213LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNAQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 213lA00
182LA 1L81A 155LA 3PBLA 1PQJA 3DN1A 1L14A 3C82A 2RBNA 144LA 221LA 3C8RA 3SBAA 3VW7A 1C6GA 1KNIA 238LA 169LA 1T8GA 1L24A 1L90A 4I7PA 1QT5A 1CV0A 242LA 1TLAA 252LA 1L26A 174LA 1L87A 173LA 1L05A 1C63A 4I7OA 102LA 151LA 256LA 1L57A 1L27A 1L74A 1L68A 162LA 245LA 1D3FA 1L20A 3D4SA 3HWLA 1L17A 113LA 1SX2A 123LA 4W55A 1DYAA 1L06A 1C67A 1C6CA 1EPYA 1DYEA 1L13A 2RAZX 1C6PA 3HTFA 228LA 4W53A 1B6IA 1L18A 7LZMA 165LA 1ZWNA 209LA 244LA 4DJHA 218LA 1C6DA 219LA 3UONA 1L69A 1LYIA 1L23A 129LA 191LA 1L22A 1T6HA 3HDEA 160LA 3HDFA 2ANVA 1LYGA 2B72A 1CV5A 1L02A 239LA 1K28A 1LGUA 145LA 4W56A 215LA 1LWKA 262LA 4EKPA 1C6LA 4W59A 1T8AA 1SX7A 3FI5A 4DKLA 3HUQA 4I7JA 2LZMA 2LCBA 3G3WA 1CV6A 198LA 1P37A 1L53A 2B6TA 1QTDA 4LZMA 3CDRA 248LA 3G3XA 142LA 1LGWA 187LA 4GRVA 4EPFA 1LPYA 1L77A 1QTVA 4ARMB 230LA 4YXAC 255LA 3HT9A 4W52A 1C6BA 109LA 1ZURA 1L89A 1L95A 1L80A 1C61A 1G07A 4EKRA 1L47A 1L84A 1QSQA 1QS9A 1L70A 103LA 4LDEA 3DN3A 240LA 3DN4A 186LA 1L94A 1D2WA 1QT8A 3NY8A 216LA 1WTHA 2RB2X 227LA 4ZPUA 1LI3A 158LA 2A4TA 147LA 4PK0A 1L34A 217LA 3DN6A 148LE 3HUKA 2RB0X 1SSYA 1L88A 2NTHA 1C60A 241LA 108LA 2RBPA 1QUHA 171LA 1QTBA 4ARPA 2OE9X 3C83A 1L97A 164LA 188LA 3HU9A 3DN8A 1L42A 3SBBC 1PQMA 2B74A 199LA 1KW5A 3HU8A 1CU2A 4PJZA 175LA 4ARQA 1SSWA 1XJTA 120LA 259LA 1LYJA 4ARJA 1I6SA 1L83A 1OV7A 225LA 2B7XA 200LA 1LW9A 1L07A 3HH3A 3GUPA 1L59A 1SWYA 2Z6BA 1QTHA 4W58A 1CU6A 3C81A 4EKQA 1T97A 4ARQB 1L16A 4I7QA 125LA 1QSBA 1L71A 137LA 1QUDA 4I7TA 1L79A 167LA 1L60A 1DYFA 2QB0B 3K2RA 2RBQA 1C6NA 163LA 141LA 1G0QA 1L31A 246LA 2HUKA 1G1WA 1L99A 2OE4X 2L78A 3HTBA 122LA 192LA 1JQUA 1L00A 1C6FA 1C65A 3L2XA 234LA 1C62A 3NYAA 1G0KA 3SN6R 1L15A 3GUIA 3GUMA 1L0JA 1DYGA 3RUNA 159LA 1DYBA 1L82A 1C6HA 2RH1A 4I7KA 1C6AA 3GUJA 1JTMA 177LA 176LA 2OU9A 3C7ZA 226LA 1OVKA 1XEPA 2Q9EA 4I7NA 3OE6A 1L10A 1PQOA 1L50A 214LA 1L43A 4ARMA 118LA 1L01A 190LA 3CDVA 143LA 1XJUA 3C7YA 4LDLA 1G0JA 1QT4A 1OVHA 4EPIA 1QTCA 3OE9A 130LA 3F9LA 4EXMA 197LA 1CV1A 1L0KA 236LA 3HUAA 1L62A 1CU5A 1L39A 3GUNA 1L46A 1QT7A 5I14A 1L54A 2B73A 2RB1X 3JR6A 1L98A 4W51A 1L21A 237LA 1L08A 4YXCA 3RZEA 3SB7A 1L56A 2QARC 1LGXA 183LA 4E97A 1L64A 4I7RA 1C6KA 1L37A 1LYHA 1C6QA 1LI2A 247LA 1D9WA 1LI6A 1L45A 1LWGA 3V2WA 2OE7X 1JTNA 1L35A 1L92A 178LA 1OWZA 3FA0A 1D3MA 2LC9A 232LA 150LA 260LA 114LA 3DKEX 1CVKA 1L66A 4W57A 3C7WA 3CDQA 1CV3A 3SB5A 1QT6A 251LA 2F47A 1LLHA 3DMXA 1CX6A 249LA 3CDOA 2RAYX 115LA 138LA 1L63A 2B6XA 140LA 4EKSA 1P64A 127LA 1L11A 3V2YA 261LA 1C6TA 3G3VA 4IAPA 2RBOA 3GUKA 3HH4A 1L96A 250LA 156LA 201LA 1DYCA 2F2QA 104LA 1G0PA 195LA 1L73A 170LA 3HTGA 146LA 229LA 235LA 2B70A 2Q9DA 2B75A 231LA 3DNAA 1QUGA 1L51A 1L09A 224LA 1C6JA 1P6YA 2RBSA 3C8SA 1PQKA 3NY9A 1OVJA 1KY1A 3HT7A 1L30A 1KY0A 149LA 3DMZA 1CU0A 233LA 2IGCA 4LDOA 3SB6A 139LA 1L61A 211LA 2RBRA 3OE0A 1OWYA 1L49A 185LA 2F32A 3HT6A 1OYUA 2OU0X 1L76A 1L29A 1QT3A 1QUOA 205LA 1L41A 3DN0A 1P46A 1CV4A 1L75A 3SB8A 111LA 3DN2A 1CU3A 3C8QA 1T8FA 4ARLA 1NHBA 2CUUA 243LA 220LA 222LA 2B6ZA 180LA 1L67A 1DYDA 253LA 3PDSA 1QTZA 2HULA 1D3NA 3HT8A 4EJ4A 1L85A 1CTWA 1P5CA 1L44A 213LA 2O7AA 3HH6A 1C6MA 1G0GA 1L52A 1LYEA 1L12A 1OV5A 1KW7A 1L93A 1L48A 6LZMA 1LYFA 166LA 1L40A 4I7SA 1KS3A 2O4WA 3FADA 184LA 168LA 1CX7A 1C66A 1C6EA 1L04A 172LA 2NTGA 1P56A 3HH5A 254LA 1C6IA 4DAJA 152LA 1G0LA 223LA 3GULA 3LZMA 128LA 3L64A 1C64A 1PQDA 1D3JA 2OTYX 1G1VA 157LA 1L72A 1P3NA 3C80A 2HUMA 4W54A 1G06A 4AQNA 2B6YA 1L86A 1PQIA 1SWZA 189LA 2OEAX 3F8VA 1L19A 4S0WA 1L28A 1QS5A 1L38A 1CUQA 3OE8A 257LA 1D2YA 4YX7C 3EMLA 1C68A 1LYDA 1L58A 206LA 1C69A 1L32A 1CUPA 1L55A 2O79A 3HTDA 2ANXA 1L33A 4OO9A 126LA 1P7SA 4I7LA 1G0MA 210LA 181LA 212LA 3DMVA 3QAKA 258LA 196LA 2B6WA 4I7MA 3GUOA 112LA 1P36A 1L65A 119LA 4GBRB 1ZYTA 5LZMA 3ODUA 1L03A 2OU8A 110LA 107LA 1L25A 161LA 3SB9A 131LA 1L91A 1P2LA 3CDTA 2OTZX 4K5YA 1L36A 1P2RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
182LA 4HP0A 1L14A 4DD2A 3SBAA 1D9UA 1C6GA 3AZ6A 5HQ1A 169LA 5IHGA 1L24A 1QT5A 1B7MA 2NWDX 3W3EA 174LA 3CT5A 4I7OA 1C63A 1TEWA 5DLAA 3BKHA 2BPUA 1L74A 4DD7A 2W1YA 1UUZC 1GE1A 2HTXA 5APCA 113LA 123LA 1DYAA 4WM4A 1C67A 1DYEA 1N4FA 1BQLY 3AZ4A 7LZMA 4NHPA 5FSTA 4IJ4A 4DJHA 2HEAA 3HBEX 1C6DA 191LA 4YM8A 3HDFA 1CV5A 1GBZA 1JISA 4QEQA 4MSTA 4R6CA 4W56A 4EKPA 1DPWA 1GB2A 4B4IA 1SX7A 4WO9A 4WM2A 1KXYA 4PRUA 1GFVA 3LYOA 3GXRA 3G3WA 198LA 1P2CC 142LA 1LGWA 2YVBA 4BS7A 154LA 1L77A 1H87A 5HLLA 1YKXX 2CGIA 109LA 1HC0A 1ZURA 3CSRA 3IWRA 4GCFA 1C43A 4NG1A 3RW8A 5B05A 3DN3A 240LA 3TXJA 1D2WA 2RB2X 4HTNA 1WQOA 1FLYA 148LE 1UIFA 4NG8A 1JJ0A 1SSYA 171LA 4ARPA 3N9AA 1CNSA 3DN8A 3SBBC 2B74A 1WVVA 2AUBA 3W6BA 3WMKA 1LZTA 175LA 1C46A 1XJTA 1LYJA 4ARJA 1L83A 225LA 1LW9A 3HH3A 3GUPA 1GF3A 1SWYA 1QTHA 4QY9A 2EQLA 3C81A 3LZ2A 3A34A 2BLYA 3P68A 1REMA 1G7HC 1IEEA 137LA 1L71A 3SP3A 2X0AA 2BQLA 2DQAA 2QB0B 3K2RA 2RBQA 1LZAA 4ANRA 1D6QA 1JKCA 1L31A 2HUKA 1G1WA 1DKKA 1BWJA 1L99A 3L2XA 2DQIY 5B07A 1IWZA 3ZVQA 1C6AA 177LA 1JTMA 1XFPL 176LA 4OOTA 2OU9A 5E4PA 4G4HA 4UWVA 3LZTA 4ET8A 1NDMC 2BQJA 1OVKA 2Q9EA 3OE6A 1YKZX 1L10A 214LA 3FI7A 4DC4A 190LA 1ZMYL 3C7YA 4EPIA 1OVHA 1QTCA 5IELA 3F9LA 4EXMA 2WARA 1LSZA 3P65A 3LYZA 4RLNA 4DD9A 1L62A 1E8LA 1QT7A 4N1EI 1JUGA 1L54A 2B73A 1L98A 4W51A 237LA 1L08A 1GB5A 1GBXA 1LGXA 183LA 4E97A 5L3IA 4I7RA 1LYHA 1LSDA 1C6QA 2YBNA 4B1AA 1YIKA 1HEPA 2OE7X 4WMGA 2Z38A 1BB4A 1QIOA 2LC9A 3TXBA 150LA 3BKVA 1LJHA 1UCOA 2ZIJA 1JHLA 3DKEX 4WLTA 2YBMA 1CVKA 1QSWA 1L66A 4W57A 3CDQA 1GB8A 1CV3A 2F47A 4TSBA 1LLHA 5A3ZA 3CDOA 4XADA 127LA 2D6BA 5F81A 261LA 3G3VA 2HEFA 2C8PA 1L96A 156LA 2FBDA 2F2QA 1G7LC 1A4VA 1NBZC 3HTGA 2Q9DA 1QUGA 3WUMA 1L51A 3W6EA 3N9CA 1GDXA 1L09A 224LA 3CQLA 2XTHA 1C6JA 1P6YA 1LSCA 1PQKA 3NY9A 1LMNA 3HT7A 2HU1A 149LA 3DMZA 2VB1A 1CU0A 4HSFA 1LHIA 2Z12A 3SB6A 1F10A 4EMNA 1YROA 1OWYA 3ZEKA 1L49A 185LA 3HT6A 1IP5A 2Y8PA 1QSAA 1L76A 4HPEA 1WQNA 2PC2A 1UBZA 4DD0A 4AGAA 205LA 1P46A 3AW7A 1LZRA 4J0LA 4KL7A 1CV4A 1JKAA 111LA 1WTNA 2G4QA 243LA 220LA 2B6ZA 5KXZA 180LA 1L67A 1W6ZA 5DL9A 2FBBA 5ILCA 5C6JA 2YBJA 1UA6Y 3HT8A 4CFPA 4XJIA 1CTWA 3VWOA 1NF5A 3HH6A 3WPJA 5M1YA 2Z39A 4NGIA 1LYEA 1OV5A 5B1GA 1B5UA 1LZCA 6LZMA 2LZ2A 1XGTC 3KAMA 1L04A 2HEEA 4NWHA 4NGKA 3T6UA 3GULA 3L64A 1TBYA 1PQDA 2ZILA 1J1OY 5AMYA 2GV0A 3J6KA 1LSAA 189LA 4WO6A 4S0WA 1UIAA 4H90A 1IP7A 1CUQA 4UWNA 1DKJA 3EMLA 1C68A 1LYDA 1L32A 1RE2A 1QQYA 1GF4A 1JSFA 126LA 1XSFA 5II3A 1UICA 1G0MA 210LA 4I7LA 3K3TA 258LA 4GN5C 112LA 208LA 3A93A 1B5YA 1GFKA 2D4IA 2BQAA 1B7LA 3AZ7A 2OU8A 5HNCA 4J1BA 1OUJA 3SB9A 131LA 3N9EA 4GLVA 2OTZX 4O34A 4ZIXA 1G7JC 4NSIA 1TDYA 3B0KA 1LMQA 221LA 2YBHA 1HEQA 3VW7A 8LYZA 238LA 4NSGA 1CV0A 3TXEA 1INUA 1L87A 102LA 3AW6A 151LA 1JKDA 4BAFA 1L57A 1TAYA 3TXGA 1D3FA 3HWLA 4XYYA 1RI8B 5LVJA 4NSHA 1OUHA 4W55A 5KKIA 1L06A 1FKVA 3HTFA 1C6PA 3AGHA 4W53A 1L18A 1ZVHL 1LSEA 165LA 1ZWNA 2W1XA 1IR9A 1B7RA 1L23A 1KXXA 1L22A 1IO5A 4LT3A 239LA 1K28A 3F6ZA 1LGUA 3D3DA 262LA 3AB6A 4H8ZA 4DQ5A 3ATOA 4DKLA 4I7JA 2LZMA 1XGRC 1YILA 4XN6A 4CJ2A 1IOQA 1CV6A 3A67Y 2B6TA 4LZMA 3CDRA 3D9AC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 182L A;  4HP0 A;  1L14 A;  4DD2 A;  3SBA A;  1D9U A;  1C6G A;  3AZ6 A;  5HQ1 A;  169L A;  5IHG A;  1L24 A;  1QT5 A;  1B7M A;  2NWD X;  3W3E A;  174L A;  3CT5 A;  4I7O A;  1C63 A;  1TEW A;  5DLA A;  3BKH A;  2BPU A;  1L74 A;  4DD7 A;  2W1Y A;  1UUZ C;  1GE1 A;  2HTX A;  5APC A;  113L A;  123L A;  1DYA A;  4WM4 A;  1C67 A;  1DYE A;  1N4F A;  1BQL Y;  3AZ4 A;  7LZM A;  4NHP A;  5FST A;  4IJ4 A;  4DJH A;  2HEA A;  3HBE X;  1C6D A;  191L A;  4YM8 A;  3HDF A;  1CV5 A;  1GBZ A;  1JIS A;  4QEQ A;  4MST A;  4R6C A;  4W56 A;  4EKP A;  1DPW A;  1GB2 A;  4B4I A;  1SX7 A;  4WO9 A;  4WM2 A;  1KXY A;  4PRU A;  1GFV A;  3LYO A;  3GXR A;  3G3W A;  198L A;  1P2C C;  142L A;  1LGW A;  2YVB A;  4BS7 A;  154L A;  1L77 A;  1H87 A;  5HLL A;  1YKX X;  2CGI A;  109L A;  1HC0 A;  1ZUR A;  3CSR A;  3IWR A;  4GCF A;  1C43 A;  4NG1 A;  3RW8 A;  5B05 A;  3DN3 A;  240L A;  3TXJ A;  1D2W A;  2RB2 X;  4HTN A;  1WQO A;  1FLY A;  148L E;  1UIF A;  4NG8 A;  1JJ0 A;  1SSY A;  171L A;  4ARP A;  3N9A A;  1CNS A;  3DN8 A;  3SBB C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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