1L35A

Structure of a thermostable disulfide-bridge mutant of phage t4 lysozyme shows that an engineered crosslink in a flexible region does not increase the rigidity of the folded protein
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRCDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structure of a thermostable disulfide-bridge mutant of phage T4 lysozyme shows that an engineered cross-link in a flexible region does not increase the rigidity of the folded protein.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-10-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l35A00
2B74A 4ARLA 3DN8A 2RBOA 225LA 3K2RA 3V2YA 1PQDA 4I7NA 3L64A 1QT8A 1C6QA 1G0MA 2IGCA 3GUKA 1TLAA 4OO9A 180LA 1L53A 2RBNA 3HT6A 3RUNA 1CTWA 2OTYX 3JR6A 214LA 4W51A 215LA 1PQOA 200LA 103LA 3VW7A 2ANXA 2B6YA 1L25A 158LA 2B6TA 3HH4A 191LA 1L42A 1SX2A 1L72A 1P64A 3EMLA 186LA 1D9WA 3GUNA 1PQIA 1L92A 1QT3A 3HH3A 1QT4A 2RAYX 1KW7A 171LA 1L04A 1L98A 247LA 1D3MA 1WTHA 159LA 1C6NA 1LW9A 1CU2A 217LA 227LA 1L49A 4LDEA 1L89A 255LA 119LA 4EJ4A 1QS9A 1L80A 2B70A 3CDRA 1L83A 4I7OA 174LA 3DN6A 164LA 140LA 1C64A 2F32A 2OE7X 1L45A 3F9LA 3HU9A 1B6IA 1EPYA 4EKPA 3CDVA 169LA 3SBAA 1C6PA 150LA 139LA 1QSQA 261LA 1C6TA 3HUAA 3OE8A 1QT5A 241LA 3HT9A 2Z6BA 251LA 148LE 1LGXA 1LYJA 3SB8A 3NY9A 1L79A 253LA 1KS3A 1L50A 220LA 250LA 2RB0X 3DN3A 1C66A 1L68A 155LA 1C6CA 3ODUA 1DYBA 1L76A 1L01A 238LA 3HUQA 206LA 1DYDA 3C82A 3FI5A 1LI3A 1SSYA 4LZMA 4YXAC 1L71A 1SSWA 2HUKA 1CV3A 1L18A 2B7XA 1L20A 2NTHA 198LA 2B6XA 2OU0X 107LA 3DN0A 3HT8A 128LA 162LA 4EKQA 1JTMA 1L32A 1QTVA 149LA 4DAJA 236LA 3DN1A 1OYUA 3C8SA 1XJUA 123LA 1QS5A 4ARMA 2CUUA 3GUPA 1JTNA 4W56A 127LA 2HULA 3DN2A 1QUGA 1SWZA 122LA 1L87A 146LA 3HU8A 1I6SA 1L48A 3SB6A 172LA 3C81A 4K5YA 3CDTA 3D4SA 1LYEA 1C6HA 5LZMA 1T8AA 188LA 1C67A 3LZMA 1L40A 1T97A 229LA 4W58A 2OE9X 1G0LA 1L12A 2RBPA 222LA 4EPFA 1L81A 141LA 1QUHA 2HUMA 1C6GA 3C7WA 144LA 1L08A 3HDFA 3HTFA 1LYFA 142LA 245LA 1LLHA 1OWYA 4W52A 1OVJA 1XEPA 6LZMA 1L74A 1QTBA 4ZPUA 1L69A 1CV1A 168LA 3C7ZA 196LA 4ARJA 213LA 189LA 166LA 1L67A 173LA 1L94A 2RAZX 4I7LA 4DJHA 145LA 1L46A 260LA 3DKEX 1D2WA 109LA 1P6YA 4PJZA 1L55A 259LA 1C69A 4I7SA 1L64A 2L78A 1C63A 1L54A 2QB0B 126LA 1L56A 3OE6A 1L14A 1L61A 1CV5A 2O79A 4ARQA 1QTCA 3C8RA 167LA 2OU9A 1DYFA 1L91A 114LA 4W59A 3DMXA 2RBQA 1L59A 115LA 233LA 249LA 1CU3A 1C60A 4EKRA 4YXCA 4EKSA 2RB1X 177LA 1P7SA 1P46A 4W53A 1JQUA 1L62A 1L95A 5I14A 3HUKA 262LA 1LGUA 1P37A 1CX7A 1QTZA 1L15A 3CDOA 3HTDA 1LYHA 187LA 239LA 1CX6A 4PK0A 4S0WA 3SB5A 152LA 3HDEA 4I7QA 1CV6A 211LA 161LA 1T8FA 1D3FA 1L0JA 1L23A 1L11A 1C61A 1LGWA 1L29A 2OEAX 1L90A 183LA 178LA 1C6JA 151LA 1L77A 192LA 2B73A 1L02A 2RB2X 3GUIA 4I7KA 137LA 190LA 1PQKA 3G3XA 112LA 3GUJA 175LA 1G1WA 3DMVA 1CU5A 4LDOA 1C6FA 2OTZX 3F8VA 1G0JA 3HH6A 1D3JA 3HT7A 3DMZA 1P2RA 4I7MA 2O7AA 1LI2A 1OV7A 3NYAA 1C6KA 1L44A 1L93A 1L57A 1CV0A 1L39A 1L30A 2NTGA 1L52A 228LA 223LA 209LA 138LA 1DYGA 3DNAA 1L27A 1L21A 1L58A 1CVKA 1L73A 1L34A 4ARQB 2QARC 1QT7A 3GULA 1G1VA 3HH5A 4DKLA 130LA 1L36A 1KY1A 1ZURA 232LA 254LA 170LA 3SBBC 1L09A 197LA 216LA 1L85A 143LA 243LA 1L31A 4EXMA 3V2WA 4GBRB 205LA 1L24A 1SWYA 3C83A 160LA 2RH1A 4LDLA 1L66A 1L17A 3C8QA 1XJTA 176LA 2OE4X 102LA 2Q9DA 242LA 1L07A 1CUQA 218LA 3OE9A 1LWKA 3DN4A 2LC9A 1QSBA 1L75A 224LA 230LA 219LA 1DYAA 118LA 1LWGA 246LA 237LA 156LA 7LZMA 248LA 2ANVA 3HTGA 1C68A 4I7JA 1K28A 1P56A 1OVHA 4W57A 1C6DA 1L26A 1L10A 163LA 221LA 2LZMA 1L13A 1G0GA 1L43A 1D2YA 1L0KA 120LA 1OV5A 1T6HA 4I7TA 3SN6R 1L05A 1L96A 4ARMB 3RZEA 1L86A 2B72A 1L84A 1G0QA 1P2LA 2LCBA 3GUOA 4E97A 235LA 212LA 4IAPA 4I7PA 252LA 3G3VA 1L03A 1L41A 1L97A 1L63A 185LA 1CUPA 1CU0A 1G0PA 1L35A 210LA 201LA 104LA 195LA 1QTHA 1L88A 1C62A 1ZYTA 1L37A 1LI6A 3FADA 1L70A 3SB7A 1ZWNA 1G0KA 108LA 258LA 1L00A 2B75A 3C7YA 226LA 1QT6A 1PQJA 1LYDA 1KW5A 3PDSA 3HTBA 4W54A 4W55A 1DYEA 2OU8A 181LA 244LA 4I7RA 2F2QA 256LA 231LA 1C6AA 1T8GA 3SB9A 184LA 1L22A 1L65A 4YX7C 3OE0A 3QAKA 1SX7A 110LA 1L51A 234LA 157LA 1L82A 1C6IA 4AQNA 1LPYA 1LYGA 1QUDA 1CV4A 1P3NA 4ARPA 129LA 2RBRA 1LYIA 199LA 1C6BA 1CU6A 182LA 1C6EA 1L06A 1L33A 3NY8A 1KNIA 257LA 1NHBA 4EPIA 1C6MA 2RBSA 1L16A 1L28A 1L19A 147LA 1QUOA 3HWLA 2F47A 4GRVA 1G07A 1C6LA 1G06A 1PQMA 165LA 125LA 3C80A 1P5CA 1OVKA 1KY0A 113LA 1DYCA 1OWZA 3FA0A 3PBLA 1C65A 3UONA 2O4WA 3CDQA 3L2XA 2Q9EA 2B6ZA 1L38A 240LA 1D3NA 1L60A 2B6WA 1L99A 3G3WA 131LA 1QTDA 3GUMA 111LA 1L47A 2A4TA 1P36A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NBYC 3HBHA 4ARLA 225LA 3V2YA 1WQPA 4TTDA 5DM9A 3QNGA 4H8ZA 3L64A 4N0JA 1C6QA 1QTKA 4N5RA 2BLYA 3RUNA 4LT2A 4Z3MA 5KXXA 1GB8A 4ZFPA 4FDYA 1J1XY 2BQIA 2B6TA 4J7VA 3HH4A 1SX2A 1LYYA 1LJJA 1NBZC 1LSMA 2H9KA 2C8OA 1PQIA 3J6KA 1C6NA 1LW9A 4H9EA 4YF2A 5KY1A 4MR1A 1NWGA 4GCBA 4NSIA 5HMVA 2YBIA 1AZFA 4LDEA 1L89A 255LA 4OWBA 4EJ4A 1OUGA 1C7PA 1QS9A 4GCEA 1L83A 1HFYA 4I7OA 4WLDA 1C64A 5LVGA 1L45A 3AZ4A 3BKHA 3AZ6A 1UIAA 139LA 1LZGA 1XFPL 1GFHA 1QT5A 3HT9A 4PRUA 2YBJA 1EQEA 3NY9A 6LYZA 1MELL 5C6IA 2YBMA 3EBAB 4HJVA 3DN3A 1D9UA 155LA 4YEOA 1C6CA 1KXWA 3C82A 1B2KA 1LI3A 2CGIA 4WM5A 1T3PA 2NTHA 1LZ9A 1OUAA 1OUCA 1REZA 1OQMA 1JTMA 1H6MA 3E3DA 236LA 3WPKA 1G7HC 3C8SA 1IEEA 4NGLA 1QS5A 5EBHA 2CUUA 3GUPA 1GFEA 1JTNA 2IHLA 2BQJA 3AGIA 3HU8A 1C45A 1I6SA 4NY5A 1WTMA 4C3WA 1GBSA 1LYEA 188LA 2D4JA 3A34A 1L40A 1T97A 4XADA 4EMNA 1G7IC 4W58A 5JENB 2F4AA 2OE9X 1LKSA 4WOAA 1V7SA 4ET8A 2NWDX 1L81A 1QUHA 1REYA 3LZ2A 2HUMA 1GFRA 1LYFA 142LA 245LA 4H9FA 1LLHA 3TMXA 1OWYA 1GWDA 1L74A 5DN5A 3A93A 1XGUC 4ARJA 3W6EA 5T3FA 3GXKA 4NWHA 1CJ7A 3G3BB 4I7SA 2DQCY 1L64A 3W3EA 1C63A 1B7SA 3TXGA 2EPEA 4B1AA 3OE6A 3M18B 4NHQA 4OWCA 3IWRA 2OU9A 1L91A 1KXYA 2RBQA 3RU5A 4J0LA 3WXUA 1GF9A 1LJ4A 4EKSA 3WU9A 3HBDA 177LA 1JIYA 4EOFA 1DQJC 262LA 3WU7A 1LZBA 1LGUA 1P37A 1L15A 1QUTA 5KXOA 1HELA 4LYMA 5LYMA 1CX6A 4TSCA 2ZWBA 4RLNA 152LA 1WVVA 2AUBA 3HDEA 4I7QA 211LA 2OEAX 3IJVA 178LA 1GE0A 4NEBA 4PRQA 192LA 2B73A 5C6JA 4UWUA 1LPIA 1PQKA 112LA 2CDSA 1IC7Y 1G1WA 1CU5A 2MEAA 4OWEA 2EKSC 1UIEA 4I7MA 1OV7A 1TDYA 1L93A 3J4GA 1L52A 1LHKA 1OP9B 228LA 1YIKA 223LA 3DNAA 138LA 1QUSA 4ZIXA 4NFVA 2GV0A 2QARC 1LKRA 5LINA 2EIZC 4DKLA 5HNCA 2Z19A 232LA 170LA 2Z2FA 3TXIA 1JTOL 4WMGA 1GB6A 2Q0MX 3W6AA 3C83A 1FLWA 160LA 3D9AC 3C8QA 4H9CA 176LA 2OE4X 2Q9DA 3OE9A 1QSBA 1L75A 224LA 3ATNA 230LA 2BQLA 2YBNA 246LA 1DI3A 1C68A 3HFMY 1C6DA 2ZQ4A 1QSAA 2LZMA 1L13A 4IATA 3ULRA 4GLVA 120LA 4ARMB 1FDLY 4GN3A 2B72A 1L84A 1P2LA 4B4EA 2MEIA 4E97A 4I8SA 212LA 4I7PA 1XGPC 1CU0A 4WM3A 1LZ8A 1G0PA 1AM7A 1L35A 104LA 1QTHA 4NGOA 2HEFA 3SB7A 1LSZA 4QGZA 1IY4A 1HSWA 2B75A 5HNLA 1YANA 1LYDA 134LA 5L3IA 1RI8B 5KKJA 2OU8A 181LA 3LYTA 1T8GA 4WLYA 1GHLA 3B0IA 184LA 3T6UA 1L65A 3A3QA 5LA5A 1HNLA 4ETEA 1GPQC 1LPYA 4DWXA 4KL7A 1CU6A 1YROA 182LA 3RZ4A 1GB5A 7LYZA 1L19A 147LA 2F47A 2MECA 3W6BA 1G07A 1C6LA 165LA 3B0OA 4H90A 1P5CA 1KY0A 4M4OA 1IP4A 1J1PY 4NHIA 1BVKC 1YL1X 5AMYA 3UONA 1L38A 4H94A 4Z98A 1OUEA 1L60A 1FBIX 3WW5A 4HJYA 2Z39A 2XBSA 3G3WA 1LZ1A 4NGWA 3VWOA 1LJGA 1DKJA 3WPJA 4B4JA 3K3TA 4HTNA 3TXEA 2RBOA 3K2RA 4HJZA 1PQDA 4I7NA 5DL9A 1G0MA 1XEJA 1D0MA 5B07A 4HPEA 3CT1A 2OTYX 1LJKA 214LA 1HENA 1HHLA 200LA 4WL6A 2ANXA 4J1AA 2F4GA 1L42A 1GFTA 1LSGA 1LMAA 3EMLA 1ALCA 3T36A 4DDAA 1QT3A 1LMQA 1QT4A 2RAYX 1O23A 4LGKA 1D3MA 4WL7A 3WPLA 1TAYA 3TXFA 1IP5A 119LA 3LYOA 3CDRA 1B9OA 3DN6A 1VEDA 164LA 2F32A 1JKAA 5KJ9A 1E8LA 4H8YA 3F9LA 207LA 1EPYA 4N1EI 4WG1A 3ZVQA 169LA 3TXKA 1C6PA 1QSQA 4ANRA 4DDCA 261LA 2YSSC 5APEA 2DQIY 3CSRA 1W08A 4HV2A 4DD2A 1LMTA 2F2NA 251LA 5FEKA 1GXV2 3AW7A 2Z18A 3W6CA 1C66A 1XSFA 1L76A 206LA 1SSWA 3A95A 3MGWA 2HUKA 2RSCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1NBY C;  3HBH A;  4ARL A;  225L A;  3V2Y A;  1WQP A;  4TTD A;  5DM9 A;  3QNG A;  4H8Z A;  3L64 A;  4N0J A;  1C6Q A;  1QTK A;  4N5R A;  2BLY A;  3RUN A;  4LT2 A;  4Z3M A;  5KXX A;  1GB8 A;  4ZFP A;  4FDY A;  1J1X Y;  2BQI A;  2B6T A;  4J7V A;  3HH4 A;  1SX2 A;  1LYY A;  1LJJ A;  1NBZ C;  1LSM A;  2H9K A;  2C8O A;  1PQI A;  3J6K A;  1C6N A;  1LW9 A;  4H9E A;  4YF2 A;  5KY1 A;  4MR1 A;  1NWG A;  4GCB A;  4NSI A;  5HMV A;  2YBI A;  1AZF A;  4LDE A;  1L89 A;  255L A;  4OWB A;  4EJ4 A;  1OUG A;  1C7P A;  1QS9 A;  4GCE A;  1L83 A;  1HFY A;  4I7O A;  4WLD A;  1C64 A;  5LVG A;  1L45 A;  3AZ4 A;  3BKH A;  3AZ6 A;  1UIA A;  139L A;  1LZG A;  1XFP L;  1GFH A;  1QT5 A;  3HT9 A;  4PRU A;  2YBJ A;  1EQE A;  3NY9 A;  6LYZ A;  1MEL L;  5C6I A;  2YBM A;  3EBA B;  4HJV A;  3DN3 A;  1D9U A;  155L A;  4YEO A;  1C6C A;  1KXW A;  3C82 A;  1B2K A;  1LI3 A;  2CGI A;  4WM5 A;  1T3P A;  2NTH A;  1LZ9 A;  1OUA A;  1OUC A;  1REZ A;  1OQM A;  1JTM A;  1H6M A;  3E3D A;  236L A;  3WPK A;  1G7H C;  3C8S A;  1IEE A;  4NGL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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