1C6LA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a/f153a in the presence of 8 atm argon
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTARTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6lA00
1P46A 4EPFA 260LA 182LA 253LA 170LA 1NHBA 1P37A 4W57A 1L60A 2F47A 248LA 1G0PA 1L58A 1C64A 1L53A 4EKQA 3CDVA 161LA 4W51A 1QT7A 1L00A 1PQIA 1L19A 1XEPA 1L74A 1G0JA 200LA 4I7PA 3SBAA 1P7SA 3EMLA 3OE8A 1L33A 1C6GA 229LA 243LA 2B6WA 2RB2X 3HH5A 1L32A 112LA 3G3VA 139LA 1C6IA 1LLHA 1P5CA 155LA 3CDTA 175LA 1D2WA 225LA 107LA 1L57A 214LA 3G3XA 1C6FA 1QUOA 259LA 1PQOA 1LGWA 2B74A 1LI2A 2RH1A 1L90A 1L66A 3G3WA 1L64A 3V2WA 4I7OA 1JTMA 1L51A 3HWLA 3OE6A 190LA 1L20A 1L94A 1KW7A 1KY1A 2OTYX 1L88A 1L04A 2B70A 1G1VA 2RBPA 4W53A 230LA 1L85A 1G0LA 4W55A 1L68A 1L03A 256LA 3L64A 1DYDA 3RUNA 1OVJA 3HUAA 220LA 1QT3A 1DYAA 1PQDA 3DMXA 108LA 1QT8A 1LI3A 2LCBA 1L55A 255LA 1DYEA 1C6DA 1XJTA 3HDFA 102LA 1L25A 3DN6A 1C6BA 3C8RA 3C80A 5LZMA 1L89A 2OU8A 1L45A 3K2RA 1LWGA 3SBBC 3C8QA 2RBRA 3DKEX 3DN0A 1CV0A 2A4TA 2Z6BA 3HTGA 158LA 1L0KA 3C7YA 249LA 3C82A 1ZWNA 2NTHA 226LA 3HUKA 1L24A 168LA 4YX7C 1L87A 1L07A 1L65A 1QT4A 2CUUA 257LA 3GUPA 187LA 3NYAA 1L31A 1L93A 3GUJA 183LA 235LA 3SB8A 3DMZA 4EXMA 1G0KA 1LYJA 1L17A 130LA 213LA 128LA 1D3JA 1L52A 3DN4A 152LA 174LA 1L56A 137LA 228LA 7LZMA 1L06A 1L02A 4K5YA 219LA 2B6XA 1LYHA 198LA 1XJUA 4AQNA 1L71A 1CU2A 142LA 4PJZA 149LA 1OV5A 218LA 2HULA 4I7JA 1CU6A 233LA 1QUDA 234LA 1L70A 1QT6A 2B75A 4W59A 3DNAA 2IGCA 1QTDA 3DN8A 238LA 2RAZX 3PBLA 1DYBA 1QUHA 4DKLA 1C68A 1L81A 1KY0A 223LA 3FADA 150LA 1T6HA 1P36A 1LI6A 186LA 146LA 1G1WA 1L09A 1L08A 4DJHA 140LA 165LA 210LA 3C8SA 4W58A 3DMVA 1C60A 1C65A 1L76A 141LA 3GUIA 2ANVA 3OE0A 3SN6R 1L97A 2HUKA 157LA 1QTCA 1KW5A 1T8AA 1QSBA 120LA 2B6YA 1L83A 1QTZA 1L42A 3C7ZA 1L27A 1L69A 1I6SA 1L49A 1OWYA 1QSQA 1L50A 239LA 3C83A 4PK0A 1L73A 236LA 2RB0X 1L37A 1P2RA 1L67A 3HU8A 4I7RA 2RAYX 3GUOA 3GUKA 246LA 123LA 1L10A 1C6AA 216LA 2O79A 1LWKA 3PDSA 227LA 1L62A 3JR6A 1L59A 2RBOA 4E97A 3HTBA 212LA 127LA 163LA 1OVKA 104LA 1L84A 3V2YA 138LA 4EPIA 222LA 217LA 1D2YA 1C6CA 3HDEA 1D3NA 1QUGA 4EJ4A 3GULA 1C62A 1LYGA 1K28A 1P64A 3HTDA 258LA 2RB1X 4ARQB 4I7SA 1D3MA 148LE 1L41A 1SWYA 1L18A 1L0JA 1L39A 3HTFA 4LZMA 1C61A 1JQUA 1QTHA 160LA 195LA 4W56A 1L12A 1WTHA 2B73A 1C67A 1L34A 2B72A 1L22A 2OE9X 1DYFA 1LYFA 4YXAC 1LPYA 1L98A 196LA 1L82A 2Q9DA 3CDQA 1T8GA 3FI5A 178LA 122LA 1L92A 164LA 1P2LA 3SB7A 129LA 109LA 1QTBA 3CDOA 197LA 177LA 169LA 1LYDA 4I7NA 1LGUA 3GUNA 1L29A 4ZPUA 1C6EA 1C6QA 1QTVA 1CU5A 1L38A 2B7XA 3HT7A 252LA 145LA 3HH6A 3F9LA 2OU0X 3LZMA 111LA 171LA 254LA 1L77A 2L78A 119LA 147LA 2RBNA 2OU9A 2QB0B 3ODUA 4W52A 4EKRA 1L61A 1QS9A 3SB9A 115LA 1L95A 1ZURA 1P3NA 2RBQA 176LA 4EKSA 1L40A 3HT9A 1PQKA 1LYEA 1SSYA 1C6LA 1C6PA 1G0QA 1L30A 3DN1A 3QAKA 151LA 3HT6A 3HH3A 1L43A 241LA 1C63A 4EKPA 1OVHA 6LZMA 199LA 1OYUA 1C6JA 166LA 3NY8A 192LA 2QARC 1LW9A 1L91A 2B6ZA 1CV6A 231LA 3C7WA 173LA 1CV3A 2OEAX 1LYIA 205LA 3VW7A 1C6NA 4GBRB 1L44A 181LA 4S0WA 1L16A 1KS3A 1SX7A 1P6YA 1L14A 4OO9A 1G06A 209LA 1TLAA 1L26A 3C81A 1SSWA 1JTNA 1D3FA 1CX6A 184LA 103LA 2B6TA 1ZYTA 4ARMB 1L11A 144LA 1C6HA 232LA 180LA 211LA 2ANXA 1D9WA 1CUPA 1L72A 143LA 3L2XA 172LA 3OE9A 2OTZX 240LA 2OE4X 237LA 3DN3A 1OV7A 1C6KA 1CTWA 4I7MA 4ARLA 1L79A 3HU9A 2RBSA 3F8VA 159LA 4I7KA 1CV1A 162LA 3D4SA 1L47A 1L35A 191LA 3CDRA 1CX7A 1L15A 110LA 1SWZA 3NY9A 1SX2A 2F2QA 2LC9A 126LA 113LA 1QS5A 2F32A 1C66A 3RZEA 114LA 1C6TA 1C69A 131LA 2NTGA 1PQJA 244LA 3HUQA 1G0GA 262LA 1G07A 2Q9EA 3HT8A 125LA 1L01A 1L21A 3SB5A 1KNIA 1PQMA 1CU3A 4ARMA 3DN2A 185LA 1LGXA 1QT5A 1B6IA 247LA 215LA 221LA 188LA 3SB6A 1L86A 1L96A 3GUMA 2O4WA 189LA 4W54A 1OWZA 1CVKA 118LA 1G0MA 245LA 1L99A 4IAPA 4LDEA 1L48A 3HH4A 1DYCA 1L23A 1L75A 1CU0A 250LA 2O7AA 4ARJA 1T97A 201LA 2LZMA 1EPYA 242LA 3UONA 1CUQA 1L05A 261LA 156LA 1P56A 1L54A 1L36A 4YXCA 4ARQA 4I7LA 4GRVA 1T8FA 2HUMA 167LA 3FA0A 1L13A 4LDOA 1L46A 1L80A 1L28A 4ARPA 1DYGA 1CV5A 4LDLA 1L63A 4I7TA 206LA 1CV4A 224LA 5I14A 1C6MA 4DAJA 2OE7X 251LA 4I7QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1P46A 1GBSA 253LA 170LA 4LZTA 1JJ1A 3IWRA 5L3HA 2F47A 3N9EA 3A3RX 1L58A 5IHGA 161LA 4WG7A 4MCKA 1QT7A 2BQDA 1L00A 4IJ4A 3ATNA 1LMTA 1RFPA 112LA 1LSEA 3G3VA 4H8YA 2Z38A 4NG1A 1B7NA 4Z46A 1IORA 1NDMC 107LA 1JTPL 214LA 3G3XA 1C6FA 1PQOA 1C46A 1IY3A 4WL7A 3WW5A 4N1CC 1B7PA 5F9UA 3B72A 3V2WA 4NSHA 2BAAA 4CJ2A 1JTMA 3OE6A 2Y8PA 1GBOA 2G4NA 1L04A 1XFPL 2Z12A 230LA 1G0LA 2DQHY 3L64A 5LAGA 3WUNA 5JENB 1LYYA 3TXEA 1DYAA 2Z2FA 3DMXA 3RU5A 1BWIA 1LI3A 1LZ8A 2BQMA 4WLXA 1XJTA 1L25A 1HFXA 5LZMA 4HP0A 3P64A 1WVUA 5F16A 4DQ7A 4NHSA 3DKEX 5KKIA 1XGQC 3EMSA 1LHMA 3ATOA 1G7IC 1JISA 2ZWBA 1FN5A 4J1BA 1ZWNA 2NTHA 1HNLA 2Z18A 1JUGA 5LVHA 226LA 4Z3MA 1B7MA 1JIYA 4NHQA 3WU9A 1L24A 1YANA 1D9UA 1GDWA 2CUUA 1BVXA 1B5UA 3NYAA 4GN5C 3ZVQB 6LYTA 3SB8A 2MEIA 4EXMA 1IP4A 2WARA 1G7MC 3WPKA 130LA 1OUDA 128LA 4KPMA 4NGOA 2ZNWY 1L02A 219LA 2B6XA 1XJUA 1ZV5L 1L71A 1LCNA 142LA 4PJZA 218LA 4P2EA 2A7DA 2LZ2A 4I7JA 4LFXA 1LHLA 1B7LA 2ZIKA 4BADA 1OUCA 1YL0X 2D6BA 3T6UA 1BWJA 1L81A 4XJDA 3W6FA 1B5YA 223LA 1IWYA 1OQMA 4H92A 2HUBA 1LI6A 3IJVA 1L09A 1LZRA 3WU8A 1AT5A 1LPIA 140LA 1LJGA 210LA 3C8SA 1QSWA 4CHXA 1C65A 3M3UA 4OW1A 2HUKA 1QTCA 2FBBA 1GE3A 2B6YA 1YAQA 1YROA 4GLAA 1QSQA 1I6SA 3C83A 4PK0A 236LA 1JPOA 5FDJA 1GHLA 208LA 2RAYX 1L10A 2O79A 1C6AA 3EBAB 4NFVA 227LA 1JKCA 127LA 1PZYA 2RSCA 4NSIA 1WQMA 3WYHA 1GF0A 138LA 4HPEA 4H9HA 5I4WA 1GF4A 4H93A 4TSCA 1K28A 3HTDA 1QDRA 4G9SA 258LA 2RB1X 3BKHA 4I7SA 1L0JA 1IOCA 4H9EA 1C61A 4N8ZA 4H9IA 2B72A 1BVKC 2OE9X 1VATA 4OOTA 1W6ZA 1L82A 3N9CA 1P2CC 4LYCA 5B07A 1GB7A 1HENA 1P2LA 3SB7A 4QDNA 4G4CA 5LVKA 4WO6A 1BB4A 1LJHA 5F81A 1L29A 3A34A 4ZPUA 1QTVA 1LSGA 4ET9A 1L38A 1JSFA 1OUHA 1XEIA 1QTEA 3F9LA 2OU0X 5APDA 171LA 2L78A 147LA 4H9CA 2OU9A 4W52A 1QS9A 115LA 1L95A 1UIHA 1L40A 1RI8B 1FLQA 1PQKA 1SSYA 5I54A 1YAOA 5I4YA 1G0QA 3DN1A 1D6QA 3HT6A 4YENA 6LZMA 4NSGA 1LMCA 199LA 1CKCA 4ETAA 3NY8A 2LYMA 3A6CY 1L91A 173LA 1CV3A 5I4XA 4HJZA 2OEAX 1XGRC 3AW6A 2Z37A 3MGWA 3LYZA 1TAYA 4XADA 1JITA 1O23A 1KS3A 4OWBA 5LVGA 1P6YA 4OO9A 4TWSA 4NWHA 1TLAA 1L26A 184LA 4HJYA 1ZYTA 4DQJA 1L11A 1GE2A 2MEBA 143LA 5HMVA 240LA 4OWEA 3WPJA 1LZ5A 3G3AB 1WQNA 1CTWA 2RBSA 159LA 3TMXA 1LZ9A 7LYZA 3TXBA 3D4SA 1L47A 1L35A 3CDRA 1F10A 1TCYA 1LSFA 1L15A 1LZBA 4DD3A 2HU3A 2MECA 135LA 5M1YA 3WH1A 2NTGA 3TXDA 1HEMA 1QQYA 5C6LA 1G0GA 4GCEA 4DDAA 1B5WA 2Q9EA 1I56A 3HT8A 125LA 2DBTA 3HBEX 1PQMA 1CU3A 1WQQA 1CKFA 2XQOA 5KXKA 247LA 3CT0A 2ZIJA 221LA 1UIDA 3GUMA 1GBWA 1A2YC 2IFFY 4G4HA 1LSAA 1GAYA 1REMA 1DYCA 2H9JA 1CU0A 3CQLA 1T97A 2HEDA 4NWEA 1GBYA 2LYOA 261LA 1GXV2 1L54A 1J1PY 1L36A 1OP9B 2W1LA 3AGIA 1WTMA 1NBZC 4ARQA 1KXWA 207LA 4GRVA 1A4VA 1YKXX 2HEEA 3GXKA 167LA 3LYMA 3A67Y 1OUEA 4ZEEA 2FYDA 1L46A 2D4JA 1CV5A 4LDLA 1HEOA 5LAFA 4WG1A 1QUTA 4B1AA 8LYZA 3B6LA 5I14A 4DQ5A 1GB8A 4NHTA 4PJ2C 260LA 1NHBA 1P37A 4PGJB 1G0PA 2CGIA 3CDVA 4W51A 2F30A 5LA8A 2BQOA 1G0JA 200LA 4I7PA 1JTOL 1XEJA 1HC0A 2B6WA 139LA 3ZEKA 3A93A 1B7SA 1LLHA 1GF8A 1LJJA 4O34A 225LA 4N5RA 1HEQA 1VEDA 1KIRC 1VDQA 1B2KA 1G7JC 5FSTA 4B49A 3AZ7A 1L90A 3BKVA 1L66A 1IWTA 5ILFA 1JWRA 1L51A 1L20A 4EOFA 5LYTA 1NWGA 2OTYX 1LZ1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1P46 A;  1GBS A;  253L A;  170L A;  4LZT A;  1JJ1 A;  3IWR A;  5L3H A;  2F47 A;  3N9E A;  3A3R X;  1L58 A;  5IHG A;  161L A;  4WG7 A;  4MCK A;  1QT7 A;  2BQD A;  1L00 A;  4IJ4 A;  3ATN A;  1LMT A;  1RFP A;  112L A;  1LSE A;  3G3V A;  4H8Y A;  2Z38 A;  4NG1 A;  1B7N A;  4Z46 A;  1IOR A;  1NDM C;  107L A;  1JTP L;  214L A;  3G3X A;  1C6F A;  1PQO A;  1C46 A;  1IY3 A;  4WL7 A;  3WW5 A;  4N1C C;  1B7P A;  5F9U A;  3B72 A;  3V2W A;  4NSH A;  2BAA A;  4CJ2 A;  1JTM A;  3OE6 A;  2Y8P A;  1GBO A;  2G4N A;  1L04 A;  1XFP L;  2Z12 A;  230L A;  1G0L A;  2DQH Y;  3L64 A;  5LAG A;  3WUN A;  5JEN B;  1LYY A;  3TXE A;  1DYA A;  2Z2F A;  3DMX A;  3RU5 A;  1BWI A;  1LI3 A;  1LZ8 A;  2BQM A;  4WLX A;  1XJT A;  1L25 A;  1HFX A;  5LZM A;  4HP0 A;  3P64 A;  1WVU A;  5F16 A;  4DQ7 A;  4NHS A;  3DKE X;  5KKI A;  1XGQ C;  3EMS A;  1LHM A;  3ATO A;  1G7I C;  1JIS A;  2ZWB A;  1FN5 A;  4J1B A;  1ZWN A;  2NTH A;  1HNL A;  2Z18 A;  1JUG A;  5LVH A;  226L A;  4Z3M A;  1B7M A;  1JIY A;  4NHQ A;  3WU9 A;  1L24 A;  1YAN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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