206LA

Phage t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNASKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-03-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 206lA00
1K28A 1T8AA 2RBQA 2O7AA 216LA 1C68A 126LA 196LA 3CDRA 113LA 3DMVA 1KS3A 1C6NA 215LA 1L04A 3HH3A 1SSYA 2Q9EA 1C6KA 4EJ4A 1L40A 3G3VA 137LA 198LA 257LA 1G0QA 1L74A 1D3JA 1G0LA 4W54A 1SX7A 3GULA 197LA 1DYFA 1QUHA 1JTMA 1PQKA 246LA 1CU5A 2B6TA 3HU8A 122LA 211LA 1L39A 143LA 199LA 4ARMB 2OTZX 3QAKA 210LA 1L23A 1G0GA 1P7SA 1L36A 1OYUA 110LA 1L73A 244LA 4W53A 3FA0A 2B73A 4I7KA 1QSBA 1LI6A 1P56A 1KY0A 190LA 187LA 4K5YA 1G0JA 1L01A 1L33A 1L07A 2O79A 3DN6A 1G0MA 3C81A 1L83A 3DN2A 189LA 240LA 2Q9DA 159LA 1LYGA 114LA 1OWYA 1B6IA 2ANVA 177LA 1L72A 1L77A 1L66A 1P5CA 2OE4X 4OO9A 3HU9A 251LA 3JR6A 227LA 171LA 6LZMA 1C67A 1LWKA 1T6HA 173LA 164LA 4DAJA 3K2RA 1TLAA 2HULA 2OU9A 2QB0B 4ARQA 1OVKA 222LA 148LE 1CX7A 1ZWNA 4W55A 181LA 3DN4A 1L90A 1L51A 3FI5A 131LA 1LYFA 4W52A 3DN0A 4I7MA 4I7RA 123LA 3HTDA 1KNIA 250LA 259LA 231LA 1CV5A 1L95A 1SSWA 3C7ZA 3DMXA 3G3WA 1G0KA 1LI3A 4W58A 4ZPUA 1KW5A 3HTGA 191LA 2A4TA 182LA 1L91A 1L08A 2HUMA 1DYDA 1OVHA 3D4SA 1P46A 1D3NA 1WTHA 3HT6A 1L99A 3ODUA 1DYBA 3GUOA 1C6IA 4EKSA 128LA 4YX7C 3GUJA 3SN6R 4W51A 237LA 1C6BA 1C6JA 1L94A 1LGXA 160LA 3NYAA 2RBOA 139LA 140LA 2B7XA 1L68A 1L30A 4I7LA 4ARJA 2OE7X 1QTZA 1L03A 1L71A 3HH4A 4GBRB 2IGCA 2B72A 1L49A 3HH5A 4ARPA 3GUMA 243LA 1P2LA 1LYEA 165LA 1C6CA 3C82A 2HUKA 3C8RA 4PJZA 4I7PA 1L53A 3UONA 4DJHA 2OTYX 4I7QA 1L85A 1CV1A 144LA 142LA 5LZMA 4YXAC 119LA 1QS5A 1L0JA 1P37A 1L18A 1L63A 230LA 5I14A 1KY1A 1L14A 1QTHA 3SBBC 223LA 235LA 3PBLA 2NTGA 3HDFA 3RUNA 1QUOA 2RBSA 1D3FA 156LA 1L02A 1XJUA 172LA 111LA 1CU3A 3HH6A 3NY8A 2CUUA 108LA 166LA 1L64A 107LA 1L57A 3SB9A 186LA 4DKLA 150LA 213LA 2RBNA 1OVJA 102LA 3L2XA 127LA 1C6GA 1L00A 3GUIA 1P3NA 1SWZA 3HWLA 1L25A 245LA 2O4WA 1L28A 205LA 1C62A 3OE0A 1L93A 253LA 2OU8A 1ZURA 2ANXA 1L21A 1L11A 1D2WA 3SB5A 3C8SA 1G07A 151LA 4I7JA 3CDTA 1L75A 1JQUA 3SBAA 3F9LA 4W57A 1JTNA 4LDEA 1L22A 1P64A 3DNAA 1L16A 1L54A 1C63A 1PQIA 1L48A 1QT4A 1C69A 183LA 2LZMA 3HTBA 1L24A 170LA 1SWYA 1QT3A 162LA 163LA 4I7SA 161LA 1PQDA 1C60A 1L97A 226LA 130LA 167LA 1L19A 3SB8A 1C6QA 1CV3A 1G06A 1L88A 1C65A 2RAZX 1L45A 1CV6A 4ARLA 1L06A 169LA 1L70A 1L82A 220LA 1L69A 4EKRA 218LA 236LA 3NY9A 2L78A 157LA 1DYEA 217LA 1C6LA 3DMZA 1C6MA 1DYGA 3CDQA 4EPIA 129LA 1L47A 212LA 214LA 4LDLA 248LA 1OV7A 2LCBA 3CDOA 3EMLA 1L60A 1L32A 4I7TA 1G1VA 4E97A 4ARMA 1LYDA 262LA 4W59A 1G1WA 2QARC 1LYJA 232LA 120LA 2B74A 1L46A 1L79A 256LA 3HUQA 1L89A 1CUPA 3RZEA 1SX2A 1T8FA 1PQJA 239LA 1CVKA 3HT7A 1D9WA 1XJTA 2RBRA 1C61A 4LDOA 3C80A 1L98A 219LA 4EKPA 2B6XA 1L15A 4I7OA 1C66A 145LA 4IAPA 1C6TA 175LA 1CU0A 3HUAA 1CV4A 200LA 3DN1A 1QT6A 4ARQB 1CU2A 3OE6A 1C64A 1ZYTA 1L09A 1CX6A 4AQNA 254LA 206LA 3V2WA 4EKQA 1C6HA 155LA 2OEAX 228LA 1L29A 3CDVA 1PQMA 118LA 2RB0X 1L50A 4S0WA 3DKEX 4EXMA 2B70A 1L34A 1L81A 3PDSA 1L92A 2LC9A 1L59A 1C6DA 1L0KA 176LA 1OWZA 1L31A 2RB2X 1G0PA 188LA 4EPFA 1L87A 4YXCA 1L37A 103LA 1L38A 149LA 1L43A 1D2YA 4LZMA 1CU6A 3GUKA 125LA 1EPYA 1L65A 249LA 1L67A 241LA 3C8QA 224LA 3C7WA 2OU0X 1T97A 1C6EA 1PQOA 3L64A 3HT9A 1C6AA 1LLHA 174LA 1DYAA 3OE8A 3F8VA 152LA 180LA 3V2YA 185LA 1L84A 1QTBA 2F2QA 2NTHA 2RAYX 1L96A 138LA 1LPYA 1L20A 252LA 4W56A 1QT7A 247LA 1DYCA 1D3MA 1L26A 1L44A 1I6SA 1LW9A 1L35A 2B6YA 7LZMA 1QUGA 1L52A 1CUQA 221LA 201LA 234LA 1P6YA 1L86A 2Z6BA 4PK0A 3C83A 1CV0A 255LA 3HDEA 4GRVA 3FADA 1L17A 2F32A 1L58A 1L05A 2RH1A 3OE9A 178LA 1LWGA 158LA 233LA 3GUPA 225LA 1L41A 1NHBA 1L10A 2OE9X 147LA 1QS9A 1L62A 209LA 1L42A 1QTCA 2F47A 112LA 3C7YA 1T8GA 1LYIA 1LYHA 3SB7A 141LA 1L55A 1P2RA 3G3XA 1L56A 1QTVA 3SB6A 229LA 2RBPA 109LA 168LA 2B75A 1CTWA 195LA 1XEPA 258LA 3HT8A 2B6ZA 261LA 184LA 2B6WA 3DN8A 1L76A 238LA 3HUKA 1QSQA 1L27A 1C6FA 1L13A 1KW7A 4I7NA 1QTDA 1QUDA 3GUNA 104LA 2RB1X 146LA 3LZMA 115LA 3DN3A 192LA 1L12A 3HTFA 1QT5A 3VW7A 1LGWA 1LGUA 260LA 1P36A 1OV5A 1L80A 1C6PA 242LA 1LI2A 1QT8A 1L61A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HQ1A 1K28A 2RBQA 154LA 3CT5A 1RCMA 2C8OA 196LA 1G7MC 3AGGG 1LZBA 2HU3A 4DD7A 3TXIA 1SSYA 4EJ4A 1L40A 3GXKA 1GB8A 1OQMA 1GB7A 3IJUA 4DDCA 1G0LA 1MELL 2B6TA 1CU5A 3B0OA 1HEQA 3P64A 1L39A 4WM2A 143LA 3QAKA 1G7LC 2FBDA 1OUDA 1L23A 1G0GA 1L36A 4HJYA 4FDYA 4WL7A 1HERA 4W53A 3FA0A 3W6EA 4I7KA 1TDYA 187LA 4K5YA 1G0JA 4LT0A 4R0FA 1LAAA 3T6UA 1LSAA 2DQDY 3OK0A 5HLLA 1XSFA 3TXDA 114LA 1B6IA 177LA 3B0KA 3TXKA 1C08C 251LA 4XJHA 3JR6A 227LA 4NFVA 173LA 4DAJA 2MEAA 2ZIKA 1H6MA 4H92A 2QB0B 3A91A 2BPUA 4W55A 181LA 2A7DA 1L51A 4GN4A 4I7MA 1C46A 1GF6A 3OJPA 5DL9A 1SSWA 1UCOA 4ZPUA 3G3BB 1LZYA 2ZQ4A 182LA 2D6BA 1IR9A 1LZ6A 2I25L 1L08A 2HUMA 1GDXA 4KL7A 3N9AA 2BQAA 3HT6A 3FE0A 3GUOA 4ETDA 4HP0A 1JWRA 4YX7C 2GV0A 1VEDA 3WU7A 4ET8A 3NYAA 5E9RA 140LA 2B7XA 1B5ZA 2BQNA 4I7LA 1L71A 4GBRB 4LGKA 3WULA 1HHLA 4ARPA 5L3IA 243LA 3P66A 1J1PY 1IEEA 5I53A 2YBHA 2HUKA 4DJHA 1UIDA 230LA 5KXZA 4CFPA 1LOZA 3AGIA 2RBSA 1D3FA 1XJUA 3A3QA 4NHIA 4B0DA 1CU3A 3HH6A 1DPXA 3NY8A 1L64A 3SB9A 4BADA 213LA 4AXTA 1VFBC 1ZV5L 1BVXA 1GBSA 2PC2A 1HFYA 1VDSA 4GN5C 1SWZA 1L25A 245LA 4NIJA 1B7SA 1QDTA 1L28A 205LA 3TXGA 1LSEA 5KKIA 1AKIA 5I4XA 1JTOL 1G07A 3SBAA 4LT1A 2BAAA 3F9LA 1IWTA 3A8ZA 1NKHA 4YF2A 1L16A 4TSCA 1ZVYB 170LA 4NEBA 1DKJA 1WVVA 2YVBA 3SB8A 1IC4Y 3AZ7A 4GCBA 1CV6A 1P2CC 4NSHA 4OWCA 220LA 218LA 236LA 4HTQA 4L41A 1YAQA 3NY9A 4ZFPA 1DYEA 4GCEA 1HSWA 1IWVA 1LJ4A 1C6MA 4EPIA 4LDLA 248LA 5EBHA 1XEJA 262LA 5F14A 193LA 1G1WA 1LYJA 1B5YA 4OWHA 1IORA 2B74A 1L79A 4NGVA 1C43A 4H9AA 3K3TA 239LA 1CVKA 1RJCB 1IR8A 4W96A 5KXSA 1D9WA 2RBRA 1C61A 4WO9A 2B6XA 1LJGA 2ZQ3A 1C66A 4DYGA 175LA 1CU0A 2BQOA 3HUAA 5LA5A 3TXJA 1CV4A 4LT2A 3OE6A 3M3UA 1L09A 1CX6A 1WQRA 3V2WA 5B59A 2BQCA 4N5RA 5KXXA 4DD3A 1PQMA 2RB0X 1KXXA 4UWNA 2B70A 1L92A 2LC9A 3A67Y 176LA 1L31A 1E8LA 188LA 5I4YA 1L87A 3W3EA 4YXCA 2XBSA 1N4FA 3QE8A 1D2YA 4N1CC 125LA 1EPYA 1L65A 4PRQA 249LA 1OUFA 3LHMA 2LYMA 5KXNA 3HT9A 1C6AA 4HSFA 5F9XA 132LA 1LJJA 3AGHA 3HBHA 1IWWA 1QTBA 1REZA 2RAYX 4RW1A 3A92A 4W56A 4TTDA 1LSFA 1GBZA 1GFVA 1D3MA 4EMNA 1FLWA 1I6SA 1LW9A 2B6YA 4NHPA 7LZMA 1LJHA 1L52A 1EQEA 1VATA 1GF7A 1YANA 1ZVHL 5J7CA 4BS7A 1J1OY 255LA 3HDEA 1L58A 178LA 3QNGA 1LWGA 4FJRA 5KXRA 1JTTL 2XJWA 1L42A 3C7YA 112LA 1LSPA 4RLMA 3WPKA 1T8GA 1JKBA 1KIRC 1QDRA 1L55A 4WM5A 1P2RA 3G3XA 1LZNA 1QTVA 3SB6A 168LA 2HEEA 1LKSA 1XEPA 1Z55A 1FLYA 1LYSA 2A7FA 2F30A 4DQ5A 4NGYA 4BAFA 5I5QA 1L27A 1JTPL 1LZEA 1BB3A 1LHHA 1GB6A 1VDPA 3VW7A 4RW2A 6LYZA 1C7PA 1LGUA 260LA 1LYZA 4DD1A 3HBDA 242LA 1L61A 3W6DA 1T8AA 3MGWA 3ZEKA 2O7AA 3P65A 1LZDA 4NHTA 2ZILA 4DWXA 5A3EA 2YBJA 3J4GA 3W6FA 1L04A 1D9UA 3HH3A 1C6KA 2Z38A 1JUGA 137LA 4H9IA 257LA 1L74A 1FKVA 1D3JA 1HEMA 1QTKA 1TEWA 4WM3A 197LA 1JTMA 1YQVY 246LA 1IOCA 5KXYA 1LSBA 4NGIA 5B06A 1P7SA 1IP7A 110LA 1LI6A 1LMCA 1WQQA 3TMUA 208LA 2O79A 1G0MA 3C81A 1L83A 3CT1A 3DN2A 189LA 240LA 3T36A 1BVKC 1L72A 1L66A 1JSFA 4OO9A 2HEFA 171LA 1C67A 1T6HA 1LZ4A 2FYCA 164LA 1LSNA 1CKCA 2MEDA 1LJ3A 2OU9A 222LA 148LE 1CX7A 1ZWNA 5APCA 1L90A 3FI5A 1REMA 2HU1A 1UACY 8LYZA 4NHQA 4DT3A 4I7RA 3E3DA 1KNIA 2H9JA 4N1EI 5KKJA 1L95A 1C10A 1GD6A 5LYZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5HQ1 A;  1K28 A;  2RBQ A;  154L A;  3CT5 A;  1RCM A;  2C8O A;  196L A;  1G7M C;  3AGG G;  1LZB A;  2HU3 A;  4DD7 A;  3TXI A;  1SSY A;  4EJ4 A;  1L40 A;  3GXK A;  1GB8 A;  1OQM A;  1GB7 A;  3IJU A;  4DDC A;  1G0L A;  1MEL L;  2B6T A;  1CU5 A;  3B0O A;  1HEQ A;  3P64 A;  1L39 A;  4WM2 A;  143L A;  3QAK A;  1G7L C;  2FBD A;  1OUD A;  1L23 A;  1G0G A;  1L36 A;  4HJY A;  4FDY A;  4WL7 A;  1HER A;  4W53 A;  3FA0 A;  3W6E A;  4I7K A;  1TDY A;  187L A;  4K5Y A;  1G0J A;  4LT0 A;  4R0F A;  1LAA A;  3T6U A;  1LSA A;  2DQD Y;  3OK0 A;  5HLL A;  1XSF A;  3TXD A;  114L A;  1B6I A;  177L A;  3B0K A;  3TXK A;  1C08 C;  251L A;  4XJH A;  3JR6 A;  227L A;  4NFV A;  173L A;  4DAJ A;  2MEA A;  2ZIK A;  1H6M A;  4H92 A;  2QB0 B;  3A91 A;  2BPU A;  4W55 A;  181L A;  2A7D A;  1L51 A;  4GN4 A;  4I7M A;  1C46 A;  1GF6 A;  3OJP A;  5DL9 A;  1SSW A;  1UCO A;  4ZPU A;  3G3B B;  1LZY A;  2ZQ4 A;  182L A;  2D6B A;  1IR9 A;  1LZ6 A;  2I25 L;  1L08 A;  2HUM A;  1GDX A;  4KL7 A;  3N9A A;  2BQA A;  3HT6 A;  3FE0 A;  3GUO A; 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