1LYEA

Dissection of helix capping in t4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at thr 59
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVIVKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Dissection of helix capping in T4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at Thr 59.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lyeA00
3JR6A 1D2WA 210LA 261LA 228LA 1JQUA 195LA 1G0JA 2CUUA 4PJZA 242LA 4EKSA 1L77A 111LA 4ZPUA 4ARLA 219LA 4W51A 1L50A 1QUOA 4YX7C 4ARQA 1D3NA 130LA 139LA 1DYFA 161LA 1L28A 2RBSA 1T8GA 1L35A 3SN6R 2ANXA 1C6KA 3DN2A 2B74A 1L46A 4K5YA 1L93A 1SX7A 235LA 3C8SA 3OE0A 3UONA 1LYFA 1L41A 1L60A 191LA 1LYHA 2B6XA 138LA 2L78A 1L81A 2Z6BA 1LYJA 2RBOA 1QS9A 1ZURA 3V2WA 2NTGA 1L67A 246LA 1CX6A 3C8RA 3HT9A 2LZMA 3GUPA 1L07A 123LA 3OE6A 1L00A 1L56A 1CX7A 1C61A 1L26A 1LI6A 1C6GA 3SB6A 169LA 1CV4A 3GUOA 175LA 1L68A 187LA 3K2RA 1OV7A 1L09A 7LZMA 1C6IA 1L65A 1SSYA 4I7TA 4I7OA 1QT8A 1L39A 1QT6A 4I7NA 189LA 3HT7A 2O7AA 248LA 3DMVA 1QT4A 137LA 1L06A 3HT8A 119LA 1L97A 1L49A 1D3JA 1L14A 1C67A 4W56A 4W58A 2OE9X 2OE4X 4EKRA 1LYDA 1L89A 1G0MA 1QT3A 2OU9A 1L88A 1D2YA 2F32A 3GUJA 1G1VA 162LA 143LA 4GBRB 1L13A 4ARMA 3C7WA 1L79A 180LA 159LA 171LA 241LA 1C69A 1C64A 1L15A 1L37A 2F47A 1P5CA 209LA 1G0KA 3RUNA 3HH4A 3C8QA 1L04A 102LA 1C6AA 1C6PA 1L42A 1L21A 144LA 197LA 4I7SA 1P6YA 213LA 2OE7X 3CDQA 3SBAA 1WTHA 165LA 196LA 2RB1X 2HUMA 1XEPA 2B7XA 3NY8A 1C6LA 1L45A 3HH6A 1P2RA 108LA 1L19A 4W52A 2B6TA 1G0PA 1EPYA 1CTWA 2Q9EA 1C6BA 1C60A 1LGUA 3DN4A 1L62A 3C82A 1D9WA 3HTBA 214LA 232LA 1QTCA 1QSBA 1PQJA 3HH3A 4YXCA 2OTYX 5LZMA 2RBNA 1SWYA 110LA 2B75A 4EKPA 226LA 1C6JA 237LA 3GUNA 3NY9A 259LA 1P56A 1LGWA 192LA 1D3FA 1L63A 1L64A 1LYEA 3HTFA 2B6ZA 181LA 128LA 3DN3A 1XJUA 1LWGA 3CDVA 172LA 1L87A 1L11A 247LA 1QUGA 218LA 222LA 4I7JA 3QAKA 225LA 205LA 185LA 2LCBA 1LYGA 3EMLA 1L73A 3SB5A 1P2LA 1G0QA 3FA0A 1L54A 4IAPA 188LA 262LA 1XJTA 1L57A 2RB2X 2OU8A 3G3VA 174LA 1PQKA 4EPFA 236LA 1ZWNA 4W55A 1OV5A 3V2YA 1L61A 3C80A 3HWLA 1QTVA 206LA 1C6DA 140LA 1L58A 156LA 1SX2A 163LA 1L85A 1QTHA 4EKQA 1L80A 1L55A 1L92A 167LA 3C7YA 1B6IA 1L69A 1KY0A 3HDEA 1PQIA 1L36A 217LA 182LA 1L02A 1P37A 1C6CA 125LA 1C6FA 1L70A 1L18A 158LA 1L51A 149LA 3LZMA 3GUKA 2RAYX 3CDOA 1L40A 1QTDA 2OEAX 112LA 1DYAA 148LE 1LW9A 1L86A 114LA 2F2QA 3HT6A 3HUKA 1DYDA 1QTZA 2B6YA 2QB0B 3HTGA 215LA 122LA 250LA 3HU8A 1CU3A 3HU9A 104LA 1OVJA 155LA 178LA 230LA 239LA 3CDRA 2OU0X 113LA 1L16A 1PQDA 3NYAA 3SB8A 2HULA 4DJHA 3ODUA 1L91A 4EPIA 1L48A 126LA 2O79A 1P46A 2B6WA 3HUQA 4YXAC 146LA 233LA 1CU0A 1L12A 1OVKA 1CV5A 1LGXA 1QTBA 3OE8A 2ANVA 4I7LA 227LA 1L38A 150LA 3SBBC 109LA 3G3WA 3DN8A 1SSWA 1QUDA 1L0KA 1L31A 3DKEX 1OWZA 5I14A 252LA 1I6SA 3OE9A 1T97A 1CV6A 1C63A 4LDLA 3GULA 3C7ZA 118LA 1L17A 1T8AA 220LA 1L99A 199LA 221LA 173LA 1L01A 1KW7A 3F8VA 2LC9A 131LA 1L66A 4GRVA 4E97A 223LA 2O4WA 4DKLA 6LZMA 3VW7A 1QT7A 3DMZA 1SWZA 1CUPA 3HH5A 1K28A 2RBRA 1OVHA 1CUQA 1L72A 2OTZX 1L95A 145LA 157LA 2RH1A 3L2XA 1L29A 3G3XA 255LA 1JTMA 1KS3A 234LA 1L32A 1T8FA 1PQMA 176LA 1L25A 2RB0X 4AQNA 3F9LA 3HUAA 1L44A 1L52A 1L90A 224LA 160LA 1KNIA 1DYCA 1KW5A 1L84A 216LA 1L34A 2RBPA 4ARQB 1C6TA 151LA 166LA 1L20A 1P7SA 120LA 1KY1A 1L05A 198LA 1LPYA 4I7MA 1C6MA 1D3MA 1L47A 4W59A 3FADA 1G06A 257LA 1C6EA 147LA 1NHBA 231LA 1CV0A 3HTDA 1P36A 1ZYTA 1L23A 2Q9DA 127LA 1QS5A 1CU5A 1DYEA 1OYUA 1CV1A 1P3NA 2B73A 4DAJA 1L10A 249LA 3DN0A 3GUIA 141LA 238LA 251LA 1L59A 1L24A 1L76A 184LA 1C6NA 245LA 1T6HA 3DMXA 1L83A 1L98A 1DYBA 1DYGA 3SB9A 115LA 1L30A 4ARPA 2IGCA 243LA 1G0GA 4S0WA 201LA 212LA 1CVKA 4I7PA 200LA 1QUHA 4ARJA 1L33A 4W53A 240LA 3C81A 2QARC 2RAZX 4LDEA 152LA 4W54A 1C62A 3CDTA 244LA 1LLHA 2A4TA 258LA 3DN6A 1C6QA 3PBLA 211LA 3HDFA 253LA 1L75A 1OWYA 1CV3A 1C66A 1L08A 107LA 3GUMA 4I7RA 1L22A 2B70A 4LDOA 4ARMB 2B72A 1G07A 3DNAA 1LI2A 2NTHA 4EXMA 177LA 1L43A 190LA 170LA 1L27A 1TLAA 3C83A 4I7KA 260LA 3D4SA 2HUKA 1PQOA 2RBQA 1LYIA 1L74A 1CU2A 1P64A 3FI5A 103LA 183LA 4I7QA 164LA 254LA 1CU6A 1L82A 1QT5A 3L64A 3RZEA 4LZMA 1JTNA 3SB7A 129LA 4W57A 168LA 1L94A 4PK0A 1LI3A 1QSQA 229LA 1G1WA 1C68A 1L53A 4OO9A 1L71A 3DN1A 1C6HA 1LWKA 1L0JA 186LA 1C65A 1L96A 142LA 3PDSA 1G0LA 1L03A 256LA 4EJ4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D2WA 4TWSA 5LVHA 4PJZA 2Z2EA 1L77A 1VAUA 1XGTC 1P2CC 2DQAA 3A67Y 2MECA 4QY9A 219LA 3RNXA 4W51A 1LYSA 1RE2A 1L50A 2Z18A 4CFPA 1C08C 1DYFA 1B7SA 2ANXA 4CJ2A 1LZBA 2B74A 1T6VL 235LA 4B4IA 4NGJA 3TXHA 1L41A 6LYTA 4C3WA 2B6XA 138LA 1L81A 4DD3A 2Z38A 2G4QA 4GN4A 4QDNA 2NTGA 1VDPA 2LZMA 2FBBA 1LKSA 3P68A 3OK0A 3KAMA 2CDSA 4J0LA 4WL7A 4WO6A 1L68A 5KXTA 2HEFA 3K2RA 1OV7A 7LZMA 1C6IA 4I7NA 3FI7A 1GF5A 248LA 1NF5A 1JKBA 1L14A 4W56A 4LT3A 1G0MA 1DXJA 4NGYA 1QT3A 2PC2A 2F32A 2BQLA 4GLAA 3AW7A 5KXOA 2YSSC 1G7JC 1JHLA 3C7WA 1XEJA 171LA 4LT1A 1G7LC 1C64A 1L37A 2W1LA 209LA 1LHJA 1WTMA 3RUNA 5A3ZA 1L04A 102LA 1C6AA 4H1PA 4NHIA 4XENA 1XGRC 1O23A 4I7SA 1GFRA 2G4PA 1UUZC 1LCNA 4LFXA 2D91A 1C6LA 1L45A 1LJHA 3HH6A 1P2RA 4M6DA 1L19A 3W6FA 2B6TA 4NGIA 3GXKA 4B0DA 1IIZA 1LGUA 1NKHA 5B59A 3K3TA 4B1AA 1JEFA 1ZV5L 1B7PA 1V7SA 1YKXX 5F14A 5KXXA 5LVKA 5LZMA 1LZTA 1IY4A 1VDQA 1W6ZA 2B75A 3A90A 4EKPA 1C6JA 4H9FA 1LGWA 192LA 1GAYA 3HTFA 3AJNA 1LZCA 1LWGA 2XJWA 1J1XY 3TMWA 1VDTA 5EBHA 1LTMA 1ALCA 4II8A 2BQEA 222LA 4RW2A 1G7MC 3QAKA 3W6CA 3EMLA 5KXRA 2A7DA 2VB1A 1V7TA 1L57A 3G3VA 1FLYA 1B7MA 174LA 1BQLY 1PQKA 236LA 2BQMA 5C6LA 1YIKA 1N4FA 1OV5A 3V2YA 4RW1A 7LYZA 132LA 1BB5A 4KXIA 2YBLA 4FJRA 1L85A 1EQ5A 5K7OA 1L55A 3AGIA 1L92A 1L69A 4HJYA 1AM7A 3HDEA 1GF4A 1L36A 1CJ9A 2BQAA 4HPIA 1C6CA 3B0OA 125LA 1C6FA 1L70A 3A6BY 3ULRA 1TBYA 158LA 1BVXA 4L41A 1L40A 1QUSA 1WQPA 5FDJA 4WOAA 1IR7A 112LA 1DYAA 5FELA 1LZ9A 2I26L 1UIAA 2F2QA 2QB0B 2HEEA 2HU1A 1IR8A 155LA 178LA 230LA 3CDRA 113LA 1L16A 1QQYA 4XJDA 1PQDA 3SB8A 3LYTA 1L91A 3B72A 4EPIA 1JJ0A 1GD6A 4CFOA 4LYCA 4R0FA 1OVKA 2ZILA 4I7LA 3WH1A 1L38A 3P65A 3M18B 3SBBC 1QSAA 3G3WA 3AZ7A 1SSWA 4GCBA 1LZSA 1REZA 4OW1A 1LMTA 1T97A 1IWUA 4ZEEA 4H9CA 221LA 4IJ4A 3VWOA 2ZYPA 1LOZA 1L66A 1HSXA 2I6ZA 1HMKA 4PRUA 3IJUA 1GE4A 1K28A 1CUQA 2BQHA 3CSRA 1LMAA 4OOOA 4LYBA 4DDBA 157LA 4NG8A 3G3XA 4R6CA 2ZQ4A 1L32A 2YBHA 1LSGA 4AQNA 1IC4Y 1EQEA 2BQGA 224LA 4WG1A 4HJVA 3WYHA 1DYCA 2RBPA 1L34A 4OWCA 4ARQB 1C6TA 2AUBA 2D4JA 151LA 1GB7A 3W3EA 1L05A 2D4KA 198LA 1D3MA 3MGWA 3FADA 1IORA 2MEAA 3HTDA 1XGUC 5B1GA 1ZYTA 1GBZA 1LJIA 4GLVA 4YM8A 1HEWA 1OUBA 1P3NA 249LA 5FSTA 135LA 1VDSA 3QE8A 4BADA 3WU7A 1L76A 1GFGA 1T6HA 3DMXA 207LA 1DYBA 2ZIKA 115LA 1IWZA 3A3RX 243LA 1NWGA 201LA 1IR9A 1CVKA 4I7PA 4ETAA 5II3A 200LA 4DQ7A 1D0LA 4H93A 1QIOA 4J7VA 1DI5A 1JKCA 152LA 134LA 2X0AA 258LA 2BQIA 1C6QA 3HDFA 253LA 1L75A 3GUMA 1LSMA 1CJ8A 2BLXA 1G07A 4BS7A 1LI2A 2DQGY 2NTHA 177LA 190LA 4I7KA 5E4PA 1LYIA 2DQEY 103LA 2DQCY 2N5ZA 8LYZA 3RZEA 4YF2A 1L94A 1CJ6A 1L71A 1LJNA 4HJZA 4TTDA 4E3UA 1G0LA 4HTKA 1L03A 256LA 3CQLA 3TXBA 1VFBC 4DDCA 1JQUA 195LA 4QEQA 1KXWA 4ZIXA 4EKSA 1IC5Y 4YEOA 3WU9A 1GF8A 1OUDA 4ZPUA 4H9AA 1XEIA 1IP3A 1OQMA 1B0DA 139LA 3GXRA 3A91A 4RLMA 3SN6R 4K5YA 1L93A 1B9OA 3UONA 1LYFA 4WLTA 1L60A 4LYOA 1JUGA 4A7DA 5B07A 2RBOA 5KXZA 1QS9A 4NY5A 1LMOA 1PS5A 246LA 3HT9A 2YVBA 1LJEA 1GDWA 3GUPA 1L07A 3W6DA 123LA 1HEQA 3OE6A 1SLYA 1C61A 1LI6A 2EQLA 169LA 2Y8PA 3GUOA 1C7PA 1GXV2 189LA 2G4NA 4GCDA 3LYOA 1BB3A 3A34A 1YANA 3WXUA 5LINA 4EKRA 2OE4X 1L89A 1LMQA 1UBZA 1HEMA 1HELA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1D2W A;  4TWS A;  5LVH A;  4PJZ A;  2Z2E A;  1L77 A;  1VAU A;  1XGT C;  1P2C C;  2DQA A;  3A67 Y;  2MEC A;  4QY9 A;  219L A;  3RNX A;  4W51 A;  1LYS A;  1RE2 A;  1L50 A;  2Z18 A;  4CFP A;  1C08 C;  1DYF A;  1B7S A;  2ANX A;  4CJ2 A;  1LZB A;  2B74 A;  1T6V L;  235L A;  4B4I A;  4NGJ A;  3TXH A;  1L41 A;  6LYT A;  4C3W A;  2B6X A;  138L A;  1L81 A;  4DD3 A;  2Z38 A;  2G4Q A;  4GN4 A;  4QDN A;  2NTG A;  1VDP A;  2LZM A;  2FBB A;  1LKS A;  3P68 A;  3OK0 A;  3KAM A;  2CDS A;  4J0L A;  4WL7 A;  4WO6 A;  1L68 A;  5KXT A;  2HEF A;  3K2R A;  1OV7 A;  7LZM A;  1C6I A;  4I7N A;  3FI7 A;  1GF5 A;  248L A;  1NF5 A;  1JKB A;  1L14 A;  4W56 A;  4LT3 A;  1G0M A;  1DXJ A;  4NGY A;  1QT3 A;  2PC2 A;  2F32 A;  2BQL A;  4GLA A;  3AW7 A;  5KXO A;  2YSS C;  1G7J C;  1JHL A;  3C7W A;  1XEJ A;  171L A;  4LT1 A;  1G7L C;  1C64 A;  1L37 A;  2W1L A;  209L A;  1LHJ A;  1WTM A;  3RUN A;  5A3Z A;  1L04 A;  102L A;  1C6A A;  4H1P A;  4NHI A;  4XEN A;  1XGR C;  1O23 A;  4I7S A;  1GFR A;  2G4P A;  1UUZ C;  1LCN A;  4LFX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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