213LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNAQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 213lA00
139LA 1L88A 4EKSA 192LA 1L52A 1L54A 1CX7A 200LA 3C82A 1L53A 3GULA 4W53A 1L96A 4W55A 3GUIA 1L04A 2OTZX 1L85A 1L40A 1L59A 1P64A 195LA 3CDOA 3FI5A 190LA 3HWLA 1C60A 4EKQA 1CV5A 1SX7A 1CV6A 1L48A 3DKEX 1LYEA 1D2YA 3G3XA 1PQMA 181LA 1P2LA 1G0QA 1PQKA 1L82A 4LDLA 1PQIA 1XJTA 1L12A 1CU5A 2RBRA 191LA 1CV3A 156LA 1L67A 234LA 1L17A 251LA 110LA 1L33A 1ZWNA 2B6XA 4GRVA 4OO9A 1KY1A 1QTHA 172LA 1KS3A 213LA 223LA 257LA 1L99A 1C6MA 112LA 1L22A 1L79A 4W59A 184LA 1L86A 5LZMA 3C7ZA 4W57A 250LA 4LDEA 1G0GA 1OWZA 4EKRA 185LA 167LA 2HUKA 1C6PA 1L11A 1CVKA 1OWYA 1QSBA 1JTNA 1L03A 165LA 4E97A 248LA 1L21A 2RB0X 3DN1A 1B6IA 1L38A 1L16A 2RB1X 3C7WA 1L0JA 1QTCA 1LYIA 1L46A 1LWGA 3UONA 209LA 1G1VA 1P5CA 2RAZX 1C63A 210LA 1C65A 238LA 3HDEA 1L10A 1XJUA 4PJZA 1QUOA 1C6AA 1L71A 1LWKA 1L76A 4I7JA 1L97A 1L30A 1L47A 260LA 3SB8A 1L37A 2F32A 108LA 1C6FA 1XEPA 1C6IA 3OE9A 1C6LA 122LA 1L09A 118LA 159LA 3HH4A 4I7MA 168LA 219LA 2B7XA 1L56A 160LA 3CDQA 1L00A 1G0MA 3LZMA 1L45A 1T6HA 1T8GA 2B74A 3OE6A 128LA 2Q9DA 3HUAA 1L27A 226LA 4K5YA 198LA 3JR6A 4I7RA 1L13A 3C83A 1DYEA 3DN4A 4ARMB 252LA 3PBLA 1L65A 1L81A 3HUQA 4ZPUA 114LA 4I7OA 3L2XA 3ODUA 245LA 1QUHA 1L75A 174LA 231LA 177LA 1LLHA 1L64A 3C8RA 1L31A 2LCBA 1PQOA 1L63A 2HULA 1CU3A 2CUUA 2B6WA 2OTYX 1C69A 2OE7X 142LA 1KW7A 1G0PA 1L51A 7LZMA 1LYFA 4EPFA 119LA 3F8VA 4ARLA 1L08A 1L25A 137LA 4DAJA 3HT7A 4I7NA 233LA 126LA 236LA 2B70A 2OU0X 214LA 1CU0A 1L72A 3DNAA 4EPIA 1L41A 199LA 1L26A 1C62A 232LA 1I6SA 3CDTA 1KY0A 1L24A 1L28A 4I7KA 243LA 4I7LA 3G3WA 1CV0A 120LA 2RBPA 1L06A 1P36A 215LA 4I7TA 2Q9EA 2B6TA 4ARQA 1L18A 1CX6A 1K28A 2QB0B 4LZMA 1C6JA 1WTHA 258LA 241LA 229LA 247LA 1G06A 4AQNA 2O79A 3L64A 1L91A 4EKPA 127LA 1T8FA 242LA 3F9LA 1L83A 1QT4A 1LYGA 1C66A 1L66A 1LGXA 1LYHA 1C6QA 1QT5A 201LA 4I7PA 3NYAA 4LDOA 3V2WA 1D2WA 1L32A 1EPYA 249LA 2NTHA 255LA 3G3VA 3VW7A 2HUMA 6LZMA 3SBAA 1DYDA 4W51A 4W54A 1L73A 146LA 1LW9A 1P46A 228LA 2OU8A 1D3MA 3RZEA 103LA 3FA0A 3GUJA 3HTDA 1L50A 3SN6R 178LA 1C6GA 2F2QA 2F47A 2B73A 1LPYA 2B6YA 2QARC 1L74A 1C6TA 235LA 3DMVA 1ZURA 4ARJA 155LA 162LA 3DMXA 1LI6A 3C7YA 1LYDA 1OVKA 1LI3A 1P37A 1L0KA 246LA 2LZMA 3HU8A 2RAYX 4YXCA 111LA 3HT9A 147LA 3DN8A 1QT8A 3HUKA 102LA 222LA 176LA 4I7SA 2OU9A 1QTBA 1LGWA 3GUKA 2OEAX 151LA 1L92A 1D3NA 1JTMA 183LA 1SX2A 1KW5A 2OE4X 1L39A 254LA 4EJ4A 104LA 1C6CA 1L55A 237LA 3DMZA 4EXMA 1CUPA 216LA 113LA 161LA 1CV1A 3HTBA 2O4WA 1CTWA 1LYJA 2RBOA 2L78A 152LA 1DYGA 1L60A 221LA 3K2RA 3DN2A 1C6NA 1C6DA 150LA 182LA 4W58A 158LA 109LA 1OV5A 3QAKA 107LA 2B72A 1DYCA 1OVHA 1G1WA 1PQJA 227LA 1L70A 3C8QA 3HT8A 1L90A 1QUDA 1QT7A 3SBBC 149LA 197LA 1C6EA 2B75A 186LA 2OE9X 1L43A 130LA 5I14A 1L89A 2A4TA 2O7AA 1SSYA 2NTGA 1T8AA 3HH5A 2B6ZA 3GUNA 3HDFA 171LA 180LA 1PQDA 3GUMA 1CU2A 1L36A 1QTZA 3OE0A 1CV4A 1C61A 230LA 1L42A 1OVJA 1QS9A 220LA 1L35A 253LA 1L98A 240LA 3DN0A 1QT6A 163LA 3OE8A 4DKLA 244LA 169LA 3GUPA 1TLAA 4W56A 1L68A 1G0JA 1L44A 4YX7C 1SWYA 1CUQA 1G0LA 1L95A 3FADA 1OYUA 1P7SA 145LA 2RH1A 3HH3A 1L23A 2LC9A 225LA 1JQUA 143LA 1P3NA 1QS5A 196LA 2IGCA 175LA 125LA 1QT3A 3PDSA 1C67A 4W52A 1P56A 140LA 3SB5A 217LA 1DYBA 256LA 4DJHA 1L14A 141LA 261LA 3RUNA 4ARQB 2RBSA 1QTVA 2RBNA 1L84A 1D9WA 131LA 1DYFA 3EMLA 1LGUA 1QUGA 123LA 1DYAA 1L94A 188LA 3GUOA 1P6YA 1L07A 1L58A 4ARMA 1G07A 2RBQA 3DN3A 148LE 1C68A 4YXAC 1C6HA 1L05A 3V2YA 164LA 1L93A 1L29A 3HT6A 2ANVA 1T97A 4ARPA 138LA 3C80A 3D4SA 1L15A 1L34A 3SB9A 1CU6A 239LA 3SB6A 189LA 1D3FA 1C64A 259LA 1SWZA 1L19A 1SSWA 3CDVA 1OV7A 218LA 212LA 4PK0A 166LA 262LA 3HTFA 1D3JA 3NY9A 1L02A 2Z6BA 1L87A 4IAPA 4I7QA 3HU9A 1L01A 157LA 206LA 1QSQA 3HTGA 1QTDA 1NHBA 1L61A 1L20A 1L69A 1C6BA 1G0KA 129LA 3SB7A 205LA 2ANXA 211LA 144LA 3C81A 1L62A 1L49A 3NY8A 4S0WA 173LA 1L80A 1P2RA 1KNIA 170LA 1C6KA 3CDRA 2RB2X 4GBRB 1L57A 115LA 1LI2A 1ZYTA 1L77A 3HH6A 3C8SA 224LA 3DN6A 187LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RU5A 2FYCA 1CX7A 4NIJA 3C82A 1GE4A 2FBDA 1YAPA 1L96A 1L04A 3A67Y 4XJGA 1RJCB 3FI5A 3K3TA 1HFXA 4EKQA 1D9UA 1GDWA 1CV6A 3DKEX 1D2YA 181LA 4GLVA 1XGQC 2D4JA 4LDLA 5APFA 1H6MA 1LKSA 3P64A 3J6KA 234LA 5B06A 2LYMA 1JJ3A 1GB0A 1OUCA 4OO9A 1BB5A 1KY1A 1QTHA 1KS3A 4H1PA 1XFPL 1C6MA 5A3EA 1IOTA 4W59A 3IWRA 1GF7A 3A96A 5LZMA 1IWZA 5KXPA 4DD1A 1CJ7A 3TXHA 1G7JC 2HUKA 1OWYA 165LA 1GF3A 5LVHA 1L21A 3DN1A 3C7WA 1GAZA 1L46A 1JJ1A 2RAZX 4DQ7A 1D0MA 3HDEA 4OWAA 1LSBA 1GF9A 1L47A 4FDYA 1L37A 2F32A 3IJVA 1JEFA 3P65A 1C6IA 1IORA 3MGWA 1C6LA 4I7MA 159LA 168LA 2B7XA 3N9AA 3TXJA 4NG1A 3F6ZA 1G0MA 2H5ZA 2B74A 3N9EA 5F9UA 1NF5A 1REMA 2D6BA 4QY9A 3OE6A 4IJ4A 1I1ZA 5IDDA 226LA 198LA 1L13A 1UIEA 1DYEA 4ARMB 1OUFA 3PBLA 1LMCA 1L81A 1GF4A 2IFFY 4WG7A 2H9JA 245LA 4X3BA 1AKIA 1FN5A 231LA 4GN3A 1HEMA 1PQOA 1YAOA 2HULA 1GBWA 4UWNA 1L51A 4EPFA 1QTKA 3F8VA 4ARLA 1EQEA 1L08A 1LZEA 4C5FA 3HT7A 4Z98A 233LA 3WUNA 3LYOA 1JTTL 4Z3MA 1LSCA 1L26A 1KY0A 2W1YA 4I7KA 135LA 4ET8A 1CV0A 1O23A 6LYTA 2BQGA 2HEBA 3EBAB 4XENA 2QB0B 1WTHA 241LA 229LA 5II3A 1G06A 5M1YA 5D5CA 5JENB 133LA 1QDRA 3P68A 3ZVQA 1L66A 2YBIA 134LA 1NQIA 5KXZA 1D2WA 249LA 1P2CC 4YEMA 1IEEA 255LA 3G3VA 1LJHA 2HUMA 1QUTA 1WQNA 2BQEA 4W54A 146LA 228LA 4YF2A 1D3MA 1GXV2 1VDPA 1L50A 1C6GA 2B73A 1LZNA 1YKZX 1L74A 5LIOA 4IATA 5KXOA 4NGYA 4DDBA 3HBHA 1LYDA 2D4KA 5ILFA 1L0KA 2BQHA 3HU8A 5KXWA 111LA 2XBSA 4DD7A 3EXDA 222LA 176LA 4I0CA 2OU9A 1BHZA 1LGWA 2HEEA 4R0FA 151LA 1D3NA 1B7SA 1JTMA 1B7OA 1KW5A 254LA 1CUPA 4WLYA 2HU3A 3HTBA 1HSWA 2O4WA 1CTWA 1LYJA 2W1XA 1DYGA 1L60A 1F0WA 3DN2A 2DQHY 1GFJA 182LA 3IJUA 4W58A 109LA 1IP4A 1KXXA 107LA 2B72A 1YAQA 1JKAA 1PZYA 1GFVA 227LA 3SBBC 1OUAA 1B7NA 2OE9X 1L43A 130LA 5F81A 3LZ2A 4D9ZA 1KXWA 1OUGA 1DQJC 2A4TA 1SSYA 2NTGA 2DQFC 2W1LA 2YBHA 3GUNA 3HDFA 3E3DA 1JPOA 1FLWA 1H87A 1PQDA 1OUBA 4HTQA 4HV2A 5KJ9A 1UIDA 1OVJA 1DI4A 3B0OA 1B5UA 1L35A 1L98A 3DN0A 3ATOA 1QT6A 5T3FA 2Q0MX 163LA 3OE8A 4KT3A 4W56A 1L68A 3A6CY 1L44A 1G0LA 2Z2EA 3WL2A 1UIFA 2DQIY 3HH3A 4N0JA 4WM4A 143LA 1P3NA 1GB5A 196LA 2ZYPA 125LA 1GE1A 2C8OA 1JSEA 5LVIA 2EQLA 5LYMA 1DYBA 3CSZA 5KKJA 1QTVA 1LZAA 1LJ4A 1HENA 1ZVHL 4NGLA 2PC2A 1QUGA 123LA 188LA 1IX0A 4WLTA 3QNGA 1G07A 3TXEA 1C68A 4HJVA 1XGRC 4AXTA 5HLLA 1JSFA 4NGVA 1BVXA 1F10A 4CJ2A 3OK0A 3AB6A 3WXUA 3SB6A 1D3FA 1SWZA 3CDVA 4XJHA 1HMKA 3WU7A 262LA 4IAPA 1BVKC 2MEFA 4I7QA 4BAFA 1UICA 1QTDA 1G7MC 1L61A 3LYMA 1T6VL 1LZGA 3WULA 1LSYA 3T36A 3SB7A 4NHPA 4TWSA 1LHLA 2ANXA 5KKIA 144LA 4NFVA 1YKXX 4S0WA 5LINA 1C6KA 2HEFA 2ZILA 1L77A 224LA 1BB4A 1AT6A 187LA 139LA 1L88A 4EKSA 4J1AA 1DKJA 1L53A 4GCDA 4WM3A 3TXFA 1JUGA 1L85A 4LT3A 1P64A 3CDOA 3AW6A 190LA 1KXYA 2HEDA 4DQJA 1NBYC 2F4GA 1BWJA 1CKHA 1G0QA 1PQKA 2XQOA 1PQIA 1XJTA 1L12A 1CU5A 4XN6A 1L17A 3ATNA 1B5YA 1RI8B 4N9RA 1WQPA 3A3QA 1ZWNA 1TAYA 213LA 223LA 2BQNA 257LA 1L99A 4ETBA 4RDSA 9LYZA 1L22A 1L79A 1LMQA 4NGKA 184LA 1GFAA 1L86A 1LJJA 1GBSA 3C7ZA 1DI5A 2MEBA 1NDGC 4B0DA 1LZBA 1G0GA 1OWZA 4EKRA 185LA 167LA 1CKFA 1QSBA 2BQDA 1L03A 1UCOA 1GF5A 1GF6A 1L0JA 5E4PA 1LYIA 4GCCA 1HHLA 1C65A 1GEZA 238LA 1KIRC 3A3RX 3AGIA 4PJZA 4HSFA 3CT5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3RU5 A;  2FYC A;  1CX7 A;  4NIJ A;  3C82 A;  1GE4 A;  2FBD A;  1YAP A;  1L96 A;  1L04 A;  3A67 Y;  4XJG A;  1RJC B;  3FI5 A;  3K3T A;  1HFX A;  4EKQ A;  1D9U A;  1GDW A;  1CV6 A;  3DKE X;  1D2Y A;  181L A;  4GLV A;  1XGQ C;  2D4J A;  4LDL A;  5APF A;  1H6M A;  1LKS A;  3P64 A;  3J6K A;  234L A;  5B06 A;  2LYM A;  1JJ3 A;  1GB0 A;  1OUC A;  4OO9 A;  1BB5 A;  1KY1 A;  1QTH A;  1KS3 A;  4H1P A;  1XFP L;  1C6M A;  5A3E A;  1IOT A;  4W59 A;  3IWR A;  1GF7 A;  3A96 A;  5LZM A;  1IWZ A;  5KXP A;  4DD1 A;  1CJ7 A;  3TXH A;  1G7J C;  2HUK A;  1OWY A;  165L A;  1GF3 A;  5LVH A;  1L21 A;  3DN1 A;  3C7W A;  1GAZ A;  1L46 A;  1JJ1 A;  2RAZ X;  4DQ7 A;  1D0M A;  3HDE A;  4OWA A;  1LSB A;  1GF9 A;  1L47 A;  4FDY A;  1L37 A;  2F32 A;  3IJV A;  1JEF A;  3P65 A;  1C6I A;  1IOR A;  3MGW A;  1C6L A;  4I7M A;  159L A;  168L A;  2B7X A;  3N9A A;  3TXJ A;  4NG1 A;  3F6Z A;  1G0M A;  2H5Z A;  2B74 A;  3N9E A;  5F9U A;  1NF5 A;  1REM A;  2D6B A;  4QY9 A;  3OE6 A;  4IJ4 A;  1I1Z A;  5IDD A;  226L A;  198L A;  1L13 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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