4H1PA

Use of europium for sad phasing at the cu k alpha wavelength
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
128
structure length
128
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Use of europium ions for SAD phasing of Lysozyme at the Cu Kalpha wavelength
pubmed doi rcsb
total genus 44
structure length 128
sequence length 128
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-09-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4h1pA00
2LYOA 4GCEA 4PJ2C 1F6SA 1BWHA 1GB6A 1GE3A 5B05A 1LYYA 1IORA 1XGQC 3WXTA 3AZ4A 4KPMA 2Z19A 3ZVQB 1IP2A 1BWJA 2MEGA 2D4IA 3WW6A 1W08A 2EPEA 4R0FA 4H93A 4CHXA 5B06A 4DDCA 1GBYA 1LZDA 5F9XA 1LHHA 3EMSA 1OUCA 4FDYA 2BQDA 4H9AA 1JJ3A 1JKDA 3WU7A 1GF3A 1NDMC 5D5CA 2G4QA 1GWDA 2N5ZA 4NSIA 4G4CA 3ZVQA 3TMUA 3HBDA 5HLLA 4HTQA 4D9ZA 4I8SA 3A96A 4NWHA 1LZCA 1GBXA 1LSMA 2BQNA 2H9KA 1XFPL 3N9CA 4BADA 4LFPA 2MEHA 2ZQ3A 4ETEA 4H90A 4NY5A 4GCDA 1HELA 1XEKA 4B0DA 2BQLA 4HPEA 1GFEA 2BQFA 1GXV2 5HMJA 1BQLY 1IC4Y 4WM6A 4TX7A 1NDGC 1RJCB 193LA 3AGIA 1HC0A 2Z12A 1F0WA 3FI7A 1OUGA 3M18B 4WM3A 2RSCA 1GFVA 3IJUA 4YEOA 3W6FA 1UA6Y 2EQLA 3B0IA 4ETAA 1GFHA 3N9EA 4H92A 3LYOA 2W1YA 4NIJA 1J1XY 1GFTA 4C3WA 1LHMA 1GEVA 5L3HA 1NHEA 2A7DA 5I4XA 5KY1A 1GF6A 1IR9A 3CQLA 1IP1A 4X3BA 2I26L 1AKIA 1YIKA 1BB5A 2DBTA 2B5ZA 4HV1A 3RZ4A 4W94A 1LZSA 1D0LA 4MSTA 5LA8A 2BQOA 2LYMA 1WQNA 1VAUA 1IWVA 4XJGA 4XJDA 4WM1A 2ZNXY 1IY3A 4HPIA 1CKDA 3WVYA 4WO9A 1RI8B 1LAAA 2W1XA 3B0KA 2DQJY 4RLNA 2XJWA 1WVVA 1XGPC 1XGRC 4YF2A 1QSWA 3RU5A 1LCNA 2H5ZA 2YBJA 3T6UA 2BQIA 3WPJA 1LZRA 1LJJA 1B5UA 2BQHA 5C6LA 1UCOA 1KIPC 1LJHA 2BLXA 2Z2FA 1JTTL 1AT6A 1OP9B 3ATNA 4H9BA 1LJKA 5FELA 1LJNA 1H87A 3A34A 1JKBA 1NWGA 4KL7A 6LYZA 1GDXA 1HEOA 1GF7A 2EKSC 1V7TA 5JENB 5HNCA 1CKGA 4G49A 1OUDA 2BQCA 5APEA 1IO5A 1FLWA 4NHPA 5FHWA 1NQIA 3IJVA 4IASA 3AB6A 3A6BY 4NGYA 1GBZA 2ZNWY 1UUZC 1LHLA 2CJLA 2Z18A 4YEMA 1QIOA 3GXKA 4ZEEA 5LVJA 4DWXA 1BB4A 1GD6A 2A7FA 4G4BA 5LYTA 1HENA 1G7IC 1G7MC 1QTKA 1TAYA 1YILA 2DQGY 5F16A 5KXKA 2NWDX 2I25L 4WLDA 4ZFPA 1VDSA 3QE8A 4TSBA 1VDPA 3TXDA 3B6LA 4GN4A 1I1ZA 207LA 1O23A 5IELA 4AXTA 1YAQA 5E4PA 5LA5A 2H9JA 3TXEA 3LYZA 1HFYA 1C7PA 1GB3A 1IOCA 1QDTA 2MEDA 1GE1A 4LT1A 4RDSA 1B5WA 2W1LA 1JKAA 1OUJA 1GXXA 4HJYA 3D9AC 4UWVA 1HEQA 3CSQA 3TXKA 1LSAA 3HBHA 4NGOA 4NGWA 1OUFA 1OUAA 5KXTA 3CSRA 1NBYC 1CKFA 5APDA 1B5XA 3P65A 5DN4A 1DXJA 5F9UA 1LMPA 3GXRA 1DI3A 1IWZA 1LJEA 1YKXX 3W6CA 4E3UA 4L41A 1YAPA 4QY9A 4QEQA 1RE2A 5T3FA 4B4EA 5II3A 5IHGA 3VWOA 3RW8A 3AZ5A 1GE4A 3WMKA 1E8LA 1ZVHL 1JPOA 2D91A 135LA 1JTOL 5B1FA 4H9EA 1HFXA 1OUHA 1UBZA 2BQBA 4Z46A 1IOSA 3WH1A 2YBHA 1TEWA 4YOPA 2MEBA 5AMYA 4DD1A 1QQYA 1IP7A 2BAAA 2BQMA 3W6BA 1YAOA 1B5YA 1C10A 3LZ2A 1UIAA 4H94A 4DDBA 5KXYA 1LHKA 1HFZA 3T36A 1IOQA 1LTMA 1FLYA 1ZV5L 1IOTA 4NGIA 1LZEA 3WU9A 5KKIA 4NG1A 1B7OA 1YANA 4NGJA 4ANRA 1DPXA 5KXMA 3AW7A 2MEIA 3WW5A 1CJ8A 1LMQA 1LZ1A 1LMTA 2CGIA 1ALCA 2Q0MX 2ZIJA 1YKYX 2YVBA 1H6MA 2F30A 3KAMA 1JWRA 1GFAA 3OJPA 1VDTA 3MGWA 1LZ9A 4WLYA 5I4WA 134LA 3CT0A 1IEEA 3A91A 1BB7A 3P66A 4PRQA 1FN5A 1LZTA 3SP3A 1QSAA 4WM4A 4DD2A 4Z3MA 1WQOA 9LYZA 4CJ2A 4HJVA 5I54A 2C8PA 3TXGA 1C08C 3HFMY 1GB5A 1QUTA 4NHTA 4ET9A 4NGZA 1REYA 4N9RA 1IVMA 3W3EA 1YAMA 2D6BA 3ZEKA 1PZYA 4LT2A 4H8XA 5LAGA 2XBRA 4O34A 4ZIXA 1HEMA 1GF8A 3AZ6A 2VB1A 2FYDA 1B0DA 1IWWA 1KXWA 1Z55A 4B1AA 3LYTA 5DLAA 4B4JA 5I53A 1GFUA 154LA 4WG1A 3N9AA 2HEEA 1REXA 1YQVY 1B7PA 2LYZA 1LJGA 1GB2A 4EOFA 4GLAA 1FDLY 4LYBA 2ZQ4A 1EQEA 1GB7A 1EQ5A 3TMWA 1T6VL 1B7RA 5L3IA 2LZTA 1QUSA 1LMNA 4LT3A 4GCFA 5KXOA 1DPWA 5KXZA 1REZA 4LYTA 5B1GA 5KXNA 3A6CY 4RW1A 5IDDA 1BWIA 5A3EA 3A93A 4CFOA 1GAYA 1LZ4A 4M6DA 4LYOA 3LN2A 4NFVA 133LA 1DI4A 1UIEA 2ZILA 3BKHA 1IC7Y 1XSFA 1OUBA 1LZYA 1WQMA 5LVIA 1GB8A 3QNGA 4J1BA 3WU8A 2HEDA 1GAZA 1DKJA 3G3BB 2HUBA 4YM8A 1TDYA 8LYZA 2Z38A 1G7LC 1LJ4A 2DQHY 1JSFA 3B72A 1JIYA 1TBYA 4RLMA 1LZ5A 4NGVA 4EMNA 4OOOA 1BVXA 4HTKA 4LYCA 7LYZA 3P68A 4WLTA 2DQFC 4BAPA 2CWIA 1I20A 3ULRA 1GHLA 1LHJA 5LINA 2HTXA 1BGIA 5LYMA 4R6CA 5B07A 2YBIA 2WARA 5KXRA 1FLUA 3A8ZA 1HF4A 1VFBC 4XADA 2YDGA 4XYYA 3LZTA 1HMLA 4KT3A 1B2KA 2YBLA 5HQ1A 1CNSA 4H91A 1IX0A 1CKHA 1JKCA 2W1MA 3ATOA 1D0KA 4NGKA 3TXHA 1B7MA 1CJ7A 2ZYCA 4N5RA 4NWEA 4H8YA 3TXIA 1G7HC 1BVKC 1GF5A 1LPIA 4B4IA 1FKQA 4ET8A 1F6RA 4N1EI 1KIRC 4H9HA 1RCMA 3TMVA 5L9JA 5FEKA 194LA 1LZ8A 1WQRA 5DL9A 5LYZA 4DDAA 1EQ4A 3OK0A 3CB7A 4J1AA 5FSTA 4DD9A 2BQEA 3A3QA 4DC4A 5KKJA 5DM9A 1GPQC 4XJBA 2ZIKA 1ZMYL 1GEZA 1LOZA 1AT5A 3AYQA 4GN3A 5LVGA 4WL6A 4WL7A 1LZNA 1VDQA 2F4AA 4H9IA 4J7VA 1D9UA 3LYMA 1JSEA 4WM5A 2D4JA 4ML7A 1HMKA 3CT5A 5FCPA 2YBNA 5F81A 1JHLA 4NG8A 1WQPA 4PRUA 2BQKA 4XN6A 3FE0A 4WOAA 1LHIA 1LSPA 1W6ZA 2DQIY 1QDRA 1HEWA 1CJ6A 2DQDY 2GV0A 4N1CC 1GDWA 1VEDA 5J7CA 1CKCA 4I0CA 3W6AA 3TMXA 5M1YA 1FKVA 4LFXA 1LSEA 1XEIA 1GBOA 1D6QA 1LMCA 4IATA 4OWCA 3RT5X 4DYGA 1LSZA 1XGUC 1HSXA 4UWUA 1SQ2L 1VATA 3AGHA 4IJ4A 1D0MA 5F14A 4HP0A 4WG7A 3WUNA 1LSYA 4LT0A 4G4HA 4OWEA 1WTNA 4PGJB 4NHSA 1I56A 1JJ1A 1UIGA 4XJFA 4YENA 1GBWA 1B5ZA 1F10A 1JUGA 4B49A 2EIZC 4MCKA 4XENA 1GFJA 1FBIX 1LSDA 5E9RA 2G4NA 3CT1A 4LGKA 4WM2A 5HNLA 1IWUA 2DQEY 2FYCA 2HECA 4ETBA 4NHIA 1GF0A 5ILFA 2XBSA 4H1PA 3W6EA 3P4ZA 2HEFA 1V7SA 2Z39A 4NEBA 1LYOA 2MEAA 1IIZA 1YROA 1NBZC 2BQJA 1RFPA 1IWYA 1IY4A 1P2CC 2DQCY 3CSZA 4GLVA 4NSHA 4TWSA 1N4FA 1IC5Y 5APFA 4OW1A 1WQQA 4Z41A 4NHQA 4DD3A 1LKRA 3W6DA 1A4VA 4WLXA 4RW2A 4U3XB 2BQGA 1D6PA 3A3RX 1GB9A 5LAFA 1G7JC 1OQMA 1DQJC 208LA 5D5FA 5A3ZA 3J4GA 5B59A 4BS7A 5I4YA 1LKSA 1BB6A 1B7SA 1HEPA 1XGTC 2I6ZA 3A67Y 5HMVA 1LZ6A 2YSSC 1LSGA 132LA 1JTPL 1LJFA 1HHLA 2Y8PA 3F6ZA 1C45A 4N8ZA 1NMMA 4DT3A 1WTMA 3LHMA 4GCCA 4TUNA 4WO6A 1J1PY 1LYSA 1JJ0A 1QTEA 1T3PA 3WPLA 4CFPA 1BB3A 1CJ9A 1B7QA 1GBSA 1BHZA 1HERA 4ETDA 2BQAA 3A92A 3EO5A 3EXDA 1TCYA 1A2YC 5EBHA 3WXUA 1IR7A 1OUIA 1DZBX 2LHMA 1KXXA 4A7DA 4QGZA 2FBDA 1IWTA 3G3AB 1LZBA 1LSBA 2Z2EA 3K3TA 1GB0A 3EBAB 4HTNA 4OWBA 4Z98A 1UIBA 1ZVYB 2FBBA 1UC0A 1WVUA 3M3UA 3AJNA 4MR1A 1GFGA 3TXJA 1AM7A 1GE2A 1LSFA 3RNXA 5K7OA 1C43A 1C46A 1INUA 4BAFA 1NF5A 2X0AA 4GN5C 4ETCA 1LYZA 1B7LA 1LSCA 2Z37A 3WUMA 3BKVA 2BLYA 1J1OY 4H8ZA 4J0LA 1B7NA 5C6IA 1NKHA 1LMOA 1MELL 1MLCE 2IHLA 1UIFA 2AUBA 4DD7A 1GF9A 3AGGG 4KXIA 3WVXA 2ZYPA 2F4GA 2DQAA 4LYZA 4XJHA 5KXXA 1KIQC 5KXSA 1YL1X 1HSWA 4DD0A 4GCBA 1AZFA 1DI5A 1UIHA 1JEFA 2IFFY 5LVKA 4P2EA 2HEBA 3A94A 3WUAA 2PC2A 4HJZA 4W96A 3D3DA 2XTHA 4WMGA 2MEFA 1EL1A 4H9CA 2HU1A 4PHIA 1B5VA 2ZWBA 4QDNA 4CGEA 153LA 1JITA 1GF4A 5I5QA 3TXFA 3QY4A 4HV2A 4LYMA 1REMA 1IP4A 3AZ7A 4M4OA 4N0JA 3A90A 5KXPA 5ILCA 1YKZX 1LZAA 2D4KA 5KXLA 4UWNA 5LVHA 2MEEA 1XEJA 1LSNA 4C5FA 5LIOA 3WPKA 1IP6A 1GFRA 4H9FA 1KXYA 3HBEX 1LJIA 4AGAA 4TSCA 5FDJA 1IP5A 1GE0A 2YBMA 4TTDA 4HSFA 4OOTA 5KJ9A 1JISA 1GFKA 6LYTA 1UIDA 3E3DA 1IP3A 4FJRA 3TXBA 2LZ2A 5LXWA 4XJIA 1SLYA 1IR8A 1B9OA 2CDSA 1DKKA 5KXWA 1FLQA 2HEAA 3AW6A 1YL0X 3J6KA 1LZGA 2DKVA 4II8A 2HU3A 2BPUA 3B0OA 5C6JA 1LMAA 3WL2A 4NSGA 4NGLA 5APCA 1HNLA 2C8OA 2MECA 3IWRA 3WYHA 1UACY 4NSJA 4OWAA 1PS5A 4G9SA 5DN5A 1LJ3A 4PPOA 2G4PA 3P64A 3WULA 4LZTA 1IWXA 4OWHA 3A95A 1UICA 2F2NA 1OUEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JQUA 4PJ2C 1F6SA 1GB6A 1GE3A 5B05A 2OTYX 3AZ4A 4KPMA 1IP2A 1L61A 4R0FA 238LA 1CUQA 1GBYA 5F9XA 1LHHA 4FDYA 206LA 1JJ3A 5D5CA 3HBDA 3DN1A 4D9ZA 1LYJA 4BADA 4NY5A 4GCDA 1XEKA 3HTGA 1GFEA 1RJCB 193LA 4I7NA 2RSCA 166LA 1GFVA 4DQJA 1OV7A 1GFHA 4H92A 3PDSA 4NIJA 1C6BA 5L3HA 1NHEA 2A7DA 1IR9A 1IP1A 1KW7A 2I26L 2DBTA 108LA 4W94A 163LA 1G1VA 1IWVA 1LGUA 2ZNXY 3WVYA 1L56A 2W1XA 1C6AA 2DQJY 4RLNA 1CV5A 4E97A 3RU5A 1LCNA 2YBJA 1C6LA 1LJJA 5C6LA 4H9BA 1KIPC 1D3MA 1L73A 3ATNA 6LYZA 1HEOA 2EKSC 1C63A 2QB0B 2BQCA 1IO5A 1FLWA 1L70A 143LA 1CV4A 231LA 1GBZA 1CUPA 1LHLA 2CJLA 2Z18A 1BB4A 111LA 5LYTA 1HENA 113LA 4OO9A 4TSBA 3B6LA 4GN4A 1I1ZA 1G0MA 207LA 4AXTA 3LYZA 2RH1A 1D2WA 2CUUA 4LT1A 1L05A 128LA 1PQDA 3HDEA 2OU8A 4W58A 3CSQA 1KS3A 4NGWA 235LA 1CKFA 1B5XA 1CU5A 1L10A 5DN4A 2OEAX 3W6CA 1T97A 4QY9A 1YAPA 3RW8A 2B6TA 1E8LA 1JPOA 1PQOA 1OUHA 4Z46A 1TLAA 2ANXA 3WH1A 4I7RA 1C68A 1YAOA 3LZ2A 3SBBC 1QTZA 5KXYA 1LHKA 1HFZA 197LA 1ZV5L 3HTFA 196LA 3C8RA 1LYDA 3DMXA 1CJ8A 1LZ1A 1C6IA 1ALCA 1QTCA 3DN6A 2YVBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2LYO A;  4GCE A;  4PJ2 C;  1F6S A;  1BWH A;  1GB6 A;  1GE3 A;  5B05 A;  1LYY A;  1IOR A;  1XGQ C;  3WXT A;  3AZ4 A;  4KPM A;  2Z19 A;  3ZVQ B;  1IP2 A;  1BWJ A;  2MEG A;  2D4I A;  3WW6 A;  1W08 A;  2EPE A;  4R0F A;  4H93 A;  4CHX A;  5B06 A;  4DDC A;  1GBY A;  1LZD A;  5F9X A;  1LHH A;  3EMS A;  1OUC A;  4FDY A;  2BQD A;  4H9A A;  1JJ3 A;  1JKD A;  3WU7 A;  1GF3 A;  1NDM C;  5D5C A;  2G4Q A;  1GWD A;  2N5Z A;  4NSI A;  4G4C A;  3ZVQ A;  3TMU A;  3HBD A;  5HLL A;  4HTQ A;  4D9Z A;  4I8S A;  3A96 A;  4NWH A;  1LZC A;  1GBX A;  1LSM A;  2BQN A;  2H9K A;  1XFP L;  3N9C A;  4BAD A;  4LFP A;  2MEH A;  2ZQ3 A;  4ETE A;  4H90 A;  4NY5 A;  4GCD A;  1HEL A;  1XEK A;  4B0D A;  2BQL A;  4HPE A;  1GFE A;  2BQF A;  1GXV 2;  5HMJ A;  1BQL Y;  1IC4 Y;  4WM6 A;  4TX7 A;  1NDG C;  1RJC B;  193L A;  3AGI A;  1HC0 A;  2Z12 A;  1F0W A;  3FI7 A;  1OUG A;  3M18 B;  4WM3 A;  2RSC A;  1GFV A;  3IJU A;  4YEO A;  3W6F A;  1UA6 Y;  2EQL A;  3B0I A;  4ETA A;  1GFH A;  3N9E A;  4H92 A;  3LYO A;  2W1Y A;  4NIJ A;  1J1X Y; 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 1MEL L;  1MLC E;  2IHL A;  1UIF A;  2AUB A;  4DD7 A;  1GF9 A;  3AGG G;  4KXI A;  3WVX A;  2ZYP A;  2F4G A;  2DQA A;  4LYZ A;  4XJH A;  5KXX A;  1KIQ C;  5KXS A;  1YL1 X;  1HSW A;  4DD0 A;  4GCB A;  1AZF A;  1DI5 A;  1UIH A;  1JEF A;  2IFF Y;  5LVK A;  4P2E A;  2HEB A;  3A94 A;  3WUA A;  2PC2 A;  4HJZ A;  4W96 A;  3D3D A;  2XTH A;  4WMG A;  2MEF A;  1EL1 A;  4H9C A;  2HU1 A;  4PHI A;  1B5V A;  2ZWB A;  4QDN A;  4CGE A;  153L A;  1JIT A;  1GF4 A;  5I5Q A;  3TXF A;  3QY4 A;  4HV2 A;  4LYM A;  1REM A;  1IP4 A;  3AZ7 A;  4M4O A;  4N0J A;  3A90 A;  5KXP A;  5ILC A;  1YKZ X;  1LZA A;  2D4K A;  5KXL A;  4UWN A;  5LVH A;  2MEE A;  1XEJ A;  1LSN A;  4C5F A;  5LIO A;  3WPK A;  1IP6 A;  1GFR A;  4H9F A;  1KXY A;  3HBE X;  1LJI A;  4AGA A;  4TSC A;  5FDJ A;  1IP5 A;  1GE0 A;  2YBM A;  4TTD A;  4HSF A;  4OOT A;  5KJ9 A;  1JIS A;  1GFK A;  6LYT A;  1UID A;  3E3D A;  1IP3 A;  4FJR A;  3TXB A;  2LZ2 A;  5LXW A;  4XJI A;  1SLY A;  1IR8 A;  1B9O A;  2CDS A;  1DKK A;  5KXW A;  1FLQ A;  2HEA A;  3AW6 A;  1YL0 X; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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