1L44A

Cumulative site-directed charge-change replacements in bacteriophage t4 lysozyme suggest that long-range electrostatic interactions contribute little to protein stability
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLEMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Cumulative site-directed charge-change replacements in bacteriophage T4 lysozyme suggest that long-range electrostatic interactions contribute little to protein stability.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l44A00
4OO9A 1P3NA 1LI2A 213LA 1D3MA 1C67A 1L33A 2OTZX 240LA 241LA 2QARC 143LA 4LZMA 261LA 2OE7X 188LA 201LA 4PJZA 6LZMA 3DN4A 1L82A 4W51A 1QUHA 186LA 3JR6A 1LW9A 1L29A 1QTCA 4LDOA 4EPIA 239LA 1L94A 3ODUA 4EXMA 1EPYA 128LA 1DYFA 1L00A 3C7WA 2B6YA 1LPYA 123LA 3HTFA 1C68A 1C60A 1QTDA 1P46A 1QT5A 2OEAX 1L22A 1CV0A 1L60A 3C81A 3OE8A 1L69A 1QT8A 3GUKA 3SBAA 114LA 5LZMA 4I7NA 4W52A 1QTVA 1T8FA 3HH5A 2F2QA 3C7ZA 120LA 1G0KA 1P37A 4I7TA 3GUNA 3L2XA 1C6JA 1L90A 3NY9A 1P6YA 1T6HA 3HTGA 4EJ4A 130LA 1L0JA 3RUNA 1L06A 238LA 1OVKA 4ARMA 4EKRA 4LDEA 1D3JA 1L85A 249LA 3OE9A 3RZEA 1DYCA 1C61A 3HDFA 3V2WA 1G07A 223LA 2ANXA 148LE 2F47A 129LA 3SN6R 1G0LA 1L74A 1CU3A 247LA 1LGUA 258LA 150LA 2RBOA 1C6NA 2RBSA 1D9WA 243LA 2F32A 4W54A 196LA 141LA 1G0JA 1L27A 3DN8A 1L10A 1DYEA 169LA 1L18A 1P56A 1C6PA 1ZWNA 4EKSA 3DN3A 3PDSA 1L05A 2RB1X 1C6DA 4I7JA 3D4SA 2RBPA 3EMLA 195LA 1OWZA 3SB9A 2B6ZA 1QUOA 7LZMA 138LA 5I14A 1L07A 107LA 177LA 3CDVA 4I7QA 3HTDA 1L34A 1L15A 4GRVA 1SSYA 1SX2A 197LA 2A4TA 140LA 226LA 1P2RA 2OTYX 4ARJA 170LA 1L93A 246LA 4I7PA 1NHBA 155LA 1CV1A 1C62A 1C69A 2OU8A 2B6XA 237LA 1L51A 1L11A 1C6LA 4W58A 164LA 1L30A 1L45A 1L62A 125LA 2RBRA 1G06A 2Z6BA 2B73A 1LI3A 1C65A 1PQOA 3C7YA 1D2YA 1L40A 108LA 1LYFA 4I7RA 1DYBA 103LA 2IGCA 250LA 3DN0A 4ARPA 1B6IA 1CV4A 2RAYX 3HTBA 1LYDA 3L64A 4DKLA 233LA 2CUUA 3CDOA 3HU8A 3GUJA 1QTHA 3HH4A 1CVKA 2B72A 161LA 142LA 1L0KA 1QUDA 3PBLA 2ANVA 4W57A 2OU9A 4GBRB 1L70A 1KS3A 1L03A 3V2YA 4W53A 1L32A 1CU2A 1QSBA 1L77A 2HUMA 1CV5A 2RB0X 2HUKA 1L84A 1L68A 1LYGA 2Q9DA 253LA 232LA 3GUOA 1CUQA 1D3NA 1QS9A 4E97A 3FA0A 1LYHA 189LA 109LA 1CU0A 159LA 1OWYA 3DN6A 1C6GA 3DN1A 1L91A 1L37A 3K2RA 3HUKA 252LA 3HDEA 175LA 4YXCA 3CDQA 220LA 254LA 209LA 3SB7A 4I7MA 1T8AA 2B74A 122LA 1PQIA 1L71A 198LA 1L63A 1L72A 3GUPA 1C6CA 1ZYTA 1L43A 131LA 1SSWA 1L24A 111LA 1L59A 1LYIA 3VW7A 1LI6A 3HT7A 3OE0A 3NYAA 3OE6A 3G3WA 3SB5A 3NY8A 1LLHA 168LA 1QUGA 4YXAC 171LA 2B7XA 3F8VA 1L61A 2RB2X 4S0WA 3HT6A 1L08A 1L41A 3GUMA 1L55A 1L17A 1TLAA 1KW7A 1L58A 1L35A 3LZMA 3C83A 187LA 1L16A 166LA 1QSQA 1L66A 3C82A 216LA 183LA 1C6KA 2Q9EA 218LA 1G1WA 2O7AA 145LA 1L21A 1L46A 229LA 1SWYA 1L95A 245LA 228LA 224LA 3DKEX 257LA 2QB0B 165LA 3C8QA 1C6EA 1L79A 2O79A 1SX7A 1KY1A 1QS5A 1SWZA 2RAZX 191LA 1XEPA 4PK0A 1L49A 1L99A 1L20A 3DMVA 182LA 1LGXA 1L98A 3GULA 3QAKA 1KW5A 1OVHA 2LCBA 1LGWA 1JQUA 172LA 4I7OA 180LA 200LA 1CTWA 1CV6A 4EPFA 4K5YA 4DAJA 1KNIA 1L31A 1LWGA 212LA 1L67A 2B70A 3HWLA 1PQMA 156LA 2HULA 3DN2A 4EKPA 176LA 1C6MA 1L96A 1L39A 1L52A 2NTHA 1QTZA 158LA 251LA 4W59A 3SBBC 152LA 1QT3A 1L13A 1G0PA 1C6HA 3SB8A 2RBQA 1T8GA 3HT8A 147LA 211LA 227LA 1PQKA 119LA 1CX7A 1L97A 1L54A 2B6TA 3C8SA 4I7LA 259LA 2B75A 137LA 4IAPA 1L76A 157LA 3C80A 4ARQB 162LA 206LA 255LA 235LA 1CU5A 149LA 1OYUA 3HT9A 1D2WA 236LA 1L64A 1CX6A 1L86A 1L56A 118LA 3FADA 1K28A 1OV5A 1L12A 192LA 1L53A 1L01A 4ARMB 1L83A 217LA 1OV7A 234LA 214LA 4ARQA 139LA 205LA 190LA 1DYGA 1XJUA 1KY0A 219LA 160LA 1CUPA 1DYAA 1QTBA 256LA 151LA 146LA 1P36A 4DJHA 178LA 3HUAA 1JTNA 225LA 1L73A 104LA 1LWKA 4W56A 1C6TA 1C6BA 1L04A 1L50A 163LA 1D3FA 113LA 1P64A 1I6SA 4I7SA 181LA 1DYDA 1L23A 2RH1A 185LA 3DMXA 184LA 3DMZA 1C63A 1PQDA 1C66A 222LA 4YX7C 3C8RA 1L87A 3DNAA 242LA 231LA 3GUIA 173LA 1L42A 230LA 2LC9A 4LDLA 1L80A 1P7SA 3SB6A 102LA 144LA 1JTMA 262LA 3HUQA 1L25A 1L47A 1C6QA 244LA 1WTHA 1QT4A 1LYJA 1L65A 3UONA 1LYEA 4I7KA 1CV3A 1P5CA 1L38A 2O4WA 1L19A 3HH3A 1C6IA 4ARLA 1G1VA 3HH6A 1L28A 1L09A 1PQJA 1XJTA 110LA 1G0MA 1C6FA 1G0QA 2RBNA 1ZURA 210LA 1L26A 1QT6A 1L36A 3FI5A 1L44A 1G0GA 1QT7A 1L02A 248LA 260LA 3G3VA 2OE9X 167LA 1L89A 1L48A 3G3XA 2B6WA 1C64A 1C6AA 2OU0X 126LA 4W55A 221LA 127LA 3CDTA 215LA 3CDRA 4EKQA 1L88A 2NTGA 1OVJA 2OE4X 1P2LA 115LA 4AQNA 4ZPUA 2L78A 3HU9A 174LA 1L92A 112LA 1L75A 2LZMA 3F9LA 199LA 1T97A 1L14A 1L57A 1CU6A 1L81A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3B0IA 1VDQA 3A92A 3TXEA 1D3MA 4LZMA 2OE7X 1FN5A 1VATA 4PJZA 1OUJA 3DN4A 1YAPA 1LJ4A 1QUHA 1LW9A 1JEFA 1LSBA 4EXMA 4NSHA 1CJ7A 3C7WA 123LA 1C68A 1HC0A 3C81A 3AZ7A 3TXHA 1ZVHL 2YSSC 1XFPL 1QTVA 1LZRA 1LHMA 1VFBC 3HFMY 4WG7A 2MEHA 3NY9A 1WTMA 1T6HA 3EMSA 132LA 238LA 3N9AA 5KXOA 4LDEA 1IWVA 1TCYA 1D3JA 4ETAA 1UA6Y 4NGVA 1DYCA 1C61A 1SQ2L 2ANXA 148LE 129LA 1CKHA 1L74A 4BAPA 1CU3A 1JTPL 4H8ZA 1D9WA 243LA 2F32A 1L27A 4H93A 3DN3A 1LZGA 2RB1X 1GB0A 1C6DA 3D4SA 3EMLA 1UACY 4X3BA 2A7DA 138LA 1OUBA 2BLXA 177LA 3W6DA 4DD1A 5F9UA 5LXWA 197LA 5E9RA 4DQJA 1LYZA 4LYBA 1LHJA 3LZ2A 4GCDA 155LA 4CGEA 1C62A 1C69A 1GB7A 1OUHA 4W58A 4H9IA 1OQMA 2BPUA 2FBBA 2B73A 1BGIA 1PQOA 4OW1A 3LN2A 2ZILA 1LYFA 5II3A 4G4BA 4GN5C 4I7RA 1DYBA 2IGCA 4YEOA 1CJ8A 1IR7A 2RAYX 1IP2A 1YAMA 4GCEA 1JTTL 4OWBA 2BQIA 1LCNA 1QTHA 2Z38A 4YOPA 1JSEA 2B72A 5I4YA 1BB7A 1YIKA 4W57A 1L03A 2BQMA 2G4NA 2RB0X 1CV5A 4LYMA 3AZ5A 1B5UA 1N4FA 4RDSA 1LPIA 2G4QA 3GUOA 5LVKA 4H91A 1CUQA 5LAFA 3B72A 1BVXA 3A94A 1OWYA 1UICA 2DBTA 1UCOA 4I0CA 2Z39A 4QGZA 1L37A 2MEEA 3HUKA 3HDEA 5F81A 3CDQA 1NMMA 1LSEA 5F14A 1LZEA 1T8AA 1BB6A 1YKYX 5J7CA 2XBSA 1V7TA 1SSWA 4LFPA 3VW7A 3HT7A 1DI3A 1JUGA 4NGKA 1EQ5A 168LA 1GF6A 5KXYA 171LA 3F8VA 4C5FA 2BLYA 1F6SA 3HT6A 4OWHA 4G4HA 2HU1A 1L35A 3LZMA 166LA 1D6QA 5B1FA 1UIHA 218LA 1Z55A 4OWCA 1IY3A 1L46A 1SWYA 1L95A 1D0KA 4L41A 2XJWA 4ET9A 5LVIA 3A93A 1A4VA 3T6UA 2O79A 4PHIA 1NKHA 1QS5A 2RAZX 3P66A 1JJ1A 2LYMA 1XEPA 5L3IA 1IOSA 4H8XA 1L49A 1L99A 4N1CC 1L20A 3DMVA 1VDSA 3QAKA 1KW5A 2D6BA 5C6JA 2DKVA 172LA 1NBZC 4DDAA 4WM1A 180LA 1LMNA 2EQLA 4K5YA 1LWGA 1YILA 4PPOA 4HSFA 1JJ3A 4KPMA 176LA 1YQVY 1O23A 2DQEY 5LA5A 1LMCA 4QDNA 5E4PA 3SBBC 152LA 2PC2A 2MEFA 4TUNA 4UWUA 3B6LA 2MEDA 3BKVA 3SB8A 1VAUA 3W3EA 2F30A 4NGOA 4ETEA 3TXKA 1RJCB 1YL0X 1PQKA 1NF5A 3WVYA 1CX7A 1LHHA 1LZ5A 2B6TA 3C8SA 1T3PA 4I7LA 1LZ4A 1GE1A 2B75A 1L76A 4DQ5A 1LMQA 4B4JA 2RSCA 149LA 1YAQA 3VWOA 3K3TA 1L86A 1L56A 4BS7A 1K28A 1OV5A 1C10A 1L01A 4C3WA 3A6BY 1LSMA 4ARMB 1FLQA 2ZYCA 4H9CA 214LA 5LYTA 4LYOA 1GF5A 4FDYA 133LA 1KY0A 256LA 151LA 3AYQA 4DJHA 3QNGA 2BQLA 4N5RA 1GEZA 1REMA 1HEWA 4WM5A 4W56A 4YF2A 1CKDA 1IWTA 1L50A 1F10A 5FDJA 2LYOA 1D3FA 2I6ZA 4WM2A 4P2EA 1DYDA 2DQGY 1OUDA 1IP3A 2MECA 3DMXA 3AB6A 4A7DA 4XJGA 242LA 231LA 2YBHA 2YBMA 1GDXA 1P7SA 4J1AA 1JTMA 144LA 4YM8A 4H92A 1L25A 1L47A 4Z3MA 4ZEEA 1CKGA 1L65A 2O4WA 1L19A 3ZEKA 1GF9A 1LZ1A 1XGQC 3F6ZA 4WLDA 4ETBA 2XQOA 110LA 1C6FA 2RBNA 1G7JC 1ZURA 1L26A 1QT6A 1CKFA 1L36A 3FI5A 1GF3A 4NWEA 1QT7A 2Z12A 1L02A 5M1YA 1G7MC 1GF4A 4HTQA 3WUMA 1L89A 3G3XA 1PZYA 2OU0X 1KIPC 4W55A 2N5ZA 4NGLA 1DZBX 3CDRA 1L88A 2NTGA 2WARA 4AQNA 4ZPUA 2HECA 4O34A 1B2KA 1L75A 199LA 5LA8A 1L14A 1L81A 4HPEA 4OO9A 1P3NA 2BQOA 1LI2A 213LA 4KL7A 1L33A 143LA 2FBDA 6LZMA 1L82A 4J7VA 186LA 2HEDA 2Z2EA 1L29A 4LDOA 239LA 2ZWBA 3ODUA 4G4CA 1DYFA 1L00A 4LT3A 1LZCA 3HTFA 4NSJA 4BAFA 2CWIA 1CV0A 1L60A 1LJFA 1LZYA 1L69A 1QSWA 114LA 5LZMA 4I7NA 4ZFPA 4W52A 3D9AC 4PRQA 3WMKA 3HH5A 2HEAA 3C7ZA 1IP5A 1IOQA 1L90A 3GXKA 2ZQ4A 1LZAA 1P6YA 1LJEA 3HTGA 1L0JA 3RUNA 3WW6A 2W1XA 1L06A 1OVKA 4RW1A 1OUCA 1L85A 3MGWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3B0I A;  1VDQ A;  3A92 A;  3TXE A;  1D3M A;  4LZM A;  2OE7 X;  1FN5 A;  1VAT A;  4PJZ A;  1OUJ A;  3DN4 A;  1YAP A;  1LJ4 A;  1QUH A;  1LW9 A;  1JEF A;  1LSB A;  4EXM A;  4NSH A;  1CJ7 A;  3C7W A;  123L A;  1C68 A;  1HC0 A;  3C81 A;  3AZ7 A;  3TXH A;  1ZVH L;  2YSS C;  1XFP L;  1QTV A;  1LZR A;  1LHM A;  1VFB C;  3HFM Y;  4WG7 A;  2MEH A;  3NY9 A;  1WTM A;  1T6H A;  3EMS A;  132L A;  238L A;  3N9A A;  5KXO A;  4LDE A;  1IWV A;  1TCY A;  1D3J A;  4ETA A;  1UA6 Y;  4NGV A;  1DYC A;  1C61 A;  1SQ2 L;  2ANX A;  148L E;  129L A;  1CKH A;  1L74 A;  4BAP A;  1CU3 A;  1JTP L;  4H8Z A;  1D9W A;  243L A;  2F32 A;  1L27 A;  4H93 A;  3DN3 A;  1LZG A;  2RB1 X;  1GB0 A;  1C6D A;  3D4S A;  3EML A;  1UAC Y;  4X3B A;  2A7D A;  138L A;  1OUB A;  2BLX A;  177L A;  3W6D A;  4DD1 A;  5F9U A;  5LXW A;  197L A;  5E9R A;  4DQJ A;  1LYZ A;  4LYB A;  1LHJ A;  3LZ2 A;  4GCD A;  155L A;  4CGE A;  1C62 A;  1C69 A;  1GB7 A;  1OUH A;  4W58 A;  4H9I A;  1OQM A;  2BPU A;  2FBB A;  2B73 A;  1BGI A;  1PQO A;  4OW1 A;  3LN2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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