4LYOA

Cross-linked chicken lysozyme crystal in neat acetonitrile, then back-soaked in water
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title X-ray studies on cross-linked lysozyme crystals in acetonitrile-water mixture.
pubmed doi rcsb
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4lyoA00
4YEOA 1WQNA 1C10A 1EQ4A 1V7SA 3KAMA 4GCCA 1LCNA 4GCFA 5T3FA 4DD7A 4HTNA 2DQCY 1B7RA 1QDRA 1LSMA 3HFMY 4GN5C 4B4IA 5DM9A 5E4PA 4NGIA 1LJEA 1LMAA 1CJ7A 1RE2A 4M6DA 1VDQA 1UICA 1XGQC 1HELA 5FSTA 1IWVA 1LJNA 3AZ6A 5KKJA 1JIYA 4XADA 1DI5A 1DI4A 1GF3A 3CT1A 1LZ4A 4DT3A 1C43A 1GF7A 2ZIJA 3E3DA 3A93A 2ZWBA 1GDWA 5E9RA 3QE8A 1BB5A 3AW6A 4LZTA 4RW2A 3A6CY 1REMA 5LVKA 2D6BA 4N0JA 3BKHA 1T6VL 5KXPA 1LMTA 3B0IA 3N9AA 1XGUC 1O23A 3ZVQA 1G7HC 4NGKA 4DD9A 4ZFPA 4TTDA 2ZYPA 4H9BA 4ANRA 2N5ZA 1HEWA 1HFXA 2YBJA 4J1BA 1ZMYL 2Z19A 1UCOA 1YAOA 1LYYA 5A3EA 3RU5A 1HNLA 5M1YA 1AT6A 4G9SA 1LJGA 4J7VA 4ETBA 1BHZA 1CKHA 1GXV2 1JEFA 4TUNA 1MLCE 2WARA 1GB2A 1LSBA 1QDTA 4QY9A 1DZBX 1LHMA 4XENA 5B06A 1IC4Y 4OW1A 132LA 1PZYA 4ZEEA 4LYBA 5LVJA 1RCMA 1B7PA 1SQ2L 1LZYA 3FI7A 4WG1A 1VATA 1Z55A 2H5ZA 4II8A 4J0LA 4WLXA 1LMOA 4DD3A 4QDNA 1LZGA 1GB5A 1OUCA 1HSWA 2Z2EA 1H87A 1GWDA 5A3ZA 1UACY 4G4BA 1JITA 2ZILA 1PS5A 2D4JA 5L3HA 5LVIA 1DQJC 5KXKA 1G7LC 1LJKA 2DQAA 4HJYA 4X3BA 3W3EA 4U3XB 4Z98A 4LT2A 1B5XA 4RLMA 3IJUA 4LFXA 1OUAA 2BQHA 1UIGA 4UWVA 1QIOA 1IP4A 3ATOA 4GLAA 4XJFA 1VDSA 1IR7A 2F2NA 5F9XA 6LYTA 2BAAA 3A92A 1IOTA 3HBHA 1C45A 4H9EA 4GN4A 5B1GA 4AXTA 4Z46A 4YEMA 2I6ZA 1JKCA 3HBEX 1XEKA 4UWNA 1GFVA 1OUGA 4H93A 4LT1A 4AGAA 2A7FA 1BB6A 2DQHY 5KXOA 1HENA 4NSHA 1D9UA 3EXDA 5LAGA 1IORA 1J1OY 1BQLY 5I54A 2ZQ3A 3RNXA 4XYYA 4KL7A 2HEDA 2C8PA 1LMCA 1GE0A 1EL1A 1QTEA 2XBRA 4WLDA 1WTMA 1WVUA 1LZSA 5KY1A 1IWTA 1LSNA 4XN6A 1LZ5A 5IDDA 4B0DA 4DD0A 1GE3A 1WVVA 2BQDA 1D6PA 1I20A 1LSZA 2XBSA 4KT3A 5HNLA 1DXJA 3W6DA 4IJ4A 1YKZX 2D91A 2ZNWY 1LZNA 4H90A 3TXHA 4G4HA 5DN5A 8LYZA 4N1CC 1REZA 1IWXA 3AGIA 1WQQA 2IHLA 5HLLA 207LA 1B7SA 2HEFA 1JWRA 1IR8A 1W08A 1IR9A 1YL0X 1XEJA 1IOCA 1HF4A 4OOOA 3WPJA 3LZTA 1A2YC 4N1EI 1WTNA 1YKXX 4HPIA 1GFJA 1UA6Y 3G3AB 4NGLA 4PGJB 4NG8A 2BQEA 1IC5Y 1LZRA 1LZ9A 3WYHA 2LZ2A 1WQOA 2DQIY 5LIOA 1BVKC 3CT5A 1CKCA 1YAQA 3AGHA 1LKRA 1V7TA 4LT0A 1XSFA 1IP5A 3BKVA 2YBIA 1F0WA 4BS7A 4NGJA 2ZIKA 2CJLA 3QY4A 3TMVA 1GB0A 1F10A 1LYOA 2YBHA 3P68A 2G4NA 1NKHA 4YENA 4H1PA 5EBHA 4DDCA 1YQVY 1LJIA 5II3A 3IJVA 5F9UA 3WXUA 4BAPA 2C8OA 1F6RA 1GBSA 4DDBA 1LSCA 1JUGA 5D5CA 3TXJA 5C6LA 1GBOA 1LTMA 1KXWA 3CB7A 5LAFA 154LA 1IEEA 1WQPA 1NDMC 1LJ4A 3P65A 4G4CA 1GB6A 1B5ZA 2DQGY 4WO6A 3T6UA 1IIZA 1G7IC 2Z39A 1GB3A 2MEFA 2NWDX 4FDYA 1W6ZA 1B9OA 1HEQA 1GFAA 4HTKA 3WH1A 1LZEA 4NGVA 1LSDA 2DQEY 3WUNA 5C6IA 4PRUA 3AZ7A 1IWZA 2MEHA 2EPEA 4NFVA 5LYZA 5APDA 3WU9A 3B6LA 1HFYA 1GBZA 3OJPA 4NIJA 5LYMA 1OUDA 2B5ZA 3CSQA 1B5UA 1JPOA 4WM4A 3LYOA 4WLYA 2BQIA 3W6EA 1KIRC 3ATNA 133LA 4H8XA 2FBBA 1LHIA 2HU1A 1TBYA 4UWUA 1WQMA 4NY5A 1FLQA 1YROA 3TXDA 4NHTA 4CFPA 4PPOA 3W6FA 4HSFA 1AT5A 5I53A 1XEIA 5D5FA 3N9EA 1GF4A 1LSEA 5KXMA 3TXKA 1HERA 3WU8A 4C5FA 1LZ6A 2F4AA 2MEAA 1GBWA 1VDPA 1B5WA 1BGIA 2Z37A 4XJDA 4ZIXA 1IOQA 1B7NA 2A7DA 1IP2A 3A3RX 4WL6A 1LKSA 1LZTA 5I5QA 4LFPA 5LVHA 1IC7Y 4B49A 3WVXA 4LYCA 5KJ9A 1LHLA 1OUHA 2YDGA 5APFA 5KXNA 4NGZA 1LYZA 1UIAA 208LA 1DI3A 1HHLA 1HMKA 3AGGG 4L41A 1RFPA 1AKIA 1DPXA 1LMNA 4TX7A 4GCEA 2YSSC 4WM6A 3RW8A 1E8LA 4ETEA 5DLAA 1NHEA 4LYZA 2RSCA 4ETDA 1GF0A 5L9JA 5B07A 5LA8A 1XFPL 1D0MA 3M18B 1GFHA 2F30A 3WMKA 153LA 4P2EA 1GB7A 1UBZA 4C3WA 3LYZA 5KKIA 3RZ4A 3AJNA 1LJJA 5HNCA 1NBZC 2DKVA 5JENB 4QEQA 2H9JA 1LMPA 4HJZA 1JKBA 1YL1X 1C7PA 2GV0A 2EKSC 3A34A 4DC4A 4NHSA 6LYZA 1QTKA 4DD2A 3VWOA 1B7QA 4EOFA 1C08C 1LHKA 2BQMA 3A90A 1IP1A 1GFRA 1BWIA 1B5VA 1VAUA 3J4GA 1GDXA 2X0AA 4GCDA 1ZV5L 4NHPA 1J1PY 9LYZA 1H6MA 2BPUA 1I56A 2BQJA 2MEDA 1BWHA 4NSJA 1LMQA 2PC2A 5L3IA 4PHIA 4WLTA 1DPWA 4KXIA 3TXGA 1KIQC 1OUJA 4GCBA 1GE2A 1REYA 5FEKA 3J6KA 3LYTA 1GPQC 1IP7A 1JTPL 1QQYA 1UIDA 2W1LA 1HMLA 3RT5X 5I4WA 4XJIA 1GF6A 1BVXA 1B5YA 3AYQA 1KXYA 1HEOA 4ML7A 4E3UA 1OUIA 3TMUA 1JJ1A 1LOZA 2AUBA 2CDSA 1G7JC 2FBDA 3GXKA 2H9KA 5B05A 5C6JA 2MECA 5FCPA 5HMJA 134LA 1LSYA 1UIFA 1IX0A 4YOPA 4CGEA 2FYCA 1GHLA 1B7LA 2XJWA 4NEBA 1FDLY 3EMSA 1GE1A 2YBMA 1JJ3A 1OP9B 3AW7A 5LVGA 5F16A 1GAYA 194LA 4H9IA 4BADA 2MEGA 1XGTC 5HMVA 1HFZA 1OUBA 1DKKA 2HECA 3WUMA 1LZDA 4HTQA 1LZCA 5APEA 2Z18A 4H9CA 2I25L 1FLUA 1KIPC 4CJ2A 2LYMA 1IWUA 1GF8A 2FYDA 1GEZA 1RJCB 1HC0A 1QSWA 4RW1A 2BLXA 2DBTA 1NQIA 1FLWA 3W6BA 1LJHA 4W94A 1JISA 1JSEA 1GEVA 4WO9A 4R6CA 1UIBA 2Z12A 3A94A 3TXEA 3B0OA 1GBXA 3D3DA 1YAMA 5KXRA 4M4OA 4B4EA 3W6CA 1CJ9A 4NWHA 4TSBA 2MEIA 3OK0A 1LSPA 2YBLA 2W1MA 4WL7A 1SLYA 2XTHA 1JHLA 3M3UA 3WUAA 4NGYA 4NSIA 5KXLA 1TDYA 2Y8PA 3EO5A 5I4XA 1UC0A 4H9AA 1GE4A 1D0KA 1YANA 1LPIA 3LN2A 1UIEA 4GLVA 4NWEA 3P4ZA 1HEMA 1OUFA 3QNGA 5HQ1A 2LYOA 2HEEA 4LYTA 1IVMA 4RLNA 5J7CA 1YKYX 1QSAA 1LJFA 1RI8B 3LYMA 5I4YA 4J1AA 4DWXA 2EIZC 4O34A 5APCA 4H8YA 1JSFA 4OWAA 5LA5A 4W96A 1LSAA 3ZEKA 4LGKA 1GFKA 4TSCA 4WOAA 4H94A 1FLYA 2BQFA 4OOTA 1T3PA 3ULRA 3LHMA 3AZ5A 3TXBA 2LHMA 3A6BY 3MGWA 4LT3A 5F14A 4NGWA 5KXSA 2VB1A 3WVYA 5LYTA 4I8SA 1KXXA 3WW5A 4KPMA 4WM5A 4ETAA 1LHJA 1JTTL 1WQRA 5ILCA 1FBIX 5IELA 4H8ZA 1MELL 1TCYA 1NWGA 1REXA 1ZVHL 193LA 3A91A 1GBYA 1GFGA 4XJGA 2BLYA 1UUZC 1LHHA 4DYGA 3G3BB 3WL2A 1FKVA 1IY3A 4NHQA 4PJ2C 3B72A 2BQAA 3SP3A 1LZ1A 4FJRA 4H91A 1EQ5A 3CSZA 4HJVA 3A3QA 4N9RA 4XJHA 1P2CC 1YILA 3AZ4A 5DN4A 1B7MA 2YVBA 3LZ2A 1J1XY 2YBNA 3FE0A 4GN3A 4DDAA 1LYSA 4MCKA 1GFUA 2BQBA 1YAPA 3A67Y 3CT0A 4LYOA 4NG1A 3TXIA 1TEWA 5FHWA 3WPKA 1C46A 2G4PA 1IOSA 4YM8A 3A95A 4OWEA 4H9FA 3P64A 1CKDA 5F81A 5DL9A 1BB3A 2BQNA 1CKFA 2F4GA 2DQJY 4MR1A 4RDSA 4CHXA 2D4IA 5B59A 1GB9A 1HEPA 5AMYA 4YF2A 2G4QA 2HTXA 3WXTA 2CWIA 1CNSA 4R0FA 1YIKA 4N5RA 1OUEA 4BAFA 4PRQA 4WMGA 1LZ8A 2HU3A 1G7MC 3B0KA 4TWSA 2CGIA 3T36A 4DD1A 5FDJA 2W1XA 1IP6A 2EQLA 3A96A 5KXXA 1LZAA 1VEDA 3F6ZA 1JTOL 5KXTA 2I26L 2HEAA 1GXXA 5LXWA 4A7DA 5FELA 3W6AA 1LSGA 2Z38A 1LJ3A 1JJ0A 2IFFY 3TMXA 1LAAA 1GFTA 1JKAA 2DQDY 2ZQ4A 4H92A 1LZBA 1XGPC 4NHIA 1BB4A 1B7OA 1FKQA 1EQEA 2MEBA 3AB6A 2BQLA 2BQOA 3CSRA 2LYZA 2D4KA 3WW6A 135LA 1B2KA 3K3TA 1AM7A 4EMNA 4IASA 1QUSA 3ZVQB 5IHGA 1A4VA 4OWHA 5KXWA 4I0CA 1BWJA 2DQFC 4CFOA 1GAZA 4N8ZA 4NSGA 1CKGA 4WM3A 1XGRC 4B1AA 2Q0MX 1LSFA 5K7OA 4H9HA 4WM1A 2W1YA 2HEBA 3GXRA 2MEEA 4XJBA 4ET8A 1OQMA 4Z3MA 3CQLA 2BQKA 1NF5A 3A8ZA 1INUA 4D9ZA 4ET9A 4HV2A 5KXYA 4MSTA 1BB7A 1B0DA 1IWYA 1NBYC 5LINA 1N4FA 4OWBA 1GD6A 1GFEA 1GF9A 3TMWA 4NGOA 1HSXA 3TXFA 3HBDA 4WM2A 4OWCA 3P66A 2LZTA 1AZFA 4WG7A 5ILFA 4HV1A 2ZYCA 1NMMA 1IP3A 1GB8A 1VDTA 1I1ZA 1QUTA 3WU7A 4QGZA 1DKJA 1D6QA 5B1FA 1ZVYB 3N9CA 3IWRA 5KXZA 3WULA 2HUBA 2ZNXY 4B4JA 1ALCA 4Z41A 2BQCA 1F6SA 4G49A 1D0LA 1CJ8A 3D9AC 1NDGC 1IO5A 1FN5A 4IATA 1JKDA 7LYZA 3WPLA 4HP0A 1TAYA 1VFBC 1IY4A 1GF5A 1UIHA 2Z2FA 4HPEA 1CJ6A 4ETCA 2BQGA 3EBAB 1IWWA 4LYMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1EQ4A 3KAMA 4DD7A 4GCFA 118LA 4GN5C 4B4IA 1LJEA 1LMAA 1XGQC 1L07A 176LA 1GF3A 2ZWBA 1L68A 3QE8A 1L81A 5KXPA 1G0QA 1LMTA 3N9AA 2HULA 1C6BA 4NGKA 4H9BA 1HEWA 1HFXA 2B6WA 257LA 4J1BA 5M1YA 1JTNA 3GUJA 4J7VA 1BHZA 1GXV2 1IC4Y 1L65A 2B6ZA 5LVJA 1RCMA 1LZYA 4WLXA 1QUHA 4QDNA 1LZGA 1LYJA 1HSWA 3CDTA 1UACY 3HT8A 5L3HA 1G7LC 4HJYA 1LI2A 4W59A 3W3EA 2HUMA 1OV5A 4RLMA 4LFXA 1OUAA 2BQHA 1C6JA 1QIOA 4GLAA 2F2NA 1CX7A 4H9EA 1C45A 4GN4A 2I6ZA 1JKCA 3C8QA 4H93A 4NSHA 1D9UA 5LAGA 1IORA 3RNXA 3HT6A 2HEDA 2C8PA 1G1WA 1L64A 2XBRA 5KY1A 1TLAA 5IDDA 4DJHA 3D4SA 2BQDA 3W6DA 1L84A 1DYBA 4KT3A 4IJ4A 3TXHA 3OE0A 5DN5A 8LYZA 3DN1A 3HTFA 1JWRA 1IR8A 2LC9A 3SN6R 4OOOA 234LA 4N1EI 1UA6Y 3WYHA 1LI6A 1DYCA 3AGHA 3BKVA 3TMVA 1GB0A 4YENA 2G4NA 3V2YA 1L41A 5LAFA 4G4CA 1GB6A 1B5ZA 4WO6A 1P46A 169LA 1IIZA 262LA 1L66A 1HEQA 3WH1A 1LZEA 1L19A 3AZ7A 213LA 3CDRA 1QTCA 1GBZA 1L37A 1OUDA 127LA 3LYOA 191LA 2BQIA 3W6EA 133LA 2FBBA 1LHIA 4UWUA 159LA 1FLQA 1YROA 1L48A 112LA 1GF4A 1LSEA 3WU8A 1LZ6A 4ARPA 2MEAA 1L91A 1VDPA 1QTBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YEO A;  1WQN A;  1C10 A;  1EQ4 A;  1V7S A;  3KAM A;  4GCC A;  1LCN A;  4GCF A;  5T3F A;  4DD7 A;  4HTN A;  2DQC Y;  1B7R A;  1QDR A;  1LSM A;  3HFM Y;  4GN5 C;  4B4I A;  5DM9 A;  5E4P A;  4NGI A;  1LJE A;  1LMA A;  1CJ7 A;  1RE2 A;  4M6D A;  1VDQ A;  1UIC A;  1XGQ C;  1HEL A;  5FST A;  1IWV A;  1LJN A;  3AZ6 A;  5KKJ A;  1JIY A;  4XAD A;  1DI5 A;  1DI4 A;  1GF3 A;  3CT1 A;  1LZ4 A;  4DT3 A;  1C43 A;  1GF7 A;  2ZIJ A;  3E3D A;  3A93 A;  2ZWB A;  1GDW A;  5E9R A;  3QE8 A;  1BB5 A;  3AW6 A;  4LZT A;  4RW2 A;  3A6C Y;  1REM A;  5LVK A;  2D6B A;  4N0J A;  3BKH A;  1T6V L;  5KXP A;  1LMT A;  3B0I A;  3N9A A;  1XGU C;  1O23 A;  3ZVQ A;  1G7H C;  4NGK A;  4DD9 A;  4ZFP A;  4TTD A;  2ZYP A;  4H9B A;  4ANR A;  2N5Z A;  1HEW A;  1HFX A;  2YBJ A;  4J1B A;  1ZMY L;  2Z19 A;  1UCO A;  1YAO A;  1LYY A;  5A3E A;  3RU5 A;  1HNL A;  5M1Y A;  1AT6 A;  4G9S A;  1LJG A;  4J7V A;  4ETB A;  1BHZ A;  1CKH A;  1GXV 2;  1JEF A;  4TUN A;  1MLC E;  2WAR A;  1GB2 A;  1LSB A;  1QDT A;  4QY9 A;  1DZB X;  1LHM A;  4XEN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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