2Z2FA

X-ray crystal structure of bovine stomach lysozyme
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFERCELARTLKKLGLDGYKGVSLANWLCLTKWESSYNTKATNYNPSSESTDYGIFQINSKWWCNDGKTPNAVDGCHVSCSELMENDIAKAVACAKHIVSEQGITAWVAWKSHCRDHDVSSYVEGCTL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Stability of Bovine Stomach Lysozyme in Acidic Condition
rcsb
molecule keywords Lysozyme C-2
molecule tags Hydrolase
source organism Bos taurus
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2z2fA00
1GE0A 1HEMA 1BVXA 5HQ1A 1B7LA 1GE1A 1JIYA 1LZ9A 1NDGC 2EIZC 4H94A 1GE3A 1GD6A 2MEHA 1J1PY 4I8SA 4II8A 1JJ0A 3WU9A 1GF4A 4IASA 4QY9A 4TTDA 4WLXA 1BB7A 1LHIA 4A7DA 4B4JA 5KXXA 4YF2A 5KXRA 1IWXA 5IELA 1BWHA 3A6CY 5KXTA 1GFTA 1HFZA 1WQPA 5M1YA 3WVXA 1VDQA 2ZYPA 2ZIJA 1H6MA 3W6FA 2Z38A 1LSFA 4NSJA 5KXOA 1F10A 1FKVA 2D4KA 4H1PA 1LZEA 1CKCA 2W1LA 2DQJY 5FSTA 5I4YA 1LJJA 4Z98A 3RU5A 2AUBA 4YM8A 1LZYA 4H9HA 2HEFA 1B0DA 1GBZA 3TXJA 1CKGA 4C5FA 1NKHA 1B5YA 1CKFA 1WTMA 5DL9A 1DKJA 3A3QA 5LAGA 4CHXA 1GEVA 2F2NA 4KPMA 1GB2A 1LJ4A 3AJNA 1T6VL 2B5ZA 2HEEA 3AW6A 5D5FA 4ZEEA 2FBBA 3CQLA 9LYZA 1CJ7A 2YBHA 2YDGA 1VATA 4GCDA 2BQKA 2XBSA 2H9KA 2D4JA 3D9AC 2ZIKA 1GE4A 4OW1A 1LHKA 3LZ2A 5DN4A 3A67Y 1GFJA 1XSFA 3J6KA 1OUIA 4WL7A 4WLYA 5HNLA 1IO5A 1FBIX 5HMJA 5D5CA 3A93A 1NMMA 1JKBA 5LVGA 6LYTA 2CDSA 1LZGA 3RZ4A 4G4CA 3E3DA 1W08A 2BQEA 1DPWA 4XADA 1IP3A 1KXWA 1KXYA 3WMKA 153LA 1E8LA 3WUMA 1B7PA 1G7JC 2Z18A 1LMOA 1OUGA 1GAYA 3HBEX 3HFMY 1IWWA 3KAMA 4RLNA 2DQDY 3W6CA 1IOTA 1CJ9A 4CJ2A 3QY4A 3WXUA 2BAAA 4O34A 4WOAA 5KKIA 3A91A 1DZBX 2BQMA 1GBSA 4GN4A 2BLXA 2BQFA 4FJRA 4BAPA 4H93A 4GN3A 1TAYA 1G7HC 1GB9A 1GB8A 1UICA 2F30A 1UC0A 4OOOA 1LOZA 2LYMA 4R6CA 5KXNA 1PZYA 5FHWA 4ZIXA 1KXXA 4H9EA 1DI4A 4WM3A 1TBYA 1QIOA 2W1YA 4RLMA 1F6RA 3LYZA 2Y8PA 1YILA 5FEKA 4B1AA 4TSCA 1GXV2 1IR9A 2HECA 4KT3A 3VWOA 5KXLA 1LSMA 4MCKA 4Z41A 5I54A 1B7OA 4LYCA 2Z39A 4OWEA 3B0IA 2DQIY 4QGZA 4YEOA 2LYOA 5DLAA 2HU3A 1LSGA 1JISA 1TCYA 3GXRA 2N5ZA 4UWUA 1YQVY 1LZ8A 1LKSA 1UIGA 4G4HA 2WARA 133LA 1IORA 2BQHA 4KL7A 5KXZA 4ETCA 5L3IA 2DQCY 3AB6A 3RW8A 1CNSA 1BHZA 2ZILA 4J1AA 4N0JA 3P64A 4NEBA 4PHIA 1G7MC 2FYCA 4TWSA 5E4PA 5LVIA 3W3EA 1V7SA 6LYZA 1GFEA 1LMTA 4NGYA 3TXDA 4Z3MA 1T3PA 4B4IA 4NGIA 1XGQC 1C10A 1V7TA 1LSBA 1YAOA 2BQIA 3EO5A 4H9CA 4LFXA 3CSQA 5L3HA 1LZCA 3M3UA 4ETBA 4NHTA 2A7DA 4GLAA 5B05A 4WG7A 5I53A 4PGJB 1OUJA 1REYA 1LZ6A 1GFHA 194LA 1YROA 1LMCA 1LYYA 1OQMA 2G4NA 4N5RA 2FBDA 1LJEA 3WW6A 2F4AA 3ATOA 3GXKA 3K3TA 5L9JA 5LXWA 5F9XA 1UIFA 3OK0A 1BVKC 1CJ8A 4RDSA 4LYMA 4OOTA 4TX7A 3WU7A 1IP6A 1NF5A 1W6ZA 4DC4A 1N4FA 1B5XA 3FE0A 4NGKA 4NSGA 1BWJA 1A2YC 132LA 1GFVA 1HERA 2Z2FA 1AZFA 3AZ7A 1O23A 4ETEA 5KKJA 4G49A 1HNLA 4NWEA 5B59A 3N9AA 1YKYX 4LYOA 5FCPA 4RW2A 4B0DA 1HMKA 1I56A 1QTKA 1UIEA 1FN5A 2XBRA 4OWBA 4BADA 2D4IA 2EKSC 4J1BA 1OUAA 1QTEA 3W6EA 3WUAA 3WU8A 3ZEKA 2BPUA 2H5ZA 1YAPA 2BQCA 4HJZA 4WLTA 3IJVA 1OUDA 1GPQC 1KIQC 3ZVQB 1LJNA 5C6JA 3WYHA 5KXKA 3A3RX 1JJ1A 4DD9A 4ZFPA 4NIJA 1BB4A 5LVKA 2Z2EA 4NWHA 1AM7A 1CJ6A 3WULA 1GF9A 1HEPA 5F16A 3AZ5A 1UBZA 1B5WA 7LYZA 1KIPC 4GLVA 5KXMA 3TMXA 3AW7A 3CSZA 4LYBA 2MEIA 4MR1A 1YANA 3D3DA 4B49A 1ALCA 1IR7A 4NSHA 5FDJA 4PRUA 4DD3A 1LSYA 1XGRC 3WPJA 4ANRA 1LSEA 1PS5A 3CT5A 1MELL 4NHPA 1F0WA 1C7PA 2MEDA 3HBHA 1GB3A 4WM5A 4OWAA 2ZQ3A 4DDBA 1IOSA 5C6IA 2XTHA 1RJCB 4N8ZA 5B1FA 5LIOA 2LZTA 4XN6A 5LVHA 3B0OA 4WMGA 5I5QA 1GB6A 4XENA 1B7QA 2DQGY 4WM1A 4DD2A 3A92A 1GF5A 1CKHA 3TMUA 2HTXA 2G4PA 1YIKA 4H9AA 1GB0A 4CGEA 4Z46A 1OUFA 3J4GA 3TXHA 1LHLA 3AGGG 5HMVA 4NY5A 1JTPL 1G7LC 5B06A 3A6BY 5F9UA 5JENB 5KJ9A 5HNCA 4WM6A 3LYOA 1C43A 4LFPA 4LT1A 1WVUA 1LHJA 4HPIA 3G3AB 4H92A 5E9RA 1EQEA 3G3BB 1YKZX 1B7RA 2BQJA 1LZAA 2D6BA 2HEBA 4IJ4A 5KY1A 1YL1X 1LTMA 5AMYA 5APEA 1RCMA 2MEAA 1IEEA 1BB5A 2Q0MX 3CB7A 4HV2A 3WH1A 5LAFA 4TSBA 4DT3A 1LJHA 3W6AA 208LA 1C46A 1LSDA 1JHLA 4NG1A 4LT2A 4RW1A 2BLYA 1TDYA 4D9ZA 3A95A 5APFA 4NHQA 1GFGA 1HEOA 1HELA 1JPOA 4E3UA 3MGWA 1GFKA 2F4GA 3IWRA 1WQMA 4W94A 4IATA 3AGIA 4NG8A 3QE8A 2Z12A 3CT0A 4G4BA 1GE2A 5HLLA 2BQBA 2LHMA 2DKVA 1B7NA 1J1OY 1XEJA 1HSXA 4DD1A 2MEEA 1BGIA 193LA 1LZDA 1WQNA 2C8PA 3P68A 1JKCA 4LT0A 5APDA 5T3FA 3EMSA 1F6SA 2BQAA 3N9EA 4NGZA 4PJ2C 4HJYA 5APCA 4ET8A 1IC4Y 1NBYC 2VB1A 3CT1A 5B07A 1EL1A 3WL2A 5ILFA 5LA5A 1LJKA 3WUNA 1TEWA 1ZMYL 4QEQA 4DDAA 5F81A 4XYYA 5KXSA 4EOFA 1AT6A 1NQIA 4BS7A 4UWVA 1GBOA 1VAUA 1RI8B 3ZVQA 1GF0A 1LKRA 5KXYA 3TXKA 1IC5Y 1QUTA 3SP3A 3QNGA 3AYQA 2BQNA 4FDYA 1WTNA 4DDCA 1VDSA 4G9SA 4AXTA 1ZV5L 1D6PA 5DN5A 1GBXA 1GAZA 2C8OA 4H8ZA 1SQ2L 4H8YA 1BB6A 1UIBA 1GBWA 1LSZA 1IWYA 3TMVA 1FLQA 1QSWA 1OUHA 2MECA 4H8XA 1IVMA 4GN5C 2EQLA 1YKXX 4WLDA 3TXFA 1LYZA 1IOCA 1DKKA 2FYDA 4NGVA 1GXXA 4NGLA 2HUBA 1JWRA 1HC0A 1D0KA 2BQOA 1LZBA 1B7MA 1LMAA 5LYZA 1D6QA 1D9UA 1FLUA 2CGIA 1B2KA 2X0AA 4NGOA 4WO6A 4OWHA 1UIDA 3TXGA 1LYSA 1XGUC 3T36A 1JSFA 2I6ZA 2W1XA 5A3EA 3OJPA 1H87A 4J0LA 4HP0A 1XFPL 1LJFA 1G7IC 4WM4A 1FLWA 4PPOA 1GFAA 1UCOA 4XJIA 1UIAA 5LVJA 1BWIA 1GWDA 2YBNA 1NDMC 3WVYA 2H9JA 3A34A 5LINA 4XJDA 1B5ZA 1GDWA 1LZTA 4PRQA 3BKVA 3TXEA 4AGAA 1GBYA 4H90A 2ZNXY 5LYMA 4XJGA 1IP7A 1QQYA 1UIHA 1XGPC 1GB7A 1LZ4A 1NBZC 1LHMA 2GV0A 1QUSA 3WPLA 1IWVA 3EXDA 1HEQA 1P2CC 4H91A 1LSAA 4R0FA 4YENA 1LZRA 4ETAA 4YEMA 1JKDA 1LJ3A 1GF8A 1GHLA 2BQGA 5LA8A 1IR8A 2CJLA 2W1MA 1XEKA 1XEIA 1IC7Y 2DQEY 2MEGA 5I4XA 2D91A 134LA 1A4VA 1DXJA 1LJIA 1IWUA 1JUGA 4H9BA 4YOPA 5ILCA 1JEFA 1WVVA 4GCCA 5A3ZA 2HU1A 4CFPA 5KXWA 1UA6Y 4U3XB 4XJFA 1QDRA 3P66A 1OUBA 4TUNA 2YSSC 1FLYA 2Z19A 3IJUA 4GCBA 2XJWA 1IX0A 3M18B 3EBAB 1HENA 2PC2A 4HSFA 2DBTA 4ET9A 1BQLY 2ZNWY 1KIRC 1RFPA 3P4ZA 4M4OA 207LA 2BQDA 5IDDA 2LYZA 3HBDA 4WO9A 3ATNA 1Z55A 3LN2A 5DM9A 1HFYA 3A8ZA 4B4EA 1IY4A 1IY3A 3AZ6A 1MLCE 1DQJC 1GF3A 3A96A 1OUCA 1GF7A 1JITA 2MEBA 1B5UA 3WW5A 2ZQ4A 154LA 1HHLA 4DWXA 2I26L 4GCEA 1LMPA 1D0MA 5C6LA 2DQHY 1REXA 2I25L 4NGJA 3B72A 5FELA 4W96A 1IWZA 1GDXA 1QSAA 2HEAA 2YBLA 1C08C 3BKHA 1HF4A 1GEZA 2IHLA 3AZ4A 4HTQA 1IIZA 1LZ1A 1EQ5A 4HV1A 4NGWA 5EBHA 3FI7A 5II3A 1LCNA 1AKIA 1J1XY 1LHHA 2YBIA 1YAMA 1LMNA 1REZA 1XGTC 2EPEA 3LHMA 1LYOA 3B6LA 1B5VA 4WG1A 1LPIA 1CKDA 1NWGA 2IFFY 4C3WA 1BB3A 1IWTA 5KXPA 1DI3A 5I4WA 4UWNA 1WQOA 4GCFA 4ML7A 4LGKA 1AT5A 4CFOA 5J7CA 1I1ZA 1B7SA 3AGHA 1LMQA 1LZ5A 4L41A 1LAAA 5LYTA 3ULRA 3LYTA 3F6ZA 2NWDX 4OWCA 1JTTL 1OP9B 4N1EI 4M6DA 3RT5X 1EQ4A 1REMA 3RNXA 4DD0A 5IHGA 3N9CA 4NFVA 4LT3A 4WL6A 2RSCA 1NHEA 2DQAA 4P2EA 1JSEA 3A94A 5F14A 1HMLA 2YBJA 3CSRA 1HFXA 4I0CA 4BAFA 1DPXA 3T6UA 1JKAA 4DYGA 1INUA 1GFRA 1DI5A 2Z37A 1B9OA 3W6BA 1YL0X 1IP4A 1GF6A 4LZTA 2YVBA 1JTOL 2YBMA 1LSNA 4MSTA 135LA 1VFBC 1LSCA 4LYTA 1I20A 3WXTA 2ZYCA 1WQRA 1LJGA 1LSPA 1GB5A 1ZVHL 3LYMA 3P65A 3B0KA 1HEWA 1LZSA 3TMWA 1VDTA 5K7OA 4H9FA 4HTKA 1FKQA 4X3BA 2G4QA 3TXBA 2LZ2A 4H9IA 4WM2A 4EMNA 1IOQA 1GFUA 2MEFA 8LYZA 4HPEA 1FDLY 5B1GA 4KXIA 1WQQA 1UACY 1VDPA 4HJVA 4DD7A 1IP5A 2CWIA 2BQLA 4N9RA 4QDNA 1OUEA 2DQFC 4N1CC 3TXIA 2A7FA 2ZWBA 1ZVYB 1SLYA 1RE2A 1YAQA 1D0LA 4NHSA 1JJ3A 4XJHA 4J7VA 4XJBA 4LYZA 1VEDA 3LZTA 1IP1A 1C45A 4NSIA 4NHIA 3W6DA 1UUZC 1QDTA 1LZNA 2HEDA 1IP2A 3WPKA 3A90A 4ETDA 4HTNA 1HSWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JIYA 2EIZC 2MEHA 1C6JA 4WLXA 4YF2A 1BWHA 1G0MA 3C8QA 139LA 3DN3A 1P6YA 1VDQA 3W6FA 2Z38A 170LA 2D4KA 4H1PA 5I4YA 5FSTA 1XJTA 4W56A 2HEFA 3DKEX 1GBZA 3TXJA 4C5FA 1NKHA 5DL9A 192LA 196LA 1P2RA 1DKJA 3NYAA 1G07A 1L87A 1L72A 1G0KA 2ANVA 2ZIKA 1LHKA 5DN4A 3J6KA 1OUIA 3SBBC 4WLYA 1LYHA 1OV7A 1JKBA 231LA 2CDSA 2QARC 153LA 1KXYA 1E8LA 1B7PA 131LA 1C6DA 1QT3A 3W6CA 3A91A 1L58A 1JTMA 2BLXA 1G7HC 1GB8A 3OE6A 3K2RA 1L03A 2LYMA 3FADA 246LA 5FHWA 4H9EA 1LI6A 1QIOA 2LCBA 4RLMA 1F6RA 3LYZA 1YILA 5FEKA 1C62A 1P37A 1G0JA 123LA 4KT3A 2HECA 1LSMA 165LA 5I54A 1LYFA 3HTGA 2Z39A 1KY0A 4YEOA 6LZMA 1JISA 3GXRA 161LA 1P64A 3DNAA 3HT6A 2BQHA 1L49A 4J1AA 127LA 5LVIA 4NEBA 1G7MC 1C6HA 4NGYA 1YAOA 4H9CA 159LA 4LFXA 1C6QA 4PGJB 226LA 1OUJA 1YROA 1LMCA 2G4NA 1LJEA 5LXWA 240LA 3GXKA 1L26A 5F9XA 1UIFA 4TX7A 3WU7A 1IP6A 125LA 1B5XA 4NSGA 5HMVA 4ETEA 132LA 1O23A 1L05A 1B6IA 3N9AA 1YKYX 3C80A 1ZYTA 1UIEA 1I56A 1QTKA 1P46A 2OU8A 4J1BA 1QTEA 1C6CA 1L14A 1QUHA 3WUAA 2BPUA 1YAPA 1OUDA 1GPQC 4YXAC 247LA 1LJNA 253LA 4DD9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GE0 A;  1HEM A;  1BVX A;  5HQ1 A;  1B7L A;  1GE1 A;  1JIY A;  1LZ9 A;  1NDG C;  2EIZ C;  4H94 A;  1GE3 A;  1GD6 A;  2MEH A;  1J1P Y;  4I8S A;  4II8 A;  1JJ0 A;  3WU9 A;  1GF4 A;  4IAS A;  4QY9 A;  4TTD A;  4WLX A;  1BB7 A;  1LHI A;  4A7D A;  4B4J A;  5KXX A;  4YF2 A;  5KXR A;  1IWX A;  5IEL A;  1BWH A;  3A6C Y;  5KXT A;  1GFT A;  1HFZ A;  1WQP A;  5M1Y A;  3WVX A;  1VDQ A;  2ZYP A;  2ZIJ A;  1H6M A;  3W6F A;  2Z38 A;  1LSF A;  4NSJ A;  5KXO A;  1F10 A;  1FKV A;  2D4K A;  4H1P A;  1LZE A;  1CKC A;  2W1L A;  2DQJ Y;  5FST A;  5I4Y A;  1LJJ A;  4Z98 A;  3RU5 A;  2AUB A;  4YM8 A;  1LZY A;  4H9H A;  2HEF A;  1B0D A;  1GBZ A;  3TXJ A;  1CKG A;  4C5F A;  1NKH A;  1B5Y A;  1CKF A;  1WTM A;  5DL9 A;  1DKJ A;  3A3Q A;  5LAG A;  4CHX A;  1GEV A;  2F2N A;  4KPM A;  1GB2 A;  1LJ4 A;  3AJN A;  1T6V L;  2B5Z A;  2HEE A;  3AW6 A;  5D5F A;  4ZEE A;  2FBB A;  3CQL A;  9LYZ A;  1CJ7 A;  2YBH A;  2YDG A;  1VAT A;  4GCD A;  2BQK A;  2XBS A;  2H9K A;  2D4J A;  3D9A C;  2ZIK A;  1GE4 A;  4OW1 A;  1LHK A;  3LZ2 A; 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 1WQO A;  4GCF A;  4ML7 A;  4LGK A;  1AT5 A;  4CFO A;  5J7C A;  1I1Z A;  1B7S A;  3AGH A;  1LMQ A;  1LZ5 A;  4L41 A;  1LAA A;  5LYT A;  3ULR A;  3LYT A;  3F6Z A;  2NWD X;  4OWC A;  1JTT L;  1OP9 B;  4N1E I;  4M6D A;  3RT5 X;  1EQ4 A;  1REM A;  3RNX A;  4DD0 A;  5IHG A;  3N9C A;  4NFV A;  4LT3 A;  4WL6 A;  2RSC A;  1NHE A;  2DQA A;  4P2E A;  1JSE A;  3A94 A;  5F14 A;  1HML A;  2YBJ A;  3CSR A;  1HFX A;  4I0C A;  4BAF A;  1DPX A;  3T6U A;  1JKA A;  4DYG A;  1INU A;  1GFR A;  1DI5 A;  2Z37 A;  1B9O A;  3W6B A;  1YL0 X;  1IP4 A;  1GF6 A;  4LZT A;  2YVB A;  1JTO L;  2YBM A;  1LSN A;  4MST A;  135L A;  1VFB C;  1LSC A;  4LYT A;  1I20 A;  3WXT A;  2ZYC A;  1WQR A;  1LJG A;  1LSP A;  1GB5 A;  1ZVH L;  3LYM A;  3P65 A;  3B0K A;  1HEW A;  1LZS A;  3TMW A;  1VDT A;  5K7O A;  4H9F A;  4HTK A;  1FKQ A;  4X3B A;  2G4Q A;  3TXB A;  2LZ2 A;  4H9I A;  4WM2 A;  4EMN A;  1IOQ A;  1GFU A;  2MEF A;  8LYZ A;  4HPE A;  1FDL Y;  5B1G A;  4KXI A;  1WQQ A;  1UAC Y;  1VDP A;  4HJV A;  4DD7 A;  1IP5 A;  2CWI A;  2BQL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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