5C6JA

Crystal structure of gadolinium derivative of hewl solved using free-electron laser radiation
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Towards phasing using high X-ray intensity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5c6jA00
1O23A 1LZ9A 1GFRA 2MEEA 4NGWA 4RDSA 1OUHA 2ZQ3A 1UIDA 3FI7A 4H8YA 1BQLY 4DD9A 2D4KA 2MEFA 3OJPA 1UC0A 2DQHY 4DD2A 1LHMA 4ET9A 5ILFA 5KXKA 1SLYA 4E3UA 4NEBA 1LSZA 5KXZA 1UACY 2MEGA 5LAGA 4A7DA 4LGKA 2F4AA 1GBWA 3N9EA 5M1YA 1C10A 1GFTA 1HSXA 4LYOA 1I20A 1NKHA 2BQMA 3HBDA 2A7DA 2W1LA 1UIFA 3ZVQB 4B4EA 2W1MA 5J7CA 1B7PA 4HV1A 5L9JA 1J1OY 3AGHA 4PHIA 1GFVA 4ETAA 1IP2A 3P68A 3W6CA 2H5ZA 5APFA 2NWDX 1GDXA 1LSDA 1NHEA 1YILA 4TX7A 4XADA 1RI8B 1W6ZA 1ZMYL 1IOTA 1OUGA 3W3EA 4DDCA 4NFVA 2C8PA 2FYCA 4WLTA 4W96A 1HFYA 1GFHA 1LYZA 3A3QA 5KXLA 1IC4Y 1LJIA 1IP5A 2GV0A 2I6ZA 5B1GA 3W6DA 2Z38A 3A94A 5HNLA 4DDBA 1GB0A 1GB6A 1QDTA 1DKKA 2Z37A 3IJVA 4WO9A 1LZEA 2D4JA 1B7SA 4WO6A 4XJHA 1G7MC 1JWRA 3A67Y 5IELA 1DKJA 3LYOA 1IWTA 2H9JA 4LYZA 1JSFA 3EO5A 4G9SA 4N9RA 1H6MA 4XJGA 3WPLA 2XBRA 4NWHA 1GHLA 1LYOA 4Z46A 1G7HC 1TAYA 1IOQA 4OOTA 5LYTA 1GFJA 4KL7A 3LHMA 1B0DA 5I54A 1JSEA 3WUAA 5LVHA 3A90A 4H94A 2BLYA 3AZ7A 3A93A 4B4JA 3K3TA 4HTNA 1YAMA 1I56A 4BADA 5KXPA 4YM8A 4PRQA 5LINA 3RW8A 1IP6A 3BKHA 4HPIA 1BB7A 1C08C 1OUJA 4I8SA 1C45A 207LA 1AZFA 1QIOA 1WQQA 2W1YA 8LYZA 5FSTA 1C43A 1KIRC 2MEAA 3A91A 5B07A 2XBSA 3D9AC 1J1PY 2RSCA 1JISA 3A95A 5IDDA 1ZVYB 5DL9A 1YROA 3TXDA 1E8LA 1MLCE 3EXDA 1OUEA 1WQRA 5FELA 1REXA 2HU1A 5LA8A 1JTPL 2BQDA 1D6QA 2YBNA 3WU7A 1C7PA 3HBHA 5KXWA 3TXBA 2EQLA 1UIHA 4U3XB 3TMWA 4ETEA 2LZTA 3G3BB 1EQEA 4AXTA 2MEBA 2BQFA 5A3ZA 4XJFA 1B5WA 1HEOA 4WM5A 4ZFPA 1BB3A 1OUIA 3B72A 3D3DA 4UWUA 2YVBA 3W6EA 3WPJA 4Z98A 5DN5A 4N5RA 2Z19A 1F10A 2CWIA 4OOOA 1OQMA 2LYZA 5K7OA 1JJ3A 1VDTA 4QY9A 4QDNA 4OWHA 1XFPL 1KXXA 4M6DA 4NHSA 2BQEA 1NBZC 1RCMA 1XGTC 1JKCA 3A6CY 1OUBA 1CJ7A 1GWDA 2BQLA 4H93A 1GE3A 4GCCA 3LYZA 2MEIA 2ZIKA 1QSWA 1LJGA 1UCOA 4GN3A 4HTQA 3QNGA 4GCDA 4RLMA 3WPKA 1Z55A 2ZYPA 1YIKA 4LFPA 4QGZA 4RW1A 1B9OA 1V7SA 2ZWBA 3LN2A 4G4CA 4H91A 4HV2A 4I0CA 5FDJA 1LMAA 1NDMC 5ILCA 5HLLA 1JIYA 1OP9B 193LA 4NIJA 4WG7A 5LYZA 1FLQA 1GF8A 1VDPA 4XENA 5I5QA 1VATA 1FLWA 1LMQA 4QEQA 4YEOA 1CJ9A 4ANRA 4Z41A 5B05A 2CDSA 3ATOA 1QTEA 1LMCA 3RT5X 4WL6A 2HEDA 4WM1A 4DT3A 1PS5A 2DQCY 3HBEX 4XJDA 4DD1A 3WMKA 1A4VA 2BQBA 2DQAA 4B49A 1LZDA 2MEHA 3BKVA 4N0JA 1QQYA 4J7VA 1QSAA 4NHPA 2Y8PA 2HUBA 2DQDY 5C6IA 3WUMA 1AT6A 4B1AA 3WU9A 1LZTA 2H9KA 1ZV5L 3AZ4A 2G4NA 1OUFA 1JTTL 1LSEA 3WXTA 1NMMA 3B0OA 3AJNA 4XJIA 3A96A 4YEMA 1LZBA 4J0LA 1LSAA 4XYYA 2EKSC 5LXWA 4HSFA 3J4GA 3IWRA 1XEJA 4TSBA 1GFGA 5E4PA 1LZ6A 4NGJA 1GBZA 1JHLA 3GXRA 4W94A 1GEZA 4N8ZA 4PRUA 4BAPA 3AYQA 4TSCA 5A3EA 1HFZA 1GF9A 1IP4A 1ZVHL 2DQFC 5LYMA 1CNSA 2BQCA 5I53A 1IWXA 1D0MA 2HEBA 2HU3A 5D5CA 4ETCA 5L3IA 4NGVA 1BWJA 1IY4A 3P64A 4NGZA 5KXNA 1I1ZA 1EQ4A 3TMXA 2LHMA 1IR7A 5LVIA 2LZ2A 2YSSC 1LAAA 2ZIJA 1LSGA 1GF4A 134LA 2ZILA 3LYTA 4D9ZA 1GBYA 1JKAA 1LJNA 4H9HA 1UA6Y 4YOPA 1IP7A 2YDGA 5I4XA 3P66A 1CJ8A 4WLYA 4GCFA 1LJFA 4HTKA 1LJKA 3FE0A 4NHIA 1LHJA 1LJJA 1D9UA 2BPUA 4H8XA 5HMJA 1GD6A 1HF4A 3RU5A 3EBAB 5C6JA 2MECA 3B0IA 3TXHA 1INUA 3WL2A 1GXXA 3TXKA 2Z2FA 3A6BY 2FYDA 4WL7A 1IY3A 5F14A 2Q0MX 4CFPA 3AZ6A 1GE4A 3EMSA 1D6PA 4PGJB 3TXGA 1IIZA 1FLYA 3OK0A 1IWYA 1IWUA 1DZBX 1TCYA 4HJVA 1BB5A 3F6ZA 133LA 1UBZA 1KIQC 4H9BA 1OUDA 5APDA 1GE0A 2IFFY 3RZ4A 2WARA 1NDGC 1NWGA 1VDQA 5KXTA 1XGPC 1QUSA 4GN4A 5I4WA 4FDYA 3CT0A 2VB1A 2Z12A 2DBTA 1SQ2L 4XJBA 5JENB 4GCEA 1HELA 2HEEA 1H87A 4N1EI 5AMYA 1REZA 1IOCA 3N9AA 1BVKC 1HEPA 1WTNA 1HFXA 3W6BA 5KXRA 1HERA 4H92A 1IP1A 3VWOA 2YBIA 4LT1A 4O34A 4ETBA 1JKDA 1JJ0A 1IORA 2DQJY 4RW2A 1FN5A 1XGUC 1GBOA 3LZTA 3P65A 4KXIA 5F9XA 5LIOA 5LVGA 1IWZA 1V7TA 1JUGA 1WQMA 4OWCA 1B5UA 3AGGG 1GB8A 3B0KA 2XTHA 4P2EA 9LYZA 4GLAA 4CJ2A 1LYYA 3M18B 1GF0A 2B5ZA 1VAUA 1LOZA 1LHHA 154LA 3LYMA 3TXEA 1HC0A 1GF7A 1LPIA 3ATNA 4HJYA 4WMGA 1UIAA 4DYGA 4H1PA 1IO5A 4FJRA 1IX0A 1B7LA 4H9AA 1IR8A 1CKCA 1LZAA 4GN5C 3P4ZA 4HJZA 5B06A 4CGEA 1OUAA 4G4HA 4NGOA 1LKSA 1VFBC 1HEQA 3AB6A 3CB7A 1G7LC 1YQVY 1JJ1A 4ML7A 4BAFA 1GFUA 1HNLA 2BQIA 1FDLY 4J1BA 4C3WA 4DC4A 2ZNWY 5FCPA 1IOSA 1WQOA 1YANA 3WVXA 1GB7A 1LHLA 3SP3A 4XN6A 1LKRA 1IWVA 1GB3A 3WVYA 2A7FA 1LZ4A 1YKXX 4H8ZA 2ZQ4A 3KAMA 1IR9A 1B5ZA 7LYZA 3CSZA 4TTDA 4CHXA 194LA 1FLUA 1YAOA 2W1XA 1GBXA 4J1AA 1T6VL 4NSHA 4LYCA 1DQJC 4ZEEA 4WM6A 1REMA 3M3UA 1TDYA 1XSFA 2YBMA 4KT3A 5F9UA 4PJ2C 1BHZA 1REYA 4NG8A 3WU8A 4C5FA 5FHWA 1XGQC 1GE1A 4H9EA 5F16A 1BB6A 1IEEA 4NSIA 5KXSA 4UWNA 4R6CA 4M4OA 3T6UA 1IC5Y 1UICA 1XEKA 1GFAA 5DLAA 1NF5A 4WLDA 4ZIXA 4WOAA 3TXFA 2F30A 2X0AA 4YENA 4DD0A 5APCA 3AW7A 1GDWA 2XJWA 1XEIA 1IVMA 4RLNA 1GF3A 4IJ4A 4KPMA 2BQOA 1BGIA 4G4BA 5KKIA 4WM3A 5KXYA 1HENA 1YL1X 1GF6A 4LT2A 1LMOA 3A34A 5B59A 1JKBA 2YBJA 1HHLA 4YF2A 1LMNA 1LSNA 1LSCA 1UIEA 5EBHA 5C6LA 4N1CC 1LMPA 4X3BA 1LJEA 4H90A 5I4YA 1IWWA 1IP3A 4LT3A 5FEKA 4ET8A 4NSGA 4R0FA 1DI5A 1YAQA 3W6AA 1DPWA 1GAYA 1LJ4A 5F81A 4L41A 2I25L 2D91A 4NY5A 2BQAA 1B7RA 4NHQA 4OWEA 4WG1A 1N4FA 1J1XY 2FBDA 2DKVA 208LA 3CSQA 1YAPA 4H9IA 2BLXA 3RNXA 3TXJA 1CJ6A 1RJCB 1YL0X 4IATA 3T36A 1BVXA 1DXJA 1GB5A 1HEMA 1LZGA 2I26L 5LVJA 1B5YA 2PC2A 3LZ2A 1BWIA 1LSYA 1NQIA 1HEWA 2EPEA 1C46A 4B4IA 153LA 1GEVA 1RFPA 3WH1A 1GF5A 3ULRA 1CKDA 1YKYX 3J6KA 4NSJA 3TMUA 1TBYA 1WQPA 1JPOA 3GXKA 4DDAA 1YKZX 1BWHA 1LHKA 132LA 2DQEY 2F2NA 1P2CC 3W6FA 2BAAA 5KY1A 4LFXA 1KIPC 5KXMA 3CSRA 4Z3MA 1KXYA 2BQGA 2FBBA 5B1FA 2Z18A 1W08A 4AGAA 4NWEA 4DD7A 1VEDA 1JITA 3N9CA 3QY4A 4OWBA 1OUCA 2Z2EA 4MSTA 1LSMA 1RE2A 4IASA 2N5ZA 3WYHA 5HMVA 4PPOA 1B7QA 1B7MA 1GXV2 4EMNA 4DWXA 2BQHA 5DM9A 5II3A 3A8ZA 2YBLA 1G7IC 1WVVA 4NGIA 3WULA 1GFKA 4TWSA 1JEFA 1D0LA 1IC7Y 5T3FA 1LMTA 2D6BA 135LA 1AKIA 1LSPA 5LAFA 1CKHA 1F6SA 4NHTA 1NBYC 2BQJA 1GFEA 2HECA 2F4GA 4G49A 1KXWA 4H9CA 5D5FA 1GE2A 3QE8A 1WQNA 4BS7A 1T3PA 3E3DA 3G3AB 5KJ9A 1UUZC 4WM4A 1TEWA 1LZ5A 3CT5A 2BQKA 3AGIA 1G7JC 1LZCA 4LYTA 3WUNA 2CJLA 1HMLA 1WVUA 6LYZA 1FKQA 3WXUA 4LT0A 4EOFA 1EL1A 2CGIA 3WW6A 4LZTA 4TUNA 3A92A 4CFOA 2LYOA 2AUBA 1LZ8A 2HEAA 1B5XA 1FBIX 1LSFA 4MR1A 3ZVQA 5LA5A 1B5VA 1GB9A 1AT5A 2MEDA 3AW6A 1F0WA 3A3RX 2ZYCA 2G4PA 1DI4A 1LYSA 1LCNA 1B2KA 4H9FA 1UIGA 5DN4A 1D0KA 1QUTA 4OWAA 4NGKA 1EQ5A 4GCBA 1CKFA 1LSBA 1LZ1A 2DQGY 5IHGA 2Z39A 1HSWA 2ZNXY 5L3HA 1JTOL 3HFMY 2C8OA 1ALCA 1LZYA 1QDRA 2YBHA 1LZSA 1LJHA 2DQIY 3CT1A 4LYMA 1QTKA 4GLVA 5HNCA 2HTXA 4UWVA 4LYBA 3AZ5A 3MGWA 2D4IA 4WM2A 5KKJA 3WW5A 1CKGA 4II8A 5KXOA 1VDSA 5APEA 1DI3A 3ZEKA 1GPQC 6LYTA 5HQ1A 4OW1A 1MELL 4MCKA 1A2YC 4NG1A 1GB2A 3CQLA 5LVKA 1BB4A 1B7OA 4NGLA 4HP0A 1B7NA 1PZYA 4WLXA 2G4QA 4DD3A 2BQNA 2EIZC 4NGYA 5KXXA 1F6RA 1GBSA 1LZNA 2HEFA 4B0DA 4ETDA 5E9RA 1WTMA 1DPXA 1UIBA 3B6LA 3IJUA 1LZRA 3TXIA 1GAZA 1LJ3A 1LTMA 2IHLA 2LYMA 1HMKA 4HPEA 1AM7A 1XGRC 3TMVA 1FKVA 1LHIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NGWA 1OUHA 1UIDA 3OJPA 129LA 1LSZA 5KXZA 2MEGA 1GBWA 227LA 1L84A 1L0JA 1I20A 1NKHA 3HBDA 4B4EA 5J7CA 1B7PA 5L9JA 4PHIA 1P2RA 2H5ZA 1T8GA 5APFA 2NWDX 1GDXA 1LSDA 4XADA 1L60A 1W6ZA 1G0LA 1ZMYL 4DDCA 2FYCA 1DYEA 4W96A 5KXLA 1IC4Y 1L58A 2GV0A 3W6DA 1LYEA 2Z37A 4I7MA 1QTVA 1LZEA 1JWRA 3HT8A 2H9JA 4LYZA 1H6MA 164LA 1IOQA 5LYTA 1P56A 1CX7A 185LA 4KL7A 1JSEA 3A90A 2B70A 4H94A 2BLYA 4BADA 1I56A 1P3NA 4HPIA 3SBBC 1BB7A 2W1YA 8LYZA 1L68A 5B07A 3D9AC 211LA 1ZVYB 1C6NA 1OUEA 5FELA 3EMLA 2YBNA 2BQDA 231LA 1C7PA 3GUPA 167LA 1UIHA 3C81A 1CU6A 1CX6A 1EQEA 1B5WA 1CV5A 3B72A 3D3DA 3W6EA 1F10A 1QTDA 1CV3A 5K7OA 1VDTA 4QDNA 4OWHA 2B6WA 3F8VA 1RCMA 2BQLA 4ANRA 4RLMA 3WPKA 5HQ1A 1V7SA 2LZMA 1EPYA 5ILCA 2OE7X 1D3MA 2IGCA 1CJ9A 2F47A 5B05A 2CDSA 1LYIA 1LMCA 4WM1A 228LA 4DT3A 1PS5A 2DQCY 3HBEX 1L62A 1QS9A 4DD1A 4W57A 1G06A 127LA 1QSAA 3GUKA 2HUBA 2CUUA 3WU9A 3C8RA 1OUFA 4HSFA 2RBNA 255LA 2B75A 1L54A 2DQFC 1D0MA 4ETCA 199LA 1IY4A 1EQ4A 1IR7A 1P6YA 2LZ2A 2YSSC 1LAAA 2ZIJA 134LA 2ZILA 2RH1A 4D9ZA 4I7LA 3HUQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1O23 A;  1LZ9 A;  1GFR A;  2MEE A;  4NGW A;  4RDS A;  1OUH A;  2ZQ3 A;  1UID A;  3FI7 A;  4H8Y A;  1BQL Y;  4DD9 A;  2D4K A;  2MEF A;  3OJP A;  1UC0 A;  2DQH Y;  4DD2 A;  1LHM A;  4ET9 A;  5ILF A;  5KXK A;  1SLY A;  4E3U A;  4NEB A;  1LSZ A;  5KXZ A;  1UAC Y;  2MEG A;  5LAG A;  4A7D A;  4LGK A;  2F4A A;  1GBW A;  3N9E A;  5M1Y A;  1C10 A;  1GFT A;  1HSX A;  4LYO A;  1I20 A;  1NKH A;  2BQM A;  3HBD A;  2A7D A;  2W1L A;  1UIF A;  3ZVQ B;  4B4E A;  2W1M A;  5J7C A;  1B7P A;  4HV1 A;  5L9J A;  1J1O Y;  3AGH A;  4PHI A;  1GFV A;  4ETA A;  1IP2 A;  3P68 A;  3W6C A;  2H5Z A;  5APF A;  2NWD X;  1GDX A;  1LSD A;  1NHE A;  1YIL A;  4TX7 A;  4XAD A;  1RI8 B;  1W6Z A;  1ZMY L;  1IOT A;  1OUG A;  3W3E A;  4DDC A;  4NFV A;  2C8P A;  2FYC A;  4WLT A;  4W96 A;  1HFY A;  1GFH A;  1LYZ A;  3A3Q A;  5KXL A;  1IC4 Y;  1LJI A;  1IP5 A;  2GV0 A;  2I6Z A;  5B1G A;  3W6D A;  2Z38 A;  3A94 A;  5HNL A;  4DDB A;  1GB0 A;  1GB6 A;  1QDT A;  1DKK A;  2Z37 A;  3IJV A;  4WO9 A;  1LZE A;  2D4J A;  1B7S A;  4WO6 A;  4XJH A; 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 1UUZ C;  4WM4 A;  1TEW A;  1LZ5 A;  3CT5 A;  2BQK A;  3AGI A;  1G7J C;  1LZC A;  4LYT A;  3WUN A;  2CJL A;  1HML A;  1WVU A;  6LYZ A;  1FKQ A;  3WXU A;  4LT0 A;  4EOF A;  1EL1 A;  2CGI A;  3WW6 A;  4LZT A;  4TUN A;  3A92 A;  4CFO A;  2LYO A;  2AUB A;  1LZ8 A;  2HEA A;  1B5X A;  1FBI X;  1LSF A;  4MR1 A;  3ZVQ A;  5LA5 A;  1B5V A;  1GB9 A;  1AT5 A;  2MED A;  3AW6 A;  1F0W A;  3A3R X;  2ZYC A;  2G4P A;  1DI4 A;  1LYS A;  1LCN A;  1B2K A;  4H9F A;  1UIG A;  5DN4 A;  1D0K A;  1QUT A;  4OWA A;  4NGK A;  1EQ5 A;  4GCB A;  1CKF A;  1LSB A;  1LZ1 A;  2DQG Y;  5IHG A;  2Z39 A;  1HSW A;  2ZNX Y;  5L3H A;  1JTO L;  3HFM Y;  2C8O A;  1ALC A;  1LZY A;  1QDR A;  2YBH A;  1LZS A;  1LJH A;  2DQI Y;  3CT1 A;  4LYM A;  1QTK A;  4GLV A;  5HNC A;  2HTX A;  4UWV A;  4LYB A;  3AZ5 A;  3MGW A;  2D4I A;  4WM2 A;  5KKJ A;  3WW5 A;  1CKG A;  4II8 A;  5KXO A;  1VDS A;  5APE A;  1DI3 A;  3ZEK A;  1GPQ C;  6LYT A;  5HQ1 A;  4OW1 A;  1MEL L;  4MCK A;  1A2Y C;  4NG1 A;  1GB2 A;  3CQL A;  5LVK A;  1BB4 A;  1B7O A;  4NGL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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