1C6AA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l133a in the presence of 8 atm krypton
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNAAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6aA00
2LZMA 3HUKA 1QTHA 175LA 254LA 3HWLA 1KY0A 1L25A 182LA 109LA 165LA 115LA 211LA 1C68A 186LA 1C66A 1L68A 1LYJA 1CU0A 1OWYA 4LDEA 1L12A 1EPYA 107LA 1OV5A 3HH5A 3HU8A 246LA 1L75A 1L83A 1C6IA 4E97A 3C82A 1L31A 3HH6A 3HTGA 3DNAA 3SB5A 1L58A 151LA 1L50A 1CV5A 1D2WA 1L14A 245LA 3OE8A 4W51A 2B7XA 185LA 4I7TA 104LA 1QTDA 1L03A 1L64A 1DYAA 4YX7C 1G0KA 1OYUA 1CUQA 1G1WA 1OV7A 2RBQA 3C81A 1L72A 3DN6A 222LA 1L73A 195LA 1XJUA 1CV3A 3SB9A 1K28A 3OE0A 215LA 1NHBA 4ARQA 2B75A 1XEPA 4AQNA 244LA 249LA 1DYBA 200LA 1L92A 230LA 1SSWA 155LA 4EKRA 4I7LA 1PQIA 1ZURA 3HT7A 1LPYA 1JTNA 1L22A 4K5YA 3C7ZA 1C67A 1SWZA 1P56A 2B74A 4W52A 1DYGA 1QSBA 1L32A 227LA 1L97A 4W58A 1LLHA 2Z6BA 1DYCA 3F9LA 1LI2A 1L71A 2RBPA 1LYIA 3DMXA 1L60A 1QT7A 4EPIA 1XJTA 1P3NA 1L80A 3L64A 1LGXA 1L16A 1C6EA 1LYHA 1PQOA 1T8FA 4S0WA 3PBLA 1L85A 1DYDA 1L0KA 2LC9A 3QAKA 2NTHA 4I7MA 1L91A 1L18A 243LA 1CV1A 2NTGA 1L13A 2RBNA 1L20A 4W57A 4I7QA 3L2XA 1L84A 3GUMA 2OU0X 1CUPA 170LA 1L30A 229LA 1D9WA 1QUHA 1D2YA 152LA 239LA 1G0QA 2B70A 2B6TA 2B6ZA 1KNIA 3F8VA 1L26A 2OE7X 1I6SA 2RAZX 1CX6A 3D4SA 3SB8A 3SN6R 3NYAA 1C61A 4GRVA 2HULA 2O79A 1KS3A 1L39A 137LA 166LA 1L94A 1L08A 1C6HA 1C63A 257LA 1CX7A 1L41A 1PQKA 1L21A 1C6FA 1L90A 2OE4X 148LE 213LA 4DKLA 2RB2X 3DN2A 2ANVA 1L37A 1KW7A 126LA 145LA 205LA 1CV4A 3G3WA 4PK0A 3RUNA 1L70A 127LA 1L87A 183LA 3PDSA 4W53A 4I7NA 138LA 201LA 174LA 1G0JA 4W54A 3FA0A 1TLAA 4ARMA 162LA 2ANXA 2RBSA 255LA 4W55A 2O4WA 172LA 224LA 3SB7A 1QS9A 108LA 1C6QA 1CV6A 1G06A 4W56A 163LA 4IAPA 4YXAC 250LA 2OU9A 197LA 1LGWA 5I14A 3DMZA 1T8GA 4I7OA 214LA 187LA 1L47A 4EXMA 1P46A 3GUNA 1T6HA 4I7SA 3OE9A 1L65A 1C6MA 2A4TA 3DN0A 1G0GA 1L89A 251LA 1P6YA 220LA 3CDQA 1QTVA 2HUKA 147LA 1P2LA 4EPFA 2RBRA 221LA 1KY1A 2F2QA 3HH3A 114LA 1L17A 1OVHA 1D3NA 130LA 123LA 3V2YA 4YXCA 226LA 2QARC 3GUJA 1L36A 228LA 1L44A 188LA 4DAJA 3SBAA 119LA 1CU6A 2OE9X 125LA 1L01A 3HDFA 118LA 1L93A 1C6DA 161LA 3V2WA 139LA 4EKQA 3C83A 253LA 212LA 1PQDA 2B73A 3DKEX 1QT4A 1L48A 4LDOA 1L59A 1QUGA 2RB1X 3G3VA 176LA 1D3JA 225LA 1QT8A 150LA 3NY8A 2F32A 1LI6A 177LA 1L55A 216LA 1L15A 178LA 3C8QA 113LA 184LA 3CDTA 1C6BA 168LA 164LA 1G07A 2B72A 3GUKA 1L24A 143LA 103LA 1CV0A 256LA 141LA 149LA 3CDVA 3LZMA 1B6IA 4W59A 1SX2A 2LCBA 1L02A 4OO9A 209LA 1P36A 261LA 3C80A 3C7WA 217LA 262LA 1DYFA 232LA 1L43A 1WTHA 1L07A 206LA 198LA 1L0JA 1L86A 4I7KA 2QB0B 4ARLA 1C6TA 4PJZA 1JTMA 4EKPA 241LA 1QT3A 3DN3A 3RZEA 1L28A 1QT5A 1G0LA 1P2RA 3HT8A 242LA 1L77A 1L38A 1LWKA 1L45A 1L96A 4EJ4A 1L98A 3C8RA 196LA 191LA 1L54A 1QTCA 240LA 1P5CA 1QT6A 1OVKA 1QUOA 3C7YA 1C6CA 4ZPUA 3DN8A 2IGCA 142LA 4ARQB 2RAYX 4EKSA 233LA 1C6LA 1D3FA 1C6KA 1L53A 3UONA 1LYGA 169LA 1LYFA 2OEAX 218LA 260LA 1T97A 3CDRA 1CU5A 1C6NA 231LA 258LA 1QSQA 4DJHA 1L34A 4GBRB 1PQMA 2RBOA 1L62A 3HDEA 2OTZX 1C69A 2OU8A 248LA 1L29A 2B6YA 2CUUA 2RH1A 156LA 1L49A 3FADA 1LW9A 1LI3A 3SBBC 1LYDA 3DN4A 1C65A 192LA 3HH4A 2OTYX 1L61A 1L35A 3GUPA 6LZMA 157LA 1L69A 1SWYA 1L74A 4LZMA 171LA 146LA 1SSYA 2F47A 167LA 3C8SA 3DN1A 1C6AA 1G0PA 1P7SA 1L81A 219LA 4I7PA 1ZYTA 1G0MA 2O7AA 3HTBA 3HTFA 3HUAA 1T8AA 1L42A 1L88A 4ARPA 1L04A 3JR6A 1L56A 181LA 3VW7A 1P64A 3FI5A 1L33A 247LA 1SX7A 1DYEA 1L23A 3ODUA 1L27A 236LA 1L79A 1L76A 1OVJA 112LA 1L57A 1OWZA 111LA 128LA 1LWGA 1PQJA 2B6WA 234LA 2L78A 3HT6A 173LA 1C60A 1L05A 2RB0X 1JQUA 1QTZA 1P37A 189LA 1D3MA 1L06A 140LA 180LA 252LA 1QUDA 3GUOA 1ZWNA 1CVKA 1L40A 3HUQA 1G1VA 1L09A 1L66A 4I7JA 1CU3A 1C6JA 3DMVA 237LA 210LA 3HTDA 144LA 2B6XA 4ARMB 3G3XA 120LA 131LA 259LA 1C64A 2Q9DA 1LGUA 3CDOA 159LA 1L99A 2Q9EA 129LA 1L11A 158LA 4ARJA 1L51A 1C6GA 1L82A 3OE6A 4I7RA 1LYEA 3GULA 122LA 3K2RA 160LA 5LZMA 4LDLA 223LA 110LA 2HUMA 1L46A 1C6PA 1L63A 1L95A 1CU2A 1QS5A 235LA 3GUIA 102LA 1L52A 1L19A 238LA 1C62A 1KW5A 1L67A 3HT9A 1CTWA 3SB6A 3EMLA 1L10A 1QTBA 190LA 3HU9A 3NY9A 1L00A 199LA 7LZMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2LZMA 4H9BA 2X0AA 3HFMY 5ILFA 3HWLA 254LA 1L25A 4NSIA 1E8LA 1REMA 2YDGA 115LA 4NHQA 3RT5X 3ZVQA 5HMVA 1C68A 4H90A 1OWYA 1OV5A 246LA 1L83A 2BQKA 3SB5A 3ULRA 1B7PA 4OWBA 4QGZA 5I4WA 1DZBX 4W51A 1GF7A 2F4GA 1VDTA 1L64A 3EBAB 4YX7C 1OYUA 1CUQA 2RBQA 1GFRA 2NWDX 1D6QA 1L73A 4RLNA 1NBZC 3SB9A 3WPKA 5K7OA 1K28A 215LA 4CGEA 2I6ZA 244LA 249LA 1D9UA 2YBHA 1L92A 4DC4A 4YENA 4EKRA 1DI4A 1QSWA 1SWZA 3P65A 3A91A 4W52A 1DI5A 4I8SA 4TSBA 1WQMA 1LLHA 1L71A 1LJEA 4GLAA 3DMXA 4ANRA 2C8PA 1QT7A 1GFAA 4GN5C 1LMOA 3OK0A 1LYHA 1C10A 5C6IA 4IASA 5JENB 3QAKA 2NTHA 4NGVA 2YBMA 2ZQ3A 1HEOA 133LA 5I53A 3AJNA 4L41A 3L2XA 1L84A 2CDSA 2OU0X 4H93A 1I1ZA 1YL0X 4GCFA 1IC5Y 6LYTA 2B6TA 3AZ6A 5IHGA 1GBSA 2B6ZA 1KNIA 3F8VA 1I6SA 1TBYA 1C61A 1JEFA 3NYAA 2HULA 4HP0A 4N0JA 5FCPA 5KXTA 1LTMA 1IP5A 2BQJA 4ET9A 4HV1A 1IR9A 4NHSA 1CX7A 1PQKA 1LZRA 5LVGA 2IHLA 1L90A 2OE4X 2HU3A 4TSCA 5EBHA 4TTDA 1KW7A 3G3WA 3RUNA 127LA 4HTNA 1L87A 3PDSA 193LA 174LA 1G0JA 4ARMA 2ZQ4A 162LA 1KIQC 2RBSA 1LSMA 172LA 2BQGA 1XFPL 1CV6A 4W56A 4YXAC 1NDMC 1LGWA 5I14A 4ETBA 1LSCA 1OUDA 4I7OA 214LA 1LSYA 1P46A 1GBYA 4I7SA 1EQEA 1L89A 1GB5A 1YKXX 3CDQA 147LA 221LA 1KY1A 1LJGA 114LA 3GXKA 4RLMA 1OUCA 226LA 4B4IA 228LA 1FLUA 119LA 1A2YC 1SQ2L 1LZ8A 1FDLY 118LA 1DI3A 2BAAA 3QY4A 3V2WA 1YAQA 3C83A 4ETAA 1PQDA 3DKEX 4LDOA 5DN4A 5KXZA 4NIJA 4OW1A 4B0DA 176LA 5KXXA 225LA 2ZIKA 2F32A 1F0WA 3CB7A 2W1YA 3GUKA 5II3A 143LA 103LA 3CT0A 1LHHA 1CV0A 141LA 2W1MA 4HV2A 3A93A 1P36A 3WUNA 3C80A 4LYMA 1DKJA 1JPOA 3C7WA 262LA 1DYFA 1LZ1A 4HPIA 4EOFA 4DDAA 4YEOA 2QB0B 4HJYA 1OUFA 1JTMA 1LMCA 1LJIA 4ZEEA 1BVKC 1XEKA 242LA 1B7RA 1V7TA 1IORA 1CKHA 1WQOA 1OVKA 1RCMA 1IY4A 1C6CA 1WQPA 1LHJA 1TAYA 4ZPUA 3DN8A 2IGCA 4NGWA 142LA 2RAYX 1LCNA 4EKSA 1UUZC 218LA 260LA 1T97A 3CDRA 1LOZA 4ETDA 4DDBA 231LA 2BQEA 2OTZX 4G4CA 4HJZA 2YVBA 4NGZA 1JSEA 1AZFA 1LI3A 3WU7A 3SBBC 4LT2A 4MR1A 1L35A 2D6BA 1SWYA 1GE1A 4J0LA 4CFOA 1P7SA 1YKZX 219LA 1CJ9A 4YM8A 3TMWA 1VDQA 4RW2A 4H8YA 4WLTA 4ARPA 4NGOA 1L56A 1YQVY 4B49A 1LYZA 2HECA 247LA 1DYEA 236LA 1L76A 1OVJA 112LA 1XGUC 1FKVA 1A4VA 4OOOA 3W6BA 1B7SA 128LA 1PQJA 2HEAA 2DQEY 2RB0X 1JQUA 1QTZA 5B05A 2XBSA 4X3BA 140LA 252LA 3GUOA 4NG8A 1AKIA 3TXBA 3HUQA 1L09A 1F10A 3EO5A 4OWEA 4Z46A 4H9EA 1B5VA 144LA 4H9HA 131LA 2Q9DA 5C6LA 1L11A 3TXFA 4I7RA 1FLQA 4ETCA 1P2CC 4WMGA 1L46A 1REXA 4XYYA 1QS5A 3CQLA 5A3EA 4O34A 2D4JA 1L10A 1QTBA 1JKDA 4OWCA 3NY9A 1JKBA 3HUKA 3W6EA 5APDA 3B0IA 1QTHA 175LA 109LA 165LA 1PZYA 186LA 3IWRA 4DD7A 107LA 3HH5A 3HU8A 1L75A 1IR7A 1XGTC 5B07A 3HTGA 1L31A 1CJ6A 1IOQA 1YAMA 1GF4A 1OUAA 3N9AA 4WM3A 1D2WA 1L14A 4Z3MA 2G4QA 3OE8A 4W94A 4YOPA 2B7XA 104LA 4WLDA 1OV7A 1GF5A 3DN6A 195LA 1CV3A 4BADA 4N1CC 3AZ4A 3WYHA 1GFVA 3ZEKA 1SSWA 1GFGA 4I7LA 1PQIA 1KXYA 1GBOA 2D4KA 4K5YA 1WVUA 4HTQA 2ZYCA 3RW8A 1DYGA 1GF9A 1L32A 227LA 1IWUA 2DQGY 2Z6BA 1DYCA 3F9LA 3A6BY 5KXWA 4J1AA 1L60A 1LSEA 1IO5A 4EPIA 2ZWBA 3M18B 1P3NA 1L80A 2Z2EA 1LGXA 4YEMA 1L16A 1T8FA 1PQOA 1B5YA 1YL1X 1UICA 1L91A 4DYGA 1L18A 4R0FA 1L13A 2RBNA 2BQIA 4W57A 2DQCY 3ATOA 3GUMA 1GFKA 170LA 1VAUA 1D9WA 1SLYA 152LA 1G0QA 2B70A 4TWSA 1G7JC 4WM5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2LZM A;  4H9B A;  2X0A A;  3HFM Y;  5ILF A;  3HWL A;  254L A;  1L25 A;  4NSI A;  1E8L A;  1REM A;  2YDG A;  115L A;  4NHQ A;  3RT5 X;  3ZVQ A;  5HMV A;  1C68 A;  4H90 A;  1OWY A;  1OV5 A;  246L A;  1L83 A;  2BQK A;  3SB5 A;  3ULR A;  1B7P A;  4OWB A;  4QGZ A;  5I4W A;  1DZB X;  4W51 A;  1GF7 A;  2F4G A;  1VDT A;  1L64 A;  3EBA B;  4YX7 C;  1OYU A;  1CUQ A;  2RBQ A;  1GFR A;  2NWD X;  1D6Q A;  1L73 A;  4RLN A;  1NBZ C;  3SB9 A;  3WPK A;  5K7O A;  1K28 A;  215L A;  4CGE A;  2I6Z A;  244L A;  249L A;  1D9U A;  2YBH A;  1L92 A;  4DC4 A;  4YEN A;  4EKR A;  1DI4 A;  1QSW A;  1SWZ A;  3P65 A;  3A91 A;  4W52 A;  1DI5 A;  4I8S A;  4TSB A;  1WQM A;  1LLH A;  1L71 A;  1LJE A;  4GLA A;  3DMX A;  4ANR A;  2C8P A;  1QT7 A;  1GFA A;  4GN5 C;  1LMO A;  3OK0 A;  1LYH A;  1C10 A;  5C6I A;  4IAS A;  5JEN B;  3QAK A;  2NTH A;  4NGV A;  2YBM A;  2ZQ3 A;  1HEO A;  133L A;  5I53 A;  3AJN A;  4L41 A;  3L2X A;  1L84 A;  2CDS A;  2OU0 X;  4H93 A;  1I1Z A;  1YL0 X;  4GCF A;  1IC5 Y;  6LYT A;  2B6T A;  3AZ6 A;  5IHG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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