137LA

Structural basis of amino acid alpha helix propensity
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKFELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 56
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-08-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 137lA00
3C7YA 4ARLA 3F9LA 4E97A 4I7RA 2B6ZA 1C62A 1L50A 1C68A 1P3NA 4ARQB 1L88A 1LGXA 1L25A 1OWZA 1OVKA 1D3JA 227LA 1L15A 4ARPA 176LA 1QT5A 2B6XA 6LZMA 235LA 1QS5A 1L36A 2B74A 1JTMA 2RBSA 161LA 2LC9A 164LA 186LA 1EPYA 2RBOA 3F8VA 4YX7C 215LA 217LA 4EKQA 1C60A 1LW9A 143LA 1G0MA 1L03A 3DN3A 3HH3A 249LA 1D9WA 185LA 1KY0A 3DKEX 151LA 1D3FA 1C6PA 187LA 113LA 1C6KA 1LI3A 3CDTA 226LA 129LA 4EPIA 3CDQA 2OE9X 1G0KA 1L58A 4EKRA 3CDOA 4EKSA 2B75A 1L83A 2OE7X 1P36A 2F32A 1T8GA 3C83A 4W55A 1P56A 2OU9A 1L73A 1QT3A 3K2RA 1C69A 128LA 4W57A 148LE 3DMVA 225LA 2RBQA 3GUNA 4YXCA 1L91A 3GUJA 1TLAA 237LA 1LYHA 2RB2X 4I7SA 3HWLA 1C6JA 1L42A 1T97A 167LA 3LZMA 210LA 1L66A 1K28A 1L34A 4I7PA 2Z6BA 1CV4A 1C6MA 122LA 2CUUA 2F47A 4I7NA 4K5YA 232LA 157LA 262LA 1L77A 198LA 4IAPA 150LA 3L2XA 1NHBA 3ODUA 4AQNA 1QT8A 1L06A 1C6GA 1L98A 1DYAA 1L0KA 222LA 103LA 3EMLA 1L13A 1L80A 1L46A 183LA 1CUPA 1D2WA 1L29A 1L21A 1QTCA 3FA0A 3RZEA 2NTGA 4I7TA 4EJ4A 1QT7A 3DN4A 1PQMA 1L24A 3GUMA 1L54A 200LA 3C81A 158LA 1L39A 1LGUA 1L87A 2RBRA 3SB7A 254LA 137LA 241LA 1L30A 1I6SA 1C6FA 3DN2A 3V2WA 1L26A 1G06A 1C63A 189LA 3CDRA 242LA 2A4TA 126LA 224LA 145LA 1L47A 213LA 4ARQA 1L63A 1ZWNA 2RBNA 160LA 125LA 4ARMA 1T6HA 1L40A 245LA 3FI5A 1CTWA 1LGWA 3HUKA 3G3VA 1L43A 1LYDA 1C64A 1C6IA 4I7JA 123LA 1L92A 1L65A 2HUKA 1C6BA 152LA 3JR6A 4W51A 4I7OA 1SWZA 1OVHA 4PJZA 1P5CA 147LA 1DYCA 1L14A 1QUOA 1PQKA 214LA 2OU0X 1QUDA 3HU8A 112LA 219LA 1PQIA 1ZURA 201LA 3HDFA 1LYIA 1QSBA 1PQJA 4W53A 1L59A 171LA 156LA 3HT7A 1L76A 1L53A 1L56A 1DYEA 1L84A 231LA 1SX2A 1L19A 4EPFA 4S0WA 1C6QA 256LA 1CV5A 1C6LA 3OE8A 1L74A 1C6NA 1CV1A 1L45A 247LA 1LLHA 1G0QA 1L94A 1L04A 180LA 2OTZX 1P37A 3SB9A 220LA 1QTBA 4W59A 233LA 175LA 177LA 4LZMA 255LA 3C8SA 244LA 2B72A 3NY8A 3SBBC 1XJUA 253LA 1L49A 1C61A 1DYGA 259LA 216LA 1L37A 1L52A 166LA 1C6DA 4W52A 1G0PA 4YXAC 1L97A 1LYGA 1CVKA 1CV0A 1T8FA 1KW7A 1QTHA 3HUAA 1L95A 1DYBA 2QB0B 102LA 1L85A 162LA 3FADA 1L68A 4W54A 3G3WA 2B7XA 1OV5A 218LA 1LYJA 1P2LA 178LA 1L62A 3UONA 3L64A 173LA 3GUPA 144LA 169LA 2F2QA 3HT6A 1L35A 3C8QA 4W58A 4EXMA 257LA 1ZYTA 1DYFA 1QT6A 1QSQA 1QT4A 205LA 119LA 1SSYA 1QS9A 1C66A 2ANVA 142LA 182LA 211LA 3V2YA 2B70A 1WTHA 3HH4A 1L05A 1LWGA 1L12A 1G0LA 3RUNA 1L55A 3DMXA 3DN0A 1CV3A 3C8RA 1D3NA 1PQDA 1P46A 2OE4X 139LA 1C65A 4PK0A 1P7SA 3SBAA 2Q9EA 1QTVA 1C6CA 190LA 1JTNA 3C7WA 1L86A 159LA 1G0JA 3SB6A 1L09A 2OU8A 107LA 165LA 3C82A 1L60A 1PQOA 3DN8A 115LA 1L07A 1QTZA 221LA 3OE6A 4I7QA 1L17A 1QTDA 130LA 1QUHA 1B6IA 2B6YA 2HULA 1G1VA 1CV6A 1L28A 138LA 1L41A 1KW5A 3DN6A 3PDSA 1XEPA 2RB0X 1OYUA 1KNIA 2LZMA 1L33A 3HTBA 3SN6R 1L02A 1CU3A 3HTFA 228LA 2O4WA 1LPYA 127LA 1C6TA 199LA 1T8AA 212LA 131LA 1CU2A 230LA 206LA 196LA 251LA 3C7ZA 1L79A 1LI6A 1XJTA 188LA 4ARMB 3HUQA 209LA 3HU9A 1L00A 1L82A 2B6WA 4ZPUA 3GUIA 248LA 1P6YA 4OO9A 1C6EA 3HT9A 234LA 1L11A 1L72A 1G1WA 118LA 1L75A 1L81A 3SB8A 3SB5A 3CDVA 1CUQA 149LA 146LA 250LA 1L16A 104LA 239LA 1C6HA 4I7LA 3DMZA 184LA 1L90A 1L93A 1CU6A 2Q9DA 4LDEA 172LA 1P64A 258LA 1KS3A 1C6AA 4DAJA 3D4SA 3NYAA 1L44A 4ARJA 1D3MA 4DJHA 181LA 2RAYX 109LA 1C67A 3HDEA 3HT8A 3HTGA 261LA 192LA 1D2YA 1CU5A 1L69A 2B73A 1SWYA 1G07A 2NTHA 4GRVA 1KY1A 1LYFA 3HTDA 2ANXA 191LA 1L18A 1SSWA 1OWYA 260LA 155LA 7LZMA 2O7AA 141LA 2IGCA 3OE9A 1G0GA 1L99A 1CU0A 1L64A 229LA 170LA 5I14A 1SX7A 168LA 1L71A 1LI2A 1LWKA 2RB1X 2OTYX 1L57A 240LA 1L20A 1L51A 4DKLA 3QAKA 114LA 238LA 243LA 3OE0A 2OEAX 3G3XA 3VW7A 1OV7A 3GUKA 120LA 236LA 1L70A 4LDOA 4GBRB 1L22A 1CX6A 1L61A 3DN1A 2RAZX 3NY9A 223LA 1L38A 1CX7A 1DYDA 2RBPA 1L96A 2RH1A 252LA 1L48A 1QUGA 1L0JA 4I7MA 1L89A 2QARC 3DNAA 3GULA 1L27A 3C80A 163LA 1L32A 2O79A 1LYEA 197LA 3HH6A 108LA 246LA 3GUOA 3PBLA 4W56A 1L08A 111LA 1L23A 140LA 3HH5A 195LA 4I7KA 2B6TA 4EKPA 1L10A 1L31A 5LZMA 2HUMA 174LA 1JQUA 110LA 1L67A 2L78A 2LCBA 4LDLA 1L01A 1OVJA 1P2RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3F9LA 2B6ZA 2LYZA 5FELA 5DL9A 1DI5A 1LSDA 1SLYA 4EOFA 3A93A 4O34A 4ARQB 1LGXA 1VDQA 5I5QA 4H9IA 4IATA 4ETEA 1L15A 1B5VA 3CSQA 4H91A 6LZMA 1TEWA 2DQDY 7LYZA 5LINA 2RBSA 2LC9A 2ZILA 1E8LA 1L03A 1GE0A 1LZ6A 1ZVYB 185LA 1KY0A 1MELL 1C6PA 187LA 113LA 1C6KA 1LZEA 1SQ2L 5KXLA 1A2YC 2OE9X 3N9AA 5I54A 1IOQA 1GFHA 4EKRA 1HMKA 4EKSA 1OP9B 5APCA 3C83A 3LYZA 1P56A 1QSWA 1C69A 4W57A 1NF5A 4QDNA 2X0AA 2ZNWY 1LMAA 1C6JA 2H5ZA 1XEIA 1L34A 1UIBA 2A7FA 4ET8A 3AZ7A 1C6MA 2CUUA 2F47A 4I7NA 1VEDA 3T6UA 1GF5A 1UIHA 262LA 4BAPA 198LA 3L2XA 4AQNA 1WQNA 3EMLA 2YBLA 103LA 1L80A 1YIKA 1D2WA 1L29A 3FA0A 1L21A 2NTGA 4NEBA 1L24A 1L54A 2FYDA 200LA 1LZRA 158LA 1LZ4A 4WG7A 1GB5A 1I6SA 1LSBA 1IWZA 3DN2A 3V2WA 5E9RA 1D0MA 5C6LA 4IASA 1DQJC 3CDRA 3HBEX 2RBNA 160LA 1IWTA 4NWHA 4HJZA 125LA 1QDTA 2ZNXY 1JJ3A 1BB6A 3G3VA 2ZYCA 1F10A 3AGHA 1C6IA 3CT5A 1L92A 1H87A 5LAGA 4DD7A 4PJZA 147LA 3WXUA 112LA 4CJ2A 1IP1A 1LYIA 1GF8A 3P66A 1KIQC 3HT7A 1WQPA 1GD6A 1JKBA 1L56A 4WL6A 1LKSA 231LA 5II3A 1YAPA 1HMLA 1C6NA 3A6BY 4H9BA 2BQBA 1C7PA 2F4AA 5KKJA 1GF7A 4R6CA 1O23A 1VDTA 1OUEA 1LYYA 1DI4A 1P37A 4N1EI 233LA 5LVIA 1JTTL 1V7TA 1LTMA 2B72A 1WVUA 1XJUA 1QQYA 2BQEA 1L49A 1C61A 1DYGA 5APFA 1YQVY 1C6DA 1G0PA 2MEHA 4YXAC 5IDDA 1XGUC 4PRUA 1QTHA 3HUAA 1B7SA 102LA 3FADA 1EQEA 4H8ZA 5LYZA 1GFTA 178LA 3B0OA 1BB7A 5LYMA 1B5UA 1N4FA 3LZ2A 4EXMA 3N9CA 1DYFA 1JJ0A 1JTOL 2HTXA 4LT3A 3CT0A 1C66A 1B7NA 2ANVA 1OUHA 182LA 3AZ5A 211LA 3HH4A 1IP7A 1G0LA 1D0LA 1D3NA 1NQIA 4NG8A 4MCKA 2DQJY 4YM8A 2Q0MX 2IFFY 5LVHA 4OOTA 6LYZA 3W6AA 3B72A 1LOZA 159LA 1CJ7A 1L09A 4GCDA 4WM3A 1BB5A 3DN8A 1BWHA 115LA 1IIZA 2BPUA 130LA 1CJ8A 2EIZC 4NWEA 3A96A 4P2EA 2CJLA 5J7CA 2W1YA 4H1PA 2O4WA 5LYTA 1YKZX 5DLAA 5KXXA 3WH1A 1B5YA 1C43A 4X3BA 3TMVA 1LJGA 251LA 1LZYA 2CGIA 154LA 1L00A 1L82A 2N5ZA 3GUIA 248LA 2XBSA 4BAFA 1L72A 118LA 4QEQA 3CDVA 149LA 1L16A 104LA 1C6HA 1IEEA 3DMZA 4I7LA 1LZNA 5F9UA 1C6AA 3G3AB 4DAJA 3D4SA 181LA 1IY3A 109LA 1HEWA 1LZGA 3W3EA 2YBNA 1KY1A 1LHMA 1LYFA 3B0KA 2ANXA 2RSCA 191LA 2FBDA 3QY4A 2G4NA 2O7AA 1IP4A 4LFXA 1G0GA 4ZIXA 3WU7A 4DD9A 5I14A 5F81A 1OUAA 4LYZA 1LPIA 2YBIA 2ZQ4A 5FHWA 1LHKA 2HU3A 1NBYC 3GUKA 120LA 3WU8A 236LA 1YAMA 1L22A 1L61A 3EO5A 1IC7Y 4G4HA 2RAZX 5B59A 2BAAA 1L38A 2XBRA 4MSTA 1LZ1A 1LZAA 4I7MA 1XGPC 5F9XA 3GULA 4W94A 1L27A 3C80A 163LA 2O79A 1LZDA 197LA 4H9CA 3PBLA 1XFPL 3W6CA 3HH5A 5ILCA 4DC4A 5F14A 1L10A 1L31A 2HUMA 2L78A 3HFMY 3W6EA 1J1PY 4XJGA 4I7RA 2BQIA 1C68A 4RLMA 2D6BA 1L25A 1OWZA 1OVKA 3CT1A 4NGYA 4DDAA 4AGAA 4ARPA 176LA 1QT5A 2B6XA 3A90A 1QS5A 1L36A 1VATA 4DQ5A 5T3FA 1JWRA 161LA 3F8VA 1EPYA 2XQOA 4OWHA 4YX7C 1QTEA 1B5ZA 1C60A 3ATNA 3EMSA 5APEA 4HJVA 4GCFA 151LA 4RDSA 8LYZA 3ZEKA 226LA 4M6DA 4EPIA 1G0KA 1L58A 1KXXA 1GBYA 1IY4A 1P36A 4UWNA 2Z19A 5JENB 3CQLA 4RLNA 4I0CA 4XN6A 225LA 2RBQA 4XJDA 3GUNA 1IWYA 1GAZA 1BWJA 1LJJA 1L91A 3RZ4A 1PZYA 4NGIA 4I7SA 167LA 3LZMA 210LA 1L66A 1LAAA 2MEIA 1I1ZA 4N9RA 3A3RX 2D91A 1C46A 5DN5A 3J4GA 4N0JA 1LSYA 4IAPA 3ODUA 2F2NA 1LJKA 4GLVA 194LA 1FKQA 1QT8A 1REZA 1DYAA 1L0KA 1CUPA 3B6LA 4I7TA 5LVJA 1HHLA 3LZTA 1W6ZA 2MECA 3GUMA 3C81A 1L87A 2RBRA 2W1XA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3F9L A;  2B6Z A;  2LYZ A;  5FEL A;  5DL9 A;  1DI5 A;  1LSD A;  1SLY A;  4EOF A;  3A93 A;  4O34 A;  4ARQ B;  1LGX A;  1VDQ A;  5I5Q A;  4H9I A;  4IAT A;  4ETE A;  1L15 A;  1B5V A;  3CSQ A;  4H91 A;  6LZM A;  1TEW A;  2DQD Y;  7LYZ A;  5LIN A;  2RBS A;  2LC9 A;  2ZIL A;  1E8L A;  1L03 A;  1GE0 A;  1LZ6 A;  1ZVY B;  185L A;  1KY0 A;  1MEL L;  1C6P A;  187L A;  113L A;  1C6K A;  1LZE A;  1SQ2 L;  5KXL A;  1A2Y C;  2OE9 X;  3N9A A;  5I54 A;  1IOQ A;  1GFH A;  4EKR A;  1HMK A;  4EKS A;  1OP9 B;  5APC A;  3C83 A;  3LYZ A;  1P56 A;  1QSW A;  1C69 A;  4W57 A;  1NF5 A;  4QDN A;  2X0A A;  2ZNW Y;  1LMA A;  1C6J A;  2H5Z A;  1XEI A;  1L34 A;  1UIB A;  2A7F A;  4ET8 A;  3AZ7 A;  1C6M A;  2CUU A;  2F47 A;  4I7N A;  1VED A;  3T6U A;  1GF5 A;  1UIH A;  262L A;  4BAP A;  198L A;  3L2X A;  4AQN A;  1WQN A;  3EML A;  2YBL A;  103L A;  1L80 A;  1YIK A;  1D2W A;  1L29 A;  3FA0 A;  1L21 A;  2NTG A;  4NEB A;  1L24 A;  1L54 A;  2FYD A;  200L A;  1LZR A;  158L A;  1LZ4 A;  4WG7 A;  1GB5 A;  1I6S A;  1LSB A;  1IWZ A; 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