137LA

Structural basis of amino acid alpha helix propensity
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKFELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 56
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-08-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 137lA00
1CX7A 226LA 3QAKA 1L19A 2OE7X 2OTYX 3HTBA 1L16A 1QS5A 248LA 1L28A 1C6BA 4ARPA 1C6QA 1L50A 3DN0A 1L41A 1L95A 1OV7A 4YXAC 3G3XA 3HUKA 1T6HA 1L36A 1G06A 182LA 3SB6A 127LA 1L56A 1QT3A 4I7TA 1L82A 3V2YA 1L26A 3DKEX 1L59A 1L0JA 2HUMA 3DN6A 175LA 1L80A 107LA 142LA 3RZEA 1L55A 227LA 4PK0A 1L35A 3C83A 1L05A 255LA 1KY1A 1L93A 1LYHA 2B6ZA 221LA 1L64A 123LA 1OWZA 1L25A 3RUNA 1SX7A 158LA 1DYCA 3HDEA 113LA 200LA 2F2QA 1I6SA 1G0JA 3HH5A 1P56A 215LA 4GRVA 211LA 1CU0A 1LI2A 231LA 1XEPA 3CDRA 164LA 3CDTA 1QS9A 192LA 1L18A 1OV5A 1WTHA 1L90A 3L64A 152LA 1L10A 2B6YA 3HH4A 213LA 3GUMA 3SB9A 3HU9A 2RBOA 196LA 222LA 1L48A 1L54A 1L14A 1L32A 1L61A 209LA 252LA 1L0KA 3G3WA 1CVKA 257LA 1LYEA 130LA 1LYGA 3VW7A 174LA 1PQIA 137LA 188LA 1C6EA 1NHBA 1CUPA 2RB2X 1CU2A 1L86A 2RB0X 1QUDA 1LYDA 1QT8A 3FA0A 205LA 4ARQB 262LA 1QTDA 3GUKA 4PJZA 109LA 1T8AA 4I7SA 1L68A 3HU8A 3C82A 1PQKA 1L02A 3GUNA 3DN3A 1L58A 4I7MA 185LA 148LE 2L78A 184LA 1CV5A 177LA 4DJHA 3HTDA 4I7QA 1D3NA 168LA 187LA 2ANXA 2RAZX 3HDFA 3SBAA 4EKSA 1C6KA 1L70A 1L22A 3PBLA 4IAPA 2LCBA 1TLAA 4LDLA 1L92A 1G0GA 1C6AA 1P5CA 4EXMA 3HT8A 1DYFA 1KS3A 4W51A 1P3NA 3V2WA 1PQDA 1L98A 2OTZX 1C67A 1EPYA 3DMZA 1T8FA 235LA 217LA 1L31A 3HUQA 163LA 1L57A 1LYIA 1CX6A 1KW5A 3C81A 243LA 1QUHA 2O79A 167LA 3HUAA 4EPIA 1C6MA 1L91A 1ZYTA 3GUJA 138LA 1SWZA 4LDEA 1L74A 236LA 1C6TA 7LZMA 1G0MA 1XJTA 114LA 3C7WA 3GUPA 4I7JA 1P64A 3NYAA 1QSQA 229LA 115LA 1L00A 1L29A 144LA 1D3FA 128LA 1DYDA 147LA 1L67A 1L77A 1C6HA 1G0QA 1SX2A 2RBRA 1L07A 1L89A 176LA 140LA 3C8RA 3F8VA 4W59A 1G1VA 169LA 1DYAA 4EKRA 3HTGA 6LZMA 246LA 1CV0A 210LA 3GUOA 1L69A 1L12A 1L03A 111LA 1L33A 1L13A 2QB0B 4I7KA 3C7ZA 3DN8A 1JTMA 1L39A 2OU9A 3HWLA 4E97A 126LA 1T97A 4EKQA 1QTVA 244LA 3DMVA 3FADA 1C6NA 1CV4A 1QT7A 2OU0X 253LA 232LA 1QUGA 1G0PA 3SBBC 220LA 1L45A 1C66A 3HH6A 1CU6A 1CV1A 131LA 2NTHA 161LA 3SB7A 3NY8A 3FI5A 3HT6A 1T8GA 223LA 1C60A 178LA 125LA 1L65A 1G0LA 239LA 1D2WA 1PQOA 2O7AA 1P2RA 165LA 4W53A 1OVJA 218LA 2ANVA 1L53A 3DN1A 2RH1A 4K5YA 1L81A 3K2RA 1KY0A 1K28A 4W56A 1SSWA 1QSBA 1L84A 1D3MA 2Z6BA 247LA 4I7OA 120LA 3G3VA 4LDOA 1L27A 4ARMA 1D2YA 3ODUA 1C6LA 1L11A 1XJUA 1C63A 1B6IA 245LA 3DNAA 3NY9A 3SN6R 3GULA 2OU8A 1D9WA 3HTFA 259LA 3C80A 172LA 1QTHA 2OE9X 139LA 1G1WA 219LA 3PDSA 2LC9A 3D4SA 1QTZA 2CUUA 4EJ4A 1L71A 1QTCA 224LA 1DYEA 1L49A 1L87A 1DYGA 1C6JA 1L24A 1LGXA 4OO9A 242LA 157LA 143LA 1CV6A 191LA 1L52A 122LA 2RBQA 1C62A 228LA 1C6IA 1C64A 1P2LA 166LA 1L30A 1LW9A 170LA 119LA 238LA 4EPFA 3C8SA 3OE8A 4W54A 4W58A 261LA 1L63A 1L01A 1CV3A 250LA 3LZMA 4AQNA 1QUOA 3CDVA 251LA 189LA 1G0KA 212LA 1P6YA 1SSYA 1LYJA 162LA 1L43A 1LGWA 4LZMA 2A4TA 110LA 1C6PA 1KNIA 171LA 1JQUA 2LZMA 156LA 214LA 3OE6A 3SB5A 2HUKA 1QT5A 4I7NA 4S0WA 1L83A 1L96A 2RBNA 1L42A 4W55A 160LA 1CTWA 2RB1X 1L97A 3C8QA 1L40A 1L23A 2B70A 2NTGA 2OE4X 1P37A 1L75A 216LA 1L08A 3HT9A 3GUIA 4I7LA 1L04A 3OE0A 1C6DA 1L37A 2RAYX 195LA 2RBSA 1C65A 4GBRB 1L21A 2B72A 2O4WA 206LA 3UONA 1C6FA 2IGCA 1L09A 1ZURA 1CU5A 1LLHA 2Q9EA 145LA 103LA 150LA 4W52A 1SWYA 1JTNA 4EKPA 230LA 1QT4A 149LA 1C68A 1P46A 1OYUA 2B6WA 1L62A 146LA 199LA 3F9LA 4I7PA 1L99A 1L47A 1L85A 2B6TA 4ARLA 190LA 151LA 1P7SA 234LA 181LA 1L88A 1LYFA 1P36A 4ARQA 2B75A 104LA 1LPYA 1C6CA 1OVHA 1LWKA 4DAJA 241LA 1L94A 1L44A 1PQJA 198LA 256LA 1L60A 1L66A 2HULA 258LA 2B7XA 141LA 1CUQA 1LI3A 237LA 2B74A 197LA 1QTBA 1OVKA 159LA 3DN4A 2B6XA 186LA 1D3JA 1LGUA 1LI6A 254LA 3CDOA 1L72A 1C6GA 2F47A 2B73A 118LA 5LZMA 3SB8A 2OEAX 108LA 1L38A 1QT6A 1C69A 1L17A 233LA 3L2XA 1KW7A 1L51A 201LA 155LA 2F32A 1L79A 1ZWNA 1OWYA 4DKLA 5I14A 1PQMA 260LA 180LA 3OE9A 112LA 3CDQA 1G07A 3EMLA 2Q9DA 183LA 173LA 1L15A 3JR6A 129LA 1L06A 3C7YA 4ARMB 1L76A 4YX7C 240LA 1LWGA 4ARJA 2RBPA 3DMXA 1CU3A 3HH3A 4YXCA 3DN2A 4ZPUA 102LA 1DYBA 1L46A 1C61A 4W57A 2QARC 249LA 1L34A 1L20A 225LA 4I7RA 1L73A 3HT7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QAKA 1L19A 4DWXA 2BQBA 1D0MA 2YDGA 1GBOA 1GAYA 1IOTA 1OV7A 4WO6A 3G3XA 1T6HA 1GE4A 4I7TA 3EMSA 1IORA 3DKEX 2HUMA 1B7QA 2XBRA 1PS5A 1L55A 1F10A 1JIYA 1L05A 255LA 3N9CA 3TXHA 2EIZC 4OW1A 1LYHA 2I25L 5KXLA 3RUNA 4GN5C 200LA 3F6ZA 3HH5A 2DQDY 1CU0A 1LI2A 4DC4A 3CDTA 2ZYPA 1L18A 1QSWA 2LYOA 3AJNA 3L64A 5KXZA 4PRQA 152LA 213LA 222LA 1L48A 3QY4A 4AXTA 1L14A 1L32A 1L61A 1LYEA 130LA 1LYGA 3VW7A 5I4WA 3P66A 2Z37A 4NGZA 4QDNA 1JSFA 1C6EA 1NHBA 1CU2A 1LAAA 1QUDA 1LYDA 2GV0A 262LA 4PJZA 3EBAB 109LA 1JKBA 1AT5A 1YIKA 5IDDA 4NGWA 3C82A 1QUTA 1JTOL 3W6BA 2BPUA 2DQFC 4H92A 4LFXA 4WM2A 148LE 5C6IA 4GN4A 184LA 4I0CA 1CV5A 5IHGA 177LA 4YM8A 4WG1A 4H93A 4I7QA 5KXNA 168LA 3B72A 2ANXA 3HDFA 4EKSA 4RDSA 1DKKA 1L22A 1LZTA 9LYZA 1TLAA 4LDLA 1P5CA 2A7DA 1LHMA 3A95A 1P3NA 3V2WA 4NG8A 1L98A 1EPYA 1T8FA 4LFPA 235LA 1VATA 4ETAA 1H87A 5DM9A 163LA 3A93A 1LJ3A 1DXJA 1LYIA 1LZBA 4J0LA 1QUHA 1LHIA 2I6ZA 1L91A 1ZYTA 1G0MA 1BB7A 4NGJA 114LA 3C7WA 4P2EA 1QSQA 4LYMA 229LA 1GFVA 1GAZA 1D3FA 128LA 2N5ZA 4BADA 1NMMA 1NWGA 1VAUA 4C3WA 3HFMY 1DPWA 1SX2A 2RBRA 1LZ8A 1B9OA 1GWDA 3C8RA 3F8VA 1G1VA 1LHHA 2MEDA 1QUSA 3LYMA 2DQAA 4WM3A 5KY1A 1XGQC 3TXIA 1JSEA 2LZTA 1L03A 1YANA 4I7KA 1IWTA 2OU9A 4E97A 3DMVA 1C6NA 2D6BA 220LA 131LA 4LT0A 1GDXA 3LZTA 1IR7A 3HT6A 3A6CY 4M6DA 2BQFA 1G0LA 3IJUA 1EQ5A 1L53A 5HNCA 1KY0A 1K28A 4WLDA 4B4EA 4QGZA 1O23A 4LDOA 1KIPC 1LSCA 5D5CA 3TXBA 1NF5A 1BB5A 245LA 3DNAA 2OU8A 4OWEA 259LA 3C80A 2OE9X 3PDSA 3D4SA 1QTZA 1IC4Y 1L71A 1QTCA 1J1OY 2CWIA 193LA 1DYEA 1D6PA 1LSFA 5LVGA 3W6EA 157LA 122LA 4X3BA 1OUBA 228LA 5LINA 5LVJA 1LMPA 4H9AA 4EPFA 3OE8A 1B5VA 4W58A 2XTHA 4NHSA 1FLQA 3P64A 1ZV5L 251LA 212LA 1GEZA 1P6YA 1SSYA 4HV2A 4LT2A 5L3HA 1C6PA 5LA8A 214LA 2HEEA 4KL7A 1LSNA 5C6JA 5I4YA 1OUGA 3AW6A 3TMUA 4G4HA 2BQOA 3B6LA 2B70A 1LZNA 1HSXA 2OE4X 1IOQA 1YAMA 1L75A 216LA 3HT9A 1B7PA 3GUIA 3ZVQA 1L04A 1G7HC 2RAYX 2RBSA 2W1YA 4GBRB 3N9AA 2O4WA 2Q9EA 150LA 1LZAA 4XJIA 2D4IA 4DDAA 3D9AC 3OK0A 2ZYCA 1JTTL 5FEKA 230LA 4DD3A 149LA 1IWWA 4H8YA 1GF6A 2B6WA 2MEAA 1L62A 1LKSA 1WQQA 3WYHA 199LA 3F9LA 4NGVA 4I7PA 2Z39A 4D9ZA 1GF8A 3WVXA 1EQEA 1OUCA 2B6TA 4TTDA 1IP1A 234LA 5I4XA 6LYZA 2BQGA 4XJBA 3WXTA 1LYFA 1C08C 1LWKA 1GFAA 2Z18A 1PQJA 1NDGC 258LA 2BLYA 1QTBA 1OVKA 1LZCA 4WG7A 3AW7A 2B6XA 186LA 1D3JA 1L72A 2LHMA 2F47A 1UIFA 4CFPA 1V7TA 2D4JA 194LA 4N0JA 5DN4A 3L2XA 1KW7A 1L79A 1LOZA 1OWYA 5I14A 4GCFA 3T36A 3WVYA 1G07A 3EMLA 1WQPA 1H6MA 4MSTA 5D5FA 2ZQ3A 129LA 2HEFA 2FYDA 5FCPA 1B7MA 1L76A 3A94A 4H8XA 3DMXA 5I5QA 1HEOA 3HH3A 4N8ZA 1JPOA 1DYBA 1YAOA 1L46A 1C61A 4DD7A 1FKQA 3WPLA 1RCMA 5KXWA 2YBHA 2Q0MX 4I7RA 4GCCA 3HT7A 1HC0A 1B7SA 4HJZA 1JKDA 1KXYA 3HTBA 4NSGA 4H90A 1LMNA 3AGHA 248LA 4ARPA 153LA 1C6QA 1L50A 1L41A 2AUBA 5APDA 1OUAA 3HUKA 4PPOA 4LGKA 3SB6A 4XN6A 1B0DA 1L26A 1L0JA 4J1AA 2YBMA 1LSMA 1L80A 4TX7A 1L93A 2B6ZA 221LA 1L64A 2IHLA 1RJCB 4H9EA 1L25A 2MEGA 4YEMA 113LA 2F2QA 4WLTA 3AZ5A 1IP6A 1I6SA 5B05A 1IY3A 2C8OA 4GRVA 5FDJA 2BLXA 211LA 1OUEA 192LA 1WTHA 5JENB 4YEOA 4XJHA 3HH4A 3SB9A 2RBOA 1L54A 3RT5X 1UIDA 209LA 1L0KA 1GFEA 174LA 5LYTA 2BQEA 1FLWA 2D91A 4GLVA 1YKXX 1LHJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3QAK A;  1L19 A;  4DWX A;  2BQB A;  1D0M A;  2YDG A;  1GBO A;  1GAY A;  1IOT A;  1OV7 A;  4WO6 A;  3G3X A;  1T6H A;  1GE4 A;  4I7T A;  3EMS A;  1IOR A;  3DKE X;  2HUM A;  1B7Q A;  2XBR A;  1PS5 A;  1L55 A;  1F10 A;  1JIY A;  1L05 A;  255L A;  3N9C A;  3TXH A;  2EIZ C;  4OW1 A;  1LYH A;  2I25 L;  5KXL A;  3RUN A;  4GN5 C;  200L A;  3F6Z A;  3HH5 A;  2DQD Y;  1CU0 A;  1LI2 A;  4DC4 A;  3CDT A;  2ZYP A;  1L18 A;  1QSW A;  2LYO A;  3AJN A;  3L64 A;  5KXZ A;  4PRQ A;  152L A;  213L A;  222L A;  1L48 A;  3QY4 A;  4AXT A;  1L14 A;  1L32 A;  1L61 A;  1LYE A;  130L A;  1LYG A;  3VW7 A;  5I4W A;  3P66 A;  2Z37 A;  4NGZ A;  4QDN A;  1JSF A;  1C6E A;  1NHB A;  1CU2 A;  1LAA A;  1QUD A;  1LYD A;  2GV0 A;  262L A;  4PJZ A;  3EBA B;  109L A;  1JKB A;  1AT5 A;  1YIK A;  5IDD A;  4NGW A;  3C82 A;  1QUT A;  1JTO L;  3W6B A;  2BPU A;  2DQF C;  4H92 A;  4LFX A;  4WM2 A;  148L E;  5C6I A;  4GN4 A;  184L A;  4I0C A;  1CV5 A;  5IHG A;  177L A;  4YM8 A;  4WG1 A;  4H93 A;  4I7Q A;  5KXN A;  168L A;  3B72 A;  2ANX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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