1DI3A

Role of amino acid residues at turns in the conformational stability and folding of human lysozyme
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDGSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Role of amino acid residues at turns in the conformational stability and folding of human lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-11-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1di3A00
1GAYA 1NWGA 3VWOA 5KXXA 2IHLA 1GFGA 5KXLA 3BKHA 1FLQA 2FBDA 3A6CY 1NMMA 3MGWA 1AT5A 1LJFA 3WPLA 2DQHY 5KXKA 5LYMA 5D5FA 4H94A 1P2CC 1IX0A 4HTNA 5LAGA 5J7CA 1GBYA 4PJ2C 1LJHA 5KJ9A 4PRUA 4I8SA 4YM8A 1F6RA 2DQDY 3A92A 4LT0A 5KXMA 2Y8PA 4H9BA 2HU1A 4H8XA 1QDTA 2YBMA 3AJNA 4GN5C 5D5CA 2DQEY 3TMWA 3LHMA 3WYHA 1A2YC 1LPIA 2Z2EA 1LJEA 1LSFA 3G3AB 1QIOA 4HPIA 4R0FA 1REYA 1A4VA 2BQCA 4PRQA 1HHLA 3A91A 4W94A 1JITA 4AGAA 4H9EA 1LOZA 2DQAA 1ZVHL 1GF3A 1HEPA 3CSQA 5FHWA 1GE0A 4NGKA 4WM4A 1MELL 3W6FA 2I25L 4HTKA 4ZFPA 2BQNA 1INUA 1LJIA 1AT6A 1LZEA 1LZNA 4CHXA 1W6ZA 2D4JA 4ANRA 1IOQA 1YANA 194LA 193LA 2MEBA 3WXTA 4HV2A 4OOOA 4DD7A 4H9CA 1HSXA 1IOCA 4N0JA 1UBZA 2MEEA 2W1YA 1QDRA 1LSCA 208LA 3W6AA 4IATA 5C6JA 1GFEA 3B0IA 4J7VA 4EMNA 2BQGA 4LT2A 2XTHA 1Z55A 1B5WA 1JUGA 1VDPA 5LVHA 5A3EA 1FDLY 2I6ZA 1UC0A 3AZ4A 4UWVA 1NHEA 1TDYA 4HJYA 2MEIA 2ZILA 1HFYA 4KT3A 1QSWA 2GV0A 4NGZA 1GE1A 3P4ZA 1EQEA 4IASA 1GFTA 4WL7A 3AZ5A 1NDMC 4GCEA 1BQLY 4NG1A 3LN2A 1F0WA 1GAZA 2N5ZA 9LYZA 2ZNWY 1FKQA 2ZIJA 1IC4Y 3M18B 1JEFA 3WMKA 4WO6A 4DC4A 5B05A 1FLUA 3IJVA 3HBEX 3T6UA 3LYTA 4NFVA 1UCOA 1GDWA 1WQOA 1G7MC 3B0KA 3CT5A 4LYZA 1VFBC 4NHTA 4NGWA 1ZMYL 3J4GA 5L3HA 1D0LA 5LA8A 3AW7A 3W6CA 4B1AA 1LMTA 5JENB 4H90A 2MEDA 2YBJA 4B4IA 1IP1A 2C8PA 1C45A 1IR7A 2BQEA 2LZ2A 5APCA 1YKZX 3EMSA 1IWYA 3LZ2A 2BQLA 1DXJA 2BLYA 4RW1A 1GE2A 2DQIY 1UIGA 5FDJA 2MECA 1LSGA 1VDSA 4H92A 1HMLA 1JTPL 1XSFA 4N5RA 5B06A 2Z2FA 1YKYX 1BWHA 2D6BA 1JJ0A 4QGZA 3TXHA 3AGHA 1LHMA 4UWUA 3W6DA 4LFPA 1G7LC 4ZIXA 4NEBA 5L9JA 2F4AA 3LYOA 3N9AA 5C6IA 5L3IA 1LZ6A 1FLWA 2A7FA 4DDBA 1NDGC 2D4IA 4M6DA 4XENA 3TXDA 1LSYA 2ZNXY 1I56A 1UIBA 2X0AA 1TEWA 4XJGA 1ZVYB 5I4XA 1GB2A 2BQDA 2G4QA 2MEFA 2HEDA 5EBHA 3WH1A 1B7LA 1QUTA 2XJWA 3BKVA 1UIAA 1IORA 4BS7A 1FBIX 5KXWA 4PGJB 153LA 1GBXA 4HJZA 1YIKA 4NGJA 4HJVA 1B0DA 4NY5A 3W3EA 3A6BY 1IP6A 5E4PA 1PS5A 1GFUA 1REXA 4KL7A 3EBAB 4ETBA 4HTQA 2LHMA 5LINA 1G7IC 4Z41A 1J1OY 2BAAA 1YQVY 4RLNA 1GE4A 4TSBA 5IHGA 1HMKA 1C43A 1OUFA 3WULA 4GCDA 3ZEKA 1LZ9A 5KXZA 2BQJA 2LZTA 4HV1A 1HFXA 4WM6A 4XN6A 4OWAA 4H1PA 1ZV5L 2PC2A 1CJ6A 1RJCB 5KKJA 2BQOA 5FEKA 1GFRA 3M3UA 1GB7A 1B5XA 2YBNA 1GPQC 1LZRA 3AZ6A 4LYOA 1LSBA 1I20A 3RU5A 1JTOL 2HTXA 3D3DA 1IC7Y 1OUBA 3CB7A 2IFFY 1EL1A 2H9JA 2EPEA 3B72A 1TBYA 1B9OA 4NWEA 5LAFA 3WU8A 1FKVA 2CDSA 1VAUA 4GN4A 4KPMA 5LYTA 3AGGG 4NGIA 3EXDA 4NHSA 4DWXA 1YKXX 4DDAA 2LYZA 4RLMA 1GFKA 5E9RA 1LAAA 4OWHA 3A93A 1LSDA 4XJBA 4J0LA 1LZTA 1JKCA 4OW1A 1IO5A 5B59A 1JPOA 1WVVA 3E3DA 4DDCA 2HU3A 1OUAA 1D6QA 1YAOA 3W6BA 1SQ2L 1GXV2 4FDYA 1JKAA 5HNCA 1GDXA 1DKKA 1UIHA 3OJPA 3TXBA 3AZ7A 1AKIA 4QDNA 3TMXA 4J1AA 4HP0A 2BQMA 2HECA 3WPKA 4C5FA 1JIYA 1YAMA 4N1CC 1UACY 1UICA 4OOTA 4XADA 3HBDA 1DKJA 1NBYC 2DQGY 1IWUA 4WLDA 2B5ZA 1KXXA 2C8OA 1JSFA 1BGIA 1HERA 1HEOA 1SLYA 2D91A 1T3PA 2LYOA 4KXIA 5FSTA 1IC5Y 4XJFA 3CT0A 1VEDA 5LVGA 2XBSA 4GN3A 1LKSA 1E8LA 1LJNA 4CGEA 1VATA 4B49A 1YILA 4QY9A 5LVJA 1GF5A 4GLVA 1JJ3A 3AYQA 3A67Y 1XEIA 1B7OA 4WOAA 1HNLA 2DQCY 3T36A 1J1PY 5F14A 3ULRA 154LA 1CKCA 4Z98A 3N9CA 1GB8A 4Z3MA 2NWDX 1IWZA 4OWCA 5F16A 1DI5A 1IWVA 1B5VA 4HSFA 3ZVQA 1QTKA 1IP5A 3LYMA 1BVXA 5DN4A 4YEMA 5I4WA 1BWIA 2W1XA 2YDGA 3WU9A 1LSZA 2HEAA 5KXRA 4H8YA 1XEJA 5KXSA 2Q0MX 3A34A 1GBWA 4ZEEA 1VDTA 1LZ5A 5AMYA 3TMVA 5I53A 1GF9A 1WQNA 4BAFA 2AUBA 1NQIA 1UIEA 4YF2A 4Z46A 1HELA 1LZAA 5F9UA 7LYZA 4PHIA 1C46A 1GBZA 2LYMA 1VDQA 2BPUA 4WG7A 4WM5A 4U3XB 4N9RA 2H9KA 5IDDA 1LZCA 1CKDA 4YEOA 2F30A 5DL9A 3TXJA 1C10A 3WW6A 1LZ8A 2DKVA 3QY4A 4PPOA 4NSGA 1F6SA 1GFHA 1D0MA 1WTMA 3A96A 1LSAA 4DD3A 1IP3A 1AM7A 4ML7A 4TWSA 1FLYA 4G49A 132LA 1HSWA 1LZSA 3WVYA 4G9SA 4DD2A 5F81A 1WQRA 3WVXA 1UUZC 4ETCA 3TXGA 2W1MA 4NG8A 2MEAA 1LZYA 4W96A 4H93A 4R6CA 1B5YA 1IOTA 1LHLA 1LMPA 3CT1A 4X3BA 1LJ3A 1TCYA 2A7DA 2FBBA 4XYYA 3TMUA 1CJ8A 2YBLA 4D9ZA 1GFAA 1GWDA 1LCNA 5FCPA 5DN5A 4CJ2A 1XGRC 4L41A 1D6PA 2ZWBA 1GFJA 3LYZA 2ZIKA 2HEBA 3P68A 4WMGA 3SP3A 5II3A 3G3BB 5KXOA 133LA 1QTEA 3ATOA 3K3TA 5LVKA 1IWXA 5K7OA 2Z37A 1C7PA 3TXIA 1LSNA 1LYZA 1TAYA 1DZBX 5HLLA 4YENA 3TXEA 1NBZC 1LTMA 1BHZA 1LMNA 3P64A 4NGVA 6LYZA 5IELA 3AW6A 1WQMA 3W6EA 1OUDA 1LZ4A 1T6VL 3GXRA 1B7PA 5APFA 3AB6A 4H9IA 4N1EI 1PZYA 1OQMA 1UIFA 4H9HA 3WU7A 5KXNA 4E3UA 4NIJA 5T3FA 3RNXA 1BB3A 3D9AC 5LA5A 3HBHA 4BADA 3RW8A 1IP2A 1LMOA 1KXYA 2Z39A 1LJGA 1XGTC 1IOSA 3WXUA 1LHIA 4DYGA 1CNSA 1OUJA 3RT5X 2HUBA 4A7DA 1IY4A 1KIRC 1OUGA 3ATNA 4DD9A 1GEZA 1YAQA 1YL0X 3N9EA 4WLTA 1WVUA 2XBRA 1NF5A 4WM1A 1GEVA 1RI8B 4O34A 1YL1X 3HFMY 5I54A 5LVIA 1BWJA 1CKHA 1B7RA 5DM9A 5KXPA 2MEGA 2ZYCA 1XGPC 1AZFA 4DT3A 2DQJY 1IR9A 1GF0A 1OUEA 4NWHA 4LYCA 3TXFA 1GF7A 2BQIA 4GCCA 1LMAA 3ZVQB 1LHKA 3WUMA 134LA 1CKGA 1I1ZA 1RE2A 4FJRA 2F4GA 1EQ5A 1QSAA 5I4YA 5LIOA 2H5ZA 2Z38A 4II8A 5KKIA 1HEWA 1JWRA 1DQJC 1JKBA 4GLAA 5HMJA 1WTNA 1XEKA 4UWNA 1FN5A 4ETDA 3B6LA 1LZGA 2ZQ4A 4H9AA 3CQLA 5KXYA 1MLCE 1N4FA 2CGIA 2D4KA 4H8ZA 3WPJA 1KIPC 3FI7A 1LZ1A 4C3WA 1GB3A 5B1FA 1JISA 5A3ZA 1HEQA 2CWIA 1GB6A 4G4CA 1CJ9A 4LYBA 2G4PA 4NSJA 1BB7A 4RW2A 2Z18A 4CFPA 1XGUC 1DI4A 4LYTA 1KIQC 1HEMA 1V7SA 4ETEA 4H9FA 5ILCA 3WUNA 4RDSA 1GB5A 2BLXA 2EIZC 1CKFA 5HMVA 1IP4A 1D9UA 3A94A 3KAMA 4BAPA 4J1BA 2HEEA 5B07A 4G4HA 1W08A 2BQAA 135LA 5LXWA 2BQBA 1GB9A 1LZBA 3CSZA 1QUSA 1GFVA 1LYOA 3AGIA 3IWRA 4XJDA 3LZTA 1B7SA 2FYCA 4NGOA 4WO9A 2YVBA 1LJJA 5DLAA 1DPXA 1B5ZA 5C6LA 1BVKC 4LFXA 1JSEA 2EKSC 4TUNA 3B0OA 3OK0A 3GXKA 4DD1A 1B7QA 1DPWA 1JTTL 3EO5A 1D0KA 1LZDA 4NHQA 3J6KA 1CJ7A 4MCKA 4TX7A 1BB4A 4P2EA 3WW5A 1NKHA 4IJ4A 1GF4A 3P65A 3A8ZA 1J1XY 5F9XA 5LYZA 1REZA 1IWWA 3A95A 4XJHA 4MR1A 1IEEA 207LA 3CSRA 1GBSA 5B1GA 2DBTA 1C08C 3F6ZA 1OUHA 4ET9A 4I0CA 3QNGA 1B2KA 1IR8A 4B4EA 1DI3A 6LYTA 1GD6A 1UIDA 2RSCA 1GXXA 1JKDA 5ILFA 1UA6Y 1WQQA 4EOFA 1O23A 2FYDA 4NGLA 1HF4A 1YROA 4QEQA 4NSIA 4XJIA 3RZ4A 4LGKA 4LYMA 1IIZA 2BQFA 1HFZA 5APEA 1LMQA 2YBHA 5HNLA 2CJLA 1BB5A 2G4NA 5FELA 1LHJA 3TXKA 4OWBA 1B7NA 4WLYA 4AXTA 4ET8A 1XGQC 1B5UA 4WG1A 2BQKA 5M1YA 1LYYA 4M4OA 1BB6A 4LT1A 1LYSA 2DQFC 4G4BA 4N8ZA 1GHLA 4TSCA 1LSMA 4LT3A 3A90A 1KXWA 1OUCA 1GE3A 2WARA 4NHPA 4WM3A 4YOPA 8LYZA 1GF6A 1LSEA 3WL2A 1IY3A 1G7JC 1F10A 1RFPA 4HPEA 3WUAA 2YSSC 3A3QA 4NGYA 1ALCA 4OWEA 2MEHA 2F2NA 4LZTA 1G7HC 3IJUA 4NSHA 4B0DA 4B4JA 2W1LA 3P66A 4ETAA 1HENA 5KY1A 4WL6A 2Z19A 1WQPA 4WLXA 2I26L 4GCFA 1OP9B 1HC0A 2VB1A 1QQYA 2HEFA 3A3RX 2EQLA 3FE0A 1H87A 1EQ4A 5HQ1A 1IWTA 1IP7A 2ZYPA 3QE8A 4GCBA 1YAPA 4CFOA 2ZQ3A 1OUIA 1RCMA 2BQHA 4MSTA 1LHHA 4WM2A 1B7MA 5I5QA 1JJ1A 1LJKA 1IVMA 1GB0A 4TTDA 1XFPL 4H91A 5APDA 1LSPA 2Z12A 4DD0A 4NHIA 1LJ4A 1GBOA 1REMA 2YBIA 1JHLA 1GF8A 5KXTA 1H6MA 1V7TA 1LKRA 1LMCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VWOA 3DMVA 4PK0A 3BKHA 1FLQA 2B6XA 1LJFA 5KXKA 5LYMA 4I7TA 3L2XA 4PJ2C 4I7NA 5KJ9A 1L17A 1P37A 142LA 3C8QA 1PQMA 5KXMA 4LT0A 2Y8PA 4H9BA 1L81A 4H8XA 1QDTA 1L37A 4GN5C 3DN6A 3TMWA 3LHMA 1LJEA 1LSFA 1HHLA 1L59A 1L24A 2OTZX 4H9EA 1LOZA 1GF3A 2BQNA 1INUA 1W6ZA 1IOQA 255LA 194LA 6LZMA 4HV2A 3HT8A 1DYBA 2W1YA 1LSCA 3B0IA 1L38A 1G1WA 5A3EA 168LA 1UC0A 4UWVA 4HJYA 2MEIA 1GE1A 4IASA 1GFTA 4GCEA 1NDMC 4NG1A 1L31A 3LN2A 2F2QA 1FKQA 2OU8A 1IC4Y 4WO6A 189LA 1OYUA 3IJVA 1UCOA 1WQOA 1ZMYL 3J4GA 1LYHA 1IP1A 1DXJA 2DQIY 2B73A 1VDSA 4N5RA 1L95A 3TXHA 4LFPA 1G7LC 1EPYA 2F4AA 5C6IA 2B6YA 3GUMA 1LZ6A 2A7FA 4DDBA 4M6DA 1L22A 3TXDA 2ZNXY 4XJGA 1ZVYB 2BQDA 2MEFA 2HEDA 1B7LA 1FBIX 5KXWA 4NGJA 1B0DA 1G1VA 5E4PA 1PS5A 1KW5A 3EBAB 250LA 1D9WA 1L29A 2BAAA 3WULA 2LZMA 1G07A 1HFXA 4XN6A 4H1PA 1ZV5L 2PC2A 1B5XA 205LA 2LCBA 1IC7Y 1OUBA 2EPEA 1B9OA 155LA 5LAFA 2CDSA 187LA 4NHSA 4OWHA 3A93A 1CV5A 1LSDA 4XJBA 3C7ZA 4DAJA 225LA 4OW1A 5B59A 3DNAA 4DDCA 102LA 1GXV2 1JKAA 4GBRB 3K2RA 4J1AA 2BQMA 2HECA 3WPKA 1YAMA 4N1CC 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GAY A;  1NWG A;  3VWO A;  5KXX A;  2IHL A;  1GFG A;  5KXL A;  3BKH A;  1FLQ A;  2FBD A;  3A6C Y;  1NMM A;  3MGW A;  1AT5 A;  1LJF A;  3WPL A;  2DQH Y;  5KXK A;  5LYM A;  5D5F A;  4H94 A;  1P2C C;  1IX0 A;  4HTN A;  5LAG A;  5J7C A;  1GBY A;  4PJ2 C;  1LJH A;  5KJ9 A;  4PRU A;  4I8S A;  4YM8 A;  1F6R A;  2DQD Y;  3A92 A;  4LT0 A;  5KXM A;  2Y8P A;  4H9B A;  2HU1 A;  4H8X A;  1QDT A;  2YBM A;  3AJN A;  4GN5 C;  5D5C A;  2DQE Y;  3TMW A;  3LHM A;  3WYH A;  1A2Y C;  1LPI A;  2Z2E A;  1LJE A;  1LSF A;  3G3A B;  1QIO A;  4HPI A;  4R0F A;  1REY A;  1A4V A;  2BQC A;  4PRQ A;  1HHL A;  3A91 A;  4W94 A;  1JIT A;  4AGA A;  4H9E A;  1LOZ A;  2DQA A;  1ZVH L;  1GF3 A;  1HEP A;  3CSQ A;  5FHW A;  1GE0 A;  4NGK A;  4WM4 A;  1MEL L;  3W6F A;  2I25 L;  4HTK A;  4ZFP A;  2BQN A;  1INU A;  1LJI A;  1AT6 A;  1LZE A;  1LZN A;  4CHX A;  1W6Z A;  2D4J A;  4ANR A;  1IOQ A;  1YAN A;  194L A;  193L A;  2MEB A;  3WXT A;  4HV2 A;  4OOO A;  4DD7 A;  4H9C A;  1HSX A;  1IOC A;  4N0J A;  1UBZ A;  2MEE A;  2W1Y A;  1QDR A; 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 1GB6 A;  4G4C A;  1CJ9 A;  4LYB A;  2G4P A;  4NSJ A;  1BB7 A;  4RW2 A;  2Z18 A;  4CFP A;  1XGU C;  1DI4 A;  4LYT A;  1KIQ C;  1HEM A;  1V7S A;  4ETE A;  4H9F A;  5ILC A;  3WUN A;  4RDS A;  1GB5 A;  2BLX A;  2EIZ C;  1CKF A;  5HMV A;  1IP4 A;  1D9U A;  3A94 A;  3KAM A;  4BAP A;  4J1B A;  2HEE A;  5B07 A;  4G4H A;  1W08 A;  2BQA A;  135L A;  5LXW A;  2BQB A;  1GB9 A;  1LZB A;  3CSZ A;  1QUS A;  1GFV A;  1LYO A;  3AGI A;  3IWR A;  4XJD A;  3LZT A;  1B7S A;  2FYC A;  4NGO A;  4WO9 A;  2YVB A;  1LJJ A;  5DLA A;  1DPX A;  1B5Z A;  5C6L A;  1BVK C;  4LFX A;  1JSE A;  2EKS C;  4TUN A;  3B0O A;  3OK0 A;  3GXK A;  4DD1 A;  1B7Q A;  1DPW A;  1JTT L;  3EO5 A;  1D0K A;  1LZD A;  4NHQ A;  3J6K A;  1CJ7 A;  4MCK A;  4TX7 A;  1BB4 A;  4P2E A;  3WW5 A;  1NKH A;  4IJ4 A;  1GF4 A;  3P65 A;  3A8Z A;  1J1X Y;  5F9X A;  5LYZ A;  1REZ A;  1IWW A;  3A95 A;  4XJH A;  4MR1 A;  1IEE A;  207L A;  3CSR A;  1GBS A;  5B1G A;  2DBT A;  1C08 C;  3F6Z A;  1OUH A;  4ET9 A;  4I0C A;  3QNG A;  1B2K A;  1IR8 A;  4B4E A;  1DI3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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