3C8QA

Contribution of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRDCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3c8qA00
1C69A 1KW5A 216LA 1LGUA 1L27A 1SSYA 1L81A 3CDRA 1QUHA 4PK0A 1SSWA 2B73A 1DYGA 1L37A 3C8RA 144LA 1L38A 1G0LA 1OWYA 1C65A 178LA 1L82A 1LYIA 3GUIA 1C6QA 4I7TA 1DYDA 1CTWA 120LA 247LA 3DN1A 4EPIA 1L89A 1C6GA 4W52A 126LA 3V2YA 3HH4A 1L43A 1C6BA 2L78A 3HT8A 255LA 114LA 238LA 197LA 142LA 3NYAA 3DMXA 3HH6A 1L20A 3DN8A 4LZMA 253LA 4I7SA 4EXMA 1C6EA 3HT6A 1CU2A 215LA 1QTCA 1KY0A 1L18A 223LA 2RBRA 3HH5A 3HDFA 4ARQB 1L64A 2B6WA 1L04A 1CU0A 1L06A 1L32A 1L30A 3OE9A 230LA 3JR6A 3GUJA 233LA 3DN2A 3C7YA 4EJ4A 4I7LA 1QUGA 3HU9A 1D3FA 3OE8A 3FADA 2B6YA 159LA 1LYHA 1L90A 4I7QA 1L50A 2B6XA 1L45A 115LA 1QTBA 4EKPA 3G3XA 1C6CA 4W56A 3HUKA 1D3JA 147LA 1DYFA 1T8GA 2RB2X 1QS9A 2NTGA 1L47A 248LA 242LA 1CV5A 1I6SA 1L39A 1L56A 2Q9DA 1L36A 1P64A 3K2RA 1D2WA 1PQMA 1L63A 3SN6R 1L25A 141LA 2HUKA 3CDVA 1JQUA 1ZURA 198LA 1CU3A 1L44A 1G1VA 3C8QA 4ARMA 1G0MA 1KS3A 2HUMA 3C81A 1SWYA 1LI3A 4PJZA 1L67A 2Q9EA 192LA 3DMVA 1L17A 1L68A 2NTHA 1SX2A 1QT4A 118LA 1C60A 227LA 1L61A 1QT5A 1C66A 4W53A 1L87A 2RAZX 1PQOA 2B72A 3CDOA 2CUUA 1P7SA 262LA 162LA 3FA0A 3GUKA 1L76A 3V2WA 181LA 4ARJA 4I7MA 1C6FA 3C7ZA 3DKEX 1CU6A 1LYEA 4AQNA 1D3MA 4DKLA 175LA 1L52A 151LA 4IAPA 1L93A 3C82A 1LWKA 3SB9A 4ARLA 1KNIA 1L86A 129LA 3SB6A 3GUOA 1C6AA 3OE0A 4I7JA 205LA 3GUPA 1D9WA 1L94A 188LA 240LA 245LA 219LA 3GULA 4YXAC 1C6HA 1C6LA 1L31A 1C68A 1QTVA 1G07A 1L69A 3QAKA 3HUAA 214LA 199LA 1P6YA 1QSQA 235LA 260LA 2B74A 1G0QA 224LA 4ARMB 1C6TA 1L51A 189LA 3HT7A 201LA 1L57A 1L83A 1LI6A 1C67A 3HTDA 1CVKA 1OWZA 1QTZA 1SWZA 3F9LA 103LA 157LA 2A4TA 1L22A 138LA 4E97A 1L12A 180LA 3G3WA 3ODUA 1QUDA 2OTYX 1WTHA 1C64A 1L11A 3HTBA 4OO9A 218LA 130LA 1P3NA 1C6NA 139LA 2LC9A 4LDOA 1KY1A 160LA 1L00A 4I7PA 1L84A 7LZMA 3RUNA 1L99A 110LA 111LA 210LA 4S0WA 1P5CA 5LZMA 1L73A 152LA 2OU9A 1L97A 4ARPA 1L05A 1L70A 1OYUA 3SB7A 4GBRB 1P46A 1L10A 1L66A 1CV1A 2OE9X 3PBLA 228LA 1P2RA 3DN6A 1L19A 1LYDA 229LA 1P37A 213LA 1LYGA 191LA 4W55A 1D3NA 2RBQA 1C6DA 3HTFA 1L33A 2B7XA 2QB0B 2RH1A 1L40A 2OEAX 3EMLA 3OE6A 1C6KA 4YX7C 186LA 3L2XA 4LDEA 3RZEA 243LA 1G0PA 1KW7A 104LA 3VW7A 3L64A 169LA 1TLAA 3SBBC 3SBAA 1L74A 163LA 1L88A 143LA 3NY9A 251LA 1L24A 2B6TA 2O7AA 206LA 1L60A 4ZPUA 2B75A 1L02A 4YXCA 1QTHA 1T97A 112LA 4W59A 1NHBA 257LA 3SB5A 1PQJA 200LA 1SX7A 4ARQA 1L03A 125LA 1DYBA 1LYFA 1QS5A 3HWLA 122LA 3GUNA 4W51A 4W54A 252LA 1L08A 3UONA 2LZMA 2O79A 3C83A 1L29A 1LGXA 1L09A 155LA 184LA 1C6IA 1CX7A 3DMZA 1LPYA 217LA 3C8SA 2RBPA 5I14A 1CU5A 1L58A 1CX6A 1QTDA 3HTGA 166LA 1L21A 3DNAA 1P2LA 3HUQA 3LZMA 146LA 259LA 171LA 254LA 1XEPA 1CUQA 1T8FA 258LA 1L35A 1K28A 2B70A 1L07A 1XJUA 127LA 148LE 1EPYA 196LA 4W58A 4LDLA 2RB1X 246LA 231LA 1PQKA 1L0KA 3C7WA 1L42A 2QARC 3PDSA 137LA 1CV0A 4I7NA 1C6JA 1B6IA 1L75A 1OV7A 2ANXA 1T6HA 1L41A 2RB0X 1L95A 1L65A 4I7KA 1JTNA 2RBOA 250LA 256LA 177LA 1L0JA 1DYEA 1L26A 187LA 1L49A 131LA 1L91A 1CV3A 167LA 2F2QA 2OTZX 1ZYTA 1L34A 2OE7X 1L48A 1DYCA 1G0GA 174LA 1PQIA 1OVHA 234LA 1G06A 1L62A 1L92A 1P36A 221LA 158LA 1OVKA 1CUPA 4GRVA 1L53A 2O4WA 1L01A 211LA 226LA 123LA 3F8VA 1L14A 220LA 183LA 3G3VA 1G0JA 3GUMA 4I7RA 3DN4A 119LA 1QT3A 2HULA 1C63A 1L79A 1C6PA 1L55A 1C62A 173LA 1JTMA 1LGWA 1C6MA 165LA 239LA 2LCBA 1XJTA 164LA 3NY8A 1G0KA 182LA 156LA 1L98A 107LA 1PQDA 2Z6BA 185LA 2F47A 161LA 168LA 1QT6A 2OU8A 4I7OA 244LA 232LA 4EPFA 261LA 3HDEA 1L96A 1LLHA 140LA 1LYJA 150LA 128LA 222LA 3CDQA 2RBSA 1T8AA 1L46A 4DAJA 170LA 3SB8A 1L13A 4DJHA 1L77A 3FI5A 1L23A 4W57A 1D2YA 1L16A 1CV6A 2ANVA 3C80A 2RAYX 190LA 209LA 1LI2A 1QSBA 1L85A 1L71A 3HU8A 102LA 1LWGA 2B6ZA 3DN3A 1L54A 1DYAA 4EKRA 1L72A 108LA 195LA 172LA 249LA 237LA 3DN0A 109LA 1C61A 1ZWNA 1G1WA 241LA 225LA 2F32A 2OE4X 3HH3A 236LA 1P56A 149LA 2IGCA 1L28A 1QT7A 3CDTA 1QUOA 4EKQA 176LA 1OV5A 113LA 1L15A 6LZMA 4EKSA 1QT8A 2OU0X 1LW9A 3D4SA 1L59A 1OVJA 145LA 212LA 4K5YA 3HT9A 2RBNA 1L80A 1CV4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FLQA 1SSYA 4PK0A 1BB6A 5J7CA 3C8RA 3WXTA 1PS5A 5IDDA 1OWYA 5DLAA 1MLCE 1GXV2 1VATA 3DN1A 4NSJA 2F4GA 4WM3A 255LA 5T3FA 142LA 4PRQA 1GFGA 1GFKA 1LHJA 3EXDA 3NYAA 3DMXA 5K7OA 3HH6A 3DN8A 4LZMA 253LA 4I7SA 2Z37A 4LYBA 3TMXA 5E4PA 4EXMA 1KY0A 4OWHA 4ET9A 5APCA 2RBRA 1G7MC 2B6WA 1L04A 3N9CA 4NWEA 3W6BA 4YM8A 3OE9A 1ZMYL 3JR6A 1B5YA 1BB4A 1QUGA 3OE8A 2BQOA 1WQNA 4EKPA 1EQ5A 3WW5A 2I6ZA 3G3XA 1IWYA 1HSWA 4H9FA 4TSCA 2EPEA 4MCKA 4C3WA 2AUBA 1WQOA 1T8GA 3ATOA 5F14A 1IC5Y 1L47A 248LA 1YROA 134LA 1CV5A 1BB5A 1JUGA 1P64A 3K2RA 1D2WA 1UICA 141LA 1BWJA 1LJIA 4RW2A 4AXTA 1CU3A 4ARMA 1LZTA 1G0MA 2Z2FA 1QTKA 3AGGG 4PJZA 2CWIA 4WO6A 1TBYA 2HU1A 1L68A 4DD2A 2NTHA 1QT5A 3T6UA 4W53A 1L87A 1UIFA 2LZ2A 3AGHA 2CUUA 1HEQA 3AZ4A 162LA 1YAPA 3GUKA 3RNXA 1CKHA 1OUJA 1GD6A 4ARJA 1C6FA 3C7ZA 3DKEX 2XQOA 1IORA 1JIYA 4DKLA 175LA 4LT3A 1OUAA 3C82A 1GEZA 1LMCA 1LWKA 3SB9A 4ARLA 9LYZA 129LA 4NGWA 4NHSA 5FELA 1BWHA 1L94A 188LA 245LA 3GULA 2YBLA 2B5ZA 1C68A 4J7VA 193LA 4G49A 1WQQA 4ETBA 1L69A 1SLYA 199LA 1QQYA 2HEAA 260LA 1HEPA 4DD9A 1I56A 2MEBA 5FCPA 201LA 1L57A 1QTZA 138LA 1UUZC 180LA 2DQJY 1WTHA 3HTBA 2DQFC 1JSEA 1C6NA 1LPIA 2LC9A 4I7PA 1D0KA 1T6VL 1I20A 210LA 3B0OA 1L73A 2OU9A 2Z38A 1L70A 4KT3A 1QIOA 3SB7A 1LZ9A 2D4KA 4HTKA 4NHTA 3PBLA 7LYZA 1NBZC 5APEA 229LA 1GBSA 1P37A 2LYOA 1LZ4A 4W55A 2RBQA 3A93A 2B7XA 2RH1A 3W6EA 2BQNA 3EMLA 1H87A 2YVBA 1C6KA 5KXKA 186LA 4H91A 1LZAA 4NFVA 104LA 5KJ9A 1B9OA 1JTPL 3SBBC 1L74A 3CB7A 4ETCA 1E8LA 5LAGA 1IIZA 3HBDA 1B5UA 1AKIA 1L24A 1LZBA 2B6TA 2O7AA 1TCYA 1YL0X 1L02A 5I4XA 1IWXA 1QTHA 1LSFA 112LA 1XEKA 3N9EA 1JKCA 4W59A 4CJ2A 3SB5A 4H92A 1F6RA 1LMQA 125LA 1GB2A 1LYFA 1QS5A 4W51A 1LZNA 1GB7A 4DD0A 1C46A 6LYTA 1LGXA 1HELA 3W6AA 1D0MA 2RBPA 5M1YA 3J6KA 5I14A 1CX6A 1QTDA 5LA8A 1HFYA 1L21A 1P2LA 3HUQA 3LZMA 146LA 171LA 4HTNA 1XEPA 3A94A 207LA 2B70A 1GEVA 3BKVA 1L07A 4ETDA 4ET8A 4H9EA 6LYZA 2BQGA 4W58A 1QUTA 231LA 3IWRA 1B5XA 2YSSC 4NGIA 2QARC 2MEAA 4IJ4A 1B6IA 1OV7A 2ANXA 1T6HA 1IR7A 3E3DA 256LA 2XBSA 1L0JA 1IX0A 1L49A 187LA 2LYMA 131LA 1VDTA 2HEBA 4DQ5A 1ZYTA 2OE7X 2ZQ4A 2NWDX 1OVHA 1G06A 4WG1A 1L62A 1P36A 1OVKA 1CUPA 4W96A 2YBIA 226LA 1DPXA 3F8VA 5I54A 3GUMA 3RW8A 5APDA 4KL7A 1C63A 1L79A 3TXGA 1LZ8A 1JHLA 1ZVHL 5APFA 1GB0A 2LCBA 1XJTA 4ETAA 1G0KA 5LYZA 3B6LA 1JJ0A 3CT0A 2Z6BA 1G7IC 4HSFA 161LA 1QT6A 1WQRA 232LA 1HMLA 261LA 4XADA 1LLHA 3OJPA 150LA 1LMPA 1T8AA 4DAJA 5KXYA 1J1XY 4B1AA 1GE4A 1L16A 1WQPA 3C80A 3W6CA 4KXIA 4N8ZA 1O23A 1LKRA 1F10A 1KXYA 4ETEA 5DN4A 1GF5A 1JITA 2B6ZA 3DN3A 3P4ZA 1HEMA 195LA 5KXMA 109LA 1C61A 1ZWNA 1G1WA 241LA 4NGZA 1LZRA 2DQHY 3HH3A 1DQJC 3P65A 176LA 1TEWA 3CSZA 6LZMA 2OU0X 2BQMA 4BAFA 1L59A 1OVJA 145LA 212LA 3A34A 3G3AB 216LA 5KXRA 1QUHA 1LZYA 1SSWA 4UWNA 4GCFA 3CSQA 3W6DA 1LSBA 2VB1A 4W94A 3F6ZA 3GUIA 2D4JA 120LA 2BQKA 1LZ1A 1L89A 4W52A 2FBBA 3CT5A 3HH4A 4RLNA 4N9RA 1L43A 1C6BA 1GB3A 4DT3A 4RLMA 5C6IA 4LYOA 1BVXA 238LA 4B4IA 3AW6A 2EIZC 2Z39A 3A95A 1REMA 1C6EA 2BAAA 4N1EI 4LT0A 4LT2A 223LA 3HH5A 5LXWA 4ARQB 4WLDA 2FBDA 5KXXA 1QDTA 4EJ4A 4I7LA 2BQJA 1I1ZA 1HENA 1LYHA 4I7QA 1QTBA 115LA 4WM6A 1GE2A 1PZYA 3HUKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1FLQ A;  1SSY A;  4PK0 A;  1BB6 A;  5J7C A;  3C8R A;  3WXT A;  1PS5 A;  5IDD A;  1OWY A;  5DLA A;  1MLC E;  1GXV 2;  1VAT A;  3DN1 A;  4NSJ A;  2F4G A;  4WM3 A;  255L A;  5T3F A;  142L A;  4PRQ A;  1GFG A;  1GFK A;  1LHJ A;  3EXD A;  3NYA A;  3DMX A;  5K7O A;  3HH6 A;  3DN8 A;  4LZM A;  253L A;  4I7S A;  2Z37 A;  4LYB A;  3TMX A;  5E4P A;  4EXM A;  1KY0 A;  4OWH A;  4ET9 A;  5APC A;  2RBR A;  1G7M C;  2B6W A;  1L04 A;  3N9C A;  4NWE A;  3W6B A;  4YM8 A;  3OE9 A;  1ZMY L;  3JR6 A;  1B5Y A;  1BB4 A;  1QUG A;  3OE8 A;  2BQO A;  1WQN A;  4EKP A;  1EQ5 A;  3WW5 A;  2I6Z A;  3G3X A;  1IWY A;  1HSW A;  4H9F A;  4TSC A;  2EPE A;  4MCK A;  4C3W A;  2AUB A;  1WQO A;  1T8G A;  3ATO A;  5F14 A;  1IC5 Y;  1L47 A;  248L A;  1YRO A;  134L A;  1CV5 A;  1BB5 A;  1JUG A;  1P64 A;  3K2R A;  1D2W A;  1UIC A;  141L A;  1BWJ A;  1LJI A;  4RW2 A;  4AXT A;  1CU3 A;  4ARM A;  1LZT A;  1G0M A;  2Z2F A;  1QTK A;  3AGG G;  4PJZ A;  2CWI A;  4WO6 A;  1TBY A;  2HU1 A;  1L68 A;  4DD2 A;  2NTH A;  1QT5 A;  3T6U A;  4W53 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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