1V7SA

Triclinic hen lysozyme crystallized at 313k from a d2o solution
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Phase transition of triclinic hen egg-white lysozyme crystal associated with sodium binding.
pubmed doi rcsb
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-12-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1v7sA00
3N9CA 1LZ8A 3WUAA 1HFZA 1QSAA 1BB6A 1TDYA 1WQPA 1V7TA 1LOZA 1WQRA 2FBDA 1G7IC 1PS5A 4Z98A 1IY3A 5L3HA 2YSSC 2BQEA 4WM6A 3WULA 2I6ZA 1IWVA 2W1YA 4B1AA 2F30A 5L3IA 4NGOA 4WG1A 4UWVA 1XGUC 2Z12A 1B5XA 3AJNA 4WL7A 4G49A 3TXDA 4WO6A 4OWCA 3TXJA 1GF8A 2C8OA 1BB7A 1CJ8A 4D9ZA 1A2YC 1BB3A 2BQLA 1TAYA 1GB2A 1GD6A 1BVXA 4OW1A 132LA 1DPWA 1LZEA 1FN5A 3A3QA 3A67Y 1WVUA 3B72A 4HTQA 2BQDA 8LYZA 4NSJA 3P66A 1DI5A 5LINA 1OP9B 5LAGA 1HFXA 1DPXA 1BWIA 4Z46A 1EQ4A 1LHLA 1W6ZA 4XN6A 4ANRA 4DD0A 4DDAA 1BVKC 4YEOA 4OWBA 4WOAA 1IR8A 5HNCA 1LSAA 2HEFA 1LSMA 1JPOA 3WUNA 4LYOA 5F16A 1B7MA 3EMSA 4H9CA 5FHWA 1D6PA 3TXBA 1D0KA 4HPIA 1OUHA 4NWEA 4TWSA 1HHLA 3TXGA 1GWDA 3G3AB 1WTNA 5LA8A 1G7HC 1IEEA 5LYZA 5A3ZA 4ET8A 2BQIA 2MEIA 4OWEA 2DQCY 4AXTA 4ET9A 3WU9A 5KXMA 1LMPA 3G3BB 2G4PA 5LYMA 1OUEA 3B0OA 1YIKA 4QEQA 5I4YA 1JJ0A 4ZIXA 4N8ZA 1GFUA 2IFFY 4DD3A 4LGKA 2C8PA 2CDSA 2H5ZA 1C08C 1GDWA 1GDXA 4BADA 1NBYC 5KJ9A 4GCDA 4H8ZA 1NDGC 4ETDA 4H9HA 2W1XA 4TSCA 1B5YA 2GV0A 1GB5A 4NGJA 4W94A 1LSGA 1VATA 2FBBA 4NSGA 1IIZA 1IP3A 1LMCA 2Z19A 3AGHA 134LA 1LHIA 4II8A 2A7DA 4WM1A 4O34A 1IP6A 1JHLA 1LZ5A 135LA 2Z39A 3AGGG 5F81A 4E3UA 1B7SA 3RZ4A 5HMVA 1LHMA 1GF6A 1REXA 3BKVA 4NSHA 5I4WA 1BHZA 2G4QA 4WM3A 1LZYA 4LT2A 3GXKA 2HUBA 4RW1A 1BQLY 1GE3A 1IWTA 208LA 1GAYA 2DQFC 5LVIA 3SP3A 3B0KA 4B49A 3A6CY 1V7SA 1JWRA 3A3RX 4HJVA 4NGWA 1IC4Y 1GBZA 3TXIA 2IHLA 1RJCB 1B5ZA 5LVKA 1GE2A 1HMLA 1XEJA 4IASA 3WPJA 3VWOA 4NG1A 5B59A 1UUZC 3RNXA 2D4JA 3F6ZA 5HLLA 1CKDA 1JTPL 1GHLA 1PZYA 2BQFA 2VB1A 1C10A 4NGYA 3IJVA 3ULRA 5LVGA 5ILFA 4J0LA 1LZGA 1LMTA 3AZ6A 1YKZX 1ALCA 2I26L 1JUGA 4A7DA 1AT5A 1A4VA 1VDPA 1W08A 2Z38A 1CJ6A 193LA 1LYYA 2WARA 1FKVA 1GB0A 3A94A 4LT0A 1GFJA 1LJEA 3A8ZA 2LHMA 154LA 1F6SA 1C43A 1XGTC 5D5CA 4G4HA 1I56A 1FLQA 2CWIA 4LFPA 1GFKA 2MECA 1GF0A 2G4NA 3E3DA 4N1CC 4GCEA 1B0DA 2Z2EA 2ZQ4A 4CGEA 1RI8B 2HEDA 2CGIA 1CKHA 1WQMA 2DQHY 1LSPA 5D5FA 1IWZA 4H9BA 1IORA 2XJWA 1GF5A 1J1OY 3CSQA 5DN4A 2YBHA 1NMMA 3TMXA 4WL6A 1GBYA 4WM2A 1HSWA 1UACY 5KXZA 1JKBA 2DQIY 2B5ZA 2BQMA 1GF4A 1F0WA 1TCYA 3IWRA 1LKSA 3CQLA 1SQ2L 5DM9A 5KXPA 3TMUA 1UA6Y 1LSFA 3A92A 4N0JA 1WQOA 1CJ7A 2W1MA 3IJUA 2DKVA 1VAUA 4HTKA 1AKIA 2FYCA 1RFPA 4J1BA 3ZEKA 4WM5A 5I5QA 2F4GA 1Z55A 4NY5A 4EMNA 4TX7A 1BB4A 2D91A 1B5UA 1LMNA 2Z2FA 4H90A 1GBXA 1LJFA 4NIJA 1DQJC 1VDQA 1GB7A 3FI7A 1GXXA 4OOOA 3ATNA 4HJYA 3AZ4A 4LT3A 4XJGA 1JTOL 3LYOA 4L41A 4LYZA 1G7LC 2HEEA 4ZEEA 4X3BA 2MEHA 4C3WA 1LMOA 3AZ5A 5FCPA 5HQ1A 3EO5A 3B6LA 2CJLA 3EBAB 5E4PA 1LZNA 5IHGA 4GN4A 4NHQA 3MGWA 1B7NA 2W1LA 1QUSA 5DL9A 3WL2A 2ZIKA 4N1EI 5APFA 5F9UA 4I8SA 1UC0A 3LHMA 5LAFA 4Z41A 1GB3A 4NEBA 5KXRA 3T36A 1GB9A 1GEVA 3A34A 1J1PY 1UIBA 2BQNA 1D6QA 1LSBA 1TBYA 4GN5C 4TSBA 4HV1A 1GFHA 5C6JA 3N9AA 2RSCA 5FELA 1I20A 2D4IA 1LJNA 1H6MA 3W6BA 1GFGA 1JSFA 1P2CC 1XSFA 1UIFA 1LZ6A 4HTNA 1YILA 1CKFA 5LA5A 3A95A 1LZCA 4WMGA 5HMJA 1GB6A 5KXXA 1ZV5L 4NGLA 4YF2A 1YAMA 1JITA 1B7OA 1YKYX 2HEBA 3N9EA 4G4BA 4NG8A 4LFXA 3A96A 1YQVY 4NGKA 2HTXA 4H92A 2X0AA 2XBRA 4RLNA 1AM7A 5KXWA 4DD7A 3J6KA 1QDRA 1DI4A 3A91A 1B7QA 3AB6A 1OUAA 3LZ2A 4WLXA 3TXKA 5APEA 1IX0A 5T3FA 4UWUA 3TMVA 1LJJA 3WW5A 1QDTA 2DQJY 1HEMA 2MEGA 1H87A 3TMWA 5LVHA 5J7CA 4M4OA 2MEEA 1KIQC 3A6BY 1IWUA 1HC0A 1GXV2 3W6AA 1WQQA 5B05A 5AMYA 3W6FA 2HECA 1RCMA 4GCCA 2YBLA 1IR9A 1JKAA 3WVYA 2ZNWY 1YANA 1VDTA 4CFPA 1NDMC 5ILCA 5LXWA 4NHIA 4H93A 1JISA 3QE8A 4GN3A 4LYCA 4OWHA 2LZTA 1KXYA 1YROA 1REMA 3WXUA 4GCFA 3J4GA 4NGZA 5LYTA 2BQAA 1OUBA 1JJ3A 4PRQA 4M6DA 4BS7A 3BKHA 3M18B 4H8XA 4XJHA 3FE0A 1FLYA 1JEFA 1YKXX 4HJZA 3RW8A 4PRUA 1LSDA 5FDJA 1LYZA 4FJRA 4XADA 3WMKA 5KKIA 2HU3A 4KL7A 1JIYA 5B1GA 1FBIX 1XEKA 1WTMA 4B4EA 4CJ2A 2DQAA 1YAQA 1LSEA 5APDA 4B4JA 1ZVYB 3HBEX 3LYMA 1D0LA 4HSFA 1LZSA 1LJKA 1LPIA 1EQ5A 2DQGY 4KXIA 3HBDA 1VDSA 1QSWA 2EKSC 4YEMA 1UICA 1IC5Y 1C45A 1UIHA 5KXTA 1NF5A 2ZWBA 4WG7A 2F4AA 5EBHA 1D9UA 1LHJA 4DD2A 2HU1A 3WW6A 3WVXA 5KXKA 2ZYPA 2BQGA 1BWJA 1XGQC 2H9JA 1NHEA 2YBIA 4H91A 1CJ9A 4KT3A 2BQOA 5DLAA 3ZVQB 4RLMA 1HMKA 5F14A 1GF9A 2BAAA 5KXNA 2BLXA 1DZBX 1OQMA 1JTTL 1GAZA 4J1AA 4ETBA 1NKHA 1LHKA 1REYA 5LVJA 1HEPA 2A7FA 4PHIA 4LZTA 1GBOA 1GB8A 3A90A 5IDDA 4EOFA 133LA 1HEQA 2D6BA 1XGRC 3LYTA 3P4ZA 3WXTA 1FDLY 5KY1A 3WU8A 1LZAA 5KXOA 1CKCA 1IOQA 1B7PA 1BB5A 1WVVA 4B0DA 5FEKA 153LA 4ETAA 3WYHA 3AGIA 1IP4A 1LJ3A 4PPOA 5I53A 4GCBA 5B07A 4DD9A 1FLUA 1UIGA 4XYYA 1GFTA 3RT5X 2BPUA 1JSEA 5FSTA 3D3DA 3W3EA 4AGAA 4YM8A 1YL1X 2Y8PA 1GPQC 5C6IA 3RU5A 1DI3A 1F10A 1IWXA 3K3TA 4PGJB 5DN5A 4ZFPA 5APCA 1NBZC 2YDGA 2Q0MX 1LZBA 4XJIA 5E9RA 1IOCA 4H1PA 1B5VA 1LZDA 5KXSA 1HELA 4G4CA 1FLWA 4OOTA 3AW6A 3LN2A 3D9AC 3CT0A 1LYOA 4WM4A 4MR1A 3TXEA 4DDCA 1UIAA 1WQNA 2EQLA 3P65A 4RW2A 2DBTA 4HV2A 1DXJA 4XJDA 4RDSA 1CNSA 5KXYA 5LIOA 2EPEA 1G7JC 3WPKA 1F6RA 5A3EA 5I54A 1OUIA 2N5ZA 2XBSA 4ETEA 1GE4A 1MLCE 4R0FA 1GE1A 1LJIA 2FYDA 3W6EA 2ZYCA 4H94A 1CKGA 2BLYA 1GFAA 1QIOA 2ZIJA 3M3UA 3QY4A 4HP0A 1FKQA 2NWDX 1UCOA 1LSNA 1OUFA 1GF3A 3HFMY 4PJ2C 3CSRA 1IO5A 1INUA 5I4XA 1XGPC 1J1XY 3KAMA 3P68A 5K7OA 1JJ1A 4DT3A 1LZ4A 1NWGA 1YAPA 1QTKA 1LJGA 2I25L 3T6UA 4CFOA 3WUMA 2LYMA 3B0IA 1T6VL 4GLVA 2LZ2A 3CT1A 1O23A 5KKJA 1B7RA 4R6CA 4DYGA 3WH1A 194LA 2BQCA 1IY4A 4C5FA 1HFYA 2DQDY 4DWXA 2F2NA 5M1YA 1QTEA 4MSTA 1KXXA 1C7PA 2XTHA 1EL1A 1EQEA 1MELL 4UWNA 1IR7A 4NFVA 4ETCA 2HEAA 3AYQA 1GBSA 2LYOA 1IWYA 4N5RA 6LYZA 1RE2A 4QY9A 4U3XB 4WO9A 1LAAA 1IP7A 1B5WA 4IATA 1LJ4A 1UIEA 1YAOA 4NGIA 1E8LA 5F9XA 3ZVQA 2ZILA 4H9AA 1UBZA 5HNLA 1LHHA 1GFRA 1REZA 2D4KA 3W6DA 4NWHA 4Z3MA 1NQIA 5IELA 1AT6A 4YOPA 4KPMA 2LYZA 4WLTA 4B4IA 4H9IA 4XJBA 4YENA 2H9KA 1QUTA 3W6CA 1XEIA 4H9EA 1HERA 4H9FA 2MEBA 2DQEY 1HENA 1IP2A 2PC2A 1B2KA 2EIZC 1GBWA 2BQJA 1TEWA 4FDYA 4WLYA 1LMQA 4NSIA 1KXWA 3CT5A 4N9RA 2MEAA 3LZTA 1LSCA 3EXDA 4MCKA 1LZRA 1IVMA 7LYZA 1JKDA 1N4FA 1T3PA 1UIDA 2Z37A 1LJHA 4NHSA 3TXHA 1VEDA 3OK0A 4TTDA 1HEOA 3A93A 4LYBA 5L9JA 3CSZA 1IP5A 1GE0A 1ZVHL 2MEDA 4NHTA 4G9SA 1IP1A 1LKRA 2Z18A 2AUBA 1GEZA 4NGVA 4QGZA 1LZ9A 1OUCA 4LYTA 4NHPA 2BQHA 4GLAA 1LCNA 5B06A 2ZNXY 6LYTA 1YL0X 1OUGA 3GXRA 1LTMA 1QQYA 3CB7A 3OJPA 4IJ4A 4OWAA 1XFPL 3LYZA 4DC4A 2BQKA 1SLYA 4BAFA 2YBMA 1LSYA 1DKJA 1LYSA 1GFEA 1KIPC 1AZFA 1GFVA 1LZTA 2ZQ3A 4HPEA 1C46A 1B7LA 1IOSA 1LZ1A 5KXLA 1JKCA 1DKKA 2YBJA 4LYMA 1GF7A 9LYZA 4H8YA 3WU7A 2MEFA 4DDBA 1HNLA 4I0CA 1B9OA 2YVBA 1HF4A 3TXFA 5C6LA 1I1ZA 4TUNA 207LA 4P2EA 1ZMYL 2BQBA 3HBHA 1IC7Y 1G7MC 4BAPA 4CHXA 4XENA 1LMAA 1OUDA 4ML7A 5II3A 3ATOA 1HEWA 4W96A 1IWWA 1LSZA 4WLDA 4J7VA 3AW7A 4XJFA 3WPLA 4DD1A 2YBNA 1OUJA 4QDNA 1BGIA 1VFBC 1IOTA 1KIRC 4LT1A 3QNGA 1BWHA 5JENB 3P64A 5B1FA 1D0MA 3AZ7A 1HSXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LZ8A 1QSAA 201LA 1LOZA 1PS5A 1IY3A 1IWVA 2F30A 4NGOA 1XGUC 4WL7A 4ARPA 1L56A 3TXJA 1QTCA 1A2YC 1ZWNA 1BB3A 2BQLA 1GD6A 132LA 1LYEA 4I7RA 2BQDA 4NSJA 1L51A 1QS9A 1HFXA 1L32A 1BWIA 1SSYA 4DD0A 4DDAA 2Q9DA 4YEOA 1LSMA 3WUNA 4GBRB 4LYOA 3HTFA 4H9CA 2B72A 120LA 4HPIA 3TXGA 3G3AB 4ARMA 5LYZA 1LMPA 5LYMA 3DMXA 1C67A 4QEQA 236LA 1JJ0A 4N8ZA 1GFUA 1KW7A 2C8PA 1L21A 1L69A 1P37A 4BADA 1QS5A 1NBYC 1P64A 143LA 4H8ZA 1NDGC 4H9HA 1P56A 4NGJA 3SBBC 4IAPA 1C6DA 4W94A 1LSGA 260LA 4NSGA 2Z19A 3C7WA 2RBRA 134LA 3DN4A 1JHLA 1LZ5A 135LA 2Z39A 4E3UA 1DYBA 5HMVA 1REXA 5I4WA 4WM3A 2HUBA 1BQLY 3SP3A 1L82A 1V7SA 1DYDA 4ZPUA 3DN1A 2IHLA 1RJCB 4IASA 1L47A 220LA 5B59A 3RNXA 3F6ZA 1CKDA 1GHLA 1PZYA 3HT6A 4J0LA 3AZ6A 4A7DA 2I26L 1W08A 1CJ6A 1LYYA 5LVHA 2WARA 1FKVA 1L55A 250LA 3A8ZA 154LA 1C6AA 188LA 2MECA 2G4NA 4N1CC 4CGEA 1L76A 1LSPA 1CV4A 2YBHA 2Z6BA 2RBNA 1HSWA 4WM2A 3GUJA 2DQIY 3SN6R 160LA 2BQMA 4I7JA 2RH1A 1UA6Y 4N0JA 3D4SA 1CJ7A 4HTKA 2FYCA 3ZEKA 2F4GA 4NY5A 1T97A 1LMNA 4H90A 4NIJA 1D3FA 1QSBA 1L48A 4OOOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3N9C A;  1LZ8 A;  3WUA A;  1HFZ A;  1QSA A;  1BB6 A;  1TDY A;  1WQP A;  1V7T A;  1LOZ A;  1WQR A;  2FBD A;  1G7I C;  1PS5 A;  4Z98 A;  1IY3 A;  5L3H A;  2YSS C;  2BQE A;  4WM6 A;  3WUL A;  2I6Z A;  1IWV A;  2W1Y A;  4B1A A;  2F30 A;  5L3I A;  4NGO A;  4WG1 A;  4UWV A;  1XGU C;  2Z12 A;  1B5X A;  3AJN A;  4WL7 A;  4G49 A;  3TXD A;  4WO6 A;  4OWC A;  3TXJ A;  1GF8 A;  2C8O A;  1BB7 A;  1CJ8 A;  4D9Z A;  1A2Y C;  1BB3 A;  2BQL A;  1TAY A;  1GB2 A;  1GD6 A;  1BVX A;  4OW1 A;  132L A;  1DPW A;  1LZE A;  1FN5 A;  3A3Q A;  3A67 Y;  1WVU A;  3B72 A;  4HTQ A;  2BQD A;  8LYZ A;  4NSJ A;  3P66 A;  1DI5 A;  5LIN A;  1OP9 B;  5LAG A;  1HFX A;  1DPX A;  1BWI A;  4Z46 A;  1EQ4 A;  1LHL A;  1W6Z A;  4XN6 A;  4ANR A;  4DD0 A;  4DDA A;  1BVK C;  4YEO A;  4OWB A;  4WOA A;  1IR8 A;  5HNC A;  1LSA A;  2HEF A;  1LSM A;  1JPO A;  3WUN A;  4LYO A;  5F16 A;  1B7M A;  3EMS A;  4H9C A;  5FHW A;  1D6P A;  3TXB A;  1D0K A;  4HPI A;  1OUH A;  4NWE A;  4TWS A;  1HHL A;  3TXG A;  1GWD A;  3G3A B;  1WTN A;  5LA8 A;  1G7H C; 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 1GBW A;  2BQJ A;  1TEW A;  4FDY A;  4WLY A;  1LMQ A;  4NSI A;  1KXW A;  3CT5 A;  4N9R A;  2MEA A;  3LZT A;  1LSC A;  3EXD A;  4MCK A;  1LZR A;  1IVM A;  7LYZ A;  1JKD A;  1N4F A;  1T3P A;  1UID A;  2Z37 A;  1LJH A;  4NHS A;  3TXH A;  1VED A;  3OK0 A;  4TTD A;  1HEO A;  3A93 A;  4LYB A;  5L9J A;  3CSZ A;  1IP5 A;  1GE0 A;  1ZVH L;  2MED A;  4NHT A;  4G9S A;  1IP1 A;  1LKR A;  2Z18 A;  2AUB A;  1GEZ A;  4NGV A;  4QGZ A;  1LZ9 A;  1OUC A;  4LYT A;  4NHP A;  2BQH A;  4GLA A;  1LCN A;  5B06 A;  2ZNX Y;  6LYT A;  1YL0 X;  1OUG A;  3GXR A;  1LTM A;  1QQY A;  3CB7 A;  3OJP A;  4IJ4 A;  4OWA A;  1XFP L;  3LYZ A;  4DC4 A;  2BQK A;  1SLY A;  4BAF A;  2YBM A;  1LSY A;  1DKJ A;  1LYS A;  1GFE A;  1KIP C;  1AZF A;  1GFV A;  1LZT A;  2ZQ3 A;  4HPE A;  1C46 A;  1B7L A;  1IOS A;  1LZ1 A;  5KXL A;  1JKC A;  1DKK A;  2YBJ A;  4LYM A;  1GF7 A;  9LYZ A;  4H8Y A;  3WU7 A;  2MEF A;  4DDB A;  1HNL A;  4I0C A;  1B9O A;  2YVB A;  1HF4 A;  3TXF A;  5C6L A;  1I1Z A;  4TUN A;  207L A;  4P2E A;  1ZMY L;  2BQB A;  3HBH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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