1C6AA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l133a in the presence of 8 atm krypton
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNAAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6aA00
1ZWNA 3HH3A 2B6TA 3SB5A 3OE9A 1P3NA 1CU5A 3G3VA 222LA 4ARQA 4DKLA 1P6YA 1NHBA 1L67A 122LA 184LA 1D9WA 1C69A 233LA 1OWZA 1D3MA 1DYBA 1L77A 239LA 2CUUA 1LYIA 1L28A 2ANVA 249LA 1B6IA 1QS9A 175LA 1L82A 216LA 3PBLA 1T6HA 3HDEA 4K5YA 3HU8A 1L58A 1L66A 3C81A 1JQUA 111LA 119LA 1L14A 206LA 3RZEA 2RH1A 254LA 1CV5A 1L80A 118LA 3C7YA 2LZMA 1KW7A 3HT8A 1G1VA 3HUKA 142LA 1L83A 1L08A 1L48A 1P36A 1C6EA 257LA 3ODUA 1QTHA 4EPIA 1DYAA 3HH6A 3V2WA 1QUOA 1SX7A 2OU8A 4W52A 235LA 4EKRA 261LA 1K28A 2IGCA 2O4WA 1T8FA 1L79A 226LA 1C68A 1LI3A 152LA 1L32A 3HT6A 2B75A 1L24A 2B7XA 4EJ4A 1QTVA 3D4SA 1L89A 2A4TA 3G3WA 215LA 4ARJA 1ZURA 221LA 1P64A 4IAPA 244LA 3CDQA 3HWLA 2RBSA 4EXMA 1L61A 1D3FA 1L68A 191LA 1L97A 177LA 1L70A 1L95A 126LA 4YX7C 1L18A 1L99A 1LWKA 1SSYA 1LWGA 211LA 1PQOA 4GBRB 2B6XA 112LA 163LA 4W58A 1L87A 1CTWA 3CDRA 1CX6A 231LA 186LA 3DKEX 3DN6A 4W59A 1L84A 1L69A 1LYEA 3DN1A 167LA 3HUQA 3PDSA 125LA 256LA 243LA 183LA 168LA 1P5CA 1L76A 2OU0X 1LGUA 1L37A 1L98A 1LYJA 2LC9A 3HH4A 2NTGA 189LA 1L41A 2RB2X 156LA 1L55A 4LDLA 224LA 1L23A 148LE 3HH5A 2RAYX 166LA 1L90A 3GUJA 1L50A 247LA 3DN0A 3OE0A 1QTZA 181LA 1L30A 3UONA 1PQMA 1L22A 1G06A 1L09A 1LW9A 3HTFA 1C63A 4PK0A 1C6MA 155LA 145LA 4OO9A 3GUKA 1QSQA 2OEAX 4ZPUA 1L60A 3C83A 1L16A 1CV1A 1L31A 1L00A 1PQDA 1L42A 109LA 1C6BA 1QSBA 4I7QA 2B74A 104LA 151LA 1LGXA 1L93A 2OE7X 1L21A 3EMLA 1L92A 1C66A 227LA 3C82A 245LA 1OV7A 1CU6A 2ANXA 240LA 144LA 1L38A 3CDTA 1QUDA 4I7KA 2RBOA 200LA 2QARC 1L44A 127LA 4E97A 4S0WA 158LA 1CV0A 1L27A 7LZMA 1QUHA 5LZMA 3SBAA 1P37A 1C6LA 102LA 2HUMA 246LA 1QTCA 2HULA 199LA 2F47A 4EKPA 2O79A 1KS3A 210LA 4I7TA 160LA 1CUPA 1L04A 1L88A 2OE4X 1CVKA 1PQJA 1L59A 3SB6A 1DYFA 140LA 192LA 2F32A 1L49A 1CV4A 228LA 1OVJA 1L26A 1L0KA 2B73A 1G0GA 2LCBA 4W55A 1C6KA 2RAZX 1LGWA 176LA 1L01A 1L53A 138LA 1L17A 1LYFA 103LA 218LA 147LA 201LA 1QS5A 3GULA 3SN6R 1C6QA 3HDFA 123LA 4ARMB 1L51A 4LDEA 1D3JA 1XJTA 3F8VA 4EKSA 3FADA 182LA 1QT8A 2Z6BA 3OE6A 5I14A 3DN4A 1L40A 1KNIA 1L65A 4ARMA 1G0PA 3HT7A 1D3NA 251LA 159LA 4I7SA 223LA 4I7PA 185LA 1SSWA 3HUAA 3GUMA 1C61A 1L15A 1WTHA 1L05A 4ARLA 248LA 1P46A 3VW7A 3DN2A 1L72A 3NYAA 2B6WA 1D2WA 1L34A 1QUGA 2RBPA 4I7LA 2L78A 214LA 1L45A 1QT6A 4W57A 1KY1A 225LA 4ARPA 1DYEA 1OWYA 2B6YA 141LA 1L81A 115LA 4EKQA 165LA 1C67A 4YXCA 197LA 3GUPA 3C80A 229LA 1L75A 1L85A 188LA 1L0JA 1G0KA 1T8AA 250LA 1L47A 1L74A 1L13A 1C6JA 1L64A 2OE9X 1ZYTA 1XEPA 212LA 1OVKA 3HTGA 1JTNA 1QTBA 4PJZA 3SB7A 146LA 1LLHA 1OYUA 4EPFA 1L73A 3NY9A 198LA 4GRVA 1LI6A 1QT4A 173LA 3DNAA 180LA 2B72A 1DYGA 3JR6A 1L86A 1L20A 1TLAA 259LA 3LZMA 110LA 2RB1X 4DAJA 3OE8A 1LYGA 1G0QA 150LA 2B6ZA 2QB0B 120LA 1C60A 2OTZX 1L35A 2HUKA 164LA 1C6IA 209LA 178LA 3C7WA 1L62A 1C6FA 3F9LA 3NY8A 4I7MA 139LA 3C8SA 108LA 1DYDA 1L94A 3QAKA 213LA 1C6PA 2RBQA 1LI2A 237LA 3FA0A 1C65A 230LA 137LA 1P2LA 1C6CA 172LA 3SB9A 3V2YA 3SBBC 4I7OA 169LA 1LYHA 3DN8A 130LA 1L71A 1L57A 196LA 238LA 4W54A 1L46A 1L03A 1P7SA 1G0MA 1T97A 3FI5A 1C6AA 3L2XA 4YXAC 252LA 253LA 1QT3A 1CU3A 1CU2A 3CDOA 219LA 1L10A 129LA 157LA 162LA 1L56A 1SWZA 1L02A 1L52A 1G0LA 113LA 3L64A 6LZMA 1L91A 1L33A 4W56A 2Q9EA 3HTBA 4AQNA 4LDOA 170LA 1KW5A 1CUQA 2F2QA 1QT5A 4LZMA 1DYCA 3HU9A 1L07A 174LA 1OVHA 3G3XA 1LPYA 1EPYA 2B70A 236LA 1D2YA 1L96A 1C6GA 2OTYX 187LA 4I7NA 3CDVA 1L12A 3DMZA 1I6SA 3SB8A 149LA 1G1WA 114LA 1C62A 1QT7A 3DMXA 1L29A 4I7JA 2OU9A 1C6DA 2RB0X 1P56A 255LA 1G07A 107LA 1L39A 242LA 4W53A 1KY0A 143LA 1CU0A 1CX7A 234LA 220LA 1XJUA 2NTHA 260LA 1OV5A 3GUOA 3HTDA 128LA 1JTMA 190LA 241LA 1P2RA 1CV6A 205LA 1C64A 1SX2A 1PQIA 2Q9DA 1L43A 1LYDA 1L25A 3K2RA 1C6HA 1PQKA 1L19A 3C7ZA 1QTDA 4DJHA 1C6NA 3RUNA 1L06A 3DN3A 4W51A 1C6TA 3C8RA 3DMVA 4I7RA 2O7AA 2RBRA 3HT9A 1G0JA 1L36A 171LA 1SWYA 1L63A 1CV3A 3C8QA 1L54A 262LA 1T8GA 195LA 232LA 131LA 258LA 3GUIA 217LA 3GUNA 1L11A 4ARQB 2RBNA 161LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZWNA 1AZFA 1TDYA 1QSAA 1LSZA 3LYOA 1GE0A 5APCA 1P3NA 1GE2A 1P6YA 1XSFA 3T6UA 1D3MA 5AMYA 1GFUA 4TX7A 3WU7A 3AGGG 3WW6A 4HJZA 1B6IA 1QS9A 1OP9B 1LMQA 3PBLA 3HDEA 4K5YA 2DQFC 4W94A 1JQUA 1XGQC 111LA 1EQEA 1L14A 1GBWA 2PC2A 4PPOA 206LA 3RZEA 4AGAA 1CV5A 3HT8A 4NGLA 1UA6Y 2C8PA 2Z37A 3ODUA 4MCKA 3HH6A 1LJ4A 3V2WA 4LFPA 3N9EA 2OU8A 2AUBA 1OUDA 2EIZC 1LZRA 1LI3A 152LA 3WPKA 4B0DA 215LA 221LA 3WPLA 1P64A 4H8XA 244LA 3CDQA 2RBSA 4LT2A 1IORA 5KJ9A 2BAAA 211LA 1CKCA 1HMKA 1RCMA 1LCNA 1L87A 8LYZA 186LA 4W59A 1L69A 3TXIA 1JJ1A 3DN1A 3HUQA 1GEVA 1LZ6A 125LA 1RI8B 1P5CA 1L76A 4H92A 3GXKA 3RZ4A 5DN4A 1L37A 1LZ8A 2NTGA 3OK0A 224LA 1L23A 1LZ1A 1L90A 3GUJA 5KXNA 1WQOA 247LA 4I0CA 4ETAA 1PQMA 5T3FA 1UIGA 4ZFPA 5LVJA 4YOPA 3HTFA 1C63A 4PK0A 1C6MA 145LA 2MEGA 4OOTA 3GUKA 1QSQA 1LSCA 2F4GA 3C83A 3LN2A 1L31A 2G4PA 5II3A 4I7QA 1QSBA 4YF2A 1OUBA 1L21A 1BQLY 1OV7A 5D5CA 1L38A 5E9RA 1YAQA 1LSFA 1KXXA 1T6VL 1QUDA 4NWEA 4I7KA 5APFA 1B5VA 1IP3A 1B7NA 1CV0A 1YKZX 102LA 2HUMA 3ULRA 2HULA 4EKPA 1GB9A 1LPIA 2BQEA 1BB5A 4H90A 1WQPA 1C10A 1DKKA 3SB6A 3LYTA 1EL1A 1L49A 3LZ2A 1IP6A 5D5FA 1C6KA 1GD6A 2RAZX 1LGWA 176LA 1FLWA 5B1FA 4IASA 3W6CA 1LYFA 4CHXA 1UIEA 147LA 1IR8A 4N0JA 1Z55A 3GULA 2BQDA 4XJFA 5KXXA 4ARMB 1L51A 4LDEA 1XJTA 1H87A 5E4PA 4RDSA 5A3EA 1G0PA 3ZVQA 251LA 223LA 1GB6A 5I4WA 4EMNA 1L15A 4XJHA 4DD2A 3VW7A 2B6WA 2H5ZA 1G7JC 2Q0MX 4D9ZA 1QTEA 1L45A 1QT6A 4WM4A 1C08C 4NGOA 4W57A 225LA 4DD7A 1I20A 1JPOA 2B6YA 4C5FA 2WARA 2YDGA 2HEBA 3N9AA 3C80A 3AYQA 1L85A 188LA 4LT1A 1NDMC 1XEKA 1L64A 2I6ZA 1ZYTA 5L3IA 4BADA 4QDNA 3SB7A 1LLHA 4EPFA 3NY9A 1REMA 3CB7A 4ETBA 1CJ9A 1AKIA 2F4AA 180LA 2BPUA 2RB1X 1G0QA 1KIPC 1D6QA 1A2YC 1LZ9A 4LGKA 3WYHA 2DQAA 2HUKA 4DT3A 1LZGA 209LA 1LHLA 4A7DA 1LZSA 1XFPL 1DYDA 1L94A 2CDSA 5HMJA 1LI2A 1QDRA 3SBBC 1LSGA 1LYHA 130LA 3WH1A 1T3PA 1L46A 1P7SA 1G0MA 3FI5A 1F10A 4LYTA 1IY3A 4LZTA 4DQJA 1JITA 219LA 1LHMA 3FE0A 1HEPA 1LHIA 3RW8A 1L33A 4LDOA 3W6DA 2F2QA 154LA 2BLXA 1LTMA 2LYZA 1EPYA 1LMAA 1W6ZA 193LA 1D2YA 1UBZA 2DQEY 4I7NA 1INUA 133LA 3DMZA 3SB8A 5LVHA 5ILFA 3DMXA 4I7JA 1C6DA 1LKRA 1GE3A 3N9CA 1P56A 1GF0A 1VFBC 1L39A 2DQJY 242LA 1HEOA 1B5YA 1LOZA 1SQ2L 3J4GA 3W6FA 1CU0A 3F6ZA 5FDJA 5KXSA 6LYZA 1B9OA 1IR9A 190LA 1IOCA 1LMOA 205LA 1IY4A 1L25A 4WM3A 1GWDA 2HEFA 4OWCA 1JTTL 4MR1A 4R0FA 3RUNA 4RW1A 3ATNA 2IHLA 2BQGA 4NWHA 3DN3A 3C8RA 4GLAA 1JJ0A 3DMVA 4NGVA 1G0JA 1QUTA 171LA 1SWYA 1L63A 1CV3A 1GBOA 2Z38A 195LA 2W1MA 232LA 1YQVY 4PRQA 1MELL 258LA 3A96A 217LA 2YBIA 3M3UA 3SB5A 3A67Y 1RE2A 2MECA 1CU5A 222LA 1NHEA 1NHBA 1L67A 3GXRA 184LA 1D9WA 4HPEA 1C69A 4XJDA 1OWZA 1GPQC 239LA 5F16A 1L28A 1YKYX 249LA 175LA 3CT1A 1NF5A 1UUZC 4FJRA 3C81A 119LA 3BKVA 1B5XA 1DPWA 4N1CC 118LA 2LZMA 1KW7A 1L83A 1NBZC 1L08A 1UICA 3AGIA 4N8ZA 1OUHA 1SX7A 4DD3A 235LA 4NGWA 4EKRA 4XADA 2BQIA 4X3BA 2O4WA 1C68A 1L32A 1SLYA 4IATA 2B7XA 1D0LA 4WG1A 3D4SA 5FELA 4HPIA 1WQQA 3G3WA 2YBJA 4ARJA 4HTKA 4IAPA 3AW7A 4TSCA 1DZBX 3HWLA 4EXMA 4ETEA 1L68A 1IVMA 1EQ5A 191LA 1L95A 1LWKA 3WXTA 3WU8A 4WLTA 112LA 4G49A 4W58A 1CTWA 231LA 3DKEX 1JHLA 1L84A 3PDSA 243LA 2OU0X 1JKDA 1WTMA 1L41A 2RB2X 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1ZWN A;  1AZF A;  1TDY A;  1QSA A;  1LSZ A;  3LYO A;  1GE0 A;  5APC A;  1P3N A;  1GE2 A;  1P6Y A;  1XSF A;  3T6U A;  1D3M A;  5AMY A;  1GFU A;  4TX7 A;  3WU7 A;  3AGG G;  3WW6 A;  4HJZ A;  1B6I A;  1QS9 A;  1OP9 B;  1LMQ A;  3PBL A;  3HDE A;  4K5Y A;  2DQF C;  4W94 A;  1JQU A;  1XGQ C;  111L A;  1EQE A;  1L14 A;  1GBW A;  2PC2 A;  4PPO A;  206L A;  3RZE A;  4AGA A;  1CV5 A;  3HT8 A;  4NGL A;  1UA6 Y;  2C8P A;  2Z37 A;  3ODU A;  4MCK A;  3HH6 A;  1LJ4 A;  3V2W A;  4LFP A;  3N9E A;  2OU8 A;  2AUB A;  1OUD A;  2EIZ C;  1LZR A;  1LI3 A;  152L A;  3WPK A;  4B0D A;  215L A;  221L A;  3WPL A;  1P64 A;  4H8X A;  244L A;  3CDQ A;  2RBS A;  4LT2 A;  1IOR A;  5KJ9 A;  2BAA A;  211L A;  1CKC A;  1HMK A;  1RCM A;  1LCN A;  1L87 A;  8LYZ A;  186L A;  4W59 A;  1L69 A;  3TXI A;  1JJ1 A;  3DN1 A;  3HUQ A;  1GEV A;  1LZ6 A;  125L A;  1RI8 B;  1P5C A;  1L76 A;  4H92 A;  3GXK A;  3RZ4 A;  5DN4 A;  1L37 A;  1LZ8 A;  2NTG A;  3OK0 A;  224L A;  1L23 A;  1LZ1 A;  1L90 A;  3GUJ A;  5KXN A;  1WQO A;  247L A;  4I0C A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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