1GE4A

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at left-handed helical positions
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQARDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
publication title Role of non-glycine residues in left-handed helical conformation for the conformational stability of human lysozyme
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 53
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ge4A00
1GFJA 2F4GA 3AGGG 4QDNA 3A67Y 2WARA 5B07A 1LMOA 4KPMA 4NY5A 5HMJA 1B7QA 1WTMA 4XJHA 5KXOA 6LYZA 2BQCA 1IP2A 5LAGA 1LZAA 3A94A 1FLWA 3AW6A 3IJUA 3LN2A 1GB2A 1IO5A 2W1MA 4GCEA 3AYQA 5D5CA 1GB6A 2F2NA 1IWXA 4LFXA 5LVIA 1CKCA 3ZEKA 4ETCA 1GFEA 5DN5A 2HEFA 1RI8B 3WL2A 1GEZA 1IY3A 5KXRA 5APDA 4NSJA 5ILFA 1DPXA 1LJHA 1LZGA 2LZ2A 4Z46A 5KXKA 1REXA 1B7RA 1IOTA 4HP0A 1OUBA 3G3BB 2PC2A 1RE2A 3WW5A 1NWGA 5KKJA 2Q0MX 1LZ6A 3T6UA 1LSAA 3WUMA 4XJFA 1IEEA 4E3UA 1FBIX 1GE1A 1B0DA 1RJCB 1EQ5A 4GLAA 1LOZA 3CT5A 4LYZA 1GE4A 2YBJA 2FYCA 3OJPA 4N0JA 1G7HC 1C46A 1CKHA 1GB3A 1VEDA 2Y8PA 3TXBA 4N5RA 4HPIA 4QY9A 3CQLA 3WW6A 1J1XY 2AUBA 4HTKA 1GF6A 3AJNA 4CGEA 2LYMA 1GAYA 1UCOA 2DQIY 1GAZA 5F14A 2YBLA 1LHMA 1GDXA 1C7PA 5B1GA 2B5ZA 1LHLA 1D6QA 2EQLA 5IDDA 1QSWA 1HEQA 1LZEA 5DM9A 2W1LA 1HF4A 1HEOA 1UIFA 4TX7A 1WQNA 2G4QA 5LA8A 2A7DA 1GB8A 1O23A 2DQFC 1LZ1A 4TTDA 3TMVA 3A95A 3TXDA 4G9SA 1GFHA 1LAAA 1YAPA 3ATNA 5LYZA 3TMWA 5LXWA 1GBZA 4BAPA 1EQ4A 3B0OA 2I26L 1LHKA 1DI5A 3HBEX 4DD3A 1TBYA 3RZ4A 2IHLA 1IOCA 1LSCA 1VFBC 5ILCA 135LA 1JISA 2EIZC 3SP3A 1RFPA 1GWDA 1NMMA 2HEAA 3IJVA 3A93A 4HPEA 5LVJA 5FHWA 1ZMYL 5FEKA 1XSFA 1JTTL 1DI3A 1TEWA 5JENB 4UWVA 4B49A 4WLDA 5APEA 1GFKA 2DBTA 4NGZA 2BQDA 3A90A 4DD1A 4WM2A 1GFGA 1F6RA 1LKRA 207LA 4DD0A 2X0AA 4NSGA 1OP9B 2H9JA 2BPUA 2FYDA 4NHQA 4NHSA 1LHHA 1YIKA 2MEFA 1LSMA 4M4OA 4WOAA 1BHZA 1LKSA 1VDPA 1LJGA 4NGJA 2YDGA 1AM7A 1I56A 4DDBA 1FDLY 4UWNA 1LSZA 2ZWBA 1EQEA 1BB3A 3W6AA 4U3XB 2I6ZA 1C45A 1QDTA 1PZYA 133LA 4XJIA 1XEJA 4OWEA 4HSFA 4M6DA 4HJVA 2MEGA 4IATA 4KXIA 4NG8A 4WLYA 1T3PA 4XJBA 1BB5A 2MEEA 3LYZA 3A6CY 1JKDA 4ZIXA 3AW7A 1HELA 1YKYX 1HFXA 3J6KA 4YM8A 4B4EA 2XTHA 3AZ7A 4B4JA 1OUJA 1YQVY 1B5YA 1HEWA 4N1CC 1NDGC 3CSZA 1LMTA 1GF5A 4WO6A 5KXPA 1LSYA 1LYOA 1REYA 1UUZC 5B1FA 2BQNA 3LYOA 3HFMY 2MECA 5LVKA 4J0LA 2MEDA 3ULRA 153LA 4NSIA 5KXLA 3B72A 1GB5A 1GB0A 1V7SA 1XFPL 2G4NA 2ZQ3A 3AZ6A 4H93A 4C3WA 3D9AC 4KT3A 1LZ9A 2FBDA 4DT3A 1G7IC 4MR1A 1OUHA 4NGLA 3AGIA 1CJ7A 1IR8A 1CKDA 3B6LA 5FSTA 1GXV2 2XBRA 5FCPA 1ALCA 1J1OY 1OUCA 3EMSA 1BGIA 1LZ4A 3BKVA 5EBHA 4OOTA 3A8ZA 1G7LC 1ZVHL 5F9UA 1UICA 4B0DA 1MELL 1KXWA 4R0FA 2BQKA 4PGJB 1LJ4A 1WQMA 3TXGA 3ATOA 3J4GA 1FLQA 2ZIJA 2MEIA 4I0CA 5I53A 4RW2A 3CT0A 5LA5A 2CDSA 2ZIKA 1CJ9A 1LSGA 3MGWA 3TMXA 2Z19A 4PRQA 1XGRC 1JPOA 3CSRA 2ZILA 1GB9A 4YEMA 1IX0A 4NGIA 1LHIA 1LCNA 3LYMA 1HHLA 5LYMA 5HNLA 4AGAA 1FLYA 1LTMA 1IP1A 4LFPA 4NEBA 1NBZC 4RW1A 4C5FA 1RCMA 3B0IA 5C6IA 1FKQA 4G49A 1XGQC 4R6CA 2HEEA 4H9BA 3D3DA 5KXNA 1B5WA 3A96A 4NGYA 4II8A 1LZYA 2ZYCA 3WU9A 5L9JA 3WH1A 193LA 4H8ZA 4B4IA 4WM6A 3RT5X 4HV1A 3WUAA 3RU5A 2DQJY 1D9UA 5KJ9A 1JJ3A 4GLVA 1GE0A 1BB6A 2BQLA 2HU3A 4XYYA 1LJFA 5B05A 1IC7Y 1I1ZA 1LZ8A 2BAAA 3LZTA 4O34A 4DWXA 2YBMA 8LYZA 2Z18A 1IOQA 4CHXA 4WL7A 1UIBA 1GBSA 7LYZA 4NWHA 5KXZA 134LA 3FE0A 4GCDA 5M1YA 5K7OA 3AZ5A 5FDJA 1JSFA 1UIAA 4CJ2A 5LINA 1LJEA 3P66A 4QEQA 3N9EA 5FELA 4NSHA 3N9CA 4H1PA 1QUTA 3LHMA 5AMYA 2A7FA 3WVYA 1B7MA 4MSTA 1B7OA 3A92A 1LSPA 2DQDY 1IWYA 3QNGA 4OWBA 2GV0A 1YL1X 4LT3A 1YILA 3WPLA 2XBSA 2BLYA 4DDAA 5HMVA 1WQRA 1BWHA 2BQHA 2Z37A 1YL0X 4N1EI 4ET9A 2RSCA 4LYTA 4W96A 5B59A 4HV2A 1UIDA 2CGIA 1XGPC 4G4CA 5KXMA 2YBIA 1UBZA 1LMAA 1TAYA 194LA 1LJIA 3CB7A 2DQGY 2H9KA 4HJYA 4TWSA 1HC0A 1JUGA 4WM4A 4NFVA 1B9OA 1IP6A 1W6ZA 4LYCA 1GD6A 3A34A 5E9RA 3G3AB 2DQHY 1ZVYB 4A7DA 4UWUA 1GBYA 2BQIA 2BQMA 2ZNXY 3RW8A 1IP7A 1XEKA 3W6DA 5HQ1A 1OUIA 4GN3A 4H92A 1LZNA 1GB7A 4NG1A 1OUFA 4FJRA 4J1BA 1IORA 1LSEA 1B5ZA 1BB7A 4NWEA 4WLTA 3AZ4A 1NHEA 1QTKA 1B7NA 1FLUA 5II3A 3WUNA 1KIRC 3CT1A 1GF9A 1PS5A 4QGZA 1LZBA 5F9XA 3A91A 1HFZA 1REMA 2LYZA 4ANRA 4MCKA 4ETBA 2CWIA 1WQOA 3ZVQA 5I4WA 1VAUA 5F16A 4Z41A 1VDTA 2G4PA 2D4IA 4OWAA 2D4KA 4H90A 154LA 3N9AA 3WXUA 1GF7A 1HERA 1UIEA 1FKVA 1H6MA 2DQAA 2Z2EA 2CJLA 3P4ZA 4H8YA 3WPJA 4CFOA 4DD9A 1LJ3A 2LHMA 4ETAA 5LVHA 3W3EA 3GXRA 3WPKA 3A3QA 1LSFA 5KKIA 1B7PA 1OUAA 1XGUC 2HU1A 3ZVQB 4P2EA 1H87A 1IC5Y 2BQEA 3GXKA 1AT6A 1LSBA 1LZ5A 3OK0A 3KAMA 5HLLA 1OUGA 4H9FA 1YKXX 1UACY 4GCCA 5L3HA 5LAFA 1IVMA 2C8OA 4PRUA 1DI4A 4OWHA 1LJKA 1W08A 1IC4Y 1AZFA 1F0WA 1IIZA 2W1YA 3BKHA 4KL7A 4DD7A 1D6PA 3W6CA 3W6EA 1JWRA 1IOSA 3M3UA 4YOPA 1NBYC 1OQMA 1SLYA 1V7TA 3A6BY 4BAFA 4H9IA 4YEOA 5APCA 2ZQ4A 1JKAA 1LZTA 1D0KA 4ML7A 1WQQA 2BQJA 4IASA 1LYYA 4GN5C 2BQBA 1QDRA 1YROA 4TSBA 1IR9A 208LA 1F6SA 4TSCA 2HUBA 2YBHA 1XEIA 2YVBA 1LHJA 1LJJA 2YSSC 1DKJA 2BQAA 3P64A 1HEMA 1NQIA 5C6JA 1NKHA 1GEVA 1LMCA 3QE8A 4HJZA 4NGOA 4ETEA 2NWDX 4ETDA 1UA6Y 1GFVA 1GFRA 2Z12A 6LYTA 1LMNA 1JHLA 5F81A 4L41A 4WG1A 4Z98A 3LYTA 2BLXA 4OW1A 1LJNA 2D91A 2F30A 2C8PA 1BB4A 1YAMA 1GFAA 1TDYA 2Z39A 1KIPC 1BVKC 1GF8A 2D4JA 2W1XA 4DC4A 1NF5A 3F6ZA 1IWVA 1GBOA 3E3DA 1FN5A 1LZSA 4H9CA 5LVGA 4H9EA 1JEFA 4H9HA 4LZTA 1ZV5L 1IY4A 3EBAB 4LYMA 5T3FA 5A3ZA 4YENA 1A2YC 1AKIA 1YAOA 3TXJA 1GF3A 1QSAA 4XJDA 4W94A 1JIYA 1GDWA 2MEBA 5B06A 5J7CA 5KXWA 3WVXA 1LYZA 1VATA 2LYOA 1LPIA 1JJ0A 5APFA 3RNXA 3WU8A 2DQEY 2BQFA 4EMNA 4Z3MA 1HMLA 1IP4A 1HMKA 1QUSA 2BQGA 1JTPL 2XJWA 4WMGA 4NGKA 4LT2A 1JTOL 1INUA 1LMPA 1LSNA 2Z2FA 3A3RX 3TMUA 4BS7A 1B5VA 1HEPA 1QTEA 1LSDA 1DXJA 2N5ZA 1HSWA 3FI7A 3P65A 4LT0A 2F4AA 1IWTA 3W6BA 1E8LA 5I5QA 1DPWA 4XN6A 4NIJA 4ZEEA 1JKCA 1DQJC 5LIOA 3TXIA 4DYGA 2HECA 4NHIA 5I4XA 1QIOA 4WM5A 1IWUA 1JKBA 1DKKA 2EPEA 4ZFPA 1GPQC 3B0KA 1CJ6A 1HENA 1AT5A 2HTXA 3AB6A 5I4YA 3K3TA 1YAQA 4LGKA 1REZA 1P2CC 1LZDA 1YANA 3HBHA 4NGVA 4YF2A 1GFUA 1BWIA 2D6BA 4RDSA 4H8XA 1Z55A 4WL6A 1GBXA 2Z38A 4CFPA 4N9RA 1GF4A 1KXXA 1C08C 2ZYPA 4DDCA 1G7MC 4EOFA 4IJ4A 4LYBA 2IFFY 1VDQA 5KXSA 1YKZX 2YBNA 1B2KA 4D9ZA 1T6VL 4ET8A 3WYHA 4WO9A 1J1PY 4N8ZA 1B5XA 4PPOA 1JSEA 4WM1A 2FBBA 3AGHA 4HTNA 2LZTA 4G4HA 2BQOA 1QQYA 1CNSA 1WQPA 4NHPA 1B7LA 5KXYA 2VB1A 2I25L 4J1AA 1JITA 1MLCE 5LYTA 1IP5A 1GE3A 1WTNA 1WVUA 9LYZA 4I8SA 4H94A 1HFYA 1I20A 4BADA 1D0MA 1KXYA 1LMQA 2EKSC 1LZCA 4H9AA 1BQLY 1BWJA 1NDMC 3EO5A 4XADA 1WVVA 3TXKA 1DZBX 1IR7A 4PJ2C 5C6LA 2DQCY 1XGTC 3TXHA 5IELA 1G7JC 2HEDA 3M18B 1IP3A 4GCFA 3TXEA 3WMKA 5I54A 5KXTA 132LA 5HNCA 1BVXA 1B5UA 1GXXA 3T36A 4RLMA 4OOOA 1GFTA 1GHLA 4X3BA 1A4VA 1VDSA 1CJ8A 1HNLA 2DKVA 4XENA 5KXXA 4NGWA 4OWCA 4RLNA 4WLXA 5D5FA 1HSXA 4PHIA 3QY4A 1UC0A 1GBWA 1KIQC 3IWRA 1CKFA 4XJGA 1B7SA 1LZRA 1IWWA 3CSQA 5DLAA 4H91A 4HTQA 4LYOA 3VWOA 1C10A 2H5ZA 4DD2A 1CKGA 1GF0A 4LT1A 4B1AA 1F10A 4WM3A 3LZ2A 1D0LA 5A3EA 4GCBA 1SQ2L 3W6FA 4WG7A 1JJ1A 3WULA 1UIGA 1IWZA 3EXDA 1LYSA 5DL9A 4FDYA 1EL1A 2MEHA 1OUDA 5DN4A 4NHTA 3TXFA 5L3IA 3WXTA 1N4FA 1TCYA 2HEBA 1C43A 1UIHA 2MEAA 2ZNWY 3HBDA 4G4BA 1GE2A 3P68A 4GN4A 3WU7A 4AXTA 5IHGA 5KY1A 4J7VA 5E4PA 1OUEA 4TUNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A67Y 4ARQB 4NY5A 5HMJA 1LZAA 3A94A 1DYAA 1GB2A 1LLHA 3SB7A 1C6HA 4GRVA 1IWXA 4LFXA 5DN5A 4E97A 1RI8B 4EKQA 2HUKA 4LDOA 1OV7A 2LZ2A 1REXA 2RB2X 5KKJA 2Q0MX 3T6UA 1LSAA 248LA 1RJCB 155LA 1EQ5A 260LA 1LOZA 4LYZA 2YBJA 123LA 1GB3A 3C83A 4N5RA 3WW6A 2AUBA 1GF6A 2YBLA 5B1GA 1C60A 1CUQA 1LHLA 2Z6BA 3HWLA 1LZEA 5DM9A 4TX7A 181LA 1LZ1A 3TMVA 3CDTA 5LXWA 4BAPA 1L48A 1EQ4A 3RZ4A 3HU9A 1JISA 2EIZC 3SP3A 3A93A 5LVJA 1L54A 4B49A 1C6LA 3FA0A 1LKRA 3HDFA 5LZMA 2H9JA 2FYDA 1QT3A 1LSMA 1LYHA 1L45A 2YDGA 1L0JA 1I56A 1L80A 1FDLY 251LA 4YXCA 1EQEA 3W6AA 2I6ZA 3C7YA 4PK0A 1QDTA 4OWEA 4HSFA 126LA 1BB5A 1KY1A 190LA 3HUKA 4B4JA 1OUJA 3DN4A 3HT6A 178LA 1L58A 1CV3A 5KXPA 2BQNA 227LA 3CDVA 3B72A 3AZ6A 1L43A 3D9AC 2FBDA 1OWYA 3D4SA 189LA 4EPIA 1CJ7A 1LI3A 1CKDA 5FSTA 1ALCA 4W52A 107LA 1LZ4A 192LA 1G7LC 5F9UA 4B0DA 1LJ4A 3TXGA 171LA 3ATOA 3J4GA 1FLQA 2B6ZA 2MEIA 3CT0A 5LA5A 2CDSA 1C66A 1LPYA 3B0IA 4G49A 3DN0A 4NGYA 3GULA 4HV1A 5KJ9A 1LJFA 5B05A 1QTBA 3SN6R 3LZTA 8LYZA 1IOQA 4WL7A 7LYZA 4NWHA 5KXZA 3HTGA 1JSFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GFJ A;  2F4G A;  3AGG G;  4QDN A;  3A67 Y;  2WAR A;  5B07 A;  1LMO A;  4KPM A;  4NY5 A;  5HMJ A;  1B7Q A;  1WTM A;  4XJH A;  5KXO A;  6LYZ A;  2BQC A;  1IP2 A;  5LAG A;  1LZA A;  3A94 A;  1FLW A;  3AW6 A;  3IJU A;  3LN2 A;  1GB2 A;  1IO5 A;  2W1M A;  4GCE A;  3AYQ A;  5D5C A;  1GB6 A;  2F2N A;  1IWX A;  4LFX A;  5LVI A;  1CKC A;  3ZEK A;  4ETC A;  1GFE A;  5DN5 A;  2HEF A;  1RI8 B;  3WL2 A;  1GEZ A;  1IY3 A;  5KXR A;  5APD A;  4NSJ A;  5ILF A;  1DPX A;  1LJH A;  1LZG A;  2LZ2 A;  4Z46 A;  5KXK A;  1REX A;  1B7R A;  1IOT A;  4HP0 A;  1OUB A;  3G3B B;  2PC2 A;  1RE2 A;  3WW5 A;  1NWG A;  5KKJ A;  2Q0M X;  1LZ6 A;  3T6U A;  1LSA A;  3WUM A;  4XJF A;  1IEE A;  4E3U A;  1FBI X;  1GE1 A;  1B0D A;  1RJC B;  1EQ5 A;  4GLA A;  1LOZ A;  3CT5 A;  4LYZ A;  1GE4 A;  2YBJ A;  2FYC A;  3OJP A;  4N0J A;  1G7H C;  1C46 A;  1CKH A;  1GB3 A;  1VED A;  2Y8P A;  3TXB A;  4N5R A;  4HPI A;  4QY9 A;  3CQL A;  3WW6 A;  1J1X Y;  2AUB A;  4HTK A;  1GF6 A;  3AJN A;  4CGE A;  2LYM A;  1GAY A;  1UCO A;  2DQI Y;  1GAZ A; 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 2LZT A;  4G4H A;  2BQO A;  1QQY A;  1CNS A;  1WQP A;  4NHP A;  1B7L A;  5KXY A;  2VB1 A;  2I25 L;  4J1A A;  1JIT A;  1MLC E;  5LYT A;  1IP5 A;  1GE3 A;  1WTN A;  1WVU A;  9LYZ A;  4I8S A;  4H94 A;  1HFY A;  1I20 A;  4BAD A;  1D0M A;  1KXY A;  1LMQ A;  2EKS C;  1LZC A;  4H9A A;  1BQL Y;  1BWJ A;  1NDM C;  3EO5 A;  4XAD A;  1WVV A;  3TXK A;  1DZB X;  1IR7 A;  4PJ2 C;  5C6L A;  2DQC Y;  1XGT C;  3TXH A;  5IEL A;  1G7J C;  2HED A;  3M18 B;  1IP3 A;  4GCF A;  3TXE A;  3WMK A;  5I54 A;  5KXT A;  132L A;  5HNC A;  1BVX A;  1B5U A;  1GXX A;  3T36 A;  4RLM A;  4OOO A;  1GFT A;  1GHL A;  4X3B A;  1A4V A;  1VDS A;  1CJ8 A;  1HNL A;  2DKV A;  4XEN A;  5KXX A;  4NGW A;  4OWC A;  4RLN A;  4WLX A;  5D5F A;  1HSX A;  4PHI A;  3QY4 A;  1UC0 A;  1GBW A;  1KIQ C;  3IWR A;  1CKF A;  4XJG A;  1B7S A;  1LZR A;  1IWW A;  3CSQ A;  5DLA A;  4H91 A;  4HTQ A;  4LYO A;  3VWO A;  1C10 A;  2H5Z A;  4DD2 A;  1CKG A;  1GF0 A;  4LT1 A;  4B1A A;  1F10 A;  4WM3 A;  3LZ2 A;  1D0L A;  5A3E A;  4GCB A;  1SQ2 L;  3W6F A;  4WG7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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