4ZPUA

The structure of dlp12 endolysin exhibits likely active and inactive conformations.
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
MPPSLRKAVAAAIGGGAIAIASVLITGPSGNDGLEGVSYIPYKDIVGVWTVCHGHTGKDIMLGKTYTKAECKALLNKDLATVARQINPYIKVDIPETTRGALYSFVYNVGAGNFRTSTLLRKINQGDIKGACDQLRRWTYAGGKQWKGLMTRREIEREVCLWGQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme RrrD
publication title The structure of DLP12 endolysin exhibits likely an active and inactive conformations.
rcsb
source organism Escherichia coli (strain k12)
total genus 53
structure length 165
sequence length 165
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4zpuA00
223LA 1L17A 1QT7A 1LWKA 3DN4A 1L90A 1DYCA 1L88A 3L64A 1C65A 2B6TA 4I7RA 1C6HA 1L39A 1D3NA 1L70A 1L27A 1XJUA 167LA 2OU8A 3SB7A 3HTFA 1P3NA 2RB2X 1L35A 3HH5A 1OV7A 4ARJA 2L78A 1L59A 214LA 4DKLA 1L20A 4ARLA 1L26A 2O7AA 1L73A 3V2YA 1L21A 1P5CA 1CX6A 114LA 4ARMA 1C6GA 1PQDA 4YXCA 260LA 2QB0B 4ARQA 245LA 1OWYA 2OTZX 186LA 131LA 137LA 3HTGA 1SSYA 1JTMA 2O79A 1PQMA 1QSQA 146LA 140LA 206LA 1L64A 1QTCA 1C6LA 261LA 1L49A 1P2LA 1LYDA 123LA 1C6KA 1L38A 1L76A 1L75A 3DN3A 1L71A 250LA 4I7SA 4W52A 1L57A 2B6WA 1CV3A 213LA 1L12A 1L81A 2O4WA 1L53A 2RAYX 3HT9A 109LA 1L05A 1L68A 108LA 2LCBA 4W54A 120LA 217LA 1L31A 1QS9A 2HUKA 2ANXA 1L09A 1C6DA 3GUMA 1LYFA 3HH4A 1EPYA 145LA 1L14A 1QT5A 176LA 3HT7A 1JQUA 1CVKA 3RZEA 3V2WA 3NYAA 3DN8A 169LA 1CU0A 1G0JA 1L95A 3HU8A 3OE6A 1CUPA 4EPIA 1ZWNA 212LA 1L66A 1LW9A 1LI3A 4W56A 1L58A 3C8SA 151LA 259LA 3C83A 138LA 1L13A 122LA 1C6EA 171LA 158LA 1L79A 2OEAX 1OVJA 3HUQA 1ZYTA 188LA 209LA 1PQJA 184LA 144LA 1L54A 233LA 2OE9X 210LA 3UONA 1L72A 238LA 3FA0A 1T97A 1XJTA 2B70A 1KY0A 242LA 1L93A 1CV5A 1LGWA 1T8AA 1L10A 1L98A 3G3XA 1C6JA 3GUNA 4EPFA 2QARC 185LA 200LA 1L41A 3SN6R 3HTDA 3CDRA 3SB6A 3G3VA 183LA 1L56A 1C68A 1OVKA 1L84A 2LZMA 1L47A 1L62A 2RAZX 1CV6A 159LA 3F8VA 1C60A 3HUKA 4W53A 4W57A 1C66A 1L48A 1L69A 1CU2A 1CUQA 2OU9A 1D3FA 1DYBA 1L02A 1P46A 148LE 1C63A 221LA 3HU9A 1ZURA 1G0KA 219LA 3CDTA 1C6PA 3DKEX 1XEPA 4ARQB 115LA 1PQKA 1L83A 187LA 104LA 1JTNA 243LA 1L0KA 3NY8A 2OE7X 3DN6A 1G1VA 1LYHA 1QTVA 2Z6BA 1QTZA 1G06A 4LDEA 1L40A 155LA 1D3JA 1SWZA 180LA 150LA 3HDFA 1P56A 1CX7A 1C69A 1CU6A 1L06A 1L22A 1C62A 125LA 2RBSA 4I7LA 1L0JA 4I7MA 1WTHA 3C80A 1L04A 1L99A 228LA 4PK0A 2NTGA 3HT6A 1G0PA 4W51A 1I6SA 1L67A 3C81A 3DMXA 1QTHA 5I14A 1L30A 1G1WA 3GUPA 3K2RA 1T8GA 128LA 241LA 1C6QA 3C7YA 1L43A 1L28A 163LA 1KW5A 1QT6A 4ARPA 237LA 190LA 2B75A 1G0MA 1L65A 2B6XA 149LA 199LA 1P2RA 1L89A 3HTBA 1G0QA 3DN2A 1D2WA 2CUUA 147LA 1L32A 4I7NA 198LA 1L16A 4YX7C 1DYFA 4EKQA 1L97A 1LI2A 3F9LA 1LYEA 166LA 3C7WA 1PQOA 189LA 1SX2A 1QSBA 1C6BA 197LA 1K28A 1L19A 1NHBA 191LA 160LA 3DN1A 1QS5A 3LZMA 1L24A 1C6AA 1OYUA 143LA 130LA 1P36A 1L86A 2Q9DA 1KNIA 1QTDA 1SSWA 3ODUA 224LA 2A4TA 2RB0X 173LA 3SB5A 127LA 1P7SA 1OV5A 3GUOA 248LA 2B6YA 4K5YA 3SBAA 1L34A 1T8FA 252LA 1L33A 253LA 3C7ZA 1L25A 1L45A 3HUAA 4AQNA 3C8QA 113LA 181LA 1P6YA 232LA 1C67A 1DYAA 1L15A 1P64A 1L36A 205LA 3C82A 2LC9A 2B73A 1PQIA 1L77A 2F32A 1DYGA 4YXAC 1L08A 1L23A 1L29A 1KY1A 1L60A 111LA 1LYGA 1L07A 7LZMA 3FI5A 258LA 178LA 161LA 1C6CA 1QUOA 4LDLA 4W55A 215LA 246LA 2HULA 1L42A 3SB9A 231LA 2ANVA 249LA 4PJZA 234LA 4OO9A 1L11A 3SB8A 2B74A 3C8RA 4DAJA 1CU5A 172LA 139LA 1QT8A 142LA 3L2XA 2F2QA 4ARMB 1L94A 1G0GA 1L52A 1L55A 1L61A 1CTWA 5LZMA 1L96A 157LA 1QUGA 1DYDA 2RBNA 1SWYA 1KW7A 3NY9A 182LA 4W59A 156LA 1SX7A 4EJ4A 4I7KA 262LA 3OE8A 107LA 3PBLA 4EXMA 1L44A 174LA 170LA 1OVHA 222LA 2F47A 257LA 256LA 1C6TA 2IGCA 2B72A 3D4SA 129LA 4I7TA 1CV1A 2B6ZA 162LA 1L46A 168LA 4EKSA 192LA 3CDQA 3FADA 2RH1A 119LA 2RBOA 1C64A 1L82A 229LA 3RUNA 126LA 4I7PA 4I7JA 4GBRB 1B6IA 2RB1X 3G3WA 227LA 4S0WA 1L74A 3OE9A 165LA 1LI6A 1LYIA 1L91A 2RBRA 4LZMA 3GUIA 1L63A 218LA 1L51A 110LA 225LA 1C61A 1L92A 1C6MA 1L80A 236LA 3EMLA 1LLHA 240LA 247LA 201LA 1C6FA 230LA 1LGUA 1OWZA 1LYJA 4DJHA 251LA 1QTBA 4I7QA 1CV4A 4IAPA 1TLAA 6LZMA 226LA 3HT8A 1G0LA 3HDEA 235LA 1LWGA 1LPYA 112LA 1QT3A 1T6HA 4LDOA 2RBQA 1D3MA 3DNAA 1D9WA 195LA 177LA 1L03A 216LA 1L01A 141LA 1LGXA 1QUHA 220LA 4W58A 4ZPUA 152LA 3HH6A 3VW7A 4EKRA 2NTHA 3HH3A 4GRVA 3CDVA 1L50A 2HUMA 244LA 175LA 3CDOA 1QT4A 1G07A 1L00A 1L37A 3DN0A 102LA 3DMVA 118LA 3GUKA 255LA 1C6IA 1QUDA 1P37A 2RBPA 196LA 3SBBC 3HWLA 3JR6A 1L87A 1CV0A 103LA 1CU3A 1KS3A 2OU0X 4E97A 1L85A 2Q9EA 164LA 1DYEA 3GULA 4I7OA 3QAKA 3DMZA 1D2YA 1C6NA 239LA 254LA 2OE4X 3OE0A 3PDSA 3GUJA 4EKPA 1L18A 211LA 2B7XA 2OTYX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WO9A 1C46A 3DN4A 4R6CA 1QSWA 1AKIA 1DYCA 5KXMA 4KT3A 1HEWA 1XGPC 5LVHA 1XJUA 167LA 1KIRC 2OU8A 1QDTA 3SB7A 1LHJA 3HH5A 1GE1A 1WVVA 5LVIA 5KXWA 4DKLA 3LYTA 1DPXA 2O7AA 1L73A 1L21A 1OUFA 4KPMA 1XFPL 1HMLA 4ARMA 1LSAA 2Z2FA 186LA 5L3HA 1SSYA 4LT0A 1RCMA 4NEBA 1UA6Y 1C6LA 261LA 2FYDA 2I25L 1L49A 5APFA 2RSCA 5FELA 1LTMA 1KIQC 3P64A 1C6KA 2H9KA 4XJDA 3LZTA 1LZDA 1TEWA 5HMVA 1YKYX 1G7LC 109LA 7LYZA 194LA 1LZ6A 1L68A 4WLYA 4XJBA 1D0MA 120LA 217LA 4NSHA 4G4HA 1IWYA 1C6DA 1G7MC 1LJIA 1GFHA 1EPYA 3HH4A 145LA 1HSWA 1L14A 1QT5A 4LYTA 1JQUA 1WQMA 3V2WA 169LA 1CU0A 1G0JA 2BQNA 1IR8A 3OE6A 1QSAA 1LW9A 3TXIA 5KXSA 3AZ4A 1D9UA 1L58A 3BKVA 5F81A 2Z19A 151LA 1LSDA 3W6DA 5HQ1A 171LA 1LJEA 1ZYTA 209LA 184LA 4DYGA 1BGIA 3UONA 1T97A 1ZVYB 242LA 1CV5A 5DL9A 1IOQA 1T8AA 3G3XA 4EPFA 3HTDA 1B5WA 183LA 1L56A 1OVKA 2EKSC 2LZMA 1LJKA 3ZVQB 3RT5X 1B7PA 2DBTA 4YOPA 3AYQA 3HUKA 4DD3A 1JKCA 1L48A 2DQCY 1CU2A 2HTXA 4W94A 2LHMA 4NSIA 1XGRC 3P68A 2H5ZA 3AW7A 2YBNA 132LA 4H91A 4OWBA 4GN4A 4HTNA 1C6PA 5M1YA 1JTPL 4ARQB 1CJ8A 1LHHA 104LA 1LYSA 208LA 2OE7X 3RNXA 1YQVY 1B7MA 5IELA 4TSCA 2IFFY 1D3JA 1LHLA 3HDFA 1CX7A 3A96A 1GD6A 5DM9A 2NTGA 3HT6A 1IP3A 1QTHA 5I14A 1LJGA 241LA 1JEFA 1GFJA 1QT6A 5B59A 1WQOA 1N4FA 149LA 1GFRA 4FDYA 199LA 4C3WA 1QIOA 1G0QA 3DN2A 1DI4A 1L16A 4YX7C 1MLCE 2NWDX 166LA 4YEOA 3A8ZA 189LA 1FKQA 4XN6A 1K28A 1L19A 3TXHA 160LA 2LZ2A 3ZEKA 1L24A 1IO5A 1C6AA 1DI5A 1IOSA 143LA 1HFYA 4H9AA 2D6BA 2G4NA 3AGIA 3ODUA 224LA 2A4TA 1LHKA 4KXIA 4NHPA 1LZCA 4K5YA 3SBAA 2FBDA 1IP7A 4LT2A 1L25A 4AQNA 113LA 1P6YA 1VDQA 1GFEA 2BAAA 1DZBX 3LHMA 2LC9A 2Q0MX 1L08A 4DQJA 4WM1A 4QGZA 3WU7A 7LZMA 1J1OY 1OUAA 1JPOA 3WYHA 4WO6A 4XJFA 4H9CA 4LDLA 1XEJA 3QY4A 3A90A 1XEIA 1LMNA 4QEQA 3SB9A 1NBZC 3TXEA 6LYTA 3TXGA 1VATA 4NGKA 139LA 1QT8A 142LA 2VB1A 1D6QA 1L55A 1L96A 157LA 1LMAA 2RBNA 4G4CA 3MGWA 3NY9A 5LA5A 1GBZA 5KXNA 1SX7A 4EJ4A 2Z39A 262LA 5FEKA 3OE8A 1GF9A 5B1FA 1G7HC 2LYOA 4UWNA 2F47A 257LA 1C6TA 207LA 4U3XB 2B72A 3D4SA 1W08A 4WLTA 4WM5A 2RH1A 1OUCA 3RUNA 1D6PA 1I1ZA 4I7JA 2RB1X 227LA 2HEEA 5DN5A 5FHWA 1TBYA 2EIZC 3HBEX 5I5QA 4H92A 1SQ2L 4NGZA 5DLAA 5KXLA 1LJNA 2BQIA 2YBMA 110LA 225LA 1C61A 1L92A 1OP9B 2CWIA 5LVGA 1MELL 3A6BY 1OWZA 3VWOA 1HHLA 1VDSA 4I7QA 1WVUA 4HSFA 1RE2A 1AZFA 1QTEA 5HNLA 1YKXX 4NIJA 3GXKA 1D3MA 1D9WA 1J1XY 3LN2A 3WUNA 1GB2A 4M4OA 152LA 1UIGA 4EKRA 1I20A 4HJVA 5KXRA 4KL7A 1DPWA 1IP4A 1QTKA 164LA 1JUGA 3WW5A 1LSNA 3QAKA 4GN5C 5F16A 1D2YA 1C6NA 3OE0A 254LA 4P2EA 2B7XA 2OTYX 1IWTA 4B4IA 1QT7A 1E8LA 3CSZA 4J0LA 1L88A 1C65A 1GF8A 2B6TA 4I7RA 2DQFC 1TDYA 2YBJA 5LXWA 2Z38A 2W1MA 2DQEY 1L26A 3TMUA 1C45A 4Z3MA 2BQDA 1CX6A 5LINA 114LA 1C6GA 4PGJB 2QB0B 4NGWA 4HV1A 2ZWBA 2OTZX 1LZRA 3CB7A 3WXUA 4EOFA 2F2NA 1KXYA 1PQMA 3LYOA 2BQMA 2ZILA 4IJ4A 4TX7A 1JTTL 1QTCA 1WQPA 2MEEA 1IEEA 1LZSA 5DN4A 1P2LA 2BQBA 2XQOA 1LYDA 3T6UA 1IOCA 1LSEA 1C08C 4I7SA 1L57A 4YF2A 4N1CC 1UICA 1YIKA 1L81A 2O4WA 1L53A 2RAYX 3HT9A 3AZ7A 2YBIA 4BAPA 1L05A 1NKHA 4WG7A 108LA 2LCBA 2DQDY 1QS9A 4RLMA 2ANXA 4WLDA 4H8YA 2BQJA 1OUEA 3HT7A 176LA 2FBBA 3RZEA 1CVKA 4LT1A 4NY5A 2BQOA 3N9AA 1LSYA 1CUPA 5L9JA 1ZWNA 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1L34A 1W6ZA 2ZQ4A 4PRUA 253LA 1NWGA 1L45A 181LA 3TXKA 4XJGA 1C67A 2MEGA 1L15A 1P64A 4NSGA 3WULA 1GF0A 1LZ4A 3C82A 4H9EA 5LYZA 153LA 4YXAC 1L29A 1IIZA 4WLXA 1OUBA 178LA 161LA 4FJRA 4NGYA 3HBDA 2I6ZA 4W55A 3EXDA 1LPIA 4II8A 1B7RA 1DKJA 1FLUA 1GEZA 231LA 1XSFA 3A94A 4UWUA 249LA 1VAUA 1FLWA 234LA 1L11A 3SB8A 1GF4A 1EQEA 1G0GA 1T6VL 1DYDA 5APDA 4D9ZA 1KW7A 182LA 4W59A 3F6ZA 170LA 1OVHA 5KXPA 222LA 1FN5A 4WMGA 5F9UA 1JSEA 1B5YA 129LA 3SP3A 4YEMA 2B6ZA 3A34A 162LA 2HEBA 1LCNA 168LA 3M18B 4EKSA 1HEMA 3G3BB 1C64A 1L82A 126LA 5KXYA 3P65A 1GB0A 4I7PA 4NGVA 1B6IA 1NBYC 3G3WA 1B5VA 4DDAA 3TXBA 1LI6A 1L91A 2RBRA 1IY3A 3D9AC 3GUIA 1L63A 3A91A 1L80A 236LA 1WTMA 1LSZA 2F4AA 230LA 1QTBA 226LA 3HT8A 4W96A 4H94A 4NWEA 1FKVA 3HDEA 1UIBA 4LYBA 1T6HA 4LDOA 4G4BA 3RW8A 1RI8B 177LA 1L03A 216LA 2XTHA 4ZPUA 220LA 4W58A 3HH6A 1F0WA 3HH3A 4N5RA 3CDOA 4YENA 1L00A 118LA 1KXWA 1IWXA 1UBZA 4AGAA 4LYCA 196LA 3SBBC 2D91A 1L87A 4NHTA 1OUHA 1L85A 1JWRA 4G9SA 4ZIXA 1DYEA 3GULA 1VFBC 3DMZA 3TXJA 1BWHA 3GUJA 3B0IA 4N9RA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4WO9 A;  1C46 A;  3DN4 A;  4R6C A;  1QSW A;  1AKI A;  1DYC A;  5KXM A;  4KT3 A;  1HEW A;  1XGP C;  5LVH A;  1XJU A;  167L A;  1KIR C;  2OU8 A;  1QDT A;  3SB7 A;  1LHJ A;  3HH5 A;  1GE1 A;  1WVV A;  5LVI A;  5KXW A;  4DKL A;  3LYT A;  1DPX A;  2O7A A;  1L73 A;  1L21 A;  1OUF A;  4KPM A;  1XFP L;  1HML A;  4ARM A;  1LSA A;  2Z2F A;  186L A;  5L3H A;  1SSY A;  4LT0 A;  1RCM A;  4NEB A;  1UA6 Y;  1C6L A;  261L A;  2FYD A;  2I25 L;  1L49 A;  5APF A;  2RSC A;  5FEL A;  1LTM A;  1KIQ C;  3P64 A;  1C6K A;  2H9K A;  4XJD A;  3LZT A;  1LZD A;  1TEW A;  5HMV A;  1YKY X;  1G7L C;  109L A;  7LYZ A;  194L A;  1LZ6 A;  1L68 A;  4WLY A;  4XJB A;  1D0M A;  120L A;  217L A;  4NSH A;  4G4H A;  1IWY A;  1C6D A;  1G7M C;  1LJI A;  1GFH A;  1EPY A;  3HH4 A;  145L A;  1HSW A;  1L14 A;  1QT5 A;  4LYT A;  1JQU A;  1WQM A;  3V2W A;  169L A;  1CU0 A;  1G0J A;  2BQN A;  1IR8 A;  3OE6 A;  1QSA A;  1LW9 A;  3TXI A;  5KXS A;  3AZ4 A;  1D9U A;  1L58 A;  3BKV A;  5F81 A;  2Z19 A;  151L A;  1LSD A;  3W6D A;  5HQ1 A;  171L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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