1B5YA

Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme: calorimetry and x-ray analysis of six ser->ala mutants
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWEAGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme: calorimetry and X-ray analysis of six Ser --> Ala mutants.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 49
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1b5yA00
1GF5A 3J6KA 1H87A 1WTMA 4Z3MA 2Z2FA 1C08C 1GB9A 1GEVA 3SP3A 1GE0A 4WG7A 4HV2A 2C8OA 3IJUA 3WULA 1HEQA 3TMXA 1XEIA 3TXFA 4DD1A 1C10A 1LZYA 3A8ZA 3LN2A 1YAQA 3KAMA 3LYTA 1OUCA 1YAOA 4ETEA 1V7TA 2D6BA 3AJNA 1OP9B 3ZEKA 4B4EA 3CB7A 5C6JA 3W3EA 1J1XY 1UIAA 4NGVA 2ZYCA 1H6MA 1RFPA 2W1LA 2XTHA 4H8XA 4XENA 1C45A 1LHKA 5F81A 1GBYA 1QTKA 3CT5A 1J1PY 4LFXA 4B49A 4ETDA 3CT0A 4I0CA 1GBOA 2Q0MX 1F0WA 1LJIA 1LAAA 3WVYA 1DKJA 4WMGA 1WQMA 2H5ZA 3AZ6A 1LZSA 1YQVY 1GB8A 2BQBA 1GFEA 5F9UA 4XJIA 4WOAA 4M4OA 1JTOL 1GB5A 1LZ8A 1OUDA 4ANRA 1XGUC 1GAZA 4WO9A 1CJ8A 1HENA 1ZMYL 1GB3A 1MELL 1JITA 2Z37A 5LIOA 1JKAA 1WQPA 3GXRA 3EO5A 4IJ4A 4LYOA 1CKCA 1LMTA 2FYDA 1AT6A 4HJYA 1DI4A 1HHLA 2DQCY 4NHQA 4Z41A 1BVKC 2MEGA 2EQLA 1GF4A 2YBJA 4NHTA 2BQNA 1CJ6A 1LHMA 1VDQA 1B7PA 3AZ7A 4H9EA 4R6CA 4HJVA 1YKZX 1EQ5A 1JSEA 3WUAA 1XGPC 135LA 4NGYA 1CNSA 1RE2A 2AUBA 3AW6A 4X3BA 4B1AA 1B2KA 4IASA 4H92A 2BQEA 4DT3A 3WYHA 1YILA 5E4PA 1HMLA 1YIKA 2ZILA 1GB2A 1T6VL 2BQKA 1HEPA 3N9EA 1NHEA 3CSRA 1OUJA 3AGIA 1IWTA 1C7PA 1LHHA 4TSCA 5LVGA 4NHIA 1GBSA 3AYQA 1E8LA 4DD7A 1GE4A 5A3EA 5I4YA 3B0KA 2Z18A 4GN4A 3WW5A 2Y8PA 4O34A 5ILFA 1GF3A 5IDDA 5KXMA 1HFZA 153LA 1KIPC 1UIEA 2YSSC 1B5ZA 3B6LA 4XJGA 1OUIA 2BQGA 4DWXA 2YBHA 1GBXA 1G7MC 3A90A 2HTXA 1G7HC 4WLTA 1B7MA 5AMYA 5KXSA 1YKXX 1IWVA 3LHMA 3TXIA 1JTPL 1TEWA 3EMSA 4GCEA 1GPQC 1RI8B 1ZVHL 4H9AA 1LJKA 1I1ZA 2LYMA 2ZIJA 4XJBA 4DC4A 3D3DA 2MEFA 1UACY 3W6EA 4HPEA 4WM1A 3AW7A 4GCFA 5KXWA 5LYTA 1LZ1A 4G4CA 1WTNA 2A7DA 3A34A 4WLDA 3TXDA 4LT0A 4PRQA 4J1BA 2BQLA 1GXV2 1IVMA 1NKHA 2H9KA 1GFGA 4HSFA 4NSGA 1IP2A 1IEEA 5DN4A 1NF5A 5LAFA 4CJ2A 3D9AC 4XJFA 3ATOA 3AB6A 3T6UA 1LMAA 1FLYA 2LZ2A 1QSWA 1GFRA 1GFKA 4H91A 5B05A 1LMQA 4MR1A 4NIJA 5FSTA 1HNLA 2CJLA 3CSQA 1LZEA 3HBHA 4W96A 4GCDA 5KXYA 1JHLA 1D9UA 1INUA 1OQMA 1HFYA 1LSBA 2EIZC 1LSCA 4UWUA 4EMNA 4H8YA 5B06A 2ZYPA 3BKHA 5I53A 132LA 3OJPA 3WU9A 2D4IA 1HC0A 1IOTA 4ETBA 4NY5A 2A7FA 1LMCA 1LJ4A 4H1PA 1HFXA 2GV0A 2FYCA 1YKYX 5KXTA 5L9JA 1GXXA 3P4ZA 4GCBA 4N5RA 1IP3A 1TBYA 2DQDY 1IWZA 1HMKA 2FBDA 3FE0A 4LYMA 2ZNWY 3RT5X 4ETCA 3WPJA 1VFBC 1OUBA 1CKFA 1CKDA 3TXJA 3WUNA 4ML7A 4QDNA 4XJHA 4XJDA 1XSFA 3QY4A 3OK0A 4LYBA 1KIQC 1IP4A 5I5QA 1KXWA 1B7RA 3WXUA 154LA 3P68A 2CGIA 2BQDA 2VB1A 3A91A 2IFFY 3WL2A 3WU7A 4LYZA 3A6BY 1GF0A 1GFHA 4QGZA 4BAPA 2F2NA 5I4XA 4H93A 207LA 2D4KA 1PS5A 4N1CC 1IWWA 4RLNA 1GB6A 3HBDA 1IO5A 2BQAA 4NSJA 2I26L 2YVBA 4D9ZA 4HV1A 3W6BA 2YDGA 4NSHA 5DN5A 2BLYA 1REMA 2DQHY 4G49A 4LYTA 1O23A 1UIBA 4BAFA 5APFA 3W6CA 4H8ZA 1LJFA 1YROA 4LFPA 4R0FA 2ZQ4A 1LJGA 2MEDA 3A93A 4FDYA 5HQ1A 3F6ZA 3VWOA 1VDPA 4OWEA 1N4FA 5HLLA 3TMWA 4HTNA 1SQ2L 3TXGA 4KPMA 3MGWA 3LYOA 4WL7A 5LVKA 2MEBA 1LSZA 4UWNA 1HEOA 5KY1A 2DQAA 1IX0A 1LKRA 1HELA 4WM6A 4NG1A 5LVHA 1LPIA 4N1EI 3B0OA 4J0LA 1KXYA 1I20A 1C46A 1UIHA 1BWHA 3HFMY 4NG8A 1XGTC 4P2EA 5F16A 4J7VA 1AT5A 5HMVA 1WQOA 194LA 1IC4Y 3M3UA 1DKKA 1G7JC 4N9RA 1LSMA 1LYSA 1UUZC 2DQFC 1D0LA 2YBMA 1LSFA 2WARA 5L3IA 1HEWA 1LYZA 1I56A 3ATNA 5APDA 4DDBA 5DLAA 4A7DA 4EOFA 4CFPA 1JTTL 1LJHA 2Z39A 4YEOA 5EBHA 5LYZA 4DDAA 4WO6A 1DQJC 4E3UA 1GBZA 3ULRA 4ZIXA 1UCOA 1WVVA 1REYA 2LHMA 1LJ3A 1JJ1A 4WM5A 4GN5C 1A4VA 1GE1A 4DD0A 3QNGA 5KJ9A 1BGIA 4RDSA 2C8PA 4DYGA 3WW6A 1LSYA 1KXXA 1IIZA 1GWDA 2FBBA 3G3BB 5T3FA 4C3WA 5KXRA 2DKVA 1TDYA 4G9SA 4YENA 5B1FA 1HSXA 4QEQA 4OWBA 1AKIA 1B5YA 1FKQA 2XJWA 1LZNA 1LZ6A 1YANA 1QDRA 2X0AA 1FLWA 4I8SA 1F6SA 1JEFA 1F10A 1HF4A 2MEEA 4YEMA 5KXLA 1IC7Y 4PGJB 5F14A 2DBTA 1HSWA 4Z46A 1GFTA 1LZTA 5KXZA 4HTQA 1BWIA 1A2YC 1WQRA 2ZNXY 3IJVA 2CDSA 2HEEA 1LSGA 1VDSA 1TAYA 1LZDA 2DQGY 1BB6A 2BQOA 3E3DA 1LYYA 208LA 1TCYA 5M1YA 1ZVYB 1D6QA 1IR7A 4H9BA 1LHJA 1B9OA 1NBYC 4H9IA 4PRUA 1IORA 4ETAA 1UIGA 1IC5Y 1GD6A 1QTEA 1GHLA 3A95A 3HBEX 4NGJA 1JKCA 1LYOA 5KXKA 1B5WA 1LZGA 193LA 3TMUA 5C6LA 5DM9A 1IWUA 4YM8A 1GFAA 1LTMA 1B5XA 1LKSA 1P2CC 1QDTA 1REZA 2Z12A 4LT1A 3IWRA 2D4JA 1ZV5L 5L3HA 4TTDA 1VEDA 1IOSA 1IY4A 2F30A 3WXTA 4RLMA 1FN5A 6LYZA 1G7LC 4PJ2C 4TX7A 1C43A 4IATA 1LJEA 2PC2A 2MECA 4PPOA 3LZ2A 1B5VA 1JKBA 1NQIA 1UICA 2HUBA 5DL9A 1BVXA 5KXPA 1IR9A 1QIOA 1W6ZA 5KKIA 1NMMA 4N0JA 4NHPA 4WM3A 2DQEY 2BQCA 4GN3A 4WLYA 5IELA 1UC0A 3WPKA 5D5FA 1BB5A 3RW8A 5KXOA 5FDJA 3TXBA 3W6FA 5HMJA 2BQJA 1LSEA 1NWGA 1RJCB 1EL1A 4B4IA 4GCCA 4BS7A 1JIYA 2BAAA 1LZ5A 1F6RA 1UIFA 3RZ4A 1GB7A 1DI3A 3A96A 3N9CA 5ILCA 1DZBX 1UA6Y 2XBRA 1XEJA 1CKGA 4DDCA 1WVUA 1GF6A 1DI5A 1GB0A 4YF2A 1VDTA 2EKSC 1GE3A 6LYTA 1QUTA 1JISA 3AGHA 3M18B 1GBWA 1JSFA 1LHIA 3P64A 5HNLA 3RNXA 2BQIA 1BHZA 1FDLY 4LYCA 4TUNA 1XGRC 5APCA 1GDWA 1XFPL 3A6CY 2HEDA 3WUMA 3BKVA 4CHXA 4H9CA 4OOTA 3EXDA 1JPOA 1LZ9A 2W1XA 4HP0A 3FI7A 4KT3A 4MCKA 1PZYA 4B0DA 4GLVA 4BADA 2F4GA 1WQQA 4W94A 1G7IC 5LA8A 1LOZA 4XADA 2BLXA 4C5FA 3TXEA 3WPLA 2G4NA 2HU3A 5K7OA 1BB7A 1BB4A 4HPIA 5LAGA 2LZTA 4U3XB 3LZTA 5FEKA 1JWRA 2MEIA 3LYMA 4LT2A 4WM2A 4G4BA 1JKDA 2G4PA 2I25L 1LZBA 2MEHA 5FCPA 4H90A 1EQ4A 1YAPA 4CFOA 2D91A 5LA5A 1GF8A 2CWIA 1W08A 4PHIA 2I6ZA 4NGOA 4OWHA 1ALCA 4OWAA 1IOQA 2BQFA 4NSIA 4GLAA 1DXJA 1FLUA 1LSNA 1GE2A 5E9RA 4KL7A 1V7SA 5B1GA 9LYZA 1LMPA 134LA 2Z19A 3ZVQB 3ZVQA 5D5CA 2MEAA 1B7QA 1BB3A 2BQMA 1NBZC 2N5ZA 1GFVA 2XBSA 4H9FA 5LINA 4H94A 1BQLY 1QUSA 4J1AA 4NHSA 1LSAA 5FHWA 4CGEA 3N9AA 3P65A 2BQHA 1LMNA 1OUGA 2IHLA 4B4JA 1Z55A 2B5ZA 3GXKA 1YL1X 1LZ4A 1IP5A 4NGLA 1VATA 5I4WA 1J1OY 5APEA 5II3A 1OUAA 1B7OA 3G3AB 2LYOA 3CT1A 2NWDX 5I54A 3TMVA 1SLYA 5FELA 4NFVA 5A3ZA 4FJRA 4Z98A 1JJ0A 4DD3A 1RCMA 1UBZA 1GFJA 1FKVA 1B0DA 1LJNA 1CJ7A 4NGWA 4WLXA 1XGQC 3A3RX 7LYZA 5KKJA 4XYYA 1IOCA 2EPEA 4YOPA 5F9XA 1D0MA 3B0IA 4XN6A 4M6DA 1NDMC 2YBNA 4WL6A 2YBIA 2HU1A 1IWXA 1D0KA 1D6PA 4ET9A 1REXA 8LYZA 1GF7A 1HERA 2G4QA 3LYZA 4TSBA 4NGKA 1B5UA 3A92A 4II8A 1LZRA 4AGAA 2W1MA 4NGZA 2Z38A 1FLQA 1LJJA 3CSZA 4NWEA 5IHGA 3RU5A 1QSAA 5C6IA 1LMOA 4ZFPA 2HEAA 4LZTA 1EQEA 4RW1A 3A67Y 1OUFA 4HTKA 1AM7A 4WM4A 1KIRC 1HEMA 1GF9A 4H9HA 3AZ5A 4UWVA 3WVXA 4NGIA 2HECA 1DPXA 3WMKA 1CJ9A 2BPUA 3WH1A 1XEKA 4NWHA 3P66A 2DQIY 3TXHA 4OWCA 1LHLA 1CKHA 2H9JA 1WQNA 4DD9A 1GDXA 4NEBA 2YBLA 2ZIKA 2ZWBA 5HNCA 1GEZA 1IP7A 1MLCE 2LYZA 4AXTA 1VAUA 3W6DA 3EBAB 2HEFA 1FBIX 3A94A 1B7SA 2RSCA 3QE8A 4ZEEA 4HJZA 5KXNA 5LXWA 5LVJA 1UIDA 4KXIA 3K3TA 1NDGC 2Z2EA 3B72A 1LCNA 1GFUA 1QQYA 4L41A 4WG1A 5B07A 4QY9A 4TWSA 5LVIA 2HEBA 5J7CA 5B59A 1JJ3A 1OUHA 3AGGG 1LSDA 3J4GA 5LYMA 4MSTA 3CQLA 1LZAA 4N8ZA 1BWJA 4ET8A 4G4HA 3T36A 1GAYA 3TXKA 133LA 1YAMA 1IP1A 1IY3A 2W1YA 3AZ4A 4DD2A 1JUGA 1IP6A 1B7NA 1T3PA 5JENB 1OUEA 2F4AA 1IR8A 5KXXA 1IWYA 1DPWA 4OW1A 1LSPA 1B7LA 1LZCA 4RW2A 3W6AA 4LGKA 2DQJY 1AZFA 1YL0X 3WU8A 3A3QA 4LT3A 2ZQ3A 4OOOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3J6KA 2Z2FA 1GE0A 4WG7A 1L63A 1ZYTA 1LZYA 3LN2A 3LYTA 1YAQA 1OUCA 3AJNA 3HH6A 4B4EA 5C6JA 2RAYX 1L58A 1H6MA 2W1LA 4B49A 4ETDA 1LJIA 3OE6A 4XJIA 139LA 1JTOL 206LA 1OUDA 4ANRA 1MELL 122LA 3EO5A 1L34A 1LMTA 3SBAA 1DI4A 1BVKC 159LA 1L36A 1GF4A 2EQLA 2XQOA 1QTZA 3NY9A 4NHTA 1CJ6A 3JR6A 4ZPUA 1C6HA 1JSEA 3ODUA 4NGYA 1L95A 3AW6A 4B1AA 2BQEA 4PJZA 1YILA 1QT5A 2ZILA 1OWZA 1T6VL 141LA 1HEPA 1L67A 1C7PA 4TSCA 2RB1X 1T6HA 1E8LA 4DD7A 1GE4A 4GN4A 4O34A 5ILFA 1GF3A 153LA 1KIPC 1B5ZA 4XJGA 1OUIA 3OE0A 2YBHA 1GBXA 1G7MC 3A90A 156LA 1B7MA 3V2WA 1KS3A 1YKXX 4H9AA 1I1ZA 2ZIJA 4DC4A 3CDOA 1L61A 1L55A 4WM1A 180LA 257LA 1L90A 1WTNA 3A34A 1GXV2 3SN6R 4CJ2A 3D9AC 3LZMA 1LMAA 3NY8A 1QSWA 1GFRA 239LA 4H91A 138LA 4GCDA 248LA 2EIZC 3C82A 2RBSA 1LJ4A 2GV0A 219LA 1TBYA 1P5CA 1CUQA 2DQDY 1IWZA 1HMKA 2FBDA 4ETCA 1C6CA 1C6BA 200LA 1QTCA 2B6YA 1XSFA 3DN2A 3QY4A 5I5QA 3WXUA 3OE9A 1L44A 1QUOA 4BAPA 1L99A 207LA 2D4KA 1IWWA 3SB8A 2BQAA 4NSJA 230LA 2YVBA 4YXCA 4ARQB 4LYTA 3GUJA 209LA 3A93A 5HQ1A 1PQIA 1VDPA 3TMWA 4HTNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GF5 A;  3J6K A;  1H87 A;  1WTM A;  4Z3M A;  2Z2F A;  1C08 C;  1GB9 A;  1GEV A;  3SP3 A;  1GE0 A;  4WG7 A;  4HV2 A;  2C8O A;  3IJU A;  3WUL A;  1HEQ A;  3TMX A;  1XEI A;  3TXF A;  4DD1 A;  1C10 A;  1LZY A;  3A8Z A;  3LN2 A;  1YAQ A;  3KAM A;  3LYT A;  1OUC A;  1YAO A;  4ETE A;  1V7T A;  2D6B A;  3AJN A;  1OP9 B;  3ZEK A;  4B4E A;  3CB7 A;  5C6J A;  3W3E A;  1J1X Y;  1UIA A;  4NGV A;  2ZYC A;  1H6M A;  1RFP A;  2W1L A;  2XTH A;  4H8X A;  4XEN A;  1C45 A;  1LHK A;  5F81 A;  1GBY A;  1QTK A;  3CT5 A;  1J1P Y;  4LFX A;  4B49 A;  4ETD A;  3CT0 A;  4I0C A;  1GBO A;  2Q0M X;  1F0W A;  1LJI A;  1LAA A;  3WVY A;  1DKJ A;  4WMG A;  1WQM A;  2H5Z A;  3AZ6 A;  1LZS A;  1YQV Y;  1GB8 A;  2BQB A;  1GFE A;  5F9U A;  4XJI A;  4WOA A;  4M4O A;  1JTO L;  1GB5 A;  1LZ8 A;  1OUD A;  4ANR A;  1XGU C;  1GAZ A;  4WO9 A;  1CJ8 A;  1HEN A;  1ZMY L;  1GB3 A;  1MEL L;  1JIT A;  2Z37 A;  5LIO A;  1JKA A;  1WQP A;  3GXR A;  3EO5 A;  4IJ4 A;  4LYO A;  1CKC A;  1LMT A;  2FYD A;  1AT6 A;  4HJY A;  1DI4 A;  1HHL A;  2DQC Y; 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 2G4Q A;  3LYZ A;  4TSB A;  4NGK A;  1B5U A;  3A92 A;  4II8 A;  1LZR A;  4AGA A;  2W1M A;  4NGZ A;  2Z38 A;  1FLQ A;  1LJJ A;  3CSZ A;  4NWE A;  5IHG A;  3RU5 A;  1QSA A;  5C6I A;  1LMO A;  4ZFP A;  2HEA A;  4LZT A;  1EQE A;  4RW1 A;  3A67 Y;  1OUF A;  4HTK A;  1AM7 A;  4WM4 A;  1KIR C;  1HEM A;  1GF9 A;  4H9H A;  3AZ5 A;  4UWV A;  3WVX A;  4NGI A;  2HEC A;  1DPX A;  3WMK A;  1CJ9 A;  2BPU A;  3WH1 A;  1XEK A;  4NWH A;  3P66 A;  2DQI Y;  3TXH A;  4OWC A;  1LHL A;  1CKH A;  2H9J A;  1WQN A;  4DD9 A;  1GDX A;  4NEB A;  2YBL A;  2ZIK A;  2ZWB A;  5HNC A;  1GEZ A;  1IP7 A;  1MLC E;  2LYZ A;  4AXT A;  1VAU A;  3W6D A;  3EBA B;  2HEF A;  1FBI X;  3A94 A;  1B7S A;  2RSC A;  3QE8 A;  4ZEE A;  4HJZ A;  5KXN A;  5LXW A;  5LVJ A;  1UID A;  4KXI A;  3K3T A;  1NDG C;  2Z2E A;  3B72 A;  1LCN A;  1GFU A;  1QQY A;  4L41 A;  4WG1 A;  5B07 A;  4QY9 A;  4TWS A;  5LVI A;  2HEB A;  5J7C A;  5B59 A;  1JJ3 A;  1OUH A;  3AGG G;  1LSD A;  3J4G A;  5LYM A;  4MST A;  3CQL A;  1LZA A;  4N8Z A;  1BWJ A;  4ET8 A;  4G4H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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