3C8QA

Contribution of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRDCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteriophage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3c8qA00
180LA 126LA 1L33A 1PQIA 1D3JA 255LA 3GULA 3HT7A 196LA 3CDOA 1KY1A 1C6PA 4I7QA 220LA 225LA 3PBLA 1L34A 123LA 1C67A 3G3VA 4W53A 1L63A 1QT6A 1QT4A 1L61A 2A4TA 2B70A 104LA 3V2WA 1C6NA 1NHBA 3SB9A 3OE9A 1L62A 1G0LA 1L81A 4K5YA 3CDTA 200LA 1PQMA 3HUKA 1L36A 130LA 115LA 1L32A 1L0KA 1D2WA 183LA 4ZPUA 189LA 1KW7A 4IAPA 160LA 4EPIA 242LA 1OV5A 3SB8A 3C7YA 3OE6A 2O7AA 1L89A 2RBSA 1SX2A 3C83A 1L14A 122LA 1D9WA 151LA 1OV7A 3DN6A 1G07A 190LA 1CV6A 1CU6A 1QT5A 1LLHA 2RB0X 244LA 3GUMA 1G0JA 1L45A 256LA 2RBOA 4ARQA 3SB7A 3OE0A 1EPYA 1T8AA 227LA 3DMVA 1LWKA 2CUUA 165LA 1G1VA 214LA 1L76A 1L27A 1CU0A 3HTDA 233LA 4GRVA 1QTBA 1OVHA 1KY0A 1L28A 1L0JA 2F2QA 1LPYA 2OU0X 247LA 3GUOA 113LA 217LA 3DNAA 1B6IA 1C6TA 219LA 2B6ZA 1C62A 128LA 1QUHA 3FADA 163LA 1C6DA 4EKRA 1L09A 1L26A 4I7LA 155LA 3DKEX 4LDOA 181LA 1L40A 171LA 1QSBA 1L25A 1L84A 2ANXA 2B6YA 209LA 2QB0B 1LGUA 1C63A 2IGCA 3EMLA 4I7MA 239LA 3C7ZA 1L98A 192LA 4PK0A 199LA 240LA 149LA 195LA 2HUKA 4ARJA 109LA 191LA 3FA0A 1C64A 4ARMA 1L10A 1P56A 1OWYA 1SWZA 259LA 228LA 4W58A 127LA 221LA 1C65A 254LA 3OE8A 234LA 1C6LA 1L24A 223LA 2B75A 1CUQA 2F32A 159LA 4AQNA 161LA 1L93A 3DN1A 3SBAA 1DYFA 1SWYA 3CDRA 1L58A 1QTHA 1L82A 2HULA 1L70A 1T8GA 1L05A 1C6HA 4GBRB 3HTBA 5I14A 7LZMA 1L73A 2NTHA 1LW9A 186LA 1QSQA 1C6MA 1CVKA 1C6FA 120LA 249LA 2RBPA 3L2XA 1P5CA 158LA 1LWGA 212LA 4I7JA 2RH1A 174LA 169LA 1KW5A 1P2RA 1L06A 1CTWA 3HH5A 2B74A 1L67A 145LA 2RB2X 218LA 3G3XA 3SBBC 1L41A 1L52A 2OTYX 148LE 232LA 119LA 2RAZX 3HTFA 1L19A 1C61A 1L35A 243LA 3G3WA 140LA 257LA 2OE9X 3SB6A 1DYBA 1L80A 4EKQA 1DYAA 1KS3A 111LA 3C80A 3LZMA 215LA 118LA 4I7OA 3D4SA 235LA 4YXCA 241LA 1D3NA 1L01A 3DN2A 1C6IA 2Q9DA 1L15A 1LYDA 253LA 1L94A 216LA 260LA 1QUOA 246LA 178LA 1QTDA 137LA 1P3NA 1L90A 1P37A 211LA 1P36A 4LDLA 258LA 3SB5A 1L30A 102LA 143LA 4W57A 1L68A 170LA 4I7TA 1L43A 1G0MA 1PQJA 3DMZA 1CV3A 4I7PA 4ARQB 1L75A 3RZEA 3HT6A 1SSWA 1C66A 3GUKA 1L42A 4EJ4A 1L00A 2Z6BA 182LA 175LA 1OVKA 1G06A 1LYFA 1T6HA 3F8VA 1T8FA 2O79A 2RBNA 3NY9A 3K2RA 142LA 1L79A 164LA 1PQOA 213LA 2B7XA 3ODUA 1CU5A 4DAJA 1C6JA 3CDVA 1L57A 3FI5A 4LZMA 144LA 1JTNA 231LA 237LA 1C68A 3DN3A 167LA 3L64A 2RAYX 3PDSA 1L12A 5LZMA 3HH4A 1LGWA 3HUAA 1L50A 1LI6A 2B6WA 1L31A 2NTGA 3UONA 168LA 2ANVA 2O4WA 1QT7A 1G1WA 1DYGA 1C6KA 3GUNA 1LI3A 1C69A 1QS5A 1CU2A 224LA 1L96A 3C82A 262LA 1G0QA 114LA 1L23A 4ARLA 131LA 1L54A 1G0KA 1CUPA 1L17A 1OWZA 1L86A 1P64A 1SSYA 2OE7X 4ARPA 2LZMA 1SX7A 3V2YA 1L21A 3HT8A 3HH6A 3DN4A 2Q9EA 166LA 1DYEA 1L69A 4ARMB 1DYCA 4DJHA 4YXAC 2RB1X 229LA 2QARC 4OO9A 2L78A 4EXMA 2LC9A 1L46A 3HUQA 4EKPA 1ZYTA 4I7NA 1C6EA 1L51A 1L29A 1L11A 1LGXA 2LCBA 157LA 141LA 1L48A 3NYAA 162LA 4I7KA 1L13A 1L60A 1T97A 1QT3A 1L44A 173LA 1L71A 222LA 2B73A 1L64A 147LA 4I7SA 177LA 1D2YA 1L72A 1L03A 1QUGA 1L02A 125LA 1QUDA 4EKSA 2HUMA 1L18A 139LA 2OU8A 1OVJA 156LA 1L49A 107LA 1L53A 1OYUA 1C60A 230LA 1L83A 1G0PA 1L04A 1P46A 108LA 129LA 236LA 176LA 1CV5A 2OU9A 3HT9A 152LA 238LA 261LA 1L59A 3CDQA 1L08A 1C6CA 1LYIA 1CV4A 1D3MA 1ZURA 3HU9A 2OE4X 1L65A 245LA 1ZWNA 1L88A 1QT8A 1LYEA 1LYGA 1I6SA 1PQDA 4YX7C 1JTMA 1TLAA 4W56A 206LA 3C8QA 3SN6R 103LA 1QTVA 4E97A 1D3FA 1JQUA 3C81A 1CU3A 1L37A 1L39A 4EPFA 3HDFA 3HH3A 3JR6A 1G0GA 4W55A 1L56A 2OEAX 172LA 1L99A 1CV1A 4LDEA 248LA 1K28A 184LA 4S0WA 1L20A 188LA 2OTZX 1QTZA 1L38A 1C6QA 3GUIA 210LA 3C7WA 4I7RA 1KNIA 2RBRA 1P2LA 1CX6A 2B72A 2RBQA 252LA 4W54A 1DYDA 1LYHA 3GUJA 3NY8A 197LA 1L07A 1C6BA 1L77A 1L47A 3HDEA 1L87A 185LA 4W51A 1LI2A 4W52A 1L74A 251LA 1XEPA 250LA 3F9LA 1XJUA 1L91A 1L85A 1CV0A 3HWLA 110LA 146LA 205LA 3QAKA 1L95A 3DN0A 1P6YA 187LA 1WTHA 1L16A 6LZMA 1P7SA 198LA 138LA 1C6GA 4W59A 3C8RA 1XJTA 1L66A 2B6TA 1LYJA 1QTCA 3GUPA 112LA 3HTGA 3HU8A 1CX7A 150LA 4DKLA 2B6XA 3RUNA 3DMXA 2F47A 1QS9A 4PJZA 3DN8A 1L97A 226LA 1PQKA 3VW7A 1L55A 1C6AA 1L22A 3C8SA 201LA 1L92A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D91A 5DN4A 1TAYA 3GULA 4WL6A 3HT7A 3B0IA 220LA 5A3EA 1VAUA 1GFHA 1L63A 1UICA 1QT6A 1V7TA 1IOCA 104LA 1JJ3A 1LSBA 2ZYPA 2DKVA 3SB9A 3OE9A 4BAPA 1L81A 5F9XA 1YL0X 1L36A 2Z2FA 1L32A 183LA 4ZPUA 3A6CY 3HBDA 4IAPA 1B2KA 1YROA 3SB8A 2O7AA 1SX2A 5E9RA 1JKAA 1OV7A 1CV6A 1QT5A 4ARQA 5KKIA 1G0JA 1L45A 2RBOA 4H93A 3SB7A 4AXTA 5JENB 3OE0A 4M6DA 1EPYA 4U3XB 4IASA 1GFVA 1YAPA 5L3IA 1CU0A 4OW1A 1LJ3A 4WO6A 2BQHA 3QNGA 2OU0X 1XSFA 128LA 1LYYA 1LJJA 1L26A 1LZEA 4P2EA 4ETEA 1IC5Y 4LDOA 1LYSA 2BQAA 1L40A 171LA 4ML7A 2ANXA 4YEMA 1C63A 1CJ7A 3EMLA 3P68A 3C7ZA 1AZFA 1IO5A 1AT5A 1BVKC 1JKDA 149LA 1GDWA 1GF0A 1LZTA 2Z12A 4LYBA 1KIPC 4HTNA 3HBEX 3FA0A 1DZBX 1C64A 4TSCA 1IOQA 1P56A 1LZ1A 259LA 4W58A 127LA 4OWEA 3WW5A 4XJIA 5FELA 223LA 4NGYA 2F32A 4AQNA 3DN1A 2BQBA 3SBAA 1SWYA 1DXJA 3CDRA 4EMNA 2HU3A 4PRQA 3ZEKA 1L05A 2WARA 1C6HA 2BQEA 4OWCA 1HFZA 1UBZA 7LZMA 1LW9A 4NIJA 1C6FA 5I4WA 1P5CA 4DT3A 1JITA 2HEDA 3A6BY 1C7PA 2B74A 2RB2X 145LA 5KJ9A 135LA 5LVIA 2HEEA 3SBBC 1GBYA 4ETAA 148LE 1UCOA 1LZSA 1GBZA 1LJNA 3WW6A 1L19A 1L35A 2Z39A 4B4EA 140LA 3N9AA 4I0CA 2OE9X 1ALCA 1QUTA 4ETDA 5LIOA 1KS3A 111LA 1H87A 4NEBA 3LZMA 3DN2A 1L15A 1LYDA 4G9SA 260LA 4PPOA 1REZA 1P3NA 1P37A 4H9BA 4H9IA 1P36A 258LA 3N9CA 4H9FA 1PQJA 2DQGY 1CV3A 1YAOA 3RZEA 3HT6A 3W6AA 1UIDA 2EQLA 4ZFPA 2YBHA 3T6UA 3F8VA 1G06A 1LYFA 5APFA 2DQHY 2O79A 2RBNA 3K2RA 2B7XA 164LA 1CU5A 5FCPA 4LZMA 1L57A 4PHIA 1LZ8A 3P64A 1IWXA 1LYZA 5LZMA 2NTGA 4WLYA 168LA 2O4WA 1UC0A 1G1WA 1DYGA 3GUNA 1KIQC 2HECA 1LI3A 1L96A 3ULRA 1IP2A 3WUNA 4DDAA 4ARLA 4M4OA 1F0WA 1F6SA 5EBHA 3WU8A 3HH6A 1BB3A 4WOAA 3A91A 1LMNA 2RB1X 1AKIA 2Z2EA 1B7NA 2L78A 1LSPA 4EKPA 1LJHA 1C6EA 1L51A 1L11A 1LGXA 1L48A 3NYAA 1L13A 3FI7A 1FDLY 1IWZA 3TXBA 222LA 1L64A 1YAQA 1L72A 1QUGA 1LSGA 3CSZA 4NY5A 4EKSA 1FKVA 1GDXA 2HUMA 1D9UA 139LA 1GF6A 107LA 4I8SA 5E4PA 5KXOA 108LA 3A95A 176LA 1CV5A 1VEDA 1NQIA 3HT9A 238LA 1L59A 1C6CA 1D3MA 4PRUA 4DD1A 1D0MA 1ZWNA 4YX7C 1PQDA 1YIKA 1TLAA 3EO5A 4W56A 1HC0A 3SN6R 1C08C 4E97A 1YQVY 1D3FA 3TXGA 1LHKA 1GFKA 1LOZA 4D9ZA 4WM4A 1G0GA 5J7CA 1IP7A 1VDSA 1OUJA 4TWSA 4G4HA 3A67Y 1GF3A 1L20A 1OUCA 1UIHA 1GAYA 1L38A 4CGEA 1NF5A 1B5VA 2RBRA 5I54A 2HUBA 3WXUA 1JIYA 2XTHA 3MGWA 1LYHA 1KXXA 1BWJA 4KPMA 1L47A 1LSMA 185LA 4W51A 3AZ6A 3A94A 1L74A 134LA 4BS7A 1XJUA 1GE1A 1QDTA 1L85A 3A8ZA 1KIRC 4RLNA 2I6ZA 4ANRA 4GLVA 110LA 5B1FA 1HSXA 146LA 1GEVA 1JSFA 1REXA 3DN0A 3K3TA 4H9HA 1KXYA 3CSQA 4BAFA 1L16A 4DDBA 6LZMA 1WVUA 138LA 1C6GA 1LYJA 1QTCA 4WM3A 2YSSC 1LMPA 4MR1A 2FBBA 4E3UA 1DQJC 2IFFY 1HEQA 1NBZC 3DN8A 2YBLA 4LYMA 1XEIA 1FLYA 1T6VL 4A7DA 1C6AA 4GCCA 1LSYA 1EQ5A 3C8SA 2CDSA 3GUKA 1LZCA 2MECA 2W1MA 1PQIA 1WVVA 1D3JA 255LA 1TEWA 3AZ7A 3CDOA 1C6PA 4I7QA 4UWUA 3PBLA 3VWOA 1NDGC 4QDNA 4W53A 5FHWA 1JKBA 4WM5A 1QT4A 2B70A 1L61A 2BAAA 1UACY 1C6NA 2PC2A 3AW6A 1L62A 1G0LA 4K5YA 200LA 3HUKA 1DI5A 1YANA 2YBNA 3TXEA 1IOSA 4EPIA 3C7YA 3OE6A 3A93A 4H1PA 5LA8A 122LA 5KXPA 3ZVQB 1JEFA 2CWIA 3M3UA 1T8AA 1LSEA 3LHMA 1PZYA 1IWVA 3DMVA 1L76A 4AGAA 233LA 1KY0A 3TXFA 3GUOA 113LA 1IC4Y 3SP3A 1C62A 3FADA 163LA 1C6DA 4EKRA 4I7LA 1GAZA 4OWAA 5HQ1A 1FN5A 1QSBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2D91 A;  5DN4 A;  1TAY A;  3GUL A;  4WL6 A;  3HT7 A;  3B0I A;  220L A;  5A3E A;  1VAU A;  1GFH A;  1L63 A;  1UIC A;  1QT6 A;  1V7T A;  1IOC A;  104L A;  1JJ3 A;  1LSB A;  2ZYP A;  2DKV A;  3SB9 A;  3OE9 A;  4BAP A;  1L81 A;  5F9X A;  1YL0 X;  1L36 A;  2Z2F A;  1L32 A;  183L A;  4ZPU A;  3A6C Y;  3HBD A;  4IAP A;  1B2K A;  1YRO A;  3SB8 A;  2O7A A;  1SX2 A;  5E9R A;  1JKA A;  1OV7 A;  1CV6 A;  1QT5 A;  4ARQ A;  5KKI A;  1G0J A;  1L45 A;  2RBO A;  4H93 A;  3SB7 A;  4AXT A;  5JEN B;  3OE0 A;  4M6D A;  1EPY A;  4U3X B;  4IAS A;  1GFV A;  1YAP A;  5L3I A;  1CU0 A;  4OW1 A;  1LJ3 A;  4WO6 A;  2BQH A;  3QNG A;  2OU0 X;  1XSF A;  128L A;  1LYY A;  1LJJ A;  1L26 A;  1LZE A;  4P2E A;  4ETE A;  1IC5 Y;  4LDO A;  1LYS A;  2BQA A;  1L40 A;  171L A;  4ML7 A;  2ANX A;  4YEM A;  1C63 A;  1CJ7 A;  3EML A;  3P68 A;  3C7Z A;  1AZF A;  1IO5 A;  1AT5 A;  1BVK C;  1JKD A;  149L A;  1GDW A;  1GF0 A;  1LZT A;  2Z12 A;  4LYB A;  1KIP C;  4HTN A;  3HBE X;  3FA0 A;  1DZB X;  1C64 A;  4TSC A;  1IOQ A;  1P56 A;  1LZ1 A; 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