4WM6A

High pressure protein crystallography of hen egg white lysozyme at 950 mpa
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title High-pressure protein crystallography of hen egg-white lysozyme
pubmed doi rcsb
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4wm6A00
5M1YA 2BQMA 2BQOA 1OUFA 4G4CA 1YILA 1SLYA 3AZ7A 4ZEEA 4LT0A 3LZ2A 2LHMA 1LJFA 2BQDA 2YBHA 3D3DA 4DDAA 1J1PY 1JTPL 4OOOA 1DPWA 2Z2EA 4G4HA 5JENB 4XJFA 4LFPA 3LZTA 1PS5A 1XGTC 1QQYA 2HUBA 4TUNA 4XJGA 5HNCA 1IWVA 2MEBA 3D9AC 1ZVYB 1OUJA 4GCDA 4LZTA 4OWCA 4KXIA 5APCA 5KJ9A 1OUAA 4H8YA 1IOSA 3TMUA 1LZEA 1JTTL 2Z12A 5LA8A 2BPUA 3TXBA 3WPLA 2B5ZA 1C10A 1IVMA 2HU1A 4NSIA 1HEMA 1UBZA 2F2NA 1GFJA 1REYA 2LYOA 2DQDY 1XEKA 5LINA 2G4QA 4GLAA 5HQ1A 1QSAA 4FJRA 3WL2A 1HMLA 1TEWA 1HNLA 1IP6A 1IP7A 4TWSA 1XEJA 1D0LA 4GCBA 1DI3A 1V7TA 3RNXA 4NSJA 1G7LC 4RLMA 3TMWA 5KXXA 1B7PA 2HEDA 4N5RA 4W94A 1WQQA 1GFRA 4HSFA 3WXTA 1I20A 4NGOA 4G49A 4KL7A 1EQ5A 1XGUC 4AXTA 1IC5Y 4CJ2A 4G9SA 4UWVA 4LYZA 5IHGA 1REZA 1XGPC 3IWRA 5J7CA 1GB5A 4EMNA 3W6CA 1HEPA 2DKVA 4XN6A 2C8PA 1OUCA 1MELL 4PPOA 4PHIA 2F4GA 3W6BA 4ML7A 1OUDA 4H9EA 5AMYA 1RFPA 1IO5A 2BQEA 2IHLA 3GXRA 2DQAA 1I56A 4NWHA 1BB4A 1OUHA 4MCKA 3LYTA 1BVKC 5L9JA 5I54A 1IP4A 1IWZA 1WTNA 1LZDA 4D9ZA 1XSFA 1HEWA 5LAFA 1HEOA 4NGYA 4PRUA 1QDTA 1IWUA 1GBSA 4FDYA 4WG7A 1IOTA 1FLWA 2LZTA 4QGZA 1FLUA 4LT3A 1HELA 1BB5A 1LZ9A 4DYGA 1NDGC 5KKJA 1T6VL 2DBTA 4RLNA 1VDPA 1GF5A 1JSFA 8LYZA 4N9RA 1B5UA 3RT5X 1H6MA 5L3IA 1B5WA 5LVKA 1IOCA 5HLLA 2XBRA 1F6RA 1YKXX 1HMKA 4J1BA 4H8ZA 2FYCA 1TBYA 1CKDA 4H9CA 4NGIA 2MEIA 1JWRA 1KIRC 4LYBA 4NSHA 1NHEA 1GFTA 2W1XA 4N1CC 5KXRA 2EPEA 1B2KA 3CT5A 1LHIA 2G4PA 1JIYA 3CT1A 1GF6A 4G4BA 3WH1A 4ZIXA 3P64A 1XEIA 5A3ZA 3TXDA 1REXA 3A67Y 4LYCA 4MR1A 3IJUA 1NBYC 4TSCA 5B1FA 2BAAA 4HJYA 3LYMA 3W6FA 1GFUA 2D4KA 1NKHA 5HMVA 1IP2A 1BVXA 2ZIJA 3A96A 4HJVA 4M4OA 3TXJA 4H9FA 4DDBA 1UUZC 1LHKA 1BQLY 1IY3A 1GBZA 1UIDA 2G4NA 4NGKA 4ET8A 4QY9A 1LMAA 3T36A 3ZEKA 3CQLA 1LZTA 4IJ4A 2MEEA 3A90A 2HECA 1WVVA 2PC2A 5LVJA 5FELA 1NDMC 1XGQC 1TAYA 1C45A 3EBAB 4H9IA 4LT1A 5APDA 5F16A 1LJ4A 5KXNA 1IR9A 4BADA 1NF5A 4WL6A 2ZWBA 4YM8A 4YENA 3WU9A 1GF8A 4NG8A 3A6BY 2FBBA 3HBDA 1LSYA 3LYZA 2XJWA 4WM6A 4J7VA 1NMMA 1VFBC 2HEBA 154LA 1LMOA 1INUA 1PZYA 1LSEA 4OWEA 3IJVA 3TMXA 1YAQA 1GEVA 1YAMA 4O34A 4WM2A 4XADA 1JUGA 3AYQA 2HEFA 1GF0A 1YKZX 2DQFC 1JTOL 1QDRA 2CJLA 2HEAA 5APEA 4LYTA 1LJ3A 2MEHA 1J1OY 4H93A 1LJHA 3A92A 4QEQA 2LYMA 4GN5C 1LSPA 4H9AA 3A93A 3ZVQB 4ANRA 1RCMA 4XJDA 5E9RA 4Z41A 3J6KA 2Y8PA 4Z3MA 2Z38A 1UACY 1YAOA 4HPEA 2MEDA 4CFPA 1E8LA 1UA6Y 1JJ3A 5B06A 1JJ1A 1CJ8A 1FLQA 1LHJA 1XFPL 2X0AA 1IWXA 1KXYA 1BHZA 1G7IC 207LA 4WL7A 1GB0A 4PRQA 4UWNA 3SP3A 3TMVA 3KAMA 3G3BB 3A34A 2A7DA 1Z55A 3CSQA 3QNGA 2Z2FA 4H9HA 4NEBA 4DD1A 1BB3A 2Z19A 3LYOA 2BQAA 1GAZA 5LIOA 3FE0A 1B5YA 5ILFA 1D6PA 1YQVY 1LJKA 3TXKA 1CJ6A 1DI4A 3B6LA 4NSGA 4ETEA 3ATOA 3M3UA 3TXEA 1REMA 193LA 1FKQA 5DM9A 5APFA 3J4GA 1IP3A 132LA 1VDQA 4TSBA 2DQGY 3AW7A 1LZAA 1GE2A 4E3UA 1GB7A 1A4VA 1UIGA 1C08C 4DC4A 4H94A 4NHPA 1BGIA 1BWHA 2XTHA 3E3DA 1DXJA 3ZVQA 1CJ7A 1B9OA 4WOAA 4GCCA 3WPKA 2EIZC 2HEEA 1BB6A 1IC7Y 1CKCA 1HHLA 2AUBA 2YBLA 3WVXA 1HFYA 1CNSA 4H92A 1VEDA 134LA 1V7SA 9LYZA 1GF4A 5C6JA 1F10A 1I1ZA 4DD0A 1JEFA 1GE1A 1QSWA 1ZMYL 3WMKA 4R6CA 4B4IA 2H5ZA 1FDLY 2ZIKA 1RI8B 4NHQA 1GHLA 133LA 3A94A 4H1PA 3WPJA 1DKKA 5KKIA 1C43A 3EO5A 1IWYA 2GV0A 1GF7A 2F30A 2I6ZA 1LSAA 1AT6A 4NFVA 2DQIY 3HFMY 1GDXA 1KXWA 4PGJB 1UC0A 1LJJA 1QIOA 5HMJA 1HERA 1HSWA 3CB7A 4YOPA 1IP1A 1GB2A 1WQMA 3B0OA 1FKVA 1QUSA 1RE2A 5EBHA 2LZ2A 4NGVA 2IFFY 3TXFA 3A3RX 2C8OA 1P2CC 4GN4A 1LPIA 1JJ0A 4HV1A 1LMPA 2XBSA 4LYMA 1LHMA 2ZYPA 1QTEA 2HU3A 4PJ2C 4RW1A 153LA 5LVGA 4DT3A 4WM1A 5HNLA 1W6ZA 1LOZA 1OUEA 5LAGA 5I4YA 3WW6A 3QE8A 2ZNWY 3WW5A 2MEAA 1DKJA 1JSEA 3G3AB 1RJCB 1GBOA 1LZ5A 1B7NA 4A7DA 4NY5A 3T6UA 1QTKA 1GBXA 1LMQA 3W6EA 1LSMA 5I4XA 1YIKA 5FCPA 5DN5A 2BLYA 2FYDA 4MSTA 1GBWA 1VDSA 2BQIA 5KXMA 2D91A 1GE3A 2Z18A 2RSCA 3EXDA 4WLDA 194LA 1B5XA 1MLCE 3M18B 4OOTA 5FHWA 3A6CY 4TX7A 2BQFA 5LYMA 3N9AA 5KXTA 2DQEY 1B7OA 1IX0A 4IASA 4OW1A 2YBNA 1DQJC 2CDSA 5KXPA 4DWXA 1YAPA 3P65A 2W1YA 3OK0A 3AW6A 1AZFA 3EMSA 2YBIA 3RW8A 3TXHA 1LMTA 5F81A 3WYHA 3K3TA 3AGHA 2YVBA 4B1AA 3W3EA 1B7MA 5C6IA 2HTXA 1NQIA 1GFAA 1LYYA 1N4FA 2YBJA 4LFXA 1LJEA 2F4AA 3WU8A 5A3EA 2DQCY 1AM7A 1GXXA 1GB6A 1WQRA 1JKBA 4NGWA 2ZQ3A 1GF3A 1UIHA 1KIPC 1IIZA 1G7HC 3WUNA 1LSBA 1EQ4A 4QDNA 1YROA 4OWBA 135LA 1C46A 1IY4A 1CKFA 2MEGA 4HPIA 1FN5A 2Z39A 5F14A 3CSZA 4EOFA 1GPQC 1LZYA 5K7OA 4CGEA 1CKGA 1EL1A 1LSDA 1GE4A 3W6AA 1LMCA 5I4WA 1UIAA 5D5CA 4H8XA 4WM4A 1JITA 2W1MA 2ZYCA 4H91A 1B5VA 2ZQ4A 2WARA 4AGAA 1B7SA 4N0JA 4GCEA 1LKRA 3RZ4A 3N9EA 4NHTA 1W08A 1AKIA 1OQMA 3A8ZA 4II8A 4Z98A 4W96A 5KXSA 4B4EA 2I26L 7LYZA 2A7FA 4ETDA 4H90A 4C5FA 2DQJY 1GAYA 4ETBA 1IEEA 3AZ5A 4UWUA 5IDDA 1GEZA 2ZILA 4WLXA 3P4ZA 1JPOA 3LHMA 4OWAA 5KXZA 1LZCA 1LYOA 3ATNA 3BKHA 1ZVHL 1LZ4A 1IP5A 1LZGA 2H9KA 1LZBA 1TDYA 1F0WA 2BQLA 3TXIA 1ALCA 2BQBA 3BKVA 1LYSA 4WLTA 1LKSA 1GB8A 1B0DA 2NWDX 3AZ6A 5FDJA 1FLYA 1XGRC 2H9JA 5KY1A 4IATA 3ULRA 1GF9A 4NGLA 1HENA 4HV2A 1GD6A 1JISA 1HSXA 5ILCA 4J0LA 3AZ4A 3WUAA 5LA5A 1YL1X 3LN2A 1GE0A 1HEQA 1LTMA 1YKYX 1B7RA 1GFVA 1GWDA 1TCYA 3AJNA 4H9BA 5C6LA 4KPMA 4ETAA 4X3BA 5IELA 1LSGA 4GLVA 1WVUA 5LXWA 4NHIA 1LZNA 2MEFA 1WTMA 1OP9B 2EQLA 1D9UA 2YDGA 1LCNA 4WM5A 5B07A 5KXYA 3HBEX 4OWHA 4CHXA 1B5ZA 1UIFA 3AGIA 1G7JC 5I53A 1WQPA 3P68A 5KXOA 6LYTA 4NGJA 2LYZA 4XJBA 1VATA 4BAFA 4DDCA 1C7PA 2Z37A 4BS7A 4NHSA 1O23A 1HC0A 1IWWA 1LSCA 1IORA 1LHLA 1G7MC 5LYZA 5F9XA 3F6ZA 4KT3A 4RDSA 1HF4A 2D6BA 3GXKA 1LZ8A 5DL9A 2DQHY 5FEKA 1A2YC 3HBHA 4XYYA 4XJIA 1J1XY 3WVYA 1YANA 1F6SA 5F9UA 5I5QA 1WQNA 3AGGG 5KXKA 4WO6A 208LA 3WUMA 4N8ZA 5FSTA 1KXXA 3FI7A 4I0CA 4WM3A 1IOQA 4R0FA 3CSRA 5E4PA 5KXLA 4WLYA 4XJHA 3OJPA 4YF2A 3WXUA 4ZFPA 2D4IA 1CKHA 1VAUA 2CWIA 1JKDA 1UICA 1B7QA 4LT2A 4LYOA 1UIEA 2W1LA 1UCOA 4WMGA 1IR8A 1LHHA 1WQOA 4Z46A 5B05A 4GN3A 1OUIA 1LZ1A 4CFOA 1EQEA 1ZV5L 4U3XB 2BQKA 4I8SA 1UIBA 1LJIA 4L41A 1IWTA 4M6DA 3N9CA 1D0MA 1IR7A 2BQHA 4HP0A 1OUGA 4HTNA 4YEOA 4DD9A 6LYZA 1LSFA 5B1GA 3A95A 4ET9A 2BQJA 1OUBA 1LJGA 2MECA 1YL0X 4HJZA 1GBYA 1LZRA 4ETCA 1DI5A 2YSSC 1BWJA 4B49A 1FBIX 3MGWA 1LAAA 4C3WA 1VDTA 1T3PA 1LMNA 4NIJA 1JHLA 2YBMA 1H87A 1LSZA 1QUTA 2EKSC 2ZNXY 1B7LA 2N5ZA 2D4JA 5LVHA 2BQCA 4YEMA 1CJ9A 4NWEA 4TTDA 1LSNA 2BQGA 1GB3A 4LGKA 5T3FA 1GFHA 3A91A 5L3HA 4BAPA 1D0KA 4J1AA 1GFEA 1D6QA 5D5FA 1BWIA 2I25L 4NG1A 4XENA 3TXGA 3A3QA 3B0KA 4RW2A 2CGIA 1IC4Y 4HTKA 3RU5A 4B4JA 3W6DA 3P66A 4WG1A 1LYZA 5DN4A 1NWGA 4N1EI 4DD7A 4B0DA 3WULA 4DD3A 1AT5A 5B59A 4NGZA 1JKCA 2Q0MX 5II3A 1LZSA 3VWOA 1LJNA 2BQNA 3CT0A 1LZ6A 1SQ2L 3B72A 1GXV2 1GB9A 5KXWA 2VB1A 5DLAA 1KIQC 4HTQA 2BLXA 3WU7A 5LYTA 4P2EA 3AB6A 4DD2A 2FBDA 1DPXA 1GFGA 4WO9A 1DZBX 1JKAA 5LVIA 1BB7A 1HFZA 3B0IA 3QY4A 1HFXA 4GCFA 1GFKA 1NBZC 1GDWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4G4CA 1L0KA 1L96A 149LA 3LZ2A 1LJFA 2BQDA 2YBHA 1J1PY 1L22A 2O4WA 1L35A 1DPWA 4XJFA 5LZMA 261LA 4LFPA 3DN0A 4W52A 4XJGA 2B6ZA 1IWVA 2MEBA 3GULA 5APCA 5KJ9A 5LA8A 3TXBA 2B5ZA 1C6GA 1LYEA 1GFJA 262LA 2LYOA 1QS5A 1JQUA 1L27A 3RNXA 4NSJA 1G7LC 3TMWA 1OVHA 177LA 4NGOA 4KL7A 4AXTA 1IC5Y 1C6CA 5IHGA 1XGPC 1L67A 1GB5A 4DQ7A 4PPOA 205LA 3W6BA 4ML7A 4H9EA 1IO5A 2BQEA 2IHLA 4LDOA 1OUHA 3LYTA 5L9JA 223LA 1WTNA 1LZDA 1XSFA 1QTVA 1FLUA 1HELA 141LA 1T8GA 3CDOA 1L42A 4RLNA 110LA 4N9RA 1DYGA 1H6MA 4GRVA 5HLLA 1F6RA 1QTZA 4H8ZA 1T6HA 1TBYA 4NGIA 1QSBA 1NHEA 5KXRA 1LHIA 174LA 2OU0X 178LA 1P6YA 3P64A 1REXA 3A67Y 4LYCA 3IJUA 5B1FA 3LYMA 3W6FA 1BVXA 2ZIJA 4HJVA 3TXJA 2G4NA 1IY3A 1UIDA 198LA 4ET8A 1L10A 1L33A 1XGQC 1C6FA 4I7QA 3EBAB 4LT1A 1NF5A 1G0KA 4YENA 3WU9A 3A6BY 4J7VA 1NMMA 190LA 1QTHA 187LA 4WM2A 3AYQA 1GF0A 1L61A 168LA 229LA 140LA 1LYGA 3A93A 4ANRA 4Z41A 4I7MA 249LA 4HPEA 115LA 157LA 1G7IC 4PRQA 4UWNA 131LA 3A34A 2A7DA 186LA 4H9HA 4PJZA 3SB9A 1L95A 4ARQB 5DM9A 5APFA 123LA 113LA 1GB7A 4DC4A 4H94A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5M1Y A;  2BQM A;  2BQO A;  1OUF A;  4G4C A;  1YIL A;  1SLY A;  3AZ7 A;  4ZEE A;  4LT0 A;  3LZ2 A;  2LHM A;  1LJF A;  2BQD A;  2YBH A;  3D3D A;  4DDA A;  1J1P Y;  1JTP L;  4OOO A;  1DPW A;  2Z2E A;  4G4H A;  5JEN B;  4XJF A;  4LFP A;  3LZT A;  1PS5 A;  1XGT C;  1QQY A;  2HUB A;  4TUN A;  4XJG A;  5HNC A;  1IWV A;  2MEB A;  3D9A C;  1ZVY B;  1OUJ A;  4GCD A;  4LZT A;  4OWC A;  4KXI A;  5APC A;  5KJ9 A;  1OUA A;  4H8Y A;  1IOS A;  3TMU A;  1LZE A;  1JTT L;  2Z12 A;  5LA8 A;  2BPU A;  3TXB A;  3WPL A;  2B5Z A;  1C10 A;  1IVM A;  2HU1 A;  4NSI A;  1HEM A;  1UBZ A;  2F2N A;  1GFJ A;  1REY A;  2LYO A;  2DQD Y;  1XEK A;  5LIN A;  2G4Q A;  4GLA A;  5HQ1 A;  1QSA A;  4FJR A;  3WL2 A;  1HML A;  1TEW A;  1HNL A;  1IP6 A;  1IP7 A;  4TWS A;  1XEJ A;  1D0L A;  4GCB A;  1DI3 A;  1V7T A;  3RNX A;  4NSJ A;  1G7L C;  4RLM A;  3TMW A;  5KXX A;  1B7P A;  2HED A;  4N5R A;  4W94 A;  1WQQ A;  1GFR A;  4HSF A;  3WXT A;  1I20 A;  4NGO A;  4G49 A;  4KL7 A;  1EQ5 A;  1XGU C;  4AXT A;  1IC5 Y;  4CJ2 A;  4G9S A;  4UWV A; 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 1LZ5 A;  1B7N A;  4A7D A;  4NY5 A;  3T6U A;  1QTK A;  1GBX A;  1LMQ A;  3W6E A;  1LSM A;  5I4X A;  1YIK A;  5FCP A;  5DN5 A;  2BLY A;  2FYD A;  4MST A;  1GBW A;  1VDS A;  2BQI A;  5KXM A;  2D91 A;  1GE3 A;  2Z18 A;  2RSC A;  3EXD A;  4WLD A;  194L A;  1B5X A;  1MLC E;  3M18 B;  4OOT A;  5FHW A;  3A6C Y;  4TX7 A;  2BQF A;  5LYM A;  3N9A A;  5KXT A;  2DQE Y;  1B7O A;  1IX0 A;  4IAS A;  4OW1 A;  2YBN A;  1DQJ C;  2CDS A;  5KXP A;  4DWX A;  1YAP A;  3P65 A;  2W1Y A;  3OK0 A;  3AW6 A;  1AZF A;  3EMS A;  2YBI A;  3RW8 A;  3TXH A;  1LMT A;  5F81 A;  3WYH A;  3K3T A;  3AGH A;  2YVB A;  4B1A A;  3W3E A;  1B7M A;  5C6I A;  2HTX A;  1NQI A;  1GFA A;  1LYY A;  1N4F A;  2YBJ A;  4LFX A;  1LJE A;  2F4A A;  3WU8 A;  5A3E A;  2DQC Y;  1AM7 A;  1GXX A;  1GB6 A;  1WQR A;  1JKB A;  4NGW A;  2ZQ3 A;  1GF3 A;  1UIH A;  1KIP C;  1IIZ A;  1G7H C;  3WUN A;  1LSB A;  1EQ4 A;  4QDN A;  1YRO A;  4OWB A;  135L A;  1C46 A;  1IY4 A;  1CKF A;  2MEG A;  4HPI A;  1FN5 A;  2Z39 A;  5F14 A;  3CSZ A;  4EOF A;  1GPQ C;  1LZY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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