1KY0A

Methionine core mutant of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKMKPVYDSMDAVRRAAMINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTMRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Multiple methionine substitutions are tolerated in T4 lysozyme and have coupled effects on folding and stability
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ky0A00
4I7RA 196LA 3GUNA 238LA 1G0MA 3OE9A 1PQIA 1L33A 1P46A 167LA 1L47A 1G0KA 3EMLA 4I7KA 1L0KA 4IAPA 1CV6A 1C6EA 2NTGA 1TLAA 3HU8A 1LI6A 1QTBA 3F9LA 1L90A 245LA 3JR6A 169LA 1QUOA 1L14A 3HUKA 1CU5A 1L02A 2LCBA 119LA 1QSBA 2RBSA 4LZMA 1CU6A 1L25A 4W52A 1L61A 2B6TA 3OE0A 1QTHA 1KW7A 1XEPA 255LA 2B6XA 1C65A 3HT8A 4W58A 4YXCA 1D3NA 174LA 1P56A 4GRVA 3SN6R 1CV5A 253LA 1L51A 1LYJA 3HH5A 243LA 2LZMA 2IGCA 3C82A 171LA 210LA 1L06A 4ARPA 3HU9A 129LA 1L86A 1QTZA 1ZURA 2B72A 1QS5A 2HUMA 1LI3A 1LW9A 1QT6A 1C64A 2RBRA 1L49A 180LA 1CV3A 1G06A 4OO9A 1C6LA 1L52A 257LA 241LA 1L97A 112LA 159LA 231LA 1D2YA 211LA 4YXAC 3L2XA 1L09A 223LA 141LA 251LA 2OEAX 2OTZX 1KW5A 1L04A 1P36A 1L41A 111LA 1T6HA 115LA 130LA 4DKLA 1C6AA 1L37A 1CU2A 1C62A 3C7ZA 1CTWA 2RAZX 3DN8A 1L85A 3OE8A 1QT4A 1L17A 3HUQA 176LA 1CV4A 4I7OA 3CDOA 2QB0B 4E97A 1L65A 3NY9A 114LA 4ZPUA 113LA 1CVKA 3SBAA 161LA 1SX2A 2OE7X 1L80A 1NHBA 236LA 3GUKA 3HT9A 2OE4X 3PDSA 2RB0X 230LA 2Z6BA 1L84A 1L59A 3DMZA 1QTCA 3SB6A 149LA 1L82A 1L79A 1CUQA 3C81A 1L29A 1L60A 1L05A 199LA 1CX7A 1XJUA 1C63A 1G0PA 1P6YA 1L28A 1L76A 1L50A 1L81A 1T8GA 147LA 4I7SA 256LA 146LA 1L56A 165LA 1L0JA 3DN0A 246LA 4DJHA 5LZMA 3NY8A 1L32A 3C80A 1L87A 217LA 4W57A 3C83A 1OVJA 2Q9EA 1L95A 1L91A 3CDTA 3GULA 3C8SA 3DMVA 4PJZA 1P5CA 3V2WA 1L48A 3HUAA 4EKSA 1XJTA 3SBBC 1WTHA 3L64A 214LA 1CU0A 3GUJA 3HT6A 1L73A 225LA 102LA 1KNIA 144LA 173LA 1L10A 4I7MA 4LDEA 1C69A 1LYIA 3GUMA 2O79A 1L22A 222LA 213LA 109LA 1L19A 1I6SA 200LA 2ANXA 1L74A 235LA 3LZMA 1L53A 1L45A 1C60A 3HT7A 4I7NA 3RZEA 261LA 1L07A 1L00A 108LA 3DN1A 163LA 110LA 1LYFA 1P2RA 262LA 1C6BA 3HTDA 201LA 1P7SA 1PQJA 184LA 1L30A 2LC9A 1CV0A 2A4TA 186LA 4W55A 1C6FA 2B75A 1ZWNA 4DAJA 1L93A 1C6HA 190LA 2RBQA 1B6IA 212LA 3DN6A 1OV7A 148LE 4ARLA 1L98A 4ARQA 1L46A 2HULA 1L40A 162LA 1G0JA 3V2YA 1L11A 1L24A 187LA 1ZYTA 4PK0A 197LA 168LA 183LA 1K28A 1C6NA 1C68A 1QT3A 4EPFA 1L13A 1PQMA 1KY1A 2B73A 3GUPA 3DNAA 216LA 1L67A 160LA 232LA 1L31A 1L92A 1L77A 1L20A 122LA 3DN2A 2L78A 2F2QA 104LA 3HDFA 1JTMA 3F8VA 1L63A 1D3MA 3G3XA 2B6YA 1SWYA 1QT7A 138LA 3HH4A 166LA 1L36A 3HH6A 3RUNA 249LA 3C8RA 143LA 1L69A 1L35A 1EPYA 1QSQA 250LA 1LWGA 1L66A 185LA 1G0GA 2O4WA 1L34A 1LYGA 4I7LA 145LA 3FADA 1DYGA 1L71A 139LA 1L96A 1L39A 2B74A 2OU0X 1C6PA 1L54A 103LA 2F47A 156LA 233LA 1LYHA 2B6ZA 158LA 4W59A 6LZMA 234LA 150LA 2RAYX 221LA 1QUHA 3G3VA 2OU9A 1LWKA 3UONA 3SB7A 1DYBA 1T8FA 228LA 1P37A 1G1WA 170LA 151LA 1C61A 4I7PA 4EPIA 2F32A 1PQOA 1P64A 1L58A 1QTDA 2OU8A 4EKRA 3PBLA 3C7YA 1L94A 1LPYA 4EXMA 2OTYX 229LA 1L75A 1QUGA 220LA 1L27A 4K5YA 128LA 4EKPA 1C6QA 1L08A 3SB9A 1T97A 1QUDA 1OWZA 2RB2X 126LA 1LYEA 1L01A 209LA 244LA 191LA 3CDQA 3C8QA 1DYFA 3CDVA 189LA 1OYUA 1C6JA 3HWLA 2O7AA 1PQKA 4ARMA 206LA 2B7XA 240LA 2QARC 1L72A 1L70A 4W53A 1L12A 2B70A 1L44A 127LA 107LA 4AQNA 1L18A 1D3JA 239LA 192LA 2RBPA 1QTVA 3CDRA 5I14A 1KS3A 198LA 252LA 4W56A 1C6KA 254LA 1QS9A 1L57A 247LA 140LA 1P3NA 1C6CA 1C67A 1OVKA 4ARMB 2HUKA 3HH3A 1L62A 177LA 1L03A 7LZMA 1G07A 2RH1A 1L42A 237LA 3GUOA 1L26A 1QT8A 1L23A 3VW7A 142LA 4I7JA 4LDOA 1L88A 1L43A 1L83A 1JTNA 3HTFA 1JQUA 260LA 1LI2A 2RBNA 1D9WA 1CU3A 2B6WA 1G1VA 4W54A 1DYEA 215LA 137LA 4ARQB 155LA 157LA 1L38A 1CV1A 218LA 2Q9DA 172LA 3DN4A 1LGWA 164LA 1SWZA 1C6DA 1L68A 4EJ4A 3FA0A 125LA 4I7TA 1SX7A 248LA 1C6TA 182LA 1D2WA 1G0LA 3OE6A 1KY0A 3QAKA 4S0WA 259LA 1DYAA 1C6IA 1P2LA 3NYAA 188LA 226LA 4YX7C 1LLHA 123LA 1LGUA 258LA 1L99A 4LDLA 2RBOA 3HDEA 131LA 205LA 1SSWA 1C66A 1DYDA 4ARJA 195LA 1LYDA 1OWYA 1L55A 3DMXA 1SSYA 2NTHA 224LA 152LA 2CUUA 1D3FA 175LA 242LA 118LA 1LGXA 2ANVA 3SB8A 1G0QA 1L21A 3K2RA 3GUIA 1L89A 1T8AA 1OV5A 1C6GA 3FI5A 219LA 1PQDA 3ODUA 1CUPA 1DYCA 4W51A 181LA 1QT5A 4I7QA 3C7WA 1L15A 3HTGA 3DN3A 3SB5A 2OE9X 2RB1X 1CX6A 3DKEX 3HTBA 178LA 4GBRB 120LA 1OVHA 3G3WA 1L16A 227LA 1L64A 4EKQA 1C6MA 3D4SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IWVA 1IOTA 1PQIA 4C5FA 3EMLA 1FLYA 1L0KA 1GBXA 2F4GA 4H1PA 1BVXA 1TLAA 1UIAA 1B7RA 1LI6A 2Z12A 1L90A 1LSPA 6LYTA 3CT0A 3HUKA 1CU5A 2LCBA 119LA 4LZMA 1N4FA 4N1CC 1LZDA 1NBYC 1VDSA 3OE0A 1QTHA 5E9RA 1ZVYB 1LHLA 4H9IA 5F14A 2FBDA 3CSRA 4LYOA 1AM7A 1GE0A 1BB3A 5ILFA 1QTZA 132LA 1ZURA 1QS5A 1LI3A 4LYCA 1BB5A 1L49A 4DYGA 3AW7A 1BVKC 1KIPC 2HEFA 4AGAA 1L09A 1B7MA 2BQLA 3J4GA 3AZ5A 2W1XA 2OEAX 4NGLA 1B5YA 1L41A 1IOQA 4XJIA 2BQFA 1T6HA 4J1BA 1TDYA 2H5ZA 1TAYA 3M18B 2F2NA 4XYYA 4WL6A 5B1FA 1C10A 4XN6A 3B0IA 5C6LA 1KXWA 1LAAA 1L17A 4LFXA 4PGJB 2QB0B 4E97A 1L65A 4ZPUA 113LA 5KXLA 3SBAA 1QSAA 2DQEY 3B6LA 1UIDA 1IOCA 4EOFA 3GUKA 1GEZA 1LSEA 3N9AA 230LA 2YBMA 3SB6A 149LA 1WTNA 1DI3A 1L82A 3CT5A 1L29A 5I4WA 1C63A 1P6YA 5LINA 1OUCA 1GB0A 147LA 4CFOA 1CJ6A 1L0JA 3CSQA 3DN0A 3A96A 1TCYA 3BKVA 4N9RA 1GF6A 1OP9B 5KXKA 1L87A 1LSBA 1BQLY 2I26L 3HUAA 3HT6A 4CFPA 144LA 4I7MA 2C8PA 1C69A 2DQHY 2HU1A 4IJ4A 1YQVY 222LA 3W6DA 1L19A 200LA 2ANXA 1LJJA 1L74A 5I4YA 2VB1A 3OK0A 3WUNA 2DBTA 1C60A 3HT7A 2CGIA 5A3EA 108LA 1F0WA 1GFTA 4B4EA 2YVBA 1GFUA 2D4KA 3N9CA 4KL7A 4GCCA 1P7SA 1PQJA 4HSFA 4I0CA 5DL9A 4OWEA 186LA 1C6FA 3TMWA 1LZAA 3AZ7A 1ZWNA 1DQJC 1C6HA 1D6QA 2RBQA 212LA 1IP7A 4ARLA 3RU5A 1ZYTA 187LA 3P65A 1K28A 1C6NA 4WM5A 5FSTA 1PQMA 1GFVA 1OUJA 1ZVHL 232LA 4NGYA 1YAOA 2HEBA 1JTMA 3F8VA 1HMKA 2B6YA 2LYOA 4TX7A 2LYZA 3HH4A 166LA 1IR7A 1L36A 2BAAA 3HH6A 249LA 3C8RA 1FBIX 1L69A 1IP4A 1QSQA 1NWGA 185LA 1G0GA 5DN5A 145LA 1J1XY 1FKQA 1L96A 1C6PA 1L54A 103LA 2F47A 4NY5A 5LVHA 4W59A 6LZMA 2EPEA 1QUHA 4TWSA 154LA 1QQYA 4Z41A 3B0OA 170LA 151LA 1C61A 4I7PA 1LYYA 1PQOA 1P64A 3G3AB 3C7YA 2BQAA 5D5CA 229LA 2FYDA 3WW5A 4H8XA 1L27A 4PRUA 4K5YA 128LA 4NGZA 1C6QA 1L08A 2BPUA 3SB9A 1QUDA 1GBOA 126LA 1LYEA 4CJ2A 244LA 2DQDY 3CDQA 3C8QA 1C08C 1LHIA 5C6IA 3CDVA 1OYUA 2BQIA 3WU9A 1JHLA 1ZV5L 2O7AA 1JKDA 1PQKA 1B5VA 1HERA 4HV1A 1LZCA 1DI4A 1LSZA 4ETEA 2MEDA 4B4IA 1C43A 4AQNA 1XSFA 2YBLA 2ZIJA 3P64A 5I14A 1KS3A 4W56A 1CNSA 5IHGA 1QS9A 140LA 5KXNA 1C67A 1HELA 1OVKA 1VEDA 1LCNA 3HH3A 1L62A 4WOAA 7LZMA 5LA5A 2RH1A 1ZMYL 1L42A 3AZ6A 1L88A 1IC5Y 1L43A 1GD6A 1YKYX 4ETBA 4W54A 1DYEA 215LA 2Z18A 4ARQB 157LA 1IIZA 2Q9DA 1CV1A 1L38A 1LZSA 1YAQA 4HTQA 5F81A 172LA 1GDWA 3DN4A 1EL1A 1GF3A 1LGWA 4CGEA 1SWZA 4DD0A 4EJ4A 1UIGA 3FE0A 125LA 1JTTL 1YIKA 4I7TA 5KXSA 5KKIA 1SX7A 1C6TA 3P68A 5B05A 2N5ZA 5LA8A 2DQCY 4N8ZA 4ZEEA 3D9AC 1Z55A 4RLNA 1DI5A 1LLHA 1C46A 1RI8B 2DQGY 1L99A 1LSYA 4LDLA 2RBOA 3HDEA 131LA 4UWVA 4ARJA 1G7HC 195LA 8LYZA 1AKIA 3ATNA 1BB7A 1SSYA 2NTHA 224LA 152LA 5I53A 175LA 3AZ4A 4B49A 1GXXA 1I1ZA 1NDGC 3MGWA 1G0QA 3K2RA 3ZVQA 3GUIA 4EMNA 2RSCA 2D4JA 3FI5A 3HBHA 1QT5A 1HFXA 3HTGA 3DN3A 4LYZA 3P4ZA 4H9EA 1OVHA 1L16A 4EKQA 1GEVA 1OUFA 1GF7A 1GFHA 3EBAB 4NHQA 1G0MA 1JSFA 1LHKA 3OE9A 1G0KA 4OOOA 1J1PY 4H93A 4I7KA 3E3DA 1CV6A 2NTGA 245LA 3A6BY 3JR6A 169LA 1L14A 5KXTA 2BQJA 2LHMA 4W52A 3GXRA 1C45A 4IASA 1C65A 4W58A 1EQEA 1D3NA 2YBNA 1AZFA 4J0LA 1HEQA 4DDBA 1L51A 3HH5A 1XFPL 243LA 2HEEA 2ZYPA 2DQFC 2LZMA 1LYOA 2IGCA 2Q0MX 3HU9A 129LA 2B72A 2LYMA 1YILA 3WVYA 1LW9A 1OUIA 5KXPA 1QT6A 1MLCE 5APFA 1REYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IWV A;  1IOT A;  1PQI A;  4C5F A;  3EML A;  1FLY A;  1L0K A;  1GBX A;  2F4G A;  4H1P A;  1BVX A;  1TLA A;  1UIA A;  1B7R A;  1LI6 A;  2Z12 A;  1L90 A;  1LSP A;  6LYT A;  3CT0 A;  3HUK A;  1CU5 A;  2LCB A;  119L A;  4LZM A;  1N4F A;  4N1C C;  1LZD A;  1NBY C;  1VDS A;  3OE0 A;  1QTH A;  5E9R A;  1ZVY B;  1LHL A;  4H9I A;  5F14 A;  2FBD A;  3CSR A;  4LYO A;  1AM7 A;  1GE0 A;  1BB3 A;  5ILF A;  1QTZ A;  132L A;  1ZUR A;  1QS5 A;  1LI3 A;  4LYC A;  1BB5 A;  1L49 A;  4DYG A;  3AW7 A;  1BVK C;  1KIP C;  2HEF A;  4AGA A;  1L09 A;  1B7M A;  2BQL A;  3J4G A;  3AZ5 A;  2W1X A;  2OEA X;  4NGL A;  1B5Y A;  1L41 A;  1IOQ A;  4XJI A;  2BQF A;  1T6H A;  4J1B A;  1TDY A;  2H5Z A;  1TAY A;  3M18 B;  2F2N A;  4XYY A;  4WL6 A;  5B1F A;  1C10 A;  4XN6 A;  3B0I A;  5C6L A;  1KXW A;  1LAA A;  1L17 A;  4LFX A;  4PGJ B;  2QB0 B;  4E97 A;  1L65 A;  4ZPU A;  113L A;  5KXL A;  3SBA A;  1QSA A;  2DQE Y;  3B6L A;  1UID A;  1IOC A;  4EOF A;  3GUK A;  1GEZ A;  1LSE A;  3N9A A;  230L A;  2YBM A;  3SB6 A;  149L A;  1WTN A;  1DI3 A;  1L82 A;  3CT5 A;  1L29 A;  5I4W A;  1C63 A;  1P6Y A;  5LIN A;  1OUC A;  1GB0 A;  147L A;  4CFO A;  1CJ6 A;  1L0J A;  3CSQ A;  3DN0 A;  3A96 A;  1TCY A;  3BKV A;  4N9R A;  1GF6 A;  1OP9 B;  5KXK A;  1L87 A;  1LSB A;  1BQL Y;  2I26 L;  3HUA A;  3HT6 A;  4CFP A;  144L A;  4I7M A;  2C8P A;  1C69 A;  2DQH Y;  2HU1 A;  4IJ4 A;  1YQV Y;  222L A;  3W6D A;  1L19 A;  200L A;  2ANX A;  1LJJ A;  1L74 A;  5I4Y A;  2VB1 A;  3OK0 A;  3WUN A;  2DBT A;  1C60 A;  3HT7 A;  2CGI A;  5A3E A;  108L A;  1F0W A;  1GFT A;  4B4E A;  2YVB A;  1GFU A;  2D4K A;  3N9C A;  4KL7 A;  4GCC A;  1P7S A;  1PQJ A;  4HSF A;  4I0C A;  5DL9 A;  4OWE A;  186L A;  1C6F A;  3TMW A;  1LZA A;  3AZ7 A;  1ZWN A;  1DQJ C;  1C6H A;  1D6Q A;  2RBQ A;  212L A;  1IP7 A;  4ARL A;  3RU5 A;  1ZYT A;  187L A;  3P65 A;  1K28 A;  1C6N A;  4WM5 A;  5FST A;  1PQM A;  1GFV A;  1OUJ A;  1ZVH L;  232L A;  4NGY A;  1YAO A;  2HEB A;  1JTM A;  3F8V A;  1HMK A;  2B6Y A;  2LYO A;  4TX7 A;  2LYZ A;  3HH4 A;  166L A;  1IR7 A;  1L36 A;  2BAA A;  3HH6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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