY 1VATA 4GCDA 1IP4A 4LT2A 1WVVA 1IWYA 3WH1A 1IC4Y 4B0DA 5IDDA 1LKSA 2BLXA 1IORA 1JJ0A 4DD1A 4WM2A 4NHQA 2BQBA 1W6ZA 4NHPA 5DLAA 2YBNA 3RW8A 2CGIA 4FDYA 1LSDA 1YQVY 4H9EA 4IASA 3ZVQA 4MSTA 2LZ2A 4BAPA 4LYMA 2HEDA 5E9RA 2N5ZA 3CT0A 5K7OA 3OJPA 5FHWA 1BB4A 1IX0A 4DD0A 3P66A 4CGEA 1LPIA 2D4JA 4GLVA 4B49A 2A7FA 1GDWA 1T3PA 1N4FA 4WOAA 3W6BA 4EMNA 1F0WA 1NMMA 1XGPC 4LT0A 5B06A 1LZ1A 2D91A 2MEAA 4WL7A 1IP1A 1JTOL 3RNXA 2ZQ3A 3HFMY 1IR9A 1KIRC 3BKHA 1ZMYL 3AB6A 1GBWA 1LSAA 1GE4A 1IIZA 1GF4A 4TWSA 5HQ1A 5II3A 5LXWA 1REZA 5FCPA 1JJ1A 1E8LA 2DQJY 1LZ6A 3N9AA 4PRUA 1W08A 4XADA 1FLUA 3D9AC 1GBXA 4GCEA 3LYOA 3ATNA 1B5WA 3WL2A 1GF7A 3A93A 3EO5A 1IWWA 5ILCA 4DD9A 1NBZC 5I53A 1LZYA 1LYYA 1XSFA 5KXPA 3WUMA 5J7CA 4DDAA 5L3IA 3AW6A 2BQMA 2D4KA 2MEBA 1NQIA 2FBBA 2MEFA 2W1LA 3TXJA 1NDGC 1RE2A 4BADA 4NGIA 2BPUA 1DQJC 3TXEA 1JHLA 4NSIA 1UICA 1IWVA 4NG8A 1LHMA 2YSSC 2GV0A 2ZIKA 1WQRA 1GDXA 4DWXA 2Z37A 5ILFA 1IP3A 1LSGA 1LZBA 2F2NA 3J4GA 1LZNA 1UIGA 2HEEA 1INUA 1BB5A 1OUDA 1IOCA 4N8ZA 2XJWA 1BB6A 1WVUA 1HSWA 2EKSC 4NSGA 1DI4A 2DKVA 4LYTA 1LCNA 4RDSA 4YM8A 5LVJA 1QTKA 1PS5A 3AGGG 4C5FA 3LYZA 6LYTA 1HF4A 1TBYA 2C8OA 5APDA 1JKAA 3AGIA 5I4YA 5LINA 4NFVA 1REXA 1C45A 4OWCA 4NGJA 1JKDA 1LZRA 1YL0X 1FBIX 5A3ZA 4ET8A 1G7IC 1ALCA 1CKFA 4OWHA 1GB5A 1GB3A 1GFKA 1NKHA 1EQ5A 2HEAA 4NGVA 4TSBA 4Z41A 1D6QA 2HU3A 4HPEA 4CFOA 1HSXA 2H9KA 5D5FA 2FYCA 1XEJA 4B1AA 1GFGA 1LZCA 4NGWA 4WMGA 4NG1A 1OUFA 3A94A 1JEFA 1GB7A 2W1MA 1LSCA 4GLAA 1GF6A 5LYMA 3AZ5A 1FKQA 1ZVHL 1GB2A 1IR7A 3A91A 4CFPA 1XGUC 4QEQA 5HNLA 2MEGA 1F6SA 1LZ4A 3M18B 5F16A 1SLYA 5HNCA 4NWEA 4HTQA 4ZEEA 1HEMA 4NIJA 4DDBA 1B5UA 5A3EA 1OUHA 1GBSA 3ATOA 1JJ3A 1VEDA 4ET9A 4H9AA 1CJ9A 1QDTA 2HTXA 1IWTA 4XJBA 3W6EA 4YEMA 1AM7A 1UIAA 2DBTA 4W94A 4NHIA 4AXTA 1G7HC 5KXTA 1I20A 3LZTA 2Z12A 2H9JA 5KKJA 135LA 5KXZA 2I26L 5APFA 1C7PA 1GB6A 1TDYA 2C8PA 4YEOA 5FSTA 4BS7A 3LYMA 1IR8A 4B4JA 1VDSA 1G7LC 1LSFA 4CJ2A 1IY3A 4WM5A 1OQMA 2NWDX 1B7QA 1HEPA 1FDLY 3A3RX 1B7NA 1LHIA 1OUAA 4WL6A 4XJGA 1A2YC 2XTHA 2CDSA 4C3WA 2LHMA 3LN2A 1NF5A 5AMYA 1HEOA 1XGQC 5C6IA 4D9ZA 2DQIY 1RCMA 1BWJA 1HNLA 5LIOA 5LVIA 1HFYA 2ZILA 1DPXA 2Z18A 1GF0A 4U3XB 2ZQ4A 1LSNA 3J6KA 3P64A 4IATA 1LJIA 1LMCA 4RW2A 5L3HA 3EBAB 4HV2A 1IP5A 4E3UA 1IEEA 2RSCA 3CSRA 1DZBX 1IP2A 3A92A 5B1GA 1GFVA 3B6LA 1IWXA 2ZWBA 2BAAA 1UIDA 5T3FA 1GE1A 1CJ6A 1OUBA 2Z2FA 3CB7A 5LAGA 2IHLA 1GFAA 5KXWA 5LAFA 1NHEA 3TMUA 1LSBA 2EPEA 1GFTA 3MGWA 5DL9A 5DN5A 4XENA 1LYOA 4GN3A 1LJJA 1LJ4A 2BQEA 1B9OA 1BVKC 4NHSA 2WARA 2VB1A 4O34A 1JIYA 3G3AB 4DC4A 2YBIA 1LYZA 3AJNA 4WO9A 1IY4A 3W6CA 4R6CA 1ZVYB 4ML7A 5LVGA 4PPOA 1C08C 2EIZC 1WQPA 3SP3A 1FLQA 1SQ2L 3QE8A 3WUAA 2F4GA 1BWHA 1WQMA 4TX7A 4WM4A 3QNGA 5B05A 1BHZA 1FLYA 2DQHY 1Z55A 4KPMA 5IELA 4BAFA 4H9HA 4I0CA 2YBLA 4ETAA 2BQJA 3T36A 1VFBC 3ZVQB 2DQAA 1VDPA 3P4ZA 4WG7A 4WM6A 1HEWA 3AZ7A 1LTMA 2HEBA 2DQGY 2HEFA 2I25L 1HMKA 2AUBA 2YDGA 1WTMA 5APCA 1LAAA 1OUEA 2MEHA 3T6UA 4H8XA 1TEWA 3WPKA 1OUCA 4B4IA 1YL1X 1B5ZA 1GB9A 1IC5Y 1QIOA 2BQCA 3A95A 3WVXA 1CKDA 4NEBA 4UWUA 3QY4A 1LMTA 4ETEA 3HBEX 4DT3A 1EL1A 132LA 4H9FA 4G9SA 3VWOA 2BQGA 3FE0A 5FEKA 5LVKA 2DQFC 4QY9A 1XEIA 1YKYX 1GEZA 134LA 5HMVA 3TMWA 3WW5A 153LA 1CKCA 1H6MA 1LKRA 5LA5A 1YKXX 1GFJA 2DQCY 1KXYA 4WLTA 1BB7A 1UIBA 3WVYA 1YKZX 5F9UA 1KIPC 1YAPA 1XGTC 2XBRA 3F6ZA 3N9EA 3WPJA 1LSEA 1JISA 1B5VA 3B0OA 2HUBA 1GWDA 1TAYA 4HJYA 4M4OA 1WQNA 2BQAA 2BLYA 2D4IA 2MECA 3AGHA 4EOFA 2DQDY 2D6BA 1LYSA 1HFZA 1KXWA 1LZDA 1LJEA 3AZ4A 5KJ9A 1CNSA 1EQ4A 4H93A 1BQLY 1NWGA 1UBZA 1D0LA 1LZEA 2Z2EA 1GAZA 3LHMA 5HMJA 1A4VA 1LZ8A 2YBJA 4XYYA 3TXDA 4WLDA 1IWUA 2G4QA 2X0AA 3CQLA 4LT3A 3RU5A 3TXFA 4B4EA 3D3DA 1B7OA 2I6ZA 3TMVA 1B7RA 1G7JC 1LHJA 4DYGA 1EQEA 2ZYPA 3AW7A 5M1YA 1PZYA 1YROA 4DD3A 1B2KA 4DDCA 1REMA 6LYZA 4J1AA 4NGYA 1VDTA 1OUIA 2IFFY 2A7DA 2LYMA 3B0IA 5KY1A 1HC0A 3ZEKA 2BQNA 1DKJA 2BQHA 3BKVA 2EQLA 1GE2A 4NGLA 3WULA 4HP0A 4ZFPA 208LA 1DXJA 3RZ4A 5F14A 193LA 2CJLA 4H9BA 1CKHA 1F6RA 1IC7Y 1I56A 1GFUA 1FKVA 2G4NA 2Z39A 4NY5A 1FN5A 2BQDA 1GXXA 1UIFA 3A67Y 4PRQA 3WXUA 1H87A 1G7MC 1VDQA 1GHLA 1OUJA 5FELA 2FYDA 1V7SA 1UUZC 4WG1A 133LA 5LVHA 1QTEA 1XEKA 3E3DA 1AKIA 1LHLA 1HMLA 1LMAA 4OW1A 5KXSA 2YBHA 1JTTL 194LA 5JENB 1I1ZA 4NGOA 4OOTA 3WMKA 1LSZA 2ZNWY 1QUTA 4H92A 1HELA 2W1YA 4H8YA 4R0FA 5LA8A 3G3BB 1KIQC 1AT6A 2BQFA 2YVBA 4GCBA 4YENA 3W6FA 1F10A 1GF5A 207LA 3LYTA 2LYZA 3FI7A 4H91A 1LJHA 4PGJB 1HFXA 4H94A 1RFPA 1V7TA 1KXXA 4HTKA 4QDNA 3W3EA 1GBOA 5LYZA 1BB3A 2YBMA 3TXHA 4J0LA 4N9RA 4WM3A 1C43A 2Y8PA 4ZIXA 1GBZA 3P68A 3CSZA 2CWIA 4RLMA 5LYTA 5I54A 4LFPA 1GB0A 1LMOA 1OP9B 4TUNA 3IJUA 1GB8A 4RLNA 2W1XA 2BQOA 1MELL 1QQYA 4FJRA 3CT5A 4LYOA 1WTNA 4OWBA 4II8A 1LZ5A 1RJCB 4N0JA 4GN4A 4LYBA 1IWZA 1GF8A 3A6BY 154LA 4G49A 4TTDA 1J1OY 3A34A 3A6CY 4OOOA 1C10A 1GPQC 1GE0A 1LMQA 1IOSA 1LJNA 1JKBA 2PC2A 1REYA 1LJKA 1YAOA 3A8ZA 4N5RA 1CKGA 1T6VL 2G4PA 3GXRA 3P65A 1JTPL 1YILA 1AZFA 4H1PA 4LGKA 1P2CC 4WO6A 4ETDA 2MEEA 4L41A 1CJ8A 4NSHA 1O23A 3TXIA 1CJ7A 4HV1A 4H90A 1YAQA 3WYHA 1LHHA 1IP7A 5EBHA 3WXTA 2Z38A 4Z46A 4Z3MA 5KXKA 1LZAA 4YOPA 4NGZA 2ZYCA 1HHLA 1LSMA 1FLWA 1HENA 1UACY 5C6JA 1C46A 5KXRA 1UIHA 1RI8B 1GEVA 4WLYA 1B5YA 5I4WA 2HU1A 5IHGA 5KXXA 4IJ4A 3HBHA 4GCCA 4PHIA 5B59A 1YIKA 4XJHA 1B7LA 1QUSA 2BQKA 4NWHA 3TXGA 1HEQA 4LYCA 1LZGA 4LT1A 4N1EI 4RW1A 4HTNA 4MR1A 1JSEA 2HECA 2Z19A 1IOQA 1XFPL 5F81A 4HJVA 5KXLA 1NBYC 2LZTA 2BQLA 3A96A 4LZTA 4LFXA 3W6AA 4KT3A 1LJ3A 1BWIA 1ZV5L 4XJDA 3OK0A 5C6LA 1JSFA 1LZSA 4HPIA 4WLXA 5FDJA 4A7DA 1LZ9A 1OUGA 3WUNA 5I4XA 4MCKA 1YANA 4GN5C 3M3UA 4ETCA 1GFHA 3HBDA 4OWAA 1HERA 1GXV2 1QSAA 4ETBA 1LMPA 5KXOA 9LYZA 4H9IA 4QGZA 5B07A 2F4AA 4UWVA 3RT5X 4XN6A 1AT5A 1UCOA 4J7VA 4G4CA 1B7MA 4TSCA 1IVMA 2Q0MX 5I5QA 4H9CA 5F9XA 1GFRA 7LYZA 3A90A 4X3BA 2MEDA 3WU8A 1DI5A 2FBDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IOTA 4EKSA 4I7LA 3W6DA 1IP6A 1L37A 4G4HA 1LOZA 1LYHA 3TXKA 1UC0A 5KXMA 1LMNA 1JQUA 3KAMA 1L21A 3GXKA 1L02A 1L17A 4YF2A 3TMXA 3WU9A 1L60A 3C82A 1C69A 5L9JA 1CV5A 3IJVA 3IWRA 3C8QA 4H8ZA 4Z98A 5APEA 1LW9A 4DD2A 4G4BA 3C7ZA 4GCFA 1GBYA 1JUGA 1LZTA 4HSFA 4N1CC 3B0KA 1LHKA 1GFEA 3C83A 3N9CA 196LA 1P6YA 1L61A 258LA 3VW7A 4W54A 2BQBA 4NHPA 2XQOA 4FDYA 1KY0A 4LDLA 4W51A 3CT0A 5K7OA 3OJPA 1LPIA 2D4JA 1D9WA 1T3PA 2A7FA 4WOAA 5LZMA 1G0LA 3W6BA 4LT0A 5B06A 1LZ1A 4WL7A 1ZMYL 2RB2X 1LSAA 1IIZA 1I6SA 5HQ1A 4IAPA 1P36A 1E8LA 2DQJY 1LZ6A 4PRUA 1W08A 4XADA 1L63A 4DD9A 1NBZC 1LZYA 1XSFA 2D4KA 1CU5A 1QTZA 1RE2A 2BPUA 1C6HA 1C6AA 1WQRA 3HTDA 1L36A 3OE9A 253LA 2LCBA 2HEEA 1UIGA 108LA 4EXMA 250LA 2XJWA 1LCNA 5LVJA 4C5FA 1QTHA 3LYZA 1JKAA 1REXA 1JKDA 5A3ZA 1FBIX 1ALCA 1QTVA 234LA 4HPEA 5D5FA 112LA 1GB7A 2W1MA 111LA 175LA 3A91A 6LZMA 1G0GA 1XGUC 3M18B 4NIJA 4DDBA 5A3EA 1B5UA 1L96A 4EPIA 4H9AA 2HTXA 1L30A 4YEMA 181LA 3CDVA 4I7NA 4NHIA 1P56A 3SB6A 3LZTA 220LA 2RBSA 5FSTA 1P64A 1G7LC 4CJ2A 2NWDX 4EKRA 1C6LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HLL A;  3WPL A;  3K3T A;  4WM1 A;  2LYO A;  1GAY A;  4UWN A;  5KXN A;  1IO5 A;  1NDM C;  5E4P A;  1IOT A;  1VAU A;  4NHT A;  1BVX A;  1B5X A;  1TCY A;  4LYZ A;  4OWE A;  1GF3 A;  4NSJ A;  3TXB A;  5DM9 A;  3W6D A;  1QSW A;  1IP6 A;  1JKC A;  1JPO A;  1LJG A;  1JIT A;  4I8S A;  5D5C A;  1MLC E;  1LJF A;  3EXD A;  4J1B A;  3LZ2 A;  1LOZ A;  4G4H A;  3TXK A;  1UC0 A;  5KXM A;  3A3Q A;  1QDR A;  1LMN A;  4HJZ A;  4P2E A;  3WW6 A;  1D9U A;  4ANR A;  3KAM A;  1B7P A;  1LSP A;  3CT1 A;  3WU7 A;  4KXI A;  3GXK A;  2B5Z A;  3AZ6 A;  1WQQ A;  1DPW A;  1GE3 A;  4YF2 A;  3TMX A;  3WU9 A;  2H5Z A;  1J1P Y;  5KKI A;  5KXY A;  1B7S A;  3EMS A;  5L9J A;  4DD7 A;  3IJV A;  1B0D A;  3IWR A;  1BGI A;  1D0K A;  2DQE Y;  2ZIJ A;  4H8Z A;  3ULR A;  1JWR A;  4Z98 A;  5APE A;  2MEI A;  1GF9 A;  3B72 A;  4DD2 A;  3CSQ A;  5DN4 A;  1D0M A;  2ZNX Y;  3AYQ A;  5B1F A;  1D6P A;  4G4B A;  2F30 A;  2BQI A;  1LSY A;  2XBS A;  1GD6 A;  4KL7 A;  4XJF A;  8LYZ A;  1UIE A;  4GCF A;  4PJ2 C;  4W96 A;  1GBY A;  4CHX A;  1WQO A; 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 3A8Z A;  4N5R A;  1CKG A;  1T6V L;  2G4P A;  3GXR A;  3P65 A;  1JTP L;  1YIL A;  1AZF A;  4H1P A;  4LGK A;  1P2C C;  4WO6 A;  4ETD A;  2MEE A;  4L41 A;  1CJ8 A;  4NSH A;  1O23 A;  3TXI A;  1CJ7 A;  4HV1 A;  4H90 A;  1YAQ A;  3WYH A;  1LHH A;  1IP7 A;  5EBH A;  3WXT A;  2Z38 A;  4Z46 A;  4Z3M A;  5KXK A;  1LZA A;  4YOP A;  4NGZ A;  2ZYC A;  1HHL A;  1LSM A;  1FLW A;  1HEN A;  1UAC Y;  5C6J A;  1C46 A;  5KXR A;  1UIH A;  1RI8 B;  1GEV A;  4WLY A;  1B5Y A;  5I4W A;  2HU1 A;  5IHG A;  5KXX A;  4IJ4 A;  3HBH A;  4GCC A;  4PHI A;  5B59 A;  1YIK A;  4XJH A;  1B7L A;  1QUS A;  2BQK A;  4NWH A;  3TXG A;  1HEQ A;  4LYC A;  1LZG A;  4LT1 A;  4N1E I;  4RW1 A;  4HTN A;  4MR1 A;  1JSE A;  2HEC A;  2Z19 A;  1IOQ A;  1XFP L;  5F81 A;  4HJV A;  5KXL A;  1NBY C;  2LZT A;  2BQL A;  3A96 A;  4LZT A;  4LFX A;  3W6A A;  4KT3 A;  1LJ3 A;  1BWI A;  1ZV5 L;  4XJD A;  3OK0 A;  5C6L A;  1JSF A;  1LZS A;  4HPI A;  4WLX A;  5FDJ A;  4A7D A;  1LZ9 A;  1OUG A;  3WUN A;  5I4X A;  4MCK A;  1YAN A;  4GN5 C;  3M3U A;  4ETC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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