1L93A

Similar hydrophobic replacements of leu 99 and phe 153 within the core of t4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAMINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Similar hydrophobic replacements of Leu99 and Phe153 within the core of T4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l93A00
201LA 3HU9A 1C6BA 3DMXA 1C6AA 3RUNA 218LA 255LA 225LA 1L84A 4ARMB 3NY9A 1L43A 1L03A 1L56A 213LA 1L13A 3CDOA 1L94A 1L20A 2RB2X 1L81A 3UONA 146LA 3GUMA 1CV0A 1TLAA 163LA 175LA 2RB0X 1L51A 1QTBA 1CVKA 1L28A 1L31A 1L92A 3SBBC 2OEAX 1L14A 2RAZX 1L38A 3HT6A 103LA 4W56A 1L97A 3NY8A 2HUMA 4EPIA 102LA 1D2WA 3LZMA 1P6YA 1L68A 1L19A 1CX7A 1QUHA 1L06A 149LA 1C66A 1L00A 1L44A 226LA 1DYGA 3HUAA 190LA 3SB6A 1PQOA 1C6HA 4E97A 1LI6A 2B6XA 3HH6A 219LA 3HUQA 1KW7A 1KS3A 170LA 3HTGA 4I7NA 2B6YA 115LA 1CV5A 164LA 114LA 113LA 141LA 1L60A 1L72A 3SB9A 1D2YA 131LA 1L15A 2F32A 1DYEA 4EKRA 1D3NA 1P2RA 4W52A 1G1VA 3C81A 3DN2A 4OO9A 1QTZA 3ODUA 4W58A 1CU5A 2RBRA 259LA 162LA 1QTDA 1L12A 2F2QA 2B7XA 210LA 127LA 1KY1A 1D9WA 1L67A 199LA 1L95A 4LDEA 1DYBA 1QTHA 4YXCA 1C69A 4DJHA 1L80A 4DKLA 2RB1X 1LPYA 4I7RA 111LA 1L79A 1QTCA 4I7SA 184LA 5LZMA 1G0QA 168LA 3F9LA 160LA 1L04A 1OWYA 3GUOA 1L76A 230LA 2B6ZA 2B6WA 1L40A 1L41A 1L23A 1C6QA 3HDEA 231LA 1LGWA 1L59A 3HU8A 3PBLA 1XEPA 1LGXA 140LA 119LA 258LA 2O4WA 3EMLA 2Q9EA 1CV1A 1SSYA 2A4TA 1T8AA 2LC9A 1LYEA 1L65A 1CTWA 1T97A 3HTBA 1L75A 2QB0B 2OTZX 4ARMA 214LA 251LA 217LA 3SBAA 4W57A 118LA 1G0GA 1T8FA 1G0PA 243LA 3HUKA 234LA 142LA 2RH1A 1L42A 1DYCA 123LA 1LYFA 3V2YA 1D3MA 159LA 238LA 1L57A 1C62A 1L32A 3VW7A 1L73A 3DN6A 1DYAA 2OE9X 248LA 125LA 4S0WA 3SN6R 2O7AA 244LA 2ANXA 3F8VA 155LA 3DMZA 3GUNA 181LA 189LA 1OV7A 3HDFA 143LA 1L69A 3OE9A 1G06A 1L90A 1C6GA 1C67A 1L83A 1L25A 1LYDA 1L09A 1LYJA 1K28A 3OE8A 1L91A 1L77A 262LA 1SX2A 1P64A 138LA 1L71A 1L01A 3FA0A 1QUDA 1JTNA 1C60A 216LA 1PQIA 183LA 1C6CA 130LA 2B73A 3C80A 1QSQA 1PQJA 3C8QA 4ARQB 1PQMA 1I6SA 1ZYTA 1L93A 167LA 1C6DA 110LA 3DNAA 1G0LA 1L86A 246LA 177LA 237LA 252LA 1L53A 3L64A 242LA 1L87A 1L96A 4W59A 1DYDA 1EPYA 1LYGA 1ZURA 2OE4X 3GUPA 2RBOA 4PK0A 220LA 3HTFA 109LA 1L45A 4I7MA 4I7PA 1G0JA 3OE6A 1L55A 147LA 4W54A 4K5YA 104LA 157LA 3QAKA 260LA 2OU0X 1QS9A 1C6JA 1P46A 3G3VA 192LA 1T8GA 1B6IA 257LA 4AQNA 229LA 1JQUA 1L08A 1L70A 129LA 3DN3A 174LA 1CV3A 171LA 241LA 1L02A 1KY0A 3CDRA 206LA 4IAPA 1C6IA 1L0KA 1L05A 3G3XA 1CV4A 256LA 1JTMA 1C6TA 1KW5A 1L46A 1L74A 156LA 187LA 195LA 1OV5A 2NTHA 1KNIA 261LA 1L50A 1L52A 3C7WA 1L99A 4PJZA 161LA 3C7YA 1L66A 1SWYA 1G07A 1C64A 1L85A 3NYAA 3PDSA 4LDOA 4W51A 221LA 173LA 3DKEX 1QT8A 1L62A 1L27A 144LA 3DN0A 247LA 1L89A 2B75A 4W55A 4EPFA 137LA 211LA 2OTYX 1SWZA 3D4SA 165LA 145LA 1LI3A 1L11A 1ZWNA 4YX7C 3CDQA 1L61A 1L98A 1LWGA 245LA 232LA 233LA 3C8SA 1L34A 1T6HA 2ANVA 1P2LA 139LA 1P7SA 1C6FA 1C68A 1C6EA 222LA 3C8RA 4EKPA 2HULA 3FI5A 1C6NA 212LA 148LE 1L88A 3HH4A 198LA 1L07A 2LZMA 7LZMA 1P56A 4YXAC 4I7JA 235LA 3C83A 1OVJA 1QTVA 2NTGA 3GULA 4ARQA 1CU2A 3K2RA 1L22A 1QUGA 4ZPUA 180LA 1CUQA 1QT6A 4I7LA 1L47A 1L26A 1CUPA 3HH3A 3RZEA 3GUIA 108LA 1LYIA 3HWLA 3SB5A 2RBQA 4EKSA 2CUUA 107LA 254LA 1PQDA 223LA 4I7OA 1CX6A 1L24A 1LLHA 1L17A 227LA 4LZMA 1QSBA 3C82A 2RBPA 239LA 197LA 249LA 196LA 1L64A 186LA 3HT8A 1C63A 2B72A 3DN4A 1QT4A 200LA 2RAYX 112LA 3V2WA 158LA 3HH5A 1L33A 3DN8A 1XJUA 215LA 4I7KA 1QT5A 2OU8A 1PQKA 3CDTA 1NHBA 1LWKA 1LI2A 152LA 2LCBA 3HTDA 4EKQA 4EJ4A 3HT7A 1L58A 2Z6BA 1C6KA 126LA 1P37A 3GUKA 1SSWA 4LDLA 1L35A 253LA 120LA 2B74A 1L37A 1CV6A 169LA 1P5CA 3DMVA 3G3WA 150LA 1L39A 2F47A 2L78A 1G0MA 1L0JA 1OVHA 3JR6A 4W53A 2B6TA 122LA 1QT7A 4I7TA 2RBSA 1LYHA 3FADA 1G0KA 2RBNA 4I7QA 5I14A 1XJTA 1G1WA 2B70A 4ARLA 1L29A 4EXMA 176LA 1L16A 1C65A 1QT3A 182LA 1QUOA 1WTHA 151LA 6LZMA 128LA 3HT9A 166LA 4GRVA 1SX7A 250LA 1L30A 2O79A 2HUKA 3C7ZA 3L2XA 4ARPA 1DYFA 1C6PA 1CU6A 188LA 1L63A 1QS5A 240LA 1L18A 1OVKA 1L49A 2OU9A 191LA 1C6LA 1C61A 1L82A 3DN1A 3GUJA 178LA 1L48A 1P36A 205LA 2Q9DA 2OE7X 4DAJA 4ARJA 236LA 3CDVA 1LGUA 1CU0A 1OYUA 224LA 228LA 1L21A 4GBRB 185LA 1C6MA 172LA 1D3FA 1OWZA 1CU3A 3SB7A 3SB8A 1L10A 1L36A 1D3JA 209LA 1P3NA 1L54A 3OE0A 2IGCA 2QARC 1LW9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1A2YC 1C6BA 133LA 3DMXA 3RUNA 255LA 4ARMB 3NY9A 1JITA 1L13A 1L81A 2Z37A 2CDSA 3CQLA 4ETCA 4H91A 1LMAA 1L51A 1IR9A 1CVKA 3A6CY 1RCMA 3P4ZA 2FBDA 3A8ZA 4LYTA 4II8A 3HT6A 1LPIA 103LA 4W56A 3NY8A 4EPIA 1D2WA 3LZMA 1L68A 1GF5A 1CX7A 1L06A 2YBHA 1UACY 3SB6A 1C6HA 4CFPA 1LI6A 2B6XA 1GBSA 1KW7A 1KS3A 3HTGA 5EBHA 1GE2A 3RT5X 4OWHA 1CV5A 164LA 3ZVQB 1QSWA 3LYTA 1LCNA 3SB9A 131LA 1ALCA 2F32A 4W52A 1G1VA 1LZDA 1IWYA 259LA 2BPUA 4TWSA 2F2QA 1B9OA 1L95A 4HTQA 4YXCA 1C69A 4DKLA 1L80A 4I7RA 4I7SA 4B1AA 8LYZA 4M4OA 3P68A 2CWIA 5L3IA 1GFRA 160LA 3F9LA 3GUOA 4HPIA 230LA 9LYZA 1IWZA 1L40A 5LVHA 4DDAA 231LA 1L59A 1GFGA 3PBLA 1XEPA 1T6VL 2BQKA 5C6IA 5DN4A 4PRQA 5HQ1A 1T97A 2BQAA 1OUGA 4HTNA 4ARMA 214LA 217LA 4QDNA 2GV0A 5KXPA 1T8FA 3HFMY 3HUKA 2XJWA 3B0KA 4UWUA 1IC4Y 2YBIA 3T36A 2BQLA 1LYFA 2W1MA 4WG1A 3V2YA 1H6MA 1GF6A 1L32A 1LZ4A 3ATOA 1NBZC 4S0WA 5E9RA 3TXKA 244LA 2DQFC 2I6ZA 3GUNA 181LA 1XGTC 3HDFA 4WM1A 2Q0MX 3OE9A 1OUFA 1LYJA 1L09A 1GFVA 3OE8A 1L91A 1P64A 2D4KA 5KXKA 132LA 1LKRA 1QUDA 1B0DA 5B59A 3ZVQA 1JTNA 216LA 1PQIA 1C6CA 2B73A 130LA 4HV2A 1GB8A 1PQJA 3C8QA 4ARQB 1ZYTA 4NWEA 110LA 4PPOA 3DNAA 1L86A 246LA 5FDJA 1KXXA 237LA 1JTOL 1G7MC 242LA 4W59A 2F2NA 4PK0A 220LA 4I7MA 1G0JA 3OE6A 2Z19A 4K5YA 1HC0A 2CJLA 3AZ5A 3CB7A 1LHJA 1JTTL 5LINA 1LYYA 192LA 1YKZX 4Z46A 1GE0A 4HTKA 1L08A 1FKVA 3M3UA 1NHEA 4J1BA 2D4JA 3K3TA 1JTPL 4NHQA 4Z98A 241LA 1YANA 4PJ2C 3CDRA 4WL6A 206LA 1L05A 1CV4A 1F6RA 2YBLA 256LA 1KW5A 2Y8PA 156LA 1NMMA 261LA 2PC2A 3ZEKA 4DQJA 1SWYA 1G07A 2MEAA 1HNLA 3NYAA 4LDOA 4DD7A 2Z2FA 1IIZA 4OW1A 1QT8A 1GDXA 1LAAA 1JSEA 1BWIA 144LA 1HMLA 4N8ZA 4OWAA 5M1YA 1L89A 4OWBA 4EPFA 3LN2A 3WL2A 4LT0A 4QEQA 1LMNA 165LA 145LA 1ZWNA 4WMGA 1B7LA 1BB5A 5B1FA 3C8SA 1LMOA 5K7OA 3P66A 1C68A 1WQQA 4NGVA 222LA 3C8RA 4EKPA 4LZTA 1C6NA 148LE 2W1LA 5B07A 5C6JA 4ANRA 4YENA 7LZMA 1P56A 4BS7A 1KIQC 5APFA 4DD3A 4LT2A 1JJ1A 1AZFA 3GULA 1LJNA 4WOAA 4ARQA 1CU2A 1D6QA 1IOSA 1B7RA 1I20A 1LYIA 3W6FA 4EKSA 4B4JA 223LA 135LA 1LLHA 3T6UA 3W3EA 1YAMA 197LA 196LA 3CT0A 3HT8A 2RAYX 3V2WA 3CT5A 3HH5A 1OQMA 3W6DA 2BQGA 2D91A 1QUTA 4YM8A 215LA 5DN5A 2FYDA 3WU9A 1QT5A 4WO9A 2OU8A 3CSZA 5DLAA 1NHBA 3HTDA 3WW5A 5JENB 4MCKA 1GDWA 3RZ4A 1I1ZA 3GUKA 4LDLA 4H1PA 4FJRA 4Z41A 1CV6A 1LOZA 1P5CA 3A93A 1B2KA 2XBRA 2F47A 2L78A 1B7PA 1L0JA 3WYHA 1PZYA 5A3ZA 4I7TA 1KIRC 3FADA 3W6AA 1OUIA 1A4VA 2F30A 1VATA 3RNXA 5I14A 5F81A 5LIOA 4UWNA 1IWVA 4KT3A 1XGPC 1C65A 1QUOA 5KY1A 1IOCA 4XN6A 3HT9A 5LAFA 4DD0A 4ETEA 4P2EA 1LJ3A 1B5UA 1L63A 1LJGA 240LA 1L18A 1OP9B 2LZ2A 4YOPA 1C61A 1WTMA 4OOTA 3DN1A 2A7FA 4WLYA 3SP3A 4WM3A 3GUJA 178LA 1G7LC 3LHMA 1IP7A 3A94A 3BKHA 236LA 1F10A 3CDVA 1JJ0A 3G3BB 1F6SA 4LYCA 1OYUA 1L21A 185LA 4NSGA 1OWZA 209LA 1GB9A 1L54A 2MEDA 3OE0A 6LYZA 1LSMA 1LZYA 1C6AA 1AT5A 1L84A 213LA 2HEFA 4GCCA 4H92A 163LA 175LA 4H9CA 2BQIA 1REMA 1L31A 5LVKA 2CGIA 2OEAX 1C45A 1L38A 1QDTA 4EOFA 1GAZA 1GF7A 4GCFA 4H9IA 2ZIJA 1YILA 102LA 2G4QA 4HJYA 1P6YA 1G7HC 1XEIA 2ZIKA 1L00A 1L44A 1JKAA 190LA 4OWCA 2LYOA 1FLUA 3G3AB 4LYMA 4I7NA 1GF9A 115LA 1GFAA 2XTHA 113LA 1WVVA 3A3RX 1L60A 1P2RA 1NWGA 3C81A 3ODUA 4GCDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1A2Y C;  1C6B A;  133L A;  3DMX A;  3RUN A;  255L A;  4ARM B;  3NY9 A;  1JIT A;  1L13 A;  1L81 A;  2Z37 A;  2CDS A;  3CQL A;  4ETC A;  4H91 A;  1LMA A;  1L51 A;  1IR9 A;  1CVK A;  3A6C Y;  1RCM A;  3P4Z A;  2FBD A;  3A8Z A;  4LYT A;  4II8 A;  3HT6 A;  1LPI A;  103L A;  4W56 A;  3NY8 A;  4EPI A;  1D2W A;  3LZM A;  1L68 A;  1GF5 A;  1CX7 A;  1L06 A;  2YBH A;  1UAC Y;  3SB6 A;  1C6H A;  4CFP A;  1LI6 A;  2B6X A;  1GBS A;  1KW7 A;  1KS3 A;  3HTG A;  5EBH A;  1GE2 A;  3RT5 X;  4OWH A;  1CV5 A;  164L A;  3ZVQ B;  1QSW A;  3LYT A;  1LCN A;  3SB9 A;  131L A;  1ALC A;  2F32 A;  4W52 A;  1G1V A;  1LZD A;  1IWY A;  259L A;  2BPU A;  4TWS A;  2F2Q A;  1B9O A;  1L95 A;  4HTQ A;  4YXC A;  1C69 A;  4DKL A;  1L80 A;  4I7R A;  4I7S A;  4B1A A;  8LYZ A;  4M4O A;  3P68 A;  2CWI A;  5L3I A;  1GFR A;  160L A;  3F9L A;  3GUO A;  4HPI A;  230L A;  9LYZ A;  1IWZ A;  1L40 A;  5LVH A;  4DDA A;  231L A;  1L59 A;  1GFG A;  3PBL A;  1XEP A;  1T6V L;  2BQK A;  5C6I A;  5DN4 A;  4PRQ A;  5HQ1 A;  1T97 A;  2BQA A;  1OUG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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