3ATOA

Glycine ethyl ester shielding on the aromatic surfaces of lysozyme: implication for suppression of protein aggregation
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Glycine ethyl ester shielding on the aromatic surfaces of lysozyme: Implication for suppression of protein aggregation
rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-01-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3atoA00
4TUNA 1CJ7A 1GFTA 4RW2A 5LVGA 2XBRA 3T6UA 4PPOA 1XSFA 1RCMA 4KPMA 4X3BA 1B7PA 1LSMA 4NSGA 1LYZA 3A96A 2BQLA 1BWHA 3B72A 1FDLY 4XENA 1LHLA 1LTMA 2MECA 1BB3A 4WL7A 5LVKA 5EBHA 1LSEA 6LYTA 1NF5A 2Z18A 4XN6A 5FELA 134LA 2DQFC 2YVBA 3WL2A 1P2CC 1BQLY 1LZ6A 3M3UA 1IORA 2LZ2A 1YL0X 2F2NA 1HMKA 1LMPA 1YQVY 1LAAA 2MEBA 1C7PA 1GD6A 1LZGA 2Z39A 1GAZA 5LXWA 2ZIKA 3TXEA 5KY1A 1T3PA 2DQHY 2DQEY 1H6MA 1IOSA 1RE2A 1A4VA 1QSWA 3AZ7A 3AGGG 1F10A 1GWDA 1OUCA 2YSSC 5FEKA 3TXIA 4AXTA 1IY3A 1GB5A 3AW7A 4NHTA 1B7NA 1GBOA 2G4QA 3AGHA 4TSBA 1YAPA 1HEOA 3AW6A 5II3A 2D4JA 1OUIA 1EQ5A 1LSZA 1TCYA 4GN4A 2LYOA 3CQLA 1V7TA 3QE8A 4DYGA 5I53A 1B2KA 5HQ1A 1HELA 4TTDA 5I4YA 1JPOA 4DC4A 1B7MA 1LJNA 3EMSA 1CKCA 1C10A 3CT0A 4I0CA 1LMQA 1B5XA 1D0LA 1LMTA 1JTTL 4CJ2A 4N9RA 4QEQA 2DQAA 2HECA 1LZDA 4WM6A 2MEAA 1IVMA 1IIZA 4NWHA 4KT3A 3RW8A 1DI4A 1B7RA 1UACY 2Z2FA 1KIRC 2ZYPA 3BKHA 3KAMA 4NHPA 4NGOA 3TMUA 3TMVA 3B6LA 2DBTA 1ZVHL 1CNSA 1GB8A 1TBYA 1YIKA 2BQBA 5C6JA 1G7MC 4BAPA 1QQYA 1GE1A 4DWXA 3CSQA 4N5RA 5KXLA 2DQJY 2HUBA 4FDYA 4QGZA 3WUAA 207LA 4Z46A 1KXYA 3TXFA 4H1PA 4ETBA 4CFPA 1JWRA 4H91A 5KXNA 1JTOL 1ZMYL 4Z98A 1JSFA 1LJ3A 1DXJA 3QY4A 2Y8PA 1LJKA 1LYOA 1JKAA 1OUHA 5I4XA 2LZTA 1LZCA 1KXXA 3B0OA 1LKRA 1LJGA 2Z19A 4H9EA 2YBMA 1XEJA 5HNCA 1IWUA 3TXDA 1CJ6A 1JJ1A 1VDPA 9LYZA 4H94A 5F9UA 4H93A 4NFVA 4LYTA 4WLXA 1QSAA 4OWCA 4HP0A 4HPIA 2LYZA 3WXUA 5A3ZA 5KXTA 1UIFA 4DD7A 5KXKA 4PJ2C 1LSFA 2BQMA 2F4AA 4B4EA 3LHMA 1W08A 2ZNWY 1N4FA 4H9HA 1OUEA 4YENA 4Z3MA 2BLYA 1VDSA 4NGVA 2EIZC 8LYZA 4LYOA 4LT1A 2BQNA 1UIAA 4N0JA 1IWWA 1BWIA 3LYZA 4LT0A 1YAMA 1HERA 1LZAA 5FCPA 1GF3A 1FBIX 1QIOA 1VDTA 2H9JA 1QUSA 1G7HC 3EO5A 2F30A 1LSGA 1NBYC 1B5WA 3W6DA 1AT6A 1D6QA 1D6PA 5F16A 5LYZA 2MEIA 1DI3A 1NHEA 1IP5A 1YANA 1NMMA 2N5ZA 3A6BY 2GV0A 1DI5A 4NEBA 4IASA 4R0FA 1UA6Y 1DQJC 1B7LA 4BAFA 1IWXA 1WQRA 2Z38A 4HPEA 4HTQA 1IWYA 3AJNA 1Z55A 1GBZA 208LA 3RT5X 1UCOA 1GPQC 1LHKA 3WU8A 5KXMA 1UBZA 4UWNA 1HFZA 5L3HA 1GHLA 1QTKA 3B0KA 1GEVA 4ET9A 1GE4A 1IC4Y 4B4IA 1IWZA 1CJ8A 3RNXA 4HJYA 4DDBA 1YKZX 1IP2A 1FLQA 1QDRA 1IP6A 2C8OA 1LSDA 2BPUA 1C43A 1GXXA 4UWVA 6LYZA 1LZNA 3OK0A 3CSRA 5APFA 1XGQC 2BLXA 132LA 4NGJA 5LVHA 1G7LC 1LZ4A 1LZYA 3A6CY 1LZBA 1IOQA 2YBNA 1GB9A 2D6BA 1ZVYB 2MEFA 3WPJA 5APDA 4ML7A 1JTPL 2HEBA 1AT5A 4PGJB 3WW5A 5L3IA 1I1ZA 1BB6A 3K3TA 1LZSA 1BVKC 4N1EI 4WM2A 2G4PA 4J1AA 2CGIA 1GEZA 1GBXA 1XGPC 1IOCA 4HSFA 4J1BA 4GCFA 4LYBA 4QY9A 1NQIA 1BB5A 1LMAA 1HFXA 4GCDA 4MSTA 3TXGA 1GFRA 3AZ5A 3A94A 1BWJA 1RI8B 2YBLA 1LHHA 3WVXA 4NG1A 2HU1A 3AZ4A 1GFKA 5IELA 3A67Y 1IP7A 1YKYX 2ZYCA 3W6EA 5D5CA 2MEHA 1GB2A 1ZV5L 1JKCA 2LHMA 3FI7A 2IFFY 3A34A 3WU9A 1LHJA 1WQNA 5HMVA 1GF5A 1GFAA 4UWUA 5LYTA 1FLUA 3AYQA 2LYMA 2FBDA 1D9UA 4HJZA 1IOTA 4YOPA 5KXWA 3VWOA 5A3EA 1UIDA 1IEEA 5K7OA 1LJHA 2HU3A 4WM3A 4OWHA 1JKBA 1LSNA 1C08C 2C8PA 2DKVA 4GCBA 4NG8A 4PRUA 4TX7A 5IDDA 4D9ZA 4B4JA 3MGWA 5FSTA 1HMLA 1GFGA 1GB6A 3W6FA 1F0WA 4M4OA 1OUAA 1F6SA 2NWDX 2EKSC 4XJDA 1GBSA 2EQLA 2W1MA 1HC0A 3D3DA 3AZ6A 5HNLA 1LZEA 3WYHA 1GF9A 4DD3A 1FKVA 4ZFPA 2Z37A 1F6RA 1HEWA 3N9EA 194LA 2D91A 4DDCA 4J0LA 1GFHA 1B5UA 3W6BA 1LCNA 5IHGA 2MEDA 1AKIA 3ATOA 4NSJA 2AUBA 2ZQ4A 2VB1A 1HEQA 4OWBA 2BQKA 5FHWA 1FN5A 4IJ4A 1LJEA 3HBEX 4E3UA 7LYZA 4DD9A 1LPIA 3B0IA 5LAFA 5KKJA 5ILFA 3A3RX 1LJJA 1UICA 1OP9B 3SP3A 1UIGA 4H8ZA 4XJIA 2ZILA 1GDWA 2W1LA 1REYA 1UC0A 2W1YA 1BB4A 2Z12A 1WQPA 1QUTA 1KXWA 1BHZA 2CJLA 2D4KA 2MEEA 1HSWA 4LYCA 3E3DA 4XJFA 5DN4A 1DPXA 3IWRA 5LA8A 2WARA 4QDNA 1D0MA 1T6VL 1HHLA 4CHXA 4G4CA 4WL6A 1GFJA 4NGWA 1HEMA 4MCKA 1SLYA 1GE3A 1NBZC 1OQMA 4H8YA 4XJBA 3LZ2A 4J7VA 4P2EA 5KXXA 1MELL 2HEEA 2BQFA 1LZ5A 135LA 1LSAA 1GB3A 3P4ZA 2D4IA 2DQIY 3CT5A 3LN2A 3RU5A 4B1AA 3N9CA 4OWEA 3TXJA 1GB7A 2A7DA 1OUGA 1BGIA 5LYMA 1HF4A 1UUZC 4YM8A 3LZTA 5C6LA 3HFMY 3CSZA 3IJVA 1GF7A 3G3AB 1XFPL 1YROA 4XJHA 1IWVA 1GBYA 1XGRC 1GF8A 1NDMC 1LZTA 3P68A 4LT3A 4LZTA 3GXKA 5HMJA 5FDJA 1GE0A 4N8ZA 1INUA 4ZIXA 5F81A 2YBHA 5B07A 3G3BB 1VAUA 1O23A 3J4GA 1E8LA 5AMYA 2HEDA 4NGKA 2RSCA 2YDGA 4WG7A 3EXDA 1XEIA 1DKJA 1I20A 1AZFA 1IR9A 1CKGA 1EQ4A 4C5FA 2I6ZA 4WM5A 5B59A 2B5ZA 3FE0A 2MEGA 3TMWA 4NGYA 5HLLA 1WTMA 4ANRA 4H9AA 2BQAA 3WULA 4DD0A 2IHLA 1XGUC 1LSCA 4WLTA 1IX0A 1HFYA 3CT1A 4HTNA 4H9CA 1WTNA 1G7JC 2A7FA 4WLYA 1B9OA 1HNLA 1OUFA 4NHIA 1LZRA 3WVYA 4YEMA 1GB0A 4C3WA 4PHIA 1JHLA 4H9BA 1IC5Y 1OUBA 4G4BA 4NIJA 1REXA 5DM9A 5T3FA 5I4WA 5LIOA 1B7OA 1YAQA 3W6AA 2BQCA 1TDYA 1B7QA 1B5ZA 1NDGC 5DL9A 1LYYA 1I56A 2ZNXY 3ATNA 3IJUA 3N9AA 1LZ8A 2DQGY 4GLVA 2I25L 1JJ3A 2XJWA 4GLAA 133LA 1JITA 5KXSA 3WXTA 5B05A 5M1YA 3QNGA 5L9JA 4G49A 4WMGA 1LJIA 3WPKA 2BQJA 3WUNA 4RLNA 2ZIJA 1YILA 1XGTC 4W94A 1JJ0A 1BVXA 5KXPA 5J7CA 2HEAA 1W6ZA 1LSPA 4H90A 3A8ZA 1REZA 4M6DA 1WVUA 5I54A 1G7IC 1J1XY 2BQHA 5APCA 1VEDA 3A91A 1LJ4A 5KXZA 1D0KA 2BQDA 2F4GA 3GXRA 1CKHA 1FLYA 2PC2A 2YBIA 5C6IA 1LHIA 2ZQ3A 3AB6A 1IP3A 3W6CA 1LYSA 4ZEEA 1VATA 4HJVA 1XEKA 4MR1A 4Z41A 1GFEA 4XYYA 2HEFA 4II8A 1OUJA 1GFVA 2Q0MX 1UIEA 3A93A 5E4PA 154LA 1SQ2L 1LJFA 4LT2A 3WW6A 5KXRA 2H5ZA 1NKHA 2CWIA 1GAYA 3A95A 1GDXA 1LMNA 4GCEA 4KXIA 4WM1A 1YAOA 1BB7A 4YEOA 3WMKA 4ETAA 4ETEA 3HBHA 1LKSA 4H9FA 1DKKA 3TXKA 1B0DA 3ZVQB 4OOOA 5KXOA 4BS7A 1LSBA 1GE2A 1IR7A 2YBJA 4DD2A 3LYMA 5LAGA 1IR8A 1WQQA 1CKFA 4YF2A 4CGEA 4RDSA 1B5VA 4LFXA 1HENA 1LHMA 1GBWA 1A2YC 3WUMA 1QTEA 1MLCE 5B06A 3WH1A 4WOAA 3ZVQA 2XTHA 1KIPC 1IY4A 5I5QA 4FJRA 3T36A 4G9SA 4WG1A 1GF4A 4NGLA 1JEFA 4NSIA 2Z2EA 4WO9A 3RZ4A 1B5YA 1LOZA 2CDSA 3BKVA 3HBDA 3WPLA 5KJ9A 4O34A 4HTKA 4ETCA 1FLWA 1JSEA 1LZ1A 1DZBX 2BQEA 1RFPA 4GN5C 1UIHA 3A90A 5KXYA 3ZEKA 4LYZA 4U3XB 2BQOA 4B49A 4LGKA 4XADA 4OW1A 1ALCA 1J1OY 4ETDA 5LA5A 5LINA 1IP4A 4TSCA 3AGIA 4CFOA 5APEA 1LMOA 1IC7Y 4N1CC 3TXHA 5LVIA 4DD1A 3P64A 4W96A 2DQCY 3A3QA 3LYOA 4I8SA 4WO6A 4TWSA 4DDAA 1RJCB 1H87A 1TAYA 4EOFA 1GFUA 2XBSA 1B7SA 1KIQC 1AM7A 1DPWA 1WQOA 2BQIA 1EQEA 4GN3A 1OUDA 5B1GA 4RW1A 1HSXA 1FKQA 3TMXA 1J1PY 4H8XA 5F14A 1YL1X 4WM4A 1IO5A 3J6KA 4AGAA 2FBBA 1TEWA 2FYDA 4GCCA 1JKDA 4BADA 3LYTA 4HV2A 5B1FA 3A92A 1C46A 4L41A 5DN5A 1LSYA 4EMNA 1UIBA 1C45A 4NGZA 4PRQA 1EL1A 4IATA 3CB7A 5E9RA 1VFBC 1GXV2 2BQGA 1NWGA 1PZYA 2X0AA 4WLDA 4OOTA 4LFPA 4XJGA 5ILCA 2W1XA 193LA 3W3EA 4G4HA 1CJ9A 4A7DA 1LZ9A 3M18B 4H9IA 4R6CA 1CKDA 1YKXX 3EBAB 4NGIA 1REMA 3ULRA 5DLAA 4LYMA 1JISA 4NY5A 2I26L 4NHQA 4NSHA 1JIYA 1JUGA 4OWAA 4B0DA 4ET8A 1HEPA 1VDQA 1QDTA 2FYCA 2H9KA 1LMCA 5F9XA 5LVJA 2HTXA 3OJPA 1PS5A 3WU7A 1IWTA 2DQDY 3D9AC 4KL7A 3TXBA 5JENB 153LA 1GF0A 2EPEA 3F6ZA 4NWEA 5D5FA 4DT3A 1IP1A 1GF6A 2G4NA 3P66A 5KKIA 4NHSA 1V7SA 4HV1A 2BAAA 3P65A 4RLMA 4H92A 2ZWBA 1WQMA 1WVVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
210LA 2XBRA 3T6UA 4KPMA 1LYHA 1LYZA 3A96A 4NSGA 1KW7A 3SBBC 1FDLY 4XENA 1BB3A 4WL7A 1LSEA 6LYTA 1NF5A 2DQFC 189LA 1P2CC 1LZ6A 2LZ2A 3HT8A 2F2NA 5LXWA 1LW9A 1QSWA 4EKRA 1GWDA 2YSSC 1K28A 1IY3A 3AW7A 1L94A 1SSYA 3AW6A 2D4JA 3SB8A 1LSZA 3QE8A 213LA 1PQIA 5HQ1A 5I4YA 1CV0A 1B7MA 162LA 1LWKA 1L28A 4I0CA 1B5XA 4N9RA 1L99A 1UACY 2ZYPA 1KIRC 1LYEA 4NHPA 138LA 1L33A 108LA 2B6WA 3B6LA 1TBYA 1YIKA 2BQBA 148LE 1G7MC 1QQYA 178LA 115LA 1P37A 2DQJY 2HUBA 1SX2A 1P7SA 1KXYA 4ETBA 1JWRA 1JTOL 4Z98A 1JSFA 1LYOA 1P2LA 3FA0A 1JKAA 2LZTA 2RBQA 1LKRA 4H9EA 1CU2A 1IWUA 3TXDA 9LYZA 215LA 1D3JA 1QSAA 151LA 4HPIA 1UIFA 167LA 2BQMA 1PQMA 114LA 4NGVA 184LA 4LYOA 2BQNA 4LT0A 3LYZA 1YAMA 1FBIX 128LA 1QUSA 187LA 1NBYC 3W6DA 2HUKA 1C6PA 1G06A 4NEBA 1UA6Y 1DQJC 1L58A 1L00A 227LA 1UBZA 161LA 3B0KA 1GEVA 4ET9A 1GE4A 1L67A 1QS9A 3RNXA 4DDBA 2C8OA 1LSDA 2BPUA 1C43A 4UWVA 1L65A 3CSRA 1XGQC 2BLXA 2NTHA 1G7LC 1L27A 1LZBA 4I7NA 1IOQA 1GB9A 5APDA 1SWZA 2HEBA 1LZSA 2G4PA 1KS3A 1GBXA 1IOCA 4YXAC 4QY9A 4W51A 1BB5A 3A94A 1RI8B 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4TUN A;  1CJ7 A;  1GFT A;  4RW2 A;  5LVG A;  2XBR A;  3T6U A;  4PPO A;  1XSF A;  1RCM A;  4KPM A;  4X3B A;  1B7P A;  1LSM A;  4NSG A;  1LYZ A;  3A96 A;  2BQL A;  1BWH A;  3B72 A;  1FDL Y;  4XEN A;  1LHL A;  1LTM A;  2MEC A;  1BB3 A;  4WL7 A;  5LVK A;  5EBH A;  1LSE A;  6LYT A;  1NF5 A;  2Z18 A;  4XN6 A;  5FEL A;  134L A;  2DQF C;  2YVB A;  3WL2 A;  1P2C C;  1BQL Y;  1LZ6 A;  3M3U A;  1IOR A;  2LZ2 A;  1YL0 X;  2F2N A;  1HMK A;  1LMP A;  1YQV Y;  1LAA A;  2MEB A;  1C7P A;  1GD6 A;  1LZG A;  2Z39 A;  1GAZ A;  5LXW A;  2ZIK A;  3TXE A;  5KY1 A;  1T3P A;  2DQH Y;  2DQE Y;  1H6M A;  1IOS A;  1RE2 A;  1A4V A;  1QSW A;  3AZ7 A;  3AGG G;  1F10 A;  1GWD A;  1OUC A;  2YSS C;  5FEK A;  3TXI A;  4AXT A;  1IY3 A;  1GB5 A;  3AW7 A;  4NHT A;  1B7N A;  1GBO A;  2G4Q A;  3AGH A;  4TSB A;  1YAP A;  1HEO A;  3AW6 A;  5II3 A;  2D4J A;  1OUI A;  1EQ5 A;  1LSZ A;  1TCY A;  4GN4 A;  2LYO A;  3CQL A;  1V7T A;  3QE8 A;  4DYG A;  5I53 A;  1B2K A;  5HQ1 A;  1HEL A;  4TTD A;  5I4Y A;  1JPO A;  4DC4 A;  1B7M A;  1LJN A; 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 3AGI A;  4CFO A;  5APE A;  1LMO A;  1IC7 Y;  4N1C C;  3TXH A;  5LVI A;  4DD1 A;  3P64 A;  4W96 A;  2DQC Y;  3A3Q A;  3LYO A;  4I8S A;  4WO6 A;  4TWS A;  4DDA A;  1RJC B;  1H87 A;  1TAY A;  4EOF A;  1GFU A;  2XBS A;  1B7S A;  1KIQ C;  1AM7 A;  1DPW A;  1WQO A;  2BQI A;  1EQE A;  4GN3 A;  1OUD A;  5B1G A;  4RW1 A;  1HSX A;  1FKQ A;  3TMX A;  1J1P Y;  4H8X A;  5F14 A;  1YL1 X;  4WM4 A;  1IO5 A;  3J6K A;  4AGA A;  2FBB A;  1TEW A;  2FYD A;  4GCC A;  1JKD A;  4BAD A;  3LYT A;  4HV2 A;  5B1F A;  3A92 A;  1C46 A;  4L41 A;  5DN5 A;  1LSY A;  4EMN A;  1UIB A;  1C45 A;  4NGZ A;  4PRQ A;  1EL1 A;  4IAT A;  3CB7 A;  5E9R A;  1VFB C;  1GXV 2;  2BQG A;  1NWG A;  1PZY A;  2X0A A;  4WLD A;  4OOT A;  4LFP A;  4XJG A;  5ILC A;  2W1X A;  193L A;  3W3E A;  4G4H A;  1CJ9 A;  4A7D A;  1LZ9 A;  3M18 B;  4H9I A;  4R6C A;  1CKD A;  1YKX X;  3EBA B;  4NGI A;  1REM A;  3ULR A;  5DLA A;  4LYM A;  1JIS A;  4NY5 A;  2I26 L;  4NHQ A;  4NSH A;  1JIY A;  1JUG A;  4OWA A;  4B0D A;  4ET8 A;  1HEP A;  1VDQ A;  1QDT A;  2FYC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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