1IP3A

G68a human lysozyme
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDAKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Role of amino acid residues in left-handed helical conformation for the conformational stability of a protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
total genus 47
structure length 130
sequence length 130
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ip3A00
1GB3A 4TX7A 5KXZA 1A2YC 1QDRA 4NGVA 4QGZA 4NHSA 2Z2EA 1GE1A 2Z37A 1I56A 4AXTA 5A3EA 1SQ2L 1LMTA 1W08A 1RJCB 1BVXA 2HEFA 1PS5A 1JSFA 4L41A 4U3XB 5FDJA 4LT1A 1W6ZA 3IJUA 1G7LC 1QUSA 1BB3A 5HMVA 1JUGA 2BQMA 4ZIXA 1GB0A 1LPIA 2F2NA 4DD1A 2A7FA 2ZIKA 2F30A 1WTNA 3P4ZA 3A94A 4UWUA 153LA 1IVMA 1JEFA 4HV1A 1OUAA 1GB2A 1GF8A 4B4EA 4DD9A 4GCFA 4WLYA 4M4OA 1GPQC 5I54A 1VDPA 4XENA 4OW1A 1GE2A 1PZYA 1CKCA 1C46A 1NQIA 2EPEA 3P68A 1FLYA 3LZTA 1GDXA 4H9FA 1GFUA 4TSBA 4EOFA 1YKYX 4N1EI 3TXFA 2D4IA 5L9JA 1RE2A 3W6EA 1BB4A 134LA 3A96A 1CKFA 1DPXA 1HEMA 1IWWA 1D0LA 1JJ1A 1FN5A 5I53A 5M1YA 1AKIA 2CGIA 4H1PA 2BQJA 5F16A 2LYZA 2IHLA 3WULA 3TXHA 1GD6A 2PC2A 3CT1A 1IWXA 1MELL 1E8LA 2YBHA 4WL6A 4XJIA 3ZVQB 1YANA 1CJ6A 3WW5A 1OUBA 1TDYA 4NHTA 1WTMA 3WPKA 5KKIA 1D6QA 2W1YA 3EMSA 5DN4A 1LZYA 3WUMA 1LZ4A 1IP4A 1GB7A 2Z38A 2Y8PA 5LYTA 4CFPA 1GF6A 2Z39A 1F0WA 2YVBA 1QIOA 4NGZA 4NGYA 4ETDA 1A4VA 1D0MA 4RLMA 4UWNA 4H8YA 1GFJA 3LN2A 3A6CY 3AGHA 4G9SA 4WG1A 4DDCA 5J7CA 4ET9A 8LYZA 4G4CA 5E4PA 1IP5A 1LSNA 4KPMA 4N8ZA 2Q0MX 1GF4A 133LA 3WU9A 3A93A 3VWOA 1GE0A 1IWTA 4TWSA 4ANRA 1RFPA 3TMXA 1GBOA 2C8PA 4CFOA 3TXIA 4B4IA 1BVKC 4N5RA 3WL2A 2YBJA 4GN4A 1G7IC 1OUJA 3TXJA 4XADA 1HMLA 4C3WA 1CKHA 3A95A 1T6VL 1YQVY 3LHMA 4ETBA 1CJ9A 2ZIJA 1LZAA 2VB1A 1DI3A 4TTDA 3AW7A 2HEDA 1GAZA 1YKZX 2LZTA 1UIBA 2CWIA 4ETEA 1G7MC 1AM7A 1N4FA 4DT3A 4G4HA 4XJHA 2I26L 1JTOL 5KXYA 4XJDA 1O23A 3WUAA 3A90A 3J4GA 2W1XA 4WO9A 5B59A 5KKJA 2ZQ3A 1B5UA 1G7JC 1GBZA 1QQYA 2A7DA 4W94A 1ZV5L 4GLAA 1BB5A 4DD2A 5LYMA 5DM9A 1QUTA 2BQDA 2ZWBA 1B7SA 2HECA 3TMUA 4H9AA 1OUCA 2MEAA 3CSZA 4LYCA 3A34A 4B4JA 5LVKA 1INUA 5LVGA 1FKQA 1LJEA 5E9RA 3T36A 1YAOA 2ZNXY 3B0OA 3BKHA 3FI7A 1REMA 1YAQA 4B49A 2FYDA 2MEBA 5B06A 4HV2A 3WVYA 1B7PA 2ZQ4A 5F81A 4I0CA 4LT0A 4LYZA 1VDQA 5EBHA 4WLXA 3AYQA 4LFXA 1HSWA 3TXKA 4GCBA 4WM3A 1I1ZA 1LSFA 1BHZA 2YBNA 3A6BY 5IELA 1WQRA 2H9JA 5KY1A 2ZNWY 1TEWA 3AB6A 4FDYA 1FLWA 4II8A 1UUZC 4WMGA 4Z46A 5I4XA 1LJKA 1XGQC 4KL7A 1C43A 1QTKA 4HJZA 1IR7A 2MEIA 1GFKA 4C5FA 3EO5A 2LYOA 2ZILA 3WVXA 1HF4A 4MCKA 1UIHA 4PGJB 4X3BA 1HFZA 1DKJA 1ZMYL 3AZ5A 4M6DA 3WUNA 1LZNA 1LJ3A 4H93A 1B5ZA 1MLCE 1YAMA 1YL0X 3D3DA 2YBMA 4D9ZA 1LSGA 1OUIA 2Z2FA 1IP1A 4NSHA 4LYTA 4WLTA 4P2EA 1LJJA 1LZDA 1LSDA 2BQBA 1UIGA 4GN3A 4H91A 1JKAA 2Z12A 1J1PY 208LA 1LJNA 1XGRC 1YL1X 3LYMA 1GF7A 2HU1A 5KXOA 5F14A 3LYOA 1REZA 1TCYA 3KAMA 1WQOA 5FCPA 2GV0A 4WM4A 1LYYA 2HEBA 1JKDA 2HTXA 1DI4A 4ZFPA 4ETCA 3A3QA 3CSRA 1LOZA 3EXDA 4LYOA 5D5FA 1J1XY 1IP7A 1YIKA 2IFFY 4LT2A 1IP2A 3CB7A 4OOOA 3WPJA 3OJPA 1HSXA 5DLAA 2I25L 1IP3A 5B1FA 3IWRA 4N0JA 1NDMC 2YSSC 1HEPA 1IIZA 2Z18A 1XGUC 4Z98A 4DD0A 1HFYA 4BADA 3W6FA 1NBYC 1HENA 3WXTA 1LHJA 1LZCA 5LA8A 1UICA 1LZ8A 3WMKA 1JSEA 6LYZA 1LJGA 3AZ6A 2LYMA 1XFPL 1UC0A 1GEVA 2MEFA 3HBDA 4YEOA 1HC0A 4DYGA 1NMMA 2D4KA 2BQLA 5C6IA 4A7DA 1B7MA 4ET8A 1GXV2 1QTEA 3TXDA 3J6KA 5KJ9A 2H9KA 5F9XA 1GFGA 1KXWA 4NSIA 5I4WA 5ILFA 4DD7A 1D6PA 3G3AB 1IOSA 4J0LA 5FEKA 4H9BA 2MEDA 2G4QA 1HHLA 1B9OA 2BQIA 1YKXX 1IORA 5T3FA 1XGPC 3GXKA 3B0IA 4BAPA 5HNLA 1GFRA 2D4JA 2MEEA 1NKHA 1VDTA 2BQHA 2EQLA 4NWEA 4YEMA 1LMAA 1CKGA 2BQFA 4LFPA 3AW6A 3W6DA 4WO6A 1B7NA 1FLQA 1YILA 1IWZA 2DKVA 4LYMA 1LHKA 1LZTA 5LXWA 4QY9A 4CJ2A 4OWHA 1GHLA 1J1OY 3P66A 4NG1A 5LYZA 1HERA 1H6MA 1IY3A 1OUGA 1TAYA 2HU3A 5B1GA 2DQFC 4NGKA 1JIYA 3W3EA 3TMWA 5FHWA 5IHGA 3RZ4A 1QSAA 1CJ8A 5B07A 1GBXA 2X0AA 1EQEA 4DDAA 1RI8B 1GBYA 4PRQA 4HJYA 1BWIA 1VDSA 1WQPA 4E3UA 5LVJA 4RDSA 2DQIY 1GFAA 3P64A 1LMCA 1LKRA 1LSPA 3HBHA 4PRUA 3RNXA 5LINA 1LYSA 1LJIA 1VFBC 3WU7A 3WU8A 5K7OA 1LSAA 2FYCA 1Z55A 1LJ4A 1IWVA 5FSTA 4Z41A 2B5ZA 1IOCA 1OQMA 3ZVQA 4HP0A 4NGIA 3CQLA 1LSYA 1IY4A 4DD3A 5HLLA 1JKCA 1LSEA 4OWBA 1B2KA 1BWHA 2FBDA 1GF3A 4PPOA 5KXSA 3A91A 1B5VA 1LMPA 1AT5A 2W1LA 2BQNA 5KXMA 1LSCA 1IC7Y 4TSCA 4DWXA 4NGWA 4PHIA 1LZ6A 2DQHY 3LZ2A 1LZRA 4WOAA 5B05A 1KXYA 3ULRA 1FDLY 2BQAA 3SP3A 4G4BA 1YAPA 1IWUA 193LA 2DQEY 1EQ5A 4IJ4A 1I20A 2MECA 4WM1A 3D9AC 4KT3A 1F6RA 5DL9A 1YROA 1C7PA 4HTQA 1REYA 4BAFA 5APEA 1BB7A 2HUBA 1WQNA 4NFVA 1GBSA 1LJFA 4NHQA 2WARA 1GE3A 5II3A 4HPIA 1XEIA 1XEJA 4OWEA 2DQJY 1H87A 3WW6A 1ALCA 1UA6Y 2EIZC 2RSCA 1DZBX 5KXLA 1DQJC 1DI5A 1GWDA 1LMQA 1T3PA 2LHMA 4GCCA 4KXIA 2DQDY 1GF0A 3M3UA 1HEWA 2DBTA 4DDBA 1B7QA 1LCNA 2XTHA 2BLYA 3WXUA 1REXA 3B0KA 2BPUA 1XGTC 5F9UA 1FLUA 1WVVA 4J7VA 3IJVA 4WM5A 3AZ4A 3FE0A 1B0DA 1IOTA 1BWJA 1JJ3A 1LMOA 1QSWA 2XBRA 3HBEX 1CJ7A 5HQ1A 1LZGA 4MSTA 3CT5A 1BGIA 2AUBA 5AMYA 1LHHA 4NWHA 5KXNA 5LVIA 1VEDA 2MEGA 2N5ZA 1NWGA 2XBSA 3GXRA 1B5XA 3N9CA 1JISA 3F6ZA 4GN5C 1EQ4A 4HSFA 1HMKA 1UIAA 2BLXA 4J1AA 4NHIA 4XJGA 7LYZA 4IATA 1BB6A 1XSFA 5APFA 1GF9A 3TMVA 1OP9B 3G3BB 4R6CA 1UIFA 3P65A 1HNLA 4H8XA 1GE4A 1HFXA 4H9CA 5C6JA 1B7OA 4ML7A 2F4GA 2C8OA 1GB6A 3RW8A 5L3IA 2I6ZA 2BQEA 4N9RA 4NGLA 3B6LA 1GB5A 4PJ2C 4XYYA 2G4NA 1IOQA 5I4YA 1GFEA 194LA 3RU5A 1D0KA 1NDGC 2YBLA 3E3DA 4DC4A 4NGOA 2H5ZA 4BS7A 5KXXA 1GDWA 5LAFA 2HEAA 5L3HA 4H94A 1GEZA 3B72A 1JKBA 4G49A 1JWRA 1LYZA 4ZEEA 5DN5A 3AJNA 1VAUA 2F4AA 1HEQA 4YM8A 4WL7A 9LYZA 4QEQA 2G4PA 3OK0A 1DKKA 4QDNA 1C08C 3N9EA 1F6SA 3CSQA 4NSJA 1UIEA 4AGAA 3W6CA 1JTPL 1JITA 2W1MA 1IO5A 3TXEA 1QDTA 1V7TA 2MEHA 1LHLA 3WPLA 1IC5Y 4WM6A 1C45A 4R0FA 5LAGA 1IX0A 4H8ZA 1LYOA 4GLVA 4OWCA 4GCEA 2DQGY 1TBYA 1JHLA 1NBZC 1NF5A 4FJRA 4WM2A 5KXKA 5KXWA 3RT5X 4H90A 4HPEA 4YENA 1B7LA 1KXXA 1GAYA 5C6LA 2BAAA 5LA5A 4WG7A 5D5CA 1B5WA 4Z3MA 1WVUA 2NWDX 5KXTA 1GXXA 2DQCY 1IWYA 1LSMA 1LTMA 6LYTA 4NGJA 4NIJA 4B1AA 1FBIX 2BQKA 4LGKA 5A3ZA 1GFVA 5APDA 4OOTA 2D91A 3A3RX 3A92A 1HELA 1OUEA 3AGGG 3TXBA 2ZYCA 4YOPA 4XN6A 1UBZA 2HEEA 1DXJA 3QY4A 1HEOA 3A8ZA 4RW2A 4UWVA 4RW1A 1GB8A 2LZ2A 1IR8A 1P2CC 1KIRC 3EBAB 2CDSA 1EL1A 4EMNA 2D6BA 4GCDA 1KIPC 3AGIA 207LA 1IR9A 1V7SA 3MGWA 1C10A 4HTNA 3BKVA 4XJBA 1CNSA 1LZ5A 1VATA 1AZFA 4H9IA 5JENB 1CKDA 5KXRA 135LA 4H92A 5HNCA 4J1BA 1WQQA 1GFHA 1AT6A 4NSGA 4XJFA 3W6AA 2FBBA 3K3TA 4W96A 3N9AA 1IEEA 4H9EA 3WYHA 3A67Y 1F10A 1GF5A 4MR1A 1LJHA 2BQCA 4O34A 1JJ0A 1UCOA 3CT0A 4HJVA 3ZEKA 1SLYA 1BQLY 1GFTA 4NHPA 4OWAA 1LHMA 1LSBA 1JPOA 1LZBA 132LA 4LT3A 4NG8A 5ILCA 1DPWA 154LA 4YF2A 1RCMA 5I5QA 3LYTA 2EKSC 5FELA 1LMNA 1XEKA 1GB9A 4HTKA 4TUNA 5LIOA 3T6UA 3W6BA 2CJLA 4NY5A 4RLNA 4N1CC 3HFMY 1OUHA 3ATOA 1JTTL 2YBIA 5IDDA 4ETAA 1LSZA 2BQOA 1IC4Y 3AZ7A 4H9HA 4WLDA 1NHEA 3TXGA 4CHXA 5LVHA 1LZSA 4NEBA 4IASA 3QE8A 1UACY 1ZVYB 4B0DA 5KXPA 1GBWA 1LAAA 1ZVHL 4LZTA 3QNGA 1B5YA 1LHIA 1WQMA 3M18B 4CGEA 1OUFA 2XJWA 1IP6A 1LZ1A 2ZYPA 3ATNA 1G7HC 1FKVA 1LZEA 2DQAA 2YDGA 1OUDA 2BQGA 1KIQC 3LYZA 1B7RA 1LKSA 4LYBA 1UIDA 5HMJA 3WH1A 1D9UA 2Z19A 1LZ9A 5APCA 4I8SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4TX7A 1A2YC 4NGVA 1L37A 4QGZA 4AXTA 1W08A 2HEFA 4U3XB 2F32A 5FDJA 1L79A 1W6ZA 4LT1A 3DN0A 1LPIA 1WTNA 4DD9A 1L27A 1GPQC 1L16A 4OW1A 247LA 1PZYA 1CKCA 2EPEA 1FLYA 1LI3A 1L03A 3W6EA 3A96A 4W57A 1HEMA 1L19A 4H1PA 1ZWNA 2PC2A 1IWXA 1LI6A 4WL6A 1L26A 102LA 1D6QA 235LA 2W1YA 1GB7A 2L78A 4NGZA 1A4VA 1L39A 3LN2A 4G9SA 1IP5A 4KPMA 1GF4A 3VWOA 4E97A 1C6GA 3TMXA 1GBOA 1G7IC 3TXJA 3HUQA 1L63A 1T6VL 1YQVY 3LHMA 1CJ9A 2VB1A 1CV3A 1DI3A 1UIBA 1L10A 1N4FA 3GUKA 2I26L 4XJDA 4WO9A 5B59A 4PJZA 2ZQ3A 1B5UA 4W94A 1QQYA 1ZV5L 4LDEA 2BQDA 2HECA 4H9AA 3CSZA 5LVKA 175LA 4I7TA 2FYDA 5B06A 1L47A 2RBPA 5F81A 4LT0A 4WLXA 3AYQA 1HSWA 129LA 1LSFA 1QSQA 1CV5A 1QTHA 1UUZC 5I4XA 2MEIA 1GFKA 1D2WA 4PGJB 4X3BA 1HFZA 3AZ5A 4M6DA 1L94A 1LZNA 1LJ3A 4EKRA 1LWGA 1CTWA 1P2RA 4NSHA 1LSDA 1L28A 2Z12A 208LA 1XGRC 1SSYA 1YL1X 2HU1A 1C60A 5FCPA 4WM4A 2HEBA 173LA 3A3QA 3CSRA 1LOZA 108LA 1IP2A 2RH1A 5DLAA 2I25L 4N0JA 2YSSC 1L62A 2Z18A 1NBYC 3WMKA 4I7RA 4YXCA 1XFPL 1UC0A 4EKQA 1NMMA 2BQLA 4A7DA 1B7MA 4ET8A 3TXDA 3J6KA 261LA 1GFGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GB3 A;  4TX7 A;  5KXZ A;  1A2Y C;  1QDR A;  4NGV A;  4QGZ A;  4NHS A;  2Z2E A;  1GE1 A;  2Z37 A;  1I56 A;  4AXT A;  5A3E A;  1SQ2 L;  1LMT A;  1W08 A;  1RJC B;  1BVX A;  2HEF A;  1PS5 A;  1JSF A;  4L41 A;  4U3X B;  5FDJ A;  4LT1 A;  1W6Z A;  3IJU A;  1G7L C;  1QUS A;  1BB3 A;  5HMV A;  1JUG A;  2BQM A;  4ZIX A;  1GB0 A;  1LPI A;  2F2N A;  4DD1 A;  2A7F A;  2ZIK A;  2F30 A;  1WTN A;  3P4Z A;  3A94 A;  4UWU A;  153L A;  1IVM A;  1JEF A;  4HV1 A;  1OUA A;  1GB2 A;  1GF8 A;  4B4E A;  4DD9 A;  4GCF A;  4WLY A;  4M4O A;  1GPQ C;  5I54 A;  1VDP A;  4XEN A;  4OW1 A;  1GE2 A;  1PZY A;  1CKC A;  1C46 A;  1NQI A;  2EPE A;  3P68 A;  1FLY A;  3LZT A;  1GDX A;  4H9F A;  1GFU A;  4TSB A;  4EOF A;  1YKY X;  4N1E I;  3TXF A;  2D4I A;  5L9J A;  1RE2 A;  3W6E A;  1BB4 A;  134L A;  3A96 A;  1CKF A;  1DPX A;  1HEM A;  1IWW A;  1D0L A;  1JJ1 A;  1FN5 A;  5I53 A;  5M1Y A;  1AKI A;  2CGI A;  4H1P A;  2BQJ A;  5F16 A;  2LYZ A;  2IHL A;  3WUL A;  3TXH A;  1GD6 A;  2PC2 A;  3CT1 A;  1IWX A;  1MEL L;  1E8L A;  2YBH A; 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 1KIR C;  3EBA B;  2CDS A;  1EL1 A;  4EMN A;  2D6B A;  4GCD A;  1KIP C;  3AGI A;  207L A;  1IR9 A;  1V7S A;  3MGW A;  1C10 A;  4HTN A;  3BKV A;  4XJB A;  1CNS A;  1LZ5 A;  1VAT A;  1AZF A;  4H9I A;  5JEN B;  1CKD A;  5KXR A;  135L A;  4H92 A;  5HNC A;  4J1B A;  1WQQ A;  1GFH A;  1AT6 A;  4NSG A;  4XJF A;  3W6A A;  2FBB A;  3K3T A;  4W96 A;  3N9A A;  1IEE A;  4H9E A;  3WYH A;  3A67 Y;  1F10 A;  1GF5 A;  4MR1 A;  1LJH A;  2BQC A;  4O34 A;  1JJ0 A;  1UCO A;  3CT0 A;  4HJV A;  3ZEK A;  1SLY A;  1BQL Y;  1GFT A;  4NHP A;  4OWA A;  1LHM A;  1LSB A;  1JPO A;  1LZB A;  132L A;  4LT3 A;  4NG8 A;  5ILC A;  1DPW A;  154L A;  4YF2 A;  1RCM A;  5I5Q A;  3LYT A;  2EKS C;  5FEL A;  1LMN A;  1XEK A;  1GB9 A;  4HTK A;  4TUN A;  5LIO A;  3T6U A;  3W6B A;  2CJL A;  4NY5 A;  4RLN A;  4N1C C;  3HFM Y;  1OUH A;  3ATO A;  1JTT L;  2YBI A;  5IDD A;  4ETA A;  1LSZ A;  2BQO A;  1IC4 Y;  3AZ7 A;  4H9H A;  4WLD A;  1NHE A;  3TXG A;  4CHX A;  5LVH A;  1LZS A;  4NEB A;  4IAS A;  3QE8 A;  1UAC Y;  1ZVY B;  4B0D A;  5KXP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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