215LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTANSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 63
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 215lA00
1L43A 1C63A 1T8GA 4LDEA 169LA 3F8VA 215LA 3NY8A 1L79A 1L66A 4W57A 110LA 1LGXA 4I7SA 111LA 1QTZA 3GUNA 1L12A 1L94A 1LI2A 1C6CA 1SX2A 232LA 213LA 3RUNA 1KNIA 4EKQA 1L49A 4EXMA 1OV5A 199LA 4W53A 122LA 112LA 129LA 1L42A 183LA 1L34A 4W59A 3HUAA 1L09A 1L90A 3FADA 195LA 1DYGA 1P3NA 4EKRA 1L18A 2OTYX 3DN0A 197LA 226LA 4AQNA 1L21A 3GUPA 161LA 1D3JA 2NTGA 4K5YA 1LWGA 2Q9DA 1L70A 3HTGA 259LA 1OV7A 3OE0A 1P56A 185LA 3G3VA 3V2YA 3C8RA 3RZEA 1LWKA 1L51A 4W51A 3GUIA 127LA 142LA 1L06A 2ANXA 1CX6A 1L71A 1L31A 1CVKA 1P2RA 187LA 1ZYTA 1L63A 1SSWA 3L2XA 149LA 1QTDA 115LA 186LA 1L73A 3G3XA 1D2YA 4PJZA 125LA 2NTHA 1L75A 1LLHA 2B6TA 131LA 1QSQA 1L61A 113LA 1OWZA 4YXCA 233LA 205LA 177LA 1C6PA 246LA 2RBNA 244LA 1C6FA 258LA 3HH6A 222LA 1T97A 1L17A 1JQUA 251LA 1QT7A 146LA 3HT8A 1L16A 3C7YA 241LA 2OU0X 4I7TA 3DN8A 2B6WA 3OE9A 1CTWA 1L56A 3GUOA 1OVHA 1G07A 3GUMA 4DJHA 1KW7A 3GUKA 3NYAA 1G06A 1QT5A 3OE8A 230LA 130LA 188LA 3HDFA 1D9WA 1L98A 3HU8A 211LA 3UONA 4YXAC 1L48A 3HWLA 201LA 1CV5A 3HTDA 3DN6A 168LA 2A4TA 4YX7C 167LA 141LA 256LA 4ARPA 1C6TA 119LA 3SB9A 1L99A 3CDVA 1L92A 1XJTA 3C82A 182LA 3FA0A 1C6NA 1L54A 249LA 137LA 1L95A 1TLAA 4ARQA 4ARQB 4W54A 1L0KA 1CU2A 3HH4A 2OTZX 1L44A 1CU5A 1L01A 1QUDA 2OEAX 3HUQA 176LA 1G0GA 1L40A 196LA 1CV6A 4LDLA 3F9LA 192LA 4I7OA 156LA 2LZMA 1L19A 1C65A 158LA 1L14A 3ODUA 4E97A 1SSYA 3C81A 3SBAA 1L27A 3SB6A 1DYFA 1L86A 2CUUA 210LA 1KW5A 3FI5A 3SB7A 1L35A 228LA 1G1WA 178LA 1C61A 1PQDA 103LA 2QB0B 217LA 3SB5A 173LA 247LA 262LA 2HULA 237LA 1L85A 1L69A 1L38A 261LA 1L0JA 4W52A 240LA 2LCBA 4W56A 2RB2X 4I7LA 1L64A 1QT8A 1C6AA 1OVKA 229LA 1C6EA 1LI3A 224LA 1SX7A 1CX7A 160LA 1LYIA 3QAKA 2Q9EA 4GBRB 128LA 1L15A 139LA 253LA 2B6ZA 2B6YA 191LA 1P64A 175LA 3PBLA 1CV1A 4I7RA 1CU6A 1L36A 3HTBA 1P6YA 1L23A 123LA 1C60A 2B70A 1XJUA 2LC9A 3DKEX 1P46A 1QUHA 1DYEA 1P7SA 255LA 1L37A 1QUGA 218LA 4EJ4A 1L53A 120LA 250LA 4EKSA 3C80A 1L29A 7LZMA 1C6GA 143LA 1D2WA 219LA 1LYHA 1QT3A 2B7XA 3HH5A 3HH3A 4I7NA 2OU9A 254LA 102LA 1G0JA 170LA 1L58A 151LA 3HUKA 3SB8A 2O79A 1L80A 245LA 4ZPUA 1P5CA 2B75A 145LA 4LZMA 3C8QA 1KS3A 1DYCA 3EMLA 1CU0A 1C6BA 1L84A 140LA 2HUKA 162LA 6LZMA 159LA 1QTVA 2RB1X 2RBSA 3PDSA 138LA 1C6QA 1L72A 1L20A 1D3FA 1QS9A 104LA 152LA 1DYAA 1SWYA 3CDQA 3DMZA 164LA 3HT6A 4I7KA 3DN2A 1ZWNA 148LE 4I7PA 238LA 3CDOA 200LA 234LA 225LA 243LA 2L78A 1T8FA 1QT6A 1G0PA 2F2QA 1C6IA 3C7ZA 1L04A 1L22A 1LI6A 3JR6A 1XEPA 107LA 3V2WA 1L76A 1L03A 1L39A 165LA 2RBQA 1QSBA 114LA 1L83A 1L47A 236LA 2B6XA 4ARMA 163LA 4ARMB 1LPYA 3C83A 1LW9A 4DKLA 1L87A 155LA 4EPIA 1PQOA 3GUJA 239LA 3HT7A 3SBBC 223LA 166LA 1QUOA 1P36A 4W55A 1KY0A 206LA 1QT4A 1D3MA 3HU9A 4DAJA 3HDEA 1C64A 1C66A 1C6MA 1C6LA 1P2LA 1QTBA 2O7AA 1L41A 1L57A 1L30A 2RAZX 3GULA 1L46A 1WTHA 1L50A 184LA 1C69A 4S0WA 172LA 1PQKA 2B73A 147LA 4PK0A 257LA 1L62A 1LYFA 1T8AA 4W58A 1L24A 1CUQA 1ZURA 1C6HA 1CU3A 2RAYX 4I7QA 1L13A 1L81A 4ARJA 2O4WA 1L68A 1L60A 3HTFA 1SWZA 1L02A 1CV4A 4EKPA 1L97A 2F32A 1QTHA 4I7JA 2B74A 3D4SA 3CDTA 216LA 1CV0A 2OE4X 3DMVA 1L00A 3HT9A 3CDRA 1L88A 157LA 1L93A 1L08A 2ANVA 2RBRA 1NHBA 1D3NA 189LA 1DYBA 260LA 1JTMA 108LA 180LA 126LA 1PQIA 1C67A 4I7MA 3DNAA 198LA 3DMXA 5LZMA 214LA 2RH1A 1OYUA 1G0KA 1LYJA 221LA 1LGUA 2RBPA 190LA 3SN6R 235LA 3LZMA 3C8SA 1L82A 4GRVA 144LA 171LA 2HUMA 1LYDA 1CV3A 209LA 1L32A 1L26A 1QTCA 1EPYA 2OU8A 1L10A 3C7WA 231LA 1C6KA 1CUPA 2OE9X 4ARLA 252LA 174LA 1C62A 1LGWA 1L74A 3K2RA 1C6DA 1L07A 4EPFA 1L45A 1L91A 4OO9A 1L28A 1G0LA 4LDOA 3DN4A 1T6HA 212LA 150LA 1C68A 2RB0X 2Z6BA 242LA 3NY9A 1L52A 2B72A 2OE7X 1JTNA 3DN1A 1KY1A 4IAPA 3DN3A 1DYDA 2RBOA 1L25A 1L33A 3L64A 1L55A 118LA 1OWYA 248LA 1L65A 1G0QA 1L89A 1L11A 227LA 1PQJA 1LYGA 1P37A 1L96A 2IGCA 1I6SA 1L67A 1K28A 1OVJA 3OE6A 109LA 181LA 1L05A 1G1VA 3G3WA 1QS5A 1LYEA 1PQMA 1C6JA 2F47A 1L59A 220LA 3VW7A 5I14A 1B6IA 1G0MA 2QARC 1L77A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KXNA 1C63A 1T8GA 3QY4A 1LMPA 1REXA 1OUIA 4GN5C 4I8SA 3P66A 4J1AA 1PZYA 1Z55A 1C6CA 1KNIA 2BQCA 1NF5A 4EXMA 5AMYA 1LJGA 4DQ5A 2F2NA 3RW8A 183LA 4H94A 3HUAA 1GF4A 1L90A 1DYGA 4EKRA 2OTYX 3DN0A 197LA 1LOZA 1D3JA 1I56A 4R6CA 1OV7A 3C8RA 4LT2A 3WUMA 3RNXA 2MEEA 1L06A 4H9FA 1EQ4A 2ANXA 1C10A 1CX6A 1L71A 1GFUA 1QQYA 3WH1A 1SSWA 149LA 5HMJA 2MEGA 2NTHA 113LA 244LA 1B7SA 1C6FA 1UBZA 222LA 1HEMA 4NHIA 1JQUA 1GBZA 251LA 1QT7A 1YKZX 1HNLA 1LSZA 1IOTA 1MLCE 1L16A 4OOOA 241LA 2OU0X 4B49A 3E3DA 4OWEA 4C3WA 3DN8A 2B6WA 3OE9A 5I4XA 3GUOA 1H6MA 3GUMA 1W08A 4DJHA 4N8ZA 3NYAA 1OUFA 1OUJA 230LA 188LA 1L98A 1ZV5L 1CV5A 3HTDA 4NG8A 4YX7C 167LA 256LA 4C5FA 119LA 1FDLY 2D4KA 4MCKA 3FE0A 1LZRA 3SB9A 1L99A 2ZIKA 3C82A 182LA 5APCA 3FA0A 1P2CC 1GFJA 2BQFA 2OTZX 4B4IA 1IIZA 1CU5A 1L01A 1QUDA 1AZFA 1DPWA 1CV6A 4MSTA 3F9LA 4I7OA 156LA 1C65A 3ODUA 1LJHA 1SSYA 3A8ZA 1HFYA 4O34A 1IR7A 4XJIA 4ETCA 1KW5A 3AW6A 3SB7A 1L35A 1XSFA 103LA 3D9AC 3SB5A 1KIPC 3J6KA 262LA 1WQPA 1B7MA 2LCBA 1IP3A 2XBSA 1LI3A 1LMOA 2Z2EA 3WVYA 1SX7A 4UWVA 8LYZA 1QDTA 1VFBC 4ETDA 1LYIA 1LSYA 128LA 4GBRB 5C6LA 139LA 4KXIA 1P64A 3PBLA 175LA 4LT1A 1CV1A 1CU6A 4HPEA 1GEZA 1LCNA 1HFXA 1HEPA 1XJUA 4CHXA 3HFMY 1LAAA 4TX7A 1QUHA 1L37A 1SQ2L 1GFAA 4NIJA 2BQLA 3C80A 1C7PA 1VAUA 1C6GA 143LA 4WM5A 3HH3A 4I7NA 193LA 1CJ7A 1B7LA 1YKXX 4YF2A 5APEA 4X3BA 1LPIA 2IFFY 151LA 3HUKA 4OWHA 3SB8A 2DQGY 2O79A 1L80A 5DLAA 3B0IA 2D91A 1DYCA 1LSNA 1L84A 140LA 4XJHA 194LA 2FYDA 162LA 1LSCA 1DI4A 3W6CA 3LYMA 5LYZA 5DN4A 1KXYA 1B5ZA 138LA 1LMTA 1L20A 104LA 164LA 3HT6A 4I7KA 4XJDA 1ZWNA 3A3RX 1AKIA 4NSGA 1REMA 225LA 4TSCA 1WTNA 1GFEA 1BWIA 1L22A 1IP6A 3AYQA 3JR6A 1GE2A 1BQLY 107LA 1L76A 4XENA 1L39A 4OWBA 165LA 1IWWA 1L83A 5D5FA 4ARMA 4ARMB 1LPYA 4YM8A 3C83A 1L87A 155LA 1OUDA 1YAPA 1OUCA 5LINA 4YEOA 2BQMA 3HT7A 3B72A 5FDJA 166LA 1KY0A 2FYCA 1B5WA 3WPJA 5LYMA 3M3UA 1QTBA 1LJEA 1LZCA 3GULA 4G4CA 1GE1A 1L50A 1QDRA 1DKJA 2HU1A 172LA 1PQKA 4S0WA 2X0AA 4GCBA 147LA 257LA 1LYFA 3W6DA 2HEAA 1L13A 207LA 1KIRC 1L81A 4ARJA 1L68A 1L60A 4IJ4A 1VEDA 2LZ2A 1L97A 2F32A 1GDXA 1QTHA 4I7JA 3T36A 2BAAA 1QUSA 1XGTC 3MGWA 5HMVA 1L93A 1KXWA 3TMVA 5LVIA 1JTMA 1YAQA 2W1YA 1PQIA 1C67A 4GCEA 1UIGA 3DMXA 214LA 4RW1A 4LGKA 1WQNA 1GAZA 2RBPA 1YILA 4WMGA 4RW2A 1CJ8A 3C8SA 1DQJC 3HBDA 144LA 171LA 3WPLA 4B4EA 5LXWA 4DDAA 1CV3A 1QTCA 1EPYA 1F10A 1JISA 1LZAA 174LA 3P4ZA 1LGWA 1L74A 4H9EA 1XFPL 1T6HA 1G7JC 2PC2A 1JSEA 4QDNA 2A7DA 4KPMA 1DKKA 4NWHA 1E8LA 1L25A 4NGLA 1VATA 3B0OA 1J1PY 1L11A 3A95A 1LZ5A 2YBNA 4HTNA 2LZTA 1ZMYL 2IHLA 4GCCA 1GD6A 109LA 181LA 1L05A 3WW5A 1LYEA 1AT6A 5I14A 1QIOA 4PHIA 4LDEA 169LA 3OK0A 1JKBA 1L66A 1L79A 4W57A 3KAMA 4D9ZA 1LGXA 3WU7A 4I7SA 1QTZA 1LI2A 1IC7Y 3WXUA 1OP9B 1JTTL 5F16A 232LA 4GN3A 4IATA 2G4PA 4LT3A 1O23A 4CFPA 4QEQA 1GB9A 4EKQA 5I5QA 5ILCA 1OV5A 122LA 1ZVHL 1LJKA 4M4OA 3CSQA 1JPOA 3N9EA 1LMAA 1L09A 195LA 1P3NA 2DQEY 4AQNA 1GXXA 2CJLA 1C46A 2Q9DA 1L70A 3G3VA 3RZEA 1ZVYB 1L51A 4W51A 4NGVA 4NGWA 4ZEEA 2H9JA 1P2RA 1NKHA 4KL7A 1NHEA 1LYSA 3G3XA 5LVGA 5HNLA 2B6TA 1LZ1A 1QSQA 4YXCA 4NGYA 177LA 246LA 3VWOA 1QTEA 5E4PA 3HH6A 2YDGA 1H87A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5KXN A;  1C63 A;  1T8G A;  3QY4 A;  1LMP A;  1REX A;  1OUI A;  4GN5 C;  4I8S A;  3P66 A;  4J1A A;  1PZY A;  1Z55 A;  1C6C A;  1KNI A;  2BQC A;  1NF5 A;  4EXM A;  5AMY A;  1LJG A;  4DQ5 A;  2F2N A;  3RW8 A;  183L A;  4H94 A;  3HUA A;  1GF4 A;  1L90 A;  1DYG A;  4EKR A;  2OTY X;  3DN0 A;  197L A;  1LOZ A;  1D3J A;  1I56 A;  4R6C A;  1OV7 A;  3C8R A;  4LT2 A;  3WUM A;  3RNX A;  2MEE A;  1L06 A;  4H9F A;  1EQ4 A;  2ANX A;  1C10 A;  1CX6 A;  1L71 A;  1GFU A;  1QQY A;  3WH1 A;  1SSW A;  149L A;  5HMJ A;  2MEG A;  2NTH A;  113L A;  244L A;  1B7S A;  1C6F A;  1UBZ A;  222L A;  1HEM A;  4NHI A;  1JQU A;  1GBZ A;  251L A;  1QT7 A;  1YKZ X;  1HNL A;  1LSZ A;  1IOT A;  1MLC E;  1L16 A;  4OOO A;  241L A;  2OU0 X;  4B49 A;  3E3D A;  4OWE A;  4C3W A;  3DN8 A;  2B6W A;  3OE9 A;  5I4X A;  3GUO A;  1H6M A;  3GUM A;  1W08 A;  4DJH A;  4N8Z A;  3NYA A;  1OUF A;  1OUJ A;  230L A;  188L A;  1L98 A;  1ZV5 L;  1CV5 A;  3HTD A;  4NG8 A;  4YX7 C;  167L A;  256L A;  4C5F A;  119L A;  1FDL Y;  2D4K A;  4MCK A;  3FE0 A; 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