1SX7A

Use of an ion-binding site to bypass the 1000-atom limit to ab initio structure determination by direct methods
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVAAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRECALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Use of an ion-binding site to bypass the 1000-atom limit to structure determination by direct methods.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1sx7A00
1L71A 138LA 1KY1A 3DN6A 1I6SA 1L60A 219LA 1G0QA 3SB9A 1T8AA 1CU3A 3DMVA 1DYGA 1QUGA 1L53A 1G0PA 4W52A 123LA 1CV0A 1L25A 4W58A 182LA 1L12A 3C7ZA 1L54A 3ODUA 183LA 2B6ZA 1QT5A 1L47A 222LA 225LA 244LA 1L38A 3HTBA 1CV5A 1L0KA 1OVHA 4I7MA 226LA 2HUMA 4EKRA 1L83A 107LA 1L90A 122LA 3L2XA 3FI5A 241LA 3DN3A 4EXMA 4I7QA 3K2RA 1L21A 164LA 1C64A 2HUKA 3OE6A 3SBBC 189LA 1D3MA 1PQKA 1L19A 190LA 1LYDA 212LA 240LA 3DN1A 209LA 258LA 262LA 1DYEA 184LA 1L99A 254LA 2RBQA 4ARMB 3DN8A 1L70A 215LA 127LA 171LA 2Z6BA 198LA 2OTYX 157LA 1L69A 3OE0A 1C63A 1L44A 129LA 1DYAA 3LZMA 2RB2X 3C80A 3HUQA 1L92A 5I14A 115LA 1C69A 114LA 1P5CA 4S0WA 1QT7A 1P64A 1CTWA 103LA 1T8FA 1C6MA 1D2WA 1EPYA 4EKPA 1PQOA 1QTHA 142LA 1L11A 1CV1A 257LA 3HH3A 1OV7A 196LA 1L64A 1LYFA 1OYUA 1QT8A 160LA 1ZWNA 2LZMA 187LA 104LA 217LA 3CDTA 4ARQA 2B70A 2RBSA 6LZMA 210LA 3C8RA 144LA 172LA 206LA 1L02A 165LA 1C6IA 1DYBA 1L05A 131LA 166LA 253LA 2B72A 139LA 2OE7X 1KNIA 237LA 4ARJA 3HT8A 1C6BA 242LA 143LA 3V2YA 1LGXA 1QT3A 1L03A 108LA 1JQUA 1L45A 2OU0X 1QS5A 1L55A 235LA 2F2QA 150LA 1LYEA 234LA 4I7JA 2OE4X 232LA 3C83A 145LA 1L35A 4I7KA 3GUIA 1L18A 3SB5A 146LA 1L14A 1L80A 128LA 4ARPA 1L29A 1G0GA 4EKQA 1L17A 1JTNA 1PQDA 4EJ4A 229LA 233LA 1C6PA 3D4SA 3HH6A 239LA 220LA 3CDRA 1C6KA 1L36A 1QS9A 260LA 2HULA 3C8SA 1LYGA 4YXCA 1C62A 205LA 1K28A 1QUOA 1QSBA 3SB6A 1L0JA 1L85A 3G3VA 2RBNA 1CV6A 3HT6A 2F32A 2OU8A 4YX7C 3UONA 4GRVA 1L06A 1G1WA 2RAZX 137LA 1P2RA 2RB1X 1SWYA 2OTZX 1CX6A 1L04A 246LA 2QB0B 1WTHA 4LZMA 2RAYX 3HU9A 1L01A 3DKEX 1ZURA 3GUNA 2CUUA 4EPIA 2O4WA 1SWZA 2OU9A 3RZEA 4OO9A 1CUPA 1QTBA 4LDEA 1L50A 261LA 1QTZA 1SX7A 1L28A 1LI3A 4ZPUA 1CV4A 2F47A 3NYAA 1CU5A 1C6FA 1L48A 1P46A 1G0LA 2OE9X 4I7PA 1L98A 1L66A 1L52A 4PK0A 2NTGA 1PQIA 1L84A 1G0KA 3HH5A 1D9WA 3PDSA 221LA 3CDOA 214LA 1C6NA 2LC9A 3GUOA 3FADA 1L51A 1QT4A 4W56A 167LA 163LA 3C7WA 4IAPA 1L41A 1OWZA 1LYIA 2QARC 3SB8A 3L64A 231LA 130LA 191LA 3OE8A 3HH4A 1L46A 169LA 3VW7A 4LDLA 4K5YA 3SBAA 1L16A 2B6TA 1L30A 3GUMA 1P2LA 2B74A 4E97A 1C65A 3HTGA 3HUKA 1LPYA 1L79A 1LI6A 1C66A 2B73A 1P56A 4AQNA 1L43A 3JR6A 216LA 199LA 3DNAA 4I7OA 177LA 4DAJA 1L76A 213LA 1D2YA 1QUDA 2LCBA 1XJUA 2RBPA 1KS3A 3V2WA 1C6TA 1LI2A 175LA 4GBRB 1L58A 4PJZA 1D3JA 3HWLA 2Q9DA 2IGCA 1C6JA 1C6EA 1QTCA 1LGUA 224LA 1G1VA 111LA 1C67A 1L26A 250LA 3GULA 4W59A 4ARQB 1L87A 1L77A 1NHBA 247LA 102LA 1L75A 1CU0A 1L86A 1SX2A 1L61A 152LA 3GUPA 1CVKA 1SSWA 1CUQA 141LA 1L59A 3FA0A 1LYHA 1L95A 3HT9A 3HDEA 3DN4A 1C6QA 1L27A 3HU8A 109LA 178LA 228LA 159LA 4DKLA 4I7SA 192LA 4W55A 1C68A 1L34A 3DMXA 7LZMA 1L42A 3HT7A 1KW7A 1OV5A 4W53A 1L91A 1XEPA 1L73A 1CU6A 1L09A 200LA 1DYCA 3RUNA 1KW5A 4I7TA 1L37A 3GUJA 1OWYA 245LA 4YXAC 1L88A 2B6WA 1QT6A 3GUKA 119LA 1L08A 2L78A 4EPFA 238LA 3HTFA 1JTMA 3NY9A 4LDOA 1OVKA 1ZYTA 1C6CA 1DYDA 112LA 1L63A 4I7LA 3SN6R 1L39A 2B6YA 3C82A 1C6DA 168LA 1D3FA 1L57A 1XJTA 158LA 1L31A 147LA 1L24A 1LYJA 3CDQA 3C7YA 211LA 1P6YA 174LA 1C6GA 1L93A 1T8GA 248LA 1G0MA 2RB0X 125LA 243LA 3HDFA 1L65A 162LA 197LA 3DN2A 4EKSA 1L23A 2B7XA 4ARMA 3G3XA 1DYFA 1L81A 3QAKA 1OVJA 1L10A 2Q9EA 1L22A 188LA 118LA 1L15A 256LA 3F8VA 3EMLA 4ARLA 1P36A 1L33A 1C61A 1G07A 1KY0A 113LA 140LA 1L07A 251LA 1L62A 3PBLA 1CV3A 2B6XA 1CU2A 4I7NA 1L94A 149LA 3G3WA 173LA 151LA 148LE 1P37A 2RBOA 1LW9A 1L72A 252LA 1C6HA 181LA 1LWGA 2O7AA 259LA 1C6AA 1L74A 1G0JA 2ANVA 1G06A 180LA 3CDVA 1LWKA 4I7RA 1T97A 2RH1A 1L32A 230LA 2O79A 1L49A 1L00A 2A4TA 1L97A 185LA 1PQMA 1LLHA 1C60A 1LGWA 2NTHA 3F9LA 3NY8A 2OEAX 3DMZA 3C8QA 3HTDA 1PQJA 249LA 1QUHA 120LA 1L82A 223LA 255LA 3DN0A 5LZMA 186LA 1B6IA 1TLAA 236LA 170LA 2RBRA 195LA 2B75A 3C81A 1L67A 161LA 1L96A 1D3NA 126LA 201LA 4W57A 1L68A 1C6LA 1QSQA 1L20A 1L56A 1P3NA 156LA 2ANXA 1P7SA 1QTVA 3HUAA 1QTDA 4W51A 3SB7A 1T6HA 1L89A 4W54A 4DJHA 1L40A 218LA 110LA 227LA 1SSYA 176LA 155LA 1L13A 3OE9A 1CX7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GBWA 3DN6A 1LJNA 1G0QA 4NGYA 1QUGA 1L53A 1G0PA 2GV0A 2MEHA 1L25A 1GBSA 4W58A 5KXMA 4FJRA 3ODUA 183LA 5IELA 2YBLA 3LYTA 1JUGA 244LA 4N1EI 1OVHA 2HUMA 1L83A 1FLWA 5APEA 3AB6A 4HSFA 3FI5A 4N5RA 4WLYA 3K2RA 1L21A 164LA 2I25L 5HNLA 1V7SA 1LYDA 1KXXA 4QDNA 1L99A 1NHEA 254LA 1QQYA 1YAPA 3K3TA 171LA 4DWXA 2Z6BA 198LA 4NSIA 3AGGG 4TX7A 157LA 4NIJA 2RB2X 3B0KA 1GFKA 1BWJA 1L92A 5I14A 4S0WA 1OUIA 1UIAA 1D2WA 1KIRC 1WQMA 4P2EA 1IOQA 4J1BA 7LYZA 4N1CC 3HH3A 1AT5A 196LA 1QT8A 2LZMA 5FCPA 217LA 3TXBA 1LYZA 1INUA 3W3EA 4ARQA 3A8ZA 206LA 1DYBA 5M1YA 5IHGA 166LA 253LA 2B72A 237LA 3HT8A 1HEMA 1UA6Y 2HEFA 4N8ZA 1GB6A 1L55A 2F2QA 1GEZA 5DM9A 1RCMA 2OE4X 2A7FA 1L35A 1IY3A 1GF9A 1L18A 2CWIA 5APDA 4H9CA 2XBRA 133LA 4EKQA 1UIBA 5KXPA 233LA 4WM1A 1FN5A 1GB9A 3D4SA 239LA 2Z2EA 1L36A 260LA 3C8SA 4YXCA 3WPLA 1HMLA 2BQIA 1GFRA 2RBNA 1CV6A 1O23A 2XQOA 1GE3A 1LYSA 1L04A 246LA 1WTHA 1MLCE 3HU9A 1L01A 3DKEX 5F14A 3CQLA 4EPIA 1JKCA 3RZEA 3ULRA 1LZ4A 1IP6A 5I4YA 3M3UA 4ZPUA 1LI3A 3QE8A 1DPWA 3T6UA 1LSFA 2Z19A 1P46A 2EKSC 3N9EA 3WU9A 3BKHA 5LAGA 1G7HC 2OE9X 3RU5A 1YAOA 1JKBA 1AKIA 1B7SA 1IP7A 135LA 1CKGA 3WUAA 4CGEA 1GBYA 1C6NA 3FADA 1QT4A 5L3HA 4W56A 4IAPA 1KXYA 4XJIA 5E4PA 3AZ6A 3CT1A 1LYIA 4NFVA 2LZ2A 3SB8A 3L64A 130LA 5LVKA 2MEGA 4NG8A 3HH4A 1L46A 169LA 3HBHA 2B6TA 3GUMA 5LAFA 5JENB 1C46A 3HTGA 1Z55A 3TMXA 3ATNA 1P56A 4AQNA 1L43A 1B9OA 4AGAA 1HFXA 1HC0A 213LA 1QUDA 3WULA 4GBRB 175LA 1LZNA 4Z41A 1D3JA 4OWBA 4GCFA 1QTCA 3A90A 1GBXA 4W59A 1NHBA 2HEEA 1WTNA 1IWUA 4Z46A 1CU0A 2B5ZA 1L61A 3OK0A 4GLAA 4LT0A 141LA 1IEEA 1B7RA 2DQEY 1L59A 2D91A 3FA0A 1JTTL 1IWWA 2D4KA 4BS7A 109LA 4H9AA 228LA 159LA 4DKLA 1GEVA 7LZMA 2ZWBA 1GB7A 1B7LA 5F81A 1OV5A 1HEPA 154LA 1L91A 1XEPA 1L09A 200LA 1WVVA 2DQFC 4I8SA 1L37A 4DD3A 3CSQA 2B6WA 1PZYA 4H8XA 3GUKA 5I4WA 3FE0A 1SQ2L 1L08A 4DD9A 2L78A 3W6AA 4EPFA 4Z98A 4LDOA 5LVIA 1OVKA 4ETAA 2HEBA 1L63A 2B6YA 4LGKA 4DYGA 5LIOA 4NHPA 4KL7A 2DBTA 1QTKA 4XN6A 1LMTA 3A34A 4DD1A 1YKXX 3HDFA 1L65A 162LA 5KKJA 5HQ1A 3TMVA 3DN2A 1IR7A 5C6LA 1REZA 4ARMA 1L81A 1OUAA 4NGVA 5KXOA 1L10A 5FDJA 2HU3A 1GFHA 1VDQA 3F8VA 1W6ZA 1EQ5A 4DDAA 4UWUA 1HMKA 1KY0A 113LA 2MEDA 3F6ZA 251LA 3PBLA 1JTOL 1CV3A 1AT6A 4I7NA 3N9CA 2NWDX 1N4FA 3G3WA 1JHLA 4G49A 4WLTA 1LW9A 1L72A 1ZV5L 1LZSA 1JWRA 259LA 4ZFPA 1L74A 1G0JA 2ANVA 1UIGA 1T3PA 230LA 3TXHA 4HTNA 4G4HA 185LA 1LLHA 1LGWA 3F9LA 4C5FA 1LSAA 3AJNA 4HP0A 3LZTA 1OUFA 1QUHA 1VFBC 5II3A 223LA 1LYYA 4YF2A 5B59A 1TLAA 1WQNA 1FLYA 2ZYCA 1L96A 1D3NA 3AYQA 1LZ1A 4NGIA 1QSQA 4LYMA 1IP3A 5L9JA 1P3NA 156LA 1P7SA 1QTVA 3HUAA 1ZMYL 3SB7A 4NGLA 4ANRA 5KXYA 1G7LC 1SSYA 155LA 1L13A 3OE9A 4ETCA 2C8PA 4LFXA 1WVUA 219LA 4LZTA 4XJBA 1CU3A 1F6SA 3A6CY 123LA 4XENA 4WLDA 182LA 1EQ4A 1JSFA 1LJKA 5KJ9A 1QT5A 1L47A 1KIPC 1YKYX 5LVJA 1L38A 1CKFA 1CV5A 3HTBA 1GBOA 4EKRA 1L90A 2H5ZA 1XGPC 4KPMA 1D0MA 5L3IA 3HBEX 241LA 1HHLA 1B0DA 3B0IA 1D3MA 1HSXA 2BQDA 1TEWA 212LA 3DN1A 1I1ZA 184LA 2RBQA 1L70A 3WH1A 2C8OA 1UUZC 2OTYX 4NSJA 2YVBA 1C63A 1L44A 2LYZA 3P66A 1QDRA 1YROA 3LZMA 5KKIA 3C80A 1GF7A 3MGWA 1UIDA 2H9JA 1P64A 103LA 1PQOA 142LA 3IJUA 1C08C 3B6LA 1OV7A 4H1PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GBW A;  3DN6 A;  1LJN A;  1G0Q A;  4NGY A;  1QUG A;  1L53 A;  1G0P A;  2GV0 A;  2MEH A;  1L25 A;  1GBS A;  4W58 A;  5KXM A;  4FJR A;  3ODU A;  183L A;  5IEL A;  2YBL A;  3LYT A;  1JUG A;  244L A;  4N1E I;  1OVH A;  2HUM A;  1L83 A;  1FLW A;  5APE A;  3AB6 A;  4HSF A;  3FI5 A;  4N5R A;  4WLY A;  3K2R A;  1L21 A;  164L A;  2I25 L;  5HNL A;  1V7S A;  1LYD A;  1KXX A;  4QDN A;  1L99 A;  1NHE A;  254L A;  1QQY A;  1YAP A;  3K3T A;  171L A;  4DWX A;  2Z6B A;  198L A;  4NSI A;  3AGG G;  4TX7 A;  157L A;  4NIJ A;  2RB2 X;  3B0K A;  1GFK A;  1BWJ A;  1L92 A;  5I14 A;  4S0W A;  1OUI A;  1UIA A;  1D2W A;  1KIR C;  1WQM A;  4P2E A;  1IOQ A;  4J1B A;  7LYZ A;  4N1C C;  3HH3 A;  1AT5 A;  196L A;  1QT8 A;  2LZM A;  5FCP A;  217L A;  3TXB A;  1LYZ A;  1INU A;  3W3E A;  4ARQ A;  3A8Z A;  206L A;  1DYB A;  5M1Y A;  5IHG A;  166L A;  253L A;  2B72 A;  237L A;  3HT8 A;  1HEM A;  1UA6 Y;  2HEF A;  4N8Z A;  1GB6 A;  1L55 A;  2F2Q A;  1GEZ A;  5DM9 A;  1RCM A;  2OE4 X;  2A7F A;  1L35 A;  1IY3 A;  1GF9 A;  1L18 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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