1KY0A

Methionine core mutant of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKMKPVYDSMDAVRRAAMINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTMRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Multiple methionine substitutions are tolerated in T4 lysozyme and have coupled effects on folding and stability
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ky0A00
1L55A 2Q9DA 1KNIA 3HUQA 183LA 3LZMA 3GUJA 2B74A 1L54A 3DN6A 1L79A 1LYEA 2Z6BA 4GRVA 1L92A 2B6WA 2NTGA 1C6GA 2O79A 1CV3A 1L25A 2ANVA 4EKPA 2RB1X 3OE0A 1L00A 4IAPA 224LA 4ARQB 1CV6A 177LA 1L13A 1L48A 3DMZA 7LZMA 1D9WA 115LA 1L75A 1XJTA 1G0MA 1L49A 3DN3A 1JTMA 1CV1A 1C67A 3HTFA 2RBQA 244LA 1L16A 3NY8A 199LA 1QT8A 1SSYA 3SBAA 1EPYA 1L87A 152LA 1L81A 229LA 2HULA 144LA 167LA 1OVHA 1L39A 257LA 1C6MA 1L70A 1G1WA 1L51A 1QTZA 1LI2A 1LI3A 1CU5A 156LA 3SN6R 4EJ4A 1D3JA 2RAZX 3DMVA 1L73A 1P2LA 1L01A 1T8FA 185LA 1KW5A 192LA 1G0GA 1D3FA 1L65A 130LA 172LA 142LA 1G0PA 1L33A 1L62A 1P2RA 1L43A 3GULA 209LA 201LA 3HTGA 1P37A 1C6NA 1D3MA 233LA 1XJUA 3HH6A 1T8AA 235LA 160LA 1QUGA 1L38A 1C6AA 2OU0X 3NYAA 4W51A 1P56A 4ARMB 127LA 2CUUA 165LA 2HUMA 108LA 110LA 1ZWNA 2B6TA 240LA 1P7SA 109LA 6LZMA 2B73A 4I7OA 234LA 3SB9A 4I7TA 197LA 1LYHA 1P6YA 238LA 248LA 103LA 1L90A 3DN1A 1L22A 219LA 2OTYX 114LA 1L08A 1L77A 2LZMA 3HH3A 4EKSA 1L85A 147LA 2RBRA 1L53A 3GUKA 3HWLA 3C7ZA 3V2YA 3G3WA 3C8QA 1L94A 1CV5A 1CU0A 1G06A 1L60A 3HDFA 3HH4A 2B75A 1L07A 1L11A 1QS5A 1LGUA 1QSBA 1L50A 2F32A 1DYAA 1G0QA 1C60A 1CUPA 181LA 221LA 1LGXA 1PQKA 1L37A 2B70A 173LA 220LA 4YX7C 4E97A 3SB7A 140LA 4PK0A 170LA 1L71A 176LA 1L84A 1L69A 3GUMA 3L64A 232LA 2A4TA 214LA 1TLAA 1L76A 141LA 2RB0X 4AQNA 161LA 200LA 4W52A 1LYFA 1L09A 3DN0A 4I7MA 245LA 1L27A 1DYEA 1L57A 3DN2A 3HTBA 1L93A 1NHBA 1L18A 4EPFA 171LA 164LA 1L30A 1P3NA 1L52A 3PDSA 1LW9A 3HUKA 3OE6A 1G1VA 1L19A 3HDEA 1L31A 253LA 2RB2X 3D4SA 145LA 4OO9A 241LA 137LA 3QAKA 3C7YA 1L17A 1PQOA 1LI6A 2F2QA 1L36A 3OE8A 1DYCA 1DYFA 1C61A 239LA 4I7PA 1CU3A 1L89A 1CUQA 2RBPA 1L34A 4EKRA 186LA 4I7JA 4W56A 3JR6A 4ARMA 1C66A 1ZYTA 174LA 1QTVA 1L56A 4I7SA 4W59A 2B72A 2QB0B 1C6IA 102LA 1OWYA 1OWZA 1L12A 1L45A 1T6HA 178LA 2B6ZA 5LZMA 2RH1A 3FI5A 125LA 1KY1A 1C6TA 1L10A 2IGCA 112LA 1L41A 175LA 166LA 211LA 1PQDA 3SB6A 188LA 1CU6A 2QARC 1L23A 4LZMA 123LA 129LA 180LA 1K28A 1L88A 1L95A 231LA 1QUDA 3PBLA 1L20A 1JTNA 1L86A 1KW7A 4ZPUA 1CV4A 3C8RA 1LYGA 143LA 4I7RA 2ANXA 196LA 1T97A 138LA 2OU9A 3C81A 1SWYA 1B6IA 2L78A 1L32A 1SWZA 195LA 2OTZX 2OEAX 1P46A 1KY0A 1SSWA 3F9LA 3SBBC 107LA 1L21A 1C64A 1L64A 1L99A 1L63A 1ZURA 1C6QA 1C6HA 1L46A 3DN8A 1L42A 1PQMA 1C6CA 4PJZA 1SX2A 3UONA 1L82A 1QUOA 237LA 1OYUA 250LA 1CX7A 1L29A 4I7LA 251LA 148LE 1L72A 1DYDA 1L80A 2RBSA 262LA 149LA 1LLHA 1P64A 1QUHA 1C62A 252LA 2OU8A 4EXMA 1OV5A 150LA 1L96A 4ARLA 1CTWA 1PQJA 1WTHA 1L67A 2OE9X 4S0WA 1CX6A 4ARQA 205LA 1L06A 3HU8A 4W53A 1D2WA 1QTCA 4LDLA 3CDTA 1LYDA 3C7WA 163LA 1L59A 119LA 1C6FA 3HT8A 3HT6A 162LA 3GUIA 4W54A 2O4WA 213LA 1QT5A 1QTHA 2B6YA 4DKLA 1G0JA 4DJHA 1KS3A 1L74A 1L91A 128LA 1C63A 1L05A 3HTDA 3GUOA 258LA 1C68A 1OV7A 126LA 4I7QA 228LA 1L24A 1C69A 4LDOA 4YXAC 3C80A 3C83A 3NY9A 4ARJA 198LA 242LA 1T8GA 1I6SA 3DKEX 255LA 3G3VA 1QT6A 104LA 3CDVA 1L47A 3C8SA 2RAYX 3HU9A 4W58A 2OE4X 2B6XA 1G0KA 2RBNA 236LA 1D3NA 3K2RA 151LA 5I14A 243LA 1L02A 155LA 1CVKA 3HH5A 1L03A 4K5YA 3VW7A 1C6JA 3HT7A 226LA 1L28A 1XEPA 184LA 247LA 254LA 3CDRA 246LA 3HUAA 1L14A 4EKQA 1QTBA 158LA 210LA 1CV0A 3DNAA 1L98A 3C82A 157LA 3RUNA 2NTHA 1L66A 3FA0A 2B7XA 227LA 1OVKA 1L68A 191LA 1L58A 1P5CA 3OE9A 4W57A 217LA 3CDOA 131LA 2Q9EA 3DN4A 2LC9A 1L04A 1L35A 1OVJA 3FADA 146LA 1LWKA 1CU2A 212LA 225LA 3EMLA 1QSQA 218LA 118LA 4I7NA 1D2YA 169LA 4LDEA 3SB5A 139LA 3GUNA 190LA 2O7AA 1LYJA 1L97A 4ARPA 3HT9A 3GUPA 3SB8A 4DAJA 1QT7A 3F8VA 1QT3A 189LA 122LA 3G3XA 120LA 223LA 3ODUA 1L83A 2OE7X 3DMXA 1L26A 3CDQA 159LA 222LA 261LA 1JQUA 1L40A 113LA 1L0JA 1C65A 1L61A 259LA 168LA 1QTDA 4GBRB 1LGWA 1C6DA 1P36A 1L15A 182LA 1LYIA 187LA 216LA 4W55A 1L0KA 1DYBA 249LA 4I7KA 1G0LA 215LA 3V2WA 1C6BA 3RZEA 111LA 2RBOA 256LA 2F47A 1LWGA 2LCBA 1LPYA 1C6KA 1SX7A 206LA 230LA 4YXCA 2HUKA 1G07A 3L2XA 4EPIA 1QT4A 1C6LA 1PQIA 1C6EA 1DYGA 1C6PA 1L44A 1QS9A 260LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WG1A 3ZVQB 3LZMA 1L92A 4GN3A 1L25A 2RB1X 224LA 1SQ2L 4ARQB 177LA 5ILCA 1L49A 1CV1A 3HTFA 1GBYA 3CT5A 5B06A 244LA 4OWEA 3CT0A 1QT8A 1SSYA 1GE4A 1GXV2 4XJGA 1L81A 229LA 2A7FA 1OVHA 4G49A 1C6MA 2Q0MX 4PHIA 3TMUA 2BQMA 4PRQA 3ATOA 1NDMC 5B1FA 4CJ2A 185LA 1G0GA 1L65A 4PJ2C 5L3HA 130LA 142LA 1L43A 209LA 3WL2A 1P37A 1D3MA 2YBMA 1GBZA 233LA 3HH6A 1T8AA 1QSAA 4R0FA 1IP1A 1UIEA 1TEWA 4WM6A 4M6DA 4WG7A 2CUUA 165LA 1LOZA 4OW1A 2B6TA 1N4FA 1UIAA 4XJFA 4DT3A 4RLMA 4NIJA 4I7OA 1HF4A 1BB3A 1GF3A 1P6YA 238LA 1UCOA 4PRUA 2OTYX 3P65A 114LA 1L08A 1F6SA 1QTEA 2LZMA 4NGZA 3OJPA 4EKSA 1L85A 147LA 4DQ5A 1JWRA 5F16A 1LZ8A 3V2YA 3G3WA 3C8QA 2XBRA 2Z19A 1G06A 1L07A 4XENA 1GF4A 4GCCA 1BVKC 3ZVQA 1BWIA 4MR1A 2YBIA 4ZEEA 1IC4Y 1LZEA 1L37A 1GB2A 5DN4A 173LA 4YX7C 1GAZA 3N9EA 140LA 1GBWA 170LA 1L69A 1TLAA 5B1GA 1FLWA 141LA 2BQIA 1UIFA 1GPQC 161LA 4W52A 1LYFA 2Z2FA 1DYEA 1L57A 3HTBA 1L18A 1KXXA 1GFGA 171LA 4B49A 1H6MA 2MEIA 5L9JA 1IP3A 5LVIA 1LW9A 1WQNA 1L19A 1L31A 253LA 2RB2X 1P2CC 241LA 137LA 1L17A 1W08A 2YBHA 1LAAA 3A95A 5HMVA 1D0LA 5HQ1A 1DYFA 4CGEA 4NGJA 5IHGA 1C61A 239LA 1D0KA 4WLYA 1L89A 1L34A 4EKRA 3EXDA 186LA 1O23A 2F4GA 4I7JA 1ZYTA 174LA 2Z37A 4W59A 1VDTA 1GE2A 4NGKA 2QB0B 1C6IA 5KXOA 1OWZA 3QY4A 1LZGA 3B72A 3GXKA 3LYMA 4P2EA 1KY1A 3WU9A 1LZ9A 3AB6A 4WLTA 3EMSA 112LA 1PZYA 1OUHA 1LJKA 3T36A 2DQDY 188LA 1L23A 4ETDA 1NMMA 1JJ1A 2RSCA 1GD6A 3C8RA 1GE1A 143LA 1HERA 2ANXA 5I4YA 3AJNA 1L32A 1KY0A 1SSWA 4CFPA 2I25L 1C64A 2HU1A 4H91A 2YDGA 1FKQA 2YVBA 2ZILA 4GLVA 4J1BA 4II8A 1VDQA 3RT5X 5LINA 4LGKA 1L42A 1PQMA 1C6CA 5APDA 1HSXA 5DL9A 4UWNA 2XJWA 262LA 2FYDA 3WVXA 1P64A 4EXMA 1L96A 4ARLA 1WTHA 4UWUA 4S0WA 5KXNA 1D2WA 5LYZA 3CDTA 1LYDA 3C7WA 1C6FA 1QSWA 133LA 2B5ZA 4W54A 1KXWA 1LJJA 1QTHA 3WUNA 2B6YA 1NF5A 1XGPC 1D6PA 2ZQ3A 3CSZA 2WARA 5E9RA 3GUOA 1FKVA 4LT0A 1YQVY 1C68A 1OV7A 228LA 4YXAC 4ARJA 4XN6A 3CDVA 2GV0A 3OK0A 5LA8A 8LYZA 1G0KA 1BB5A 5F14A 194LA 1UIHA 243LA 3B0OA 155LA 1CVKA 2DQCY 4H1PA 2LYOA 184LA 4WM4A 1IOSA 4EKQA 210LA 4PPOA 2IHLA 3TXFA 3DNAA 3C82A 4NY5A 3W6EA 1G7LC 2B7XA 227LA 1WQOA 4OWBA 5LAGA 1L68A 1LZRA 4W57A 3CDOA 131LA 2Q9EA 1LCNA 5K7OA 1GF0A 1IOQA 212LA 2BLYA 4RDSA 4I7NA 169LA 153LA 3SB5A 4KL7A 3D3DA 4IATA 3GUNA 190LA 1LMNA 1L97A 1UUZC 4GCEA 4ZIXA 4DAJA 1QT3A 4FJRA 1L83A 2BQBA 1IO5A 1IWYA 261LA 1JQUA 1L40A 3GXRA 1WQRA 1GFTA 1FLQA 1L61A 3K3TA 2DQHY 4RW1A 5LVGA 4QEQA 2DBTA 187LA 1BB6A 4N8ZA 4W55A 4RLNA 5FSTA 4I7KA 1LSNA 1OUBA 5I53A 4H92A 4A7DA 4DQ7A 1LPYA 4AGAA 2LZ2A 2HUKA 1G07A 4D9ZA 1LSGA 4H9BA 3L2XA 1IP2A 5APEA 1C6LA 4TSCA 1C6EA 1WQMA 3LYZA 1LHJA 1IORA 5B59A 2MEDA 3HBHA 1HHLA 4OWAA 1B7MA 1L55A 4WMGA 1WQPA 5C6JA 3GUJA 2B74A 1L54A 3DN6A 1LYEA 2Z6BA 1QUSA 2NTGA 2O79A 1LHIA 1CV6A 1L13A 3DMZA 1JTOL 1L75A 1XJTA 1G0MA 2X0AA 1AZFA 1GFRA 5I4XA 4CFOA 1CJ7A 5KJ9A 4DDCA 4XJDA 1ZVYB 1HFZA 1L51A 2W1LA 1QTZA 5HNCA 3A91A 1CU5A 4NWHA 1D3JA 2DQFC 9LYZA 1GB8A 1GFJA 1L73A 1P2LA 4NHQA 1L01A 1IWZA 4B1AA 1L33A 201LA 1LSCA 1EQ5A 3A94A 4NGLA 1HEPA 2OU0X 3N9AA 4ARMB 5I5QA 2MECA 1C08C 2HUMA 1JJ0A 2NWDX 1B0DA 1C7PA 240LA 109LA 1WVUA 2HEBA 2ZYPA 3ZEKA 234LA 4EOFA 4I7TA 5I4WA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4WG1 A;  3ZVQ B;  3LZM A;  1L92 A;  4GN3 A;  1L25 A;  2RB1 X;  224L A;  1SQ2 L;  4ARQ B;  177L A;  5ILC A;  1L49 A;  1CV1 A;  3HTF A;  1GBY A;  3CT5 A;  5B06 A;  244L A;  4OWE A;  3CT0 A;  1QT8 A;  1SSY A;  1GE4 A;  1GXV 2;  4XJG A;  1L81 A;  229L A;  2A7F A;  1OVH A;  4G49 A;  1C6M A;  2Q0M X;  4PHI A;  3TMU A;  2BQM A;  4PRQ A;  3ATO A;  1NDM C;  5B1F A;  4CJ2 A;  185L A;  1G0G A;  1L65 A;  4PJ2 C;  5L3H A;  130L A;  142L A;  1L43 A;  209L A;  3WL2 A;  1P37 A;  1D3M A;  2YBM A;  1GBZ A;  233L A;  3HH6 A;  1T8A A;  1QSA A;  4R0F A;  1IP1 A;  1UIE A;  1TEW A;  4WM6 A;  4M6D A;  4WG7 A;  2CUU A;  165L A;  1LOZ A;  4OW1 A;  2B6T A;  1N4F A;  1UIA A;  4XJF A;  4DT3 A;  4RLM A;  4NIJ A;  4I7O A;  1HF4 A;  1BB3 A;  1GF3 A;  1P6Y A;  238L A;  1UCO A;  4PRU A;  2OTY X;  3P65 A;  114L A;  1L08 A;  1F6S A;  1QTE A;  2LZM A;  4NGZ A;  3OJP A;  4EKS A;  1L85 A;  147L A;  4DQ5 A;  1JWR A;  5F16 A;  1LZ8 A;  3V2Y A;  3G3W A;  3C8Q A;  2XBR A;  2Z19 A;  1G06 A;  1L07 A;  4XEN A;  1GF4 A;  4GCC A;  1BVK C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4WG1 A;  3ZVQ B;  3LZM A;  1L92 A;  4GN3 A;  1L25 A;  2RB1 X;  224L A;  1SQ2 L;  4ARQ B;  177L A;  5ILC A;  1L49 A;  1CV1 A;  3HTF A;  1GBY A;  3CT5 A;  5B06 A;  244L A;  4OWE A;  3CT0 A;  1QT8 A;  1SSY A;  1GE4 A;  1GXV 2;  4XJG A;  1L81 A;  229L A;  2A7F A;  1OVH A;  4G49 A;  1C6M A;  2Q0M X;  4PHI A;  3TMU A;  2BQM A;  4PRQ A;  3ATO A;  1NDM C;  5B1F A;  4CJ2 A;  185L A;  1G0G A;  1L65 A;  4PJ2 C;  5L3H A;  130L A;  142L A;  1L43 A;  209L A;  3WL2 A;  1P37 A;  1D3M A;  2YBM A;  1GBZ A;  233L A;  3HH6 A;  1T8A A;  1QSA A;  4R0F A;  1IP1 A;  1UIE A;  1TEW A;  4WM6 A;  4M6D A;  4WG7 A;  2CUU A;  165L A;  1LOZ A;  4OW1 A;  2B6T A;  1N4F A;  1UIA A;  4XJF A;  4DT3 A;  4RLM A;  4NIJ A;  4I7O A;  1HF4 A;  1BB3 A;  1GF3 A;  1P6Y A;  238L A;  1UCO A;  4PRU A;  2OTY X;  3P65 A;  114L A;  1L08 A;  1F6S A;  1QTE A;  2LZM A;  4NGZ A;  3OJP A;  4EKS A;  1L85 A;  147L A;  4DQ5 A;  1JWR A;  5F16 A;  1LZ8 A;  3V2Y A;  3G3W A;  3C8Q A;  2XBR A;  2Z19 A;  1G06 A;  1L07 A;  4XEN A;  1GF4 A;  4GCC A;  1BVK C; 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