2RBPA

2-(n-propylthio)ethanol in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Rescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2rbpA00
1D3JA 1L36A 1L06A 2O7AA 1C67A 3NYAA 120LA 2OTYX 2B73A 1L89A 190LA 258LA 1L18A 1P36A 237LA 3C81A 1L65A 1C66A 4IAPA 1C6LA 1L90A 1OVJA 4ARLA 4LDOA 260LA 234LA 198LA 1L25A 3C82A 1DYBA 4LDLA 1G1WA 166LA 1L79A 1OVHA 109LA 184LA 1L74A 240LA 2RH1A 127LA 168LA 1KW7A 238LA 247LA 3HDFA 1DYEA 2HUMA 1P5CA 1LLHA 138LA 220LA 226LA 1CV1A 1L80A 4DJHA 1L12A 1G06A 199LA 223LA 2Q9DA 1OWYA 1QSBA 3DN6A 1CVKA 2B6ZA 1D3FA 2Z6BA 128LA 1L77A 2OE9X 4I7TA 3L64A 4PK0A 1L53A 3SBBC 1QT7A 4LDEA 4K5YA 1DYDA 3K2RA 1C6JA 1L71A 4ARJA 1L38A 3HUQA 1L96A 3D4SA 2B6YA 1C64A 4OO9A 1SSWA 1CV6A 1G1VA 2RBQA 1CU3A 146LA 1L15A 1CU0A 1L62A 137LA 1ZYTA 3CDVA 3HTGA 1L68A 1L59A 2HULA 3HUAA 1L95A 2B6XA 2B74A 3LZMA 3FI5A 1L83A 163LA 2OE4X 160LA 1L23A 3C7YA 2RAZX 3GUOA 1L05A 2LCBA 4I7JA 4I7MA 2IGCA 118LA 1DYFA 1L54A 1QT5A 1OYUA 4ARPA 3F9LA 4W59A 1LWKA 1L98A 1L32A 3QAKA 1L58A 1QT3A 1TLAA 1XJTA 176LA 1C65A 6LZMA 3GULA 1CU6A 3JR6A 1C61A 1QUDA 1L31A 189LA 211LA 1LYGA 3HH5A 232LA 3GUIA 2RB0X 1K28A 1D3NA 1L55A 142LA 1T6HA 130LA 3DMVA 3C7ZA 4PJZA 1D2WA 233LA 1C6BA 2RBRA 110LA 3HU8A 2L78A 1LGXA 205LA 1L56A 1L02A 1L0JA 1P37A 262LA 1L76A 1CX6A 1QTCA 149LA 2NTGA 1CV5A 2A4TA 167LA 147LA 145LA 4EJ4A 111LA 1D3MA 1QTHA 1L82A 257LA 243LA 3CDQA 131LA 1T97A 123LA 1L81A 1LPYA 1QTDA 2RAYX 1C6TA 1L07A 2RB1X 161LA 1C6KA 235LA 229LA 4I7OA 1L33A 259LA 244LA 1T8FA 173LA 1LI6A 3VW7A 2F2QA 1L40A 1ZWNA 1C6AA 3HWLA 1SWZA 1OWZA 1JQUA 4EKQA 1L49A 7LZMA 1G0GA 3L2XA 162LA 1KY0A 159LA 1P7SA 1PQMA 2B70A 1L26A 1P3NA 2RBPA 3OE6A 1L27A 4ZPUA 1L19A 1PQJA 253LA 213LA 113LA 3HH4A 3DN4A 1L11A 231LA 1L88A 3DN8A 1L94A 1PQDA 1C6MA 1QUGA 216LA 1L01A 4E97A 1C6QA 1WTHA 1L48A 183LA 4ARMB 3DN3A 4ARQA 1QS9A 151LA 1G0QA 180LA 1G0MA 4I7NA 3OE0A 1OVKA 1P2RA 1P2LA 2NTHA 108LA 3V2WA 1CX7A 150LA 114LA 1C60A 1DYGA 2Q9EA 2OEAX 119LA 1L60A 1QUHA 1L21A 1LWGA 1G07A 1CV3A 171LA 1LGUA 1L16A 197LA 1L29A 4W55A 1CUQA 1L91A 1SSYA 2RBOA 1L67A 200LA 2LZMA 3DNAA 1QTZA 3FADA 3C7WA 1LYIA 1CU5A 1P64A 4EKSA 1L35A 3SB5A 242LA 2HUKA 1L41A 3C8RA 1C62A 107LA 1G0JA 1L43A 245LA 3GUMA 1C6EA 1C6GA 2RB2X 1XJUA 2B6WA 1L47A 143LA 1PQKA 4W54A 201LA 1L50A 141LA 250LA 3G3XA 178LA 1I6SA 3DN1A 227LA 1G0KA 3HUKA 1LYDA 3HDEA 4GBRB 4LZMA 1LYJA 224LA 215LA 241LA 1L22A 1LI2A 218LA 1QUOA 1L39A 3SN6R 3EMLA 1L69A 1SWYA 157LA 3NY9A 187LA 1QT4A 4DAJA 3PDSA 4W56A 3CDRA 1L42A 206LA 3RZEA 1L51A 5I14A 182LA 174LA 1L61A 3UONA 3DN2A 1L10A 2ANVA 3SB8A 158LA 2B72A 1L64A 1KNIA 1L09A 4EKRA 3HTFA 1P46A 2B7XA 156LA 1L20A 1DYAA 3RUNA 1L37A 1KS3A 1C6IA 1JTNA 2OE7X 4YXAC 139LA 4I7RA 1C6NA 1LYHA 1C6HA 144LA 1L92A 4EXMA 1L99A 3C8SA 2B75A 1G0LA 230LA 4W58A 2OU9A 192LA 3OE9A 222LA 4W51A 4W52A 1CTWA 1L87A 4EPIA 1C63A 3OE8A 1CV0A 1CU2A 1KY1A 3PBLA 1L66A 4GRVA 1C6PA 1JTMA 1L73A 1OV5A 3HU9A 2ANXA 3G3WA 1QS5A 1C6CA 1L85A 3G3VA 1KW5A 254LA 4YXCA 1QT6A 1G0PA 3HT7A 3HT8A 1EPYA 112LA 3DMZA 1L70A 4AQNA 255LA 251LA 4I7KA 5LZMA 2OTZX 246LA 1L14A 195LA 3HT6A 1L52A 181LA 1QTVA 4W53A 1L13A 3HTDA 214LA 2O79A 3F8VA 236LA 4W57A 3SB9A 3V2YA 1L00A 3GUNA 185LA 2OU8A 1PQIA 252LA 1T8GA 3DKEX 196LA 209LA 1ZURA 2O4WA 3GUPA 104LA 3HH6A 3C80A 1DYCA 1L46A 3HTBA 1L44A 1D9WA 1L84A 3NY8A 1L72A 2F32A 1CV4A 3FA0A 1L93A 1LI3A 2B6TA 1C68A 239LA 1CUPA 1XEPA 1SX2A 4EPFA 4I7SA 3CDTA 2RBNA 164LA 1LGWA 3HH3A 1L63A 126LA 3SB7A 140LA 2F47A 148LE 1L04A 1LYEA 3GUKA 1LYFA 1L30A 228LA 3SBAA 219LA 3SB6A 1L75A 1OV7A 4EKPA 248LA 249LA 1QTBA 165LA 1C6DA 4DKLA 1LW9A 3HT9A 210LA 221LA 1C6FA 115LA 1PQOA 188LA 4ARQB 2OU0X 1L24A 169LA 175LA 3GUJA 4I7PA 152LA 125LA 4S0WA 3C8QA 3DMXA 1L57A 170LA 1D2YA 3CDOA 4ARMA 225LA 103LA 3C83A 177LA 186LA 1C69A 1P6YA 1L97A 2CUUA 1L0KA 217LA 1L45A 1SX7A 1QT8A 191LA 1L03A 4YX7C 4I7QA 172LA 212LA 122LA 1L17A 1L28A 1L34A 1L86A 1QSQA 1T8AA 1P56A 4I7LA 3DN0A 2QARC 1B6IA 2LC9A 129LA 2RBSA 1L08A 1NHBA 256LA 155LA 102LA 261LA 3ODUA 2QB0B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HEDA 1L06A 2DQEY 3NYAA 1IOTA 1UC0A 3C81A 4UWUA 1C66A 1IVMA 4BADA 2IHLA 1L90A 4LDOA 3WUMA 234LA 4ZIXA 1ZVHL 1BVXA 3TXJA 1G1WA 109LA 1LPIA 1KW7A 5DLAA 4ETDA 1HFZA 1CV1A 2F2NA 5C6LA 1G06A 199LA 5B07A 2Q9DA 3TMVA 5KXNA 1LKSA 3A92A 2B6ZA 1ZV5L 1L77A 1REXA 4LYTA 1IR7A 4K5YA 1FLWA 1TBYA 2ZIKA 4ARJA 1V7TA 5KXLA 3D4SA 1C64A 5F9UA 3IJUA 146LA 2YBIA 1NWGA 1L62A 137LA 5DN4A 3B72A 5KKJA 4B49A 1L95A 1QDTA 2B74A 2B6XA 1BQLY 1JSEA 4YEMA 2OE4X 160LA 1YIKA 1QUSA 3J4GA 1WQNA 5B1FA 4I7MA 1DYFA 2LYOA 5JENB 6LYZA 3AZ7A 4ARPA 3F9LA 1LWKA 4YOPA 1IWWA 3QAKA 1L58A 1RE2A 3TXBA 6LZMA 5I5QA 2LYMA 1CU6A 1C61A 4G4BA 1QUDA 1L31A 4H91A 1LYGA 3HH5A 1NKHA 2WARA 3EMSA 3HBHA 6LYTA 1T6HA 130LA 1JWRA 3WULA 2G4QA 4B1AA 4CFPA 1C6BA 1OUHA 4NHTA 2RBRA 110LA 5APFA 1LGXA 1L56A 1LSNA 1L0JA 1P37A 5LA8A 1YL1X 1CV5A 111LA 1D3MA 1QTHA 3CDQA 4HV1A 5A3EA 1GBYA 4RLMA 123LA 4GCEA 4H8YA 4ETBA 1C6KA 2HTXA 1HHLA 1T8FA 3A67Y 4LFXA 1ZWNA 1SWZA 1JQUA 1LZSA 1GFHA 7LZMA 3CT5A 4DDAA 2YBMA 1MLCE 5K7OA 5KXRA 1GBSA 5KXKA 2BQJA 4OWHA 1KY0A 1XSFA 2HEEA 1GFRA 4DQJA 2RBPA 4ZPUA 1LZCA 253LA 3HH4A 1IEEA 4NHPA 4NGVA 1PQDA 1C6MA 1C6QA 2CDSA 1L48A 4ARMB 5D5CA 1D9UA 1LJGA 1G0MA 1V7SA 3OE0A 3D3DA 5I4XA 1IWZA 114LA 1JSFA 2Q9EA 4NHSA 1QUHA 3LN2A 4HJVA 1L21A 1G07A 1CV3A 3SP3A 1LGUA 1NHEA 1G7MC 2LZMA 1LJEA 4W94A 3W6FA 3FADA 3A94A 1UIHA 1RCMA 4EKSA 1WTMA 2C8OA 1C62A 2DQDY 2YBNA 1L43A 1CJ7A 1KIPC 3A3QA 3GUMA 5I53A 1C6EA 1C6GA 1XJUA 2B6WA 1PQKA 4W54A 5LYMA 2MEDA 3QY4A 3G3XA 1GB3A 1DI3A 4L41A 1C08C 1G0KA 1LYDA 3A6CY 4WM1A 3W6DA 1LJKA 2Z38A 4X3BA 4DDBA 1L22A 218LA 1IWXA 1L69A 157LA 187LA 1C45A 1TDYA 3CDRA 1L42A 3RZEA 1I20A 5I14A 1L61A 1OUDA 3DN2A 1L10A 158LA 1F0WA 4QDNA 1GDWA 2B7XA 1L37A 1C6IA 2Z19A 4I7RA 144LA 4DD9A 230LA 3P64A 5L9JA 3OE9A 3BKVA 1QTEA 1J1XY 4W52A 1CTWA 1LSFA 1CKHA 4EPIA 3RZ4A 1C63A 1CV0A 3LHMA 4GRVA 5HLLA 1OUCA 3W6CA 1UA6Y 5I4YA 1QS5A 1SQ2L 4WM5A 1L85A 3G3VA 3WMKA 5F16A 3HT8A 1IC4Y 1EQ4A 4P2EA 5LZMA 246LA 195LA 5FEKA 1L52A 181LA 4OOOA 1D0LA 4H9AA 1L00A 1QIOA 4GLVA 1LHIA 5E9RA 2FYCA 1WQMA 209LA 3RT5X 3HH6A 4DYGA 1JJ0A 1B5VA 5ILFA 4GCBA 4Z46A 3WUAA 1NDGC 1LI3A 2B6TA 1LMOA 3AGHA 1OP9B 1YKZX 2RBNA 164LA 1L63A 1GFEA 2ZWBA 1LYEA 5F9XA 1CJ8A 1GF6A 1L75A 1BB7A 5II3A 4OW1A 3RNXA 1YROA 4YM8A 248LA 3CSRA 165LA 4MCKA 3HT9A 210LA 1JEFA 4CFOA 4II8A 188LA 2OU0X 1GFGA 3TXIA 2MEAA 4OWBA 1DKJA 1OUJA 1D6PA 2Z2EA 1XFPL 3C8QA 3KAMA 3WL2A 8LYZA 4IJ4A 1D2YA 103LA 2I26L 1C69A 1C7PA 1C46A 1UIBA 1QT8A 4N9RA 1L03A 4YX7C 2I25L 5E4PA 2BQBA 4I7QA 1L28A 1L86A 3DN0A 1LSDA 1NHBA 1GFAA 4DQ5A 4UWNA 5HMVA 1D3JA 5LVIA 1PZYA 4KPMA 1FLYA 1LZYA 1L89A 190LA 258LA 1DXJA 1IOQA 4IAPA 2VB1A 1Z55A 2BQKA 1OVJA 4LYZA 4NWEA 4ARLA 1A4VA 3B6LA 4WG7A 1CJ6A 133LA 5T3FA 198LA 4LDLA 4NGOA 1HMKA 4NGZA 2DQIY 166LA 1YQVY 1L79A 1OVHA 1GBXA 3MGWA 4DWXA 4NGYA 4OOTA 4LT2A 3WPLA 4H1PA 238LA 3HDFA 2HUMA 3LYZA 2X0AA 220LA 4DJHA 1L12A 1QSBA 3DN6A 1CVKA 1EQEA 1YL0X 4DD7A 2BQEA 2XJWA 2Z6BA 4I7TA 3L64A 4H8ZA 3SBBC 1GPQC 4NHIA 3M3UA 1E8LA 1L38A 2B6YA 1JITA 1G1VA 1IY4A 2RBQA 1WTNA 4HSFA 5M1YA 1L15A 5C6JA 1CU0A 1JKCA 1ZYTA 3CDVA 4B4JA 3HTGA 4WL7A 1B5ZA 3WU8A 3HUAA 4MR1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2HED A;  1L06 A;  2DQE Y;  3NYA A;  1IOT A;  1UC0 A;  3C81 A;  4UWU A;  1C66 A;  1IVM A;  4BAD A;  2IHL A;  1L90 A;  4LDO A;  3WUM A;  234L A;  4ZIX A;  1ZVH L;  1BVX A;  3TXJ A;  1G1W A;  109L A;  1LPI A;  1KW7 A;  5DLA A;  4ETD A;  1HFZ A;  1CV1 A;  2F2N A;  5C6L A;  1G06 A;  199L A;  5B07 A;  2Q9D A;  3TMV A;  5KXN A;  1LKS A;  3A92 A;  2B6Z A;  1ZV5 L;  1L77 A;  1REX A;  4LYT A;  1IR7 A;  4K5Y A;  1FLW A;  1TBY A;  2ZIK A;  4ARJ A;  1V7T A;  5KXL A;  3D4S A;  1C64 A;  5F9U A;  3IJU A;  146L A;  2YBI A;  1NWG A;  1L62 A;  137L A;  5DN4 A;  3B72 A;  5KKJ A;  4B49 A;  1L95 A;  1QDT A;  2B74 A;  2B6X A;  1BQL Y;  1JSE A;  4YEM A;  2OE4 X;  160L A;  1YIK A;  1QUS A;  3J4G A;  1WQN A;  5B1F A;  4I7M A;  1DYF A;  2LYO A;  5JEN B;  6LYZ A;  3AZ7 A;  4ARP A;  3F9L A;  1LWK A;  4YOP A;  1IWW A;  3QAK A;  1L58 A;  1RE2 A;  3TXB A;  6LZM A;  5I5Q A;  2LYM A;  1CU6 A;  1C61 A;  4G4B A;  1QUD A;  1L31 A;  4H91 A;  1LYG A;  3HH5 A;  1NKH A;  2WAR A;  3EMS A;  3HBH A;  6LYT A;  1T6H A;  130L A;  1JWR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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