1LSBA

The influence of temperature on lysozyme crystals. structure and dynamics of protein and water
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Gallus gallus
publication title The influence of temperature on lysozyme crystals. Structure and dynamics of protein and water.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-07-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lsbA00
3B0KA 3W3EA 2Z19A 4FDYA 1QDRA 4PRUA 4ETDA 1V7TA 3W6FA 1D0MA 4CGEA 3CT5A 4LYMA 3ATOA 1LKSA 3AW7A 2BQFA 5F16A 1ZMYL 4J1AA 1RFPA 2MEIA 4WM6A 1YQVY 3A67Y 4B4JA 1HFYA 1B7OA 4DD0A 4YOPA 5KXOA 1GE3A 1YKYX 2YBNA 7LYZA 1D9UA 5KXTA 1GDWA 1IX0A 1ALCA 1KIRC 1RJCB 4XJHA 5I53A 4RW2A 5K7OA 1YIKA 1V7SA 3RNXA 1LSNA 4OWCA 4DDCA 4LT2A 1UUZC 1WQQA 2DQCY 3J4GA 1UIDA 3IJUA 1LSFA 2Y8PA 3WUMA 4LYCA 4TTDA 1XSFA 3WYHA 5D5CA 4DYGA 1IWVA 3B0IA 2A7FA 1IY4A 4NGKA 4OWAA 1GEZA 4LYBA 1OUIA 1N4FA 5B07A 1OQMA 1IP3A 1GF0A 4N9RA 1DI5A 2ZIKA 3B72A 4LT3A 4CHXA 5T3FA 1GBYA 4NGLA 4G4BA 1JKCA 2Z38A 1H87A 1IOSA 2G4NA 1KIQC 4N1EI 2A7DA 2D4IA 3TXDA 4D9ZA 1IP5A 5IHGA 2W1MA 4N5RA 1IR9A 1QSAA 3WL2A 5KXMA 5KKIA 1IR8A 4NGVA 2G4PA 1JWRA 2BQMA 2IHLA 1LOZA 1GB8A 1UIGA 2YSSC 1GE4A 1LJKA 1LZGA 4LZTA 3IWRA 2ZYCA 1UBZA 1HHLA 1NF5A 3AW6A 4W94A 1IC5Y 1UCOA 1WQPA 3EMSA 4TWSA 1B7MA 1WQOA 1KXXA 2W1LA 3B0OA 1BB3A 3EO5A 4GN4A 1QUSA 3QNGA 1EQEA 2ZQ4A 1T3PA 1WQMA 1B5XA 1JJ3A 3AZ4A 1IR7A 3LN2A 3K3TA 3WPLA 1QUTA 5LA5A 1LSCA 4RLMA 1HENA 4WLTA 3A93A 1VAUA 4QEQA 5LYMA 4RDSA 3LHMA 1WVVA 4NHPA 3LYZA 1FN5A 1GFUA 1GB3A 2D91A 4WM4A 1AT6A 2I6ZA 1RCMA 2MEBA 1LYSA 4DWXA 1VEDA 1LYZA 4NWEA 5L9JA 3A3RX 1C43A 4NIJA 2BQBA 3LZ2A 1HELA 4NFVA 2CGIA 2XTHA 4G9SA 1LJ3A 4MCKA 1DXJA 3GXRA 4OOOA 1DPWA 3A95A 2Z2EA 2DQAA 3HBEX 1B7PA 5LYZA 193LA 1PZYA 2BQGA 5LINA 1JHLA 1LYOA 1GFHA 2DBTA 1RI8B 3QY4A 4H94A 1HFZA 4WM5A 2BQEA 1RE2A 3ZEKA 5KXRA 2MEHA 3F6ZA 2BPUA 2DQDY 4NY5A 1IWXA 5DM9A 3ZVQB 4U3XB 2XBSA 1IWZA 1LSZA 1HF4A 4YENA 2BQHA 1CJ8A 1LZRA 1HEMA 1HEOA 1LCNA 3ZVQA 3D3DA 4NGZA 2WARA 5HMVA 1GXXA 1BB7A 4II8A 1GB7A 1XEIA 4J7VA 1B7QA 3SP3A 2CDSA 1G7HC 1JKDA 4NGYA 5B59A 5FELA 4B49A 1F6SA 3WUNA 1ZVYB 4HTKA 1LZCA 1GXV2 1KXWA 1GAZA 1BB6A 3A34A 1CJ7A 4NEBA 1DI4A 4OWHA 4WM2A 4B0DA 4CFOA 1LPIA 4ETEA 1GFTA 1LJHA 4H9CA 1NWGA 5LA8A 2EIZC 4LFXA 5KXXA 4YEOA 5DLAA 5E4PA 3TMXA 3A3QA 2BLXA 4H92A 5L3IA 4KXIA 1BWJA 1GPQC 2D4KA 3AGGG 4NGOA 3AGIA 1J1XY 1C7PA 2ZNXY 1GFKA 5FCPA 3TXHA 1IIZA 1KXYA 2ZYPA 1GFEA 1G7LC 5M1YA 4H9IA 1REZA 1F10A 4OW1A 4WO9A 4NHQA 1B5UA 3W6BA 1GWDA 1BWHA 3WW6A 1LMQA 1B5YA 1F6RA 2D4JA 1YROA 1GFVA 3A94A 1NDMC 2BQDA 2H5ZA 3P68A 3WU9A 1A2YC 4TSBA 1HERA 3AZ6A 1VDPA 3WXTA 1QSWA 2BQLA 2EKSC 4AGAA 3CSZA 3BKVA 4J1BA 4MR1A 5I4YA 1BVXA 3FI7A 3A91A 4HPIA 4LFPA 4Z3MA 1WQRA 2DQIY 4UWUA 1BB4A 4GCEA 3TMVA 5KKJA 3LYTA 1B5VA 4UWVA 1LZ1A 5LIOA 4B4EA 5C6LA 4Z98A 2YBHA 1NMMA 2ZWBA 2MEEA 1DZBX 4IJ4A 3A6BY 1NBYC 4WG1A 3ULRA 5ILFA 4I0CA 5LVJA 2NWDX 4GCCA 1MELL 4GN3A 4NGJA 4HV1A 1GD6A 4QDNA 5IDDA 4H90A 3TMWA 1LSDA 1BWIA 133LA 1FLWA 1GB6A 1IP2A 1LZ5A 2LHMA 1XEJA 3CSRA 4C5FA 1REXA 1CJ9A 4IASA 5B1GA 4W96A 1W6ZA 5APEA 1HMLA 4DDBA 3WMKA 3LYMA 1AM7A 2HU1A 4CFPA 1IOCA 3P66A 3TXKA 1DKKA 1LMPA 3W6EA 1LJFA 4TX7A 4DD7A 2MEFA 1C45A 4DD9A 1LHLA 5B1FA 4YEMA 4IATA 1B9OA 5I54A 3WU7A 2HUBA 3TXJA 1HSXA 2DQFC 1LZAA 135LA 1UIEA 1JJ1A 2MEDA 1HNLA 3J6KA 4I8SA 4PPOA 5I5QA 1IORA 1LHKA 4NHSA 3WXUA 4XN6A 3T36A 4DD3A 2H9JA 1NHEA 2ZQ3A 5KXNA 2BQAA 1FLYA 1LZ4A 4H9EA 2LZ2A 1LJGA 4NSHA 4ETCA 5ILCA 1FDLY 4WOAA 1YAOA 3CB7A 3AZ7A 1D0LA 1HEPA 1UIFA 5LVKA 5II3A 2BQJA 5KXWA 5HNLA 1LSEA 4ZEEA 5C6JA 1LHIA 1CKFA 4LT1A 1XGTC 3HFMY 1C10A 4NSJA 1IP7A 2F30A 1QDTA 2BQNA 2FYCA 4ML7A 1B7NA 3QE8A 5JENB 1LHMA 5F14A 3A90A 5APDA 1LMNA 5KY1A 1GE2A 1GFJA 1CKHA 1OUEA 1AKIA 3CQLA 3CT1A 3AZ5A 1YILA 1GF3A 1TBYA 4O34A 3WVXA 3WPKA 4HJYA 4H9AA 5APFA 4NHTA 1IY3A 1GAYA 1JPOA 2H9KA 1IP4A 2IFFY 3D9AC 5APCA 1J1OY 1LYYA 1NKHA 3B6LA 3EXDA 1LJNA 1BB5A 4N1CC 1DQJC 1LZ6A 4Z41A 4ZIXA 4B4IA 4H93A 1GB5A 1H6MA 5L3HA 4R0FA 5LAFA 1I20A 3AB6A 1OUBA 4GCDA 1XGPC 1DI3A 4KL7A 1JITA 1BGIA 3W6DA 4B1AA 1IWYA 1TCYA 1LJ4A 4H9HA 1EL1A 5EBHA 1IWUA 1D0KA 3EBAB 1LZSA 1NQIA 5I4XA 4BS7A 3TXBA 5LAGA 1G7JC 5F9XA 1LZ8A 194LA 1VATA 1EQ5A 4G4HA 4GN5C 4CJ2A 3P64A 2Z37A 5KXYA 3E3DA 1REMA 1UACY 1LZEA 5FEKA 1B0DA 3A8ZA 3N9EA 4H9BA 4EOFA 1YKXX 1I1ZA 4HV2A 1CKDA 1JEFA 4LYZA 1D6PA 4M4OA 2BQIA 1OUGA 4H8XA 1YKZX 4XENA 4WMGA 1BHZA 1SLYA 1LJJA 2Q0MX 1LMAA 5D5FA 1IEEA 2DQJY 2HTXA 4BAPA 1LMCA 1LJEA 1OUHA 3OK0A 6LYTA 207LA 1OP9B 1YL1X 1UIHA 1WTMA 1B7LA 1YAPA 132LA 2DQEY 2XJWA 4LYOA 4OWBA 1AZFA 3AJNA 5KXZA 4M6DA 3WW5A 2HEDA 154LA 1UIBA 1C08C 2ZNWY 4R6CA 1LMTA 2DQGY 2EPEA 1JSEA 1QIOA 4ZFPA 1LAAA 1GF6A 1JJ0A 1I56A 1VDQA 5DN4A 4XJIA 8LYZA 1CKGA 1GB2A 2CWIA 3AGHA 3TXFA 2HEAA 1FBIX 134LA 4C3WA 1IO5A 1JKBA 4KPMA 3LZTA 4J0LA 2HU3A 1GBZA 1B5ZA 2YDGA 2BAAA 1B2KA 4BADA 1HC0A 4ET9A 4XYYA 4H9FA 3BKHA 4HJZA 3N9CA 1VFBC 1LHJA 2EQLA 1T6VL 2D6BA 3RU5A 4YM8A 2W1YA 2ZIJA 4PHIA 4XJBA 2C8PA 2F4AA 1O23A 4HTQA 1JTPL 1LSYA 4WM1A 3LYOA 3AYQA 4AXTA 4MSTA 2YBJA 4N8ZA 1JUGA 1JSFA 4QGZA 4OWEA 3TMUA 1JTOL 3WUAA 1FLUA 1LZ9A 1GBOA 2I25L 4NWHA 3RW8A 1GF4A 1GFAA 2LZTA 2BLYA 3P65A 1GBSA 4PGJB 1WTNA 5LVHA 2Z12A 3TXEA 1B7SA 5B06A 2PC2A 5B05A 3WPJA 2FBBA 1JTTL 1YAMA 5F9UA 1UC0A 1YANA 2YBMA 1LJIA 1WVUA 1MLCE 4WLDA 1LHHA 3WU8A 1LMOA 1YL0X 1Z55A 2W1XA 4L41A 4NSIA 4GLVA 4TUNA 5KXSA 5HQ1A 4BAFA 5KXLA 2ZILA 5FDJA 1JIYA 2HECA 1OUJA 4GCBA 4NHIA 3TXGA 4DD2A 5IELA 1FKVA 1GHLA 1XGRC 1EQ4A 1LSAA 4RLNA 4HJVA 3T6UA 3WH1A 4RW1A 3MGWA 5A3EA 1GF7A 2YBIA 1CNSA 1YAQA 1IP1A 1NBZC 9LYZA 2BQCA 1CKCA 3KAMA 5LYTA 4ET8A 1GB9A 1TDYA 2HEBA 4H91A 1XEKA 4WL6A 1XGQC 2N5ZA 1J1PY 1A4VA 4FJRA 2AUBA 1GEVA 2FYDA 1UICA 1OUDA 3WVYA 4GCFA 1SQ2L 1JKAA 1AT5A 1XFPL 4HP0A 5KXKA 1GF5A 5A3ZA 2RSCA 3A6CY 1NDGC 5DN5A 4DD1A 4Z46A 5J7CA 4WM3A 2HEFA 1C46A 3HBDA 1HMKA 4NG8A 3A96A 3VWOA 2VB1A 2X0AA 4KT3A 2MECA 3GXKA 1LZBA 2I26L 5FSTA 1GE1A 4XJDA 4NG1A 2CJLA 1XGUC 1QTEA 3HBHA 1E8LA 1ZVHL 1LTMA 1UIAA 2BQOA 2FBDA 2MEGA 4WL7A 1FLQA 2YBLA 4P2EA 1JISA 4HPEA 1PS5A 1IVMA 1IP6A 1HEWA 1LSPA 3W6AA 4DC4A 1LZNA 1HFXA 3N9AA 2Z39A 1D6QA 1LSMA 3A92A 5E9RA 2XBRA 1IWTA 208LA 1GBWA 2MEAA 4EMNA 1G7IC 1LZTA 1GE0A 2GV0A 4XJFA 153LA 4TSCA 1LSBA 1UA6Y 2YVBA 3W6CA 1GB0A 2Z18A 4ETBA 1B5WA 2DQHY 1LZYA 5AMYA 1GDXA 1VDTA 1WQNA 2LYZA 4HTNA 5I4WA 1TEWA 4ANRA 2LYMA 1G7MC 1LKRA 1IOTA 3CSQA 3TXIA 1OUAA 1GF8A 4WG7A 3G3AB 1TAYA 4H1PA 5FHWA 4ETAA 5C6IA 5LVGA 1F0WA 4LYTA 4YF2A 6LYZA 1GBXA 1OUCA 1GF9A 3M3UA 4NGWA 1HSWA 4DDAA 3RZ4A 3IJVA 4H8YA 3FE0A 4X3BA 1IOQA 2B5ZA 4XADA 5LVIA 4QY9A 1GFRA 1IC7Y 5F81A 3RT5X 4E3UA 2C8OA 1ZV5L 1IC4Y 4PRQA 3CT0A 5DL9A 1BQLY 1KIPC 3P4ZA 4H8ZA 4UWNA 3WULA 1DPXA 3ATNA 4NGIA 4G49A 3M18B 4OOTA 1IWWA 1GFGA 1B7RA 2DKVA 5HLLA 4DT3A 5KJ9A 2LYOA 1CJ6A 1W08A 4XJGA 4N0JA 1LSGA 1BVKC 5KXPA 1QTKA 2F4GA 2Z2FA 4LGKA 1FKQA 4WLYA 4G4CA 4LT0A 4HSFA 1OUFA 1LZDA 2BQKA 5LXWA 1QQYA 4NSGA 3OJPA 4PJ2C 1DKJA 1INUA 2G4QA 1REYA 2HEEA 3G3BB 4WLXA 1VDSA 1P2CC 5HMJA 5HNCA 4GLAA 2F2NA 4WO6A 1HEQA 4A7DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Z19A 2OTZX 4LYMA 175LA 2RB0X 4B4JA 1RFPA 1B7OA 1YKYX 7LYZA 1C6LA 5KXTA 4I7OA 3GUOA 176LA 4W54A 1UUZC 4DYGA 4TTDA 3B0IA 131LA 1L91A 4LYBA 1OUIA 1N4FA 1GF0A 3B72A 5T3FA 1QUDA 2OU0X 4NGLA 1I6SA 3DN8A 3C83A 122LA 1CV1A 4D9ZA 1QSAA 2G4PA 1C6GA 2BQMA 3PDSA 1GB8A 1LJKA 1L09A 4LZTA 1B7MA 254LA 3HUKA 3B0OA 3EO5A 1LYHA 196LA 1B5XA 1L36A 5LA5A 1LSCA 1L98A 3LYZA 102LA 2D91A 1L15A 1AT6A 2I6ZA 1DYBA 1LYSA 5L9JA 4NIJA 2BQBA 1L40A 3LZ2A 4G9SA 1LJ3A 1DXJA 2Z2EA 2DQAA 198LA 110LA 1JHLA 2B6YA 1D3MA 1RI8B 1G06A 2Q9EA 2BPUA 3F8VA 128LA 1IWZA 225LA 2BQHA 1SWZA 1HEOA 2F47A 3QAKA 1ZYTA 5HMVA 2WARA 4J7VA 1G7HC 1C6MA 4NGYA 5B59A 4DAJA 4B49A 3WUNA 1GXV2 1LZCA 1BB6A 4CFOA 4NEBA 1GFTA 1NWGA 4LFXA 2RBPA 3OE9A 3A3QA 5L3IA 4KXIA 1GPQC 126LA 1QTZA 1L37A 4NGOA 162LA 3TXHA 1C65A 4H9IA 4WO9A 1L65A 2RBQA 1GWDA 1B5YA 192LA 2D4JA 1GFVA 1NDMC 4AGAA 2EKSC 2F32A 3BKVA 3G3WA 1D3FA 4J1BA 1XJTA 1C6HA 2DQIY 199LA 4GCEA 3LYTA 4I7NA 5LIOA 4B4EA 4Z98A 2YBHA 195LA 1C6AA 1DZBX 4IJ4A 1LWGA 1MELL 4QDNA 3TMWA 1LSDA 1BWIA 1T8GA 4C5FA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3B0K A;  3W3E A;  2Z19 A;  4FDY A;  1QDR A;  4PRU A;  4ETD A;  1V7T A;  3W6F A;  1D0M A;  4CGE A;  3CT5 A;  4LYM A;  3ATO A;  1LKS A;  3AW7 A;  2BQF A;  5F16 A;  1ZMY L;  4J1A A;  1RFP A;  2MEI A;  4WM6 A;  1YQV Y;  3A67 Y;  4B4J A;  1HFY A;  1B7O A;  4DD0 A;  4YOP A;  5KXO A;  1GE3 A;  1YKY X;  2YBN A;  7LYZ A;  1D9U A;  5KXT A;  1GDW A;  1IX0 A;  1ALC A;  1KIR C;  1RJC B;  4XJH A;  5I53 A;  4RW2 A;  5K7O A;  1YIK A;  1V7S A;  3RNX A;  1LSN A;  4OWC A;  4DDC A;  4LT2 A;  1UUZ C;  1WQQ A;  2DQC Y;  3J4G A;  1UID A;  3IJU A;  1LSF A;  2Y8P A;  3WUM A;  4LYC A;  4TTD A;  1XSF A;  3WYH A;  5D5C A;  4DYG A;  1IWV A;  3B0I A;  2A7F A;  1IY4 A;  4NGK A;  4OWA A;  1GEZ A;  4LYB A;  1OUI A;  1N4F A;  5B07 A;  1OQM A;  1IP3 A;  1GF0 A;  4N9R A;  1DI5 A;  2ZIK A;  3B72 A;  4LT3 A;  4CHX A;  5T3F A;  1GBY A;  4NGL A;  4G4B A;  1JKC A;  2Z38 A;  1H87 A;  1IOS A;  2G4N A;  1KIQ C;  4N1E I;  2A7D A;  2D4I A;  3TXD A;  4D9Z A;  1IP5 A;  5IHG A;  2W1M A;  4N5R A;  1IR9 A;  1QSA A;  3WL2 A;  5KXM A;  5KKI A; 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 1LZN A;  1HFX A;  3N9A A;  2Z39 A;  1D6Q A;  1LSM A;  3A92 A;  5E9R A;  2XBR A;  1IWT A;  208L A;  1GBW A;  2MEA A;  4EMN A;  1G7I C;  1LZT A;  1GE0 A;  2GV0 A;  4XJF A;  153L A;  4TSC A;  1LSB A;  1UA6 Y;  2YVB A;  3W6C A;  1GB0 A;  2Z18 A;  4ETB A;  1B5W A;  2DQH Y;  1LZY A;  5AMY A;  1GDX A;  1VDT A;  1WQN A;  2LYZ A;  4HTN A;  5I4W A;  1TEW A;  4ANR A;  2LYM A;  1G7M C;  1LKR A;  1IOT A;  3CSQ A;  3TXI A;  1OUA A;  1GF8 A;  4WG7 A;  3G3A B;  1TAY A;  4H1P A;  5FHW A;  4ETA A;  5C6I A;  5LVG A;  1F0W A;  4LYT A;  4YF2 A;  6LYZ A;  1GBX A;  1OUC A;  1GF9 A;  3M3U A;  4NGW A;  1HSW A;  4DDA A;  3RZ4 A;  3IJV A;  4H8Y A;  3FE0 A;  4X3B A;  1IOQ A;  2B5Z A;  4XAD A;  5LVI A;  4QY9 A;  1GFR A;  1IC7 Y;  5F81 A;  3RT5 X;  4E3U A;  2C8O A;  1ZV5 L;  1IC4 Y;  4PRQ A;  3CT0 A;  5DL9 A;  1BQL Y;  1KIP C;  3P4Z A;  4H8Z A;  4UWN A;  3WUL A;  1DPX A;  3ATN A;  4NGI A;  4G49 A;  3M18 B;  4OOT A;  1IWW A;  1GFG A;  1B7R A;  2DKV A;  5HLL A;  4DT3 A;  5KJ9 A;  2LYO A;  1CJ6 A;  1W08 A;  4XJG A;  4N0J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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