1L13A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGRWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l13A00
189LA 205LA 2OU8A 3GUPA 1QS9A 4EKRA 3C8SA 6LZMA 2OTZX 190LA 198LA 3HH5A 3HTFA 2NTGA 3SB9A 172LA 138LA 3HT7A 1QT7A 1ZYTA 1OVJA 1LYDA 3HWLA 1L77A 169LA 4EPIA 3GUMA 1L17A 212LA 238LA 3HT8A 148LE 4EXMA 257LA 3OE9A 1LYIA 1DYCA 162LA 1L92A 130LA 261LA 1DYFA 2O7AA 1L13A 2B74A 2OU0X 111LA 245LA 129LA 3RUNA 249LA 1DYDA 4DAJA 1P3NA 4DKLA 1C67A 215LA 2OE4X 1C6DA 1L30A 1D9WA 2ANXA 1L31A 1L96A 1L50A 1L47A 1C6PA 2RB2X 1KS3A 1C6BA 107LA 1L58A 4ARQA 1P56A 3F8VA 2B6WA 1T97A 1NHBA 1QT3A 3LZMA 1C6TA 1L0JA 3DN1A 210LA 260LA 3ODUA 4ARMB 1T8AA 1L97A 1CV5A 1QT5A 1L54A 1L55A 2QARC 3DN0A 1ZURA 1CV6A 1I6SA 183LA 1LLHA 3CDTA 4YXAC 3SB5A 1CU6A 2O79A 1G0PA 2OE9X 1L51A 182LA 1L89A 1PQDA 3GUNA 1JTNA 1L41A 1L04A 1L27A 1L98A 1L59A 1QUOA 243LA 152LA 156LA 1L38A 1L63A 144LA 4ARPA 4E97A 4W55A 1ZWNA 1P36A 2RBRA 209LA 4DJHA 1L80A 1LI2A 1B6IA 1TLAA 216LA 1L00A 4K5YA 4OO9A 187LA 3HUAA 3RZEA 4W56A 1OV7A 4I7TA 1C60A 4ARLA 2HULA 3PBLA 1LI3A 3NY8A 1L90A 2OTYX 4EJ4A 4ZPUA 3C7WA 4W52A 1L06A 1L01A 4I7QA 1L65A 1T8FA 1P6YA 149LA 239LA 181LA 2F2QA 3NYAA 1L29A 1PQJA 1SX2A 1K28A 2HUMA 1G0KA 1KNIA 2OEAX 188LA 128LA 1DYEA 3OE6A 195LA 4I7RA 2ANVA 1KY1A 237LA 1LGXA 1KY0A 252LA 1LYEA 2RB0X 1L46A 1L18A 4S0WA 3HU8A 218LA 3HTBA 175LA 1C6AA 196LA 214LA 248LA 1QT6A 2F47A 246LA 1L10A 1L83A 4EKPA 1LWKA 1XJUA 184LA 108LA 3HTGA 2RBOA 1L62A 1QUGA 4LDEA 1G1WA 4GRVA 7LZMA 1L79A 118LA 4PJZA 2IGCA 1G06A 232LA 127LA 1CU5A 4IAPA 1L99A 176LA 1KW7A 1L14A 3DNAA 2B70A 220LA 3G3VA 1LYJA 2O4WA 1L44A 173LA 3HH3A 3HUQA 259LA 161LA 166LA 3DMZA 254LA 230LA 151LA 177LA 228LA 231LA 1L28A 199LA 185LA 164LA 3CDRA 125LA 4EPFA 241LA 1LGWA 253LA 4W59A 1QSQA 3SN6R 1SSYA 2OU9A 1CX6A 1LPYA 1QUHA 3DN6A 256LA 222LA 102LA 1L05A 1L07A 1OVHA 1T6HA 2RAZX 4I7OA 3FADA 4YX7C 3SB7A 1QTHA 1L56A 4EKQA 1LI6A 2HUKA 3HUKA 3K2RA 1QTBA 1L26A 3L2XA 1OWYA 240LA 1D2YA 226LA 1CU2A 1P5CA 251LA 1G0GA 1DYBA 119LA 1L64A 3CDVA 1L36A 2L78A 137LA 1L37A 1L12A 1L87A 1LYHA 1QTCA 1L22A 140LA 2RBPA 122LA 1T8GA 1PQOA 1L48A 178LA 3F9LA 1C6CA 1C6GA 120LA 258LA 1L15A 1D3JA 3NY9A 1XJTA 221LA 104LA 1L82A 1L70A 1L73A 1C6KA 3D4SA 4I7PA 206LA 1L42A 234LA 3DN8A 1C63A 1C6HA 170LA 167LA 2QB0B 4W58A 1L85A 3SBAA 197LA 1JQUA 1CVKA 4GBRB 3VW7A 3UONA 1CV0A 1L45A 1SSWA 1C6EA 1CX7A 3HT9A 113LA 1L61A 3SB8A 3G3XA 1CV3A 141LA 1G1VA 4W53A 1L34A 4W51A 1LYGA 1C62A 4W57A 3HDEA 1C6MA 1PQMA 1QS5A 3C8QA 158LA 1P7SA 1QTDA 103LA 2B75A 3GUOA 224LA 3DMXA 1L88A 3C82A 3QAKA 1OWZA 1C64A 3C83A 1L19A 1SWZA 200LA 1L16A 1LYFA 1LW9A 3FI5A 1PQKA 3OE0A 1XEPA 165LA 1D3MA 1JTMA 1L39A 1L95A 225LA 227LA 3DN3A 1DYAA 1L72A 2RBNA 147LA 143LA 3L64A 247LA 5I14A 1L11A 1L25A 1L02A 219LA 3C8RA 3GULA 1L74A 3JR6A 1QUDA 1QT8A 4I7KA 1SX7A 3HH4A 2F32A 1L67A 1OV5A 115LA 1L35A 1L43A 1L52A 3PDSA 2RAYX 1L49A 1L60A 3CDQA 1G0MA 1P2LA 1P2RA 2NTHA 1L53A 3G3WA 3HT6A 2B7XA 109LA 191LA 180LA 1OVKA 4ARMA 1LWGA 1C66A 1CUQA 1EPYA 1CV4A 1L66A 1D3NA 2LZMA 1OYUA 131LA 1SWYA 1L32A 2B73A 3C80A 3V2YA 160LA 1L21A 1D3FA 233LA 2RH1A 1QTZA 3HTDA 4AQNA 5LZMA 1G07A 3C7ZA 1L91A 2Q9DA 242LA 1L0KA 1P46A 3V2WA 139LA 1L94A 1C61A 2LC9A 1L33A 1C6IA 4ARJA 1CUPA 1L84A 1CU0A 112LA 4W54A 1L68A 146LA 235LA 1L57A 1L75A 4YXCA 1L71A 1QSBA 3EMLA 1L81A 2B6YA 1C68A 3HU9A 1L76A 1P64A 1G0LA 4LDLA 2OE7X 192LA 2Z6BA 3GUIA 201LA 3GUJA 2RB1X 1L24A 1G0JA 1C6NA 262LA 1L03A 2RBQA 1C65A 4PK0A 123LA 2RBSA 2Q9EA 1C6JA 3CDOA 157LA 4I7MA 229LA 2B6TA 4I7LA 1L23A 236LA 1CV1A 3HDFA 3SBBC 3DMVA 223LA 1L09A 1DYGA 250LA 4ARQB 159LA 1L08A 155LA 1KW5A 3HH6A 186LA 3C7YA 1D2WA 2LCBA 3SB6A 1WTHA 126LA 1PQIA 4LDOA 1L86A 1CU3A 1P37A 110LA 4I7SA 145LA 3FA0A 2B6XA 174LA 1C6FA 2B6ZA 1LGUA 168LA 1QTVA 142LA 1L20A 3OE8A 1CTWA 2B72A 4EKSA 244LA 4I7NA 1QT4A 213LA 171LA 1L69A 2A4TA 4LZMA 3DN2A 150LA 4I7JA 163LA 211LA 3GUKA 3DN4A 1G0QA 114LA 1C6LA 3DKEX 1L93A 255LA 1L40A 2CUUA 217LA 1C6QA 3C81A 1C69A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
189LA 205LA 3RW8A 1RFPA 1NHEA 1YL0X 3AZ5A 5ILCA 4H8YA 2XQOA 172LA 1GF8A 3FE0A 4WG7A 1LZ6A 3HWLA 1B7QA 3GUMA 1B5VA 1HELA 5HNCA 3HT8A 3OE9A 1HERA 1LYIA 1DYCA 1L92A 1L13A 1UIBA 2B74A 1FLUA 111LA 1B7SA 3RUNA 4NWHA 4DAJA 1YAMA 4ETDA 4PGJB 4NWEA 4ML7A 3TMXA 1EL1A 1D9WA 2ANXA 4IASA 1ALCA 1GB7A 4G4CA 5KXXA 1REYA 1YROA 1KS3A 107LA 1OP9B 1WQNA 5C6IA 1P56A 1NDMC 4XYYA 1QUSA 3J4GA 260LA 5KXOA 4II8A 1QT5A 3HBEX 1WQPA 3WL2A 1B5YA 1DKKA 2QARC 3DN0A 4BS7A 1GF7A 1NWGA 1IWYA 2ZQ4A 4OWHA 1L51A 4LYZA 1PQDA 3GUNA 4OWAA 2MEGA 4NHSA 2F30A 1QUOA 152LA 1L63A 4E97A 3VWOA 5LYMA 1LHJA 4RDSA 1L80A 1TLAA 4K5YA 1LSDA 1LJIA 3RZEA 4W56A 3PBLA 1LI3A 1UC0A 3K3TA 2LZ2A 3A8ZA 4I7QA 1QIOA 3A3QA 3WPJA 2F2QA 4TSCA 1G0KA 4X3BA 2ZYPA 2HUBA 3LHMA 1JSFA 4DD3A 237LA 1HEOA 1LGXA 3CQLA 2RB0X 3TXKA 1UIGA 3HU8A 1LHIA 1LHMA 3P64A 246LA 4EKPA 3IWRA 3LN2A 2LYMA 4MSTA 4ETCA 1IO5A 2F2NA 1CJ9A 1QUGA 3W6BA 2IGCA 1G06A 1LSMA 1LYYA 1YKZX 1L99A 176LA 1PS5A 1L14A 2B70A 1LYJA 3A92A 259LA 161LA 166LA 4G49A 4HTNA 1EQEA 1HEQA 228LA 2YVBA 3LYZA 4R0FA 3ATOA 4NIJA 1QSQA 1HEMA 1GFTA 1QUHA 3DN6A 1XEJA 5F16A 1HENA 5B05A 3SB7A 1LZSA 2NWDX 4OWBA 1LYSA 3K2RA 1D2YA 4ZEEA 3CDVA 2L78A 3WH1A 1QTCA 1L22A 3CSRA 1PQOA 178LA 4PRUA 1CNSA 4H90A 1C6GA 120LA 1XJTA 1UBZA 4HJZA 2W1YA 1JPOA 4NSIA 4NGOA 1W08A 4WM3A 170LA 2H5ZA 4WO6A 1L85A 3UONA 1J1PY 154LA 1JISA 141LA 1UIFA 1L34A 4W51A 1LYGA 1E8LA 1C62A 1NBYC 4OWCA 3AGGG 1IC7Y 1P7SA 2BQBA 4DD9A 1NMMA 4GCDA 1WQMA 1LJ4A 1GEZA 4WL7A 200LA 4A7DA 2YBJA 1LKSA 5E4PA 1KXXA 4NGYA 1JTMA 1XFPL 225LA 1DYAA 1L72A 3AW6A 3A95A 4XJHA 2C8OA 219LA 1L02A 3QE8A 1L74A 1I20A 3JR6A 4GN4A 4RLNA 1QT8A 3HH4A 5F14A 2HEEA 4HPEA 1L43A 3B0OA 4DWXA 1FBIX 1L49A 1L60A 1LHLA 1RI8B 2NTHA 5LVIA 3G3WA 4EOFA 4DDCA 1OVKA 4WLTA 1LWGA 1C66A 3E3DA 1CUQA 4YENA 3B6LA 2W1LA 1D3NA 4NG1A 4GN3A 5KY1A 3P65A 1UACY 2DKVA 4B4EA 3ZVQB 1HMLA 4QDNA 4AQNA 4NGZA 2FYCA 1L91A 3TXBA 1LSAA 3AW7A 1L0KA 1L33A 1C7PA 4GLVA 2BAAA 112LA 1VAUA 1YKYX 5APCA 2BQKA 3EMLA 3N9EA 1C68A 3HU9A 1G0LA 153LA 2B5ZA 4LDLA 4Z41A 1L24A 1G0JA 1GDXA 1C6NA 262LA 1L03A 4DQ7A 1JHLA 123LA 3OK0A 3CDOA 4I7MA 5ILFA 1GB5A 1CKHA 5LXWA 1OUHA 2ZYCA 4ARQB 1L08A 3CB7A 1KW5A 1LJ3A 3SB6A 1WTHA 126LA 1AT6A 5KXWA 4WLXA 4J0LA 5IELA 5LVKA 4I7SA 3WUMA 3FA0A 1G7HC 168LA 4NSJA 2D4JA 1CTWA 2B72A 1B9OA 4I7NA 4RW2A 1QT4A 2BQAA 4PPOA 1L69A 1TEWA 2LYOA 2Z38A 2MEAA 3DN2A 1IWZA 2DQAA 5II3A 2I25L 3TXGA 3GUKA 1C45A 1WVUA 4Z3MA 1L93A 4Z98A 2G4QA 5LVJA 1GFGA 2HEDA 1WQQA 1QS9A 1DXJA 1JITA 4EKRA 2BQGA 1OUCA 3C8SA 1BHZA 1LMNA 5APFA 4TSBA 1LZCA 198LA 3HTFA 3A91A 3SB9A 1BWHA 3AJNA 4NSGA 4DDAA 138LA 3A96A 1QT7A 4L41A 1EQ5A 1WQRA 1ZMYL 2DQDY 3P68A 4NGIA 238LA 257LA 1CKDA 4LFPA 5LVGA 1REZA 4BAPA 2DQCY 130LA 4GLAA 1D6PA 1KIQC 249LA 3EBAB 1V7TA 1C67A 5I5QA 4BAFA 1MLCE 1L30A 1LAAA 1L50A 1L47A 2XJWA 4G9SA 1IP4A 4ARQA 5F9UA 1IOCA 4ET9A 1NHBA 2G4NA 1L0JA 3DN1A 3WPKA 1RJCB 4ARMB 4ZFPA 5LIOA 3EXDA 1ZURA 1CV6A 3WUAA 1LLHA 1IP6A 1CU6A 1G0PA 2OE9X 1F6SA 1TDYA 4NGKA 5LAFA 5KKJA 4ET8A 1NQIA 2LHMA 1IIZA 209LA 4NG8A 4OO9A 1OV7A 4C3WA 4G4HA 3NY8A 1INUA 5I4WA 3C7WA 1GBYA 2HU3A 1L65A 239LA 181LA 2DQGY 1D0MA 2Z2EA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 189L A;  205L A;  3RW8 A;  1RFP A;  1NHE A;  1YL0 X;  3AZ5 A;  5ILC A;  4H8Y A;  2XQO A;  172L A;  1GF8 A;  3FE0 A;  4WG7 A;  1LZ6 A;  3HWL A;  1B7Q A;  3GUM A;  1B5V A;  1HEL A;  5HNC A;  3HT8 A;  3OE9 A;  1HER A;  1LYI A;  1DYC A;  1L92 A;  1L13 A;  1UIB A;  2B74 A;  1FLU A;  111L A;  1B7S A;  3RUN A;  4NWH A;  4DAJ A;  1YAM A;  4ETD A;  4PGJ B;  4NWE A;  4ML7 A;  3TMX A;  1EL1 A;  1D9W A;  2ANX A;  4IAS A;  1ALC A;  1GB7 A;  4G4C A;  5KXX A;  1REY A;  1YRO A;  1KS3 A;  107L A;  1OP9 B;  1WQN A;  5C6I A;  1P56 A;  1NDM C;  4XYY A;  1QUS A;  3J4G A;  260L A;  5KXO A;  4II8 A;  1QT5 A;  3HBE X;  1WQP A;  3WL2 A;  1B5Y A;  1DKK A;  2QAR C;  3DN0 A;  4BS7 A;  1GF7 A;  1NWG A;  1IWY A;  2ZQ4 A;  4OWH A;  1L51 A;  4LYZ A;  1PQD A;  3GUN A;  4OWA A;  2MEG A;  4NHS A;  2F30 A;  1QUO A;  152L A;  1L63 A;  4E97 A;  3VWO A;  5LYM A;  1LHJ A;  4RDS A;  1L80 A;  1TLA A;  4K5Y A;  1LSD A;  1LJI A;  3RZE A;  4W56 A;  3PBL A;  1LI3 A;  1UC0 A;  3K3T A;  2LZ2 A;  3A8Z A;  4I7Q A;  1QIO A;  3A3Q A;  3WPJ A; 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