3C8SA

Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRECALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteriophage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3c8sA00
108LA 2O79A 190LA 184LA 1DYCA 1QT8A 114LA 1LYIA 122LA 1L59A 1L43A 125LA 1L81A 1C66A 182LA 1L30A 1L87A 1LYGA 224LA 1L44A 1CV6A 1L65A 3CDQA 1L56A 3C82A 1G0MA 1DYEA 1L09A 1L21A 1CVKA 1C64A 1C6DA 1QUGA 187LA 1L69A 243LA 1L54A 3FI5A 1KNIA 2OTZX 3C8SA 2RAYX 197LA 1L28A 4W58A 158LA 1ZYTA 3L64A 1L95A 118LA 3RUNA 1KW7A 4ARQB 1OWYA 1L29A 1L86A 142LA 1L13A 1L0JA 1PQIA 2RBPA 2F2QA 1DYBA 3HH4A 230LA 2B70A 3HUKA 157LA 1I6SA 2RBQA 195LA 2RB0X 144LA 2B6ZA 1L97A 1PQOA 156LA 1OWZA 1QT4A 1PQMA 1L07A 3GUIA 3V2WA 1C6IA 115LA 1D3MA 1DYDA 1LI2A 1P3NA 2IGCA 3G3XA 3HH6A 1L22A 145LA 1QS9A 1T8GA 3OE0A 1QT7A 240LA 3SB8A 234LA 1XJUA 188LA 1C67A 3HT6A 3HDEA 119LA 217LA 3GUPA 3CDTA 1L41A 171LA 4I7MA 1L96A 1QT6A 1L38A 4DJHA 4I7JA 1L51A 2ANVA 143LA 215LA 1L99A 113LA 2B72A 3G3WA 1C60A 1L48A 1CV4A 1CU5A 4EKSA 4EXMA 165LA 226LA 1KS3A 1L73A 1CUPA 1C6JA 176LA 1LWKA 251LA 1C6HA 236LA 1L66A 2RB1X 1P5CA 1L19A 2Z6BA 1G0GA 103LA 4LZMA 1CU0A 1L71A 107LA 4ZPUA 254LA 1L67A 1DYFA 1OV5A 102LA 4K5YA 1G07A 1L37A 1C63A 131LA 4W53A 4PK0A 1QTCA 232LA 3C81A 3D4SA 1OVHA 180LA 1LLHA 253LA 1L31A 1OV7A 1L93A 3DNAA 3C8RA 159LA 148LE 3DN0A 3JR6A 1L11A 4EKPA 1L00A 241LA 164LA 1L39A 1L92A 2F47A 4W56A 2ANXA 3K2RA 199LA 1L10A 1G06A 1CTWA 1XEPA 1D3NA 1L57A 1L01A 7LZMA 1L45A 2RB2X 2RAZX 3GUNA 248LA 3HTDA 1L33A 130LA 1QT5A 257LA 1LGUA 3GUJA 3GUMA 1P37A 3HWLA 2NTHA 3C80A 2B6XA 6LZMA 1C6KA 4EJ4A 1L77A 261LA 1L63A 1CX6A 1QT3A 1P36A 1G0PA 1G0QA 1L83A 2Q9DA 3GUKA 1C6QA 3SB5A 1C6CA 1L04A 1LWGA 3V2YA 4EKRA 1DYGA 127LA 3FADA 1L32A 1L62A 3HU9A 161LA 1L47A 1CV3A 183LA 3DN8A 1L60A 4ARPA 162LA 1QUHA 1T6HA 3HUQA 3G3VA 3HTBA 1KY1A 3SBAA 4LDEA 2O7AA 4S0WA 1LPYA 126LA 150LA 5I14A 222LA 141LA 170LA 1LYJA 4I7LA 5LZMA 2B75A 256LA 3CDVA 1QTZA 1QSBA 1L14A 2LZMA 1L55A 1QUDA 1L35A 1NHBA 3F9LA 1L98A 147LA 1D9WA 1JQUA 231LA 1T8AA 1QTVA 104LA 220LA 4EPIA 3RZEA 2CUUA 3C7ZA 4LDOA 1L42A 1C68A 2RBOA 191LA 3DN4A 3EMLA 2OTYX 4I7SA 2B6YA 1L17A 1L40A 2OEAX 129LA 112LA 139LA 1C62A 1L89A 245LA 1L24A 2B6WA 2B7XA 3FA0A 4GRVA 209LA 1L06A 221LA 1C6NA 3HTGA 3DN2A 160LA 1L90A 3HT7A 1C6MA 2O4WA 2QARC 200LA 109LA 1QUOA 247LA 1QSQA 2OU9A 4YX7C 1JTNA 237LA 3SBBC 1PQKA 2HUKA 186LA 167LA 3DKEX 211LA 1L88A 239LA 4ARMB 3NY8A 1P6YA 228LA 1L85A 2F32A 3VW7A 1LYFA 1L25A 4AQNA 249LA 1P2RA 1SWZA 1CUQA 1L26A 2L78A 1QTHA 3DN1A 3DN6A 2LC9A 1L61A 2A4TA 1L27A 3CDRA 1C6TA 1L80A 1QS5A 120LA 4W57A 201LA 1L94A 1T8FA 4W52A 1DYAA 225LA 198LA 1LGWA 1JTMA 3GULA 173LA 1SSYA 3HUAA 1CX7A 1L18A 4ARQA 3SB7A 111LA 4ARLA 169LA 1CU3A 2HULA 250LA 233LA 1LW9A 1L12A 2OE4X 1ZURA 2RBNA 1WTHA 1L82A 152LA 181LA 229LA 1L72A 227LA 189LA 244LA 2RBRA 3OE9A 1TLAA 246LA 1XJTA 1D3JA 218LA 1L68A 219LA 1L36A 4YXAC 4YXCA 3C7YA 4EKQA 172LA 1L74A 1D3FA 3ODUA 1D2YA 151LA 1L76A 1OVJA 1P56A 216LA 3HDFA 163LA 259LA 2B6TA 3LZMA 128LA 178LA 3CDOA 138LA 1L02A 1L08A 1C61A 4I7OA 1SX2A 1C69A 1L16A 3QAKA 3OE6A 2OE7X 3C83A 2RBSA 1B6IA 1P64A 3DMZA 4I7QA 238LA 185LA 166LA 2RH1A 1C6AA 123LA 2QB0B 4I7TA 3C8QA 1L15A 1P2LA 3L2XA 1L75A 1SSWA 3SN6R 1L0KA 149LA 3HTFA 4W54A 206LA 174LA 1C6PA 1LYEA 3DMXA 4I7KA 4LDLA 2LCBA 4DKLA 1L52A 242LA 1SWYA 3HH3A 196LA 3NYAA 4E97A 1L34A 4W59A 1OYUA 4I7NA 1C6LA 1C65A 262LA 146LA 110LA 1LYDA 4ARJA 4ARMA 1P7SA 1CU6A 3C7WA 1G0LA 1KY0A 1L84A 2NTGA 2HUMA 1L53A 4PJZA 1OVKA 3HT8A 192LA 3HT9A 140LA 1D2WA 1L91A 3UONA 258LA 1L20A 1G0JA 1C6GA 1L46A 1L79A 252LA 3SB6A 4IAPA 3GUOA 1L50A 1L23A 1SX7A 255LA 1P46A 3HH5A 175LA 213LA 3OE8A 4I7PA 4I7RA 3HU8A 1C6BA 1L64A 210LA 1QTBA 2OE9X 2B73A 3NY9A 235LA 2Q9EA 3DN3A 2B74A 1LI6A 3SB9A 1CV0A 3DMVA 1T97A 1C6EA 168LA 1CV5A 3PBLA 4GBRB 1L03A 1L49A 1G1VA 1EPYA 205LA 4EPFA 1G0KA 137LA 1KW5A 3PDSA 212LA 1CV1A 4W51A 2OU0X 3F8VA 1K28A 4DAJA 2OU8A 223LA 177LA 1L58A 1L70A 4W55A 1CU2A 1L05A 1G1WA 155LA 1PQDA 214LA 1C6FA 1ZWNA 1LGXA 1LYHA 1PQJA 260LA 4OO9A 1QTDA 1LI3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HMLA 1DYCA 4RW1A 114LA 4LT2A 5EBHA 1GF3A 4OOTA 1IP7A 1L30A 182LA 1W6ZA 1WVVA 3ZEKA 4ET8A 1GB5A 3C82A 1G0MA 4WLTA 1C64A 1QUGA 1KNIA 2OTZX 5LINA 4NY5A 4PRQA 4W58A 6LYTA 1G7LC 3L64A 2ZYPA 1KW7A 4ARQB 1L29A 1L86A 5KXTA 2RBPA 1HNLA 1KIRC 3HH4A 4GCCA 1UIFA 1I6SA 1DPWA 3WXTA 156LA 2HU1A 1QT4A 1L07A 4XJGA 1P3NA 2I26L 3AZ4A 1LMPA 2LZTA 145LA 1JWRA 1T8GA 234LA 1XJUA 1LAAA 4HJYA 2Z12A 1LMOA 1LSDA 1LJIA 3A90A 2YBLA 1L41A 4DJHA 5B1FA 1HELA 143LA 3W3EA 2B72A 1C60A 1KIPC 4EKSA 1QUTA 4EXMA 226LA 1IWWA 3M3UA 1GF4A 1KS3A 1T6VL 1HENA 1C6JA 1LWKA 1C6HA 3CSRA 236LA 1JISA 5FCPA 1KXYA 2Z6BA 103LA 4XJIA 2HUBA 2F30A 1L71A 1OQMA 1GBOA 1W08A 1LZAA 4NHIA 3WH1A 1LYOA 5I54A 1GEZA 1GE0A 2XJWA 1I56A 4M6DA 2B5ZA 5LAGA 253LA 1OV7A 3C8RA 1J1XY 3EBAB 1O23A 1L00A 2F47A 1GWDA 3K2RA 1YL1X 1G06A 7LZMA 1L01A 1BWJA 3B0IA 1IP4A 5C6IA 4NGOA 3B6LA 3A94A 1C6KA 1OUDA 4EJ4A 1V7TA 1XGRC 1L63A 8LYZA 1G0PA 1Z55A 3WPLA 5HQ1A 4XJFA 1C6QA 4G4BA 4WLYA 2PC2A 2W1MA 2EQLA 4RDSA 1KXWA 3OJPA 3V2YA 1RE2A 4EKRA 3ATOA 1HERA 1VAUA 1L62A 161LA 4ARPA 1OUFA 1LJ3A 3HTBA 1LHMA 4S0WA 1UCOA 4NSHA 1BB3A 5I14A 2YBIA 2B75A 1QTZA 4DQ7A 1QSBA 1L14A 4H9HA 1QUDA 1L35A 5LYZA 1FLYA 1GFRA 231LA 1T8AA 5L3IA 1QTVA 220LA 4ANRA 2CUUA 3C7ZA 4KT3A 1JSEA 4WM3A 1L42A 1C68A 1GFJA 1WQRA 5HNCA 1LJNA 1QUSA 2OEAX 4M4OA 4TX7A 1UIGA 1C62A 2BQMA 1XEIA 1HEQA 3RNXA 4QEQA 1IOQA 4G49A 5L3HA 4NGKA 3TXKA 2O4WA 2QARC 247LA 237LA 1DKKA 3DKEX 3A3RX 4XJBA 3CT5A 5C6JA 2F32A 3P4ZA 3IWRA 3VW7A 1L25A 1BWHA 249LA 5IELA 3AGIA 1SWZA 1FLWA 1L26A 4GCBA 3DN6A 1WQPA 1L61A 4WM5A 2MEEA 1ZVYB 1LSZA 4H9CA 1FBIX 1T8FA 198LA 1DYAA 5IHGA 3FI7A 1SSYA 4TSBA 1CX7A 1XGTC 111LA 2G4QA 169LA 1B5XA 3WW5A 1L12A 2RBNA 1WTHA 1WQQA 1LZEA 4NGJA 1JJ3A 1XJTA 1DPXA 1LJKA 1L36A 5KXXA 2GV0A 4YXAC 3C7YA 4EKQA 151LA 1YAMA 4J1BA 1L76A 1OVJA 3TXJA 3WPKA 3P68A 1JTPL 3TMVA 2B6TA 4ETAA 178LA 1QSAA 2H9KA 1B5YA 1AT6A 1B5ZA 1B6IA 3DMZA 5LYTA 1LKSA 185LA 2F4AA 3C8QA 3A91A 3L2XA 2MEDA 1SSWA 1D0KA 3HTFA 4W54A 4ZIXA 4NGIA 1B5UA 3WU9A 3HH3A 1LZ1A 4HPEA 4WLDA 2BLYA 1L34A 1LZ5A 1GBZA 4I7NA 3WU8A 193LA 1C6LA 1IR7A 1C65A 262LA 4B4JA 4ETEA 5E4PA 5D5CA 1P7SA 1CU6A 3C7WA 1G0LA 2HUMA 3WVYA 3HT9A 1L91A 5KKJA 3A92A 2W1XA 2CWIA 2C8OA 3M18B 1L46A 2DBTA 252LA 3D3DA 1L50A 1P46A 1P2CC 1LMCA 3OE8A 2VB1A 1C6BA 5ILFA 1YILA 1OUAA 3GXKA 4TUNA 1GB9A 2Q9EA 3W6AA 4LGKA 2EIZC 1IWXA 1CKHA 1L49A 1G1VA 4EPFA 1LJHA 3F8VA 4ZFPA 1K28A 4DAJA 4O34A 5HMJA 1L70A 4QDNA 4WM2A 1AKIA 3GXRA 2MEGA 4P2EA 184LA 4XJDA 3MGWA 3LYZA 1L59A 1L43A 1ZMYL 5LVJA 1L81A 1LYGA 5KXSA 4HPIA 1L44A 1CV6A 3CDQA 1IVMA 4DT3A 1DI3A 4G9SA 4GCFA 5FDJA 1DYEA 1L09A 1B7MA 1VDPA 4OWHA 5A3ZA 1L21A 3WW6A 4IATA 4NIJA 2MECA 1TBYA 4H8YA 4C5FA 1YIKA 1LOZA 5I5QA 4NSJA 1IO5A 158LA 5LYMA 3RU5A 1OWYA 4N5RA 1DKJA 1LTMA 4NGLA 195LA 2A7DA 2RB0X 2B6ZA 1PQOA 2BQKA 4WMGA 3GUIA 5LA5A 3E3DA 3G3XA 1L22A 4H9EA 3OE0A 1QT7A 3SB8A 3TMWA 1C67A 1QSWA 2DQDY 2YSSC 3HDEA 3GUPA 4GN3A 171LA 4R6CA 4PHIA 1L38A 4IASA 4TTDA 1YAPA 1CJ8A 4H9FA 1L99A 4ETDA 4A7DA 1OP9B 3IJVA 1L48A 3ATNA 1CU5A 1IX0A 165LA 4GCDA 2HEBA 1CNSA 2I25L 1GDXA 1L73A 1LMQA 1C45A 4WLXA 1C43A 1QTEA 1LYSA 1LSEA 1LZYA 5FEKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HML A;  1DYC A;  4RW1 A;  114L A;  4LT2 A;  5EBH A;  1GF3 A;  4OOT A;  1IP7 A;  1L30 A;  182L A;  1W6Z A;  1WVV A;  3ZEK A;  4ET8 A;  1GB5 A;  3C82 A;  1G0M A;  4WLT A;  1C64 A;  1QUG A;  1KNI A;  2OTZ X;  5LIN A;  4NY5 A;  4PRQ A;  4W58 A;  6LYT A;  1G7L C;  3L64 A;  2ZYP A;  1KW7 A;  4ARQ B;  1L29 A;  1L86 A;  5KXT A;  2RBP A;  1HNL A;  1KIR C;  3HH4 A;  4GCC A;  1UIF A;  1I6S A;  1DPW A;  3WXT A;  156L A;  2HU1 A;  1QT4 A;  1L07 A;  4XJG A;  1P3N A;  2I26 L;  3AZ4 A;  1LMP A;  2LZT A;  145L A;  1JWR A;  1T8G A;  234L A;  1XJU A;  1LAA A;  4HJY A;  2Z12 A;  1LMO A;  1LSD A;  1LJI A;  3A90 A;  2YBL A;  1L41 A;  4DJH A;  5B1F A;  1HEL A;  143L A;  3W3E A;  2B72 A;  1C60 A;  1KIP C;  4EKS A;  1QUT A;  4EXM A;  226L A;  1IWW A;  3M3U A;  1GF4 A;  1KS3 A;  1T6V L;  1HEN A;  1C6J A;  1LWK A;  1C6H A;  3CSR A;  236L A;  1JIS A;  5FCP A;  1KXY A;  2Z6B A;  103L A;  4XJI A;  2HUB A;  2F30 A;  1L71 A;  1OQM A;  1GBO A;  1W08 A;  1LZA A;  4NHI A;  3WH1 A;  1LYO A;  5I54 A;  1GEZ A;  1GE0 A;  2XJW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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