5T3FA

Hen egg-white lysozyme soaked with selenourea for 10 min
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Selenourea: a convenient phasing vehicle for macromolecular X-ray crystal structures.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5t3fA00
3WUAA 4H90A 2C8PA 3WPJA 1NMMA 1WQNA 3CT1A 4HTNA 2D4IA 4C3WA 2BQIA 2YBJA 2F4AA 1QSAA 1AZFA 4B4IA 2ZQ3A 5I5QA 4WM2A 1AT6A 5DN4A 4NHTA 3WYHA 1DKKA 4N0JA 1HEQA 4HV1A 1UBZA 1D6QA 3K3TA 1GFTA 4X3BA 2Z38A 2MECA 4DD0A 2G4NA 1GHLA 1T6VL 1A4VA 1UACY 4HPEA 5DM9A 1LZRA 4WM6A 4RW2A 1LSMA 5A3EA 1ZVHL 1GFUA 4CFPA 5I54A 1B7PA 1LZTA 3A3QA 3B0IA 5D5CA 3A6BY 2BQDA 3WW6A 1GF0A 4DD9A 1GWDA 4NSHA 1DQJC 4ML7A 2YSSC 4NG1A 3WXUA 3EBAB 1LKRA 2BQAA 1B7MA 1VDQA 1XGQC 4GCEA 4B49A 1HFZA 1IR8A 1LSGA 1MLCE 1BB6A 3KAMA 4LYBA 1JSFA 132LA 1CJ7A 3AYQA 5APFA 4OW1A 3LHMA 1UIEA 1LSEA 1DPXA 1QTKA 4NY5A 5HLLA 4HSFA 1LKSA 3CSZA 4GLAA 4Z41A 5I4YA 2VB1A 4PRQA 1LMNA 2FYDA 4BAFA 4DD1A 9LYZA 1GF4A 1PS5A 5KXRA 1B7NA 2H5ZA 2FYCA 4OOOA 1GEZA 4Z3MA 1QQYA 3B72A 3F6ZA 135LA 4KL7A 1LHIA 4DDCA 1AM7A 2ZYCA 5LA5A 4GLVA 4TTDA 4J0LA 1CKGA 3EXDA 4OWEA 1GF8A 5L9JA 1JKAA 4H9EA 4LT1A 2CJLA 5DLAA 5JENB 4A7DA 1HENA 4G4CA 1E8LA 4NGKA 1EQ4A 1GF7A 2F30A 3CB7A 4PJ2C 5EBHA 4DWXA 2HEDA 1REMA 5AMYA 1GF5A 1IC5Y 4OWCA 5LA8A 2W1MA 1YQVY 4GN3A 1GE3A 3CSRA 2GV0A 3AGGG 2ZIKA 3AJNA 1LMOA 1UIGA 3M3UA 1GE2A 3D9AC 3QE8A 2BQJA 4NGWA 1OUAA 1LHKA 5APDA 4G9SA 1XFPL 1SQ2L 4NG8A 4OWBA 4GN4A 1LJEA 2H9KA 2W1LA 1WQPA 1YIKA 4MR1A 1IWYA 3HFMY 4NWEA 2BQKA 1F0WA 2LHMA 4LZTA 3P66A 1GB9A 2ZYPA 4H9HA 4NEBA 4HPIA 1JJ1A 1LJKA 4GCDA 4WM3A 1GFEA 1JWRA 4B0DA 5LXWA 4ANRA 4BADA 1BB4A 3W6BA 1YKYX 2G4QA 4LYCA 3RU5A 2I26L 1B2KA 1BWHA 1WTMA 1IP7A 4GN5C 3WPKA 1B9OA 2DKVA 1H6MA 1F6RA 1I20A 1KIQC 1GFHA 2EQLA 4NHIA 4R6CA 5FDJA 1B7RA 1GE1A 1DI5A 1QUTA 1BGIA 1OP9B 4NWHA 1CNSA 1FN5A 1HHLA 1UICA 1GBXA 1XGUC 4LGKA 4H91A 1KXWA 1NWGA 1UUZC 4CFOA 4HV2A 5LVIA 3ATOA 1DZBX 2HEEA 1IC4Y 2H9JA 1AKIA 2BQGA 1LSYA 2FBBA 2D91A 1IP4A 1JKCA 2DQHY 2IFFY 3AW6A 3AZ5A 1YROA 1LSPA 3BKHA 3WU8A 5F14A 4AGAA 1LSCA 2DQFC 1CJ9A 1GAZA 4BAPA 4MCKA 4NGOA 1YAMA 3BKVA 1B7QA 4NGZA 1B0DA 1KXYA 1UIFA 1BWIA 1DI4A 1YILA 1YKXX 2Q0MX 1NDMC 4ZFPA 1VDTA 3AZ7A 1CKHA 1GEVA 1LMQA 1YAPA 2HEFA 3AGIA 1IWTA 3HBEX 4LFPA 4DD3A 5FHWA 1FLQA 1GBWA 3TMWA 1HNLA 2I6ZA 1IR7A 1FLWA 1MELL 4PHIA 1TEWA 3TXDA 4EOFA 4AXTA 1JEFA 5LVHA 4DDAA 2YDGA 1KIRC 3A92A 1REZA 4N1EI 4WM1A 2EPEA 4WLTA 1IWXA 1BQLY 2Z2FA 4NGIA 1LJGA 5ILFA 4NIJA 1LZ1A 4HP0A 3LYOA 3OJPA 1TBYA 4H93A 1V7SA 2ZNWY 1UC0A 2LYMA 2XJWA 1IOQA 2HTXA 2Z39A 4NHSA 1LJ4A 1ZV5L 1W6ZA 4NGLA 4UWUA 4WOAA 4WM4A 4QY9A 4XJDA 1OUEA 5KXOA 193LA 4DC4A 3LN2A 1F10A 4ET9A 1TCYA 3EO5A 5FCPA 2BQLA 2YBLA 2B5ZA 1BHZA 3J6KA 3W6EA 2MEHA 2W1XA 3ZVQA 3A90A 133LA 1UIHA 1IP2A 3TXKA 3RT5X 1ZVYB 1F6SA 1O23A 4B4EA 4EMNA 1B5VA 5KY1A 1NHEA 1JTTL 1HELA 1LJ3A 1JISA 1LZDA 3G3BB 134LA 5KXNA 1LTMA 4R0FA 1GBSA 2A7FA 3CT0A 1IOTA 1A2YC 4H9IA 5LAFA 3N9AA 2DQEY 4WL7A 1B7SA 2FBDA 1IY3A 1CKFA 3W6AA 1LZBA 1LMCA 1LZSA 1LSFA 3T6UA 1LJNA 1JTPL 2YVBA 1GDXA 1NKHA 2MEFA 1BVXA 1NBYC 1OUHA 3P65A 5KKIA 3AGHA 4IJ4A 4E3UA 1VAUA 1CKDA 4H8ZA 5LVKA 4B1AA 4YENA 1N4FA 1XSFA 1LYYA 4ETDA 5DL9A 1HERA 1LZ5A 1IOSA 1LAAA 2MEGA 5E4PA 1OUBA 1VDSA 4ETAA 3J4GA 4Z98A 4J1AA 3LYMA 4CHXA 154LA 1REYA 1GFGA 1DPWA 1B5ZA 3E3DA 4XJBA 1J1OY 1GB3A 1RCMA 4KPMA 4NSGA 4OWHA 4XJFA 5I4XA 3ATNA 1GD6A 1XGTC 2BQFA 5IDDA 5HNCA 1YL0X 5I4WA 1JHLA 1D6PA 4O34A 1IORA 1RE2A 1YL1X 1T3PA 1GB7A 3RW8A 3HBDA 1G7IC 1B7LA 1LZ6A 5HMVA 3M18B 2BQMA 1TAYA 2ZIJA 3WVYA 2YBIA 3WUMA 1LHMA 4PRUA 1UCOA 4WLXA 4HJZA 1IP1A 2HEBA 3A67Y 1RJCB 4TSBA 4N1CC 5KXPA 1IWUA 1LSAA 5DN5A 3OK0A 4G4BA 1G7HC 1WVUA 2EKSC 3A95A 5L3HA 3TXBA 1GF6A 4TSCA 4U3XB 3TMXA 1FLUA 1BB5A 1CJ8A 5F9UA 3WU9A 3B0KA 4DD7A 1BVKC 1LZ4A 2D6BA 4L41A 5B07A 2ZWBA 1LSBA 1UIDA 4M6DA 1LZCA 3AW7A 4HTQA 1NF5A 2LYZA 1J1PY 5APEA 2F4GA 3AB6A 1JKDA 2YBMA 3VWOA 1LSNA 4PGJB 2MEAA 5HQ1A 5II3A 1C10A 1GFKA 1XGPC 1EQ5A 2G4PA 4IASA 1GB0A 1OQMA 4H94A 1B5YA 2NWDX 2BLYA 4G49A 5KXTA 1OUIA 4GCBA 1NDGC 4M4OA 3P64A 1DKJA 4XN6A 1LYOA 1GBZA 3W6DA 1WVVA 3WVXA 153LA 1LYZA 1LZAA 1LZ8A 1QDTA 1GFVA 207LA 2BLXA 2BAAA 5KXZA 2D4KA 4FDYA 4ETCA 1H87A 1LHLA 4NSJA 1XGRC 4QEQA 3TXJA 1D0MA 1HC0A 1B7OA 1YKZX 4OOTA 1HEOA 5LIOA 1I1ZA 1LPIA 1LCNA 2YBHA 5KXKA 1GF9A 5LYMA 4KXIA 2XTHA 4YM8A 2MEEA 4FJRA 4RDSA 4WLYA 2Z12A 4NGVA 4C5FA 4OWAA 3TXEA 5M1YA 1B5XA 1TDYA 1LZGA 4HJYA 1JJ3A 2MEDA 1ALCA 1JSEA 1V7TA 4H8XA 3SP3A 194LA 1GB2A 1LZ9A 1VFBC 2W1YA 4G4HA 4HJVA 4YOPA 3WPLA 1HFXA 1JKBA 1LJIA 1GFRA 4XJHA 3WL2A 5ILCA 3N9EA 1UIAA 2D4JA 4ET8A 1JTOL 3RNXA 1YAOA 4NSIA 1VDPA 5B59A 1FKVA 3A34A 5LYZA 1LMPA 1FBIX 3WU7A 1HF4A 5C6IA 3AZ6A 4LYTA 4CGEA 4CJ2A 1OUGA 3GXRA 1HMKA 2Z19A 4II8A 3TXIA 1GE4A 3A6CY 5E9RA 1FLYA 1GF3A 4DYGA 2I25L 2LYOA 3FE0A 5C6LA 2CDSA 4TX7A 5HNLA 5LYTA 5KXLA 1HEWA 1QDRA 2LZ2A 5KKJA 1LSDA 4XYYA 1HMLA 1LMAA 1JJ0A 5LVJA 4XJIA 4YF2A 4RW1A 4LYOA 1XEKA 1IR9A 3A96A 1OUJA 5F16A 1CJ6A 2BQCA 3TXGA 2BQOA 4LFXA 2X0AA 1EQEA 4I0CA 3G3AB 4GCFA 1GAYA 3W3EA 1IX0A 1UA6Y 4GCCA 1Z55A 1OUDA 4Z46A 4ETBA 1HSXA 3CSQA 5A3ZA 2F2NA 1B5WA 1C7PA 1CKCA 1IO5A 1AT5A 1OUFA 2N5ZA 3FI7A 1QSWA 1LOZA 5C6JA 5F81A 1GFAA 4D9ZA 2Z37A 1GXV2 1GE0A 4W96A 3B0OA 1C46A 2DQAA 1JIYA 1QIOA 5LVGA 5KXSA 4TUNA 2Z2EA 2IHLA 1C43A 208LA 2DQDY 3WW5A 2ZQ4A 5FELA 3ZVQB 6LYZA 4WMGA 6LYTA 1LZNA 3LYTA 1LHHA 1IP6A 2AUBA 1NBZC 4IATA 3T36A 1LZYA 5J7CA 3GXKA 2MEIA 1ZMYL 2DQIY 1HFYA 4P2EA 1IIZA 4ZIXA 4LT2A 4NFVA 1B5UA 5T3FA 1D0LA 1DI3A 4J1BA 4LYZA 3IJUA 1NQIA 2Y8PA 4WL6A 5LAGA 1LJFA 1HEPA 4RLNA 5IELA 1VEDA 4XJGA 2HECA 1GB5A 4LT3A 4YEOA 4N9RA 1PZYA 3D3DA 4LYMA 1RFPA 2BQHA 3A94A 2EIZC 4H1PA 1QUSA 2BQEA 2YBNA 4J7VA 1WTNA 3IJVA 3LYZA 1RI8B 3P4ZA 2ZILA 5IHGA 4DT3A 1C08C 3W6FA 1IVMA 1GPQC 3EMSA 1GXXA 5KXYA 3A3RX 4I8SA 2DQJY 1LSZA 5B05A 3CQLA 1FDLY 4UWNA 1FKQA 5KXXA 2XBSA 4DD2A 1G7JC 1D0KA 1D9UA 3WMKA 3N9CA 5B1GA 5D5FA 4NHQA 1YAQA 5K7OA 2LZTA 2DQGY 3B6LA 1IWZA 2BQBA 1IC7Y 4UWVA 1JPOA 3P68A 2PC2A 3W6CA 2CGIA 5B06A 4H9BA 4ETEA 5FEKA 1JITA 4KT3A 1XEIA 8LYZA 1GBOA 2XBRA 1HSWA 1KIPC 4H8YA 3TMUA 5FSTA 1GDWA 4B4JA 4ZEEA 4XADA 3A91A 4WG1A 1VATA 3TMVA 3WULA 1IP3A 4N5RA 1KXXA 1WQRA 2DQCY 4W94A 4H9FA 3WUNA 1OUCA 5KJ9A 1XEJA 2WARA 1J1XY 2HU1A 4NGYA 4HTKA 1REXA 2HU3A 5HMJA 3QNGA 3CT5A 1UIBA 3TXFA 2HUBA 4XENA 1LJJA 1G7MC 2DBTA 2RSCA 1P2CC 5B1FA 3LZ2A 3TXHA 4NGJA 3A93A 5LINA 4YEMA 1LHJA 2ZNXY 3ZEKA 3WXTA 4TWSA 1QTEA 1IWWA 4PPOA 1INUA 4WLDA 1WQOA 1IY4A 1G7LC 1JUGA 4H9CA 4LT0A 4BS7A 1HEMA 1GFJA 1IWVA 2C8OA 2CWIA 1W08A 4WO9A 3AZ4A 2HEAA 4WM5A 4H9AA 4NHPA 5I53A 5KXMA 1IOCA 4RLMA 5L3IA 1LMTA 1SLYA 3IWRA 3QY4A 4H92A 4WG7A 3LZTA 4MSTA 5KXWA 1BWJA 2Z18A 1C45A 1BB3A 3HBHA 4QDNA 2A7DA 5F9XA 3WH1A 4N8ZA 3ULRA 3RZ4A 1GB6A 4QGZA 1LZEA 1EL1A 1DXJA 2MEBA 3MGWA 1GB8A 1IEEA 1YANA 1LJHA 5APCA 1LYSA 2BQNA 1WQQA 4DDBA 2BPUA 1WQMA 1I56A 3A8ZA 7LYZA 1IP5A 1GBYA 4WO6A 1BB7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NMMA 1L05A 2YBJA 2F4AA 1AZFA 1L60A 1HEQA 2NTHA 2G4NA 1GHLA 2LCBA 4RW2A 1LZTA 3WW6A 1GWDA 1L63A 4DJHA 1L95A 1XGQC 4GCEA 4EJ4A 2OEAX 1LSGA 3HH6A 1L65A 1C6JA 3AYQA 4OW1A 3LHMA 4HSFA 3CSZA 5I4YA 4Z41A 9LYZA 2H5ZA 241LA 1GEZA 4GLVA 3GUNA 4OWEA 5L9JA 1GF8A 1TLAA 4A7DA 3C8RA 1HENA 3V2WA 4NGKA 1EQ4A 3CB7A 217LA 125LA 1GF5A 5LA8A 2W1MA 1YQVY 4GN3A 1LYJA 226LA 3AGGG 1LMOA 3M3UA 167LA 2BQJA 4NGWA 1LHKA 4NG8A 4GN4A 4MR1A 2BQKA 4LZTA 3F8VA 3P66A 174LA 4BADA 3W6BA 2G4QA 3WPKA 1IP7A 247LA 4R6CA 197LA 1LW9A 1GE1A 1OP9B 4NWHA 224LA 1GBXA 4LGKA 2RBNA 3ATOA 2HEEA 2H9JA 4LDLA 151LA 1AKIA 2BQGA 2FBBA 1IP4A 199LA 4AGAA 2DQFC 3CDOA 1GAZA 1YAMA 4NGZA 1L33A 2RH1A 140LA 1KXYA 1YILA 1P6YA 3K2RA 156LA 3AGIA 2RBQA 1IWTA 228LA 254LA 1SWZA 2I6ZA 1CX6A 1FLWA 1JEFA 4DDAA 1REZA 4WM1A 2EPEA 1BQLY 2Z2FA 1OV7A 1LPYA 5ILFA 1LZ1A 1QS5A 4I7MA 1T97A 2ZNWY 1CUQA 4WM4A 5KXOA 3LN2A 4ET9A 2YBLA 2B5ZA 3J6KA 1KS3A 3ZVQA 2LZMA 1LYFA 1O23A 182LA 258LA 1NHEA 4ARQB 1LJ3A 5KXNA 4R0FA 4H9IA 1IY3A 1LSFA 1JTPL 1NKHA 1NBYC 1L77A 4I7NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WUA A;  4H90 A;  2C8P A;  3WPJ A;  1NMM A;  1WQN A;  3CT1 A;  4HTN A;  2D4I A;  4C3W A;  2BQI A;  2YBJ A;  2F4A A;  1QSA A;  1AZF A;  4B4I A;  2ZQ3 A;  5I5Q A;  4WM2 A;  1AT6 A;  5DN4 A;  4NHT A;  3WYH A;  1DKK A;  4N0J A;  1HEQ A;  4HV1 A;  1UBZ A;  1D6Q A;  3K3T A;  1GFT A;  4X3B A;  2Z38 A;  2MEC A;  4DD0 A;  2G4N A;  1GHL A;  1T6V L;  1A4V A;  1UAC Y;  4HPE A;  5DM9 A;  1LZR A;  4WM6 A;  4RW2 A;  1LSM A;  5A3E A;  1ZVH L;  1GFU A;  4CFP A;  5I54 A;  1B7P A;  1LZT A;  3A3Q A;  3B0I A;  5D5C A;  3A6B Y;  2BQD A;  3WW6 A;  1GF0 A;  4DD9 A;  1GWD A;  4NSH A;  1DQJ C;  4ML7 A;  2YSS C;  4NG1 A;  3WXU A;  3EBA B;  1LKR A;  2BQA A;  1B7M A;  1VDQ A;  1XGQ C;  4GCE A;  4B49 A;  1HFZ A;  1IR8 A;  1LSG A;  1MLC E;  1BB6 A;  3KAM A;  4LYB A;  1JSF A;  132L A;  1CJ7 A;  3AYQ A;  5APF A;  4OW1 A;  3LHM A;  1UIE A;  1LSE A;  1DPX A;  1QTK A;  4NY5 A;  5HLL A;  4HSF A;  1LKS A;  3CSZ A;  4GLA A;  4Z41 A;  5I4Y A;  2VB1 A;  4PRQ A;  1LMN A;  2FYD A;  4BAF A;  4DD1 A;  9LYZ A;  1GF4 A;  1PS5 A;  5KXR A; 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 1QIO A;  5LVG A;  5KXS A;  4TUN A;  2Z2E A;  2IHL A;  1C43 A;  208L A;  2DQD Y;  3WW5 A;  2ZQ4 A;  5FEL A;  3ZVQ B;  6LYZ A;  4WMG A;  6LYT A;  1LZN A;  3LYT A;  1LHH A;  1IP6 A;  2AUB A;  1NBZ C;  4IAT A;  3T36 A;  1LZY A;  5J7C A;  3GXK A;  2MEI A;  1ZMY L;  2DQI Y;  1HFY A;  4P2E A;  1IIZ A;  4ZIX A;  4LT2 A;  4NFV A;  1B5U A;  5T3F A;  1D0L A;  1DI3 A;  4J1B A;  4LYZ A;  3IJU A;  1NQI A;  2Y8P A;  4WL6 A;  5LAG A;  1LJF A;  1HEP A;  4RLN A;  5IEL A;  1VED A;  4XJG A;  2HEC A;  1GB5 A;  4LT3 A;  4YEO A;  4N9R A;  1PZY A;  3D3D A;  4LYM A;  1RFP A;  2BQH A;  3A94 A;  2EIZ C;  4H1P A;  1QUS A;  2BQE A;  2YBN A;  4J7V A;  1WTN A;  3IJV A;  3LYZ A;  1RI8 B;  3P4Z A;  2ZIL A;  5IHG A;  4DT3 A;  1C08 C;  3W6F A;  1IVM A;  1GPQ C;  3EMS A;  1GXX A;  5KXY A;  3A3R X;  4I8S A;  2DQJ Y;  1LSZ A;  5B05 A;  3CQL A;  1FDL Y;  4UWN A;  1FKQ A;  5KXX A;  2XBS A;  4DD2 A;  1G7J C;  1D0K A;  1D9U A;  3WMK A;  3N9C A;  5B1G A;  5D5F A;  4NHQ A;  1YAQ A;  5K7O A;  2LZT A;  2DQG Y;  3B6L A;  1IWZ A;  2BQB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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