3C8SA

Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRECALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3c8sA00
1C6TA 1L18A 1L22A 108LA 1QTDA 192LA 1L76A 255LA 4W57A 1QUHA 3CDQA 3SB5A 1C60A 2HULA 1L82A 1LYGA 3GUPA 3HH3A 2OU0X 1ZYTA 3FI5A 110LA 2B7XA 109LA 1C6JA 115LA 173LA 5I14A 213LA 1L20A 210LA 2OTZX 3C8SA 4W54A 129LA 171LA 1G0QA 2NTHA 4YXCA 1LYHA 195LA 3DN0A 2RBQA 4GRVA 1CV3A 4I7RA 1L98A 1L59A 150LA 3UONA 170LA 1DYGA 1C6KA 1L54A 2L78A 2LCBA 169LA 1L07A 1L86A 1G0MA 1L29A 1L12A 243LA 3GUMA 247LA 1KS3A 3C7ZA 1CU2A 1L0JA 1L80A 104LA 1QS9A 4ARQB 2ANVA 260LA 1C69A 2O4WA 143LA 1L33A 3G3XA 146LA 1CU0A 1PQMA 4EKQA 1L67A 164LA 4PK0A 1L35A 3EMLA 1CX7A 1L50A 2Q9EA 224LA 3HTDA 1L85A 1L44A 1NHBA 130LA 1L09A 1C6HA 1L45A 2RB2X 165LA 1G06A 1LYJA 1CV1A 1L42A 214LA 162LA 3DN1A 1QTZA 1C6LA 2RBOA 1QT6A 244LA 1SWYA 234LA 3G3VA 1SX2A 167LA 221LA 2B75A 4S0WA 1L48A 1DYFA 1JQUA 3K2RA 187LA 1L92A 3VW7A 1C6MA 2F32A 1L15A 3HH5A 3CDTA 4EXMA 1L70A 3CDVA 149LA 4I7SA 1G0KA 1L30A 3C7WA 4DKLA 3CDRA 4ARLA 126LA 3D4SA 1L95A 1C63A 228LA 1P56A 4YXAC 183LA 1L06A 252LA 2A4TA 4W56A 2F2QA 1LLHA 4GBRB 2OE7X 1L69A 1LGXA 215LA 262LA 1LWGA 1L55A 226LA 1OV7A 218LA 1QTVA 1CUPA 1T8AA 3HUAA 3GUIA 176LA 4I7OA 1QUDA 4OO9A 1QTBA 209LA 7LZMA 1L58A 2NTGA 6LZMA 4ARQA 1CVKA 3NYAA 2B6TA 251LA 3F9LA 156LA 236LA 2O79A 1P3NA 1PQIA 137LA 1C6DA 205LA 1OVJA 1LPYA 2RAZX 1DYAA 1OVKA 3G3WA 2OTYX 191LA 1C66A 1C6AA 242LA 2Q9DA 2B6ZA 3DN6A 168LA 3DN8A 1L14A 111LA 1T8GA 182LA 1LYEA 1C68A 4I7JA 3PDSA 123LA 4W58A 1C6QA 119LA 1L26A 261LA 3C81A 232LA 200LA 1WTHA 3DMVA 1OVHA 127LA 3HTGA 3C7YA 4DJHA 1L49A 161LA 248LA 1P5CA 3C83A 3GUJA 3GUOA 3SBAA 1P2LA 245LA 1L00A 259LA 2LC9A 1KW7A 3DN4A 2OE9X 3C80A 1L97A 159LA 199LA 216LA 219LA 1KNIA 1D2WA 3HH4A 1L99A 3JR6A 1G1WA 118LA 222LA 1L47A 1L46A 4ARJA 147LA 1L02A 1KY1A 1L94A 1L37A 2B73A 1CU6A 254LA 3OE0A 1K28A 152LA 1L74A 138LA 1CV6A 145LA 206LA 1C64A 3NY8A 4LDLA 190LA 4I7QA 227LA 230LA 1L28A 256LA 4I7LA 1DYEA 1C6FA 3RUNA 1CX6A 1QT3A 1SSYA 1DYCA 225LA 1T8FA 3C82A 3HT9A 1LI2A 3HU9A 1LGWA 2RBRA 178LA 1G0GA 1QUGA 3SN6R 1QTHA 3LZMA 172LA 107LA 3L2XA 235LA 1L71A 2RB1X 1LI6A 2Z6BA 184LA 2B6XA 4LDOA 4AQNA 1L17A 3PBLA 4EPFA 4I7MA 1DYDA 4I7KA 1L31A 4W53A 1LI3A 3RZEA 1PQJA 151LA 1L27A 3DMXA 1EPYA 3FA0A 1JTMA 223LA 241LA 1L68A 1LYIA 4W55A 1OWYA 1OYUA 1P6YA 1TLAA 1L41A 1P7SA 1CV4A 2RAYX 1L16A 1CV5A 3HTBA 4I7PA 1L39A 1XJTA 160LA 3SB6A 4W59A 1C62A 1C67A 1C6IA 258LA 3HT8A 3GUNA 1L21A 1L64A 3HDFA 3DN2A 250LA 1QUOA 122LA 1L38A 3HT7A 1L61A 198LA 1L72A 4K5YA 1L32A 246LA 1SSWA 1L90A 1I6SA 1D2YA 1C61A 2RB0X 140LA 4EJ4A 1LYDA 4I7NA 1L57A 1L91A 1DYBA 1XEPA 155LA 1KY0A 1L52A 3CDOA 2OU8A 3GUKA 3HU8A 3HTFA 1C6CA 1L66A 1SWZA 1T6HA 1L77A 1D9WA 4EKRA 233LA 238LA 2OU9A 2HUKA 1L65A 3HDEA 1L04A 2O7AA 229LA 3HT6A 2RBPA 3SB9A 1L60A 1QT4A 4ARPA 1L05A 1OV5A 1OWZA 237LA 3DNAA 1G0JA 1L81A 3FADA 1T97A 2ANXA 1P37A 2RBNA 1L53A 4ARMB 3HWLA 4LZMA 1L19A 4DAJA 4YX7C 1L25A 257LA 2IGCA 3HUKA 253LA 163LA 3F8VA 3C8QA 1L83A 180LA 1G0LA 141LA 185LA 1L84A 1LWKA 1L10A 1L93A 2RBSA 1PQKA 2B72A 181LA 144LA 1C6GA 1L88A 3ODUA 1LW9A 174LA 1CTWA 189LA 3DMZA 1G07A 1QS5A 188LA 1CV0A 211LA 1L62A 4I7TA 1L96A 1L0KA 1L03A 1L75A 1P2RA 1QTCA 2B74A 3QAKA 1SX7A 148LE 197LA 3SB7A 103LA 1D3NA 2OE4X 2F47A 1L36A 1L40A 4EPIA 157LA 1L08A 2CUUA 114LA 1D3JA 3V2YA 3L64A 2OEAX 3HH6A 1P46A 3DN3A 1C65A 220LA 4W52A 239LA 4EKSA 1CUQA 1QT8A 1ZURA 4ZPUA 1D3FA 1D3MA 142LA 1L13A 1JTNA 1C6BA 3V2WA 1PQDA 3SB8A 1L73A 1C6NA 3OE8A 2RH1A 240LA 4LDEA 196LA 120LA 2B6WA 217LA 1L51A 201LA 102LA 1XJUA 3NY9A 2QARC 1ZWNA 4IAPA 1L34A 1L11A 3OE9A 186LA 1L43A 4ARMA 249LA 1L63A 3HUQA 2HUMA 112LA 1L23A 1L79A 5LZMA 1QSQA 1QT5A 131LA 3GULA 2B70A 1CU3A 1KW5A 2B6YA 3C8RA 1P64A 1G0PA 1LYFA 1B6IA 212LA 1PQOA 1CU5A 139LA 231LA 1P36A 177LA 4E97A 4W51A 1G1VA 3DKEX 166LA 1L24A 2LZMA 125LA 1L01A 1L56A 1QT7A 1QSBA 4EKPA 128LA 3SBBC 1LGUA 1C6PA 175LA 1L89A 113LA 1L87A 1C6EA 2QB0B 158LA 3OE6A 4PJZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C6TA 207LA 5KXLA 1L22A 2D4KA 192LA 4WM2A 5APEA 3WUNA 2XTHA 4HJZA 1QUHA 3CDQA 3SB5A 3WW6A 2YBMA 5KXWA 1B5UA 1LYGA 1QUTA 1LOZA 109LA 1IWYA 2A7DA 115LA 1GWDA 1NWGA 1L20A 4W54A 171LA 4DD2A 195LA 4CHXA 4HTQA 3AGHA 1SQ2L 1MLCE 150LA 170LA 2Z18A 1NMMA 3ZVQA 1G0MA 1LAAA 1OUBA 1L29A 247LA 3C7ZA 1GXV2 4NHIA 4NGLA 4IASA 2F4GA 4ARQB 1YAOA 2O4WA 143LA 4H92A 164LA 2MEAA 5LINA 1ZVYB 1L35A 3J6KA 5KXKA 1L50A 5B05A 3AB6A 1L85A 1C6HA 2BLYA 1L45A 4H8XA 4HSFA 3DN1A 3A8ZA 1QTZA 244LA 3G3VA 1QIOA 221LA 2BQLA 1J1OY 1WTMA 4L41A 4NSJA 3B6LA 1C6MA 4DD1A 4EXMA 3RZ4A 1L70A 1WQQA 1YAMA 5KXRA 1GBZA 6LYTA 2WARA 1OUHA 3T6UA 3C7WA 3CDRA 126LA 3D4SA 1LZTA 1LPIA 228LA 1VAUA 1P56A 1L06A 3G3AB 1IC7Y 4W56A 1C45A 4GBRB 4Z41A 1BB6A 262LA 4NGZA 2YBJA 1L55A 5A3ZA 3AGIA 1LSZA 1CUPA 2C8OA 4MR1A 5DN5A 1LZ6A 2I26L 3EXDA 2NTGA 1WQMA 4ARQA 2B6TA 1UIGA 137LA 1LMOA 1OVKA 3G3WA 2OTYX 3DN6A 1UIDA 4H9CA 168LA 3DN8A 153LA 1C68A 123LA 4W58A 1GEVA 1L26A 3RT5X 1OVHA 3C7YA 1BB7A 1HEWA 2YBHA 3GUJA 1TDYA 245LA 1BWHA 4R6CA 2LC9A 5LVHA 199LA 5DLAA 3WU9A 118LA 5D5CA 4ARJA 1L46A 3P66A 1KY1A 1IP7A 1CU6A 3AW6A 1LYZA 3NY8A 1BB5A 2BQAA 5KXMA 3WUMA 4I7QA 227LA 4ZEEA 1IORA 2XBRA 4I7LA 4WG1A 4II8A 2YBIA 4GLVA 1LJ4A 1F6RA 3WVYA 225LA 4LYTA 5KXOA 1REMA 2DQFC 3LZMA 4UWUA 1L71A 1UC0A 3B0IA 1L17A 3PBLA 3WU8A 4YEOA 4GN3A 1L31A 4W53A 1PQJA 1QUSA 151LA 4B49A 3B0KA 2ZIKA 4R0FA 4W55A 1L41A 3N9AA 3IJVA 5HNLA 4N0JA 4GLAA 1IIZA 2MECA 2H9KA 1RE2A 1XJTA 3AZ7A 3SB6A 1GE3A 1C62A 258LA 3HT8A 4HJYA 3W3EA 250LA 1QUOA 2G4QA 1L72A 1LSDA 246LA 1L90A 3W6AA 1IR8A 3TXDA 1C61A 140LA 2Z19A 4WLXA 3ZEKA 4PPOA 1BGIA 3TXJA 1L57A 1LJEA 3WUAA 1XEPA 155LA 1KY0A 1BVXA 2MEHA 1D0LA 4EKRA 1D9WA 1FN5A 233LA 4BADA 1TBYA 1L04A 4B0DA 2RBPA 2H5ZA 1NBZC 1LJHA 1L05A 1OWZA 1XGUC 2LHMA 1G0JA 3FADA 2LYOA 3AJNA 1HFXA 4N9RA 4LZMA 1L19A 4YX7C 4WM4A 1IY4A 1L25A 1XGTC 2IGCA 1FBIX 1CKCA 1GB0A 1UCOA 3P65A 1GBYA 180LA 141LA 1DZBX 3TMWA 1L10A 4H1PA 2DQIY 2B72A 3ODUA 3DMZA 1CTWA 189LA 4NSGA 1KXXA 1HFYA 1QS5A 1LZCA 211LA 4I7TA 2F30A 2Z39A 1L96A 1L0KA 1KIPC 4OOTA 148LE 2HU1A 4ANRA 5HMJA 3SB7A 2CDSA 1IWTA 4EPIA 4DC4A 5I4XA 1G7MC 1LZ5A 1KXWA 3V2YA 3L64A 2OEAX 4HP0A 1IWVA 5D5FA 1IOSA 1D9UA 1JSEA 2BQBA 220LA 4ZPUA 142LA 3V2WA 4H9BA 2ZIJA 4WO9A 3WMKA 1C6NA 3OE8A 4ET9A 2F4AA 240LA 196LA 3OJPA 120LA 2B6WA 5DM9A 1JJ1A 201LA 5E9RA 1QDRA 3TXFA 4RW2A 1GAYA 3NY9A 4ET8A 1WTNA 2QARC 1KXYA 1L34A 3OE9A 4TSBA 5LIOA 4H9HA 3GULA 2HEBA 1G0PA 1IP4A 1HEOA 1B6IA 1LZNA 139LA 231LA 1P36A 4ZIXA 1G1VA 3DKEX 166LA 3EO5A 4GCCA 125LA 1LJ3A 1LGUA 3WYHA 4E3UA 1C6EA 1E8LA 1IOCA 2HEFA 1IP6A 1JTTL 5DN4A 1JHLA 1J1XY 1I1ZA 1LZSA 1L76A 1UIAA 4W57A 4WLDA 4QDNA 1C60A 2LZTA 4XN6A 2HULA 1L82A 2DQHY 3GUPA 3HH3A 2OU0X 3FE0A 110LA 1GBWA 1LZAA 4DYGA 4ETBA 173LA 4NHSA 210LA 1GBSA 2NTHA 5EBHA 1GFGA 4G4BA 4I7RA 6LYZA 9LYZA 154LA 1B9OA 3UONA 3A34A 4PRQA 1LHHA 1C6KA 1L54A 3A6BY 1IP5A 169LA 4LYZA 1L86A 1CJ6A 3GUMA 1UIEA 2BQDA 1CU2A 4LYOA 1L80A 2ANVA 1C69A 1PQMA 1GF7A 7LYZA 1CX7A 1OQMA 2Z2EA 2Q9EA 5I54A 1LZEA 5C6IA 1L44A 1L09A 2LZ2A 1GD6A 1LYJA 1IO5A 162LA 1XGRC 1JUGA 1NQIA 3FI7A 167LA 1GB5A 1KIQC 1DKKA 1OUFA 1DYFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C6T A;  207L A;  5KXL A;  1L22 A;  2D4K A;  192L A;  4WM2 A;  5APE A;  3WUN A;  2XTH A;  4HJZ A;  1QUH A;  3CDQ A;  3SB5 A;  3WW6 A;  2YBM A;  5KXW A;  1B5U A;  1LYG A;  1QUT A;  1LOZ A;  109L A;  1IWY A;  2A7D A;  115L A;  1GWD A;  1NWG A;  1L20 A;  4W54 A;  171L A;  4DD2 A;  195L A;  4CHX A;  4HTQ A;  3AGH A;  1SQ2 L;  1MLC E;  150L A;  170L A;  2Z18 A;  1NMM A;  3ZVQ A;  1G0M A;  1LAA A;  1OUB A;  1L29 A;  247L A;  3C7Z A;  1GXV 2;  4NHI A;  4NGL A;  4IAS A;  2F4G A;  4ARQ B;  1YAO A;  2O4W A;  143L A;  4H92 A;  164L A;  2MEA A;  5LIN A;  1ZVY B;  1L35 A;  3J6K A;  5KXK A;  1L50 A;  5B05 A;  3AB6 A;  1L85 A;  1C6H A;  2BLY A;  1L45 A;  4H8X A;  4HSF A;  3DN1 A;  3A8Z A;  1QTZ A;  244L A;  3G3V A;  1QIO A;  221L A;  2BQL A;  1J1O Y;  1WTM A;  4L41 A;  4NSJ A;  3B6L A;  1C6M A;  4DD1 A;  4EXM A;  3RZ4 A;  1L70 A;  1WQQ A;  1YAM A;  5KXR A;  1GBZ A;  6LYT A;  2WAR A;  1OUH A;  3T6U A;  3C7W A;  3CDR A;  126L A;  3D4S A;  1LZT A;  1LPI A;  228L A;  1VAU A;  1P56 A;  1L06 A;  3G3A B;  1IC7 Y; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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