253LA

Lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKATEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A relationship between protein stability and protein function.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-11-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 253lA00
3HTFA 1L89A 1L33A 4ARLA 1T6HA 1DYEA 3EMLA 3CDQA 1P46A 1C6HA 1L49A 3CDOA 259LA 114LA 1QT6A 1L45A 1QSBA 1QT7A 2B72A 1CU6A 1L34A 115LA 2OU8A 3DKEX 1L23A 1QS5A 1CU2A 1ZWNA 198LA 1CU3A 1OWYA 3SN6R 164LA 1G0LA 2RBOA 1KNIA 1QUGA 3HDEA 113LA 2OU9A 4I7NA 6LZMA 1LI6A 3HH4A 2B6ZA 1G07A 1L68A 1L72A 1DYBA 167LA 4EKRA 3NYAA 1L80A 1L0JA 1LGUA 1C6MA 1L01A 1P64A 1ZYTA 2RBQA 1L51A 1QUOA 1L96A 3DN3A 3HH5A 1L22A 146LA 3GUNA 3HU9A 215LA 1OWZA 3HTGA 4PK0A 231LA 245LA 1C60A 1L81A 1L76A 3LZMA 1L73A 248LA 3K2RA 1PQOA 1QTHA 1QT5A 3DMXA 4EKQA 1C65A 1XJUA 216LA 1QTVA 1L63A 1C6PA 243LA 166LA 1C64A 222LA 162LA 236LA 2RAYX 3NY8A 140LA 2OE7X 3SBBC 4EKSA 1C68A 250LA 4W55A 195LA 3C80A 1L66A 2F32A 1L47A 1CV0A 1L0KA 1QSQA 3OE6A 3HT9A 3CDVA 1LWGA 211LA 3GUOA 1L46A 229LA 3HT7A 1LW9A 4LZMA 5LZMA 247LA 2OTZX 2CUUA 1L35A 3C7YA 2L78A 3DN1A 161LA 1T97A 3DN2A 2OU0X 142LA 196LA 3C8SA 1L06A 2B75A 165LA 3F8VA 186LA 3G3VA 1G0PA 3C81A 3C7WA 1LGWA 1NHBA 111LA 3UONA 1L57A 4I7OA 3HT6A 119LA 1L02A 159LA 1L69A 1DYFA 1L13A 1L31A 1G0KA 1LGXA 1D3JA 1D9WA 175LA 225LA 235LA 1SWYA 3C83A 4OO9A 1L70A 1C69A 1CUQA 2OE9X 228LA 1CU5A 2OE4X 149LA 4YXAC 1C6JA 1T8AA 224LA 1KY1A 205LA 3GUMA 4ARQB 1L53A 3L2XA 4W54A 182LA 1L29A 3HUKA 1C66A 1LWKA 1ZURA 1K28A 2A4TA 1C6IA 4I7QA 3DN8A 2B6XA 4EPFA 1D3NA 1TLAA 254LA 2Z6BA 147LA 1P36A 1L27A 4ZPUA 1L77A 4DAJA 3FADA 4I7RA 4EXMA 190LA 217LA 2QARC 2RBRA 2B7XA 1OYUA 1CV1A 4W58A 3G3XA 1L90A 184LA 1P7SA 1L14A 1L39A 1LYEA 1LYGA 3G3WA 244LA 4DKLA 4LDOA 2HUMA 178LA 1L26A 3SB5A 3GULA 1C6AA 174LA 137LA 2F47A 4YXCA 1QS9A 118LA 3HTDA 1L82A 4ARMA 201LA 1L62A 3V2WA 1L93A 4PJZA 4EJ4A 258LA 155LA 1PQJA 1L37A 189LA 168LA 4YX7C 128LA 1JTMA 1L74A 3C82A 230LA 3SB6A 1PQMA 1PQKA 214LA 4ARJA 1CX6A 1L41A 1L12A 3DNAA 156LA 172LA 200LA 104LA 2OTYX 2O79A 1CV5A 2F2QA 223LA 144LA 238LA 1L94A 1LYHA 1L36A 1L61A 1L65A 141LA 1D3MA 2NTHA 4K5YA 3OE8A 1QT4A 1LYDA 233LA 1D2WA 212LA 1L64A 1LYFA 3QAKA 3DN4A 4W53A 1XJTA 237LA 3SB8A 2Q9EA 1CVKA 1L79A 1PQDA 1QUDA 242LA 199LA 4I7PA 131LA 129LA 1L24A 1SX7A 2RB2X 1P56A 1L60A 1OVKA 143LA 1C6TA 2LZMA 1SX2A 3CDTA 1L84A 1L92A 1KS3A 239LA 3FI5A 1L16A 2O7AA 4E97A 107LA 1L52A 1P6YA 3DMVA 1OV7A 1L48A 2RH1A 1L09A 2ANVA 220LA 1QTCA 1C67A 3HT8A 1LPYA 1L38A 1C61A 110LA 1L32A 213LA 1B6IA 150LA 2B6WA 3D4SA 2QB0B 1CTWA 256LA 3C8RA 109LA 185LA 130LA 1D3FA 1C6DA 1C62A 262LA 1L54A 1L85A 1L03A 3FA0A 1L86A 1I6SA 4I7KA 102LA 1CV3A 1L95A 3C7ZA 108LA 3GUPA 3HU8A 1P5CA 177LA 2LCBA 1L75A 112LA 4GBRB 7LZMA 152LA 1L18A 1QTZA 1SWZA 1G0JA 1L25A 1LYJA 1LI2A 3OE0A 4S0WA 1L67A 151LA 221LA 2HUKA 1P2LA 1OV5A 1L10A 1QTBA 2RB1X 2RBSA 3PBLA 246LA 1L58A 183LA 120LA 1L44A 1L71A 1OVHA 3SB9A 1EPYA 4AQNA 257LA 2B73A 3GUKA 2RBNA 3HUAA 1KW5A 4ARPA 125LA 1L07A 2B6TA 139LA 2B74A 1L20A 1KW7A 1JTNA 3VW7A 1L15A 3DMZA 2HULA 4LDLA 4EKPA 192LA 1L97A 1L11A 3CDRA 2RAZX 3C8QA 3GUJA 173LA 251LA 1CUPA 171LA 241LA 1DYAA 4W56A 1C6KA 4IAPA 4DJHA 4I7MA 3HDFA 3RUNA 180LA 219LA 252LA 1KY0A 206LA 210LA 2O4WA 1C6BA 253LA 3NY9A 249LA 218LA 1DYGA 1LLHA 191LA 148LE 158LA 3PDSA 1G1VA 163LA 126LA 4W57A 1C6FA 187LA 103LA 3V2YA 1L17A 138LA 1JQUA 2Q9DA 2RB0X 4W51A 3SB7A 5I14A 4LDEA 4I7LA 1CU0A 240LA 3DN6A 3SBAA 1PQIA 160LA 2LC9A 1P3NA 3ODUA 1G0QA 1L05A 1C6EA 1L04A 1QTDA 1L40A 1P2RA 1SSYA 2IGCA 4ARQA 1L87A 1L83A 2B6YA 2RBPA 1QT3A 1G06A 1P37A 232LA 1T8FA 1LYIA 1C6CA 1QUHA 1C6LA 1C6NA 1L91A 1L50A 170LA 3HH6A 3L64A 197LA 3DN0A 1L08A 2NTGA 1CV6A 1XEPA 209LA 1L21A 1L00A 1DYCA 1L28A 226LA 1L55A 1QT8A 2OEAX 4ARMB 181LA 1C6QA 169LA 3HTBA 4W59A 127LA 1OVJA 122LA 1L42A 157LA 1G0MA 1WTHA 3GUIA 261LA 1SSWA 4I7JA 1C63A 1L19A 260LA 3F9LA 123LA 4EPIA 255LA 1L99A 1L30A 3HH3A 1G0GA 1L88A 3JR6A 2ANXA 1G1WA 188LA 1T8GA 1D2YA 4GRVA 3HWLA 1L98A 227LA 1LI3A 176LA 3OE9A 4W52A 1L59A 2B70A 1CX7A 1L43A 145LA 1DYDA 1L56A 4I7TA 4I7SA 3RZEA 1CV4A 3HUQA 234LA 1C6GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LVHA 3EMLA 5LYZA 5I53A 194LA 3CDOA 259LA 1QT6A 1QSBA 1QT7A 1SQ2L 1CU6A 1L34A 1UIHA 115LA 4GLAA 4WG1A 1IX0A 1B7PA 2CGIA 4LT0A 3WW5A 2DQFC 1G0LA 1DPXA 2YSSC 3AW6A 113LA 2OU9A 1G7LC 1LI6A 3HH4A 1L72A 4EKRA 1L80A 1LGUA 1NKHA 1P64A 3TXDA 4DD0A 2ZYCA 5HQ1A 1L51A 1L22A 3GUNA 215LA 1WVVA 231LA 245LA 4NGOA 4H9AA 3EMSA 1L76A 1WQNA 3AJNA 2BQKA 1JTPL 1GF3A 2DKVA 4II8A 3AZ4A 4GCCA 1QT5A 1IVMA 1LOZA 1C65A 1QTVA 4PPOA 1L63A 3TMVA 1WQMA 4H90A 140LA 1C68A 4W55A 2MEFA 1T3PA 2F2NA 2F32A 1CKGA 4DQ7A 3GUOA 1L46A 1LW9A 4LZMA 1IC4Y 2G4QA 2LZTA 3WU9A 1GAYA 154LA 2OTZX 2CUUA 3RW8A 3C7YA 4WM3A 4W96A 4NGWA 142LA 3C8SA 4UWVA 1L06A 186LA 3G3VA 4N5RA 4WLYA 3P68A 4H9EA 1L57A 1YAOA 119LA 1L13A 1L31A 1J1PY 1D3JA 1D9WA 4OO9A 1WQPA 5HNCA 1CUQA 3F6ZA 5LVJA 5B06A 2D6BA 4NHIA 3LZ2A 2MEDA 1C6JA 224LA 1IOCA 1TEWA 3TXGA 4GCBA 1GFUA 2ZIJA 4OWAA 1VAUA 1L53A 1QTEA 4W54A 1GDXA 2FYCA 3HUKA 1LWKA 2A4TA 4I7QA 3TXJA 1GBWA 2Z6BA 1P36A 1JITA 2F4GA 1BWJA 3FADA 1OUJA 1LJKA 4I7RA 4EXMA 1JJ3A 2IHLA 1LZ8A 1CV1A 1L39A 4DKLA 1D0KA 5KXTA 3LZTA 1GBZA 4WLTA 3GULA 174LA 4YM8A 1MLCE 1B5UA 207LA 1GFHA 1BHZA 1RI8B 1QS9A 1NDGC 3MGWA 1L82A 1V7TA 4EJ4A 155LA 1PQJA 1L37A 2BQAA 2MEHA 4YX7C 1JTMA 230LA 5DL9A 1IWZA 208LA 1EQ4A 1L41A 1DQJC 104LA 1UCOA 4NHTA 238LA 1L94A 1JKBA 1D3MA 5IELA 4QY9A 3OE8A 1LYDA 4AGAA 1DI5A 4TUNA 4XADA 1LMPA 1NMMA 4LZTA 4GN5C 3DN4A 242LA 2RB2X 1IP7A 4O34A 1A4VA 2BQHA 143LA 1C6TA 3A93A 239LA 4TTDA 1KXXA 5KXNA 1CKDA 4G4BA 107LA 1QSAA 1L48A 2RH1A 220LA 2IFFY 1GF0A 1AZFA 1LZ9A 1L38A 5KXXA 2B6WA 2QB0B 3WXTA 1DI3A 4H8ZA 3KAMA 4IASA 4WMGA 1D3FA 262LA 1GD6A 1L85A 3FA0A 1L86A 1I6SA 5EBHA 6LYZA 1CV3A 3C7ZA 108LA 4NY5A 1NBYC 3HU8A 1P5CA 2LCBA 7LZMA 152LA 1QTZA 1AM7A 1G0JA 1LI2A 4S0WA 1L67A 151LA 4NWEA 1QTBA 246LA 1L58A 1LZSA 1OVHA 1EPYA 1J1OY 2GV0A 1VDPA 2B73A 3HUAA 4ARPA 1LJFA 1GF5A 1ZV5L 1L20A 4LYZA 1YAPA 4ZEEA 1KXWA 1LSGA 3CSZA 1L97A 3GUJA 3AW7A 4H1PA 4NFVA 1HELA 4IAPA 3CB7A 3RUNA 2BLYA 2MECA 252LA 3LYZA 1GFEA 1NHEA 158LA 5I4YA 2D4KA 1B0DA 103LA 1L17A 4DQ5A 3WH1A 1XEKA 4W51A 3HFMY 4I7LA 2W1MA 3M18B 1N4FA 1GHLA 4R6CA 1G0QA 1QTDA 1L40A 1P2RA 4ARQA 2IGCA 2MEIA 5A3EA 2B6YA 1QT3A 4H9CA 1P37A 1T8FA 1LYIA 1CKHA 1L91A 1GFRA 3L64A 1LJHA 4H91A 1XSFA 4C5FA 4P2EA 4HJYA 4WL6A 2I26L 1L08A 2NTGA 1DKKA 1LJGA 1L00A 4XENA 4HSFA 2LYOA 226LA 4YF2A 2OEAX 4YENA 169LA 5DN5A 4Z3MA 1L42A 157LA 1G0MA 1QTKA 2BQDA 261LA 1C10A 1C63A 4ETAA 1LSDA 2AUBA 1QDRA 4GN4A 255LA 4NG8A 4WG7A 1GWDA 3HH3A 4WOAA 4IJ4A 1KXYA 2HEFA 3QY4A 1LZDA 1WTMA 1BB7A 2BLXA 4NSHA 3HWLA 3AZ6A 176LA 4W52A 4B1AA 1IP6A 1G7JC 4G9SA 4YEOA 234LA 4HTQA 4H9FA 1GFTA 5F14A 1HNLA 1DYEA 4WO6A 1HENA 5D5CA 3WPKA 1B7RA 3HBDA 3B0IA 1L45A 4B4EA 7LYZA 1IY4A 3T6UA 4HJVA 2OU8A 1ZWNA 1YILA 1CU3A 4ETCA 5LVGA 1KNIA 3HDEA 4ETDA 4RDSA 4HTNA 3WVXA 4BAPA 167LA 1LSPA 5F16A 1EQ5A 3RNXA 1L0JA 2B5ZA 1UIGA 1C6MA 4NSGA 4NHPA 3TXEA 1LAAA 3N9EA 2MEEA 1QUOA 1L96A 1XGRC 2BPUA 1LZBA 1JSFA 3HU9A 1NF5A 3HTGA 1QQYA 4PK0A 5T3FA 1UA6Y 4HJZA 5C6IA 3LZMA 4CFOA 4LYBA 1AKIA 3DMXA 1HFYA 1UIDA 1XJUA 4OWHA 4QGZA 243LA 4QEQA 166LA 4U3XB 4HV1A 4NWHA 1UIAA 2G4NA 3RU5A 2OE7X 4KPMA 250LA 4WM1A 2ZQ3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5LVH A;  3EML A;  5LYZ A;  5I53 A;  194L A;  3CDO A;  259L A;  1QT6 A;  1QSB A;  1QT7 A;  1SQ2 L;  1CU6 A;  1L34 A;  1UIH A;  115L A;  4GLA A;  4WG1 A;  1IX0 A;  1B7P A;  2CGI A;  4LT0 A;  3WW5 A;  2DQF C;  1G0L A;  1DPX A;  2YSS C;  3AW6 A;  113L A;  2OU9 A;  1G7L C;  1LI6 A;  3HH4 A;  1L72 A;  4EKR A;  1L80 A;  1LGU A;  1NKH A;  1P64 A;  3TXD A;  4DD0 A;  2ZYC A;  5HQ1 A;  1L51 A;  1L22 A;  3GUN A;  215L A;  1WVV A;  231L A;  245L A;  4NGO A;  4H9A A;  3EMS A;  1L76 A;  1WQN A;  3AJN A;  2BQK A;  1JTP L;  1GF3 A;  2DKV A;  4II8 A;  3AZ4 A;  4GCC A;  1QT5 A;  1IVM A;  1LOZ A;  1C65 A;  1QTV A;  4PPO A;  1L63 A;  3TMV A;  1WQM A;  4H90 A;  140L A;  1C68 A;  4W55 A;  2MEF A;  1T3P A;  2F2N A;  2F32 A;  1CKG A;  4DQ7 A;  3GUO A;  1L46 A;  1LW9 A;  4LZM A;  1IC4 Y;  2G4Q A;  2LZT A;  3WU9 A;  1GAY A;  154L A;  2OTZ X;  2CUU A;  3RW8 A;  3C7Y A;  4WM3 A;  4W96 A;  4NGW A;  142L A;  3C8S A;  4UWV A;  1L06 A;  186L A;  3G3V A;  4N5R A;  4WLY A;  3P68 A;  4H9E A;  1L57 A;  1YAO A;  119L A;  1L13 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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