1NF5A

Crystal structure of lactose synthase, complex with glucose
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
123
structure length
123
Chain Sequence
TELTKCKVSHAIKDIDGYQGISLLEWACVLFHTSGYDTQAVVNDNGSTEYGLFQISDRFWCKSSEFPESENICGISCDKLLDDELDDDIACAKKILAIKGIDYWKAYKPMCSEKLEQWRCEKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Lactose Synthase Reveals a Large Conformational Change in its Catalytic Component, the beta-1,4-galactosyltransferase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Alpha-lactalbumin
molecule tags Transferase/transferase
source organism Mus musculus
total genus 39
structure length 123
sequence length 123
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-12-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1nf5A00
1LZTA 3TMWA 1VEDA 1LAAA 5B1GA 2Z39A 1JSEA 4ZFPA 4G9SA 1FLQA 1OUCA 5LYZA 1PS5A 1REXA 3A67Y 1LSEA 4G4BA 4NSIA 4PGJB 1AZFA 1LCNA 2BQMA 3W6FA 2BQIA 2W1YA 4KPMA 3LYMA 3A8ZA 3WU7A 1XFPL 2A7FA 4N9RA 4WLYA 1UA6Y 1UIHA 5KXMA 2PC2A 1GWDA 1BB7A 1GFUA 1ALCA 1LMOA 1YAOA 1VFBC 2BPUA 1IC5Y 1WVVA 1LSNA 1HENA 3B6LA 5A3EA 1JTTL 4G4HA 4W96A 4WM2A 3B0KA 4PRQA 4YEOA 1D9UA 1JJ0A 1LYZA 5AMYA 5F14A 5LXWA 1LJNA 4DD2A 1BWJA 2EIZC 4NGJA 1YAMA 1HSXA 1GB0A 3WW6A 2BLYA 2DKVA 5LAGA 1HELA 4R6CA 4I0CA 4B0DA 2DQIY 2BQHA 5ILFA 1LOZA 2CDSA 2W1LA 1VDTA 4GN4A 5FSTA 1UIAA 1HC0A 2LYMA 1JWRA 3A92A 1GDXA 1H87A 4WLDA 5LVIA 4IASA 1IOQA 4OWCA 1MELL 2YBMA 2XJWA 3RT5X 1LSBA 5LINA 134LA 1C43A 2VB1A 194LA 1REYA 3P4ZA 5KXSA 1B7OA 4ETDA 1CNSA 2BAAA 4H92A 4UWUA 1KIPC 1QTEA 2BQKA 5I53A 1GFTA 3GXRA 1GF6A 4HSFA 3AZ4A 3CB7A 2BQBA 4WG7A 4DWXA 1IVMA 1JTPL 1B5UA 1QDRA 3TXFA 1HMKA 3WUAA 4C5FA 1BWIA 1J1XY 1HEOA 1ZVYB 2YBNA 2Z19A 3G3AB 3LZTA 3LYZA 4XJGA 2MEFA 2BQNA 1GBOA 2MEEA 5M1YA 4N1EI 1XGUC 1INUA 1C7PA 1LHHA 5HMJA 3ZVQA 4DD7A 5KXWA 1NKHA 3BKVA 4DYGA 1D0KA 2A7DA 1D6QA 1HERA 2F2NA 4OWBA 3W6EA 3IWRA 1NHEA 1CKCA 2W1XA 1XEJA 193LA 1NF5A 2HEDA 4MSTA 5II3A 1LZ5A 1GBXA 1LHIA 1LMNA 1NDGC 1QIOA 1UIEA 2Q0MX 3AZ7A 4Z46A 3W6CA 1LMCA 1LZ9A 1GBSA 3A93A 4CHXA 4UWNA 2ZQ4A 4N1CC 3QE8A 3M3UA 2G4PA 3WL2A 5KKIA 1GE0A 1LZEA 2GV0A 4E3UA 1JTOL 5DLAA 1G7LC 5EBHA 4NSHA 5F16A 4HPEA 3TXEA 1GAYA 1CKGA 5KXXA 4DDCA 1TCYA 4H8ZA 4NGWA 5LVHA 4GCBA 2D4IA 1NBYC 1WQNA 4PHIA 2MECA 1BB5A 1GFRA 3AYQA 1EL1A 5B59A 5APEA 2DQAA 4KT3A 1AM7A 4PJ2C 1TAYA 4HJVA 1BVKC 2BQGA 2D6BA 4XJFA 1CJ8A 4R0FA 1LJ3A 1OP9B 3EO5A 1BVXA 1GXV2 2MEDA 4H1PA 2NWDX 4II8A 1GEVA 4EOFA 3TMXA 2HEEA 4G4CA 4GCCA 5K7OA 1WTNA 5I4XA 4X3BA 1KXXA 4GCFA 4B4IA 1GFJA 1UBZA 3G3BB 3J6KA 2IHLA 4KL7A 5KXLA 1H6MA 1IOCA 1AKIA 4NWEA 2LYZA 4FJRA 1KIQC 1LSGA 6LYZA 5DM9A 3WU9A 4NHQA 1B9OA 1B5YA 1JKCA 2DQFC 4WO9A 1IP7A 1TDYA 1BWHA 1IWWA 2F30A 4LGKA 1JEFA 3TXJA 1LHMA 4ETEA 1B5WA 2D4JA 1GBYA 4RLMA 1GD6A 3EMSA 5HNCA 1IC7Y 4CGEA 1HFYA 1KIRC 1LJGA 4ZEEA 1DKJA 2HEFA 3N9EA 4DD3A 3QY4A 1AT6A 1LMQA 5KXYA 1RJCB 2LZ2A 4OW1A 1B7QA 4H9AA 1LSYA 5KXNA 4BAFA 5FCPA 1GB8A 1OUBA 1I20A 4KXIA 1HFXA 1FLWA 1LSFA 1UIDA 208LA 1GF7A 2HEAA 4HTQA 3W6AA 4BS7A 2MEHA 1IWVA 4TWSA 3B0IA 132LA 1DXJA 3A34A 1GB2A 2DQGY 3N9AA 3P65A 4LFPA 1XGQC 1FBIX 5HNLA 3TXBA 1LHJA 2MEIA 2YBJA 1CKFA 1SLYA 1IC4Y 5KXTA 1HHLA 4QGZA 5APFA 1YKXX 1W08A 1REZA 2Z38A 4H9FA 3WVYA 2LYOA 1NWGA 1QUTA 4NWHA 5KXKA 2DQDY 1DQJC 4LYMA 1JITA 4GN5C 5LA8A 9LYZA 4DDAA 1HEPA 4ANRA 1YANA 5C6LA 2BQEA 1GB9A 1IWUA 1HMLA 3A96A 1JJ3A 3EXDA 2Y8PA 4HV1A 1IP6A 4WLTA 4P2EA 5L3HA 1HNLA 3HBDA 4DD9A 4ET8A 1IWTA 4ETAA 1LSCA 4J0LA 1QDTA 4WLXA 1DI4A 4AXTA 1B7RA 3T36A 1QSWA 5KXOA 1LMPA 3A3RX 3F6ZA 3TMUA 5B05A 5F9XA 1UIBA 1I1ZA 1GE3A 2DQJY 2MEAA 1G7JC 1LZDA 4GLVA 4H8YA 1C08C 1FKVA 1GPQC 4B1AA 5IHGA 1F6RA 1ZMYL 2EQLA 3OK0A 1LMAA 4H9BA 3D9AC 5LA5A 4HP0A 1B5VA 1GAZA 1LSZA 2EKSC 1GFKA 3LZ2A 3A95A 4LT3A 1JKBA 4NSGA 1XGRC 2AUBA 3D3DA 3A6CY 2FBDA 4L41A 4QY9A 2DBTA 4WG1A 2BQDA 4WM4A 1LSAA 3WYHA 1N4FA 3HBEX 1B5XA 4ETCA 1GE1A 2D4KA 1B7NA 1LZGA 1OQMA 1LJJA 1WTMA 4OWAA 1LYOA 3VWOA 3MGWA 1BB3A 5KXRA 3WH1A 1YKZX 4H8XA 1D0MA 2CGIA 3AGGG 4WOAA 2G4QA 4H9EA 1LMTA 1NQIA 1DZBX 2FYCA 1OUHA 1REMA 4GN3A 4IATA 4LT0A 4DD0A 2RSCA 1IP1A 1WQOA 5IELA 1GFEA 207LA 3WULA 2BQCA 1LKRA 1GF5A 2HUBA 2ZYCA 1RCMA 1YROA 4DT3A 3RNXA 2H9KA 4CFPA 3WPJA 1KXYA 4BAPA 5KXPA 3AGIA 1HSWA 4LFXA 1B5ZA 4RW1A 4NGLA 1LZCA 4PRUA 1LZRA 3WUNA 5L3IA 1JIYA 1LZ6A 4DDBA 3FE0A 3WU8A 1G7IC 2I26L 2F4AA 1D6PA 1J1PY 1LTMA 3P66A 4LT2A 3TMVA 4HJZA 4H9CA 1QQYA 4MR1A 1LJHA 1NBZC 1QSAA 1IY3A 2XBRA 4NG8A 4NSJA 1GFGA 1F10A 1DKKA 3W6DA 1B7MA 4B49A 4EMNA 5A3ZA 4DC4A 1FLUA 5FHWA 2C8PA 2ZYPA 2C8OA 4HTKA 4GCDA 4TTDA 5I54A 1IORA 2DQHY 4TX7A 1DI5A 4NGZA 4WMGA 4YM8A 1XSFA 3RU5A 4I8SA 1GB5A 4LYZA 1IWXA 1UACY 3CSZA 1C46A 2N5ZA 2BQLA 4W94A 4NG1A 5D5FA 133LA 5FELA 5B1FA 4TUNA 1B2KA 3WW5A 1HEWA 1CJ9A 1LZAA 4XYYA 2XTHA 2FBBA 4RW2A 3TXDA 4H94A 3WMKA 4CFOA 135LA 3CSRA 5C6IA 3B72A 1QTKA 4WM1A 5LIOA 1CKDA 2ZIJA 3ATNA 6LYTA 4YEMA 1WVUA 1UUZC 1IP5A 1GF3A 3AJNA 3OJPA 4N8ZA 4NFVA 1LJIA 5LVKA 3K3TA 1B7SA 1DPXA 1GB6A 1GB3A 2YSSC 1B0DA 1LJKA 3TXKA 4NHTA 3IJVA 2ZNWY 1WQPA 2G4NA 3A3QA 4Z98A 1OUDA 1IP3A 5DL9A 4H91A 2Z2EA 3ZEKA 1JSFA 1GEZA 4LYTA 2BQAA 2H9JA 3WXTA 5KJ9A 3GXKA 1XGPC 1WQQA 4O34A 4LYCA 2XBSA 2Z37A 3IJUA 5J7CA 153LA 4XJIA 4XJDA 5HMVA 2FYDA 5L9JA 1LSMA 4NGOA 1JHLA 1CKHA 4XADA 1LJEA 4WM3A 2HTXA 4NGKA 2CWIA 3AW7A 2DQEY 4LYBA 2ZWBA 1B7LA 1HFZA 4FDYA 3EBAB 4OWEA 4OWHA 5DN4A 5FDJA 4PPOA 2ZQ3A 3A91A 3T6UA 3E3DA 1D0LA 1YILA 4TSCA 2YVBA 1YIKA 1XEIA 3WVXA 2LZTA 1GF9A 3WPLA 2MEGA 2X0AA 1VDSA 3LYOA 1YAQA 1LZNA 4J1AA 4J7VA 1LHLA 1IR8A 1JISA 1QUSA 3A6BY 4Z41A 3P64A 4NEBA 1WQMA 5KXZA 1Z55A 1I56A 3CQLA 1GF8A 1OUFA 1UICA 5E9RA 5T3FA 4ZIXA 4WL6A 4HJYA 4NGIA 3LN2A 3AGHA 1C45A 5D5CA 1JKDA 1IY4A 3TXHA 5F81A 1A2YC 1E8LA 1RE2A 5HLLA 1GHLA 4NIJA 1PZYA 1OUJA 1LPIA 1GF4A 8LYZA 1EQ4A 1J1OY 1B7PA 1EQ5A 1GDWA 1NMMA 2YDGA 3J4GA 1BHZA 5DN5A 3CT1A 1IP4A 1P2CC 1GF0A 4M6DA 5I4WA 1AT5A 3SP3A 4WM5A 3WUMA 1YQVY 2IFFY 2YBIA 1ZVHL 4C3WA 3BKHA 1JKAA 3FI7A 3W3EA 4LZTA 4NGYA 1LZSA 7LYZA 2Z18A 1CJ6A 5LYTA 1GE4A 2HEBA 3KAMA 5LYMA 4N0JA 2B5ZA 4NHSA 5APCA 4B4JA 1DI3A 1JPOA 1SQ2L 1TBYA 1YL0X 4YOPA 4OOOA 5B07A 1IR9A 1GE2A 1HF4A 3A94A 1RFPA 1VAUA 4WL7A 2MEBA 1GBWA 1C10A 1XGTC 1DPWA 1T6VL 5HQ1A 5JENB 5E4PA 5KKJA 1RI8B 1TEWA 2I25L 1IX0A 4XENA 1GFAA 1EQEA 5FEKA 1LZ1A 3AZ6A 3AW6A 1A4VA 4MCKA 4ETBA 4J1BA 5LVJA 2HU3A 154LA 1FDLY 1LYYA 4LT1A 4QEQA 4NHIA 3RW8A 1IO5A 4RDSA 1UIGA 1F6SA 1G7MC 1VDPA 1LSDA 3WPKA 5KY1A 5ILCA 5B06A 4AGAA 4HTNA 3QNGA 1LJ4A 4U3XB 3M18B 1IWZA 1HEQA 3HBHA 4H9IA 3N9CA 4NHPA 4B4EA 1LZBA 1XEKA 1GFHA 4OOTA 3CT5A 1LKSA 5LAFA 2EPEA 3ATOA 2W1MA 1BB6A 1BB4A 1YKYX 4DD1A 3LHMA 2DQCY 4UWVA 1GXXA 2HU1A 2BQJA 5IDDA 3HFMY 3AZ5A 4BADA 2ZILA 1WQRA 1OUAA 1F0WA 1LJFA 1G7HC 1T3PA 1GFVA 1KXWA 1VATA 4QDNA 1MLCE 2LHMA 4H9HA 1IOSA 5C6JA 1O23A 1OUEA 4XJHA 2H5ZA 3WXUA 3ULRA 1VDQA 3CSQA 1LZ8A 4N5RA 4LYOA 1JJ1A 4WO6A 4Z3MA 4GCEA 1W6ZA 1FLYA 4XN6A 4HV2A 1FKQA 1IEEA 4D9ZA 1LZYA 3AB6A 1LYSA 3P68A 4H90A 1IIZA 4ML7A 4WM6A 1NDMC 2Z2FA 4TSBA 3ZVQB 4NGVA 5LVGA 1JUGA 1FN5A 1OUIA 5I5QA 1LZ4A 1BGIA 2HECA 1LHKA 1GB7A 3A90A 4GLAA 4M4OA 1V7TA 2BLXA 2YBHA 2Z12A 4G49A 4XJBA 3TXIA 4ET9A 2I6ZA 2ZIKA 5I4YA 2ZNXY 2D91A 1IP2A 1UCOA 2WARA 3W6BA 4HPIA 2BQFA 4YENA 4NY5A 2CJLA 1IWYA 1YL1X 4RLNA 3RZ4A 1UIFA 1V7SA 2F4GA 1GBZA 1OUGA 1UC0A 3LYTA 5APDA 5F9UA 4YF2A 1IR7A 4A7DA 1BQLY 4H93A 4CJ2A 1HEMA 3CT0A 1LSPA 3TXGA 2YBLA 1CJ7A 1ZV5L 3B0OA 4IJ4A 2BQOA 1IOTA 1YAPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5B1GA 1L25A 1SSYA 1PS5A 4G4BA 4W51A 1LCNA 2W1YA 3WU7A 1XFPL 1C64A 1QT7A 1L83A 3B6LA 162LA 4WM2A 1LYZA 4LDOA 3F9LA 111LA 3F8VA 4B0DA 259LA 2CDSA 4PJZA 1UIAA 3VW7A 2LYMA 3A92A 1L35A 1L44A 1L17A 4OWCA 4YX7C 1MELL 1KNIA 1C43A 5KXSA 3P4ZA 4ETDA 4EKQA 2BAAA 1QTEA 156LA 244LA 1LYGA 1D2WA 2HULA 4WG7A 3CB7A 4DWXA 1QT8A 2Z19A 2RBNA 3LYZA 2MEFA 2BQNA 1GBOA 4DD7A 1C7PA 3ZVQA 1L62A 3CDRA 1L77A 1I6SA 2A7DA 1HERA 3IWRA 2W1XA 1QTZA 1XEJA 188LA 1LHIA 2Q0MX 1G0LA 3AZ7A 2ZQ4A 1LI6A 185LA 1G0PA 1GE0A 1LZEA 5F16A 4NSHA 4HPEA 1XJUA 4ARQB 165LA 1GAYA 142LA 130LA 4EKSA 4NGWA 5LVHA 4GCBA 2XQOA 2D4IA 4PHIA 1SWYA 1BB5A 173LA 3ODUA 2DQAA 1TAYA 4HJVA 4XJFA 4R0FA 3C7YA 3EO5A 1L89A 1GEVA 3HDEA 1OYUA 2HEEA 5K7OA 1WTNA 4GCFA 1IOCA 1AKIA 2LYZA 4YXAC 4FJRA 236LA 4NHQA 1JKCA 1B5YA 2DQFC 2F2QA 1IP7A 1JEFA 3C80A 1B5WA 1QTVA 103LA 5HNCA 1LJGA 1DKJA 5KXYA 2B72A 1CV4A 1GB8A 1OUBA 4KXIA 197LA 1FLWA 2B6TA 1IWVA 3B0IA 1DXJA 3G3WA 1KY0A 1GB2A 2QB0B 1DYBA 1LHJA 180LA 262LA 4I7TA 1YKXX 1W08A 4LDEA 1QUTA 5KXKA 1DQJC 1L42A 177LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LZT A;  3TMW A;  1VED A;  1LAA A;  5B1G A;  2Z39 A;  1JSE A;  4ZFP A;  4G9S A;  1FLQ A;  1OUC A;  5LYZ A;  1PS5 A;  1REX A;  3A67 Y;  1LSE A;  4G4B A;  4NSI A;  4PGJ B;  1AZF A;  1LCN A;  2BQM A;  3W6F A;  2BQI A;  2W1Y A;  4KPM A;  3LYM A;  3A8Z A;  3WU7 A;  1XFP L;  2A7F A;  4N9R A;  4WLY A;  1UA6 Y;  1UIH A;  5KXM A;  2PC2 A;  1GWD A;  1BB7 A;  1GFU A;  1ALC A;  1LMO A;  1YAO A;  1VFB C;  2BPU A;  1IC5 Y;  1WVV A;  1LSN A;  1HEN A;  3B6L A;  5A3E A;  1JTT L;  4G4H A;  4W96 A;  4WM2 A;  3B0K A;  4PRQ A;  4YEO A;  1D9U A;  1JJ0 A;  1LYZ A;  5AMY A;  5F14 A;  5LXW A;  1LJN A;  4DD2 A;  1BWJ A;  2EIZ C;  4NGJ A;  1YAM A;  1HSX A;  1GB0 A;  3WW6 A;  2BLY A;  2DKV A;  5LAG A;  1HEL A;  4R6C A;  4I0C A;  4B0D A;  2DQI Y;  2BQH A;  5ILF A;  1LOZ A;  2CDS A;  2W1L A;  1VDT A;  4GN4 A;  5FST A;  1UIA A;  1HC0 A;  2LYM A;  1JWR A;  3A92 A;  1GDX A;  1H87 A;  4WLD A;  5LVI A;  4IAS A;  1IOQ A;  4OWC A;  1MEL L;  2YBM A;  2XJW A;  3RT5 X;  1LSB A;  5LIN A;  134L A;  1C43 A;  2VB1 A;  194L A;  1REY A; 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 1IWZ A;  1HEQ A;  3HBH A;  4H9I A;  3N9C A;  4NHP A;  4B4E A;  1LZB A;  1XEK A;  1GFH A;  4OOT A;  3CT5 A;  1LKS A;  5LAF A;  2EPE A;  3ATO A;  2W1M A;  1BB6 A;  1BB4 A;  1YKY X;  4DD1 A;  3LHM A;  2DQC Y;  4UWV A;  1GXX A;  2HU1 A;  2BQJ A;  5IDD A;  3HFM Y;  3AZ5 A;  4BAD A;  2ZIL A;  1WQR A;  1OUA A;  1F0W A;  1LJF A;  1G7H C;  1T3P A;  1GFV A;  1KXW A;  1VAT A;  4QDN A;  1MLC E;  2LHM A;  4H9H A;  1IOS A;  5C6J A;  1O23 A;  1OUE A;  4XJH A;  2H5Z A;  3WXU A;  3ULR A;  1VDQ A;  3CSQ A;  1LZ8 A;  4N5R A;  4LYO A;  1JJ1 A;  4WO6 A;  4Z3M A;  4GCE A;  1W6Z A;  1FLY A;  4XN6 A;  4HV2 A;  1FKQ A;  1IEE A;  4D9Z A;  1LZY A;  3AB6 A;  1LYS A;  3P68 A;  4H90 A;  1IIZ A;  4ML7 A;  4WM6 A;  1NDM C;  2Z2F A;  4TSB A;  3ZVQ B;  4NGV A;  5LVG A;  1JUG A;  1FN5 A;  1OUI A;  5I5Q A;  1LZ4 A;  1BGI A;  2HEC A;  1LHK A;  1GB7 A;  3A90 A;  4GLA A;  4M4O A;  1V7T A;  2BLX A;  2YBH A;  2Z12 A;  4G49 A;  4XJB A;  3TXI A;  4ET9 A;  2I6Z A;  2ZIK A;  5I4Y A;  2ZNX Y;  2D91 A;  1IP2 A;  1UCO A;  2WAR A;  3W6B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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