1GB0A

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KLFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Role of surface hydrophobic residues in the conformational stability of human lysozyme at three different positions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 53
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gb0A00
1GF8A 1LZ4A 1LSDA 2A7FA 3TMWA 1C43A 1GFKA 5FELA 4PRUA 3K3TA 1IOQA 4GCFA 1XGPC 2HECA 1N4FA 1GB7A 4TX7A 1GBSA 1GF4A 4NEBA 3P64A 1HC0A 4WM2A 1B7MA 4NHQA 5M1YA 4NGIA 2I6ZA 4HV2A 4OW1A 4QGZA 4H93A 3KAMA 3FE0A 1HEMA 3LYTA 1LPIA 4H8YA 3N9EA 4XYYA 2DKVA 5I53A 1GBWA 4YF2A 1I1ZA 1UA6Y 2DQAA 4WM5A 4DC4A 5F14A 1GB9A 2ZYPA 4GN5C 1YQVY 4TSBA 1LMTA 4TTDA 1KXXA 4YENA 5C6LA 4NGYA 4WMGA 2CGIA 1IWYA 1FN5A 2F30A 4H9AA 4MR1A 3TMUA 3WW6A 2BQKA 4WM1A 4C5FA 1LSGA 3G3BB 5J7CA 1GBZA 134LA 1LSCA 1NQIA 1T3PA 1UCOA 2BQLA 3A3QA 4HJVA 4P2EA 4PJ2C 5E9RA 3WVXA 5KXTA 3P66A 2D4JA 1IP3A 4WM4A 1ZV5L 4H91A 5F9UA 3P65A 2H9KA 1LJFA 6LYZA 4NSJA 1IWWA 1RJCB 1AM7A 1XSFA 2BPUA 1GE2A 4H9EA 1F6SA 2XBRA 4G4BA 1LSZA 4YEMA 2D4KA 5KXKA 1J1XY 1IOTA 1GF6A 1BVXA 1LKSA 3QE8A 5KKIA 4WOAA 1LJ4A 5I4YA 1GDWA 1DI4A 4H9BA 2BLXA 1LSNA 2BQFA 1GHLA 3N9AA 4NSIA 1CKFA 4OWBA 4WG7A 1HNLA 5LYZA 1AT5A 3AJNA 1C08C 3ATNA 5HLLA 3D3DA 4GN4A 2C8OA 1LSYA 2A7DA 1LSBA 1YAOA 3WXUA 5I5QA 3EXDA 1LMNA 1LZNA 1W6ZA 1YKYX 9LYZA 135LA 1KIPC 2DQCY 1REXA 2NWDX 3N9CA 5A3ZA 4WL7A 1IEEA 1J1PY 2D6BA 1GFRA 1HHLA 2HEDA 1JWRA 1VATA 3A95A 2Y8PA 4NGVA 3W6EA 4G9SA 3P4ZA 3TXBA 1IC4Y 4WO6A 1TCYA 5HMJA 4B49A 4LT3A 1D0KA 3LZ2A 1NDMC 3IJUA 2ZNWY 1OUDA 1QDTA 4DD0A 2YSSC 1YKXX 3EO5A 1DPWA 1LZBA 1YAPA 1UACY 2XTHA 1YL0X 4X3BA 1REYA 1YKZX 5IELA 3M18B 2MEFA 1OUIA 1G7MC 1XGUC 4DD2A 4W94A 1WVUA 2MEIA 1WQRA 1UC0A 3W6CA 1LZYA 4II8A 4I8SA 1LJEA 2HEFA 3GXRA 1G7IC 5LIOA 5KKJA 2EQLA 1HEWA 1I20A 5KXYA 1D6PA 2DQHY 5APEA 4ML7A 1A2YC 1IR8A 3CSZA 1XGQC 1FKQA 4CFOA 1HFXA 2DBTA 2F2NA 2MEGA 1HFZA 4H8ZA 1HSWA 2BQIA 6LYTA 1GAZA 1HF4A 1JISA 3HBDA 1FLUA 1BWJA 3WH1A 4B1AA 1GXV2 2D4IA 2W1XA 1D6QA 4NGWA 4XJFA 4D9ZA 5APCA 1JKDA 4LYOA 4DDBA 4RW2A 3A91A 2Z37A 2ZIKA 1GFVA 2HU1A 2HEEA 5APFA 5F81A 1JKCA 1IIZA 1JPOA 4KPMA 1LZDA 1G7LC 4KL7A 4LYMA 4LYBA 1G7JC 1GBYA 2BQCA 1FDLY 5JENB 1DZBX 4XJHA 1AKIA 5A3EA 3F6ZA 5HQ1A 2MEDA 4LFPA 1IX0A 5L3HA 2Q0MX 1ZVYB 1TDYA 4LT1A 1FBIX 4WO9A 1LMCA 5KXWA 1GB5A 1B7SA 2C8PA 1LSAA 3ZEKA 1IP4A 207LA 4IATA 5DN5A 3WPLA 1GDXA 1CJ6A 3CSQA 4J7VA 1GF5A 1LMPA 1TEWA 3AZ7A 5I4WA 4N0JA 1LZTA 1ALCA 4H1PA 1WTNA 4ETAA 133LA 1XEIA 2YDGA 4GCBA 1CNSA 1IO5A 3VWOA 5IHGA 4R6CA 1REZA 2LZ2A 5AMYA 3SP3A 1IOSA 2LYZA 1GFTA 3TXEA 2D91A 1REMA 4OWEA 3WU9A 1UIDA 4ANRA 3W6FA 5KXLA 154LA 4RW1A 2VB1A 4H92A 4LYZA 4L41A 2BAAA 1OUAA 1BB6A 1IR7A 4AGAA 1IP6A 1WQMA 1B5WA 2Z39A 2WARA 4BAFA 153LA 4WG1A 3D9AC 1BHZA 2IFFY 5KXPA 1JTOL 1LHKA 4WLYA 3TXFA 3WYHA 194LA 1IWVA 1LSPA 2BQAA 1UICA 1IY4A 1E8LA 4DYGA 4H9FA 4H90A 2Z2EA 3TXKA 1HEQA 1HSXA 1IC5Y 3LYZA 1GEZA 1GF3A 1B7NA 4NY5A 3AZ5A 2ZWBA 3LHMA 3TXJA 4XJDA 1CJ8A 5FEKA 2DQJY 1AZFA 1IP7A 2ZQ4A 4GCCA 2MEAA 5DLAA 1HEPA 4NHIA 4Z46A 1GB8A 5L3IA 1IWTA 2I25L 3G3AB 1QSWA 4PRQA 1JTTL 5DM9A 5FDJA 1LHIA 5C6IA 1GBXA 4O34A 3M3UA 4CFPA 2EKSC 1RCMA 1CKCA 2YBJA 3AGHA 3W3EA 1GFJA 1NF5A 4GCDA 1TBYA 2N5ZA 3T6UA 1JITA 2BQEA 1LMOA 4ET8A 1CKHA 3B0IA 1YROA 2CWIA 1BQLY 1BB5A 1EQEA 1FLWA 4OOTA 1LJKA 3RT5X 1NBYC 4RLNA 3WVYA 2GV0A 1LSMA 1V7SA 2G4NA 4G4HA 1YIKA 2HTXA 3WUMA 5HNLA 4BADA 4QY9A 5II3A 193LA 1CKDA 1BB3A 2EIZC 4Z98A 3AZ6A 4AXTA 3TXGA 3A8ZA 1WVVA 2G4QA 3HFMY 1F6RA 1JTPL 3BKVA 3QNGA 2ZYCA 4C3WA 2BQJA 4H8XA 5LVHA 2H9JA 1B5ZA 2FYDA 4NG8A 4PPOA 1JJ1A 1FKVA 3LZTA 4NGJA 4DT3A 2XBSA 4XADA 3WU7A 5B59A 4NSHA 1SQ2L 4DD9A 2B5ZA 5B05A 4H9CA 4EOFA 2HU3A 3A93A 4UWVA 4ETBA 3OK0A 5LXWA 3RZ4A 1DKKA 1LHMA 1W08A 3A96A 1LCNA 1DQJC 2BQDA 2LZTA 1LKRA 4QDNA 1IY3A 4WM6A 4J0LA 1YANA 4LYTA 5KXMA 1NMMA 4RDSA 1J1OY 1F10A 5B1FA 1F0WA 4B4IA 4DD3A 4DWXA 5APDA 2W1LA 1LAAA 2Z19A 4XJIA 2BQBA 4DDAA 1LZ1A 1V7TA 1QSAA 1XGRC 1LYSA 3ZVQB 5KXNA 1EQ4A 5DN4A 2W1YA 1LZ5A 1LZEA 1WQOA 1GPQC 4HPEA 1NHEA 4N1EI 1MELL 1NWGA 3A94A 8LYZA 5KXRA 1UUZC 4NHSA 4NHTA 1GAYA 1JHLA 1LZ8A 5EBHA 1HEOA 1IWXA 1MLCE 1GFEA 1GE0A 4NGZA 1IR9A 1CJ7A 3RU5A 4R0FA 1NKHA 4GLVA 1JKAA 1GFAA 3AB6A 5KXSA 1LJ3A 4NGOA 1HFYA 1LYYA 2W1MA 1GB0A 4NFVA 4FDYA 2YVBA 3WULA 4NGKA 1B5XA 5DL9A 1QDRA 4N8ZA 4N5RA 5FHWA 1WQPA 3CT0A 1LSEA 1VDTA 4M6DA 1OQMA 1OUJA 4M4OA 1EL1A 4DDCA 1KIRC 1JSEA 132LA 1ZVHL 3A92A 1LZCA 1D0MA 1HENA 1LJJA 5LVGA 3WL2A 1AT6A 2HUBA 1BVKC 1Z55A 1IWZA 1VEDA 1GE4A 3RW8A 4Z41A 4J1AA 1QIOA 1SLYA 4FJRA 5B07A 3TXIA 1BWIA 4KT3A 5LVJA 1IOCA 2Z12A 4UWUA 1JIYA 1C7PA 1VDPA 1QUSA 1GFHA 2YBIA 5LAGA 4ETDA 1B5VA 2DQGY 4OWAA 4NG1A 1QTEA 3AYQA 1G7HC 4GCEA 4HSFA 3TXHA 3EMSA 4J1BA 1LHJA 4MSTA 4ZFPA 1GE3A 1LJGA 2HEBA 1VDQA 3HBHA 3CQLA 1LHLA 2ZILA 1UIGA 1OP9B 3T36A 1IP1A 2H5ZA 5D5CA 5IDDA 1UIAA 5C6JA 1QTKA 1GB6A 4H9HA 3BKHA 4MCKA 1GB3A 1IP2A 1T6VL 5KXZA 2DQDY 1I56A 2ZIJA 1GB2A 3MGWA 4HJYA 3B6LA 1LJHA 2F4AA 2YBNA 1YAQA 1WQNA 4PHIA 4CJ2A 5HMVA 1VFBC 1IC7Y 4NWHA 1IWUA 1LHHA 3HBEX 4H94A 2YBMA 1B5UA 4IASA 3WPKA 4YM8A 2MECA 3WUAA 3CSRA 1UIFA 1GF7A 1C46A 1YILA 1YL1X 3OJPA 4ZIXA 1D0LA 3ATOA 5FSTA 1OUBA 1DKJA 3LYMA 1FLQA 1B7LA 4G49A 3A67Y 4HP0A 4HTNA 1P2CC 2FYCA 2BQGA 1KXWA 4HV1A 1GFUA 1FLYA 4NSGA 2BQOA 3AGGG 4EMNA 1KIQC 1JUGA 4OWCA 3TXDA 3WUNA 1QUTA 3A34A 2RSCA 2HEAA 4IJ4A 3W6BA 3B72A 3P68A 1BWHA 3CT5A 4B4EA 4LGKA 2BLYA 1LZGA 2CJLA 3TMXA 1B7OA 2LYOA 1LOZA 4NHPA 3FI7A 3WW5A 5KXXA 3IJVA 5F16A 1HMKA 5HNCA 1JKBA 1XEJA 5E4PA 4NWEA 2LYMA 4WLDA 4XENA 1H87A 1LZAA 4WL6A 3WMKA 4LZTA 1UBZA 2IHLA 1OUGA 3W6DA 4HJZA 1LYZA 2PC2A 3ULRA 5K7OA 2DQEY 4LFXA 4DD1A 4OWHA 4XJBA 1BGIA 1BB7A 1JJ3A 5L9JA 4H9IA 7LYZA 1A4VA 1O23A 3AW7A 3QY4A 3J6KA 4LT2A 1HMLA 5LA5A 208LA 1JJ0A 2YBHA 5F9XA 4TWSA 2Z38A 1TAYA 3A6BY 3B0OA 1OUEA 1GFGA 4NGLA 2LHMA 5LYTA 1DI5A 1OUCA 2Z2FA 5LVKA 1JEFA 2BQNA 4QEQA 1RE2A 3B0KA 4WLTA 5T3FA 1YAMA 2G4PA 4OOOA 2Z18A 1D9UA 4UWNA 5KXOA 1OUHA 1GEVA 2XJWA 1BB4A 3A6CY 4WM3A 1LJIA 4YEOA 5LA8A 4HPIA 4NIJA 2CDSA 1B7PA 1CJ9A 1WQQA 1B5YA 1VDSA 1RFPA 1C45A 1XEKA 4RLMA 3LN2A 4ZEEA 3ZVQA 1LMQA 5D5FA 2DQIY 1LMAA 3CT1A 4DD7A 1JSFA 2ZQ3A 5KJ9A 4XJGA 1INUA 4PGJB 1B7RA 2ZNXY 2MEEA 1NBZC 4A7DA 3AZ4A 3WXTA 3IWRA 1PZYA 4LYCA 4KXIA 5LYMA 4WLXA 1GF0A 1XGTC 3WU8A 4CGEA 4B0DA 1DI3A 1LJNA 3AW6A 1DPXA 1LZRA 5I54A 2YBLA 1PS5A 2I26L 4YOPA 1IORA 1LYOA 1IP5A 1B2KA 4I0CA 1HERA 1OUFA 4GN3A 3EBAB 3GXKA 3TMVA 1GE1A 4TUNA 4HTKA 1QQYA 1NDGC 5FCPA 5B06A 1VAUA 1XFPL 1ZMYL 3LYOA 4N1CC 1GBOA 2DQFC 4U3XB 4BAPA 4GLAA 1CKGA 1GF9A 2X0AA 5ILFA 1H6MA 4ETCA 1C10A 5LAFA 4XN6A 1KXYA 1EQ5A 1LSFA 2FBBA 5B1GA 4G4CA 5LINA 4E3UA 2MEHA 1B0DA 2F4GA 1UIBA 1WTMA 1LZSA 1LZ9A 2EPEA 1RI8B 2AUBA 2FBDA 3A3RX 3WPJA 1DXJA 4B4JA 1IVMA 4ET9A 1HELA 3CB7A 4N9RA 1B7QA 1UIHA 3AGIA 1LZ6A 4BS7A 1GXXA 4Z3MA 3E3DA 5KY1A 2BQMA 5LVIA 4HTQA 2BQHA 1UIEA 2MEBA 4CHXA 4TSCA 4ETEA 4LT0A 5ILCA 4W96A 5I4XA 1LTMA 1GWDA 3RNXA 1B9OA 1GD6A 3W6AA 3A90A 3J4GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
247LA 3K3TA 4GCFA 217LA 1GB7A 1C66A 1LYJA 1HC0A 4WM2A 4QGZA 4H93A 3KAMA 3FE0A 1LWKA 1CU0A 4H8YA 3N9EA 4XYYA 3FADA 4YF2A 137LA 1LYEA 1IWYA 3TMUA 1LSGA 1GBZA 134LA 1T3PA 1NQIA 243LA 102LA 4WM4A 4H91A 2H9KA 6LYZA 3SBAA 1IWWA 1AM7A 1CV4A 1GE2A 146LA 2RAYX 2XBRA 1J1XY 1GF6A 1BVXA 2HUMA 2RBOA 5KKIA 1L12A 4WOAA 189LA 4WG7A 5LYZA 4NSIA 1LW9A 4OWBA 1AT5A 1L84A 1QT5A 5HLLA 3WXUA 5I5QA 1LMNA 2Z6BA 3HTDA 110LA 1CV5A 1W6ZA 135LA 2NWDX 1IEEA 1QTBA 1VATA 1L55A 1L34A 2Y8PA 3W6EA 2B6XA 1NDMC 1P2LA 1KNIA 1DPWA 1P46A 1YAPA 4LDEA 5IELA 4DD2A 1L28A 1KY0A 254LA 4I8SA 5LIOA 1G7IC 1I20A 3F8VA 216LA 1L27A 3CSZA 1XGQC 2DBTA 2MEGA 195LA 1GAZA 3HBDA 1D6QA 3GUNA 255LA 4XJFA 4D9ZA 5APCA 1JKDA 4DDBA 120LA 2HU1A 4ARMB 1CV3A 1GBYA 236LA 2BQCA 5HQ1A 3F6ZA 5L3HA 4ARLA 4LT1A 1FBIX 5KXWA 2C8PA 1T8FA 3ZEKA 3CSQA 260LA 1TEWA 1L82A 1L57A 1XEIA 232LA 2YDGA 4GCBA 3VWOA 5IHGA 4R6CA 234LA 1XEPA 2LZ2A 5AMYA 3SP3A 1IOSA 1REMA 4ARPA 1QTZA 4H92A 1OUAA 1BB6A 1LGUA 150LA 1LHKA 4WLYA 3HH4A 1OV7A 1UICA 131LA 156LA 4H9FA 1GEZA 1GF3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GF8 A;  1LZ4 A;  1LSD A;  2A7F A;  3TMW A;  1C43 A;  1GFK A;  5FEL A;  4PRU A;  3K3T A;  1IOQ A;  4GCF A;  1XGP C;  2HEC A;  1N4F A;  1GB7 A;  4TX7 A;  1GBS A;  1GF4 A;  4NEB A;  3P64 A;  1HC0 A;  4WM2 A;  1B7M A;  4NHQ A;  5M1Y A;  4NGI A;  2I6Z A;  4HV2 A;  4OW1 A;  4QGZ A;  4H93 A;  3KAM A;  3FE0 A;  1HEM A;  3LYT A;  1LPI A;  4H8Y A;  3N9E A;  4XYY A;  2DKV A;  5I53 A;  1GBW A;  4YF2 A;  1I1Z A;  1UA6 Y;  2DQA A;  4WM5 A;  4DC4 A;  5F14 A;  1GB9 A;  2ZYP A;  4GN5 C;  1YQV Y;  4TSB A;  1LMT A;  4TTD A;  1KXX A;  4YEN A;  5C6L A;  4NGY A;  4WMG A;  2CGI A;  1IWY A;  1FN5 A;  2F30 A;  4H9A A;  4MR1 A;  3TMU A;  3WW6 A;  2BQK A;  4WM1 A;  4C5F A;  1LSG A;  3G3B B;  5J7C A;  1GBZ A;  134L A;  1LSC A;  1NQI A;  1T3P A;  1UCO A;  2BQL A;  3A3Q A;  4HJV A;  4P2E A;  4PJ2 C;  5E9R A;  3WVX A;  5KXT A;  3P66 A;  2D4J A;  1IP3 A;  4WM4 A;  1ZV5 L;  4H91 A;  5F9U A;  3P65 A;  2H9K A;  1LJF A;  6LYZ A;  4NSJ A;  1IWW A;  1RJC B;  1AM7 A;  1XSF A;  2BPU A;  1GE2 A;  4H9E A;  1F6S A;  2XBR A;  4G4B A; 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 2CDS A;  1B7P A;  1CJ9 A;  1WQQ A;  1B5Y A;  1VDS A;  1RFP A;  1C45 A;  1XEK A;  4RLM A;  3LN2 A;  4ZEE A;  3ZVQ A;  1LMQ A;  5D5F A;  2DQI Y;  1LMA A;  3CT1 A;  4DD7 A;  1JSF A;  2ZQ3 A;  5KJ9 A;  4XJG A;  1INU A;  4PGJ B;  1B7R A;  2ZNX Y;  2MEE A;  1NBZ C;  4A7D A;  3AZ4 A;  3WXT A;  3IWR A;  1PZY A;  4LYC A;  4KXI A;  5LYM A;  4WLX A;  1GF0 A;  1XGT C;  3WU8 A;  4CGE A;  4B0D A;  1DI3 A;  1LJN A;  3AW6 A;  1DPX A;  1LZR A;  5I54 A;  2YBL A;  1PS5 A;  2I26 L;  4YOP A;  1IOR A;  1LYO A;  1IP5 A;  1B2K A;  4I0C A;  1HER A;  1OUF A;  4GN3 A;  3EBA B;  3GXK A;  3TMV A;  1GE1 A;  4TUN A;  4HTK A;  1QQY A;  1NDG C;  5FCP A;  5B06 A;  1VAU A;  1XFP L;  1ZMY L;  3LYO A;  4N1C C;  1GBO A;  2DQF C;  4U3X B;  4BAP A;  4GLA A;  1CKG A;  1GF9 A;  2X0A A;  5ILF A;  1H6M A;  4ETC A;  1C10 A;  5LAF A;  4XN6 A;  1KXY A;  1EQ5 A;  1LSF A;  2FBB A;  5B1G A;  4G4C A;  5LIN A;  4E3U A;  2MEH A;  1B0D A;  2F4G A;  1UIB A;  1WTM A;  1LZS A;  1LZ9 A;  2EPE A;  1RI8 B;  2AUB A;  2FBD A;  3A3R X;  3WPJ A;  1DXJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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