3TXDA

Hewl co-crystallization with carboplatin in aqueous media with glycerol as the cryoprotectant
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Experience with exchange and archiving of raw data: comparison of data from two diffractometers and four software packages on a series of lysozyme crystals.
pubmed doi rcsb
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3txdA00
4NWHA 2HECA 1HMLA 4WO9A 4Z3MA 5I54A 1IP4A 4G9SA 3W6BA 5LYMA 2LYZA 1IORA 1LMNA 4LFPA 1YAQA 1LYYA 2IHLA 1XEKA 2DKVA 2HU1A 1UIFA 3W6CA 5KXTA 4B49A 4YM8A 5EBHA 2ZYCA 1NBYC 3P4ZA 1UUZC 4KL7A 5B06A 1JKDA 1QTEA 1IR8A 2ZNWY 4RW1A 1GFUA 1WTMA 4G4HA 3N9EA 1IP5A 2ZQ4A 4DDCA 4RW2A 1LMPA 5D5CA 4EOFA 1QSAA 1LSEA 4BS7A 2CJLA 2I6ZA 4H94A 1LKSA 1DQJC 1YQVY 1T3PA 2D4JA 4LT1A 4ZFPA 3F6ZA 4PHIA 1W6ZA 5LVKA 1NDGC 3IJUA 1LHHA 3WXTA 1F0WA 3B0IA 1GE3A 1FKQA 2BQDA 3ZVQB 1IWVA 3D9AC 2MEFA 2B5ZA 5APCA 4G4BA 1OUCA 1VAUA 1Z55A 3WW6A 5LINA 1IY3A 4G49A 1QDTA 1LJNA 4I8SA 4WLYA 5II3A 5KXOA 5FEKA 1A4VA 5I4XA 4ZEEA 194LA 2DQHY 4YEOA 1GFRA 1OQMA 1C10A 1YILA 1OP9B 4FDYA 1TDYA 1B5UA 2Z2EA 1G7IC 1DI3A 1XGPC 2YBNA 1HFZA 5B1GA 3N9AA 1GB9A 1QSWA 2CGIA 2MEDA 2Z19A 3T6UA 3A6CY 1IP1A 1JHLA 1NDMC 2W1LA 4U3XB 1VDSA 5F14A 4CHXA 2HEEA 3VWOA 3ULRA 1XGTC 4DD0A 3W6AA 1XSFA 1I20A 6LYZA 4HP0A 1VDTA 1B7RA 4DD2A 1QUSA 2G4PA 1NHEA 4QEQA 3WVXA 2BQFA 4LYOA 4DD1A 5B59A 1B5YA 4NHQA 1LOZA 1DPXA 1LJGA 1FKVA 1LZCA 3A67Y 1VATA 1LZ1A 2ZQ3A 3HFMY 3M18B 5APFA 1LMCA 1IC5Y 4NY5A 1AT5A 4ZIXA 5K7OA 1JJ1A 4LT0A 5KXRA 4NGWA 1I56A 1YL0X 1GAZA 2Z39A 4TSCA 1FLUA 2Q0MX 153LA 5DM9A 4KXIA 1GDWA 2W1YA 4B1AA 5KXLA 4NGOA 3ATOA 1JTPL 2AUBA 4MSTA 4NGKA 3WU7A 3WUMA 4H91A 3G3BB 5HLLA 2DQIY 2F2NA 2XBSA 4DWXA 1HNLA 1V7TA 1BB5A 1YKZX 1RE2A 1GF0A 1TCYA 2A7FA 3BKHA 4TX7A 4WM3A 3QY4A 1GAYA 1VFBC 4IJ4A 193LA 1GB8A 1W08A 4N0JA 4KPMA 4YEMA 1H87A 1YANA 2CWIA 1NBZC 2EKSC 1HEMA 4MCKA 4R6CA 4H90A 5FHWA 5LVIA 1UIHA 5I4WA 1ZVYB 1ZVHL 2YDGA 3AZ5A 4XYYA 1H6MA 1IY4A 2BQJA 2BQAA 4NSJA 2YBIA 1INUA 4BADA 5M1YA 1LZSA 2HU3A 1OUIA 4OWHA 1LZTA 4W94A 4WLDA 5L3HA 3WYHA 1UIEA 2BQGA 3HBDA 3P66A 5B1FA 5F9XA 2YBJA 5JENB 1SQ2L 1TEWA 1JWRA 1BVKC 4QGZA 1HEPA 1BWHA 3J6KA 1E8LA 2BQEA 4ETBA 1LJIA 1WQRA 1LSCA 1DXJA 1GBZA 1YIKA 4H8YA 3EO5A 4X3BA 3W6FA 3W6EA 1B7MA 1KIRC 1J1PY 1AT6A 3LYZA 1RFPA 4LZTA 3TMXA 2H9JA 2A7DA 1GHLA 1RCMA 4OOTA 5A3EA 1B5VA 1HELA 1NMMA 4L41A 1IWUA 2Z38A 2EQLA 4NSIA 1JJ3A 1A2YC 2Z2FA 3LZTA 1DPWA 5LVGA 4E3UA 3WPKA 1OUJA 2H5ZA 1B7PA 4H9IA 3TXEA 3LHMA 5HMJA 4YENA 2W1MA 2HEFA 3TXGA 1DZBX 1FLQA 1LSBA 3CSQA 4GLAA 1LZBA 4BAPA 1G7MC 1J1XY 2CDSA 1GFJA 3MGWA 1GFGA 1ZV5L 1O23A 1UIGA 1B7NA 3TXHA 3OJPA 3WVYA 5KXMA 1LYOA 3SP3A 4WM5A 1B0DA 4H8ZA 3HBHA 1IOTA 1LPIA 1EL1A 4IATA 5LAFA 4Z46A 1YROA 1OUHA 2BLYA 3A95A 4WLTA 3A91A 1KIQC 2MECA 3AB6A 1GF6A 4HSFA 4B4JA 1LSDA 1GXXA 2YBMA 1WVUA 1G7HC 4M4OA 1LZAA 1UIAA 5LAGA 5KXZA 1ALCA 1IOCA 1LZ8A 1YAOA 4NWEA 1GF9A 1FLWA 1HEQA 4NHPA 1WQPA 1LZDA 2D4KA 3TXDA 3WUAA 4UWUA 4ETAA 1GBOA 1IVMA 3QE8A 4ETEA 4ET9A 4N5RA 1NQIA 4LYMA 1CKCA 1HEOA 3T36A 4H9AA 5DN5A 2ZYPA 4H1PA 4DT3A 1LHJA 5ILFA 1GB2A 2HEAA 1CKHA 3CSZA 3A93A 4H9FA 2YBHA 4HTQA 4WG7A 1BQLY 1LZ4A 3AZ4A 1EQ4A 2BQNA 1LSAA 4NHTA 1REZA 5KXWA 2DQDY 5B05A 1BB6A 1IWYA 1AZFA 1B7SA 3CSRA 5KXSA 4NHIA 3ZEKA 3OK0A 3M3UA 1F6RA 1LHKA 1BWIA 4NSGA 1XGQC 4NHSA 1DI5A 3A3QA 1IR9A 2DBTA 3EMSA 4G4CA 5ILCA 2I26L 5LYZA 3W6DA 1HEWA 4N1EI 1XGUC 4XN6A 1LSYA 1B7LA 4HJZA 2ZNXY 1LZGA 1KIPC 3A6BY 1LAAA 2F30A 3TMVA 4DD3A 5FCPA 4GN3A 2WARA 4W96A 1GWDA 4J7VA 4DC4A 1IP2A 1NWGA 3P64A 5HNCA 4DD9A 5LIOA 1XFPL 1JKCA 1HHLA 1B5ZA 1QUTA 3EXDA 3GXRA 3LYOA 4HJVA 5F16A 3WUNA 5D5FA 1VEDA 134LA 1EQEA 1OUAA 3GXKA 4ANRA 4LYZA 4MR1A 1LYSA 2MEGA 3AGHA 1C43A 3CB7A 2DQJY 3IWRA 1LZ6A 1QIOA 1HMKA 1LZYA 1IC7Y 4CFOA 3CQLA 1JJ0A 4J0LA 1G7JC 1DI4A 5I53A 1B2KA 2MEBA 4GCFA 4J1AA 1GFEA 4HPIA 3WH1A 2YBLA 1OUDA 2LZTA 3TMWA 1AM7A 4XJHA 2MEAA 1JTTL 1WTNA 1PZYA 2MEHA 5KXKA 1IC4Y 3LN2A 1D6PA 3B72A 5APDA 1LHLA 4H93A 4XENA 1LZ9A 4IASA 4NGJA 1WQMA 1GF7A 1HF4A 3AW7A 1OUFA 2Y8PA 4WL6A 2FBDA 4DYGA 6LYTA 1GBSA 1LMQA 2ZWBA 3K3TA 9LYZA 4WMGA 2BQBA 1LHMA 4GCBA 3WMKA 5F81A 2DQCY 1D0KA 4NGIA 5FDJA 1GF5A 4PJ2C 5APEA 2RSCA 1LJKA 1REMA 5HQ1A 4XJFA 1HSWA 3AJNA 2C8PA 2XJWA 1MLCE 1JKAA 4AXTA 2DQEY 2N5ZA 4YOPA 1B5WA 2LYOA 4GCCA 4LYBA 4TTDA 5FELA 1LJEA 1V7SA 5LA8A 5C6IA 5IHGA 4P2EA 2MEIA 1FDLY 4H92A 2F4GA 4N1CC 4KT3A 4UWVA 2G4QA 1IP7A 3AYQA 1B5XA 1GFKA 1JKBA 207LA 1HSXA 1P2CC 2I25L 3A92A 4ETCA 1SLYA 3RW8A 1REYA 4YF2A 3TXJA 5C6JA 4N8ZA 1UA6Y 2LZ2A 4RDSA 2X0AA 1NKHA 4WG1A 4XJBA 1WQNA 5HMVA 1GF4A 4NGLA 2D4IA 4AGAA 1LYZA 2YVBA 1GEVA 1DKKA 1GFTA 3AW6A 3TXKA 3G3AB 4NFVA 1GD6A 4NGYA 3LYMA 4ETDA 4CFPA 1IP6A 4NEBA 4DDAA 1QTKA 1IIZA 4XJGA 4H9HA 3A34A 2DQFC 1UBZA 1LSZA 4DDBA 1D9UA 1HFYA 1HERA 1OUGA 2BQMA 4Z41A 1F6SA 4HV1A 1LJFA 1JISA 1B7QA 1GE0A 1T6VL 3RZ4A 1MELL 3B0KA 4HPEA 4UWNA 154LA 1UC0A 4OWCA 1CNSA 5A3ZA 1LSPA 1JEFA 4B0DA 1GXV2 2H9KA 5DN4A 4GCDA 2FBBA 4C5FA 1D6QA 2BQCA 2EPEA 1QDRA 5LXWA 5KXPA 4HTKA 1LZEA 1N4FA 3J4GA 1J1OY 3AGIA 4RLNA 1YKYX 1LSGA 4H9BA 5IDDA 1KXYA 3AZ6A 4WM2A 1C46A 3WPJA 1CKGA 5LYTA 1BWJA 1TBYA 4WM6A 4FJRA 5J7CA 4XADA 4QY9A 4O34A 1LZRA 1JITA 1UACY 2W1XA 4PRQA 1WQQA 3A3RX 3WPLA 1LMAA 3TXFA 3P65A 4OOOA 4OWBA 4GN5C 1LKRA 3RT5X 5AMYA 4NGVA 1LHIA 5L9JA 3B0OA 5LVHA 4NSHA 4EMNA 1UIBA 2FYDA 5I5QA 4HV2A 4LFXA 3AGGG 3A90A 2LYMA 1KXXA 4CJ2A 3CT1A 1BB7A 4HJYA 1PS5A 1RI8B 3TXBA 1IWXA 1CJ9A 1CJ8A 1IP3A 4NIJA 132LA 3CT0A 3WULA 1LCNA 4LYTA 5FSTA 4LGKA 1GE1A 4I0CA 4LYCA 4B4IA 4RLMA 1GFAA 3CT5A 3LZ2A 4D9ZA 4DD7A 4H9EA 3D3DA 1BHZA 1LSMA 4H8XA 4A7DA 1YL1X 5KJ9A 7LYZA 1B7OA 2NWDX 2ZIJA 1FBIX 2ZIKA 2DQGY 2HEDA 1BGIA 4WLXA 5T3FA 1CJ6A 1GE2A 1YKXX 3WU8A 2BQKA 1NF5A 5DLAA 1IOQA 1YAMA 3FE0A 4TSBA 2LHMA 1JTOL 3E3DA 5F9UA 3IJVA 1GB6A 1GB3A 1LTMA 4GCEA 4QDNA 1B9OA 4PPOA 5KXNA 1F10A 1CKDA 4OW1A 1IR7A 4TUNA 3FI7A 1UIDA 2BPUA 133LA 3EBAB 4J1BA 3TMUA 1WQOA 3ZVQA 1GEZA 2D91A 1LZNA 4GLVA 1LMOA 1GBWA 1JIYA 1HFXA 2XBRA 2BQLA 1LSFA 2BQHA 5HNLA 1GF3A 2HUBA 3N9CA 4B4EA 1RJCB 2FYCA 5KXXA 1CJ7A 1HC0A 1IX0A 1LJ4A 4H9CA 5C6LA 1KXWA 3WU9A 4WM1A 2D6BA 5LVJA 1JPOA 1I1ZA 4LT2A 1G7LC 1CKFA 1IWTA 2XTHA 2DQAA 1GFVA 1LZ5A 5I4YA 4XJIA 3W3EA 1IWWA 4ML7A 1XEJA 1LMTA 1LSNA 4OWEA 1GB0A 3RU5A 1YAPA 2Z18A 5KY1A 2BQOA 3P68A 1FN5A 1LJ3A 4WOAA 2G4NA 1IEEA 1UCOA 2YSSC 4ET8A 1IO5A 5KKJA 2Z12A 4TWSA 5IELA 5L3IA 1GB7A 2GV0A 3KAMA 1JUGA 5E4PA 208LA 4XJDA 1EQ5A 4GN4A 4CGEA 1IOSA 1C7PA 1GBYA 1GBXA 1ZMYL 4NG1A 5KKIA 1D0LA 1FLYA 3HBEX 1DKJA 1LJJA 2HEBA 4WO6A 1XEIA 4PRUA 2VB1A 2Z37A 3TXIA 2HTXA 5DL9A 4OWAA 1HENA 3LYTA 4PGJB 1XGRC 1REXA 5LA5A 3QNGA 1IWZA 2ZILA 3A96A 1GE4A 2IFFY 1VDPA 5B07A 1GB5A 1WVVA 3A8ZA 4WL7A 2C8OA 1VDQA 2PC2A 1GPQC 4NGZA 3RNXA 2BAAA 3ATNA 1BVXA 3A94A 1TAYA 1LJHA 1UICA 1JSFA 1AKIA 4C3WA 3WW5A 4BAFA 1BB4A 4NG8A 3BKVA 5E9RA 5KXYA 1BB3A 3WXUA 1QQYA 2MEEA 1C45A 2F4AA 1GDXA 1JSEA 4Z98A 1GF8A 4II8A 4M6DA 8LYZA 2BLXA 3B6LA 1OUEA 1OUBA 135LA 4LT3A 3WL2A 2EIZC 1GFHA 4HTNA 1D0MA 3AZ7A 2BQIA 4WM4A 4R0FA 4N9RA 1C08C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IP4A 1KNIA 1LYYA 2HU1A 4DAJA 4EJ4A 178LA 4YM8A 1WTMA 184LA 3FA0A 4G4HA 4LDEA 4DDCA 1QSBA 229LA 5D5CA 1QSAA 3GUNA 2CJLA 1L23A 2QARC 1C6QA 256LA 2D4JA 4LT1A 118LA 148LE 1LHHA 5LINA 1OUCA 1IY3A 4G49A 1L81A 5I4XA 194LA 2DQHY 1LI2A 1YILA 4FDYA 1DI3A 1QSWA 4I7TA 1JHLA 1VDSA 2HEEA 3GUOA 3WVXA 253LA 1DPXA 1LJGA 1L98A 1FLUA 2Q0MX 5DM9A 2W1YA 4B1AA 4MSTA 4DWXA 1V7TA 1BB5A 1YKZX 1GAYA 4IJ4A 1W08A 1L0KA 1OWZA 2EKSC 1HEMA 5FHWA 1ZVHL 3AZ5A 2BQAA 2YBIA 1INUA 4OWHA 1LZTA 2YBJA 5JENB 4QGZA 1P46A 1BWHA 4W58A 1DXJA 1GBZA 4X3BA 177LA 1C6DA 1J1PY 4DQJA 3LYZA 5A3EA 102LA 1NMMA 4GBRB 4L41A 4NSIA 1L29A 1A2YC 3C8RA 5LVGA 2H5ZA 4DQ5A 201LA 3RUNA 4H9IA 1G0GA 3TXEA 4GLAA 1O23A 1JTMA 1B7NA 1UIGA 3TXHA 2B6XA 3WVYA 1LYOA 1B0DA 3F8VA 1IOTA 224LA 1LPIA 1EL1A 4IATA 4Z46A 235LA 159LA 2MECA 1LSDA 1WVUA 5KXZA 1ALCA 4EPIA 1LZ8A 1G06A 1WQPA 1GBOA 119LA 1IVMA 4ETEA 4ET9A 4DT3A 2RB0X 1C62A 5ILFA 3CSZA 4I7RA 227LA 3AZ4A 110LA 1CUPA 2DQDY 5B05A 1CX6A 2RB2X 3CSRA 5KXSA 4NHIA 190LA 3M3UA 3D4SA 1BWIA 4I7MA 4EKRA 2DBTA 3EMSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4NWH A;  2HEC A;  1HML A;  4WO9 A;  4Z3M A;  5I54 A;  1IP4 A;  4G9S A;  3W6B A;  5LYM A;  2LYZ A;  1IOR A;  1LMN A;  4LFP A;  1YAQ A;  1LYY A;  2IHL A;  1XEK A;  2DKV A;  2HU1 A;  1UIF A;  3W6C A;  5KXT A;  4B49 A;  4YM8 A;  5EBH A;  2ZYC A;  1NBY C;  3P4Z A;  1UUZ C;  4KL7 A;  5B06 A;  1JKD A;  1QTE A;  1IR8 A;  2ZNW Y;  4RW1 A;  1GFU A;  1WTM A;  4G4H A;  3N9E A;  1IP5 A;  2ZQ4 A;  4DDC A;  4RW2 A;  1LMP A;  5D5C A;  4EOF A;  1QSA A;  1LSE A;  4BS7 A;  2CJL A;  2I6Z A;  4H94 A;  1LKS A;  1DQJ C;  1YQV Y;  1T3P A;  2D4J A;  4LT1 A;  4ZFP A;  3F6Z A;  4PHI A;  1W6Z A;  5LVK A;  1NDG C;  3IJU A;  1LHH A;  3WXT A;  1F0W A;  3B0I A;  1GE3 A;  1FKQ A;  2BQD A;  3ZVQ B;  1IWV A;  3D9A C;  2MEF A;  2B5Z A;  5APC A;  4G4B A;  1OUC A;  1VAU A;  1Z55 A;  3WW6 A;  5LIN A;  1IY3 A;  4G49 A;  1QDT A;  1LJN A;  4I8S A;  4WLY A;  5II3 A;  5KXO A;  5FEK A;  1A4V A;  5I4X A;  4ZEE A;  194L A;  2DQH Y;  4YEO A;  1GFR A;  1OQM A;  1C10 A;  1YIL A;  1OP9 B;  4FDY A;  1TDY A;  1B5U A;  2Z2E A;  1G7I C;  1DI3 A; 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 4CJ2 A;  3CT1 A;  1BB7 A;  4HJY A;  1PS5 A;  1RI8 B;  3TXB A;  1IWX A;  1CJ9 A;  1CJ8 A;  1IP3 A;  4NIJ A;  132L A;  3CT0 A;  3WUL A;  1LCN A;  4LYT A;  5FST A;  4LGK A;  1GE1 A;  4I0C A;  4LYC A;  4B4I A;  4RLM A;  1GFA A;  3CT5 A;  3LZ2 A;  4D9Z A;  4DD7 A;  4H9E A;  3D3D A;  1BHZ A;  1LSM A;  4H8X A;  4A7D A;  1YL1 X;  5KJ9 A;  7LYZ A;  1B7O A;  2NWD X;  2ZIJ A;  1FBI X;  2ZIK A;  2DQG Y;  2HED A;  1BGI A;  4WLX A;  5T3F A;  1CJ6 A;  1GE2 A;  1YKX X;  3WU8 A;  2BQK A;  1NF5 A;  5DLA A;  1IOQ A;  1YAM A;  3FE0 A;  4TSB A;  2LHM A;  1JTO L;  3E3D A;  5F9U A;  3IJV A;  1GB6 A;  1GB3 A;  1LTM A;  4GCE A;  4QDN A;  1B9O A;  4PPO A;  5KXN A;  1F10 A;  1CKD A;  4OW1 A;  1IR7 A;  4TUN A;  3FI7 A;  1UID A;  2BPU A;  133L A;  3EBA B;  4J1B A;  3TMU A;  1WQO A;  3ZVQ A;  1GEZ A;  2D91 A;  1LZN A;  4GLV A;  1LMO A;  1GBW A;  1JIY A;  1HFX A;  2XBR A;  2BQL A;  1LSF A;  2BQH A;  5HNL A;  1GF3 A;  2HUB A;  3N9C A;  4B4E A;  1RJC B;  2FYC A;  5KXX A;  1CJ7 A;  1HC0 A;  1IX0 A;  1LJ4 A;  4H9C A;  5C6L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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