1YANA

Contribution of hydrophobic residues to the stability of human lysozyme: calorimetric studies and x-ray structural analysis of the five isoleucine to valine mutants
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGVSLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Contribution of hydrophobic residues to the stability of human lysozyme: calorimetric studies and X-ray structural analysis of the five isoleucine to valine mutants.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 49
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1yanA00
5B1FA 1AZFA 3TXBA 4WO9A 4WM1A 4RW2A 5F14A 5J7CA 3P64A 5F81A 1LZ4A 4RLMA 1CKHA 4MCKA 4M4OA 4J0LA 4NGZA 1D9UA 4B1AA 4CFOA 4TWSA 2Z38A 1TCYA 1I20A 2I25L 3LZ2A 5FSTA 1LHJA 4DDBA 1UIBA 1LHLA 1QUSA 4I0CA 1JKDA 1LHMA 4GCBA 4GN5C 4TSCA 1CKCA 4W94A 1G7HC 1GD6A 1WQOA 5E4PA 5HMVA 4NGKA 4YEMA 1Z55A 2DQCY 3D9AC 4PRUA 4NGLA 1LZRA 4LGKA 1LSDA 2NWDX 1V7SA 3CQLA 1B5WA 207LA 4MSTA 3WPLA 1LSYA 4NGVA 2X0AA 2Z18A 1IWYA 4ETAA 2DQGY 1LZ9A 1LSFA 4B0DA 4DD9A 1OUFA 1XEIA 3W6DA 1GAYA 1G7MC 3CT5A 2DBTA 4OWCA 1LZAA 1LYOA 3FE0A 4WLXA 1OUCA 4A7DA 4H8XA 4YOPA 194LA 1REYA 2LYMA 4EOFA 133LA 3OJPA 3WULA 1IWZA 1HENA 1PZYA 1OUDA 3J4GA 1A2YC 1E8LA 1UIHA 1OUHA 4G4HA 1GFEA 1NMMA 1GFAA 3IJUA 4PPOA 4UWVA 1JTTL 1QDTA 1LSCA 1UCOA 2ZIJA 4H9EA 5F9XA 1GF3A 1IVMA 1B5XA 2Z12A 3A3QA 1H6MA 3TXHA 1IWVA 1LMAA 3W3EA 4CGEA 1N4FA 1NWGA 1QIOA 4H92A 5KXKA 4HJVA 4HSFA 5D5CA 1YAPA 3AW6A 1DQJC 1IR9A 1XEKA 4H9BA 1LSGA 3A6CY 5APDA 2CWIA 4Z41A 3TXGA 5AMYA 1KXYA 153LA 4KPMA 1DKKA 1LZ6A 4WM3A 2W1MA 5FCPA 1GE3A 2RSCA 4KT3A 5KXMA 4RDSA 4YENA 1ZMYL 1B2KA 2EQLA 2DQHY 4EMNA 1LYYA 4XADA 1IP4A 1GF5A 2GV0A 3CT1A 4HPIA 3WVXA 2LHMA 4PGJB 4P2EA 4NGJA 1FDLY 1YAMA 1NF5A 3A91A 1IWUA 1IY3A 4LYTA 3WUAA 3J6KA 2BQJA 1O23A 4HV2A 4Z46A 1C08C 2C8PA 2BQGA 1TDYA 4WOAA 4XJHA 4XJDA 2G4PA 1B5UA 1DKJA 5B05A 1IC4Y 3AZ5A 1IORA 2F4GA 1UIEA 2DQJY 3ATNA 4NHTA 4NSJA 5A3ZA 1GE2A 4CJ2A 4LT3A 5LA8A 1FKVA 5KXXA 4HV1A 4OWHA 2Z2FA 1LKRA 1GF8A 3HFMY 3QY4A 2MEGA 2BQBA 4H94A 4N5RA 4W96A 4G49A 1HF4A 1UACY 3AZ7A 4U3XB 2CGIA 208LA 4ETDA 1RI8B 1IP2A 2ZQ4A 3EO5A 1B7NA 1BGIA 2ZYCA 3TMUA 1BWIA 4WL6A 2BQEA 2BPUA 1DI4A 5F16A 4DD3A 1LZEA 3K3TA 1B7PA 3ZVQB 1MELL 3CSZA 1IIZA 1LZ5A 1DI5A 4H91A 3P68A 1VATA 3GXKA 3LN2A 4KXIA 4NGOA 2BQDA 4GLVA 1BWJA 4AXTA 2DKVA 1RE2A 1D6QA 1LZSA 1JTPL 1HEOA 4XJIA 5LYZA 4ET8A 4X3BA 2W1XA 3G3BB 1D6PA 1LOZA 2BQKA 1B5ZA 1B0DA 4NSGA 2LZ2A 1HEQA 5FEKA 1LZDA 3OK0A 4IJ4A 3EXDA 4OWAA 1GHLA 3W6EA 5IDDA 1XGQC 1IP7A 1LJFA 1RCMA 1WVUA 3A34A 4M6DA 3RT5X 4H8YA 4WG7A 1UUZC 1HHLA 1XGUC 2ZIKA 3IJVA 5HQ1A 2LYZA 3HBHA 3ULRA 1LMPA 4WM6A 3B0KA 1JSEA 1IR7A 3TMWA 4ETEA 1J1PY 1BWHA 1FLWA 1HMKA 5LVIA 4Z98A 2F2NA 4H9CA 1BB6A 1LTMA 1YROA 1GB7A 5C6JA 5L3IA 1IP3A 2FBDA 1LJGA 3LYTA 4D9ZA 2DQDY 1JHLA 4WG1A 4YM8A 2ZNWY 5M1YA 1GDXA 1AT5A 4XYYA 3HBDA 1GBYA 1GFHA 1NDMC 3TXKA 3TXFA 3AYQA 1LZ1A 2YBMA 3BKHA 3RU5A 4H9FA 2Z39A 5KXZA 5LAFA 3WU7A 1DPXA 1GB6A 4J1BA 1NDGC 5ILCA 2EPEA 5LYMA 1IY4A 2DQFC 1HEMA 1LYZA 1CJ8A 1GFRA 1I56A 5DN5A 4GCCA 4QY9A 2I26L 9LYZA 1AKIA 5HNCA 1IEEA 1LMNA 4HTNA 1C43A 1C45A 1LJKA 1D0LA 1JEFA 2Q0MX 1LZGA 2D4JA 2H9JA 1G7JC 1WQMA 3E3DA 4GLAA 1AM7A 3CT0A 1OUIA 4FJRA 4R6CA 3TXJA 5LYTA 2XTHA 3A3RX 4WM2A 4WL7A 1LMQA 4DT3A 3M18B 1IR8A 1LSPA 5A3EA 4R0FA 1FLUA 3F6ZA 3P66A 1JJ0A 1QSAA 1GFKA 5B1GA 1G7IC 1REMA 5KY1A 4PJ2C 1T6VL 2HEEA 1A4VA 4FDYA 4NG8A 2G4NA 1IC7Y 1OUAA 2Z2EA 5LVGA 4AGAA 1HFXA 1QUTA 1GF9A 4NGIA 4NHIA 1KIRC 1LSNA 1CNSA 1T3PA 5LAGA 5KXTA 5I4WA 1GFUA 2D4KA 2FBBA 1B7SA 2I6ZA 4II8A 4LYZA 4DD7A 4DD0A 4GCFA 1UC0A 4LT1A 2ZNXY 4XJBA 2A7DA 1JKAA 4TSBA 1JJ3A 4LYMA 3TMVA 1IWTA 1OUBA 4HP0A 4B49A 2D91A 4QEQA 1B7QA 4WM5A 4H1PA 2XJWA 5HMJA 1LPIA 1OUEA 3A6BY 3TXIA 4UWUA 1QTEA 4GCEA 1NQIA 1B5YA 1CKGA 2BQCA 1GEZA 2IHLA 2C8OA 3WUNA 3W6AA 2BQLA 2XBRA 3TMXA 6LYZA 4B4EA 1IOCA 1VDSA 2G4QA 3RNXA 4QGZA 1F6SA 4NGWA 4XENA 2HEAA 5I5QA 4CFPA 2DQIY 1B9OA 4RW1A 1LMCA 2H9KA 1XGTC 4OWEA 1IWWA 1B7LA 1LJIA 1C7PA 2FYCA 1JPOA 1C46A 2YBJA 3B72A 3N9CA 3VWOA 1JWRA 1QSWA 3GXRA 1F10A 2H5ZA 1NKHA 2CJLA 2HU1A 2W1LA 3WPKA 3TXDA 4ZFPA 1JUGA 1LHIA 1LZNA 1LJNA 1YQVY 2VB1A 4NHQA 4H90A 4DC4A 4NEBA 5JENB 2A7FA 4WLDA 4WLTA 5B59A 3LYOA 1GF6A 4ZEEA 1GDWA 1ZV5L 4TUNA 4NG1A 1TEWA 1LAAA 1CJ9A 1BB3A 4PHIA 4ML7A 4LZTA 5DL9A 1F0WA 4ETCA 1BVXA 3AZ4A 2PC2A 2EIZC 1GF0A 1UA6Y 4L41A 1HFZA 2MEBA 1LSEA 2F4AA 3KAMA 3CSQA 4B4JA 3D3DA 2FYDA 1IP6A 3T36A 3A92A 3LYZA 2YSSC 1BQLY 4TX7A 1B7RA 5HNLA 3ZEKA 2N5ZA 4LYBA 3WU8A 5L9JA 1AT6A 1LJJA 1JIYA 4O34A 2MEIA 1LZBA 3AZ6A 1IWXA 5KXYA 3W6CA 4YEOA 1GB0A 1UIDA 1RFPA 1JJ1A 1HELA 1LSAA 3ZVQA 1BB5A 4PRQA 2LZTA 3BKVA 1SQ2L 1YL0X 3LZTA 1LJ3A 2HTXA 1ZVHL 4QDNA 1TAYA 2ZYPA 1VDPA 1VDQA 4H9AA 1LMTA 3T6UA 3A93A 1KIPC 4HJYA 4I8SA 1KIQC 1EQ5A 1BB7A 5KKJA 1CJ7A 1VAUA 4DWXA 1YKYX 3G3AB 1UIGA 3A95A 4RLNA 5I53A 5KXRA 1BVKC 1HMLA 1VDTA 4N0JA 1BB4A 3A90A 1LHKA 3B6LA 2MEEA 2HEBA 3WU9A 1F6RA 2DQAA 1XSFA 1XGRC 1GB5A 4N1EI 1NBZC 1NBYC 1HEWA 2HUBA 1TBYA 4XN6A 1MLCE 2BAAA 2YDGA 4NIJA 1WQQA 5KXNA 3WMKA 1HNLA 1LZTA 2HU3A 3MGWA 4IATA 5I4YA 1IOTA 1VEDA 1NHEA 4ET9A 5FDJA 1LHHA 1IP5A 1OUJA 2MEHA 4NWEA 2BLYA 1JSFA 4WO6A 5APCA 3B0IA 1GBOA 1IOSA 4YF2A 4N8ZA 1XGPC 1YAOA 3A8ZA 1YL1X 4LYCA 4OOTA 1LCNA 1J1OY 4LT2A 4H8ZA 1LJ4A 2F30A 4Z3MA 2ZQ3A 1OP9B 5KXLA 1GXV2 1IX0A 1QQYA 3WUMA 3AGGG 3FI7A 3WW6A 1GFGA 1SLYA 1GPQC 5B07A 1QTKA 3QNGA 4DYGA 4LFXA 4DDCA 1GE0A 4C3WA 1LSMA 5IELA 4OW1A 4OWBA 1HC0A 1GBSA 1LSZA 2BLXA 3WVYA 5LVKA 7LYZA 1CKDA 4TTDA 4NSIA 2HECA 1QDRA 4J7VA 135LA 4GN4A 5B06A 3WYHA 5I4XA 2ZWBA 1EL1A 1LZCA 5II3A 5ILFA 3P65A 1HSXA 3AGHA 5K7OA 1D0MA 1GBXA 1GB9A 2BQHA 4HTQA 3WH1A 5C6LA 5DN4A 4BADA 3RZ4A 4NFVA 4NWHA 3WPJA 3N9AA 1LMOA 5FELA 5T3FA 1LKSA 1B5VA 3EBAB 4ETBA 4J1AA 4E3UA 3RW8A 5KJ9A 5F9UA 1EQ4A 1VFBC 4WMGA 2BQFA 2HEDA 4ANRA 1GAZA 1PS5A 1CJ6A 5APFA 1I1ZA 1ZVYB 132LA 2MECA 2MEDA 3M3UA 4DD2A 2YBLA 4NSHA 1YIKA 1JTOL 1LZYA 1GF4A 1G7LC 4C5FA 4HTKA 4LT0A 1HEPA 5LA5A 3WW5A 4BS7A 4UWNA 154LA 1GEVA 2WARA 1INUA 2XBSA 1GB8A 4NHSA 3CSRA 1HFYA 3W6FA 5D5FA 4DDAA 4WM4A 1GFJA 5APEA 3ATOA 1DZBX 1JKCA 3AW7A 4NHPA 3QE8A 4G4BA 1B7MA 8LYZA 3N9EA 4G4CA 2Y8PA 2BQAA 1GFTA 2D4IA 1W6ZA 2BQIA 5KXPA 1J1XY 3A67Y 1GB3A 1LJHA 1WQRA 193LA 4GCDA 2LYOA 5E9RA 5L3HA 3P4ZA 1EQEA 1KXXA 1YANA 1BHZA 2D6BA 1ALCA 1KXWA 1LZ8A 2YBHA 2YBNA 4H93A 5KXOA 4OOOA 3CB7A 1OUGA 3WXTA 1B7OA 1WTNA 1YKXX 4XJGA 134LA 2AUBA 1GXXA 1JITA 1LJEA 2BQOA 1YILA 1DXJA 5LXWA 5KXSA 2Z37A 4MR1A 5KKIA 5LVHA 4BAPA 1RJCB 4NY5A 1FKQA 3B0OA 2HEFA 4LFPA 2DQEY 1XFPL 5FHWA 3WL2A 1GE4A 2CDSA 2Z19A 5I54A 4G9SA 1C10A 1REZA 3W6BA 2YVBA 5C6IA 4NGYA 5LVJA 1UICA 2BQNA 2YBIA 2B5ZA 1IOQA 5DM9A 1FN5A 3HBEX 1XEJA 2W1YA 3WXUA 1LSBA 2MEFA 3A96A 1GBZA 4HJZA 1WQPA 1FLYA 4LYOA 2EKSC 1CKFA 1GF7A 1DPWA 1OQMA 5DLAA 1WTMA 3IWRA 4XJFA 1UIFA 1GBWA 4HPEA 5IHGA 1GE1A 5EBHA 1IP1A 4ZIXA 2IFFY 4CHXA 1FBIX 2ZILA 3A94A 1YAQA 1HSWA 1GB2A 1D0KA 1WQNA 1WVVA 4H9IA 5HLLA 1H87A 3AJNA 6LYTA 4H9HA 3LYMA 1DI3A 1JISA 1GFVA 1LYSA 1UBZA 1GWDA 2BQMA 4IASA 5LINA 1JKBA 1V7TA 4N9RA 4B4IA 1IC5Y 4BAFA 1W08A 1FLQA 2MEAA 1P2CC 3SP3A 1YKZX 3TXEA 3AGIA 1HERA 4GN3A 4KL7A 1UIAA 5LIOA 4WLYA 3LHMA 4N1CC 4DD1A 5KXWA 3AB6A 1IO5A 3EMSA 1REXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C80A 5F14A 4IAPA 1LZ4A 1JTMA 4MCKA 1L66A 4M4OA 1I20A 1OVHA 3LZ2A 5FSTA 1LHLA 4I0CA 4GN5C 1G7HC 1GD6A 2OU9A 4NGKA 4EKSA 2DQCY 1QT5A 1B5WA 207LA 3NY8A 1L96A 1OUFA 3W6DA 1L26A 131LA 232LA 3CT5A 4OWCA 1LYOA 4A7DA 1OYUA 133LA 3WULA 3D4SA 1HENA 4PPOA 247LA 1OV7A 1QDTA 2ZIJA 4H9EA 156LA 233LA 4PK0A 1IVMA 1B5XA 2Z12A 1EPYA 1G0KA 1H6MA 3L64A 4CGEA 1N4FA 1QIOA 4H92A 5KXKA 4HJVA 2RBPA 1DQJC 5APDA 2CWIA 3DMZA 3TXGA 1KXYA 4KPMA 1DKKA 1GE3A 1L98A 4KT3A 1LYYA 225LA 115LA 1YAMA 1C6AA 1IY3A 1KNIA 1DYFA 2BQGA 186LA 3AZ5A 2F4GA 2DQJY 5A3ZA 1GE2A 4W56A 178LA 1FKVA 1GF8A 3QY4A 229LA 1T97A 217LA 4W96A 1L16A 1RI8B 1B7NA 3TMUA 1CV4A 2BPUA 4YXAC 5F16A 1LZEA 1B7PA 102LA 1MELL 1IIZA 4H91A 1L53A 4AXTA 1L67A 1LZSA 1LYDA 1JTPL 1HEOA 1D3FA 4X3BA 2W1XA 3G3BB 2B75A 183LA 5FEKA 4I7QA 1GHLA 1WTHA 230LA 195LA 3RT5X 234LA 3IJVA 2O7AA 2LYZA 4W58A 1L85A 3GUMA 3B0KA 1JSEA 4S0WA 3HTBA 5LVIA 2FBDA 5M1YA 2ZNWY 1AT5A 3SN6R 3TXKA 197LA 261LA 1LZ1A 2YBMA 3DN8A 144LA 2Z39A 1OV5A 1L73A 169LA 2B6ZA 2I26L 5HNCA 4HTNA 1C43A 1C6TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5B1F A;  1AZF A;  3TXB A;  4WO9 A;  4WM1 A;  4RW2 A;  5F14 A;  5J7C A;  3P64 A;  5F81 A;  1LZ4 A;  4RLM A;  1CKH A;  4MCK A;  4M4O A;  4J0L A;  4NGZ A;  1D9U A;  4B1A A;  4CFO A;  4TWS A;  2Z38 A;  1TCY A;  1I20 A;  2I25 L;  3LZ2 A;  5FST A;  1LHJ A;  4DDB A;  1UIB A;  1LHL A;  1QUS A;  4I0C A;  1JKD A;  1LHM A;  4GCB A;  4GN5 C;  4TSC A;  1CKC A;  4W94 A;  1G7H C;  1GD6 A;  1WQO A;  5E4P A;  5HMV A;  4NGK A;  4YEM A;  1Z55 A;  2DQC Y;  3D9A C;  4PRU A;  4NGL A;  1LZR A;  4LGK A;  1LSD A;  2NWD X;  1V7S A;  3CQL A;  1B5W A;  207L A;  4MST A;  3WPL A;  1LSY A;  4NGV A;  2X0A A;  2Z18 A;  1IWY A;  4ETA A;  2DQG Y;  1LZ9 A;  1LSF A;  4B0D A;  4DD9 A;  1OUF A;  1XEI A;  3W6D A;  1GAY A;  1G7M C;  3CT5 A;  2DBT A;  4OWC A;  1LZA A;  1LYO A;  3FE0 A;  4WLX A;  1OUC A;  4A7D A;  4H8X A;  4YOP A;  194L A;  1REY A;  2LYM A;  4EOF A;  133L A;  3OJP A;  3WUL A;  1IWZ A;  1HEN A;  1PZY A;  1OUD A;  3J4G A;  1A2Y C;  1E8L A;  1UIH A;  1OUH A;  4G4H A;  1GFE A;  1NMM A;  1GFA A;  3IJU A;  4PPO A;  4UWV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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