1GXV2

Solution structure of lysozyme at low and high pressure
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
publication title Pressure-Dependent Changes in the Solution Structure of Hen Egg-White Lysozyme
pubmed doi rcsb
total genus 55
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
2 PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gxv200
3RU5A 4J1AA 2LYOA 2A7FA 2FYCA 5APEA 4CFPA 4NIJA 1DKJA 1GE4A 4OOOA 2FBDA 4GCDA 1YAPA 4H9EA 4WM3A 2CJLA 4M6DA 3RNXA 3TXFA 1DPXA 1JUGA 4LT3A 5F16A 4H8XA 3A95A 3A67Y 4XJGA 1LZ6A 4KXIA 1RJCB 4RLNA 1J1OY 3AW6A 3K3TA 1HFXA 2Z19A 1D9UA 1GDWA 1IR8A 1KXYA 4NSJA 2XBRA 2BAAA 2HEDA 1NBYC 2AUBA 1GB8A 2F4GA 1BWJA 3A34A 1CKHA 4ZIXA 4GLVA 1CNSA 1DPWA 2LYZA 1XGQC 2D4JA 1IP1A 5APFA 1H6MA 1LKSA 3P64A 3J6KA 1LMAA 5B06A 1GDXA 4XN6A 2I25L 1LPIA 2BQKA 3ATNA 2LYMA 1B5YA 1JJ3A 1LHMA 3ZEKA 1GB0A 1RI8B 1OUCA 2MEDA 4N9RA 1WQPA 3A3QA 2CDSA 1GBYA 4PHIA 1BB5A 2MECA 2BLXA 1TAYA 2BQNA 5LA5A 1DXJA 4H1PA 2ZWBA 1XFPL 4C3WA 1TCYA 4ETBA 3WYHA 2BQMA 5A3EA 1LMOA 1LYYA 4RDSA 1IOTA 3WU9A 4BADA 9LYZA 1LMQA 4NGKA 3D3DA 4QGZA 1GFAA 3IWRA 1GF7A 3A96A 5KXLA 1IWZA 1LJJA 2IHLA 4UWUA 1GBSA 5KXPA 1DI5A 2MEBA 1NDGC 4DD1A 1CJ7A 3TMVA 4B0DA 1LZBA 1OQMA 1SLYA 3TXHA 3GXKA 1G7JC 1CKFA 5LVGA 3A92A 2D91A 1HMLA 2BQDA 5E9RA 1GF3A 1LAAA 5LVHA 1G7HC 2DQJY 1UCOA 1GF5A 1TEWA 1GAZA 1GF6A 1NWGA 1IOCA 5E4PA 4GN5C 3TMWA 2Z12A 4GCCA 4DD0A 4U3XB 1JJ1A 4LYZA 4H9AA 3CSRA 4DT3A 1D0MA 1HHLA 2H9KA 1GEZA 4LT2A 1KIRC 3A3RX 1LZ4A 3AGIA 4YENA 4OWAA 4R6CA 5KXTA 4XJBA 4W94A 4HSFA 1AZFA 3CT5A 5FSTA 3WPLA 1LSBA 3P66A 1IOSA 2DQEY 4ETAA 1GF9A 4FDYA 4PGJB 2DQDY 4WO9A 1FDLY 1WQOA 3KAMA 2HU1A 3IJVA 1E8LA 1B2KA 1JEFA 3P65A 1HEWA 1IORA 1B5ZA 1YKYX 3MGWA 1LZCA 1DI3A 1IIZA 4AGAA 1JIYA 1JKCA 3W6FA 1YANA 1IWWA 1YAMA 1QIOA 4H92A 4WOAA 3N9AA 2D4IA 3A6BY 3P4ZA 2VB1A 5FCPA 3TXJA 1XGUC 3F6ZA 1OUIA 4NG1A 4GCBA 4QDNA 2H5ZA 3N9EA 1JHLA 5F9UA 5K7OA 1NF5A 1REMA 2D6BA 3AGGG 1GFHA 3LYTA 4G4HA 4QY9A 2WARA 4IJ4A 1YQVY 1I1ZA 4H93A 5IDDA 4TSCA 1OUDA 1UIEA 3CB7A 4NGWA 1B0DA 2G4QA 1FBIX 1OUFA 1YROA 3A91A 1LMCA 5KY1A 1LJFA 2F4AA 3WVXA 1ZV5L 1JITA 1GF4A 1LKRA 1WTNA 2BQIA 2I26L 4WLDA 1EL1A 4DDAA 4XYYA 2IFFY 4WG7A 1XEJA 2H9JA 2YBJA 4X3BA 4H9BA 3B0KA 4B4JA 1AKIA 1FN5A 2GV0A 1GE0A 2Z38A 4GN3A 1KIQC 5KXKA 2MEIA 1HEMA 4LYOA 4MCKA 1LZDA 1NKHA 1YAOA 4PJ2C 1D6QA 1LZTA 1QDTA 1HSXA 3LZTA 5I5QA 5I4YA 4EMNA 1AT5A 3M18B 3QY4A 4LYBA 4YEOA 5FELA 1C10A 4DD9A 1QUSA 4HV1A 1GBWA 4CHXA 4NGZA 4UWNA 1IR7A 1CKGA 1C46A 3B72A 1IC7Y 1QTKA 2LZTA 4E3UA 193LA 1EQEA 2ZIKA 1LZEA 1IC5Y 1IP3A 4C5FA 1WTMA 5APDA 4G4BA 5I4XA 4Z98A 1JTPL 3WUNA 1GF8A 2XJWA 4H91A 3LYOA 3WU8A 3GXRA 1GB6A 1JTTL 208LA 2YDGA 1JKDA 4GLAA 4PRUA 3HBDA 4NEBA 4XJIA 4Z3MA 5B59A 5LXWA 1GE2A 1LSCA 2ZQ3A 1A4VA 2MEAA 4WMGA 6LYZA 1IP6A 4HP0A 1JTOL 4GCFA 2W1YA 1GB9A 2BQJA 1SQ2L 3TXBA 135LA 4ET8A 1QQYA 5LYTA 4LFXA 1O23A 1C43A 1F6RA 6LYTA 3EO5A 5C6LA 2BQGA 3LHMA 2HEBA 3WW5A 4NWEA 4WLXA 1V7TA 2BQCA 4LGKA 4XJDA 1GB7A 2BQBA 3EBAB 4GN4A 4OW1A 4XENA 5I53A 1GAYA 4B4IA 3VWOA 2EIZC 2BQAA 5II3A 1VFBC 1UUZC 4LFPA 2Y8PA 4NHQA 4RLMA 1LHHA 3W3EA 5HQ1A 5M1YA 2YBLA 5D5CA 1LSFA 4TSBA 5ILCA 1LYZA 2MEHA 4LT0A 5JENB 133LA 1T3PA 3EMSA 1LJ3A 1BWIA 3ULRA 1LSDA 4ANRA 1RFPA 7LYZA 1LZYA 1QDRA 1REYA 2FBBA 1IWTA 3P68A 3ZVQA 5KXMA 1G7LC 3CSQA 2DQCY 1RE2A 3HBEX 1LSAA 2YBIA 1WQQA 1WVVA 134LA 2C8PA 1LSEA 2YBMA 1LCNA 1IP5A 1GPQC 4NHIA 1NQIA 3J4GA 4P2EA 1ALCA 5KXZA 4H8YA 2DQGY 4NGOA 1P2CC 4II8A 1TBYA 4YEMA 2ZQ4A 1IEEA 4XADA 4J1BA 1IR9A 5DLAA 1LJHA 1GBOA 1A2YC 1LHKA 1VATA 2LHMA 4QEQA 4WL7A 1QUTA 8LYZA 1GFEA 5C6IA 1XGTC 1WQNA 2BQEA 5I54A 5IHGA 5F14A 4NHTA 2ZNXY 5L3IA 4N1EI 1LTMA 4NGIA 2NWDX 1LJEA 4YF2A 1B9OA 1GXV2 1VDPA 1ZMYL 1LOZA 1LMNA 4MSTA 3W6CA 5HMJA 4Z46A 1IC4Y 5LYZA 1GB2A 1UACY 1LZNA 4IASA 1PS5A 1YKZX 1LZRA 2LZ2A 4M4OA 4H9CA 4OWBA 5LIOA 4OWEA 4WG1A 3TXKA 1NDMC 4IATA 5KXOA 4NWHA 1CJ8A 4H8ZA 3FE0A 1BB6A 1LSGA 1GE3A 1VEDA 4NGYA 3HBHA 4DDBA 2YVBA 4DDCA 2D4KA 1GF0A 5ILFA 3AZ6A 1GFUA 1BB7A 2BQHA 1LMTA 5KXWA 2A7DA 1WVUA 4B4EA 5DL9A 2XBSA 1XEIA 4NSIA 4DD7A 3EXDA 1I56A 1INUA 4I0CA 1VDSA 1BHZA 5F9XA 4OWCA 4G4CA 2HEEA 4R0FA 1W08A 1QSAA 5L3HA 1C45A 5EBHA 3RT5X 2RSCA 3WUMA 4LYMA 1B7SA 5DM9A 5APCA 3TMUA 1IVMA 1IO5A 1B7OA 1F6SA 4W96A 1KIPC 3TMXA 132LA 2XTHA 4A7DA 4ZEEA 3N9CA 4OWHA 1CJ9A 1LSPA 1LZ5A 4G9SA 4WLYA 2HU3A 1B7MA 4H9FA 3AW7A 4NSHA 1HSWA 4XJFA 1D0KA 5LA8A 1IWYA 1EQ5A 1BB3A 2W1XA 3W6AA 3BKVA 5HNCA 1F0WA 2HUBA 1VAUA 1UIHA 3W6BA 3WUAA 1JJ0A 2DQHY 1C7PA 1GFJA 1LZSA 3IJUA 3T6UA 1REXA 2ZYCA 4HJZA 1IP4A 4G49A 3WH1A 1KXXA 3WMKA 4WO6A 1HNLA 5B1GA 2X0AA 1GHLA 1YAQA 1JKAA 1PZYA 2YBNA 4TUNA 1GFVA 3CT0A 4LYCA 1GFRA 4DYGA 1OUJA 1OUAA 2DQAA 4J0LA 1LJIA 3WPKA 1B7NA 4OOTA 5F81A 3LZ2A 4CFOA 4ETDA 3BKHA 4D9ZA 1KXWA 5KXNA 1OUGA 1DQJC 1GB3A 1AM7A 4N8ZA 4NY5A 2DQFC 1IOQA 1LYSA 2W1LA 4PPOA 5AMYA 4LT1A 1XGPC 5C6JA 2YBHA 1REZA 4MR1A 4N1CC 4NG8A 3OJPA 4RW2A 1LHIA 3A90A 1JPOA 1FLWA 1HEQA 1TDYA 1H87A 3E3DA 1OUBA 3WVYA 4ZFPA 4NHSA 2Z2FA 1GD6A 4HTQA 1J1PY 2HTXA 1GWDA 3RW8A 5DN5A 4B49A 1VDQA 1GXXA 1IP2A 4HV2A 5KJ9A 4H9HA 1FKQA 1UIDA 5LAFA 1IWXA 1IY4A 1LJNA 1DI4A 3LYZA 5LVKA 3B0OA 3WPJA 1GFGA 1B5UA 1V7SA 4KL7A 3G3BB 4CGEA 1HC0A 2BQOA 153LA 3ATOA 4TTDA 1J1XY 2FYDA 5T3FA 4YOPA 2Q0MX 154LA 1UIBA 4KT3A 4RW1A 1CKCA 4DWXA 4EOFA 1B7LA 1NHEA 1LZ9A 3A94A 1OUEA 1GBZA 3AGHA 3A6CY 4WM5A 1OP9B 3TXDA 5A3ZA 4UWVA 194LA 2Z2EA 4ML7A 2Z39A 4PRQA 5KXRA 3QE8A 5DN4A 1FKVA 1JWRA 2F30A 3WL2A 1LSZA 1GBXA 1UIFA 1B5XA 1LZ1A 4HTNA 2G4PA 4J7VA 1D6PA 1G7IC 2DBTA 2DKVA 1BWHA 3AZ4A 1GEVA 4DC4A 3A93A 1UBZA 4H9IA 5J7CA 5KXXA 2DQIY 4TX7A 1MELL 2W1MA 1LMPA 4L41A 1NMMA 4N0JA 4LZTA 1LZ8A 1HF4A 1WQMA 2EKSC 4HPIA 4WM4A 3CQLA 4ETEA 2CGIA 4DD2A 1WQRA 1GB5A 3AZ5A 5FDJA 2ZYPA 1GE1A 1CKDA 1IWUA 1JSEA 1B7PA 1VDTA 2C8OA 2EQLA 3HFMY 1YL0X 1ZVYB 3CSZA 5LVIA 1LYOA 2ZIJA 1N4FA 5LYMA 2EPEA 1LSMA 5B07A 1HERA 5KKJA 2HEAA 1JKBA 2N5ZA 5D5FA 1LZAA 1FLYA 1LJ4A 3AJNA 1DZBX 207LA 4WL6A 4ETCA 4WM6A 1HENA 1ZVHL 1BQLY 5LAGA 4NGLA 1OUHA 2PC2A 3FI7A 4H90A 3W6DA 4GCEA 3A8ZA 4WM1A 1IX0A 3B0IA 4WLTA 4B1AA 3QNGA 3TXEA 1QSWA 1LHJA 4HJVA 4YM8A 1UA6Y 4LYTA 1XGRC 3TXGA 1DKKA 4AXTA 3ZVQB 5FEKA 4O34A 1XSFA 5HLLA 1JSFA 2F2NA 4NGVA 5L9JA 1HFZA 1MLCE 1BVXA 4FJRA 2YSSC 1F10A 3B6LA 4CJ2A 3OK0A 1FLQA 3AB6A 4KPMA 3SP3A 1Z55A 2B5ZA 3WXUA 3AZ7A 5HMVA 1HFYA 1W6ZA 4NGJA 2BPUA 3WXTA 2Z18A 1CJ6A 1HEPA 1GFTA 1QTEA 2I6ZA 1B5VA 1HELA 4HTKA 3WW6A 4XJHA 1HMKA 1RCMA 4H94A 5LVJA 5KXSA 1UIAA 5FHWA 3WU7A 2CWIA 1UIGA 4HPEA 4N5RA 1HEOA 1NBZC 3G3AB 1JISA 1LJGA 4WM2A 1BVKC 1B5WA 2MEFA 4BAFA 1UICA 2MEEA 1BGIA 1UC0A 1C08C 2HECA 1G7MC 1YIKA 5B05A 4NSGA 3LYMA 1T6VL 2BQFA 1IWVA 1LZGA 3W6EA 3WULA 4ET9A 2MEGA 1LSYA 5IELA 3T36A 4I8SA 3M3UA 1B7QA 3AYQA 1FLUA 4NHPA 1IY3A 1YILA 1LHLA 4TWSA 1XEKA 2BQLA 4BS7A 5KKIA 1EQ4A 4DD3A 3D9AC 4NFVA 1YKXX 1GFKA 5HNLA 4BAPA 5LINA 1LSNA 2BLYA 3RZ4A 5B1FA 5KXYA 2HEFA 5I4WA 2Z37A 2ZILA 2ZNWY 4HJYA 1YL1X 3CT1A 3LN2A 3TXIA 4Z41A 2G4NA 1LJKA 1IP7A 1BB4A 1D0LA 1AT6A 1I20A 1B7RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RU5A 2FYCA 1CX7A 4NIJA 3C82A 1GE4A 2FBDA 1YAPA 1L96A 1L04A 3A67Y 4XJGA 1RJCB 3FI5A 3K3TA 1HFXA 4EKQA 1D9UA 1GDWA 1CV6A 3DKEX 1D2YA 181LA 4GLVA 1XGQC 2D4JA 4LDLA 5APFA 1H6MA 1LKSA 3P64A 3J6KA 234LA 5B06A 2LYMA 1JJ3A 1GB0A 1OUCA 4OO9A 1BB5A 1KY1A 1QTHA 1KS3A 4H1PA 1XFPL 1C6MA 5A3EA 1IOTA 4W59A 3IWRA 1GF7A 3A96A 5LZMA 1IWZA 5KXPA 4DD1A 1CJ7A 3TXHA 1G7JC 2HUKA 1OWYA 165LA 1GF3A 5LVHA 1L21A 3DN1A 3C7WA 1GAZA 1L46A 1JJ1A 2RAZX 4DQ7A 1D0MA 3HDEA 4OWAA 1LSBA 1GF9A 1L47A 4FDYA 1L37A 2F32A 3IJVA 1JEFA 3P65A 1C6IA 1IORA 3MGWA 1C6LA 4I7MA 159LA 168LA 2B7XA 3N9AA 3TXJA 4NG1A 3F6ZA 1G0MA 2H5ZA 2B74A 3N9EA 5F9UA 1NF5A 1REMA 2D6BA 4QY9A 3OE6A 4IJ4A 1I1ZA 5IDDA 226LA 198LA 1L13A 1UIEA 1DYEA 4ARMB 1OUFA 3PBLA 1LMCA 1L81A 1GF4A 2IFFY 4WG7A 2H9JA 245LA 4X3BA 1AKIA 1FN5A 231LA 4GN3A 1HEMA 1PQOA 1YAOA 2HULA 1GBWA 4UWNA 1L51A 4EPFA 1QTKA 3F8VA 4ARLA 1EQEA 1L08A 1LZEA 4C5FA 3HT7A 4Z98A 233LA 3WUNA 3LYOA 1JTTL 4Z3MA 1LSCA 1L26A 1KY0A 2W1YA 4I7KA 135LA 4ET8A 1CV0A 1O23A 6LYTA 2BQGA 2HEBA 3EBAB 4XENA 2QB0B 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RU5 A;  4J1A A;  2LYO A;  2A7F A;  2FYC A;  5APE A;  4CFP A;  4NIJ A;  1DKJ A;  1GE4 A;  4OOO A;  2FBD A;  4GCD A;  1YAP A;  4H9E A;  4WM3 A;  2CJL A;  4M6D A;  3RNX A;  3TXF A;  1DPX A;  1JUG A;  4LT3 A;  5F16 A;  4H8X A;  3A95 A;  3A67 Y;  4XJG A;  1LZ6 A;  4KXI A;  1RJC B;  4RLN A;  1J1O Y;  3AW6 A;  3K3T A;  1HFX A;  2Z19 A;  1D9U A;  1GDW A;  1IR8 A;  1KXY A;  4NSJ A;  2XBR A;  2BAA A;  2HED A;  1NBY C;  2AUB A;  1GB8 A;  2F4G A;  1BWJ A;  3A34 A;  1CKH A;  4ZIX A;  4GLV A;  1CNS A;  1DPW A;  2LYZ A;  1XGQ C;  2D4J A;  1IP1 A;  5APF A;  1H6M A;  1LKS A;  3P64 A;  3J6K A;  1LMA A;  5B06 A;  1GDX A;  4XN6 A;  2I25 L;  1LPI A;  2BQK A;  3ATN A;  2LYM A;  1B5Y A;  1JJ3 A;  1LHM A;  3ZEK A;  1GB0 A;  1RI8 B;  1OUC A;  2MED A;  4N9R A;  1WQP A;  3A3Q A;  2CDS A;  1GBY A;  4PHI A;  1BB5 A;  2MEC A;  2BLX A;  1TAY A;  2BQN A;  5LA5 A;  1DXJ A;  4H1P A;  2ZWB A;  1XFP L;  4C3W A;  1TCY A;  4ETB A;  3WYH A;  2BQM A;  5A3E A;  1LMO A;  1LYY A;  4RDS A;  1IOT A;  3WU9 A;  4BAD A;  9LYZ A;  1LMQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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