1LYEA

Dissection of helix capping in t4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at thr 59
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVIVKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Dissection of helix capping in T4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at Thr 59.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lyeA00
3G3VA 229LA 256LA 225LA 1OWYA 3SB9A 3OE6A 1B6IA 3DN6A 140LA 1P56A 3GULA 5LZMA 2OTZX 3FA0A 1C6HA 1DYCA 180LA 188LA 1KW7A 4OO9A 4DAJA 1C67A 103LA 1SWYA 1DYGA 184LA 187LA 1L40A 1L98A 191LA 1QT4A 1C6BA 212LA 109LA 4EKQA 3HU8A 1L39A 131LA 1L99A 159LA 2OU9A 3DNAA 2B72A 4PK0A 254LA 3HWLA 1C6LA 249LA 244LA 262LA 1KY0A 3C7YA 1C6EA 1C65A 1JTNA 1L84A 1C62A 3C80A 1C6NA 1CUQA 251LA 1L00A 3C7ZA 177LA 1L82A 150LA 2RBRA 4K5YA 1L46A 1L73A 1L80A 1L56A 1C6GA 1L88A 1CV5A 1LI2A 158LA 199LA 1L04A 2B70A 190LA 151LA 125LA 217LA 2RBOA 1G0MA 1K28A 1P3NA 2HULA 3SN6R 138LA 1L94A 1LI3A 259LA 3HT6A 3V2WA 4I7TA 1L41A 4IAPA 3CDTA 1CU6A 112LA 1L66A 1G0QA 192LA 3GUIA 2B7XA 4GRVA 1C6QA 171LA 1L71A 1KNIA 241LA 1L12A 1NHBA 227LA 1C6TA 1L59A 3G3WA 1LYFA 2LZMA 176LA 1QUOA 1C69A 198LA 1LGXA 186LA 4E97A 107LA 4ARQB 3SB8A 1G1WA 3HUAA 260LA 1L50A 2OE4X 1C6PA 141LA 3SB5A 1OVJA 145LA 1CU0A 218LA 219LA 1LI6A 3DN1A 4ARLA 233LA 1LGWA 1L52A 1G0KA 1C66A 1QTBA 3RUNA 232LA 240LA 3FI5A 1QUDA 4I7PA 1KS3A 2B6ZA 2QARC 4I7SA 1C61A 3HT9A 1L70A 1ZYTA 4W56A 147LA 1SX2A 2B6TA 157LA 1C6MA 104LA 1C6DA 1XJTA 205LA 1LGUA 1L0JA 1L48A 1L32A 209LA 1C60A 243LA 4EJ4A 1L90A 1G1VA 3SB6A 211LA 1DYDA 2B6YA 1L43A 1KW5A 7LZMA 1QSBA 4W57A 3C7WA 185LA 1PQMA 1L27A 2RB2X 253LA 2F2QA 1L33A 1L10A 2O79A 4ARMB 195LA 1L58A 1D2WA 113LA 1C6KA 1LYJA 3DN2A 1L62A 3NYAA 4EKSA 1P37A 137LA 146LA 1L42A 1QUHA 1QTZA 210LA 3PDSA 4I7LA 3EMLA 3F9LA 1L55A 1L34A 2F32A 1C68A 1L29A 4DJHA 2RBPA 1L28A 4W52A 1C64A 2RB1X 1L49A 4I7NA 226LA 143LA 4PJZA 3HUKA 168LA 1DYFA 1L05A 1QSQA 3GUPA 102LA 1L09A 1LYHA 1CV6A 1L93A 1QS9A 3PBLA 110LA 1G07A 174LA 1L57A 3GUMA 1L25A 1P2RA 1QS5A 235LA 1CX6A 1L47A 1OV5A 160LA 1L53A 231LA 129LA 1CU5A 1L72A 1CX7A 3HUQA 163LA 2B74A 1CU2A 4ARJA 258LA 1L75A 1P6YA 3QAKA 1LPYA 1G0JA 1C6CA 170LA 1QTHA 167LA 3ODUA 1L26A 1L03A 2HUMA 1QTCA 2Q9DA 4EXMA 2CUUA 173LA 1QT3A 128LA 169LA 1OYUA 1L86A 1OV7A 1OVKA 161LA 115LA 1L95A 1L11A 1LWKA 1JQUA 3L2XA 189LA 1L79A 228LA 1L08A 220LA 255LA 3L64A 130LA 5I14A 1DYEA 2LC9A 2RAZX 3C81A 119LA 1L68A 1QT5A 2B6WA 4LZMA 3DMXA 4W54A 3HTDA 1T8FA 3SB7A 4I7RA 1CV3A 120LA 1LLHA 183LA 1P5CA 1G06A 3OE9A 234LA 1T6HA 1LYEA 3V2YA 3HH5A 3HTFA 2RBQA 3F8VA 1L91A 1C6AA 1L01A 1T97A 1P2LA 252LA 1D9WA 2B75A 3HT7A 1G0LA 206LA 1TLAA 245LA 4ARPA 223LA 152LA 3FADA 1L36A 1L54A 1ZURA 3NY8A 242LA 4EPIA 1QTDA 3D4SA 1OVHA 3DN0A 4W58A 1L63A 1C63A 3K2RA 1L30A 4EKPA 3HT8A 142LA 114LA 261LA 2RB0X 1P64A 1SSWA 3G3XA 3JR6A 2RH1A 4W59A 2OU0X 1L06A 1L96A 3DKEX 1L60A 1D3MA 1L18A 166LA 1L67A 2B73A 3C83A 3HTBA 3HH3A 1L61A 196LA 3DMVA 1LYDA 1CV4A 3RZEA 2OEAX 2OU8A 156LA 1L44A 200LA 3DN8A 2ANXA 4GBRB 2B6XA 3C8QA 1P7SA 1LYIA 2RBSA 1DYBA 3HTGA 149LA 1CV0A 4W51A 3HDFA 3DMZA 3VW7A 175LA 1L23A 2OTYX 1CVKA 1L22A 1L81A 2L78A 1SSYA 3HH4A 216LA 3CDOA 224LA 1D3JA 3C82A 1PQJA 3HH6A 1L74A 3SBBC 118LA 2QB0B 222LA 246LA 1G0GA 1L16A 1C6IA 1SX7A 1L51A 3GUJA 4LDLA 2IGCA 3DN4A 250LA 1P46A 1QT6A 213LA 3GUNA 1L69A 4EKRA 1PQKA 1C6FA 1QT7A 1CU3A 1L85A 248LA 1QUGA 1XEPA 1EPYA 1PQIA 3UONA 2NTHA 1L19A 3CDQA 1SWZA 4DKLA 1PQDA 1L24A 1L64A 162LA 247LA 3OE8A 4I7KA 1L0KA 1P36A 215LA 4I7OA 4YXAC 214LA 4ARMA 3GUKA 2A4TA 1T8AA 4AQNA 2LCBA 3CDRA 164LA 4LDOA 1L13A 4S0WA 2ANVA 123LA 2Z6BA 165LA 3NY9A 3OE0A 1L20A 4I7JA 4ZPUA 2HUKA 1LWGA 172LA 1L02A 1DYAA 1LW9A 148LE 1T8GA 4I7MA 4EPFA 6LZMA 3HDEA 1OWZA 201LA 1L45A 239LA 2OE7X 1CV1A 1CUPA 1G0PA 1L17A 236LA 3GUOA 2RBNA 1KY1A 1D2YA 1L21A 1L07A 1L14A 2OE9X 1QTVA 1L31A 1I6SA 1L35A 4W55A 155LA 144LA 2F47A 1D3NA 1LYGA 108LA 1XJUA 111LA 1QT8A 197LA 4W53A 230LA 1L65A 2O4WA 178LA 139LA 127LA 1L37A 4LDEA 238LA 1L92A 2O7AA 3DN3A 126LA 257LA 181LA 221LA 1C6JA 3CDVA 1ZWNA 1PQOA 122LA 237LA 1CTWA 1L77A 2Q9EA 1L87A 1L89A 3SBAA 1L76A 3C8RA 1D3FA 2NTGA 182LA 4YXCA 1L97A 1L38A 3LZMA 3HU9A 4YX7C 1JTMA 1L83A 4I7QA 4ARQA 2RAYX 3C8SA 1WTHA 1L15A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H8XA 1GDWA 1YAMA 1P56A 3RNXA 4J1BA 5LZMA 5L3HA 5B1FA 1DYCA 180LA 4DAJA 1AZFA 1T6VL 5KXSA 1D9UA 4N1EI 1LSNA 2F2NA 1IWVA 3EBAB 1I1ZA 2OU9A 3DNAA 3LZTA 1C65A 1JKCA 1IORA 1B5WA 1ZVHL 1LZTA 4K5YA 1L46A 4DD9A 4G4CA 5EBHA 1L73A 1YAOA 1L56A 1B5ZA 2YDGA 1LOZA 2BQJA 1CV5A 1IP3A 158LA 1DI5A 1LJKA 151LA 217LA 1G0MA 1K28A 3SN6R 3TXGA 2BQFA 1LMAA 4YEOA 4IAPA 4CGEA 1J1XY 1G0QA 3GUIA 4YENA 1C6QA 1WVVA 1L71A 4BADA 2ZWBA 4PHIA 1VEDA 2B5ZA 2LZMA 176LA 4RW1A 1NKHA 1QUOA 1DKJA 198LA 186LA 4ARQB 1G1WA 4Z3MA 1C6PA 141LA 145LA 4RDSA 1IVMA 1LI6A 1GEVA 1TBYA 4ARLA 1BWJA 1C66A 4NGIA 1UIFA 240LA 1KS3A 1C61A 1WQNA 1GHLA 1XFPL 3CSZA 1C6DA 1IC4Y 205LA 243LA 4RW2A 3T6UA 1JISA 1G1VA 3SB6A 2HEEA 1L43A 2HU3A 1REZA 5IELA 194LA 1L27A 3A95A 4XYYA 5I4XA 1L10A 1IR8A 195LA 1GF3A 1LHKA 1L58A 1JEFA 1L62A 4EKSA 1B7RA 1P37A 3A34A 1V7SA 1BB4A 4NHIA 4NFVA 3W6AA 3PDSA 135LA 1NDMC 1OUEA 1L55A 3WPKA 208LA 1LKSA 1WQPA 2G4NA 1L28A 1UIBA 4W52A 4H90A 4EMNA 1LZ5A 143LA 1OUAA 2ZQ4A 168LA 4XJFA 3OK0A 1DYFA 2DKVA 1QSQA 4W96A 1FLUA 2DQHY 1L09A 1LYHA 1CV6A 1L93A 1QQYA 4G4BA 1LSAA 1LYOA 3FI7A 1L53A 2BAAA 4J7VA 1TCYA 163LA 2B74A 3P65A 4OWBA 1CU2A 1YKXX 1L75A 1GWDA 2MEIA 4GCEA 2EPEA 1G0JA 4NSGA 2CDSA 3WUNA 3ODUA 2Q9DA 4EXMA 3A94A 173LA 1QT3A 3AZ6A 1EQ4A 1GBOA 1OVKA 1L95A 1LWKA 1L79A 228LA 130LA 5KXRA 119LA 1L68A 2B6WA 1IP2A 3HTDA 4I7RA 1UC0A 1CJ8A 1WQRA 1IEEA 4P2EA 1HC0A 1LKRA 1G06A 4AGAA 4R0FA 1JKAA 5DN5A 3V2YA 1C6AA 5HMJA 4NGWA 3FADA 152LA 2LYMA 1L54A 2I26L 1OUGA 5LYZA 1HHLA 5ILFA 2N5ZA 4U3XB 1EL1A 1LJNA 1L30A 3CT5A 1LSFA 142LA 3VWOA 2VB1A 3N9AA 1JKDA 1L06A 1L18A 166LA 2B73A 3C83A 1QTKA 3HTBA 1XGRC 3DMVA 156LA 1C10A 1MLCE 3DN8A 4D9ZA 2HEAA 2ANXA 1LSDA 1P7SA 4OWEA 3CSRA 1LSGA 3HTGA 5FSTA 2MEEA 1NDGC 1SLYA 1UICA 4W51A 3HDFA 1HEQA 1ZVYB 5KXXA 4L41A 1LZCA 1CVKA 1AT5A 134LA 216LA 224LA 3W6FA 3C82A 3SBBC 4GN3A 1UBZA 5KXLA 3WU7A 4LT1A 1F10A 1L51A 1LMOA 5LAGA 4A7DA 4LYMA 4DQ5A 4LT3A 1QT6A 4MCKA 3GXRA 5LVHA 1PQKA 1C6FA 4NSIA 4TUNA 2BQDA 1L19A 5HQ1A 2BQMA 1GB8A 1IY4A 1PQDA 162LA 3OE8A 1LHLA 1FBIX 1TAYA 4UWNA 4I7OA 2BQOA 4XJIA 4KXIA 4OW1A 2A4TA 4HSFA 1W08A 4PPOA 1GB0A 2XQOA 3P64A 1BWHA 1V7TA 1IWWA 1NQIA 165LA 3WYHA 3AW7A 1LWGA 1LYYA 1DXJA 3WW6A 1AM7A 172LA 148LE 4I7MA 4EPFA 5B59A 3AZ7A 1EQEA 2Z2FA 4CJ2A 4H8ZA 1L17A 3GUOA 1KY1A 1JWRA 1D2YA 1GD6A 1HF4A 3HBEX 1L07A 4NHQA 2I6ZA 1H6MA 1LMCA 1VDTA 1N4FA 1L35A 3QNGA 1D3NA 197LA 4KT3A 1KIQC 178LA 127LA 1OP9B 4LDEA 1NBYC 2O7AA 4B4IA 1KXWA 126LA 257LA 1NMMA 181LA 221LA 1ZWNA 2HEFA 5B07A 1L87A 3ATOA 5I53A 4GCBA 3C8RA 1D3FA 4NY5A 182LA 1UA6Y 1LAAA 1L97A 1TDYA 5L3IA 1YILA 1UIGA 4H1PA 3G3VA 1NBZC 229LA 1FLWA 1JHLA 1IOTA 3P4ZA 140LA 1GBXA 2D4JA 5LVGA 1LZ4A 3FA0A 2BQGA 4OO9A 1GB6A 1B7QA 1C67A 1HFZA 1B7OA 1F6RA 4LGKA 1W6ZA 3WULA 4DYGA 2HTXA 3A3QA 4LT0A 2Y8PA 2HEBA 1BQLY 1RJCB 1LMQA 1HEOA 244LA 262LA 1KY0A 1C6EA 1IOSA 1L84A 3HBHA 1CKGA 4ET8A 4NGKA 4NHPA 1L00A 3C7ZA 4WO9A 5ILCA 1QDTA 3EXDA 1B0DA 1C6GA 1GBSA 1LI2A 132LA 2ZIJA 1L04A 1C08C 2B70A 1G7IC 259LA 2H9KA 2XBRA 1L66A 4J1AA 4GRVA 1HEPA 1VDPA 1WTNA 1L12A 227LA 4NGZA 4TWSA 1L59A 1GBWA 4EOFA 1ALCA 1C69A 4E97A 107LA 3HFMY 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4H8X A;  1GDW A;  1YAM A;  1P56 A;  3RNX A;  4J1B A;  5LZM A;  5L3H A;  5B1F A;  1DYC A;  180L A;  4DAJ A;  1AZF A;  1T6V L;  5KXS A;  1D9U A;  4N1E I;  1LSN A;  2F2N A;  1IWV A;  3EBA B;  1I1Z A;  2OU9 A;  3DNA A;  3LZT A;  1C65 A;  1JKC A;  1IOR A;  1B5W A;  1ZVH L;  1LZT A;  4K5Y A;  1L46 A;  4DD9 A;  4G4C A;  5EBH A;  1L73 A;  1YAO A;  1L56 A;  1B5Z A;  2YDG A;  1LOZ A;  2BQJ A;  1CV5 A;  1IP3 A;  158L A;  1DI5 A;  1LJK A;  151L A;  217L A;  1G0M A;  1K28 A;  3SN6 R;  3TXG A;  2BQF A;  1LMA A;  4YEO A;  4IAP A;  4CGE A;  1J1X Y;  1G0Q A;  3GUI A;  4YEN A;  1C6Q A;  1WVV A;  1L71 A;  4BAD A;  2ZWB A;  4PHI A;  1VED A;  2B5Z A;  2LZM A;  176L A;  4RW1 A;  1NKH A;  1QUO A;  1DKJ A;  198L A;  186L A;  4ARQ B;  1G1W A;  4Z3M A;  1C6P A;  141L A;  145L A;  4RDS A;  1IVM A;  1LI6 A;  1GEV A;  1TBY A;  4ARL A;  1BWJ A;  1C66 A;  4NGI A;  1UIF A;  240L A;  1KS3 A;  1C61 A;  1WQN A;  1GHL A;  1XFP L;  3CSZ A;  1C6D A;  1IC4 Y;  205L A;  243L A;  4RW2 A;  3T6U A;  1JIS A;  1G1V A;  3SB6 A;  2HEE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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