4I7NA

T4 lysozyme l99a/m102h with 1-phenyl-2-propyn-1-ol bound
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 65
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7nA00
1OWYA 149LA 1L51A 3EMLA 3VW7A 1CUQA 1OVJA 3PBLA 1OYUA 1DYGA 1L20A 1C6HA 1LYHA 1L30A 1QUHA 131LA 3HDEA 1L71A 1SWZA 1L29A 215LA 5LZMA 109LA 1LGUA 3DKEX 137LA 1L12A 1NHBA 3SN6R 172LA 1L64A 4ARJA 1LYDA 224LA 1L13A 1L74A 3GUIA 1SSWA 209LA 261LA 139LA 2HULA 1KW5A 1L87A 3DMXA 1CV3A 2B7XA 140LA 1XJTA 1L0JA 3DMVA 3FI5A 173LA 1C6FA 1L98A 145LA 1L85A 1P36A 2B75A 122LA 4LZMA 1L61A 1LGWA 120LA 4PJZA 1L72A 1L41A 2B74A 168LA 1P7SA 1DYDA 1P64A 1PQOA 3SB6A 1LLHA 185LA 1C62A 252LA 163LA 2RB0X 1OVHA 1L63A 1P3NA 1QT4A 4I7QA 1QUDA 4IAPA 186LA 1T97A 191LA 148LE 3GUMA 1PQDA 1CU0A 1L50A 1C6NA 1CX6A 1L15A 167LA 217LA 1OVKA 3K2RA 1C6MA 3HU8A 2OU9A 1L81A 1C63A 244LA 3CDQA 1JTNA 3JR6A 260LA 2RAYX 1L00A 3DN3A 4PK0A 1L94A 4W56A 1OWZA 188LA 1L35A 1L88A 1L73A 1KY0A 1B6IA 1G0GA 3G3VA 4ARLA 4E97A 1LPYA 1L75A 166LA 259LA 2B6XA 3G3WA 1L59A 3DN6A 1PQIA 1LI2A 1QTBA 247LA 2Q9DA 1L06A 4I7MA 159LA 3HH3A 3NYAA 195LA 3C80A 2RBPA 3DN2A 1DYCA 222LA 4LDLA 4EKSA 1LYIA 141LA 230LA 4ARMB 4W55A 1L34A 4I7RA 1L01A 152LA 1L58A 1QS9A 4ARPA 4DKLA 1L09A 1P2RA 1L90A 2RBNA 1L84A 2LCBA 4ARMA 183LA 1C6JA 181LA 1L18A 2RBOA 4EPIA 1ZURA 2Z6BA 3HDFA 4LDOA 1D9WA 147LA 4DJHA 150LA 1L03A 1CU3A 1L11A 1L56A 1G1VA 196LA 1L37A 1SWYA 7LZMA 1CVKA 231LA 1DYEA 1L45A 1L62A 1KY1A 3SB8A 176LA 180LA 1T8FA 1L04A 1LI3A 4W59A 2QB0B 1L92A 1LWKA 3SB5A 1L22A 3HWLA 144LA 161LA 1L52A 1LW9A 184LA 1LI6A 220LA 1CV6A 211LA 241LA 1WTHA 164LA 1C69A 3HUQA 3LZMA 3GUPA 3RZEA 1G0MA 4W58A 2IGCA 1CU6A 1L66A 1LYJA 1XJUA 4ARQB 189LA 155LA 1ZWNA 175LA 246LA 1LWGA 1L32A 1P46A 108LA 1QTDA 1DYFA 1L21A 1SSYA 110LA 1PQJA 226LA 1C67A 1G0QA 3C7ZA 1G0PA 1JQUA 3HUKA 2RBSA 1JTMA 3GUOA 4ARQA 3UONA 1TLAA 3C7YA 3L2XA 254LA 1LGXA 4EKPA 3DN4A 127LA 119LA 1L89A 3NY8A 2ANVA 118LA 3FA0A 4GRVA 4I7PA 1K28A 1QT5A 1G0LA 250LA 3HT9A 3HH5A 4DAJA 2O79A 1P6YA 1L65A 257LA 1QSQA 3QAKA 1QTHA 2RB2X 256LA 227LA 3SB9A 113LA 3HH6A 223LA 1QUOA 4I7LA 248LA 1C61A 4OO9A 3DN0A 1L05A 1L76A 3HTDA 1ZYTA 4S0WA 1C6TA 4I7JA 1OV5A 251LA 1C6AA 130LA 3F9LA 169LA 1G1WA 1PQMA 243LA 2CUUA 192LA 2O4WA 1G07A 4W54A 4AQNA 3C8SA 160LA 4W57A 225LA 3OE0A 234LA 2ANXA 4I7NA 1PQKA 1L23A 1EPYA 174LA 1L28A 3DMZA 1P2LA 249LA 2L78A 2OE4X 1C6EA 4EPFA 129LA 1C6QA 1L70A 1L27A 1L14A 1CV0A 1L43A 1G0KA 1C6IA 2LC9A 4K5YA 3OE9A 1L95A 3OE6A 1L26A 221LA 114LA 3HT7A 1L60A 1DYAA 4LDEA 1C66A 1QTCA 1L83A 214LA 4YXCA 1C6GA 4W53A 1QS5A 1C6CA 3FADA 1QT3A 1D2YA 1L91A 3L64A 198LA 115LA 1C6BA 3F8VA 4I7KA 2RH1A 1CX7A 1L69A 235LA 3SBAA 1L25A 1L97A 146LA 2F2QA 2RBRA 1P56A 216LA 171LA 255LA 1D3JA 1KW7A 218LA 262LA 1L19A 1L49A 151LA 2B6WA 3CDOA 2B6YA 3GUJA 158LA 1L57A 1L40A 1L39A 1L67A 4YXAC 4EJ4A 177LA 1QT8A 3HTFA 1G0JA 4I7SA 1KNIA 213LA 1C64A 4GBRB 3V2WA 1QTZA 4EKRA 3G3XA 2B6ZA 165LA 123LA 1L31A 245LA 2Q9EA 2OE9X 3CDRA 3ODUA 1CTWA 3PDSA 107LA 228LA 1L77A 2A4TA 157LA 3NY9A 1KS3A 3C83A 2B70A 2OU8A 1LYEA 1L38A 2B72A 5I14A 4EXMA 1D3NA 1P5CA 3V2YA 1L93A 102LA 3C81A 4YX7C 2LZMA 2F47A 3C8RA 1D2WA 182LA 3GUKA 1L16A 1C6LA 1L48A 1L86A 2HUMA 1LYFA 1D3FA 1T6HA 1L17A 125LA 4W52A 1C60A 2NTGA 190LA 2OTYX 2RAZX 4I7TA 3CDTA 103LA 2RBQA 178LA 258LA 1C65A 1QTVA 162LA 237LA 111LA 1L08A 6LZMA 3CDVA 1C68A 1L53A 1L47A 4EKQA 170LA 1LYGA 1L99A 1C6DA 1QT6A 2NTHA 3C8QA 1L33A 206LA 233LA 3HT6A 1L54A 232LA 1D3MA 1OV7A 3HH4A 4W51A 3HU9A 242LA 1C6KA 1QUGA 219LA 1L46A 205LA 1DYBA 1SX7A 1L68A 1L07A 187LA 3C82A 3DN8A 197LA 1G06A 126LA 240LA 3D4SA 2HUKA 1CU2A 1CV1A 1CUPA 253LA 2RB1X 138LA 201LA 3HUAA 128LA 3HTBA 1C6PA 1CU5A 1L96A 1L44A 3GUNA 2OU0X 212LA 1L10A 1T8GA 200LA 2OTZX 1I6SA 1XEPA 229LA 2OEAX 4I7OA 3HT8A 1L55A 1T8AA 2QARC 1L42A 1SX2A 3OE8A 142LA 112LA 3DN1A 1L02A 4ZPUA 2O7AA 3DNAA 2OE7X 1L0KA 2B73A 1CV4A 1P37A 1L80A 1L24A 1L79A 1L36A 236LA 143LA 1QSBA 3SBBC 3RUNA 3SB7A 3HTGA 1CV5A 199LA 239LA 1QT7A 104LA 238LA 3C7WA 210LA 2B6TA 156LA 1L82A 2F32A 3GULA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FKVA 149LA 3CSQA 1H6MA 5KXRA 3VW7A 194LA 3WVYA 1XEJA 1UIAA 2BQCA 1TEWA 1JKCA 2Z39A 1JPOA 4Z98A 1SWZA 109LA 1LHJA 3DKEX 1GAYA 1L64A 3GUIA 1SSWA 2W1YA 209LA 1BB7A 2HULA 3LYTA 4A7DA 5KXOA 2B7XA 1L0JA 3DMVA 4WLXA 1C6FA 5FDJA 145LA 1D0LA 1L85A 1P36A 1GE2A 1JISA 4WG1A 122LA 3WXTA 3B0KA 1L61A 4OOOA 1CJ6A 4PJZA 1D0KA 5F81A 5II3A 2B74A 4CFOA 3A8ZA 4NWEA 1DYDA 4II8A 4WG7A 1LZ4A 252LA 4G4BA 4TSCA 1OVHA 1FLQA 1JIYA 1P3NA 1W08A 4H91A 3GUMA 1IOQA 1CU0A 1L50A 1JTPL 1CX6A 8LYZA 1C6MA 1L81A 5F14A 1C63A 4H8XA 3JR6A 1JTNA 3J4GA 3DN3A 1L94A 1KY0A 3G3VA 1L75A 1LZBA 1GBYA 5I54A 5LAFA 1GFEA 1L06A 1HEMA 3HH3A 1GB6A 3NYAA 5IHGA 2RBPA 1CKHA 1OUHA 4ARMB 4H92A 1L01A 3RW8A 152LA 1IEEA 2D4JA 3HBHA 1QS9A 4G9SA 1NBYC 3IJUA 1P2RA 5M1YA 1L84A 4ARMA 2Z19A 183LA 1C6JA 1GF4A 2N5ZA 2HU1A 181LA 5DN5A 1HFYA 2Z6BA 4P2EA 5KXYA 1GF6A 3A3RX 2Z12A 1CU3A 3EBAB 1L56A 1SWYA 1J1PY 1CVKA 1L62A 5L3IA 1LI3A 5LA8A 2EIZC 4ETCA 1JJ1A 161LA 1KIPC 1LW9A 1WQNA 5LVIA 1CV6A 3HFMY 1WTHA 164LA 1C69A 4EMNA 1XGTC 1G0MA 4W58A 2IGCA 4IASA 4NGVA 2LZ2A 4H9IA 108LA 2YDGA 4NSJA 2EQLA 1LZDA 1DKKA 1SSYA 1T6VL 1GB3A 4DDAA 4MR1A 1HMKA 254LA 127LA 3F6ZA 2BQBA 1BHZA 1GWDA 1YKZX 4WOAA 3LYOA 3HH5A 3RNXA 1UIBA 5FEKA 3ZEKA 1HNLA 1IWVA 5EBHA 113LA 223LA 1IOSA 1GFRA 3LN2A 3DN0A 1FLWA 1L76A 1ZYTA 1OUIA 1C6TA 4I7JA 2YBNA 1HFXA 130LA 3K3TA 3F9LA 4NGYA 1GFJA 1HENA 1PQMA 2BQNA 1C43A 2O4WA 2D6BA 4W54A 4BAFA 1IP3A 160LA 1LSBA 234LA 4I7NA 3W6DA 1L23A 1D0MA 4HJZA 2W1XA 174LA 1C6EA 1DPWA 1LJJA 1G0KA 1C6IA 1OUAA 4K5YA 3OE9A 5LYTA 4WLYA 1L95A 1BB5A 1BGIA 1B2KA 1L60A 1GBXA 4LDEA 1C66A 1QTCA 2CJLA 1YILA 4WMGA 4H9CA 2MEAA 1GF7A 4WM4A 198LA 4TX7A 132LA 3D3DA 3M3UA 1CX7A 1L69A 3BKVA 4WM2A 2RBRA 4BAPA 171LA 4DD2A 3LHMA 1G7HC 1NF5A 3T36A 3GUJA 1XFPL 4C3WA 5LYMA 5DL9A 1LZRA 3CQLA 4EJ4A 177LA 1QT8A 4GCEA 3ATOA 1IR7A 1G0JA 1WQOA 4NHTA 2Z2FA 1QTKA 213LA 1D6PA 1LJEA 3V2WA 4QDNA 1GXV2 1WVVA 4U3XB 1F0WA 2Q9EA 4LYBA 2I6ZA 3ODUA 2HEAA 1GFHA 5F9UA 4NHQA 3G3AB 4GCCA 1IORA 2A4TA 3NY9A 1B7RA 1L38A 4EXMA 3V2YA 1GFGA 3A3QA 1G7IC 5AMYA 2EKSC 1IO5A 1D3FA 4J7VA 1LJNA 4LGKA 1YL0X 4W52A 2OTYX 3TMXA 1F6SA 1NHEA 5KXSA 4GLAA 2DQIY 3CSRA 4WM1A 4EKQA 1C6DA 2NTHA 1L54A 2BQOA 5I4XA 4HV1A 1LHIA 1OV7A 5L9JA 4DD0A 5E9RA 1LHMA 1A4VA 2BQAA 2MEDA 4J1BA 1LPIA 3TXHA 4YEMA 3WU7A 3C82A 3DN8A 1AM7A 2CWIA 2HUKA 4UWUA 1CU2A 1CV1A 1C08C 1YANA 4XJIA 2VB1A 3WPLA 3TMVA 4KT3A 3AZ4A 138LA 3HUAA 1HHLA 4LYZA 4R0FA 1IIZA 1L44A 3GUNA 2OU0X 212LA 1I6SA 4QGZA 2G4NA 1B7OA 4YF2A 2YBHA 1OUBA 1IY4A 1L55A 1T8AA 1UACY 1LSDA 2FBDA 3IJVA 3DN1A 4DC4A 1L02A 4AXTA 2BQDA 5KY1A 4HTKA 2FYDA 4XYYA 2MEBA 1N4FA 4PJ2C 1L80A 1L24A 1QSBA 4HPIA 2CGIA 210LA 2ZQ4A 2I25L 1OWYA 1L51A 2DQGY 4WM3A 2BQLA 4DYGA 2C8OA 3PBLA 1L20A 4N9RA 3M18B 2HU3A 1L30A 131LA 1GB5A 1L71A 4C5FA 1LZ8A 215LA 2ZNXY 5LZMA 3WYHA 137LA 1L12A 1LSZA 4ARJA 224LA 1L13A 4GCFA 2D91A 2LYZA 2IFFY 1EQ4A 3DMXA 1CV3A 1QUTA 1XGRC 4ANRA 1B7MA 1IX0A 2B75A 4LZMA 4TSBA 4H9FA 120LA 5HMVA 4HV2A 1AKIA 3W6AA 3E3DA 1P7SA 1P64A 4OWBA 5FSTA 5T3FA 1QT4A 3AB6A 4I7QA 1XEIA 4H9EA 1T97A 1GF8A 5KXNA 1JKBA 4ET8A 1GE4A 3CSZA 2HECA 4IATA 3K2RA 3AW7A 2BPUA 3VWOA 1LHKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1FKV A;  149L A;  3CSQ A;  1H6M A;  5KXR A;  3VW7 A;  194L A;  3WVY A;  1XEJ A;  1UIA A;  2BQC A;  1TEW A;  1JKC A;  2Z39 A;  1JPO A;  4Z98 A;  1SWZ A;  109L A;  1LHJ A;  3DKE X;  1GAY A;  1L64 A;  3GUI A;  1SSW A;  2W1Y A;  209L A;  1BB7 A;  2HUL A;  3LYT A;  4A7D A;  5KXO A;  2B7X A;  1L0J A;  3DMV A;  4WLX A;  1C6F A;  5FDJ A;  145L A;  1D0L A;  1L85 A;  1P36 A;  1GE2 A;  1JIS A;  4WG1 A;  122L A;  3WXT A;  3B0K A;  1L61 A;  4OOO A;  1CJ6 A;  4PJZ A;  1D0K A;  5F81 A;  5II3 A;  2B74 A;  4CFO A;  3A8Z A;  4NWE A;  1DYD A;  4II8 A;  4WG7 A;  1LZ4 A;  252L A;  4G4B A;  4TSC A;  1OVH A;  1FLQ A;  1JIY A;  1P3N A;  1W08 A;  4H91 A;  3GUM A;  1IOQ A;  1CU0 A;  1L50 A;  1JTP L;  1CX6 A;  8LYZ A;  1C6M A;  1L81 A;  5F14 A;  1C63 A;  4H8X A;  3JR6 A;  1JTN A;  3J4G A;  3DN3 A;  1L94 A;  1KY0 A;  3G3V A;  1L75 A;  1LZB A;  1GBY A;  5I54 A;  5LAF A;  1GFE A;  1L06 A;  1HEM A;  3HH3 A;  1GB6 A;  3NYA A;  5IHG A;  2RBP A;  1CKH A;  1OUH A;  4ARM B;  4H92 A;  1L01 A;  3RW8 A;  152L A;  1IEE A;  2D4J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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