1LGWA

T4 lysozyme mutant l99a/m102q bound by 2-fluoroaniline
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title A Model Binding Site for Testing Scoring Functions in Molecular Docking
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lgwA00
1SWZA 232LA 243LA 1C6FA 3DNAA 216LA 1OVJA 1L12A 1WTHA 4I7OA 1T8FA 1L04A 261LA 1JQUA 1L24A 1L36A 1LGWA 6LZMA 2HUMA 3NYAA 255LA 1C6GA 2Z6BA 235LA 3HH6A 1EPYA 1P2LA 1L90A 3DN4A 104LA 1C6MA 4W58A 1L83A 4EKQA 1OYUA 222LA 170LA 2B6XA 219LA 1DYCA 1KS3A 2A4TA 2Q9EA 180LA 2RBQA 183LA 1DYEA 1L17A 112LA 1L67A 1PQKA 2B6YA 137LA 3SN6R 1QSBA 110LA 1QTCA 1C6HA 1L08A 1PQMA 259LA 3FADA 1LWKA 198LA 2O79A 1L53A 1OVKA 2RAYX 141LA 1CV4A 160LA 188LA 1SWYA 148LE 1QT7A 1LYJA 4ARPA 1C6PA 2F32A 3DMXA 217LA 195LA 1C69A 234LA 1LGXA 3SBAA 1T97A 1L85A 2B6WA 3F9LA 3PBLA 3HT9A 2QB0B 1QUGA 1L30A 2F47A 1QUHA 3G3WA 256LA 1L10A 211LA 1L42A 1XJTA 1P37A 3DN3A 1L11A 131LA 196LA 1L0KA 225LA 1CU3A 3SB6A 2B70A 1P7SA 1QTVA 1L52A 111LA 1L77A 1L25A 239LA 228LA 2ANVA 3CDTA 1QTBA 108LA 1QS9A 2O7AA 1L21A 230LA 1C6KA 1L41A 1B6IA 1QTHA 1P5CA 3OE6A 175LA 3JR6A 150LA 4ARQA 3HUQA 251LA 1L99A 1SSYA 1JTNA 1L38A 181LA 4LDLA 3C8RA 3C80A 1PQDA 1QT3A 1XJUA 3HH4A 3SB7A 1L88A 1G06A 1KW7A 2QARC 3CDRA 1TLAA 4EPFA 1L16A 3HH3A 1ZURA 1L59A 3K2RA 1PQJA 182LA 1L87A 1LWGA 3V2YA 1L82A 1C6TA 3HUAA 1T6HA 1KW5A 1G0PA 1L97A 3RUNA 3C7YA 4W54A 1L54A 1L22A 1L71A 1C6EA 2RBOA 3C8QA 248LA 1D3FA 4YXAC 2L78A 1D2YA 3V2WA 2OU0X 233LA 3HTDA 1L00A 1L39A 1CU6A 189LA 1LYEA 130LA 1KY0A 3QAKA 4ARLA 253LA 1PQIA 4W57A 4EKRA 166LA 114LA 1L05A 3HU8A 1KY1A 240LA 4LZMA 1QTDA 1XEPA 3OE8A 3GUJA 4ARMA 2NTHA 1QUDA 223LA 4W59A 4ARJA 164LA 1ZWNA 169LA 241LA 3DN1A 3HT8A 224LA 4W52A 3HUKA 1L69A 4W53A 192LA 3GUOA 186LA 2OE7X 4ARQB 1L51A 1G0JA 3GUMA 4EKPA 1L09A 3HT7A 1L01A 1T8GA 1C62A 1L61A 1P3NA 3GULA 4YXCA 143LA 1LI2A 159LA 3G3VA 3FI5A 249LA 1CU5A 3SB9A 107LA 3L2XA 1K28A 212LA 1D3MA 1C68A 1L79A 206LA 1L66A 3PDSA 1PQOA 1L65A 3HH5A 1L80A 1L40A 1DYGA 4I7RA 147LA 1C6QA 2RH1A 4IAPA 144LA 1L02A 1L27A 1LW9A 1LYFA 1G0LA 2RBRA 4GBRB 1DYBA 2CUUA 4EKSA 1CV6A 1L15A 1L37A 2OU9A 156LA 162LA 1ZYTA 5I14A 1C67A 1CUQA 1C61A 1CUPA 3OE9A 3DMVA 129LA 1OV5A 1OWYA 4DKLA 142LA 1DYAA 200LA 237LA 214LA 218LA 2RB0X 2LCBA 1QSQA 1C6BA 1C63A 1CV5A 2IGCA 3SBBC 1L89A 102LA 1L23A 115LA 139LA 118LA 1L72A 2B6ZA 2RBSA 1L75A 4DJHA 1L32A 3C7WA 1QT4A 151LA 1L43A 215LA 1L68A 1QUOA 3EMLA 1LPYA 1LYGA 4W56A 1L55A 1L86A 2RAZX 2OTYX 4I7QA 1L93A 3RZEA 1DYFA 2RBNA 3FA0A 4I7MA 1CV1A 1CV3A 109LA 4AQNA 2LZMA 1P46A 4PK0A 1SX7A 246LA 176LA 220LA 1CX6A 185LA 1C6CA 2B7XA 1L49A 4OO9A 1G1VA 1L81A 1JTMA 2OU8A 3C7ZA 113LA 1L29A 1L48A 3DMZA 2OE4X 1L35A 3ODUA 174LA 167LA 1C6DA 171LA 238LA 1QT6A 1L74A 1LI6A 2B75A 1L47A 205LA 168LA 191LA 145LA 2O4WA 4GRVA 199LA 2RBPA 1L13A 4DAJA 1SX2A 172LA 1OWZA 3GUPA 5LZMA 1P6YA 146LA 2OTZX 1LYIA 128LA 1L62A 4ZPUA 1C6JA 1L56A 1CX7A 3CDQA 1C6LA 2F2QA 1P56A 1L70A 221LA 4K5YA 4EJ4A 2OE9X 1L95A 3C8SA 1L07A 1G0GA 4I7NA 190LA 1L06A 4YX7C 1G0KA 3HTGA 197LA 1L94A 1C6IA 127LA 1L44A 245LA 3NY8A 3CDVA 3DN0A 1KNIA 1OV7A 161LA 1L19A 3GUIA 1DYDA 244LA 250LA 7LZMA 1L28A 1P2RA 3HU9A 3NY9A 4I7TA 1P36A 4I7PA 1LI3A 3HDEA 1C6AA 1G0QA 125LA 1L73A 2B6TA 3SB5A 1L96A 3CDOA 3HT6A 1I6SA 1LGUA 1D3JA 3OE0A 103LA 126LA 236LA 4I7SA 4ARMB 120LA 1L64A 2RB2X 1L92A 3L64A 209LA 138LA 213LA 3F8VA 1L14A 1T8AA 1L57A 1G07A 3G3XA 173LA 4LDEA 165LA 4E97A 1L63A 3DN6A 226LA 3C82A 3DN8A 257LA 2LC9A 3C81A 1QT5A 3LZMA 158LA 1L84A 2B72A 201LA 163LA 1L45A 3D4SA 155LA 1CVKA 187LA 3VW7A 1L98A 252LA 1L60A 1P64A 4W51A 4S0WA 2HUKA 1L50A 4I7KA 1C6NA 258LA 1C65A 1C60A 1C66A 149LA 1LLHA 4EPIA 3DKEX 1C64A 2B74A 1CU0A 123LA 1L20A 1L31A 1CU2A 1NHBA 1L46A 1L58A 247LA 1L76A 152LA 260LA 3GUKA 1LYHA 157LA 229LA 1QT8A 1LYDA 3HDFA 140LA 254LA 1L18A 3C83A 1D2WA 1L26A 1QTZA 242LA 1L91A 2OEAX 3HTBA 2NTGA 1L0JA 1L33A 4I7JA 3GUNA 231LA 262LA 2Q9DA 3UONA 2HULA 1CTWA 1D3NA 4W55A 2RB1X 1OVHA 3DN2A 4I7LA 4PJZA 4LDOA 178LA 1QS5A 2ANXA 1L34A 3HTFA 1CV0A 4EXMA 177LA 1SSWA 3SB8A 1G0MA 3HWLA 1D9WA 119LA 227LA 2B73A 210LA 1L03A 1G1WA 122LA 184LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HFMY 243LA 5HNCA 1JHLA 6LZMA 3NYAA 255LA 1EL1A 1LZ6A 4TTDA 1LJEA 1LHKA 3EO5A 1OYUA 222LA 2XTHA 3TXGA 1PQKA 112LA 1REYA 137LA 1QSBA 2LYMA 5KXMA 1C6HA 198LA 1PQMA 259LA 4DDBA 1L53A 4NGLA 141LA 1JEFA 1SWYA 1T3PA 1BB6A 2F32A 4H92A 1GBXA 234LA 2YBMA 3BKHA 3PBLA 4OOTA 1F0WA 1QUGA 1L30A 2F47A 1IWUA 1L42A 1P37A 4WM2A 3A91A 1L11A 5J7CA 4RLMA 225LA 1BGIA 1YIKA 1XGRC 1P7SA 1QTVA 1HHLA 2ZQ3A 2BQJA 1OUCA 4WLYA 4Z46A 1L25A 4YEOA 3G3AB 3AW6A 2DQHY 1L21A 230LA 3CT5A 1OQMA 4ET9A 1P5CA 175LA 3HUQA 1VAUA 181LA 1HEQA 4DYGA 2BQCA 3ZVQB 1GBYA 4H9AA 1VDSA 1QSWA 1IY4A 1KXWA 4G4CA 1LPIA 1T6HA 1L97A 3RUNA 1FLYA 3C7YA 1C6EA 3LHMA 3V2WA 2H9KA 5A3ZA 5JENB 253LA 4EKRA 3WU8A 3P66A 1UICA 1GE2A 2HEAA 3FI7A 5M1YA 1UIAA 3OE8A 1XEJA 3AB6A 4ARMA 2HUBA 1GAZA 5C6JA 5DN4A 3DN1A 4W52A 4W53A 1L69A 3GUOA 4J0LA 186LA 2W1LA 1G0JA 3GUMA 1L09A 3HT7A 1B0DA 2BPUA 1QDTA 1LI2A 1CU5A 1RI8B 5FCPA 1GF4A 1KXYA 3L2XA 212LA 2CWIA 2HU1A 206LA 4ZFPA 4H93A 1L40A 147LA 1C6QA 4E3UA 4B1AA 1G0LA 1C08C 4OWHA 2DBTA 1AKIA 2DQFC 1DQJC 3A96A 1C43A 1CUQA 4LYMA 5KKJA 1C61A 1GF9A 1OV5A 4DKLA 5L9JA 200LA 218LA 4DQ7A 2RB0X 5I53A 1C63A 4LT2A 1MLCE 1G7JC 3B6LA 3QE8A 2B6ZA 2RBSA 1GF7A 4NSJA 151LA 1L43A 215LA 4RW2A 4WM6A 1JUGA 5EBHA 1GXV2 1LYGA 5KJ9A 6LYZA 3FA0A 4HV1A 4I7MA 3RZ4A 4AQNA 4XJIA 1BWJA 1KIPC 2DQCY 185LA 1C6CA 1BB5A 2B7XA 4GN4A 1N4FA 1EQ4A 1L49A 2OU8A 1L48A 2OE4X 1L35A 174LA 171LA 1LI6A 3KAMA 4XJDA 1AZFA 2HTXA 145LA 1XEIA 4GRVA 2RBPA 3E3DA 4GCCA 5LZMA 1IR7A 3CB7A 1ZVHL 1LYIA 4M4OA 1OUHA 1L62A 4NG8A 4ZPUA 1C6JA 1JITA 2LYOA 1JJ1A 4DD3A 1JTOL 3A93A 5L3IA 5F16A 4N5RA 4EJ4A 1W6ZA 3C8SA 3LYTA 1HEPA 1G0GA 3ATNA 1L06A 2Z38A 4YX7C 1C7PA 1FDLY 4HPIA 3HTGA 1L94A 1L44A 2I25L 4QDNA 3WMKA 3DN0A 1GBWA 1XFPL 2YBNA 1G7LC 3CSRA 4J1AA 3GUIA 4RW1A 1LJGA 1XGTC 1L28A 4EOFA 1C6AA 4GLAA 2B6TA 4NHQA 1L96A 5B59A 2ZIKA 3HT6A 4OWCA 1I6SA 1NDMC 5LA5A 1IWTA 1D3JA 3OE0A 4GCEA 126LA 4I7SA 2XBSA 1B7LA 120LA 5FDJA 1JKCA 2RB2X 2D4KA 1LJJA 4J1BA 1IOQA 3WUNA 1HNLA 2ZQ4A 1DZBX 4U3XB 1L57A 2NWDX 3AGIA 3G3XA 173LA 2CJLA 3TMXA 2BQOA 5HQ1A 1UIHA 4WM1A 3ZEKA 1GDWA 4NGOA 2LC9A 4PRQA 5LYTA 3LZMA 3LN2A 158LA 3TXJA 1UBZA 4NG1A 4B0DA 1NBYC 5B06A 201LA 163LA 1GB8A 187LA 4HPEA 3HBEX 1B5UA 1C6NA 1LZRA 4EPIA 1IWVA 5ILFA 1CU0A 123LA 1L20A 1LZDA 1BVXA 1NHBA 4NSIA 1LMNA 1L58A 4NWEA 260LA 5APEA 1LSBA 4RLNA 229LA 1LYDA 4H9EA 1REZA 4II8A 1L26A 1QTZA 2OEAX 1Z55A 3HTBA 5K7OA 4MCKA 3A95A 4I7JA 2LHMA 231LA 1LZ5A 2Q9DA 3UONA 2ZNXY 1XEKA 4BADA 4W55A 3DN2A 5FHWA 4PJZA 1ZV5L 1GHLA 1QS5A 1L34A 2BQHA 2BQAA 5AMYA 3J4GA 4C3WA 4LYOA 4EXMA 1HFYA 1HFZA 1G0MA 5KXXA 1GAYA 4J7VA 1D9WA 1LHHA 2B73A 2Z2EA 3B72A 1G1WA 1V7TA 232LA 3DNAA 4Z98A 4I7OA 1TBYA 3P64A 1JQUA 1L24A 1LGWA 5I4YA 1IWWA 1C6GA 235LA 1EPYA 1I1ZA 1F6RA 1OUGA 4H1PA 1LMPA 4W58A 2EPEA 1GB9A 2RBQA 3A34A 110LA 4HTQA 1OVKA 5I5QA 3A8ZA 4ARPA 195LA 1C69A 3SBAA 1IWXA 1L85A 3F9LA 3HT9A 2QB0B 4HTKA 2MEHA 4NGKA 133LA 1GWDA 3G3WA 193LA 5T3FA 211LA 3RU5A 3IWRA 1YL0X 1GF8A 131LA 196LA 1B5XA 1OUEA 4BS7A 4NGIA 1BB7A 1QTKA 4BAPA 1IP5A 1J1OY 1LJHA 1O23A 2WARA 3WW6A 1D9UA 108LA 4DD1A 4DQ5A 1JIYA 1FN5A 3JR6A 4OWEA 150LA 1VFBC 4HSFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HFM Y;  243L A;  5HNC A;  1JHL A;  6LZM A;  3NYA A;  255L A;  1EL1 A;  1LZ6 A;  4TTD A;  1LJE A;  1LHK A;  3EO5 A;  1OYU A;  222L A;  2XTH A;  3TXG A;  1PQK A;  112L A;  1REY A;  137L A;  1QSB A;  2LYM A;  5KXM A;  1C6H A;  198L A;  1PQM A;  259L A;  4DDB A;  1L53 A;  4NGL A;  141L A;  1JEF A;  1SWY A;  1T3P A;  1BB6 A;  2F32 A;  4H92 A;  1GBX A;  234L A;  2YBM A;  3BKH A;  3PBL A;  4OOT A;  1F0W A;  1QUG A;  1L30 A;  2F47 A;  1IWU A;  1L42 A;  1P37 A;  4WM2 A;  3A91 A;  1L11 A;  5J7C A;  4RLM A;  225L A;  1BGI A;  1YIK A;  1XGR C;  1P7S A;  1QTV A;  1HHL A;  2ZQ3 A;  2BQJ A;  1OUC A;  4WLY A;  4Z46 A;  1L25 A;  4YEO A;  3G3A B;  3AW6 A;  2DQH Y;  1L21 A;  230L A;  3CT5 A;  1OQM A;  4ET9 A;  1P5C A;  175L A;  3HUQ A;  1VAU A;  181L A;  1HEQ A;  4DYG A;  2BQC A;  3ZVQ B;  1GBY A;  4H9A A;  1VDS A;  1QSW A;  1IY4 A;  1KXW A;  4G4C A;  1LPI A;  1T6H A;  1L97 A;  3RUN A;  1FLY A;  3C7Y A;  1C6E A;  3LHM A;  3V2W A;  2H9K A;  5A3Z A;  5JEN B;  253L A;  4EKR A;  3WU8 A;  3P66 A;  1UIC A;  1GE2 A; 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