215LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTANSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 63
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 215lA00
209LA 3SB8A 1L05A 1LYIA 3HH6A 1K28A 1L12A 2LCBA 3OE0A 123LA 128LA 224LA 3PBLA 1CV5A 186LA 3NY9A 1L98A 4ZPUA 214LA 1LYHA 1OV7A 3HT8A 213LA 3GUKA 2RBSA 3HUQA 4I7TA 241LA 4W51A 4ARQB 131LA 3SB9A 217LA 3DN3A 4EKRA 1L39A 2O7AA 205LA 2QARC 3C82A 104LA 219LA 1QT3A 226LA 1C6QA 1L38A 3DMZA 1C6BA 165LA 1JTMA 3G3XA 1L88A 1C6CA 1L57A 1L22A 1G0LA 1L16A 4I7MA 4EXMA 261LA 107LA 4DKLA 199LA 1NHBA 1SX7A 1L35A 1QTDA 190LA 1CUQA 1OVKA 4W52A 3DKEX 1CUPA 1C66A 4LDLA 1CU3A 1C6KA 4GRVA 4PJZA 4W53A 1C6MA 1L13A 1EPYA 1L53A 3G3VA 1L07A 181LA 237LA 228LA 185LA 1QTBA 1T8GA 187LA 1D9WA 3SBBC 1QS5A 1L58A 3RUNA 1P37A 1L83A 177LA 1L31A 256LA 1L37A 119LA 2RB2X 1CV6A 2OE7X 174LA 1LGWA 2F2QA 1L92A 149LA 103LA 223LA 3DN4A 1L50A 113LA 1L06A 2RBOA 176LA 3FI5A 1LI3A 206LA 4I7KA 3HTDA 161LA 3FA0A 1L64A 3OE9A 4W56A 1QUHA 3HTBA 1PQMA 2OTYX 4ARMB 3HH5A 1C62A 260LA 4LZMA 2B73A 5LZMA 1L36A 1L96A 1L85A 156LA 242LA 1L72A 173LA 3G3WA 1P36A 2B6TA 4YXAC 1L94A 1QTVA 1SWZA 118LA 2B72A 167LA 1L42A 2OEAX 247LA 1G1WA 3DN8A 254LA 3HU9A 2NTGA 1L95A 3K2RA 4PK0A 3FADA 1L76A 2O79A 1C60A 1L67A 2HUKA 238LA 7LZMA 1L23A 1D3JA 102LA 3GUIA 211LA 1L10A 1OV5A 1T8FA 243LA 1QT7A 191LA 4YX7C 2OE9X 1T8AA 175LA 152LA 212LA 1L26A 2HUMA 1L60A 3D4SA 141LA 2B6XA 1L80A 4OO9A 1C63A 4EKPA 3HH4A 1SX2A 1CU6A 4GBRB 3RZEA 1C6EA 1C69A 2CUUA 3C8SA 2OTZX 4EKQA 1L34A 1XJUA 2RBQA 1CV1A 4E97A 1G0KA 1L40A 1C6AA 1L0KA 2B6ZA 248LA 1QT6A 3JR6A 1D2WA 4LDEA 1L52A 159LA 122LA 3UONA 110LA 3GUPA 1L44A 1XJTA 251LA 3DN0A 1C6JA 1L62A 262LA 109LA 1L69A 5I14A 1L45A 1L00A 3CDOA 148LE 1PQDA 227LA 3SBAA 4DJHA 1P5CA 1LI2A 234LA 2B6WA 184LA 1SSYA 1L09A 3F9LA 195LA 1CU0A 1L89A 3HH3A 1L90A 1CU2A 4EPIA 108LA 1QTCA 162LA 147LA 4W57A 3DN1A 2B6YA 3CDRA 2RBPA 3GUMA 2Q9DA 1DYAA 4ARLA 4I7QA 218LA 1OWYA 1L04A 1C6IA 1KW5A 129LA 1L41A 171LA 2ANXA 4S0WA 1QT8A 1L79A 255LA 4W55A 1C67A 4W58A 178LA 1L82A 146LA 2OU9A 1D3FA 2RB1X 1PQIA 166LA 142LA 4ARJA 1L93A 1LW9A 1L25A 1L75A 1KY0A 3GUOA 249LA 1T6HA 1DYGA 3PDSA 1LYDA 3ODUA 4I7JA 6LZMA 1L65A 1TLAA 1C6GA 225LA 1P64A 3C83A 1ZYTA 4YXCA 3C7WA 3DNAA 2B75A 3L64A 1L47A 180LA 164LA 1SWYA 2RBNA 1L77A 170LA 1PQJA 239LA 168LA 245LA 2Q9EA 115LA 1CX7A 3V2WA 3HDFA 4EKSA 1L59A 1QS9A 1DYDA 1G0MA 3V2YA 2Z6BA 3EMLA 1LGUA 1QT5A 244LA 1G0JA 2F47A 2OU0X 222LA 4ARPA 2LC9A 1L66A 1LLHA 1L74A 2LZMA 3C80A 1L51A 1PQOA 2OU8A 4I7SA 1C6DA 1L99A 1CU5A 3L2XA 1OVHA 3SB7A 130LA 201LA 1ZURA 258LA 2ANVA 1OVJA 112LA 3LZMA 236LA 2OE4X 4I7RA 2RB0X 3HUAA 1L18A 1G0QA 216LA 160LA 2L78A 1QUOA 1QTHA 1L91A 1LGXA 143LA 1L55A 1L27A 1SSWA 1L14A 4W54A 1QUDA 1L33A 3CDTA 1CV4A 137LA 257LA 2RBRA 2IGCA 3SN6R 1C61A 1C64A 1L63A 1C6FA 3SB6A 1XEPA 1L73A 111LA 125LA 1PQKA 1DYCA 1LYFA 4K5YA 169LA 4EJ4A 1L03A 1L48A 1CV0A 3DN2A 1L49A 4I7NA 4DAJA 158LA 1KS3A 1L61A 3DMXA 3GUNA 3CDQA 1L46A 210LA 2B70A 1DYFA 3HUKA 1LI6A 1QTZA 1CVKA 1L21A 233LA 1KNIA 4W59A 1P2RA 1LWKA 1QUGA 1L15A 1L08A 4ARMA 200LA 138LA 188LA 1L17A 127LA 140LA 1L0JA 1KW7A 183LA 1L02A 3HWLA 3DN6A 1P6YA 2B74A 1L68A 1P2LA 1QSQA 1QT4A 2A4TA 2RH1A 150LA 1L24A 1L56A 3NY8A 3HT6A 1P3NA 4IAPA 253LA 250LA 3HT7A 145LA 1LWGA 1T97A 232LA 1JQUA 1CTWA 230LA 1G06A 1D3MA 3C81A 196LA 1L01A 4AQNA 182LA 198LA 3HTFA 1G0GA 163LA 2O4WA 3F8VA 1L28A 1I6SA 1P46A 1B6IA 3CDVA 1L70A 1L32A 1LYJA 1G1VA 1L86A 1L54A 2QB0B 235LA 3HU8A 246LA 1WTHA 3HT9A 4I7LA 215LA 3OE6A 1D2YA 240LA 4EPFA 1CV3A 2F32A 2NTHA 2B7XA 144LA 1C6LA 1LYEA 4I7PA 259LA 3C8RA 1G0PA 3C8QA 172LA 1OYUA 1L20A 3SB5A 151LA 1C68A 1JTNA 3DMVA 4I7OA 1P7SA 1DYEA 4ARQA 120LA 220LA 114LA 1L81A 3QAKA 3NYAA 155LA 1L84A 1L87A 3VW7A 1D3NA 2HULA 3GULA 1C6NA 3HTGA 3C7YA 1L11A 1L29A 1C6PA 221LA 139LA 1P56A 2RAZX 1L30A 3GUJA 1L71A 2RAYX 3C7ZA 231LA 1L43A 1ZWNA 4LDOA 1C65A 192LA 157LA 189LA 1C6HA 3OE8A 1C6TA 1LYGA 1QSBA 252LA 1L97A 1CX6A 229LA 3HDEA 1LPYA 1DYBA 1KY1A 1OWZA 1G07A 126LA 1L19A 197LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SB8A 1L05A 4DD3A 1K28A 2LCBA 3OE0A 128LA 1DZBX 186LA 4Z3MA 3NY9A 4H9AA 1OQMA 2RBSA 3HUQA 4ARQB 5ILCA 2F4GA 1OUDA 3RT5X 217LA 1YIKA 1L39A 1GFGA 2QARC 219LA 2G4NA 1C6BA 194LA 4J1AA 3W6AA 1L88A 1C6CA 4H92A 2BQGA 1KXWA 107LA 3B0KA 1D6QA 199LA 1NHBA 4W52A 1CUQA 4GRVA 4W53A 4WM6A 1LSPA 1C6MA 4OWEA 2G4QA 1IIZA 1EPYA 1LSEA 3B0OA 1G7IC 1WQPA 5KXWA 3D9AC 1LSBA 1WQRA 4LZTA 1D9WA 1UCOA 2DQFC 3IJVA 3A90A 1CV6A 2BQBA 3TXIA 1LGWA 149LA 103LA 1CJ8A 1GB8A 1JKCA 4B4IA 3FI5A 1AZFA 1LZ8A 4I7KA 5KKIA 1YROA 1B7SA 3FA0A 4W56A 1QUHA 1LOZA 2W1MA 2OTYX 4CGEA 4OW1A 3HH5A 4XN6A 4HPEA 4LZMA 1AT5A 1JIYA 1GF6A 1L36A 1KIQC 1YILA 1WVVA 1GBSA 4HV2A 1UIEA 173LA 3G3WA 2B6TA 3GXKA 3AGGG 2OEAX 1JEFA 1G1WA 1WQMA 4J7VA 4WLXA 3TXEA 1B5UA 1L76A 1XSFA 1IP2A 4YOPA 3AGIA 2HUKA 238LA 5F14A 102LA 4LYCA 2EQLA 3A93A 1OV5A 2YBLA 243LA 1QT7A 1REZA 3ZEKA 212LA 2Z18A 2HEDA 1L60A 141LA 1IWUA 5LVHA 3P68A 1L80A 1CU6A 2CUUA 4WLTA 1LMQA 1HSXA 4EKQA 1L34A 1LZ6A 2RBQA 4DT3A 1G0KA 1L0KA 1BWHA 3LZTA 1QT6A 4LDEA 3WXTA 1F6RA 5I5QA 1LJEA 1UICA 1LZ1A 1LZ9A 2HU3A 3N9AA 4I8SA 1VEDA 1C6JA 4OWBA 109LA 1IWXA 1L45A 1L00A 148LE 4DJHA 1P5CA 4PHIA 2ZIKA 1IOQA 3HFMY 234LA 154LA 1SSYA 3F9LA 195LA 1CU0A 1L89A 4H8YA 2I26L 3P65A 4H94A 2C8OA 108LA 162LA 4G49A 4NWEA 2FBDA 2RBPA 1DYAA 5F9XA 4I7QA 1KW5A 3QY4A 2DQGY 129LA 171LA 4S0WA 2ZNXY 4WM2A 1D3FA 5DM9A 166LA 5LYZA 4ARJA 1L75A 1C43A 1HEWA 3GUOA 3F6ZA 3PDSA 3ODUA 4I7JA 1MLCE 1C6GA 225LA 2Z38A 3K3TA 1T3PA 1P64A 1KIRC 1LSFA 1IX0A 1GB5A 1C46A 3C7WA 3DNAA 2BQIA 3HBDA 3LYOA 180LA 1I56A 2RBNA 3A95A 2Q9EA 3A92A 3WPKA 4ZEEA 1JTTL 2HEAA 1IP3A 1HFYA 5C6IA 3P66A 3CT5A 1QDTA 1DYDA 2VB1A 3KAMA 193LA 1DI3A 3V2YA 3EMLA 1SLYA 1HNLA 2F47A 4CJ2A 4ARPA 2LC9A 1LLHA 5KXPA 1TCYA 1L51A 1PQOA 1KIPC 1CU5A 3L2XA 4H8ZA 5KXRA 4WM4A 130LA 258LA 4DDAA 236LA 1GFJA 5I4WA 3TXGA 3TMWA 1IWWA 4FDYA 160LA 1L91A 3A3QA 1LGXA 4R6CA 143LA 1NDGC 4Z98A 1UC0A 4H9CA 1L27A 1SSWA 1L14A 5KXMA 1B7NA 1XGUC 1L33A 1CKGA 1LZBA 1CV4A 2IGCA 3SN6R 1W08A 4C3WA 1QSWA 1GF9A 1D9UA 1DYCA 4K5YA 1QTKA 2MEIA 1LZGA 1GXV2 4I7NA 3EMSA 1KS3A 1GFUA 1L61A 3DMXA 3GUNA 1T6VL 5I53A 2B70A 3WU7A 1LI6A 1QTZA 1CVKA 4DQ7A 3LHMA 3E3DA 1P2RA 1L08A 3ULRA 4ETDA 2YBIA 4NHIA 183LA 1L02A 3HWLA 3DN6A 5I54A 1L68A 2YBNA 1P2LA 1QSQA 1QT4A 4N0JA 2RH1A 4RDSA 150LA 4IAPA 1GF0A 253LA 1HC0A 7LYZA 4WM3A 1GFAA 1T97A 1JJ1A 1GDWA 4GCBA 1G0GA 1LYSA 1LHIA 4HJYA 3CDVA 1L32A 3A3RX 3A6CY 1G7LC 3RW8A 2BQNA 1QSAA 1IOCA 3HT9A 4HJVA 1VDSA 1XGQC 2F32A 2NTHA 3ATNA 1KXYA 2YBMA 1G0PA 3C8QA 4NSHA 1L20A 4IJ4A 3J6KA 4B49A 1C68A 5L9JA 3ZVQB 1CJ7A 5I4YA 2HULA 4H90A 1LSCA 1WQQA 4TSCA 1C6PA 1P56A 3GUJA 1LSGA 4WOAA 1GPQC 1F0WA 1ZWNA 4B4JA 189LA 3OE8A 1LHJA 1JKAA 1OUCA 4WG7A 1GBOA 4LFPA 1CX6A 229LA 3B0IA 1KY1A 1OWZA 126LA 197LA 2YVBA 1LJHA 4OOOA 3TXFA 4WG1A 3OJPA 1L98A 2IHLA 4C5FA 4Z41A 1OV7A 3HT8A 4I7TA 3AZ4A 241LA 4QDNA 1OUIA 3DN3A 1Z55A 2O7AA 3W6EA 205LA 4GCFA 5KXTA 2HECA 1IO5A 4N9RA 4WLDA 1L57A 4XJHA 1L16A 2H9JA 261LA 1B5YA 1BB7A 133LA 1UIAA 1OVKA 1JKBA 4LDLA 4D9ZA 4DD2A 1B7MA 3G3VA 1GXXA 4LT0A 2A7FA 2DQEY 3SBBC 1QS5A 4CHXA 1QTEA 1L83A 177LA 4CFPA 2BQFA 256LA 4YEOA 1L37A 119LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3SB8 A;  1L05 A;  4DD3 A;  1K28 A;  2LCB A;  3OE0 A;  128L A;  1DZB X;  186L A;  4Z3M A;  3NY9 A;  4H9A A;  1OQM A;  2RBS A;  3HUQ A;  4ARQ B;  5ILC A;  2F4G A;  1OUD A;  3RT5 X;  217L A;  1YIK A;  1L39 A;  1GFG A;  2QAR C;  219L A;  2G4N A;  1C6B A;  194L A;  4J1A A;  3W6A A;  1L88 A;  1C6C A;  4H92 A;  2BQG A;  1KXW A;  107L A;  3B0K A;  1D6Q A;  199L A;  1NHB A;  4W52 A;  1CUQ A;  4GRV A;  4W53 A;  4WM6 A;  1LSP A;  1C6M A;  4OWE A;  2G4Q A;  1IIZ A;  1EPY A;  1LSE A;  3B0O A;  1G7I C;  1WQP A;  5KXW A;  3D9A C;  1LSB A;  1WQR A;  4LZT A;  1D9W A;  1UCO A;  2DQF C;  3IJV A;  3A90 A;  1CV6 A;  2BQB A;  3TXI A;  1LGW A;  149L A;  103L A;  1CJ8 A;  1GB8 A;  1JKC A;  4B4I A;  3FI5 A;  1AZF A;  1LZ8 A;  4I7K A;  5KKI A;  1YRO A;  1B7S A;  3FA0 A;  4W56 A;  1QUH A;  1LOZ A;  2W1M A;  2OTY X;  4CGE A;  4OW1 A;  3HH5 A;  4XN6 A;  4HPE A;  4LZM A;  1AT5 A;  1JIY A;  1GF6 A;  1L36 A;  1KIQ C;  1YIL A;  1WVV A;  1GBS A;  4HV2 A;  1UIE A;  173L A;  3G3W A;  2B6T A;  3GXK A;  3AGG G;  2OEA X;  1JEF A; 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