1OP9B

Complex of human lysozyme with camelid vhh hl6 antibody fragment
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords HL6 camel VHH fragment
publication title A camelid antibody fragment inhibits the formation of amyloid fibrils by human lysozyme
pubmed doi rcsb
source organism Camelus dromedarius
total genus 46
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1op9B00
4YENA 1WTNA 1JUGA 1HSWA 1W6ZA 1LJ4A 1QIOA 4LYOA 4P2EA 5LA8A 4DD3A 5D5CA 1GFKA 5L9JA 4FJRA 3AW6A 5LVGA 1INUA 1HEOA 2A7DA 1GHLA 4DD7A 1LZEA 1IP1A 1GB5A 1TEWA 3W6BA 5LINA 4B4IA 1REYA 1LMCA 2C8OA 3KAMA 4H91A 4ANRA 4WM5A 3TMUA 4II8A 1CJ9A 1LPIA 2YVBA 3HFMY 4NGJA 1JKDA 2Z12A 1YROA 1WQOA 5KXSA 1MLCE 1LHHA 1YL1X 1GFTA 4RW2A 4TX7A 4C3WA 5KXZA 7LYZA 1BVKC 1OUHA 2XJWA 3TMVA 5IDDA 1GF0A 4R0FA 4WOAA 1GDWA 2BQAA 4NSHA 1G7IC 5M1YA 4XJIA 4G4CA 1UACY 5APDA 1XEKA 4NY5A 1RFPA 4J1BA 1EQ5A 3A3RX 4NG8A 1REMA 1LZ5A 1GFGA 2MEDA 1FLWA 1LMOA 4GN3A 2Y8PA 1CKDA 4N1CC 1QUSA 3TXDA 4ETEA 1GB0A 3P4ZA 5L3IA 2LYZA 3RT5X 4WM6A 3P65A 1OUBA 4HV2A 5LYMA 2DQAA 5KKJA 1F10A 1JSFA 1UIDA 1ZVYB 2Z2EA 1D9UA 4DDBA 4DYGA 1IY3A 3B72A 5DM9A 4NEBA 3TXJA 2FYDA 3CQLA 132LA 1JJ1A 1GFHA 4NGOA 2WARA 1IOSA 1HMLA 1DZBX 1LJKA 3A94A 4OW1A 5FHWA 1BB4A 1B7MA 1BHZA 3WU9A 1IVMA 4DD9A 1B9OA 2EQLA 1NMMA 3M18B 4LYTA 1HEWA 4FDYA 5F9UA 4EMNA 5C6LA 1C43A 4RLMA 5I5QA 2IFFY 4M6DA 1HFYA 2H9KA 2W1MA 1B5XA 193LA 1LSNA 4NHPA 1LOZA 1D0KA 1OUJA 4XJHA 2BQCA 5KJ9A 1LYSA 1IP5A 1AKIA 1LZ4A 1B5WA 5APEA 4B4EA 5IHGA 4MCKA 1IC5Y 4B4JA 5LVJA 1TBYA 1AT6A 1IEEA 1GB9A 1GDXA 1H87A 2NWDX 5A3ZA 4B49A 4G49A 5B59A 3A95A 4E3UA 5KY1A 5B1GA 2F2NA 2B5ZA 1YQVY 5B07A 1QUTA 1PS5A 1YILA 3VWOA 6LYTA 1YANA 3WU7A 1LZ8A 4QDNA 3A67Y 1B7NA 1GE4A 4NHTA 1BB7A 1QQYA 3A93A 4YOPA 3A92A 3EO5A 4BADA 4M4OA 1DKJA 1GF9A 3T6UA 3W3EA 1D6QA 4HP0A 5I4XA 1REXA 3HBHA 2MECA 4DDCA 1WQRA 5APCA 2BQHA 1JISA 1YKZX 4RW1A 4LFPA 1ZV5L 2BQKA 3IJUA 4GCEA 3WUAA 4XJBA 4H9EA 1JJ0A 1IP2A 4DWXA 4EOFA 5II3A 1HEMA 1G7HC 4LT2A 1WTMA 5IELA 1HERA 1H6MA 1LJEA 1LKRA 1A4VA 4QEQA 1FLYA 1XFPL 2DQCY 4BAFA 1LJ3A 1YIKA 3WMKA 4NFVA 1HEQA 2EPEA 5APFA 4WO6A 1UIHA 1A2YC 4G4HA 4NHIA 1LZ6A 5B05A 3B0OA 2BQBA 1C10A 4GN4A 1LSCA 2LHMA 3AZ5A 1NWGA 3FI7A 1B5ZA 1ALCA 2BQFA 4H90A 2HEDA 1QSWA 4NGVA 4TSCA 4CFOA 4N9RA 1BB3A 4ZEEA 4WM2A 1RE2A 3WXUA 3RU5A 4QGZA 1IC4Y 2LYOA 2YDGA 2ZIKA 3N9CA 4J1AA 1NQIA 1TCYA 3AYQA 3GXKA 5LVIA 2H5ZA 1GXXA 3EBAB 1GE3A 1KIQC 3P64A 4R6CA 5F16A 3AW7A 1GE0A 208LA 5KXXA 5LA5A 4B0DA 1LSPA 1G7MC 2VB1A 4HTKA 2LZ2A 3QNGA 3TXHA 1B2KA 4CJ2A 2Z18A 5FDJA 1P2CC 3LHMA 1LMQA 1GXV2 4CGEA 3MGWA 4LYMA 1YKXX 2YBHA 1JHLA 4U3XB 3EXDA 2ZYCA 3W6FA 3OJPA 3WXTA 5I54A 1IP3A 1ZVHL 1GD6A 1LSDA 1WVVA 4ZIXA 1VDQA 2N5ZA 3AGHA 3A91A 1BQLY 2BQOA 4TUNA 1G7JC 1OUFA 2YBMA 2ZQ4A 4WM4A 4UWNA 3TXKA 3ZVQB 1C08C 2HEBA 1WQNA 1BWJA 3WUNA 4H9CA 3WPLA 1FN5A 1OQMA 3B6LA 5AMYA 2MEAA 5ILFA 3TXBA 1LZGA 1UIEA 1T6VL 1XEIA 2F30A 2HEAA 1IWVA 2F4GA 1JKBA 3A34A 1REZA 4Z46A 2DQEY 4H94A 1GF6A 2BPUA 1IWZA 4NG1A 1IO5A 154LA 1CKCA 4GLVA 3AZ4A 5L3HA 3A6BY 4KL7A 1LZRA 3WULA 4NGLA 1UIFA 1NKHA 1RCMA 4XN6A 4I0CA 1GFUA 2HUBA 5JENB 2DBTA 1GFRA 3A3QA 1PZYA 4WM1A 2F4AA 2W1XA 4N0JA 1LYZA 1OUCA 4XENA 1BWHA 1BVXA 3WH1A 2D6BA 1GAYA 3WW6A 1KXWA 1DI4A 1GBWA 2Z19A 1J1PY 207LA 3CB7A 1XGQC 5KXRA 4DD1A 1GEVA 3TXEA 5KKIA 3WVYA 1GBYA 3B0KA 4XJDA 1W08A 2CJLA 1GFAA 2EIZC 1KXXA 2Z38A 1BGIA 1CKGA 1LZBA 1HENA 1LHIA 1DKKA 1IP4A 1NHEA 1QDRA 3G3BB 4H8YA 2HU1A 5DLAA 1WQMA 1LSMA 3LZ2A 1LYYA 2FBDA 2G4PA 5FEKA 1YL0X 2BLYA 3D9AC 3FE0A 2DQHY 5T3FA 1VATA 1G7LC 1JPOA 3CT5A 5J7CA 2IHLA 4OWCA 5LAGA 1QTKA 4H8XA 4CHXA 4OWBA 2I26L 1FKVA 1LHKA 1RI8B 1IP6A 2CDSA 2XBSA 4NGIA 3RNXA 4ZFPA 2D91A 2DKVA 1B7LA 1IORA 1HF4A 1GBOA 1JTTL 4NSGA 1NDMC 1LSYA 4RLNA 1C46A 1FKQA 4NGZA 2C8PA 5KXLA 1IY4A 4WLXA 1LYOA 4IJ4A 3GXRA 3RZ4A 2BQEA 4GCFA 1D0MA 1YAOA 1LAAA 4N1EI 2HEFA 4DC4A 1WVUA 3ATNA 4H93A 1LJHA 1VDSA 153LA 2D4KA 4TTDA 5HMVA 4X3BA 2ZILA 4KT3A 1GEZA 1GBSA 4KPMA 4NSJA 5ILCA 1IOQA 1NBZC 4WLDA 4DDAA 2XTHA 1HMKA 1DPWA 1LZTA 3HBEX 2BQNA 4N5RA 3W6AA 3T36A 3LYOA 133LA 3RW8A 3CSQA 4PRUA 2DQJY 3LYTA 1GBXA 2W1YA 4OWAA 1OUDA 1UICA 4UWVA 2YBLA 4NHSA 2HEEA 1AT5A 3EMSA 1CJ8A 3AZ6A 4DD0A 1F6RA 1ZMYL 2H9JA 4ETDA 1DXJA 2AUBA 2MEGA 4PRQA 3LYMA 5HMJA 4Z98A 4LYCA 1FBIX 4ET8A 1LMTA 5FSTA 134LA 3ATOA 4OWHA 4LFXA 1GPQC 5F14A 1N4FA 1UC0A 5LXWA 5KXOA 1LCNA 3AJNA 1EQ4A 3A90A 4WMGA 4ETCA 3WVXA 1VEDA 1OP9B 1VFBC 1XGRC 2MEHA 1YAQA 1KIPC 4J0LA 1GFJA 5LIOA 1O23A 5KXWA 1CKHA 1OUIA 4PJ2C 3P66A 1UUZC 4N8ZA 5EBHA 5FCPA 5DN5A 3CSZA 1UIBA 1JWRA 2A7FA 1B7QA 4PPOA 1CJ6A 3ZVQA 1GF7A 1LMAA 2W1LA 1LZCA 4HPIA 1B7SA 3M3UA 4GLAA 4ETAA 5E4PA 4LYBA 1HSXA 1JKCA 2PC2A 3AGIA 1BB5A 3IWRA 2DQDY 4XJFA 4C5FA 1YKYX 2ZWBA 3AB6A 1LJIA 1LSAA 4WL7A 1IWYA 1IP7A 4HSFA 2BQMA 2DQGY 1B5VA 1JTPL 1IWWA 1LZSA 1GE1A 3ULRA 4HTNA 4AGAA 4LZTA 1HFXA 4W94A 3F6ZA 1CNSA 4GCCA 1B7OA 4OOOA 5DN4A 3WUMA 1WQPA 1LSBA 3LZTA 1SLYA 4HPEA 1T3PA 3D3DA 1JTOL 4G9SA 4GN5C 5F9XA 4H9BA 1AM7A 1C45A 1LKSA 3BKHA 3J4GA 4WG7A 5KXPA 3TXFA 4CFPA 4WG1A 5I4WA 1GBZA 1IOCA 1LTMA 4NSIA 1HELA 2FYCA 2Z2FA 2GV0A 2HECA 1JKAA 5I4YA 1QSAA 2LZTA 2HU3A 2YSSC 3K3TA 3QY4A 1UA6Y 4B1AA 4ETBA 4YEMA 1UIAA 1NBYC 1IR9A 4Z3MA 2ZQ3A 1HHLA 3W6EA 4QY9A 4XJGA 2LYMA 1WQQA 3G3AB 1XSFA 1VAUA 4HJVA 1GWDA 3OK0A 4GCDA 1GB7A 2MEEA 4WL6A 5FELA 5HQ1A 2D4IA 194LA 1NDGC 1GF5A 2MEBA 1GB8A 1DI3A 1JITA 1GE2A 3IJVA 1LSFA 4H9HA 4NWEA 4XYYA 5D5FA 5LVKA 1TAYA 4D9ZA 1LZ9A 3TMXA 1IWUA 1QDTA 3WW5A 1FLUA 1XGPC 1LSEA 1IWXA 2MEIA 1JJ3A 1AZFA 1BWIA 2EKSC 4GCBA 5LAFA 4LT3A 1FLQA 2RSCA 5C6JA 1DPXA 1JSEA 2Q0MX 1B7PA 4YF2A 4LGKA 3CSRA 2DQIY 3HBDA 3P68A 4IASA 9LYZA 5KXKA 5KXTA 1GF3A 1LJNA 1IIZA 2ZYPA 4W96A 2ZNWY 1GFVA 1OUEA 1D6PA 1NF5A 4H1PA 1IWTA 2HTXA 4YM8A 1TDYA 1GB6A 1LHJA 1CKFA 1LZ1A 1XGUC 2X0AA 1GB3A 5F81A 3WPKA 4I8SA 3CT1A 4BS7A 5LVHA 5KXYA 3AZ7A 2D4JA 1JEFA 3LYZA 4WM3A 1IOTA 5E9RA 1HNLA 3WPJA 1LJJA 1RJCB 4J7VA 6LYZA 4KXIA 1HC0A 1FDLY 1SQ2L 1LZDA 135LA 4NGWA 3QE8A 1XGTC 3TXGA 4TSBA 3B0IA 1LJGA 1LSZA 4YEOA 2XBRA 5LYTA 1UCOA 1DQJC 4MR1A 5KXNA 4NGKA 2ZIJA 1I1ZA 1UBZA 4UWUA 1I56A 1YAMA 4G4BA 5HLLA 2I25L 1IR8A 2BAAA 2BLXA 1Z55A 5DL9A 4BAPA 1V7SA 2I6ZA 3TXIA 1OUGA 1LMPA 2BQJA 4L41A 1HFZA 1GFEA 5C6IA 5HNCA 1YAPA 1KXYA 4NWHA 4TWSA 1B7RA 3A8ZA 4HTQA 1EQEA 3WYHA 1LHMA 5I53A 3CT0A 4WLTA 4AXTA 1LSGA 5B1FA 3N9AA 1LHLA 4PHIA 1I20A 1DI5A 4NHQA 4LYZA 2Z39A 3A96A 4HJYA 2CWIA 4WLYA 1XEJA 5KXMA 4LT1A 1KIRC 2BQGA 3A6CY 8LYZA 4RDSA 4H9FA 3AGGG 1J1OY 4HV1A 3TMWA 4H9IA 2G4NA 1JIYA 1IC7Y 4XADA 4ET9A 4IATA 4OOTA 4O34A 3W6DA 1GF4A 3J6KA 1B0DA 3ZEKA 1VDPA 1QTEA 4DT3A 3LN2A 4HJZA 1GF8A 2BQIA 5HNLA 1GAZA 2CGIA 1LJFA 2BQDA 3N9EA 4OWEA 2FBBA 1D0LA 3BKVA 4WO9A 4DD2A 1F0WA 3WU8A 1LMNA 1LZNA 4H92A 1IX0A 4A7DA 4NGYA 1J1XY 4MSTA 4H8ZA 1EL1A 4PGJB 4Z41A 2ZNXY 1GB2A 3E3DA 5K7OA 1IR7A 1BB6A 1LZYA 2YBIA 4LT0A 1F6SA 1E8LA 5LYZA 1C7PA 2Z37A 1UIGA 4H9AA 2G4QA 1OUAA 4NIJA 1LZAA 1B5UA 3W6CA 3WL2A 2YBJA 2DQFC 2MEFA 1HEPA 4ML7A 5B06A 5A3EA 1V7TA 1B5YA 1VDTA 1CJ7A 2BQLA 1MELL 2YBNA 3SP3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YENA 1D3FA 1JUGA 1W6ZA 1QIOA 123LA 3GUKA 3SB6A 5LVGA 1INUA 2OE9X 4B4IA 4H91A 1LMCA 2C8OA 3HFMY 1JTNA 1OUHA 5IDDA 4WOAA 146LA 1L55A 4G4CA 5APDA 1L46A 2B6YA 251LA 3A3RX 1REMA 1LZ5A 1GFGA 1L38A 3HUQA 2Y8PA 1CKDA 5L3IA 5KKJA 2B73A 1L27A 1L13A 1IY3A 1C6DA 3C8SA 1LJKA 1BB4A 3WU9A 1NMMA 1HEWA 1C6KA 5I5QA 1LSNA 193LA 1D0KA 4YXCA 5KJ9A 1IP5A 5IHGA 5LVJA 3HTGA 1AT6A 1IEEA 5A3ZA 2NWDX 5KY1A 2OTYX 1PS5A 6LYTA 1LZ8A 1GE4A 3A93A 4YOPA 4K5YA 1G06A 4M4OA 1LYJA 3W3EA 4HP0A 3HBHA 5APCA 2Q9EA 1EPYA 2RBRA 4LT2A 1HERA 1LJEA 1KW5A 4QEQA 2DQCY 4ARQA 1L86A 5APFA 3C7ZA 4I7MA 1LZ6A 3HT9A 1C10A 1SX2A 1ALCA 2BQFA 1QT3A 1L29A 4TSCA 4WM2A 2YDGA 1L10A 1NQIA 2RBSA 3CDQA 3GXKA 4R6CA 3AW7A 1G0GA 4B0DA 1LSPA 1DYEA 2VB1A 2LZ2A 5FDJA 4CGEA 2ZYCA 3WXTA 1LSDA 4TUNA 1G7JC 1OUFA 1BWJA 3WUNA 1L53A 217LA 2MEAA 1LZGA 3C81A 1L51A 1REZA 4Z46A 1CKCA 4GLVA 1NKHA 226LA 1GFRA 1L82A 1LGWA 1PZYA 214LA 2W1XA 4N0JA 1LYZA 230LA 4XENA 196LA 1GAYA 3WW6A 4GRVA 1XGQC 3HTDA 4DD1A 1OV5A 3WVYA 181LA 1HENA 1LHIA 241LA 1IP4A 3G3BB 4W57A 1L76A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YEN A;  1WTN A;  1JUG A;  1HSW A;  1W6Z A;  1LJ4 A;  1QIO A;  4LYO A;  4P2E A;  5LA8 A;  4DD3 A;  5D5C A;  1GFK A;  5L9J A;  4FJR A;  3AW6 A;  5LVG A;  1INU A;  1HEO A;  2A7D A;  1GHL A;  4DD7 A;  1LZE A;  1IP1 A;  1GB5 A;  1TEW A;  3W6B A;  5LIN A;  4B4I A;  1REY A;  1LMC A;  2C8O A;  3KAM A;  4H91 A;  4ANR A;  4WM5 A;  3TMU A;  4II8 A;  1CJ9 A;  1LPI A;  2YVB A;  3HFM Y;  4NGJ A;  1JKD A;  2Z12 A;  1YRO A;  1WQO A;  5KXS A;  1MLC E;  1LHH A;  1YL1 X;  1GFT A;  4RW2 A;  4TX7 A;  4C3W A;  5KXZ A;  7LYZ A;  1BVK C;  1OUH A;  2XJW A;  3TMV A;  5IDD A;  1GF0 A;  4R0F A;  4WOA A;  1GDW A;  2BQA A;  4NSH A;  1G7I C;  5M1Y A;  4XJI A;  4G4C A;  1UAC Y;  5APD A;  1XEK A;  4NY5 A;  1RFP A;  4J1B A;  1EQ5 A;  3A3R X;  4NG8 A;  1REM A;  1LZ5 A;  1GFG A;  2MED A;  1FLW A;  1LMO A;  4GN3 A;  2Y8P A;  1CKD A;  4N1C C;  1QUS A;  3TXD A;  4ETE A;  1GB0 A;  3P4Z A;  5L3I A;  2LYZ A;  3RT5 X;  4WM6 A;  3P65 A;  1OUB A;  4HV2 A;  5LYM A;  2DQA A;  5KKJ A;  1F10 A;  1JSF A;  1UID A;  1ZVY B;  2Z2E A;  1D9U A; 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 1I56 A;  1YAM A;  4G4B A;  5HLL A;  2I25 L;  1IR8 A;  2BAA A;  2BLX A;  1Z55 A;  5DL9 A;  4BAP A;  1V7S A;  2I6Z A;  3TXI A;  1OUG A;  1LMP A;  2BQJ A;  4L41 A;  1HFZ A;  1GFE A;  5C6I A;  5HNC A;  1YAP A;  1KXY A;  4NWH A;  4TWS A;  1B7R A;  3A8Z A;  4HTQ A;  1EQE A;  3WYH A;  1LHM A;  5I53 A;  3CT0 A;  4WLT A;  4AXT A;  1LSG A;  5B1F A;  3N9A A;  1LHL A;  4PHI A;  1I20 A;  1DI5 A;  4NHQ A;  4LYZ A;  2Z39 A;  3A96 A;  4HJY A;  2CWI A;  4WLY A;  1XEJ A;  5KXM A;  4LT1 A;  1KIR C;  2BQG A;  3A6C Y;  8LYZ A;  4RDS A;  4H9F A;  3AGG G;  1J1O Y;  4HV1 A;  3TMW A;  4H9I A;  2G4N A;  1JIY A;  1IC7 Y;  4XAD A;  4ET9 A;  4IAT A;  4OOT A;  4O34 A;  3W6D A;  1GF4 A;  3J6K A;  1B0D A;  3ZEK A;  1VDP A;  1QTE A;  4DT3 A;  3LN2 A;  4HJZ A;  1GF8 A;  2BQI A;  5HNL A;  1GAZ A;  2CGI A;  1LJF A;  2BQD A;  3N9E A;  4OWE A;  2FBB A;  1D0L A;  3BKV A;  4WO9 A;  4DD2 A;  1F0W A;  3WU8 A;  1LMN A;  1LZN A;  4H92 A;  1IX0 A;  4A7D A;  4NGY A;  1J1X Y;  4MST A;  4H8Z A;  1EL1 A;  4PGJ B;  4Z41 A;  2ZNX Y;  1GB2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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