1L93A

Similar hydrophobic replacements of leu 99 and phe 153 within the core of t4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAMINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Similar hydrophobic replacements of Leu99 and Phe153 within the core of T4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l93A00
1L59A 1L04A 1P64A 182LA 3G3XA 1L34A 4I7OA 2B73A 3DNAA 3ODUA 1G07A 1L26A 1L65A 4DKLA 3GUMA 2O7AA 3C7YA 1QSQA 245LA 3K2RA 4ARMB 3DN1A 118LA 1EPYA 1C6PA 1L74A 2LZMA 138LA 3F8VA 1XEPA 2HUMA 1ZYTA 3C80A 242LA 1L66A 3SB5A 1OWZA 3DN6A 233LA 1T8AA 110LA 1L39A 3CDQA 1L77A 1XJTA 1L88A 1OWYA 1T8GA 4PJZA 191LA 4EKRA 109LA 3FI5A 241LA 1L72A 3DMVA 1L83A 3PBLA 143LA 1D3NA 195LA 261LA 1OVKA 1C6IA 4W51A 1LPYA 112LA 4W54A 1L0JA 176LA 201LA 251LA 159LA 256LA 1L90A 169LA 2A4TA 1ZWNA 158LA 3FADA 3SBBC 4LDOA 1CV0A 2Z6BA 1C6KA 7LZMA 1L14A 120LA 144LA 3CDOA 4LDLA 2B6TA 1C6EA 3C7ZA 126LA 141LA 1G0JA 156LA 1P37A 2LCBA 3GUPA 1QTZA 1LYFA 119LA 4I7PA 1C6HA 210LA 1QS5A 1L97A 1PQMA 1P3NA 3UONA 1K28A 1L51A 1C62A 262LA 3NY9A 129LA 1D3FA 229LA 1C61A 3GUIA 1L75A 2QB0B 1L18A 1LYGA 1L00A 1L61A 1L85A 1C63A 1L23A 248LA 1NHBA 1C6BA 1LLHA 104LA 1CUQA 1L16A 212LA 1CX7A 2RBOA 188LA 3HTBA 1LGWA 2Q9DA 2RB1X 240LA 4EKQA 230LA 165LA 1L05A 1SSYA 181LA 1SSWA 1QT4A 1CV4A 1LGUA 3DN3A 249LA 177LA 4YXAC 2B75A 4I7KA 211LA 1CTWA 113LA 196LA 1L46A 244LA 161LA 1LYHA 155LA 1G1VA 1DYGA 122LA 199LA 3HDEA 2OE9X 1L30A 186LA 2RAYX 1QUHA 3C83A 3HTDA 3L64A 3HH6A 1L52A 2O4WA 246LA 184LA 1L68A 1L98A 1L36A 1L87A 1L33A 4ARQA 3V2YA 3CDTA 226LA 1P36A 163LA 1L19A 3V2WA 1LGXA 1LI3A 148LE 1L29A 1L91A 2B7XA 220LA 232LA 1L53A 6LZMA 198LA 1L80A 2OU9A 2RAZX 152LA 1L35A 151LA 1L31A 1QT3A 219LA 3OE0A 1PQIA 3DKEX 4EKSA 3F9LA 3HUAA 3C8RA 4ARJA 2LC9A 2OE7X 115LA 1L73A 200LA 239LA 1KY1A 1L25A 1C6DA 1L15A 4DAJA 1LYIA 223LA 3NYAA 1KS3A 1C6QA 1L82A 217LA 1SWYA 1L13A 1L02A 3GUNA 149LA 1D3JA 1G0QA 1CU6A 205LA 3GUKA 3HT6A 150LA 3SB7A 1G0MA 1L11A 4EKPA 3HT8A 1OV5A 1L06A 1G1WA 1L20A 1PQJA 3SBAA 125LA 1L69A 171LA 1LYJA 3DN8A 4ARMA 1L56A 3C7WA 237LA 2OEAX 3GUJA 111LA 1L81A 234LA 4PK0A 2RBNA 3SB9A 167LA 2ANXA 1QT6A 1DYDA 190LA 3RUNA 4AQNA 1LYDA 2QARC 2RB2X 3HDFA 3OE8A 1TLAA 4S0WA 1L99A 1L84A 3HH5A 2OE4X 142LA 247LA 1C6GA 227LA 131LA 1L27A 1CVKA 1L71A 2RBSA 1L58A 1D3MA 4I7NA 166LA 213LA 4EPIA 1L41A 3HH4A 4LDEA 2F47A 1T97A 1P2LA 1L55A 4OO9A 231LA 2RBQA 1P2RA 4W57A 222LA 4DJHA 2CUUA 139LA 1QT5A 1D2YA 4LZMA 1JTNA 1L21A 224LA 4YX7C 197LA 3HTGA 1QS9A 216LA 4W52A 128LA 1L24A 1C69A 147LA 1L92A 1QSBA 218LA 3HUQA 1C6LA 1L63A 3G3VA 1QTHA 1CV1A 1SWZA 1L64A 2OU8A 3L2XA 130LA 3OE6A 4ZPUA 173LA 1C6CA 1C64A 1CV3A 5LZMA 253LA 1L57A 1L07A 4I7MA 1QTDA 3D4SA 1DYEA 4I7RA 1OVHA 1G0KA 1P5CA 3GULA 4EPFA 1D9WA 228LA 1L43A 260LA 1QT8A 1P7SA 2B6WA 2RBPA 4W55A 1L08A 4EJ4A 1L42A 1L45A 1LW9A 3HTFA 1PQKA 102LA 1QTVA 2OU0X 192LA 164LA 2RH1A 1DYBA 1L44A 172LA 3HH3A 123LA 1C6MA 137LA 206LA 1DYFA 2B6XA 2B6ZA 1P46A 1CU2A 259LA 1L67A 1G0PA 4I7SA 214LA 1QT7A 1LI6A 3HT9A 1QTBA 1I6SA 4ARLA 114LA 3SN6R 257LA 4W56A 1L48A 107LA 1L93A 3FA0A 1C6AA 1LWGA 3NY8A 3RZEA 1JTMA 4GRVA 3HUKA 3HU9A 1L50A 2IGCA 178LA 1CV6A 185LA 1L76A 1QUOA 1SX7A 145LA 1DYAA 1D2WA 174LA 1KW7A 3DN0A 4YXCA 1L60A 3HU8A 2O79A 2OTYX 1L89A 3DN2A 108LA 1C6JA 1KNIA 1G06A 4GBRB 2B72A 1L38A 215LA 3HWLA 1C65A 187LA 254LA 2B74A 1L47A 1LI2A 1PQOA 189LA 1L17A 1T8FA 252LA 180LA 3OE9A 1WTHA 4I7JA 3SB6A 183LA 255LA 1LYEA 1C67A 1L79A 1L37A 2NTGA 2HUKA 1G0LA 3DMZA 3SB8A 2F2QA 3C8SA 1OV7A 3GUOA 5I14A 2B6YA 1L01A 2OTZX 1L12A 160LA 3QAKA 3G3WA 3JR6A 258LA 1LWKA 4I7QA 1L94A 146LA 3CDVA 1C6TA 1L09A 4W53A 1CUPA 209LA 1CU0A 1XJUA 3VW7A 1L03A 1QTCA 1L62A 1P56A 1OYUA 1KY0A 1C6FA 1C60A 1L49A 2HULA 3DN4A 4ARQB 4EXMA 250LA 3C81A 1P6YA 221LA 1C66A 1KW5A 1L95A 1SX2A 4I7TA 4W58A 1L54A 236LA 1L70A 2L78A 1T6HA 4I7LA 140LA 243LA 2NTHA 1PQDA 170LA 1C6NA 1CV5A 4K5YA 1L22A 1L28A 1G0GA 3DMXA 2B70A 1C68A 2F32A 1CU5A 1B6IA 3C82A 3LZMA 1ZURA 1L96A 2RB0X 1L32A 1JQUA 3HT7A 225LA 238LA 4ARPA 2ANVA 162LA 103LA 127LA 4W59A 3CDRA 3PDSA 1L86A 4IAPA 3EMLA 4E97A 1QUDA 168LA 3C8QA 1OVJA 1L0KA 157LA 1CU3A 1DYCA 235LA 2Q9EA 1L40A 175LA 1QUGA 2RBRA 1CX6A 1L10A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1P64A 182LA 133LA 4WM1A 1L34A 4LZTA 4I7OA 2B73A 4KPMA 1IC4Y 4TWSA 3ODUA 4DKLA 2O7AA 1QSQA 1DKKA 245LA 4Z98A 1EPYA 1LPIA 138LA 4OWEA 1XEPA 2HUMA 1ZYTA 3SB5A 2W1LA 3DN6A 4CHXA 1T8AA 4NGLA 3CDQA 2XQOA 1OWYA 1GFGA 1T8GA 1JJ1A 2Z18A 3KAMA 1IVMA 109LA 241LA 1WQPA 1HEWA 1L72A 1LKRA 3DMVA 3WYHA 143LA 1N4FA 195LA 1OUCA 256LA 1HFYA 4DDAA 2A4TA 3FADA 1GFUA 7LZMA 1RCMA 4LDLA 3C7ZA 4B1AA 156LA 1XEKA 2MEAA 210LA 2Z19A 1LMPA 1H87A 3TXBA 2H9KA 1NQIA 2W1MA 4U3XB 262LA 1HENA 3TXGA 229LA 5LA5A 1DI3A 1T6VL 2QB0B 2HEFA 4DD9A 1CJ7A 3CSQA 1KIQC 1HEQA 1L23A 248LA 1NHBA 1W08A 1C6BA 3RZ4A 1HSWA 4DWXA 1LYOA 2RBOA 5KXRA 188LA 3HTBA 2RB1X 5KJ9A 165LA 1SSYA 1EQ4A 1SSWA 4YXAC 2B75A 4LYCA 1G7MC 4NHIA 4UWNA 1DPXA 3TXKA 3LZ2A 3HDEA 1WQRA 4RDSA 1NDMC 2HEDA 1BGIA 3EBAB 3HTDA 246LA 1L68A 1L36A 3FI7A 3AZ6A 1GFAA 5LYMA 1FLUA 226LA 1LHIA 163LA 1KXYA 2HU3A 5B1FA 148LE 1IOSA 1JIYA 2DKVA 5IHGA 4PRQA 1CKHA 1JTPL 2Z12A 2BQNA 5F9XA 4ETEA 5I4YA 4NGKA 4LT2A 4R6CA 4ANRA 151LA 1JHLA 1LZEA 219LA 4B49A 3HUAA 1RE2A 2YBHA 5B05A 4ARJA 134LA 1WQQA 239LA 154LA 1KY1A 1XGPC 1IY3A 3NYAA 4LFPA 5LIOA 1L82A 217LA 4H8ZA 3N9CA 1D3JA 1G0QA 1CU6A 3HT6A 150LA 1LMQA 1G0MA 1YAPA 3HBEX 1OUGA 3N9EA 4EKPA 1JSFA 1OV5A 1PQJA 4GN5C 3RU5A 4ET8A 1LYJA 2OEAX 2BLYA 111LA 1KXWA 4NGIA 4I0CA 5F9UA 1DPWA 190LA 1UC0A 2QARC 3OE8A 1YKXX 4S0WA 1L99A 2DQHY 2LZ2A 1JPOA 4M4OA 1BWJA 5LYZA 131LA 4L41A 4TUNA 1UIDA 3QY4A 4LDEA 4HV1A 1T97A 4OO9A 4FDYA 4W57A 1FKVA 2CUUA 4WM6A 4NSHA 139LA 1DI5A 1QT5A 1D2YA 2EQLA 1CNSA 2MEHA 3W6BA 4G9SA 128LA 3HUQA 3G3VA 1QTHA 1GFTA 4MR1A 4QGZA 1C6CA 5B07A 1KIPC 1HELA 5KXLA 253LA 1VEDA 2MEBA 1LSNA 2H9JA 1GF7A 1L07A 4I7MA 5ILFA 1OP9B 1G0KA 4HSFA 1P5CA 2HEBA 2CJLA 1J1PY 228LA 260LA 4H8XA 1ZMYL 2RBPA 1LYZA 3HTFA 2D6BA 2OU0X 192LA 5APCA 3WH1A 1LYYA 1SQ2L 1JWRA 1P46A 5KXPA 1YANA 2VB1A 1FKQA 4ETBA 1XFPL 1LI6A 1YL0X 1QTBA 1LZGA 1TEWA 257LA 4W56A 4PJ2C 4DT3A 107LA 1L93A 1IP7A 4NGZA 1UIGA 1JTMA 1NWGA 4GRVA 1BQLY 4HJYA 1A4VA 4NG8A 1CV6A 1QUOA 1GFKA 1XGQC 3CSZA 2BAAA 1L89A 1B5XA 1SLYA 1AT6A 3A90A 3HWLA 2B74A 3F6ZA 1RI8B 1XSFA 1L17A 1T8FA 1WTHA 4YOPA 2HUKA 5LVIA 1C08C 3G3BB 4ET9A 2DQCY 2IHLA 5I14A 2B6YA 2OTZX 4W94A 1B7LA 4OWBA 3P65A 3G3WA 1IOCA 1C6TA 5DM9A 4LYTA 2Z2FA 4YEOA 1GHLA 1Z55A 1OUBA 1DXJA 2Z38A 3DN4A 4ARQB 2WARA 250LA 1LZNA 2HEAA 1SX2A 4W58A 4ZEEA 3A6BY 3WVXA 3WXUA 4DD7A 1XGTC 1OQMA 3A96A 1GB2A 5LVHA 4XJGA 1GB5A 3B0OA 1WTMA 2MEFA 1G0GA 3ZEKA 1C68A 4WM5A 1ZURA 1L96A 2RB0X 2I25L 4MCKA 1B5VA 2ANVA 5FHWA 1P2CC 4E97A 3C8QA 1NDGC 1L0KA 1DYCA 2ZQ4A 4LYBA 3LHMA 4HJZA 5APEA 1IX0A 3FE0A 1L10A 2CGIA 3ATNA 1L59A 2MEIA 1UACY 3AZ5A 1CKCA 3DNAA 1YKZX 3C7YA 4YENA 4QEQA 3EMSA 3A92A 3J4GA 3K2RA 4ARMB 3DN1A 1C6PA 2LZMA 5LAGA 1LSAA 1LTMA 1OWZA 1LZRA 233LA 110LA 1L77A 1CKFA 1XJTA 1GBYA 1FN5A 4EKRA 3FI5A 3RT5X 1L83A 1C6IA 112LA 4W54A 4DQJA 1L90A 3M3UA 1UIAA 3WXTA 5DN5A 3SBBC 5D5CA 1CV0A 1C6KA 3WPLA 1L14A 120LA 144LA 3OJPA 5KXNA 2W1XA 1GF5A 1VDTA 1HMLA 4PGJB 1QDRA 141LA 1ZVHL 4DYGA 1P37A 3GUPA 1QTZA 4KT3A 5I54A 1L97A 2YSSC 1O23A 3UONA 8LYZA 1C62A 3IJUA 3WU8A 1L75A 1GPQC 1MELL 1L00A 4I8SA 1L61A 4Z46A 1C63A 4AXTA 1LHLA 1CUQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1P64 A;  182L A;  133L A;  4WM1 A;  1L34 A;  4LZT A;  4I7O A;  2B73 A;  4KPM A;  1IC4 Y;  4TWS A;  3ODU A;  4DKL A;  2O7A A;  1QSQ A;  1DKK A;  245L A;  4Z98 A;  1EPY A;  1LPI A;  138L A;  4OWE A;  1XEP A;  2HUM A;  1ZYT A;  3SB5 A;  2W1L A;  3DN6 A;  4CHX A;  1T8A A;  4NGL A;  3CDQ A;  2XQO A;  1OWY A;  1GFG A;  1T8G A;  1JJ1 A;  2Z18 A;  3KAM A;  1IVM A;  109L A;  241L A;  1WQP A;  1HEW A;  1L72 A;  1LKR A;  3DMV A;  3WYH A;  143L A;  1N4F A;  195L A;  1OUC A;  256L A;  1HFY A;  4DDA A;  2A4T A;  3FAD A;  1GFU A;  7LZM A;  1RCM A;  4LDL A;  3C7Z A;  4B1A A;  156L A;  1XEK A;  2MEA A;  210L A;  2Z19 A;  1LMP A;  1H87 A;  3TXB A;  2H9K A;  1NQI A;  2W1M A;  4U3X B;  262L A;  1HEN A;  3TXG A;  229L A;  5LA5 A;  1DI3 A;  1T6V L;  2QB0 B;  2HEF A;  4DD9 A;  1CJ7 A;  3CSQ A;  1KIQ C;  1HEQ A;  1L23 A;  248L A;  1NHB A;  1W08 A;  1C6B A;  3RZ4 A;  1HSW A;  4DWX A;  1LYO A;  2RBO A;  5KXR A;  188L A;  3HTB A;  2RB1 X;  5KJ9 A;  165L A;  1SSY A;  1EQ4 A;  1SSW A;  4YXA C;  2B75 A;  4LYC A;  1G7M C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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