140LA

Role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDEMAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTLRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 140lA00
241LA 1ZWNA 4EJ4A 1T97A 164LA 1L66A 4YXAC 3HUKA 2B6ZA 138LA 1C69A 201LA 130LA 1L82A 3FADA 1L31A 2LZMA 1C64A 2L78A 4YXCA 187LA 1L64A 216LA 223LA 3GUJA 1CVKA 3SB7A 4DJHA 181LA 1OV5A 195LA 148LE 156LA 146LA 1WTHA 255LA 1L40A 1L25A 1QUOA 4I7QA 3HH3A 1QSQA 1C6TA 2O7AA 157LA 1L36A 1LGWA 2B72A 1P7SA 1L38A 1LLHA 1L79A 1C6QA 2QB0B 1KNIA 199LA 1I6SA 1P3NA 3DMXA 1DYDA 1L10A 1L59A 1D2YA 3K2RA 1L71A 3GUIA 3DN1A 262LA 4EPFA 1P37A 239LA 168LA 1CX6A 1G07A 1C65A 1CTWA 1JTMA 226LA 1QSBA 1L92A 3GUOA 150LA 2NTGA 3C8RA 4AQNA 3SBBC 2B6WA 184LA 3NYAA 3C80A 4I7KA 1L01A 1QT8A 3CDVA 174LA 1G0LA 1L96A 177LA 210LA 228LA 1CV4A 3CDQA 1PQOA 1LYEA 2CUUA 221LA 1L75A 1TLAA 4DKLA 222LA 145LA 1PQIA 257LA 1LI3A 1L84A 232LA 2RB1X 3F8VA 3C82A 173LA 3PBLA 1L44A 1CV1A 108LA 144LA 1C6HA 251LA 165LA 182LA 1G0JA 1L16A 1L63A 2B75A 1L80A 1L70A 4W54A 2OEAX 1OYUA 1C6BA 159LA 1LI6A 128LA 3HUAA 4EKRA 4W51A 1L65A 4IAPA 1L93A 1C6GA 180LA 1KS3A 4ARLA 155LA 1G0MA 1OV7A 1L04A 114LA 1L72A 4LDLA 111LA 1L76A 2ANVA 235LA 151LA 1CX7A 1L83A 1LYJA 1L12A 2LC9A 2OTYX 3ODUA 1DYAA 4W59A 1OVHA 3OE6A 200LA 3V2YA 4EKQA 183LA 1LPYA 1LGXA 2RB0X 161LA 1SX7A 3HH6A 4ARPA 3HT9A 1OVKA 3DMVA 166LA 1QTDA 1C6PA 1G0GA 167LA 1L69A 2NTHA 4S0WA 3SB6A 2ANXA 129LA 1L90A 1L29A 1L03A 1L41A 4EKPA 1LYGA 1L39A 1LYIA 1L67A 1G1VA 4ZPUA 215LA 1D9WA 1L35A 2OE4X 131LA 139LA 3OE0A 3G3VA 1L68A 1CUQA 2LCBA 1QT5A 1QTHA 1SX2A 211LA 243LA 212LA 3C7WA 1C6CA 3CDOA 2OE7X 2Z6BA 1D3FA 1C6KA 2RBRA 3DN3A 1L34A 3GUPA 1L54A 1T6HA 2O79A 4E97A 240LA 3CDRA 3SN6R 2HUKA 190LA 246LA 3GUKA 143LA 3DN6A 1XJTA 1L88A 1QT6A 1P2LA 1QUDA 1L06A 1EPYA 1L21A 137LA 2RBNA 1P46A 1DYFA 1D3NA 1L85A 1QS9A 2RH1A 1G0QA 3DKEX 1L27A 1L00A 3FA0A 163LA 1OVJA 3HU9A 3DN2A 1L56A 103LA 1OWZA 1L18A 2Q9DA 1L51A 1PQDA 1L74A 4W56A 1P6YA 1L57A 1L05A 3HH4A 4I7LA 1QTCA 4I7MA 2RB2X 1XJUA 5LZMA 3DMZA 245LA 3SB5A 1L91A 1L11A 126LA 112LA 1P56A 1L26A 256LA 3OE8A 1D3MA 1L94A 1C68A 4GRVA 2HUMA 3RUNA 1JQUA 120LA 1XEPA 142LA 115LA 2OE9X 1P5CA 196LA 236LA 118LA 205LA 149LA 3EMLA 4GBRB 1L47A 1C67A 1L24A 1C6JA 2QARC 1LWKA 1QUGA 4W58A 192LA 1QS5A 242LA 1L52A 259LA 1L0KA 197LA 169LA 3GUNA 1ZYTA 3HT8A 1G06A 3HDFA 3HH5A 1LW9A 1CV6A 1T8AA 1L50A 186LA 1LYHA 2IGCA 1CV0A 3HTGA 1C6MA 2RBPA 1L17A 3LZMA 1G0KA 2B74A 2RBOA 104LA 4DAJA 127LA 188LA 1B6IA 1ZURA 4EKSA 1L60A 3HT6A 1L77A 4ARQB 113LA 2B73A 4W53A 1CU2A 4I7PA 3QAKA 2A4TA 1L08A 4LZMA 1L20A 5I14A 3C83A 1L22A 1L98A 1L46A 185LA 230LA 3C8SA 3GUMA 4K5YA 261LA 1LWGA 1T8FA 1K28A 3HDEA 224LA 175LA 1L99A 4ARMA 1QTVA 3V2WA 1L89A 244LA 250LA 3C7ZA 4YX7C 1QT7A 3D4SA 1L28A 1L55A 214LA 1L19A 172LA 1L45A 6LZMA 2Q9EA 249LA 1CV3A 1C61A 3GULA 3C8QA 1PQMA 253LA 3C81A 4LDOA 3DN0A 160LA 1L86A 1CUPA 2RAZX 1L02A 1L14A 1KY0A 3C7YA 206LA 1L23A 4I7TA 2OU9A 3DN4A 1C62A 3HTBA 2RAYX 4ARJA 147LA 3L64A 1C6DA 1SSWA 1C60A 1L87A 234LA 252LA 3HTDA 4ARQA 1C66A 189LA 1P2RA 2RBQA 4OO9A 1LYDA 3HWLA 1L13A 2F2QA 102LA 162LA 1L15A 1L61A 3HU8A 3PDSA 218LA 3L2XA 141LA 1C6NA 3CDTA 1L0JA 4EPIA 1SSYA 1SWYA 1KW7A 1QT4A 1DYGA 213LA 217LA 260LA 3JR6A 3G3WA 1L09A 4I7JA 1C6LA 3UONA 4LDEA 1L49A 1CU3A 1L07A 3F9LA 225LA 1QT3A 258LA 1OWYA 4ARMB 4PK0A 1T8GA 1L30A 219LA 140LA 1L73A 2B6XA 209LA 107LA 1PQJA 1C6EA 1LGUA 227LA 3SBAA 1C6AA 1L81A 1L43A 3FI5A 2HULA 2OU0X 2O4WA 1L48A 1KW5A 3OE9A 1L32A 1DYBA 1LYFA 3HTFA 176LA 4I7NA 1DYEA 7LZMA 3HT7A 233LA 3DNAA 2B70A 1JTNA 1CU6A 171LA 1CU5A 1QTBA 110LA 238LA 158LA 1L62A 254LA 1C6FA 3NY8A 3HUQA 2B6YA 1L58A 1C6IA 1G0PA 1P36A 1PQKA 2F32A 3DN8A 4W55A 248LA 3SB9A 1L42A 198LA 1LI2A 4I7RA 1G1WA 4W52A 229LA 1SWZA 1L95A 1L53A 4PJZA 178LA 1QUHA 2OU8A 125LA 1L97A 3RZEA 122LA 231LA 1CV5A 2B7XA 3G3XA 1D2WA 4EXMA 3VW7A 109LA 237LA 4W57A 1L37A 2F47A 170LA 1KY1A 1L33A 1P64A 2RBSA 119LA 1D3JA 4I7SA 4I7OA 191LA 220LA 123LA 1QTZA 3NY9A 1NHBA 152LA 247LA 3SB8A 1CU0A 2OTZX 2B6TA 1C63A 1DYCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Z39A 241LA 2W1YA 1IP3A 1GEZA 2YVBA 1CKFA 3MGWA 4LGKA 138LA 1KIRC 5I53A 4TTDA 1L31A 4H92A 1C64A 2L78A 187LA 4XJDA 216LA 4RW2A 5F16A 3SB7A 2EKSC 181LA 195LA 1L40A 3A34A 2O7AA 1C6QA 1LZEA 2QB0B 4Z41A 1OUIA 2NWDX 1QDRA 3DMXA 4HPIA 1DYDA 3A90A 3K2RA 3GUIA 262LA 4EPFA 3CQLA 1CX6A 1JTMA 1QSBA 4N1CC 1RCMA 4G4HA 2ZWBA 5KXLA 4RW1A 1F6SA 4YEMA 4C3WA 4XJGA 154LA 3B72A 1LZDA 1G0LA 3B6LA 1L96A 1XEJA 210LA 4CJ2A 2BQIA 3CDQA 1TLAA 4DKLA 5APFA 3TXFA 1B7LA 1LI3A 232LA 3TMXA 5C6IA 3PBLA 5B1FA 4H94A 182LA 1G0JA 1L16A 3ZEKA 1L70A 1LKRA 4W54A 2OEAX 1YROA 3CSRA 128LA 4HSFA 4EKRA 4W51A 4IAPA 180LA 5APEA 4LFPA 4NHTA 1L76A 4A7DA 1LSDA 5HMVA 4H9FA 1LHKA 5FEKA 3ODUA 1QIOA 5KKIA 2RB0X 161LA 4ARPA 4ETAA 1IWUA 1G0GA 167LA 1FKQA 4G4CA 3HFMY 1L29A 3RW8A 1L03A 1B5XA 1CKDA 4DDAA 1L67A 1G1VA 1LZ4A 4TSBA 4ZPUA 1LCNA 1D0LA 215LA 2OE4X 1JJ3A 139LA 5DN4A 1GB5A 3G3VA 4LZTA 1SX2A 243LA 5IHGA 212LA 3QE8A 3CDOA 2Z6BA 1LZTA 3TXDA 2CWIA 3DN3A 1QSWA 3RU5A 5LYZA 2O79A 1C7PA 3CDRA 3GUKA 1LMOA 2DQGY 1XJTA 4LYMA 1D6PA 1B5UA 1L06A 1L21A 1P46A 4DD9A 1D6QA 1UIFA 1LZ9A 3AJNA 1GFTA 1PQDA 1L57A 1L05A 5HMJA 1IOTA 4HTNA 1YL0X 2BQBA 2HTXA 5FELA 4H8YA 2I25L 153LA 1NKHA 2YSSC 4WG1A 1L94A 3RUNA 4OWCA 2G4PA 1JQUA 120LA 1XEPA 115LA 2OE9X 1IIZA 196LA 2DQDY 1LJFA 1G7LC 1C67A 2QARC 1LWKA 192LA 1QS5A 3P68A 1L0KA 197LA 3HT8A 3HDFA 2YBJA 1HEMA 1DI3A 1WQRA 2RBPA 2C8OA 2RBOA 127LA 188LA 1B6IA 1ZURA 4EKSA 5E4PA 113LA 4W53A 7LYZA 4I7PA 4ML7A 3C83A 3CSZA 1VAUA 2MEDA 1OUFA 1L98A 1L46A 261LA 1LWGA 4NHPA 5D5FA 1K28A 2BQMA 1LTMA 1QTVA 4HP0A 244LA 250LA 2AUBA 3W6FA 4YX7C 1QT7A 1L28A 2F2NA 1JSFA 5D5CA 1JJ0A 1DPWA 2CJLA 1GBZA 4DD0A 249LA 5B06A 253LA 5KXTA 3C81A 4KL7A 3B0KA 1L02A 1D9UA 3C7YA 1C45A 3P64A 4XN6A 1GF4A 4I7TA 2OU9A 2LYMA 1C6DA 3HBDA 1C60A 1L87A 234LA 5F14A 3N9CA 1C66A 1P2RA 3HWLA 1GAZA 3SP3A 102LA 1HC0A 4H93A 3PDSA 4II8A 1GAYA 2ZIKA 1KIPC 4W94A 4YOPA 3L2XA 3A3QA 3CDTA 4IATA 1KW7A 4WL7A 1TBYA 2I6ZA 4LT0A 1LZ6A 3RZ4A 4NGOA 3WW5A 3UONA 4N0JA 4XJFA 1QT3A 4PK0A 1IOSA 1UIBA 1GFHA 4DQ5A 1C6EA 2EQLA 1LGUA 1IWYA 4HJVA 1V7TA 3FI5A 1GBOA 1GXV2 4NGIA 4ETBA 1OUAA 2OU0X 1L48A 1J1PY 1VATA 1DYBA 1KXYA 3WPKA 1LYFA 1QUTA 176LA 1LZBA 4HTKA 3TMWA 2G4QA 3ATNA 1DI4A 3WYHA 3FE0A 2G4NA 1OUJA 3G3BB 1C46A 1T6VL 5HLLA 2ZNXY 1G0PA 1LZ1A 1PQKA 5FCPA 4W96A 5HQ1A 3W6EA 4NGWA 2A7DA 4I7RA 1G1WA 4LT1A 3QY4A 4H1PA 4PJZA 3RZEA 1L97A 4OOTA 4DQ7A 1UA6Y 1HEWA 231LA 1BB3A 3A91A 4EXMA 3VW7A 1GEVA 109LA 1IORA 1FBIX 5KY1A 4R6CA 1JJ1A 1CKCA 4WLYA 1L37A 5B07A 170LA 1L33A 2BPUA 4D9ZA 1D3JA 1BWJA 4I7OA 191LA 4B4IA 1NHBA 2LZTA 247LA 3EMSA 1JITA 3EO5A 4WM5A 1YIKA 1LJNA 164LA 4BAFA 1H6MA 4YXAC 1BHZA 3HUKA 3LYMA 1J1XY 3FADA 4J7VA 1UIEA 4WLXA 1CVKA 4DJHA 156LA 1LYYA 146LA 1CJ7A 1GE0A 2YBLA 255LA 1LJJA 1QSQA 1C6TA 157LA 4R0FA 1P7SA 2BQFA 1A2YC 1KNIA 1IY3A 1I20A 4WO9A 1LJ3A 4H9HA 1I6SA 1P3NA 2H9KA 1L10A 1D2YA 1L71A 3QNGA 1EQ4A 239LA 168LA 1DPXA 1G07A 3N9AA 1IWWA 4XENA 4DD3A 1L92A 4GCEA 150LA 2NTGA 2Z19A 2Q0MX 2B6WA 4LYOA 4B4EA 4GLAA 1GF7A 174LA 4I0CA 1CJ6A 1GE2A 3WU7A 1JWRA 4X3BA 4UWVA 1CV4A 5B59A 1PQIA 4ETCA 5I4XA 8LYZA 257LA 173LA 1GF3A 4YEOA 1CKGA 2GV0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2Z39 A;  241L A;  2W1Y A;  1IP3 A;  1GEZ A;  2YVB A;  1CKF A;  3MGW A;  4LGK A;  138L A;  1KIR C;  5I53 A;  4TTD A;  1L31 A;  4H92 A;  1C64 A;  2L78 A;  187L A;  4XJD A;  216L A;  4RW2 A;  5F16 A;  3SB7 A;  2EKS C;  181L A;  195L A;  1L40 A;  3A34 A;  2O7A A;  1C6Q A;  1LZE A;  2QB0 B;  4Z41 A;  1OUI A;  2NWD X;  1QDR A;  3DMX A;  4HPI A;  1DYD A;  3A90 A;  3K2R A;  3GUI A;  262L A;  4EPF A;  3CQL A;  1CX6 A;  1JTM A;  1QSB A;  4N1C C;  1RCM A;  4G4H A;  2ZWB A;  5KXL A;  4RW1 A;  1F6S A;  4YEM A;  4C3W A;  4XJG A;  154L A;  3B72 A;  1LZD A;  1G0L A;  3B6L A;  1L96 A;  1XEJ A;  210L A;  4CJ2 A;  2BQI A;  3CDQ A;  1TLA A;  4DKL A;  5APF A;  3TXF A;  1B7L A;  1LI3 A;  232L A;  3TMX A;  5C6I A;  3PBL A;  5B1F A;  4H94 A;  182L A;  1G0J A;  1L16 A;  3ZEK A;  1L70 A;  1LKR A;  4W54 A;  2OEA X;  1YRO A;  3CSR A;  128L A;  4HSF A;  4EKR A;  4W51 A;  4IAP A;  180L A;  5APE A;  4LFP A;  4NHT A;  1L76 A;  4A7D A;  1LSD A;  5HMV A;  4H9F A;  1LHK A;  5FEK A;  3ODU A;  1QIO A;  5KKI A;  2RB0 X;  161L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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