1G0QA

Crystal structure of t4 lysozyme mutant v149i
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRIITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Structural and thermodynamic analysis of the binding of solvent at internal sites in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1g0qA00
4W52A 217LA 211LA 223LA 2OU0X 2CUUA 3GUMA 218LA 201LA 1L73A 224LA 3DN1A 1LYEA 1L05A 1D2YA 1LPYA 176LA 1L70A 230LA 259LA 184LA 1D3FA 1L97A 4I7SA 210LA 1QT3A 1L77A 2O79A 186LA 1C62A 1L59A 175LA 257LA 1QTVA 2RAYX 250LA 2B73A 258LA 114LA 3HU8A 2Q9EA 1C6KA 3HDEA 244LA 3NY9A 2IGCA 120LA 3EMLA 2LC9A 1KW5A 4I7RA 1L46A 248LA 2B6TA 4EPIA 1PQOA 1QT5A 3C83A 1CV6A 1G0KA 3C80A 1L34A 2B6YA 1L50A 141LA 4ARMB 3DN2A 183LA 3HU9A 1P36A 238LA 4EJ4A 1QS9A 1CV0A 3HT9A 1QS5A 3SB9A 252LA 1C68A 3FI5A 1ZURA 1L43A 1G1VA 1T6HA 2RH1A 1L57A 3DN8A 1C60A 3LZMA 4I7KA 1L99A 1ZYTA 200LA 3UONA 1L92A 1LI6A 3HT6A 220LA 3OE8A 1CV5A 1L75A 139LA 2Q9DA 2B7XA 1LLHA 1C63A 1L72A 1L00A 3HUAA 128LA 129LA 1T97A 4I7JA 236LA 1CUQA 1L32A 3G3VA 237LA 1OVHA 3DN6A 4I7MA 1L27A 2B75A 1L12A 109LA 2OE7X 1P64A 4W54A 260LA 209LA 1L80A 4ARPA 1QTDA 1L61A 3NYAA 1D2WA 1K28A 1I6SA 1L20A 1L17A 151LA 167LA 256LA 4W53A 1L21A 197LA 3RZEA 1L94A 1OV7A 1C6DA 2RBRA 1L79A 1L02A 1L36A 1L18A 3CDQA 245LA 1L29A 1L47A 255LA 3HUQA 146LA 4I7NA 4W55A 172LA 1QT4A 4W51A 2B72A 3JR6A 2B6ZA 1CV4A 213LA 2HULA 1QT8A 104LA 1L07A 1L60A 3L64A 226LA 4W57A 1L14A 4ZPUA 196LA 2NTGA 1DYGA 3CDVA 4OO9A 191LA 147LA 2LZMA 164LA 1L11A 1C6EA 157LA 2RB0X 1L0KA 249LA 1C6GA 1LYFA 1LYJA 216LA 198LA 2QB0B 1C6HA 1L30A 1SWZA 173LA 1DYFA 142LA 3OE9A 3C7WA 1L39A 3CDRA 1L63A 111LA 1L37A 4ARLA 1L45A 1L28A 1B6IA 2ANVA 243LA 1DYEA 1CU6A 1KNIA 2L78A 1G0LA 212LA 4S0WA 3C7ZA 4YXAC 1C6QA 1D3NA 1L93A 1QT6A 1SWYA 1L04A 242LA 4ARJA 4DAJA 2RBPA 1L48A 1C66A 181LA 1QTCA 3DMZA 4GBRB 131LA 1LGUA 187LA 221LA 3NY8A 1L58A 1L0JA 1L74A 2RBOA 3OE0A 1L84A 3HUKA 1D3JA 1C69A 3HH5A 1L26A 3F9LA 1L51A 1SSYA 3G3XA 1L65A 1P5CA 3C82A 2NTHA 2OEAX 3FADA 3DMVA 3DKEX 261LA 3RUNA 1G0MA 205LA 251LA 150LA 1C67A 1P56A 1P37A 235LA 1XJTA 1G0JA 162LA 231LA 4GRVA 2OTZX 190LA 1C6MA 1DYCA 228LA 3HH4A 233LA 1CV1A 3F8VA 6LZMA 2RAZX 195LA 1L40A 1L86A 4DJHA 2F2QA 4EXMA 1KW7A 1QUHA 241LA 192LA 4LDEA 1L55A 4EKPA 1OV5A 170LA 1L54A 110LA 1L44A 4ARQB 1P2RA 239LA 1KY0A 1OYUA 1QUOA 1G0PA 3GUNA 3HH6A 3GUIA 1LGXA 206LA 1QT7A 3C7YA 1OWZA 3SN6R 2B70A 222LA 2HUMA 4I7PA 140LA 2RBQA 1L33A 2LCBA 165LA 123LA 1CX7A 1LYGA 103LA 1QSBA 1OWYA 3QAKA 7LZMA 1C64A 149LA 163LA 168LA 4W58A 227LA 108LA 1LGWA 4LDOA 1LWGA 1L69A 254LA 118LA 1LI3A 102LA 2OU8A 178LA 3C8QA 4I7OA 1L89A 1OVJA 1ZWNA 4W56A 145LA 3HT7A 234LA 4EKSA 1L83A 214LA 138LA 2F32A 1EPYA 3C8SA 1PQJA 3SB5A 1T8AA 3DN0A 156LA 2B74A 1JQUA 4EKQA 1L24A 1P6YA 2QARC 1SX7A 3HDFA 1L98A 1L62A 4LZMA 122LA 185LA 1L71A 125LA 1C65A 1L82A 2RBSA 1L13A 232LA 219LA 1C6IA 1LYIA 1CV3A 143LA 1CUPA 1L35A 1LYDA 3DN4A 2RB1X 160LA 1L95A 3GUJA 1L23A 107LA 1CTWA 3HTBA 1P2LA 1C61A 4YX7C 2OE4X 180LA 3DNAA 1SSWA 1PQKA 1WTHA 3CDOA 1G06A 1G07A 1G1WA 1QUDA 225LA 2B6XA 1L66A 1L52A 1L76A 1D9WA 1L03A 1LI2A 2F47A 1CU0A 2HUKA 127LA 1L42A 2ANXA 161LA 1L31A 2A4TA 1DYAA 3D4SA 155LA 1T8GA 3DMXA 1C6CA 3GULA 1L22A 189LA 115LA 166LA 3SBBC 2RB2X 3GUOA 1KY1A 3HT8A 1L08A 144LA 4ARMA 1L01A 169LA 3DN3A 3G3WA 4DKLA 148LE 3SB6A 4W59A 159LA 3PDSA 1L41A 215LA 1PQIA 112LA 182LA 1C6FA 1CU5A 1L85A 1QUGA 4I7LA 1C6BA 3HTGA 1C6NA 1C6AA 1L64A 1NHBA 1T8FA 1JTMA 1QTBA 3ODUA 1LWKA 1L67A 3GUPA 126LA 2OE9X 4K5YA 4LDLA 1DYDA 2O4WA 2B6WA 247LA 4I7QA 4YXCA 1G0GA 2RBNA 1PQMA 1XEPA 119LA 1C6LA 1L38A 1LYHA 3SB7A 5I14A 188LA 1CU2A 1LW9A 3C81A 4ARQA 4E97A 1PQDA 1P3NA 1TLAA 3GUKA 3VW7A 1P7SA 1SX2A 229LA 1L25A 1L19A 130LA 262LA 1D3MA 3L2XA 177LA 1CU3A 1L90A 1JTNA 1OVKA 1QSQA 171LA 4I7TA 1L56A 1CVKA 1G0QA 1L16A 1L68A 3C8RA 1C6JA 3V2WA 1L06A 1L91A 3PBLA 4IAPA 240LA 1KS3A 1QTZA 1L81A 3OE6A 1C6PA 158LA 1L49A 246LA 2OU9A 113LA 4EPFA 1L10A 3CDTA 1P46A 2O7AA 137LA 1L53A 3HTFA 1DYBA 2Z6BA 1QTHA 3SB8A 2OTYX 1L96A 5LZMA 1L87A 3V2YA 4AQNA 3SBAA 4EKRA 1CX6A 4PK0A 4PJZA 199LA 3HTDA 152LA 253LA 174LA 3HWLA 1L15A 3HH3A 3K2RA 3FA0A 1XJUA 1L88A 1C6TA 1L09A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1J1OY 2LYMA 1GFRA 218LA 1TCYA 5B07A 3EO5A 3WXUA 1QDRA 176LA 3IJUA 1L77A 4WMGA 1L59A 3LN2A 1QTVA 2RAYX 2B73A 3HU8A 2N5ZA 2Q9EA 4BAPA 1XGPC 1GBOA 2MEBA 4ML7A 1L46A 2HU3A 4NFVA 248LA 4NHSA 4G4BA 1QT5A 1G0KA 1B5YA 2BQNA 2W1MA 4ARMB 2IFFY 1P36A 238LA 1XGUC 4NGZA 3ULRA 4EJ4A 5APFA 3WVYA 3HT9A 1CJ8A 1OUCA 4OW1A 1L57A 5I5QA 1WVVA 1C60A 1UA6Y 1LJGA 1HERA 4YF2A 3UONA 2YBJA 3HT6A 220LA 1OUAA 3OE8A 1L75A 1YANA 3AB6A 4TX7A 5LVIA 4GCCA 2Z2FA 1C63A 2EPEA 1L00A 1EQ5A 1T97A 4I7JA 5FSTA 1L32A 1RFPA 4I7MA 1L27A 3AJNA 1L12A 4QDNA 1LMQA 1HMLA 1L80A 1QTDA 3NYAA 1D2WA 1LMOA 4B4IA 3D3DA 1OUGA 151LA 197LA 1C6DA 5LYMA 1UICA 3HUQA 4W55A 4I7NA 1GB3A 1HEWA 2BAAA 5I4YA 3JR6A 5L3HA 1QT8A 104LA 1C7PA 1L60A 1I20A 2DQIY 1REZA 4ANRA 4OO9A 147LA 4LGKA 2LZMA 164LA 5F14A 1C6EA 2DKVA 1LYFA 2QB0B 1L30A 173LA 1JKCA 1IWTA 2YBLA 3C7WA 3M18B 111LA 4BAFA 1TEWA 243LA 3CB7A 2BQOA 5KJ9A 1LHKA 1CU6A 1WQPA 2L78A 1LJ4A 5B59A 1LHIA 4S0WA 4YXAC 1WVUA 4ETAA 1PS5A 1G7HC 2F4AA 1L48A 1C66A 1GE4A 4LYBA 1IOTA 1QTCA 3DMZA 4CJ2A 1L74A 2RBOA 1L84A 1JTOL 3HH5A 1CKGA 1REMA 1L65A 5C6LA 3RUNA 1LJFA 4H9FA 5KXTA 150LA 1HEPA 1C67A 1P37A 1VAUA 235LA 2YBNA 1REYA 2OTZX 2A7FA 1ALCA 1JSEA 2DQEY 3HH4A 233LA 4G4HA 1N4FA 3IWRA 1JJ1A 5FHWA 3EMSA 5KXOA 4WLXA 2LHMA 2F2QA 4EXMA 1QUHA 241LA 3WU8A 1UIDA 2XQOA 1LYSA 2RSCA 3LZ2A 1L44A 3FE0A 4OOTA 2F30A 1OYUA 1NF5A 1G0PA 1JJ3A 1LGXA 1LZNA 4UWUA 1LJHA 1QT7A 4J0LA 1OWZA 5B06A 5FELA 3E3DA 3N9AA 140LA 4B0DA 1LZ1A 165LA 123LA 1CX7A 2BQKA 1XGRC 3WUNA 5E9RA 3ZEKA 1YAPA 7LZMA 1OP9B 1A2YC 1LSGA 1GFKA 2XBRA 5LVGA 4QEQA 1IP4A 178LA 4NSJA 4AGAA 1LMPA 2FYCA 4EMNA 3HT7A 234LA 3TMWA 2F32A 1GF3A 4NGJA 2YBHA 1RCMA 4E3UA 1BGIA 1GFTA 1L62A 1ZVYB 1LHJA 219LA 1C6IA 1GXXA 1B7SA 2DQAA 3LYZA 1HNLA 107LA 1CTWA 3HTBA 4LZTA 2OE4X 1GB8A 3CDOA 3BKHA 2EQLA 1KXYA 4NHTA 4RW2A 1GFEA 3F6ZA 1L52A 4HP0A 1JUGA 4WO6A 5KXMA 1WQNA 1CU0A 2HUKA 4H8YA 1YAQA 127LA 1LCNA 4IJ4A 1OQMA 2I6ZA 4X3BA 155LA 3DMXA 1CJ6A 1C6CA 1D0LA 4OWHA 2CGIA 189LA 115LA 2D4KA 2BQFA 3HT8A 1L08A 4NHPA 4DKLA 1IP6A 4W59A 1JTTL 1L41A 4N8ZA 112LA 1VFBC 1CU5A 1L85A 1JPOA 4I7LA 1L64A 4PRUA 2PC2A 3A95A 1GB9A 1BB7A 4LYCA 2OE9X 5T3FA 3ATNA 5F9UA 4GLVA 1DYDA 2O4WA 3TXDA 5HQ1A 1LYHA 1IC7Y 3J6KA 188LA 1TLAA 3GUKA 3B72A 1HFZA 1VATA 2C8PA 1NDMC 1L19A 130LA 5KXWA 2HU1A 2W1YA 5D5CA 4WLYA 2B5ZA 1KIPC 1UUZC 3L2XA 2H9JA 3D9AC 1IO5A 1L56A 2Z38A 2IHLA 1C45A 5FDJA 1BB5A 4R6CA 5LVKA 158LA 1UIFA 1KIQC 4LYZA 1LZTA 2I25L 5KXXA 3P66A 1LZAA 1YILA 1B5UA 1B7RA 3CT1A 5LZMA 1AZFA 3SBAA 4EKRA 3W3EA 5KKIA 199LA 3WU9A 152LA 3HWLA 1L15A 4I8SA 5DL9A 3K2RA 1GB6A 3QY4A 3T6UA 4LYTA 1UIBA 4HTKA 1C43A 4W52A 2OU0X 2Z37A 1L73A 3W6FA 4OWAA 1L05A 208LA 4NIJA 230LA 1EQ4A 259LA 184LA 1WQOA 210LA 2BQHA 5KXYA 1IP5A 8LYZA 257LA 4H9AA 4LT0A 1LJNA 1C6KA 4DD3A 3EMLA 4OWBA 4HTQA 2B6TA 2BQCA 4NHIA 1GF9A 3B6LA 3A8ZA 1LMNA 1LZEA 1V7SA 4W96A 3LZTA 4YENA 183LA 3HU9A 1AT6A 1C68A 1ZURA 1G1VA 3WPLA 2RH1A 4H9EA 1DI5A 3RNXA 3P4ZA 4I7KA 1BWJA 200LA 1QUSA 1L92A 4U3XB 1KXWA 1BVKC 4NGWA 5I4XA 1CV5A 1LZ5A 1LLHA 4N5RA 5JENB 2MEFA 1GF5A 3AGHA 194LA 2DQJY 3AW6A 3HBHA 4WLDA 3TXHA 2B75A 3CT5A 4XJDA 4W54A 209LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1J1O Y;  2LYM A;  1GFR A;  218L A;  1TCY A;  5B07 A;  3EO5 A;  3WXU A;  1QDR A;  176L A;  3IJU A;  1L77 A;  4WMG A;  1L59 A;  3LN2 A;  1QTV A;  2RAY X;  2B73 A;  3HU8 A;  2N5Z A;  2Q9E A;  4BAP A;  1XGP C;  1GBO A;  2MEB A;  4ML7 A;  1L46 A;  2HU3 A;  4NFV A;  248L A;  4NHS A;  4G4B A;  1QT5 A;  1G0K A;  1B5Y A;  2BQN A;  2W1M A;  4ARM B;  2IFF Y;  1P36 A;  238L A;  1XGU C;  4NGZ A;  3ULR A;  4EJ4 A;  5APF A;  3WVY A;  3HT9 A;  1CJ8 A;  1OUC A;  4OW1 A;  1L57 A;  5I5Q A;  1WVV A;  1C60 A;  1UA6 Y;  1LJG A;  1HER A;  4YF2 A;  3UON A;  2YBJ A;  3HT6 A;  220L A;  1OUA A;  3OE8 A;  1L75 A;  1YAN A;  3AB6 A;  4TX7 A;  5LVI A;  4GCC A;  2Z2F A;  1C63 A;  2EPE A;  1L00 A;  1EQ5 A;  1T97 A;  4I7J A;  5FST A;  1L32 A;  1RFP A;  4I7M A;  1L27 A;  3AJN A;  1L12 A;  4QDN A;  1LMQ A;  1HML A;  1L80 A;  1QTD A;  3NYA A;  1D2W A;  1LMO A;  4B4I A;  3D3D A;  1OUG A;  151L A;  197L A;  1C6D A;  5LYM A;  1UIC A;  3HUQ A;  4W55 A;  4I7N A;  1GB3 A;  1HEW A;  2BAA A;  5I4Y A;  3JR6 A;  5L3H A;  1QT8 A;  104L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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