1OP9B

Complex of human lysozyme with camelid vhh hl6 antibody fragment
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A camelid antibody fragment inhibits the formation of amyloid fibrils by human lysozyme
pubmed doi rcsb
molecule keywords HL6 camel VHH fragment
molecule tags Hydrolase
source organism Camelus dromedarius
total genus 46
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1op9B00
4N5RA 4BS7A 1CJ6A 3LZTA 1NMMA 4M4OA 2X0AA 1GDXA 1GFRA 3A67Y 5LVHA 3LYZA 1YIKA 1A2YC 3J4GA 5APDA 1SQ2L 4H9BA 1IOQA 1LSFA 1JIYA 1GFJA 1UBZA 1DPWA 3AW7A 3TXJA 1GD6A 1W08A 207LA 3W6AA 4NY5A 1LZBA 4OWAA 1LJHA 1BB7A 4N8ZA 1GE0A 1KXWA 3BKVA 1OUDA 4CFPA 1CKCA 1YKYX 1IVMA 1GBXA 1LSEA 2FBDA 2Q0MX 5D5CA 5FSTA 5HNCA 1LMOA 2DQJY 1NBYC 4LGKA 1C08C 1J1PY 2A7FA 2DQEY 1BVKC 4WM2A 4WO9A 4NSJA 4WG7A 1TEWA 2ZWBA 3HFMY 1LZ9A 1LZ1A 4Z3MA 1GF6A 2D91A 2LZTA 5KXOA 1IP2A 3AGIA 1FDLY 4IASA 4NEBA 4YENA 4M6DA 193LA 1WQNA 1B7RA 3GXKA 1B7QA 2LYZA 4TWSA 4ZFPA 1LSPA 4DDCA 1BWJA 1GEZA 4PJ2C 3WUAA 5LVGA 5B1GA 3B6LA 1YQVY 2CDSA 1LZEA 1IWXA 1XGTC 4H8YA 1EL1A 1Z55A 1IC5Y 2HEDA 5DL9A 2EPEA 2LYMA 4PGJB 1TCYA 2IFFY 2W1LA 2MEGA 1RE2A 4XJHA 4TSCA 1JUGA 4D9ZA 1IC7Y 4IATA 1QUTA 4NGYA 5KKIA 1KIPC 3WPLA 2DQHY 1KIQC 1GE4A 3A96A 1XEKA 1LSGA 5LYZA 2YBIA 1GF9A 2YSSC 5L9JA 3LYMA 4Z98A 3WUMA 1RI8B 2D4KA 1C7PA 3BKHA 5DLAA 4DDBA 4WL6A 1OP9B 1BQLY 3OJPA 2C8PA 2DQCY 1LZGA 4MCKA 5D5FA 4UWUA 4N9RA 1UA6Y 1QDRA 1REMA 1YKXX 1CKHA 2YVBA 1KXXA 2DQDY 1G7IC 1GFHA 4HV1A 1TDYA 4ET9A 2C8OA 1LYZA 4R6CA 3TXEA 3RZ4A 1LSNA 1LYOA 2H9JA 1VEDA 2HEEA 3VWOA 3N9AA 3WU9A 2ZNXY 4NHQA 5L3HA 1D9UA 1HNLA 1LHHA 1GFTA 4OWHA 2BQEA 3W3EA 1O23A 1IORA 1LJGA 1I56A 2GV0A 4NGLA 2ZQ4A 4UWNA 1IP5A 2I26L 1LMAA 4J7VA 4NG1A 1LHLA 3A95A 1GFGA 1IP3A 4GCFA 1XEJA 1JSFA 4HTNA 3F6ZA 1GFUA 4BAFA 1HEMA 1JJ3A 4UWVA 1C10A 1FKQA 4A7DA 1XEIA 1OUJA 4NSGA 1IWWA 1LJFA 4NWEA 1GF4A 1B7PA 1LOZA 1UIDA 1DI3A 5KXKA 3WU7A 1WTMA 3CQLA 5FHWA 4NGZA 3TXIA 1WQMA 4N1CC 1LZNA 1LMCA 1QTKA 1IO5A 1XGRC 3TXFA 1F0WA 2XTHA 4ML7A 1GF0A 3WPKA 5I5QA 5LAFA 3B0OA 1UC0A 2HTXA 1D0MA 1HMKA 4B49A 4YOPA 6LYTA 3AZ7A 1GDWA 4ET8A 5F81A 1HFXA 3WW6A 4LZTA 1WQPA 1JJ1A 2Z18A 3IJUA 5KXXA 5I4XA 4OOOA 4W96A 3WW5A 1GB8A 1DPXA 134LA 5LXWA 1IEEA 3P65A 2LYOA 2W1MA 1LSBA 1GF7A 1OUHA 1LHIA 2D4JA 2H5ZA 2YBHA 3K3TA 2Z38A 1UCOA 5FELA 4J1BA 2LHMA 1QSAA 3LYOA 3A91A 2HEFA 1H87A 2D4IA 6LYZA 1LSMA 1XSFA 5LA5A 4L41A 4BADA 1JTPL 4CJ2A 1LJEA 1ZV5L 3RNXA 2Z37A 1DXJA 1T3PA 2FYDA 4HPIA 4II8A 1B7NA 2BLXA 2D6BA 4HV2A 1INUA 1HEPA 4NGJA 4B4IA 1UIAA 1GBZA 1RFPA 1LJ4A 3EMSA 4KT3A 1LZDA 2Y8PA 5KXYA 1ALCA 4B1AA 4KL7A 5KXMA 2EIZC 5LVIA 1BHZA 1IP6A 1GFKA 1REYA 5LAGA 4LYMA 1F10A 2MEIA 4W94A 1LAAA 5LYTA 4OW1A 5KY1A 4NHTA 4GLVA 2Z12A 5LVKA 3QE8A 3TXDA 3P4ZA 3TXKA 3A94A 1DQJC 1LJKA 4HJYA 1UIBA 5KXWA 5IDDA 1IP7A 1G7HC 3FE0A 1GF3A 4H93A 1UUZC 1XGPC 3ATNA 4O34A 1GBSA 2BQIA 154LA 4B4JA 1UICA 1QDTA 5LA8A 1GB0A 1GEVA 5ILFA 4HTQA 1LJ3A 2HEAA 4GLAA 5F9XA 1B7SA 4WLTA 4DDAA 1UIFA 5FCPA 1LZRA 194LA 1N4FA 1BWIA 1LJJA 2MEEA 2ZYPA 4LFXA 1GFVA 4DD7A 1B5XA 3B72A 1DKKA 4NGWA 1BWHA 2EKSC 1IWTA 1HSWA 3ZVQA 1E8LA 3AGGG 4FDYA 1LHMA 2EQLA 4NHIA 1WTNA 3LZ2A 1GBWA 1QUSA 1LYSA 1YL1X 5HLLA 2BPUA 3B0IA 2MECA 4I0CA 4EOFA 4RLMA 5M1YA 1B5WA 2PC2A 1VDPA 3M18B 3RT5X 4WL7A 4C5FA 1DZBX 2BQNA 1IOSA 3WUNA 1LCNA 3J6KA 1B7LA 4WG1A 3T6UA 5KXSA 4BAPA 1JKDA 2YBLA 3EXDA 1GB6A 1IOTA 5JENB 4HJVA 4LT1A 4MSTA 2BQGA 4NIJA 4PRUA 4WM4A 1GB5A 1WQOA 1GAYA 1HELA 5KXPA 1WVUA 3CSZA 2F4AA 1NQIA 3CSRA 208LA 1B5VA 1LZ4A 1LYYA 1NKHA 4NGKA 2BQLA 1VFBC 2FBBA 1HC0A 1HEOA 3A6BY 1HFYA 1GB2A 5LINA 4YF2A 3G3BB 3IWRA 2W1YA 1IWVA 1LZCA 1YAMA 4GCCA 4Z46A 4NHSA 2BQAA 2IHLA 4GCDA 1NHEA 4IJ4A 4HJZA 4XJFA 5I54A 1FLUA 4PPOA 2BQOA 3HBEX 1GB3A 1CKDA 4G4HA 4ETCA 5B05A 4H92A 1GHLA 3AJNA 1XGQC 4WLXA 3ZEKA 3ZVQB 4R0FA 1HF4A 4YEOA 2XBSA 3AW6A 2DQFC 5E4PA 1C46A 2XJWA 2Z2FA 1IR7A 5KJ9A 4TSBA 1C45A 1LMTA 2AUBA 3A90A 4LT2A 1GPQC 2HEBA 3A3RX 5DM9A 5A3EA 1VATA 1W6ZA 5I4YA 3W6DA 3LHMA 2F2NA 1GF8A 3A6CY 5B1FA 3W6BA 2ZILA 4YM8A 2I25L 1WQQA 4DC4A 2ZIKA 3HBDA 2ZQ3A 4DWXA 1REXA 1TAYA 1IR8A 1ZMYL 3N9EA 4NHPA 1LZ6A 4NSHA 4KPMA 1YKZX 3TMXA 1LSAA 4GCBA 5HNLA 1GBOA 1EQ4A 2DKVA 4H90A 1IWUA 1D6QA 2MEBA 4GN4A 2DQAA 2BQKA 3T36A 1FLQA 4G9SA 1UACY 3D3DA 3WL2A 4G4BA 4E3UA 1REZA 1I1ZA 2RSCA 4DD1A 4ETBA 1XGUC 2F30A 4H9FA 4CHXA 2I6ZA 4G4CA 5HMJA 5KKJA 2HUBA 3IJVA 4LYBA 1F6RA 1CJ8A 2ZNWY 4LT3A 5I53A 4HP0A 3WYHA 1LZSA 1V7TA 4J1AA 4N0JA 1G7JC 1JJ0A 4PHIA 1HENA 1IY3A 4DD3A 3WXUA 4KXIA 5E9RA 4DT3A 4P2EA 4B0DA 2G4NA 5HMVA 1NWGA 1YROA 1IWZA 1LHJA 1FN5A 3WH1A 5HQ1A 1HMLA 4WMGA 1OUEA 2WARA 2NWDX 4U3XB 1JISA 1AT6A 1JHLA 5T3FA 1G7LC 4NFVA 3EBAB 1XFPL 1JEFA 1H6MA 1QIOA 1NDMC 1LZ8A 2HECA 1DI5A 1IOCA 1EQEA 1F6SA 4H8ZA 4XN6A 1UIHA 4TUNA 1GE2A 1IP4A 1I20A 1YILA 4XENA 3CT5A 4DD0A 1TBYA 3AYQA 4DD2A 1B2KA 1LJIA 5APEA 2CGIA 4LT0A 4LYOA 1OUBA 4OOTA 135LA 1VDQA 3TXHA 3A92A 1HEWA 1VDSA 2MEDA 4MR1A 1GXV2 4NGVA 5C6IA 3WVXA 1CNSA 4LYCA 5C6LA 4H9AA 1IY4A 2DBTA 1VDTA 2BQHA 1ZVYB 4ZIXA 3W6EA 1BGIA 3TMWA 4AXTA 1IIZA 4H8XA 2XBRA 3AB6A 4XJDA 1BB6A 4XJBA 4H91A 3QNGA 1JTOL 4OWBA 4XJIA 1LHKA 1BB3A 2CWIA 5J7CA 1WVVA 2DQGY 1AT5A 1LSYA 1KIRC 2YBJA 2BQCA 5F16A 1JKCA 1G7MC 1B5UA 3RU5A 4OWCA 5A3ZA 4H94A 3E3DA 3WMKA 1KXYA 2FYCA 4CGEA 4HPEA 1LMQA 3A34A 3P68A 1D6PA 5B07A 1JPOA 4HTKA 4WLDA 2MEHA 5L3IA 4QEQA 4J0LA 2G4QA 2F4GA 5LIOA 1MLCE 3QY4A 1AZFA 8LYZA 1IC4Y 5F9UA 3AZ4A 1GXXA 4XJGA 1SLYA 1GFEA 133LA 2A7DA 3A3QA 3D9AC 1BB4A 1JWRA 1LSCA 3W6CA 1IR9A 3B0KA 5C6JA 5APFA 4ETEA 1CKGA 1MELL 2BQDA 1HERA 2BQBA 1HHLA 5II3A 1FLYA 1OUCA 1CJ9A 1LMNA 4XADA 3P64A 132LA 4WM3A 1CJ7A 1FBIX 1YANA 5KXZA 5FEKA 2VB1A 3CT1A 4YEMA 2DQIY 4GCEA 1AM7A 1VAUA 1YAPA 3M3UA 1JSEA 2YBMA 4I8SA 2B5ZA 4QDNA 4WO6A 1GF5A 5LYMA 3CT0A 3LN2A 4AGAA 1IX0A 4G49A 2YDGA 1GB7A 3A93A 4N1EI 5B59A 3ULRA 4TTDA 4RW2A 1AKIA 3HBHA 4B4EA 4DD9A 2Z39A 3OK0A 2BAAA 4WM5A 5FDJA 3P66A 1LPIA 1YAQA 5K7OA 3AGHA 5LVJA 1RJCB 3W6FA 1BB5A 1C43A 1CKFA 1A4VA 1RCMA 1T6VL 4RLNA 3WXTA 1GE3A 1PZYA 4RW1A 5DN4A 5F14A 1IWYA 4H9CA 5KXRA 1HSXA 3SP3A 1OUGA 2Z2EA 3AZ5A 1JKBA 4H9IA 5APCA 1QTEA 2BLYA 1GBYA 1JKAA 3CB7A 2YBNA 3ATOA 3N9CA 1NDGC 1FLWA 4RDSA 3RW8A 4ETAA 4LFPA 2MEAA 1DI4A 3EO5A 1LKSA 1B7OA 1LZAA 4CFOA 1QQYA 3KAMA 1QSWA 4LYTA 1P2CC 4ETDA 2HU3A 1BVXA 1OUAA 1GFAA 4EMNA 2ZYCA 1ZVHL 2W1XA 4WM1A 5KXTA 4DYGA 3GXRA 1HEQA 4ZEEA 4NGIA 1D0KA 1LMPA 3A8ZA 3G3AB 1LZTA 1IP1A 5KXLA 1PS5A 1GE1A 1GWDA 1OUFA 1YAOA 4LYZA 1LZYA 2CJLA 4NGOA 5AMYA 9LYZA 1LTMA 3WULA 1UIGA 1B7MA 4NG8A 4TX7A 1LZ5A 1WQRA 4WOAA 1B0DA 2BQJA 5DN5A 1B5YA 1EQ5A 2G4PA 1D0LA 1OQMA 3TMVA 3TMUA 7LYZA 4HSFA 4H9EA 3MGWA 2BQFA 1FKVA 1J1OY 1JTTL 4OWEA 4PRQA 5IELA 1GAZA 4NSIA 3WVYA 4Z41A 4NWHA 3AZ6A 4ANRA 3TXBA 1OUIA 1B9OA 1V7SA 4QGZA 3FI7A 2N5ZA 1B5ZA 4X3BA 5EBHA 1LSZA 3TXGA 4C3WA 5IHGA 4WM6A 1DKJA 2Z19A 1HFZA 3WU8A 3CSQA 5B06A 1NF5A 2ZIJA 5I4WA 1JITA 1LJNA 4H1PA 2MEFA 153LA 1J1XY 4XYYA 4H9HA 3WPJA 2H9KA 2LZ2A 1UIEA 4FJRA 4GN5C 4GN3A 5KXNA 2HU1A 1LSDA 1YL0X 3LYTA 1NBZC 4WLYA 4QY9A 1LKRA 5ILCA 2BQMA 1GB9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
241LA 3C81A 1SSYA 3A67Y 3HTDA 1YIKA 127LA 5APDA 1SQ2L 1IOQA 3K2RA 1LSFA 1JIYA 1UBZA 1DPWA 129LA 1LZBA 3DKEX 1LJHA 4OWAA 1BB7A 1G07A 128LA 1GE0A 1L81A 126LA 1GBXA 1LSEA 2FBDA 5HNCA 1LMOA 2DQJY 1ZYTA 1L96A 4WG7A 1L62A 1LZ9A 1GF6A 2LZTA 4S0WA 1IP2A 4IASA 4NEBA 144LA 188LA 1B7QA 4TWSA 1BWJA 4PJ2C 3B6LA 160LA 235LA 1EL1A 1B6IA 5DL9A 1OV5A 2IFFY 1RE2A 4TSCA 1JUGA 4IATA 1QUTA 1KIPC 1KIQC 1XEKA 2YBIA 3OE9A 4DDBA 1OP9B 3OJPA 4W53A 4MCKA 1LZGA 1L65A 3HTBA 1YKXX 1QTDA 1G7IC 4OO9A 4YXAC 111LA 1L42A 3WU9A 2ZNXY 4NHQA 1D9UA 4NGLA 4UWNA 1LJGA 1C6IA 1IP5A 4GCFA 1KW5A 163LA 1JJ3A 4LDLA 4UWVA 1C10A 4A7DA 4NSGA 1L12A 1B7PA 1UIDA 3WU7A 5FHWA 4N1CC 1LZNA 3TXFA 3HH3A 3WPKA 1L40A 2O79A 104LA 3HUQA 4I7SA 3B0OA 252LA 4B49A 1GDWA 5I4XA 1GB8A 1IEEA 151LA 1L47A 1OUHA 1D2YA 197LA 6LYZA 1T97A 3OE6A 1L32A 1JTPL 2L78A 3RNXA 2Z37A 1B7NA 2B7XA 2D6BA 1HEPA 1LJ4A 4B1AA 5KXYA 1ALCA 244LA 1F10A 1L44A 2Z12A 3TXDA 3A94A 4HJYA 1UIBA 5IDDA 1G7HC 1GF3A 1QTHA 3ATNA 154LA 3SB5A 1UICA 1DYEA 1QDTA 170LA 3RUNA 1GB0A 1B7SA 1UIFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4N5R A;  4BS7 A;  1CJ6 A;  3LZT A;  1NMM A;  4M4O A;  2X0A A;  1GDX A;  1GFR A;  3A67 Y;  5LVH A;  3LYZ A;  1YIK A;  1A2Y C;  3J4G A;  5APD A;  1SQ2 L;  4H9B A;  1IOQ A;  1LSF A;  1JIY A;  1GFJ A;  1UBZ A;  1DPW A;  3AW7 A;  3TXJ A;  1GD6 A;  1W08 A;  207L A;  3W6A A;  4NY5 A;  1LZB A;  4OWA A;  1LJH A;  1BB7 A;  4N8Z A;  1GE0 A;  1KXW A;  3BKV A;  1OUD A;  4CFP A;  1CKC A;  1YKY X;  1IVM A;  1GBX A;  1LSE A;  2FBD A;  2Q0M X;  5D5C A;  5FST A;  5HNC A;  1LMO A;  2DQJ Y;  1NBY C;  4LGK A;  1C08 C;  1J1P Y;  2A7F A;  2DQE Y;  1BVK C;  4WM2 A;  4WO9 A;  4NSJ A;  4WG7 A;  1TEW A;  2ZWB A;  3HFM Y;  1LZ9 A;  1LZ1 A;  4Z3M A;  1GF6 A;  2D91 A;  2LZT A;  5KXO A;  1IP2 A;  3AGI A;  1FDL Y;  4IAS A;  4NEB A;  4YEN A;  4M6D A;  193L A;  1WQN A;  1B7R A;  3GXK A;  1B7Q A;  2LYZ A;  4TWS A;  4ZFP A;  1LSP A;  4DDC A;  1BWJ A;  1GEZ A;  4PJ2 C;  3WUA A;  5LVG A;  5B1G A;  3B6L A;  1YQV Y;  2CDS A;  1LZE A;  1IWX A;  1XGT C;  4H8Y A;  1EL1 A;  1Z55 A;  1IC5 Y;  2HED A;  5DL9 A;  2EPE A;  2LYM A;  4PGJ B; 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 1QTE A;  2BLY A;  1GBY A;  1JKA A;  3CB7 A;  2YBN A;  3ATO A;  3N9C A;  1NDG C;  1FLW A;  4RDS A;  3RW8 A;  4ETA A;  4LFP A;  2MEA A;  1DI4 A;  3EO5 A;  1LKS A;  1B7O A;  1LZA A;  4CFO A;  1QQY A;  3KAM A;  1QSW A;  4LYT A;  1P2C C;  4ETD A;  2HU3 A;  1BVX A;  1OUA A;  1GFA A;  4EMN A;  2ZYC A;  1ZVH L;  2W1X A;  4WM1 A;  5KXT A;  4DYG A;  3GXR A;  1HEQ A;  4ZEE A;  4NGI A;  1D0K A;  1LMP A;  3A8Z A;  3G3A B;  1LZT A;  1IP1 A;  5KXL A;  1PS5 A;  1GE1 A;  1GWD A;  1OUF A;  1YAO A;  4LYZ A;  1LZY A;  2CJL A;  4NGO A;  5AMY A;  9LYZ A;  1LTM A;  3WUL A;  1UIG A;  1B7M A;  4NG8 A;  4TX7 A;  1LZ5 A;  1WQR A;  4WOA A;  1B0D A;  2BQJ A;  5DN5 A;  1B5Y A;  1EQ5 A;  2G4P A;  1D0L A;  1OQM A;  3TMV A;  3TMU A;  7LYZ A;  4HSF A;  4H9E A;  3MGW A;  2BQF A;  1FKV A;  1J1O Y;  1JTT L;  4OWE A;  4PRQ A;  5IEL A;  1GAZ A;  4NSI A;  3WVY A;  4Z41 A;  4NWH A;  3AZ6 A;  4ANR A;  3TXB A;  1OUI A;  1B9O A;  1V7S A;  4QGZ A;  3FI7 A;  2N5Z A;  1B5Z A;  4X3B A;  5EBH A;  1LSZ A;  3TXG A;  4C3W A;  5IHG A;  4WM6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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